3HSTA

N-terminal rnase h domain of rv2228c from mycobacterium tuberculosis as a fusion protein with maltose binding protein
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
KLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k-12
publication title Structural and functional characterization of an RNase HI domain from the bifunctional protein Rv2228c from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 118
structure length 365
sequence length 365
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hstA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hstA01
1P1WA 1B40A 3K1PA 5DEXB 1POY1 1MQDA 4K3FA 4POWA 1SD3A 3PUWE 2ONKE 4LUBA 3B7DA 3IOWA 3LBSA 1B2HA 2HXWA 4LZ8A 1IUDA 2X7PA 4QHQA 1IITA 2RINA 2Q9TA 4LZ5A 1B0HA 3Q27A 1SYHA 3D4GA 3RGYA 1MH3A 1OMPA 1SW2A 1PBQA 3UIFA 1GV8A 2DXYA 1B5JA 1NKXA 2O1MA 1B3GA 4UACA 4EQBA 4U4SA 4I8CA 2QMWA 3LSFB 1NH7A 4EF1A 3B6TA 4HW8A 3FUZA 3VVDA 3HSTA 4NE4A 4MFIA 3H7MA 1FQAA 3K4UA 2QS2A 4MLQA 1S9TA 3MP8A 2OWTA 4DXUA 4PE5B 1FQEA 5A5XB 4R75A 5FTIA 1ZIUA 4NEDA 3KFMA 3KN3A 1MY2A 2F6PA 1QKBA 3U72A 4ZECA 3N94A 1B3FA 1Z7NE 1MY3A 1IIWA 2FYIA 3FJMA 4U1ZA 4ZEFA 4H8JA 3T9VA 4U1OA 5IKBA 3HCQA 1JVXA 1N7XA 3CRBA 3UA8A 3M8UA 3MBPA 2HAVA 4PFTA 1DTGA 2P1SA 1MQIA 3RLFE 1FTOA 2RC8A 3SEXA 1SYIA 3RN8A 2GHAA 5DT6A 3MP6A 5J1DA 2QMXA 4QFPA 3PMWA 3T66A 2G29A 4C0RA 4RYAA 1FCKA 4M1VA 4Z7EA 1B52A 2UYFA 1B3HA 5B70A 5JK4A 3I3VA 3OSQA 3OEKA 1MDQA 4RY1A 2F34A 2IA4A 3FV1A 3G7WA 2OK2A 3A3CA 4FORA 4KPTA 1HSEA 1FQBA 4GRKA 3OSRA 5CBRA 4GXAA 4GVOA 3IOUA 2D5WA 1B7HA 1GGGA 2QS1A 5LOMA 1B9JA 1JEVA 1LAGE 5EHMA 1LSTA 1B4HA 3Q28A 4F2OA 2V93A 2Z8FA 3C33A 2DOJA 3CSGA 5L9SA 3FGSA 2FA7A 2V3QA 5H8FB 4TQUQ 4RPOA 5L9OA 4OHNA 2AYSA 3R26A 4RXLA 2V3UA 2NVUB 3IB1A 1FQDA 3IJXB 3OENA 4OZ9A 4XTCQ 3BBRA 3CFZA 5M2VA 4XKNA 3C31A 2O1LA 3TQWA 2ZNUA 4EDPA 3FVGA 4ZDMA 3TZAA 3N6UA 4KFQA 2Q8JA 3QAXA 3OOAA 3U8QA 1EH3A 4X1BA 4HCYA 3MVXA 4FEBA 4MBPA 1M5FA 3KEIA 1B46A 4OWDA 2VGQA 