3I3VA

Crystal structure of probable secreted solute-binding lipoprotein from streptomyces coelicolor
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
391
structure length
391
Chain Sequence
PDTLVVHTQLGTTAPGSPTYLAAVDRFREENPGVKIKNLVNGDDLAQVYETSRLARKEADVVMVNLYDKTLAWTDVGATVDVKPYLDDWGLRGRVLPAALADWTDDEGRVRAFPYFATNWPVAYNRALLDRAGVDAIPTTGDQLIAAARKLRAKGIAPVTVGGNDWTGQKLLAQIIQTFLSQDEARHVYSTGDFGVRGARLGIEYFAHLRDAGVFADKAQGLTSDSMTTQFNTEEAAVQSAMSSALAKVPEKVAGHTEVGGWPLADGAAHDGPTVIRAYTLIGFWISPNGVRKIEQVEKFLRFMYRPDVVARFVTESGRDMALRTDAVSTGFPLVGAAQRLGSEVSQVLLPDVYVPPAAAQPLITATSTSFTRGTSPARVRAALESAYRSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of probable secreted solute-binding lipoprotein from Streptomyces coelicolor
rcsb
molecule keywords Probable secreted solute-binding lipoprotein
molecule tags Transport protein
source organism Streptomyces coelicolor
total genus 140
structure length 391
sequence length 391
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i3vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i3vA02
1GTKA 1SW2A 3LBSA 2DS9A 4TLMB 1MQIA 3C32A 5H8FA 2VGQA 5CMCA 3O6IA 3TKDA 4TLLB 1S9TA 5EHSA 3TZAA 2GRVA 4IY6A 3SEWA 3PPRA 1GGGA 5FHMA 1IXGA 5KCJB 1Z7ME 1VR5A 2F6GA 1B2HA 1TXFA 1XS5A 1MY1A 1P1NA 3OENA 1NH7A 3SEVA 3PGFA 5H8QB 5TPAB 4PETA 4POXA 1M5DA 3G3FA 4EUOA 3K6VA 3FVNA 1MDQA 3U72A 3FXUA 1AMFA 2D5WA 2O7UA 1B0HA 1ZIUA 3Q27A 1MQJA 4QSDA 4F3PA 1B5HA 2XXPA 1UQWA 3FXQA 3IJXB 4RY1A 2I3VA 4I1DA 1XVXA 3IB1A 4OENA 4GIZA 3VXBA 3CFZA 3CRBA 5CBRA 5CM6A 4R2FA 3MP6A 2PT2A 2PVUA 4H67A 3T9HB 1ZJLA 3ZKKA 1USYE 1OLCA 1SI0A 3Q25A 4DCXA 3FVKA 1ZBMA 1QVSA 3IOWA 3MP1A 3K1PA 5EYFA 3KOTA 1USYH 1N04A 4OXVA 3T9XB 1EU8A 2QS3A 3H3GA 5H8NA 5I2KA 3KN3A 1MM7A 4YKKA 1Y3NA 3TTMA 4C1UA 2ZYKA 1LAGE 3N94A 2RINA 3HHFA 3OELA 2DWIA 3R7XA 5DT6A 5CBSA 3WAFA 4OFLA 2DXRA 5JEIA 2H99A 3HPIA 1OVBA 3QXMA 1TT1A 3SERA 3VLVA 1P1UA 4YB7A 4GF8A 4IO3A 4WEPA 4GFRA 2NUVA 4KR5A 2I58A 2O84X 3MC2A 4ZEKA 4JWYA 1IXHA 4NEDA 3K6UA 3FIRA 2HEUA 3KEIA 1NL5A 3OD7A 1ELJA 1UIUA 2D3IA 4LVQA 1ZMGA 3A3CA 