3IB1A

Structural basis of the prevention of nsaid-induced damage of the gastrointestinal tract by c-terminal half (c-lobe) of bovine colostrum protein lactoferrin: binding and structural studies of c-lobe complex with indomethacin
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis for the prevention of nonsteroidal antiinflammatory drug-induced gastrointestinal tract damage by the C-lobe of bovine colostrum lactoferrin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 100
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib1A02
3VDFA 1PBQA 4I8CA 3A3UA 5H8NA 5I2KB 1FTKA 1MY2A 4H8IA 1SW2A 1B5IA 3RTWB 1FQBA 2OLBA 3B6WA 1AH5A 5JTYA 1H76A 2H98A 3TTRA 1SDXA 3E13X 3RPWA 3IOWA 2QSXA 2AYSA 4JSOA 2F6PA 4H0WA 4GLIA 2FA7A 4RK9A 2XXWA 5M2VA 4DCYA 3FGSA 2OWTA 4H8JA 2D5WA 2HQ0A 5I58A 2F7AA 4NF6B 3G3JA 2ABHA 2OCUA 3U1OA 1MQJA 2I3WA 4FEDA 3K6VA 2CZLA 2F36A 3Q27A 2DVZA 4F3BA 3KJ7A 4MLVA 2UXAA 1TFAA 3SEUA 4OEVA 1RYOA 1N7WA 1T0KA 4UA8A 4ZE9A 1ANFA 3K6WA 3EF7A 1Y4TA 4F3SA 3PPOA 1IXHA 2V93A 1QW0A 1LB9A 1P1UA 2RKMA 4HS7A 4U4SA 3CRBA 1US5A 4R9GA 2XXHA 1VFDA 3VVDA 4X48A 3EHUA 5AE4A 3IB1A 1OLAA 3ZKLA 3OO6A 1Q35A 4NWCA 4I1DA 1FTMA 1R1NA 5I59B 1D4NA 1N04A 4E0WA 2F78A 2HEUA 3Q25A 4OTEA 3N6UA 3L6HA 1SW5A 4OHNA 1MXZA 4IO7A 5AA3A 3T9HB 3B6TA 3TQWA 1MDQA 2VD3A 5L8DA 3U92A 3PMVA 3IK6B 2PX1A 1B7ZA 4IO6A 4N07A 4HTGA 1P1WA 1Y4CA 3Q28A 4H1XA 1NL5A 4Q5TA 1D9YA 4N6PA 2DE2A 4RY1A 1EZOA 2RINA 4ESWA 4E0XA 2RCBA 2DWJA 2THIA 3C34A 3O66A 1B5HA 3ZKKA 2UYFA 3LSLA 3MP1A 3KG2A 3OELA 2OBGA 1FTJA 1OVTA 3MZ9A 3PPPA 5DT6A 2DWHA 2F35A 1B3FA 1PDAA 3HHGA 3OXNA 2G29A 3OSRA 4NF5A 1Y1MA 4U1OA 1MDP1 3L6GA 4RA1A 4DE8A 5BUUA 3EQ1A 3UP9A 4KYEA 2F8DA 2ESNA 2ZNTA 3GZGA 3VVEA 3T66A 1LLSA 3IO4A 1EH3A 5FHOA 1SW1A 1MG1A 4YB5A 4LZ8A 1QKAA 3VLUA 2I4CA 4PP0A 5A5XB 3KZGA 3OOAA 3KBRA 1LAXA 1H3DA 1USYH 2GHAA 1R9LA 2UVIA 1Y3PA 1QULA 5DEXB 2O69A 3K02A 4IGTA 1Y20A 1UIUA 2O7UA 4C1TA 4YB7A 4BDNA 3ODBA 2XXTA 5CBRA 4M4GA 4DDDA 4QSDA 1II5A 4R6YA 1FTLA 1XS5A 4BDRA 3H7MA 4WXJA 1URSA 4OMBA 4OETA 4ZEIA 3DELB 3U93A 5JEIA 2HFBA 3GBBA 3R6UA 1B51A 3I5OA 3TEPA 2Y7RA 3TCHA 3G3GA 2QS3A 2YJPA 4HW8A 1LGBC 