4NWCA 3K6XA 2YLNA 2ZXTA 1D9VA 3E4RA 4ZS9A 3FVKA 2VHAA 3IB2A 3CSBA 3U93A 1OQGA 3EN3A 4QFKA 3RT6B 4O3CA 3TMGA 2HCAA 1PB7A 1GTKA 1PDAA 3KJ7A 3MJNA 3S9EA 2XXHA 4ECFA 5DVFA 1TWYA 5TP9A 2ZNSA 4FATA 3G3GA 3CFXA 1NNTA 2NUVA 3C9HA 2V84A 2XHDA 5JTYB 2XXYA 3W15C 2DE4A 2XXWA 3RT8A 1O63A 4Q0CA 3ZKKA 1S7YA 1US5A 1B5HA 1JVYA 1MXXA 4OQOA 3VDFA 1N76A 3SKPA 1R6ZA 1SW4A 3D4CA 3GXAA 3ZKLA 2B3FA 4F22A 4QFOA 4G77A 3VXCA 3UORA 4H8IA 1A99A 3H3GA 2Y7IA 3T96B 3V89B 4KCCA 4WKMA 5I2KA 3JV9A 3VXBA 1N3WA 4AB5A 3DP6A 3LC8A 5ITOA 4R6HA 3FZVA 3PUZE 4IO4A 3IL1B 2O84X 1OVTA 1XS5A 3TTLA 2X26A 1R1NA 5KDTA 5ICQA 1LCFA 4NF8A 5I56A 3CFLA 4IO2A 4G8NA 1XVYA 4GIZA 3CR9A 4ELQA 1AL3A 3PD9A 2RCAA 1LLSA 2OZZA 4ZEDA 2UVGA 4WEDA 4JSOA 4EXLA 5H8NA 5KZTA 1IXCA 2ZYMA 1MQHA 4YB6A 2OJTA 1M5DA 4LATA 2A5TA 2RC7A 3UGWA 3S9LC 3CVGA 4N07A 1MXUA 3C32A 4YB5A 4QSEA 3K02A 3OEMA 2PT2A 4H65A 2OWSA 1TXFA 3HPIA 5H8QB 2KLFA 4JXIA 3JZJA 3PUXE 3PMXA 2DYXA 1VE4A 1ZU0A 5DEXA 3TCFA 1LGBC 5CMMA 3MZBA 1XT8A 4E0WA 1LCTA 5CMKA 2HEUA 3M3KA 3VLUA 3C36A 3KSXA 3EHSA 3VV5A 5I2NB 4F2QA 4EQ7A 1L5TA 2W7YA 4YB7A 2ONSA 2HZLA 4EQ9A 1GR2A 3PPPA 1UTBB 4F18A 3IR1A 3K6WA 4G2ZA 3W9VA 3UN6A 3K00A 4WXJA 1LB8A 3EF7A 3FXRA 2RCBA 2OCUA 5AA2D 1UTHB 1BKAA 5ITPA 1TFDA 1VR5A 3OD7A 4ZEIA 4ZZEA 1NMUA 5B7DA 2I4BA 1SI1A 3V5AA 3H6TA 1A8EA 1FTKA 4F1VA 4OYVA 4G68B 2O68A 3B6QA 3MZ1A 5I57B 1Q1KA 1TFAA 4F1UA 2DWIA 1QKAA 3KZGA 1QULA 3OO8A 1ZBMA 2QRYA 1MM6A 3SETA 4OESA 4QSDA 2H25A 2DS9A 2HFBA 4YKPA 4ESXA 2IEEA 4PETA 4R6YA 2XXTA 3TTRA 3O2AA 3QUJA 4XKPA 1N84A 2XX8A 4IO6A 1CB6A 4C1UA 4JB7A 3IO6A 4O3BA 1NNPA 3K0VA 2AL4A 2HAUA 3IB0A 1II5A 2NWJA 1NNFA 4IO5A 1A40A 1IZ1A 1O7TA 1LB9A 3FXUA 4NWDA 4P11A 3DM0A 1GVCA 3KBRA 1XC1A 1B58A 1NH8A 2F97A 2DWJA 3PMVA 2DQVA 3KOTA 3FVOA 4O3AA 3FASA 4YKIA 3RTFB 3UK4A 2R6GE 4N6PA 3TPAA 3TTMA 5KCJA 3RTWB 2V3TA 2E1SA 4F39A 2VOZA 3SEYA 5CC2A 4XIGQ 2I3WA 1B32A 3PGFA 3G3KA 2AIXA 4X9TA 3QK6A 1EZ9A 2UVHA 2HZKA 4H1XA 1B1XA 1Y1ZA 1PB9A 2PX1A 2PT1A 