3HV1A

Crystal structure of a polar amino acid abc uptake transporter substrate binding protein from streptococcus thermophilus
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
264
structure length
264
Chain Sequence
RSHFATQKDQWQTYTKEKKIKIGFDATFVPMGYEEKDGSYIGFDIDLANAVFKLYGIDVEWQAIDWDMKETELKNGTIDLIWNGYSVTDERKQSADFTEPYMVNEQVLVTKKSSGIDSVAGMAGKTLGAQAGSSGYDAFNASPKILKDVVANQKVVQYSTFTQALIDLNSGRIDGLLIDRVYANYYLEKSGVLDQYNVMPAGYEGESFAVGARKVDKTLIKKINQGFETLYKNGEFQKISNKWFGEDVATDQVKGKREGHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of a polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein from Streptococcus thermophilus
rcsb
molecule keywords Polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding pr
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus thermophilus lmg 18311
total genus 90
structure length 264
sequence length 264
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hv1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hv1A02
3SERA 4FE8A 4THIA 4QFNA 4GRKA 1NMUA 5AA4B 1MXZA 3FVGA 3OEKA 1PC3A 3KG2A 5TP9B 3RN8A 2DXRA 4Q5TA 5B7DA 1MXXA 2AIXA 3M3LA 1UTHA 1TFDA 5AA3A 3QAXA 4G68C 2OZZA 4ISUA 3UP9A 2FYIA 2NWJA 4KD5A 3C9HA 4RPOA 3OO7A 1JW1A 3AXFA 3TEPA 2UVJA 4LUBA 4ELOA 4FECA 4BDQA 3KN8A 1PEBA 3K4UA 4F3BA 3PV0E 3BFUA 3W9VA 1B7HA 1FTLA 4XKRA 1BIYA 4P11A 3IOVA 4TLLB 1LFHA 4R2FA 4I8CA 2XXWA 1SD3A 4F19A 4LONB 4NF4B 3HPIA 3IK6B 1B58A 2OWSA 3PUWE 4XIGQ 1B51A 1MDQA 3S9MC 5TPAA 2V93A 3G3HA 4F1UA 3M8UA 3M3FA 3KSXA 2R6GE 2H4IA 1MQIA 4QSDA 2GHAA 4DCXA 2V84A 4QRZA 1XHYA 5KZTA 3DP4A 1R1NA 1NH7A 4GD5A 2DVZA 5I2KA 1VE4A 2HZLA 4GL8A 3MZBA 4KYSA 3V8XB 2QMXA 2HAUA 2A5TB 3USDA 3LC8A 1OQGA 2RC8A 5K2YA 4R2BA 4NWCA 3D4CA 1ZU0A 3VVFA 4UA8A 5CI5A 1B9JA 3K6VA 4ELPA 3PPPA 2Z8FA 4OERA 4YB6A 1MY2A 5AA2A 3A09A 5L9OA 3TQLA 2OLBA 1M5EA 