1SYIA 3K1MA 3IO6A 4G2ZA 4Z7EA 3OMBA 4U1OA 4LZ5A 3A09A 5H8HB 3IOVA 3OOAA 2REGA 4WKMA 4MBPA 2VHAA 4IO5A 4F1VA 3N6UA 1SQYA 4TOZA 1LB9A 3U94A 1CE2A 4P0GA 3FXRA 2RC9A 1F9BA 1IXIA 1BTJA 3MUQA 5CMBA 2XXTA 1B0LA 3O97A 1IEJA 3VLUA 1ZKBA 2HXWA 1XC1A 2HCAA 4XXUA 5KZTA 3KJ7A 3T9VA 4MH5A 3M3KA 3EF7A 1D9VA 3K00A 1N7XA 5F1QA 5J1DA 4H6DA 3N6TA 5I59B 3KZGA 1Y3QA 2UVGA 3DM0A 3OSRA 1B3HA 4PE5B 3QSLA 4G8HA 4FORA 4QFLA 3C33A 3UORA 4U1ZA 1B40A 2Y7IA 3ZSFA 4YKPA 1LAXA 3FASA 2DSFA 4QFKA 4YB6A 5I56A 4BDOA 4L17A 5CMKA 1JQFA 3IR1A 4OVJA 5A5XA 2AL4A 1XT8A 3MBPA 2FNCA 4BDNA 3LSWA 4G8NA 3CIJA 1PB9A 4R6YA 2Y84A 3IO4A 2ONKE 3DP4A 2X7QA 3F11A 1PDAA 1AOVA 4N07A 3E4RA 3DP6A 1H45A 4UA8A 3SDFA 1SI1A 1FQBA 4K3FA 3OEMA 4RJZA 3FUZA 1EH3A 1B6HA 1MDP1 3TFLA 2ZNSA 3TELA 3FGSA 4LZ8A 4G68C 2OWTA 2D21A 4DXCA 3DP8A 5H8NB 1Y20A 4PQJA 4NF6A 2ZYNA 4R73A 3V5AA 2THIA 3ODBA 1VFDA 1Z7NE 1S7YA 4ELRA 1UIVA 2ZNUA 5AA4A 2F36A 2NXOA 2ONSA 4ZZAA 3HO7A 4I62A 2NWJA 1SDXA 1MY3A 4OFJA 1D3KA 4Z0IA 2O1LA 1P99A 2Q2CA 3IOUA 4LA9A 3W15C 4G68A 5L8DA 4OEUA 3K6WA 2E1SA 3VDFA 1DSNA 3E13X 2DWAA 2QSXA 2B65A 3MZBA 2OZZA 1MQGA 3SEUA 4RPOA 3LSLA 3HN0A 3HV1A 2V3TA 1PEBA 1QULA 1FW0A 1OQGA 4OYVA 1B7UA 4JWXA 3ONMA 3ECRA 1RKMA 4HTGA 1LAHE 4ESXA 4BLAA 3PV0E 4LONB 1DTZA 4NF5A 2P0SA 3KOSA 4ZECA 3PU5A 2OJTA 4DXUA 1LLSA 4ZEIA 4YZZA 1O64A 2DOJA 1MY2A 1OQHA 2YJPA 3MZ9A 2Y7KA 5ITPA 2ZXTA 2I49A 5TP9A 3C36A 1QUJA 5I84A 3K1NA 5I56B 3T66A 5DVFA 3EHSA 4QSEA 1FTLA 5A5XB 1H44A 2O51A 4QSCA 5L9OA 1DPPA 3SEYA 1UTHA 3H6UA 1VFEA 3SETA 4P0IA 3W9VA 3S9MC 1S50A 4GWOA 3PUYE 3KFMA 1D9YA 1J1NA 1ZTYA 2UVIA 2XXXA 3GBBA 3K01A 1SD3A 4X1BA 5F7VA 2XXIA 1B58A 4X48A 3JYRA 3FZVA 4BDMA 4NF6B 1LB8A 4GLIA 5I2NA 3KN7A 1B1XA 1IZ1A 1PBQA 2M8CA 4LQ2A 1Y4CA 4AB5A 3JV9A 4THIA 4OWDA 4GXAA 2DYXA 5AA4B 4F2QA 5L9MA 1A54A 4OMBA 1URDA 4HCWA 4U23A 2F6PA 2ANJA 2F35A 4LATA 4NF4B 3KSXA 2ZYMA 4ZDMA 2XXWA 4EQBA 2RF1A 4FATA 5ELVA 3T22A 4G68B 4OQOA 4YU0A 3LC8A 4YMAA 3G3HA 2PYYA 4ND9A 1M5EA 1H43A 3K02A 3Q29A 4F39A 5IAIA 4JSOA 1UTBA 1MQDA 4XKNA 3KN8A 3M3LA 2Q9TA 3OO9A 3LSFB 3T9UA 