1NL5A 3EQ1A 4ZE9A 1IXGA 2XD3A 5AA2A 3BFTA 3TUSA 3PU5A 2OLBA 5ICTA 3Q26A 3SEVA 2Q88A 3T9UA 2P0SA 2UXAA 4G4PA 1ZMGA 3F11A 4ISUA 3KN7A 3TELA 1OLAA 3K6UA 3FV2A 4OETA 3H06B 1Y4TA 4NTLA 4TLLB 4IO3A 4JSDA 3SERA 3U94A 2O6AA 1SVXB 2REJA 1I6QA 1A55A 1MXVA 4H5GA 1URGA 3TODA 5H8SA 5F1QA 4FJPA 1H3DA 3MPKA 5CM6A 4GOTA 4DZ1A 4AB6A 2H99A 4RK2A 4FECA 1P1OA 1EZOA 2ZMBA 3VE1B 4QF9A 2O51A 2Y84A 2BJJX 3K6VA 3WAEA 1MRPA 4G68C 3TKDA 5CRYA 5I84A 2G93A 3W9WA 4ESWA 1H45A 5AA4A 2DWAA 2ANJA 1FTMA 3HHGA 3KJTA 4M4GA 1MQJA 5I59B 3C4MA 1CE2A 5JTYA 2LAOA 1MY1A 4UA8A 1B6HA 1USYH 3V83A 5FTHA 3MC2A 3OO7A 5AA3A 1D9YA 3IOTA 4IB2A 2XXXA 1VFDA 4OEVA 3PUYE 2RF1A 5DVIA 2Y7RA 5JEIA 2F7CA 2NOOA 2F7BA 5TPAA 5CMBA 4OENA 1DPPA 1DPEA 2F35A 4U23A 4JBZA 5FHNA 3ODBA 1O64A 2F5XA 3VVFA 3GLBA 3ECRA 2XXVA 1XOCA 3EHTA 4Q8RA 1SBPA 4TLMB 3GBAA 4BDRA 3N6TA 2H4IA 1Y9UA 3RQTA 4IO7A 4IY5A 4LQ2A 1RKMA 1PC3A 5I58B 2GH9A 1WODA 3TYHA 2DSFA 1MPCA 1VFEA 1BP5A 4GL8A 1DOTA 3QSLA 3G3JA 4XKRA 4PFWA 5EHSA 3MP1A 4THIA 3TEPA 2F36A 3OO6A 2F78A 3PD8A 4L17A 2ONRA 3QUFA 4BDMA 2QS3A 1YTVA 2QJEA 4FE8A 1HSLA 4OXVA 3DELB 4KI0E 3M3FA 2VP1A 3O66A 1JW5A 5FHOA 4P0IA 1B1HA 3IX1A 4BDQA 2CMOA 4BDLA 2AL5A 2UYEA 3K01A 3G3FA 3ILTB 2PYYA 5H8QA 1Y1MA 1JETA 4R73A 3E13X 3PPQA 2I0BA 3CG3A 2M8CA 2WKYA 4YKKA 1MS7A 4TOZA 2Q89A 4OERA 4PFUA 3RPWA 4F3PA 1JW4A 4KCDA 4LQ5A 1MM7A 4NF6B 5ISUA 3KN8A 3VVEA 4EF2A 1BTJA 4AQ4A 1EZPA 4POXA 4R9GA 3GZGA 3V8XB 4FEDA 4NF5A 1KWHA 3TFLA 1OQHA 1EU8A 3G3IA 4OFOA 3S9MC 1IXHA 1URDA 4YKJA 3ZS6A 4YMBA 3MZ9A 4PP0A 3Q25A 3SEUA 4GXSB 3HN0A 2R9JA 1I6AA 3KGCA 3TDJA 1ZKBA 4ELRA 1UTHA 1FQFA 2XXPA 1OLCA 3MAMA 1YPNA 3S4UA 2ZYOA 4LA9A 3THIA 1MQGA 4G68A 5BWJA 2ABHA 3FVNA 3BFUA 4GFRA 3QIMA 1B3LA 3IORA 3N5LA 3AXFA 3KG2A 2Z23A 5TU0A 3OO9A 1MPDA 4G8HA 2ALUA 2QS4A 2D3IA 5KDTB 1SW1A 4F19A 5AE4A 4KYSA 1ELJA 1MXWA 4F3GA 1BIYA 1FQCA 1FW0A 1MH4A 1B51A 4GQOA 5AA1A 3TTKA 1AMFA 1F9BA 1LBBA 3R6UA 1ANFA 5H8NB 3R7XA 2Q2AA 2XXRA 3E3KA 4DCYA 1R9QA 2V25A 3U92A 