3HSTA

N-terminal rnase h domain of rv2228c from mycobacterium tuberculosis as a fusion protein with maltose binding protein
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
KLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional characterization of an RNase HI domain from the bifunctional protein Rv2228c from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k-12
total genus 118
structure length 365
sequence length 365
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hstA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hstA01
4JWOA 3K2DA 2O7UA 2G93A 3EQ1A 3CFLA 2G29A 3HN0A 2HXWA 2DSFA 4IO5A 3S9MC 1D3KA 5H8FA 4NWDA 3SEUA 3O6HA 1DMBA 4RPOA 4DDDA 3WAEA 3I6VA 1MDP1 5EHMA 3EN3A 2HCAA 3O6IA 5CBSA 4POXA 1ZJLA 3HSTA 1MG1A 3U94A 2F5XA 1MXYA 3TTKA 2DS9A 3DP6A 3RUMA 4H1XA 2RCBA 5FHOA 4LA9A 3FXUA 4H8IA 3D4GA 1WODA 1LSTA 4FJPA 2I4CA 5AA4B 4F22A 3HHFA 3SEXA 3OSRA 4WEDA 3H6WA 2OK2A 4FATA 2YLNA 4R6HA 1B7HA 3GLBA 4ISUA 3B7DA 2WKYA 5ITPA 2ZNTA 3O2AA 3Q25A 4RY1A 2PT1A 2A5TA 2DE3A 5JK4A 4OTEA 3IJOB 4RK9A 5TPAB 3TAJA 1GR2A 4IO6A 1B46A 5H8NA 3CFZA 1ZKBA 1QUKA 3T9UA 1B51A 1DPEA 3KSXA 3MC2A 2OWSA 2RC8A 2NOOA 5AA3A 4XXUA 5BUUA 3V5AA 3G3KA 1MY3A 3Q27A 1MQGA 4QSCA 4PFUA 1B7UA 4GFRA 2ABHA 1D4NA 1DTGA 2KLFA 3N6TA 4BDLA 1ATGA 4Q30B 3H6UA 4XKPA 3LUYA 3PPNA 1H76A 3PPQA 1XVXA 1US5A 1HSEA 4BDOA 1H45A 3C34A 4GXSB 4F3BA 4F2OA 1FCKA 3VV5A 1YPNA 1LB9A 1GVCA 3VLWA 2DWHA 1B58A 5KCJB 4H65A 3FIRA 1Y3NA 2HZLA 3PPOA 5H8SA 2ZYOA 4N6PA 2ZYMA 2XXTA 1TFDA 4EQ7A 2QS3A 1WVJA 4IO3A 3T22A 1M5CA 2UVGA 4FEBA 3OXNA 1EU8A 3AXFA 1PBQA 4QFOA 3OO9A 1N04A 4X9TA 1JVXA 1RYOA 2THIA 2V84A 5DEXB 4ELOA 4G68C 1PDAA 2I6EA 3LSLA 3PD9A 4ECFA 1P1QA 2Y7IA 3OMBA 1OQHA 4N13A 2D5WA 1USYE 2DWIA 