3VV5A 4KI0E 4RPNA 1BP5A 1TFAA 4KPTA 1IIWA 3V5AA 2VOZA 1QULA 3FASA 3TFLA 4MFIA 4R6KA 1UIUA 4R6YA 3LSWA 3O66A 5FTIA 2RC7A 3TODA 2VHAA 1MY3A 3FJMA 4QFLA 1H76A 4OTEA 5CMKA 5JK4A 3IAZA 3CFLA 5CMMA 2XXXA 4ZE8A 1ZJLA 5F1QA 2DQVA 5H8HB 1Y3PA 3O6GA 4H5GA 4OYVA 3VE1B 1IUDA 2XHDA 3KN7A 1POY1 1B7UA 4R9FA 2YLNA 3HO7A 5ISUA 3U93A 4U21A 3W15C 2H5YA 4XTCQ 3IB1A 3FXUA 1P1NA 4KCDA 2ALUA 2YPNA 1UTBB 5ICTA 5ICQA 4O3CA 4FORA 2I6EA 1RYXA 3C36A 2AYSA 1URGA 5CBSA 3B6QA 4YKPA 1URDA 1DMBA 3RUMA 2G93A 4YB7A 1B1HA 3QK6A 1ANFA 3FD3A 2GFEA 2Q9TA 1IXHA 2BJJX 5DT6A 2B3FA 1NNFA 3CI8A 3TUSA 3IB2A 1MH4A 3TTMA 2M8CA 4X1DA 3I6VA 5M2VA 3FATA 4NMYA 5EHMA 3CVGA 4QF9A 1B0LA 2HQ0A 2REJA 1GTKA 2V3QA 4Z0IA 1B5IA 3HSTA 2AL4A 1H44A 5AE4A 2HAVA 2QRYA 3OD7A 4R72A 4ESWA 4FEDA 1MG1A 4R73A 4NF6B 3H6UA 4LA9A 1PB9A 4RYAA 1M5CA 5ITOA 1IXGA 2GHBA 3MZ1A 4K3FA 4IO2A 3EPEA 3OO8A 3R7XA 2V3TA 4H8IA 3O6IA 3KN3A 4LATA 1POTA 5F7VA 1WDNA 3SDFA 3LR1A 2OWTA 3N5LA 2XXHA 1B52A 1LCFA 1ELJA 1QUJA 2I3VA 4G8HA 1N84A 3O6HA 1MY0A 4U22A 2D5WA 4MBPA 3WAFA 4JB7A 2HXWA 3K1NA 4RK2A 1XVXA 3C33A 2H98A 1ZBMA 4XKPA 2Q8JA 4JSOA 4EQBA 1OMPA 3MJNA 1P1UA 1N0TA 2PX1A 1Y9UA 4C1UA 4OFLA 3IORA 2V25A 2I4CA 1UIVA 1MQJA 5JEIA 4YB5A 1MXYA 2Y7WA 5K2XA 1M5BA 1D3KA 2F7BA 3N26A 4XKNA 1OVBA 1M5DA 2E1SA 1I6BA 1LBBA 3A3UA 4YKIA 5CBRA 3SEWA 1Q35A 4XXUA 2DWIA 4F39A 3TTKA 1A99A 2Z8DA 3WAEA 3DELB 3O9PA 5EHSA 1N76A 4EF2A 3MBPA 2PMSA 2F36A 1JVXA 4LQ5A 3PU5A 1URSA 4BDRA 4NF8B 1OVTA 3FUZA 1OLCA 2HZKA 3K1PA 3HCQA 1A8FA 2ONSA 3MVWA 3RGYA 1EH3A 1DTGA 3FV2A 5I58A 3IR1A 4EQ7A 4G2ZA 5I59A 1LAGE 4BDLA 1P1WA 1FQAA 3S9EA 4O3BA 3R6UA 1Y20A 5EYFA 3HN0A 4PP0A 1MDP1 5I2NB 3VLWA 5FHOA 2GH9A 3IOUA 3H6TA 2PT2A 3KFMA 4GL0A 3DLNA 3N94A 4IO3A 3OEMA 1F9BA 4JDFA 4HCWA 1B0HA 1USYH 4YAHX 3Q29A 1N7WA 3UIFA 2XX9A 1RKMA 4F29A 3IOTA 4F18A 2HFBA 5HPQA 4HTGA 