1NFTA 3FATA 5H8HB 4XKQA 2YPNA 4RA1A 4DLDA 4NF4B 2CZLA 1UQWA 3E9XA 2XXIA 4OFJA 2ZYNA 1A7LA 5A5XA 1QVSA 1DSNA 3FIRA 3USDA 5FHMA 1N04A 3LSLA 1LFHA 2I58A 1QUIA 2ESNA 3IOVA 3MVZA 5HPQA 4R2FA 1AH5A 1BLFA 3MW0A 2PVUA 4Q30B 2XXQA 4I62A 1DMBA 5DTBA 1Y20A 1Y3NA 1Y4CA 3O6IA 3I6VA 2THIA 2GHBA 1B7ZA 3U1OA 3CI8A 3IO4A 1QUJA 1D3KA 3CG1A 1HSJA 2DE3A 5CI5A 4YU0A 1SDXA 4DXCA 1ZTYA 4JWYA 1UIVA 1WDNA 1RYXA 3EPEA 3A09A 3ONMA 3H6WA 1Q35A 1OIBA 3JYRA 3MQ9A 4ELPA 1SW5A 2I49A 1VSOA 3OMBA 3O29A 1YAEA 4WEPA 4G8MA 4R9FA 4H5FA 3LR1A 4FIMA 5H8FA 4Z0IA 4KR5A 2O7IA 2UVJA 2B3BA 2D21A 4OTEA 4DE8A 2QL3A 1RYOA 4OFLA 2H98A 3TTNA 4YZZA 1AIVA 4MF3A 4P0GA 3O28A 4GD5A 4I9DA 1LFGA 3PPRA 2B65A 1H43A 4IY6A 2DWHA 3P7IA 3Q29A 4DXBA 3FD3A 1M5EA 1MG1A 4JWXA 1YCJA 1B4ZA 5I59A 4ZZAA 5L9MA 3OXNA 4PQJA 4MH5A 3WAFA 1MDP1 4BDNA 3RY3A 2DXRA 3KOSA 2A5SA 3ZSFA 1MY4A 2PBWA 3DLNA 1P1QA 2E0SA 4C1TA 2DVCA 1Y3PA 3H6VA 5DYHA 1PEBA 3N26A 2XX7A 4F29A 3T9HB 3TCHA 2H9BA 4KQPA 5KCJB 3L6GA 3BKIB 1SQYA 1URSA 4H6DA 4FAJA 4RNSA 1XVXA 3A3UA 4R72A 5IAIA 4QRZA 4ONYA 1LAFE 3MWBA 2I0CA 3O6GA 3G3HA 3K1MA 5AA2B 3HHFA 3ILUB 2GFEA 2O69A 4KYDA 4ND9A 1SI0A 3FJ7A 4H0WA 3MUQA 1P99A 4X1DA 3MPLA 1S50A 1N7WA 3KSJA 1JNFA 4HCWA 3UP9A 3K1NA 1M5BA 1MXYA 3O97A 2ZYKA 5K2YA 3T9XB 5I58A 3T22A 2Y7PA 4NMYA 1FTLA 4RPNA 4R2BA 2X7QA 3LSXA 4LZ7A 5K2XA 3QXMA 3DP4A 4E0XA 2UVIA 3TQLA 1I6BA 1AOVA 2Z8DA 4GLIA 3VFJA 4N13A 2F7AA 3IK6B 3PPNA 4LVQA 1N0TA 1LAXA 3B6WA 2Y7WA 4EUOA 4GF8A 2DVZA 1QUKA 1JW1A 1FTJA 1JQFA 1ZJLA 4X48A 2VD3A 5EYFA 4OVJA 5AA4B 1B05A 3MVWA 1PB8A 4R74A 3SESA 1US4A 1N3XA 1USYE 4QSCA 1ZLQA 2O7UA 3RNNA 4JDFA 3PV0E 4EXKA 4IGTA 3EHUA 5HM4B 1MY0A 2DE2A 4BDOA 1WVJA 2DP8A 2XD2A 2FNCA 1H76A 4NF6A 1TT1A 1MPBA 3L6HA 5BUUA 2VD2A 2PMSA 1IXIA 4U21A 3H6UA 3FJGA 5F7VA 3H03A 2REGA 2XX9A 2Y7KA 1NNKA 3C34A 1R9LA 4LP2B 4F31B 4RJZA 5TPAB 3QYTA 4OEUA 4DCXA 2P2AA 2Q2CA 5DVJA 4RK9A 5CBSA 3M3LA 5TP9B 1LFIA 1Y3QA 3K2DA 1IQ7A 2OBGA 4U2RA 2HQ0A 3DP8A 4H67A 1PBPA 2Z8EA 