2F35A 2Q89A 1BIYA 3TTMA 5HBCA 2D3IA 3C31A 3S9LC 3UORA 3LSFB 1S9TA 2F8DA 3JV9A 3FVOA 2I3VA 5J1DA 5I2NA 2HQ0A 3MAMA 3RTFB 1MY1A 4KI0E 2XXRA 3TCGA 4DCYA 1R1NA 3CG3A 1VSOA 4ONYA 1LBBA 2GHAA 1MPDA 3I3VA 3UGWA 1JEVA 1FTJA 4LZ5A 3B6TA 2ONRA 4G68A 2RF1A 1LAHE 1Z7ME 4FEDA 3TTRA 4U4SA 1BLFA 1LFHA 2FYIA 1LLSA 2GH9A 1POTA 3MPLA 2GRVA 5I56A 1B9JA 5I57A 2RC7A 1TXFA 3MUQA 3PPPA 3U8QA 3MZBA 3LSXA 1PB9A 2X7QA 5F1QA 2P1SA 3KGCA 3Q26A 2F36A 4I62A 4OEUA 3ZKKA 5KDTA 1VFEA 4F1UA 4GRKA 1XOCA 1LFIA 4GLIA 4M4GA 2Y7KA 2FA7A 5I2KA 1S50A 4XKQA 3KN3A 3IL1B 4KPTA 1R9LA 4Q0CA 2YJPA 2AYSA 3C36A 2F78A 1ANFA 3F11A 4R2FA 1OLAA 1B6HA 4NE4A 2UYEA 2PVUA 2Z8EA 3CR9A 3SESA 3K6UA 3H6TA 4POWA 1EZPA 1YCJA 4R72A 3SEWA 1SYIA 3EPEA 3UP9A 1Q1KA 4F19A 1IUDA 1UTHA 4LQ2A 1LAXA 3C33A 1SD3A 3W15C 3MVWA 1MQIA 3MZ9A 1IIWA 3OEMA 4EXLA 4BLAA 4G8HA 3K0VA 1DTZA 2REGA 3KG2A 4XKNA 1UTBB 2E1SA 3TKDA 2Q2CA 3GBBA 4RNSA 2UVHA 4F1VA 5CRYA 2V3UA 4F18A 2I49A 4IO7A 3KOSA 2F7BA 3IB2A 5FTIA 1XS5A 5H8HB 1N76A 3FASA 2REJA 4OENA 1PB8A 3TTNA 3T96B 2QSXA 4GIZA 4G2ZA 1O7TA 1NNKA 1FTKA 4RYAA 1N7XA 4IY5A 3PMXA 3DP8A 1XHYA 4M1VA 4OVJA 4E0XA 1Y3PA 4KR5A 1RYXA 4K3FA 3GBAA 1JW4A 3LR1A 3K1PA 4OHNA 1D9YA 4OWDA 5A5XB 4U22A 3VDFA 1LB8A 1USYH 3MBPA 5JEIA 1IXHA 2R71A 1VR5A 1NMUA 4FECA 1RKMA 1B5HA 1H44A 2UYFA 3CSGA 2Q8JA 4Z7EA 5B7DA 2XXHA 1JEUA 3FXQA 3E3KA 2IA4A 1B5IA 4LVQA 4NF4B 5L9MA 1QVSA 4HW8A 4R9FA 1B0HA 3B6QA 3UK4A 3E13X 3IOWA 2RC9A 3HCQA 3PD8A 4KHZE 1B4HA 3OD7A 3T9VA 2DYXA 3EHUA 4ZE8A 2ZMBA 1FTOA 4EXKA 4YKPA 4BDRA 1A55A 4YB7A 2X26A 3RN8A 4DCXA 1FW0A 1Y4CA 3TQWA 2F7AA 3VVEA 5DEXA 3RGYA 4G8MA 4F29A 1QUIA 3IOVA 1SW5A 3RPWA 4YB6A 2PYYA 3N6UA 1NL5A 5CM6A 1YTVA 1JNFA 2CZLA 5ICQA 5JTYB 3MVXA 4QFKA 1R6ZA 3UA8A 2HAUA 3RTWB 3DLNA 