1KWHA 1SDXA 1I6AA 1II5A 5CM6A 5DVJA 1AIVA 3TELA 3B7DA 3SEXA 1H3DA 5H8FA 4QSEA 3FVOA 1EZ9A 3THIA 1EU8A 1FQDA 1SI0A 3MPLA 3E9XA 2FA7A 1FQBA 4DCYA 4EXLA 4BDOA 2DYXA 1I69A 2I49A 1TT1A 3H06B 3LBSA 5DEXB 1ZLQA 1AOVA 5A5XB 1O64A 4XKQA 3C35A 2ZNTA 3HHFA 1O63A 4YZZA 4R74A 5I57B 2XX7A 5AA4A 3K0VA 1JW5A 4OZ9A 2O7UA 3G3FA 2XX8A 1A8EA 3RTWB 5DVFA 5TP9A 4F3SA 1D4NA 3S4UA 4H0WA 2QS3A 4YKJA 4MLVA 3E4RA 1SYIA 4UACA 1GGGA 2RCBA 5CRYA 2O84X 3QYTA 3K6UA 2O1MA 4GWOA 2RINA 2DE3A 2ABHA 3VVEA 1SW2A 4HW8A 1Y4TA 4ZS9A 3SEYA 3HV1A 2P2AA 3G3GA 4NF4A 1N3WA 3DP8A 4H1XA 3RT8A 1B5HA 2ESNA 1OLAA 2X7PA 2F6PA 2B3BA 4AB5A 1PBPA 4Q8RA 3G3JA 2F78A 1MXWA 3T96B 3MQ9A 1XOCA 2XXIA 3FV1A 2ZYOA 5L9MA 1FQEA 2E0SA 1B3GA 3KOTA 3GBAA 2NVUB 2ZMBA 4OVJA 4ZEKA 1EZPA 2OBGA 3MVYA 3PPOA 5IKBA 2VGQA 5L9SA 3LSLA 1QJMA 1B5JA 1B6HA 1YPNA 1A7LA 2A5TA 2ONKE 2QJEA 4PETA 3FXRA 4RK9A 2O69A 4NF5B 1H43A 4OESA 4OHNA 3BKIB 3JV9A 3JYRA 4OENA 3LSFB 1BLFA 1R6ZA 2P1SA 3CFZA 4ONYA 3H6VA 3O2AA 1T0KA 3R26A 4IGRA 1JVYA 3OMBA 1JEUA 2F35A 4RY1A 4KCCA 3FJ7A 1PBQA 1US5A 2ZYKA 4NEDA 2Y7IA 1IXCA 2DP8A 1HSLA 4MH5A 3RT6B 3OXNA 1HSJA 4F2QA 3H03A 3OOAA 5DYHA 5AA2D 4EDPA 4YMAA 1MQDA 1BKAA 1MPBA 2DXYA 1VFEA 1S7YA 4M1VA 2AL5A 1R9LA 4OMBA 1QW0A 5HBCA 3K2DA 1ZKBA 5KCJB 4KFQA 3MZ9A 1LAXA 3TPAA 5CMBA 4IO4A 3VDFA 4WKMA 2NUVA 4G68B 1ATGA 4ZE9A 5H8HA 4GQOA 1MY1A 2UVGA 4F3GA 5DVIA 4U1OA 4POXA 3KZGA 3GLBA 2RKMA 4PQJA 4Q30B 3PD8A 3T93B 3FZVA 4G8NA 5TU0A 3EF7A 1R9QA 1S50A 4ND9A 5H8QB 2PVUA 3SETA 1UTBA 2OCUA 3RPWA 1BTJA 3S9NC 1AH5A 3EHSA 1A40A 1Y3QA 4H5FA 3Q25A 4JWYA 1JNFA 1XS5A 3SKPA 4X9TA 1J1NA 3DP6A 4U2RA 4IO5A 1Z7NE 2Q89A 4LP2B 4LZ7A 3PMXA 4PFTA 1B32A 4G68A 4F2OA 1AMFA 1WODA 3ONMA 2O68A 3GXAA 3CG3A 4GXAA 4TQUQ 1FQFA 1LFIA 1N04A 2F5XA 4GXSB 1MH3A 3IB0A 5JTYB 1MRPA 4KHZE 5H8NB 4GFRA 1IZ1A 1XT8A 1Y1MA 1VR5A 3Q27A 1P1OA 