4IGRA 4U4XA 1Z7ME 2QPQA 1D4NA 1B7UA 3T93B 5I2NA 3C35A 4ZE8A 4DIGA 4HS7A 3FXQA 2NXOA 4KD5A 4QFNA 4ZEBA 4MLVA 3S9NC 3CIJA 3O6HA 1UTBA 3PUVE 3RUMA 1JEUA 4F1YA 1P1NA 3OELA 3IAZA 1B5IA 1ATGA 2GRVA 5HBCA 4R6KA 1LAHE 1UIUA 4ELOA 3O9PA 4GL0A 4PFYA 2I48A 5H8HA 1LBCA 2I6EA 4KYEA 1T0KA 4NF4A 4OMBA 5I2KB 5L8DA 3SEWA 1J1NA 1B0LA 5I57A 3TAJA 2RKMA 3VLVA 3IJOB 1OVBA 5CMCA 1B3EA 1A54A 4Q5TA 1QJMA 3PPOA 4YAHX 3S2VA 4YICA 2I4CA 4NF8B 5I56B 2R71A 2H5YA 4XXUA 4JWOA 1DTZA 2F8DA 4QFLA 1MXZA 3H4ZA 3LSWA 3VLWA 4DDDA 4F3BA 4F3SA 3TCGA 4ZEKA 1P1UA 2YJPA 3GBBA 1H44A 4U22A 1I69A 1A8FA 2F6GA 4NF5B 2RC9A 3MVYA 4LONB 2A5TB 3I5OA 3LUYA 4GWOA 4KHZE 2I3VA 3HO7A 3HV1A 5ELVA 1IEJA 4BLAA 2ZNTA 1QW0A 2QSXA 4I1DA 1POTA 2Z22A 2XXUA 4HTGA 1M5CA 1XHYA 4YMAA 3SDFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P1WA 1B40A 3K1PA 5DEXB 1KZ8A 4GWXA 1POY1 1FBHA 1MQDA 4K3FA 2KR0A 4POWA 1SD3A 3PUWE 2ONKE 4LUBA 1IMEA 5LDZA 3B7DA 3IOWA 5F24A 3LBSA 1B2HA 2HXWA 4LZ8A 1IUDA 1D9QA 2X7PA 4QHQA 1IITA 2RINA 2Q9TA 4OVPA 4LZ5A 1B0HA 3Q27A 1SYHA 3D4GA 3RGYA 1MH3A 1OMPA 1SW2A 1PBQA 3UIFA 4I3YA 1GV8A 2DXYA 1B5JA 1DBZA 1NKXA 2O1MA 1B3GA 4UACA 4EQBA 2P3NA 4U4SA 4I8CA 2QMWA 2DDKA 3LSFB 1NH7A 4EF1A 1YYZA 3B6TA 4HW8A 3FUZA 3VVDA 3HSTA 4NE4A 4MFIA 3H7MA 1FQAA 3K4UA 2QS2A 4MLQA 1S9TA 1LBVA 3MP8A 2OWTA 3QMFA 4DXUA 4PE5B 1FQEA 5A5XB 4R75A 5FTIA 2WX9A 1ZIUA 4NEDA 3KFMA 3KN3A 1MY2A 2F6PA 1QKBA 3U72A 3IFCA 4ZECA 1DK4A 5I7IA 3N94A 1B3FA 1Z7NE 1MY3A 1IIWA 2FYIA 2ZZWA 3FJMA 4U1ZA 4ZEFA 4H8JA 3T9VA 4U1OA 3B50A 5IKBA 3HCQA 1JVXA 1N7XA 4N4UA 3CRBA 3UA8A 2Q74A 3M8UA 3MBPA 2HAVA 4PFTA 1DTGA 2VT5A 5EQAA 2P1SA 4P56A 1MQIA 3RLFE 1FTOA 2RC8A 3SEXA 1SYIA 3RN8A 2GHAA 5DT6A 3MP6A 5J1DA 2QMXA 4QFPA 1NUWA 3PMWA 3T66A 2G29A 1G0HA 2HXRA 4C0RA 4RYAA 1FCKA 4M1VA 4Z7EA 1B52A 2UYFA 1B3HA 4GWYA 5B70A 5JK4A 2B4LA 2BJIA 3I3VA 3OSQA 3OEKA 1MDQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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