1O63A 1CE2A 1NH8A 2RCAA 5K2YA 3TMGA 1QKBA 4OZ9A 3OO6A 2QMWA 1FQBA 4LP2B 2VD3A 4KCCA 4YKKA 4NMYA 3BFTA 3G3IA 3R26A 3T66A 2ONSA 3PUZE 1Z7NE 3VVFA 3TFLA 4MFIA 5HM4B 1XVYA 4ESWA 2Z8FA 4U4XA 4H67A 2E0SA 2XD3A 3TTLA 3O6GA 4O3CA 2A5SA 2ZYNA 4GOTA 2HEUA 1TT1A 3ZS6A 4ZE9A 1MH4A 1MY2A 1ZU0A 2OCUA 3RNNA 3PMVA 1IZ1A 4KFQA 2I3WA 1I6BA 1MQDA 1P99A 4OXVA 3S2VA 2DVZA 3O66A 4ZZEA 1IQ7A 2O69A 4PQJA 4RPNA 3P7IA 4GD5A 1N3XA 1PB7A 3C9HA 2O68A 1FTLA 2I58A 3PPRA 1JETA 4R6KA 1LCTA 4KCDA 3TELA 2PX1A 1POY1 3O9PA 1M5EA 3KN7A 4G4PA 4F3GA 1GTKA 3IO4A 2QRYA 3ECRA 3MWBA 2ZNUA 1BTJA 3R6UA 5TU0A 3WAFA 2HFBA 1FQEA 1OQGA 2QMXA 3QK6A 3QIMA 4EUOA 3Q28A 1EZ9A 1ZMGA 4AB5A 5ISUA 1H43A 5H8FB 5L8DA 1M5FA 4YZZA 4KD5A 4NF5B 2B3FA 4OETA 2VHAA 1QUJA 4ESXA 4ZEBA 4FE8A 1A7LA 3IB0A 3OO8A 1FQDA 1B40A 4QHQA 4KYSA 4GXAA 2DVCA 4H8JA 4KQPA 3IK6B 2H9BA 4R2BA 3S9EA 2HAVA 2NUVA 1MM7A 2O51A 1AL3A 5DTBA 3TCHA 1Y3QA 1CB6A 5IAIA 3RT8A 1MQJA 2XD2A 1FQFA 3SKPA 1AMFA 3G3JA 5H8HA 4U1ZA 4YKIA 3GXAA 5ELVA 4G8NA 1NKXA 3QSLA 4MBPA 3TDJA 4NF6A 3UN6A 1TWYA 3BKIB 1IXCA 3FD3A 3K02A 3PUYE 3Q29A 2DXRA 3U93A 2DQVA 2R6GE 4JBZA 2V3QA 1B1HA 1N0TA 1B32A 4ZECA 1LAFE 2V3TA 4C0RA 2OBGA 3FUZA 4QFPA 5A5XA 3OOAA 4NWCA 1OIBA 4QRZA 1Y9UA 1EH3A 2UXAA 3C32A 3ILTB 3M3FA 3IX1A 4FIMA 4OEVA 4LZ7A 3PUXE 4U23A 1B0LA 4KYDA 4FAJA 4KYEA 3VVDA 3LBSA 5FTHA 1ELJA 3MZ1A 4RA1A 4R6YA 5DVJA 2PMSA 3ZKLA 3U1OA 1HSJA 2I48A 2QJEA 3MVZA 4C1TA 5LOMA 4NF4A 1N84A 4AB6A 2R9JA 1JW5A 1SW1A 4JXIA 4P0GA 3IOUA 3JZJA 3DP4A 3KFMA 2OJTA 2QS2A 3KOTA 4ZZAA 3QAXA 2QL3A 3PMWA 1B3GA 2LAOA 2X7PA 2Q2AA 2AL4A 4X1BA 4R9GA 1FTMA 2OLBA 4OFOA 2QS1A 1P1WA 2Y7WA 2DP8A 5EHSA 5AA2D 3IB1A 5I59B 5TP9B 2O6AA 5JTYA 3CFXA 3EF7A 3KN8A 3MJNA 3M3LA 5DVFA 4PE5B 5AA4A 2XXQA 3C4MA 3MW0A 1A54A 