2R9JA 4OEVA 1ZTYA 4X1BA 2WKYA 3RLFE 4YU0A 4H65A 3KBRA 4G4PA 2I58A 3S2VA 3QUJA 5I84A 4QFOA 4NF6A 3LSXA 3OELA 3MW0A 4NTLA 3TTLA 5BWJA 3OENA 3C34A 1I6QA 4KYEA 3PD9A 1SVXB 2UVHA 1Y1ZA 3U94A 3PGFA 4JSDA 1MXUA 2Q2AA 3MUQA 4GVOA 2DWJA 3TZAA 1NL5A 1N3XA 3TYHA 4OEUA 1FQCA 5CC2A 2QS4A 1A55A 2F97A 4OWDA 2Q2CA 1N7XA 4YKKA 5KDTB 1JETA 4F1VA 1CE2A 3MC2A 3OSRA 2R71A 2Y7RA 3ILUB 1DPEA 4F1YA 3T66A 2XXRA 3TQWA 4EXKA 3A3CA 1LCTA 5LOMA 4U23A 3RQTA 4ECFA 1B7ZA 2Z8EA 3PUVE 4R75A 2RF1A 1M5FA 4GOTA 4RNSA 3SEVA 1DPPA 3UORA 3H4ZA 4U4XA 4H6DA 3IL1B 1NKXA 4I1DA 4IO7A 4AQ4A 1US4A 2H9BA 3I5OA 3VLUA 2O1LA 4M4GA 4P0IA 3C32A 4TOZA 1LB8A 5L8DA 3Q28A 4LVQA 1GR2A 2DOJA 3VVDA 1SBPA 2CZLA 4DE8A 3N6UA 4ZZAA 1A54A 1O7TA 1B46A 3PPRA 3RTFB 3TCHA 4TLMB 3LUYA 3ECRA 3T9HB 4PE5B 4F31B 1MQGA 3UGWA 4POWA 3I3VA 2XD2A 4H8JA 4OETA 3IJXB 5I56B 2OK2A 1YTVA 3O97A 3TKDA 3O28A 4NF8A 4OQOA 3ODBA 4PFYA 4EQ9A 5TPAB 4C0RA 4DXBA 3CIJA 4QFPA 5FHMA 4GF8A 2Q88A 4Q0CA 4OFJA 3H7MA 1LB9A 2REGA 4O3AA 2H99A 2I3WA 3VXBA 1D9VA 4E0WA 5I2KB 2CMOA 3EQ1A 3BFTA 1B40A 3VLVA 4ZEFA 3KEIA 5H8SA 1FTOA 3M3KA 5I2NA 2PBWA 3VXCA 3K01A 3CFXA 3CSBA 4N13A 2XD3A 4IO6A 3H3GA 2O7IA 1EZOA 4GLIA 2D21A 3O29A 4IGTA 3K1MA 3TTNA 3SESA 4F22A 1UQWA 2B65A 3PUYE 1L5TA 5I56A 1LSTA 3FIRA 2DVCA 1NNPA 2PT1A 1SW5A 5AA2B 2Y7PA 4JWXA 3H6WA 3K6XA 3TCFA 1MPDA 3PUXE 1PB7A 4R6HA 2IEEA 2QL3A 4DXUA 3U92A 2XXPA 3HHGA 2F7CA 1SW4A 5DEXA 4ELRA 5A5XA 1GVCA 1NNTA 4FEBA 2Z22A 5ELVA 1Y3NA 3N6TA 3B6TA 4IB2A 1TWYA 1B2HA 1MM7A 5I57A 2I0CA 1MPCA 3K00A 1USYE 4RJZA 2NOOA 4ZEBA 3VFJA 4OFOA 3FVKA 4L17A 3GBBA 4HCYA 2QPQA 3T9VA 1SQYA 2P0SA 3JZJA 3KJ7A 3EHUA 4C1TA 1JEVA 4DIGA 4N07A 1B1XA 3SEUA 2I48A 4HS7A 4R9GA 3TMGA 1D9YA 3MAMA 1SYHA 2LAOA 1MXVA 4ZEIA 4NWDA 3PPNA 1NFTA 2VD3A 4DZ1A 3UA8A 3EN3A 3U8QA 5J1DA 1QUKA 3CSGA 4PFWA 2FNCA 2HCAA 1DTZA 2ZNSA 4OXVA 