4KYSA 4R72A 4HW8A 3T96B 1O63A 2O7IA 1JEUA 1OIBA 3O28A 4F19A 3LSXA 3TEPA 3S9NC 4ISUA 3CG3A 3OO8A 4ELPA 2OWSA 3PUVE 2FYIA 3TCHA 3E9XA 3U1OA 1EZ9A 4NF5B 3GXAA 3UGWA 1EZPA 2UVJA 3CFLA 1H76A 2F7AA 5DEXA 2OBGA 4JB7A 4KYDA 1VSOA 1SW5A 4PFWA 4DE8A 1BLFA 2VD3A 5L9SA 5TP9B 3V8XB 1SBPA 1MXUA 2DQVA 1R6ZA 2CMOA 5CC2A 5HM4B 2H25A 4DDDA 3QIMA 5CI5A 3MAMA 4ESWA 3CSBA 2GFEA 1B3LA 4FIMA 3B6QA 2QPQA 1NH8A 4LP2B 4IGTA 1NFTA 4XTCQ 4NF8A 1WDNA 2UXAA 4BDLA 3PUXE 2LAOA 5DVIA 3TQLA 3C34A 2OCUA 1BKAA 1CB6A 4ONYA 1US4A 3K6XA 3PPOA 1N76A 2DWHA 3PPPA 4KYEA 2F7CA 2XX9A 3IB0A 2BJJX 5I2NB 2NVUB 4G8MA 1IIWA 1P1QA 3S4UA 5H8FB 3BBRA 4U21A 3RN8A 3VVDA 3MQ9A 4H1XA 4JWOA 3THIA 3FVOA 3ILTB 2RCBA 3PMWA 5ICTA 2DE2A 3KBRA 1QKBA 4Q0CA 4DIGA 4ZEFA 3TAJA 3RLFE 2I4CA 5K2YA 4HCYA 4TQUQ 2O1MA 1WVJA 4ELQA 3C35A 4ZE9A 1P1WA 3L6HA 1JEVA 1A8FA 3TTKA 1MH3A 2FA7A 4O3BA 4DXBA 2V84A 2Z23A 3MVXA 3CI8A 1POTA 1UTBB 3FV1A 1TWYA 3ZKLA 2F7BA 3KJTA 4UACA 1R9LA 1MPCA 4RNSA 4DZ1A 5FTIA 2DVCA 2PT1A 4U4SA 1SW1A 2I0BA 4R9FA 1GR2A 1FTMA 1OLAA 4XIGQ 2B3BA 1SW4A 1URGA 4QFPA 1MXVA 5CMMA 3KSJA 3MPLA 4GRKA 1JVYA 1YPNA 5ICQA 2V3QA 5B70A 2F34A 1NKXA 4QFOA 4IB2A 4BDQA 5I2KB 5TU0A 1QUIA 4KFQA 4U22A 3S2VA 4IO4A 3UK4A 4GQOA 3IB2A 5JTYA 1MXWA 3VFJA 3BKIB 1MH4A 2XXQA 5H8SA 4KQPA 1N3WA 4IGRA 1P1OA 4ECFA 2B3FA 3RY3A 2I4BA 2R9JA 1IXCA 4Q5TA 3L6GA 1B4HA 1B3FA 3O66A 3FJ7A 4NF8B 2UYEA 4XKRA 1ZLQA 3Q26A 4I8CA 5H8QA 3LUYA 5TPAA 1LGBC 4ELOA 1MY0A 3TTLA 1RYXA 5AA2A 1B3GA 4E0XA 3RTWB 3G3KA 3TTRA 4RA1A 1FQEA 3ZS6A 1H3DA 3IOTA 1XVYA 1YCJA 2IA4A 4M4GA 1FCKA 5BWJA 2YPNA 4OETA 1B1HA 2H9BA 1JW4A 4RXLA 4WXJA 1SVXB 4RPNA 4IO2A 4I9DA 2Z8DA 1Y9UA 1VE4A 4FEBA 1PB7A 2Z8FA 2QRYA 1FQFA 2H5YA 4FE8A 4YICA 1JW1A 1ATGA 2RCAA 2HAUA 4JBZA 3FVGA 3E3KA 1PC3A 3M8UA 2G93A 3EQ1A 5K2XA 1QW0A 4KCCA 4ZE8A 1HSJA 2A5TA 1B05A 4R75A 4R9GA 1B46A 4E0WA 1FQDA 3IAZA 3HCQA 3ILUB 1PBPA 2XX8A 4OZ9A 1MG1A 4MFIA 3H06B 2OLBA 1GVCA 4F3SA 4MLVA 3DELB 4ZEDA 4R6HA 3UN6A 1YTVA 5KDTA 2V25A 1LBBA 2R71A 3S9LC 2RC8A 3TPAA 4GXSB 2DE4A 4Q8RA 4GD5A 4AQ4A 4XKPA 2Q89A 1B7HA 1Y1MA 1A55A 