4EQ9A 5CBRA 3RLFE 1QJMA 2XXUA 2Y7RA 1XT8A 3PUVE 1A99A 4YKJA 1P1UA 5M2VA 2AL5A 4TOZA 5I2NB 1OMPA 2QS4A 3SDFA 2F97A 4OMBA 4QFNA 5I84A 1QW0A 5DYHA 3DELB 4ND9A 3RQTA 3B6WA 2ZYKA 2XXIA 1NH7A 1URSA 1MXZA 4OFLA 5TPAA 3W9VA 3FXRA 3IAZA 3K01A 3A09A 1MRPA 3FVGA 5CI5A 1JVYA 3VLUA 4P11A 4ZEKA 4YAHX 4F3PA 4LQ5A 4EF2A 2F7CA 4O3BA 4TQUQ 1J1NA 5FHMA 4ELPA 4OYVA 3QUJA 2ZXTA 1H3DA 3S9NC 2CMOA 1MXUA 4THIA 5K2XA 1Y4TA 5B70A 1Q35A 3V83A 4DXUA 4JB7A 1SYHA 3H06B 1ZBMA 4R73A 2NXOA 3RT6B 1I6QA 2DWJA 1DSNA 2QPQA 1MY0A 5CMMA 2Z8DA 1SDXA 2VGQA 5I58B 5CC2A 3TCFA 3SEVA 1P1NA 4MH5A 5KCJA 1MPBA 4MF3A 1A8FA 3TZAA 1B05A 1SI1A 5ITOA 3LC8A 4YB5A 1UIUA 4RXLA 1MS7A 1LBCA 2H99A 1MXXA 2GHBA 3THIA 3K4UA 3TODA 5I2KB 2DE2A 4RK2A 4BDMA 4G77A 3KBRA 3M3KA 1MPCA 5FHNA 4H5GA 4H5FA 3V8XB 3UIFA 3ILUB 4F1YA 3G7WA 1QULA 2F34A 4OFJA 1OVTA 3OELA 4LATA 1WDNA 1ZIUA 1LFGA 1R9QA 3A3UA 4NF5A 2YPNA 3FZVA 3OENA 1UQWA 4EDPA 3VE1B 1MXWA 1JW1A 4IO2A 2H5YA 3SERA 3T9XB 3FVNA 3SEYA 1I6AA 1UTHB 2ONKE 1B5JA 1OLCA 1QKAA 4EQBA 4GL0A 3E9XA 1B3FA 2O84X 3FVKA 4GWOA 1XC1A 1MXVA 3SETA 1D9VA 1SW2A 3K6VA 2PT2A 3KEIA 4GF8A 2XX9A 4LZ8A 5BWJA 3H6VA 3L6HA 4DE8A 1MQHA 4ZS9A 3HHGA 4GL8A 4PFWA 4ZDMA 2ALUA 1BP5A 2I4BA 4ZEDA 2V93A 3HO7A 1Y20A 4EF1A 4DXBA 4GVOA 1LGBC 3USDA 3IOTA 3O28A 2V25A 4X48A 3W9WA 1EZOA 3G3HA 5H8QB 2VOZA 3IORA 4P0IA 4NF8B 2Y84A 2NVUB 2XX7A 1IEJA 4U21A 3BFUA 5ICTA 3MP6A 2DWAA 1B3EA 3VXBA 4F31B 2OWTA 4E0WA 2XXVA 1NNPA 5EYFA 4BDNA 3O97A 4U2RA 2ANJA 5KZTA 4MLQA 4ZEIA 4DZ1A 3TYHA 5AA1A 2ESNA 3OSQA 1GV8A 1N3WA 4F39A 1Y1MA 1YAEA 1LCFA 1AH5A 5AA2B 4QSEA 4H6DA 4NEDA 3FV1A 1L5TA 1B3HA 1OVBA 4RJZA 4QFLA 3EHSA 3K6WA 3KZGA 4R74A 4QF9A 5L9SA 2DXYA 3M8UA 3MPKA 3CI8A 4XKRA 3E4RA 3ONMA 2GFEA 2Z23A 4O3AA 4DLDA 3QXMA 3G3GA 