3K6WA 3D4GA 4GIZA 2YJPA 2ZYMA 3E13X 1FCKA 3MPKA 3V89B 1SW1A 1SI1A 2RCAA 2G29A 3MP1A 1OQHA 3C4MA 4FATA 2DSFA 4ESXA 1Q1KA 2UYEA 2A5SA 4IY5A 1AL3A 4KQPA 2QS2A 4LZ5A 2DWAA 4WEDA 2ZXTA 4U1ZA 4G77A 3MP8A 2Y7KA 3T9XB 3T22A 1B05A 3L6GA 4NF5A 1Y4CA 1B3EA 1GV8A 2OJTA 4EF1A 4QSCA 3TTRA 3PMWA 3FXQA 4U4SA 1H45A 2RC9A 2XXUA 3FGSA 1DSNA 4FAJA 4H67A 3V83A 3IOWA 2DE2A 2GRVA 3TCGA 3G7WA 1VFDA 4FIMA 1PDAA 1OIBA 3BBRA 4JBZA 3IO6A 1QUIA 1PB8A 2NXOA 1S9TA 4MLQA 3G3KA 3IJOB 1B4ZA 3TDJA 2ONRA 4LQ2A 4I9DA 2O6AA 5DTBA 3QUFA 4BLAA 1QKAA 5KCJA 3CRBA 3ZKKA 3KGCA 4YICA 1IQ7A 1P1QA 3TAJA 4DDDA 5ITPA 2Y84A 2XXTA 1YCJA 3K02A 4QFKA 2V3UA 4PFUA 2UXAA 1FTKA 1ZMGA 4I62A 2PYYA 2VD2A 4ELQA 5FTHA 3CR9A 2D3IA 2XXYA 3G3IA 4Z7EA 3PPQA 3C31A 3ZKLA 1JW4A 2F8DA 1FTJA 4FJPA 2HEUA 1HSEA 3S9LC 1B3HA 4NE4A 5H8QA 3E3KA 1NH8A 3PUZE 1LLSA 4ZZEA 1B4HA 4RXLA 4JXIA 3MVZA 3F11A 4BDNA 3CG1A 1IITA 1IEJA 2KLFA 2X7QA 1FTMA 4YMBA 3EHTA 4E0XA 4ZDMA 1YAEA 2QMWA 3IO4A 4KR5A 1MQHA 1MS7A 3KSJA 2ZNUA 3RY3A 2X26A 2DE4A 1XC1A 1NNKA 2H25A 3OSQA 2O51A 3ZS6A 4QHQA 5BUUA 1WVJA 1LFGA 3Q26A 4IY6A 5JTYA 5H8NA 5I58B 2ZYNA 3OO9A 4G8MA 2DS9A 1LAFE 3QXMA 3UK4A 5I59B 2UYFA 2Z23A 5CMCA 3U72A 1VSOA 3IX1A 4JWOA 3KJTA 5B70A 3ZSFA 3MWBA 2F7AA 3QIMA 3UN6A 3ILTB 5AA1A 3PMVA 1B3FA 3QSLA 4ZEDA 1XVYA 4KYDA 1QKBA 1QVSA 3MVXA 1ZIUA 4LZ8A 4RA1A 4DXCA 3B6WA 2THIA 2XXVA 1DOTA 2DWHA 1RYOA 4BDMA 2QS1A 2UVIA 2QSXA 4N6PA 2I4BA 2VP1A 1MY4A 3T9UA 4ZECA 1LAHE 4WEPA 1MM6A 3FJGA 1UTHB 2F6GA 1P99A 2ANJA 1LGBC 4P0GA 5FHNA 1CB6A 1LBCA 5H8FB 3KOSA 3OO6A 3GZGA 2I0BA 3FVNA 1IXIA 2XXQA 3U1OA 4EUOA 4DLDA 1FW0A 1JQFA 3MP6A 5HM4B 3W9WA 3L6HA 1B3LA 1TXFA 3P7IA 4F3PA 5KDTA 2W7YA 4MF3A 5IAIA 3DM0A 4WXJA 2F34A 4AB6A 4X48A 2IA4A 3RNNA 1Z7ME
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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