3BFUA 2XXRA 1LCTA 1XOCA 3OO7A 3N26A 1OMPA 1IITA 1N7WA 3H03A 3FV2A 3TYHA 4LQ5A 4NE4A 4F29A 3A3UA 2ZYOA 5JTYB 3USDA 1BIYA 1B5JA 2HAVA 4YKIA 3OXNA 2W7YA 1NNFA 3UIFA 1TFAA 3FJMA 1A99A 3G3IA 5DYHA 2XXHA 1GV8A 3FJGA 4OFOA 3C4MA 3RUMA 1FTJA 2ONRA 3RPWA 4G4PA 4H5FA 5I59A 1LCFA 2XX7A 3RTFB 4H0WA 1Q1KA 4EXLA 3HSTA 3K4UA 5AA2B 1A7LA 3I6VA 5JK4A 3EPEA 3TMGA 4PFUA 1FQAA 1AIVA 3TCGA 4NWDA 4OTEA 5ITOA 4JSDA 3H7MA 1A8EA 2F5XA 2NOOA 3EHUA 1MXYA 1B9JA 3O2AA 4EQ9A 1L5TA 1IQ7A 3C31A 5I58A 2ESNA 1MQHA 4KI0E 4KHZE 1HSLA 4FECA 4KCDA 4H5GA 3D4CA 2VOZA 3MWBA 1B5IA 3I3VA 1Q35A 1MM6A 1T0KA 2DP8A 4GOTA 3IK6B 2X26A 4FJPA 4XKQA 2OK2A 4H8JA 3R6UA 1FTKA 2UVHA 1B32A 2GH9A 2WKYA 3WAEA 1JVXA 3LR1A 1I6QA 1N84A 4H65A 3IORA 1KWHA 3O9PA 4BDRA 3O6GA 2A5TB 3VVEA 3QK6A 3U8QA 3TTNA 4P11A 1N3XA 1FQCA 1QUKA 4DLDA 1B7ZA 3CSGA 4YAHX 4DCYA 3P7IA 1MPBA 2O68A 1LBCA 3TUSA 5AE4A 3FD3A 3U92A 4OESA 3H4ZA 1LSTA 3IJOB 3QAXA 1UTHB 3PMXA 3QUJA 4YMBA 1R1NA 2XD2A 1I6AA 4U2RA 4IO7A 4HS7A 5AA1A 3C9HA 3BFTA 1YAEA 5KDTB 3K0VA 2QMWA 5BUUA 5LOMA 4NWCA 1B51A 2CZLA 4OERA 1NMUA 1JNFA 5EHMA 2VD2A 3VE1B 1POY1 3G3GA 1EZOA 1I6BA 1RYOA 2E0SA 3D4GA 2UYFA 2REJA 1IUDA 3H6TA 1AH5A 2V93A 2H98A 4N13A 2G29A 2HQ0A 3T93B 4RK2A 2I0CA 2KLFA 3TCFA 4X9TA 1MY4A 3H6VA 2PMSA 5I57A 3JZJA 3B6TA 3O29A 4F3GA 4R74A 4QHQA 2F97A 4EDPA 1I69A 2Q8JA 2ZMBA 5FTHA 1JW5A 3IX1A 5DTBA 2AL5A 4C1TA 3R26A 1M5FA 1US5A 3RQTA 3GBAA 4G77A 4ZEBA 4F31B 2VP1A 2YLNA 2XXVA 2IEEA 1B52A 4PFTA 3GLBA 2QJEA 4R2BA 3G7WA 4NMYA 1QKAA 1LAFE 1JETA 3PUZE 1NNKA 1SYHA 1MRPA 2PX1A 2O69A 3SEXA 1DMBA 3N5LA 3W9WA 3HHGA 1FTOA 5HBCA 1NNPA 4KPTA 5HPQA 5I58B 3RNNA 4FAJA 3QYTA 3IL1B 2F8DA 2GHBA 1ANFA 1Y1ZA 4WEDA 3MVZA 3V83A 5CRYA 1M5BA 2Z22A 3KGCA 4JXIA 3UA8A 4LUBA 4YB5A 1WODA 3SESA 1HSEA 4POWA 3PUWE 3OO6A 4F1YA 5DEXB 3B6WA 2HFBA 4ZZEA 3MVWA 3GZGA 2PBWA 5FHNA 1II5A 4N6PA 1B4ZA 2XXYA 3TQWA 5ISUA 1A40A 3PD9A 2P2AA 4ZS9A 5AA2D 1R9QA 1O7TA 3QUFA 2Z8EA 2Y7RA 3MJNA 3OEKA 3MW0A 4MF3A 1DTGA 3DLNA 2QL3A 3UP9A 1Y3PA 2R6GE 3G3JA 3I5OA 1ZU0A 2QS1A 3VV5A 1OVTA 2XHDA 4F18A 2Y7PA 4NF4A 5KCJA 