4OESA 4IY6A 4TLLB 1M5DA 4GQOA 1FQCA 4PETA 2W7YA 3ODBA 1MM6A 4OERA 3IO6A 2F6PA 1MH3A 3G3FA 1SBPA 2PBWA 4JSOA 2Z22A 3R7XA 1M5BA 2B3BA 2Q9TA 5DVIA 2NWJA 3FJ7A 3N5LA 4PFYA 1VFDA 5I59A 5TP9A 3CIJA 1PC3A 3S4UA 3K1MA 1B2HA 2VD2A 1URDA 3VXCA 1A8EA 4JWYA 2F6GA 2HZKA 4YMAA 2P0SA 2H25A 1LAGE 1UTBA 2P2AA 3BBRA 4L17A 4IO4A 1ZLQA 2RKMA 3FGSA 4MLVA 1SVXB 1B4ZA 2UVIA 3CG1A 5HPQA 2Y7PA 4OQOA 3K1NA 4X1DA 3QUFA 1IITA 2I0CA 4ZEFA 2A5TB 4ELRA 1IXIA 4WEPA 3A3CA 2B65A 4Q5TA 3I5OA 1HSLA 4AQ4A 1T0KA 3H3GA 1P1OA 4WXJA 5CMCA 5H8NB 1I69A 1US4A 3T93B 2M8CA 2DE4A 3TUSA 4I8CA 3O29A 2XXYA 2VP1A 3H03A 3HPIA 4IB2A 2H4IA 3OEKA 2O1LA 3VLVA 4JSDA 1NNTA 2DOJA 3JYRA 1B1XA 4I1DA 3TEPA 2O7IA 3H7MA 4YU0A 3FJMA 3PUWE 3OO7A 3HV1A 4JDFA 1SQYA 4IGTA 3KJTA 3N94A 4HCYA 4FORA 3MP8A 5I58A 3FJGA 3KJ7A 1DOTA 3CRBA 5F7VA 3ZSFA 1II5A 5CMKA 3N26A 1MDQA 1SW4A 1AOVA 1GGGA 1MY4A 2XXPA 4DIGA 3MQ9A 5AE4A 1B3LA 3T9HB 4PP0A 2OZZA 3KSJA 4U1OA 4N07A 4YICA 3U92A 4IGRA 1URGA 2O1MA 3VFJA 1PEBA 4LONB 2D21A 1B52A 1SI0A 1S7YA 4UACA 2UVJA 1TFAA 3FV2A 3D4CA 2XHDA 3CSBA 4JWXA 3LSWA 3IJXB 3PU5A 4UA8A 4F3SA 4XTCQ 4F2QA 4Q8RA 4LUBA 3PV0E 1JQFA 2RINA 1DPPA 5DT6A 3TPAA 4R75A 3L6GA 3RY3A 1FQAA 2XXXA 5IKBA 1KWHA 4TLMB 1B7ZA 3TQLA 3C35A 1UIVA 3QYTA 1NNFA 5L9OA 3FATA 4HTGA 4HCWA 3GZGA 4QSDA 4HS7A 1ZTYA 2XX8A 2XXWA 1VE4A 3H4ZA 2FNCA 4I9DA 1NFTA 4G68B 3EHTA 4NF6B 4Z0IA 4PFTA 3DM0A 1N7WA 5H8QA 4C1UA 1Y1ZA 2H98A 4NF8A 3V89B 3CVGA 3IR1A 5CMBA 5I56B 3K6XA 5I57B 2I0BA 1IXGA 1PBPA 4BDQA 4NTLA 2BJJX 2Q88A 1BKAA 1F9BA 3K00A 3PGFA 4XIGQ 1A40A 4ELQA 3MP1A 1AIVA 1O64A 2IEEA 4YMBA 5AA2A 5KDTB 4DXCA 4WKMA 3U72A 2AIXA 3MVYA 4H0WA 2ZNSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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