1M5CA 2I48A 2Y7WA 1MXXA 5M2VA 3B7DA 2GHAA 3RT8A 4EF2A 1D4NA 1LFHA 3CR9A 4NTLA 4O3AA 2H4IA 2RC7A 4OHNA 2QS4A 1Y4TA 3CG1A 4IO6A 4EQ7A 5IKBA 4AB6A 4MLQA 2AYSA 3M3FA 3EHTA 4IY5A 1TFDA 3PPQA 3H6WA 1DOTA 2F78A 4U4XA 1MPDA 3KG2A 5I57B 4RK9A 3PPNA 3CFXA 3U93A 2V3UA 3EN3A 4X1DA 1PB8A 1NNTA 1MS7A 5AA3A 4QRZA 3VXCA 3VVFA 2DVZA 2RKMA 1DPEA 4KD5A 2QS2A 4FEDA 4EXKA 2ZNTA 4PP0A 3S9EA 4QFNA 4O3CA 2ABHA 2X7PA 4C0RA 5B7DA 4GVOA 3AXFA 4QF9A 2I3WA 2A5SA 5DVJA 3MVYA 3OSQA 2XD3A 4LZ7A 4R6KA 4EF1A 3TDJA 4PFYA 2HZKA 1AL3A 4F3BA 3RT6B 1URSA 1LFIA 4GL0A 3O6HA 4H8IA 2DWJA 4M1VA 1LFGA 3K2DA 1XHYA 4F1UA 1BP5A 3MPKA 2Q2AA 2AIXA 4JDFA 4Q30B 3VLWA 1MXZA 3MZ1A 4OEVA 1QJMA 2HZLA 4GL8A 1N0TA 3V89B 2QMXA 4YKJA 4RYAA 4F2OA 3TODA 2I6EA 2P1SA 5H8HA 3CVGA 2DXYA 5FHOA 2O6AA 3PD8A 2Q88A 3SKPA 3RGYA 2XXUA 1B3EA 3PMVA 2DE3A 4F22A 3FATA 2ALUA 3MP8A 3Q28A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GTKA 1SW2A 3LBSA 4O94A 5I7IA 2DS9A 4TLMB 1MQIA 3C32A 5H8FA 2VGQA 5CMCA 4OVRA 3O6IA 3TKDA 4TLLB 1S9TA 5EHSA 3TZAA 2GRVA 4IY6A 3SEWA 3PPRA 1GGGA 5FHMA 1IXGA 2WYKA 5KCJB 1Z7ME 1VR5A 2F6GA 1B2HA 1TXFA 1XS5A 1MY1A 4MEVA 1P1NA 3OENA 1NH7A 3SEVA 3PGFA 5H8QB 5TPAB 4PETA 4POXA 1M5DA 3G3FA 4EUOA 3K6VA 3FVNA 1MDQA 3U72A 3FXUA 1AMFA 2D5WA 4N6KA 2O7UA 1B0HA 1ZIUA 4GWSA 3Q27A 1MQJA 4QSDA 4F3PA 1B5HA 2XXPA 1UQWA 3FXQA 3IJXB 4RY1A 2I3VA 4I1DA 1XVXA 3IB1A 5IZ1A 4OENA 4GIZA 3VXBA 3CFZA 1INPA 3CRBA 1FJ6A 5CBRA 5CM6A 4R2FA 2JJKA 4PTKA 3MP6A 2PT2A 2PVUA 4H67A 3T9HB 1ZJLA 3HFUA 3ZKKA 1USYE 4MNIA 5FBPA 1OLCA 1SI0A 3Q25A 4DCXA 3FVKA 1ZBMA 4PAFA 1QVSA 3IOWA 3MP1A 4NQ8A 3K1PA 2CEXA 3A29A 4P3LA 3KOTA 5EYFA 1USYH 2DDKA 1N04A 3NOHA 4OXVA 3T9XB 2XXKA 1EU8A 2QS3A 3H3GA 3EKIA 5H8NA 5I2KA 2ZZVA 3BIGA 3KN3A 1MM7A 4YKKA 1Y3NA 3TTMA 4C1UA 2ZYKA 1LAGE 3N94A 2RINA 3HHFA 2HHMA 3OELA 2DWIA 3B50A 3R7XA 5DT6A 5CBSA 3WAFA 4OFLA 2DXRA 5JEIA 2H99A 3HPIA 1OVBA 3QXMA 1TT1A 3SERA 3VLVA 1P1UA 2WBBA 1XI6A 4YB7A 4GF8A 4IO3A 4WEPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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