1LB8A 4NF4B 1UQWA 4MFIA 1OIBA 1HSLA 3WAEA 5H8QA 4ZE8A 1NNPA 4KCCA 2PBWA 3GXAA 5EYFA 1BTJA 4EQ9A 3CR9A 3E3KA 1WDNA 4K3FA 1AIVA 3O6HA 2M8CA 1MXYA 3TELA 4GL0A 3K0VA 3IJXB 1FCKA 4BDLA 3CG3A 4YKJA 4WKMA 1L5TA 4F1VA 1GGGA 4EUOA 4ZECA 4YAHX 2PT1A 3LC8A 4R72A 1MQGA 3O2AA 1OLCA 3SDFA 3GLBA 4FAJA 1YCJA 4YICA 4EQ7A 5CMKA 2O84X 3RUMA 3OO7A 4H6DA 1Y1ZA 2R71A 1FTOA 3MP8A 2DE4A 4RXLA 1TWYA 3A3CA 4GL8A 4THIA 3TDJA 2XXXA 4DZ1A 1B46A 2GRVA 4X1DA 4KD5A 2D3IA 4LQ5A 4RPOA 3SETA 4JWYA 3R7XA 4M1VA 1H43A 2Z22A 4FEBA 2ONKE 3VFJA 3KOTA 1HSJA 2B3BA 3EPEA 1I6QA 5TP9B 2XXYA 3IO6A 3H3GA 1B4HA 5H8HA 1FQCA 3TQLA 3MJNA 3FVGA 3DM0A 4Z0IA 5H8NB 3HV1A 5CMCA 3KOSA 3FASA 3IOTA 4IO5A 1M5CA 3H4ZA 1IIWA 5JTYB 1EZPA 4GWOA 2O51A 1B3LA 3MW0A 3VLWA 1MXVA 2UVHA 1A7LA 4AB5A 5EHSA 1DPPA 2Y7WA 3KSXA 3I6VA 4YZZA 3B7DA 5K2XA 2QJEA 1LAFE 3PUZE 1JW5A 1IXCA 5CRYA 1O64A 5FHMA 5IKBA 5DVIA 4OYVA 5I58B 4H5GA 2OJTA 4NF8A 4H67A 1A54A 2XXUA 4F3PA 4ZEFA 3PUVE 1B0HA 3TKDA 1POY1 1RYXA 1JNFA 4IGRA 5DVJA 3IOUA 4KR5A 1N84A 2NUVA 1Y3NA 3TODA 2XD3A 5CMBA 4IB2A 1URDA 4YMBA 2XX9A 3OO9A 4F1YA 2Q9TA 1P1OA 3IOVA 4I9DA 3OMBA 2A5TA 2QPQA 4BDMA 1DTGA 4XKQA 1B3GA 1FQFA 3EHSA 3VXBA 3IX1A 2HXWA 4IO3A 3K01A 5FTIA 4EF1A 4LA9A 4BLAA 2V3TA 3G3KA 3TCGA 3ECRA 5FHNA 3RT8A 5I57A 2ONRA 1PB8A 3QK6A 3CVGA 1P1QA 4DXBA 3FATA 1XVXA 2DVCA 3S9NC 1YPNA 3MVXA 2Z8EA 5I56A 3BFTA 3Q29A 1Y9UA 3THIA 3FD3A 3W9VA 3FXQA 3EN3A 1NH8A 3B6QA 1JETA 3D4GA 4G68A 5ELVA 4FIMA 2Z23A 4JB7A 2R6GE 4YMAA 1JVYA 1MY1A 2REJA 4ZDMA 2B65A 2E1SA 2REGA 1XC1A 1LFGA 1MRPA 2YPNA 5K2YA 1CB6A 2Q2AA 3E9XA 3QXMA 5I84A 4Q30B 1B7UA 1IXGA 1DTZA 2Q8JA 1KWHA 3HCQA 3MQ9A 4GVOA 1SI0A 3PUXE 3SEWA 4KYSA 4U21A 1IZ1A 3C9HA 2Q88A 1R9QA 4DCXA 5KDTA 1IEJA 5CC2A 4QFKA 1LCTA 4C0RA 1B1XA 4LP2B 4N13A 2ZXTA 2QMXA 4IY6A 3CFXA 3PPQA 4NTLA 5ICQA 4RPNA 5ICTA 2ONSA 1CE2A 1FQAA 4F22A 1BP5A 2F7CA 3K4UA 1M5EA 3K00A 3Q26A 3PPNA 3FXUA 3TCFA 3QUJA 1FQDA 4LONB 5I59A 1LFIA 2FYIA 1S7YA 1MPBA 1AL3A 4G68C 3PPRA 1B7HA 4IY5A 4GOTA 3RT6B 4F2OA 4ZZEA 3U94A 4TOZA 4EXLA 4TLMB 2X7QA 2F34A 2I49A 3TPAA 4WEPA 3T93B 5H8FA 3KN8A 3VXCA 2O1MA 3U72A 3O6IA 1MPCA 1ELJA 3CI8A 2Y7KA 4FORA 4GQOA 3TYHA 4OEUA 4R6HA 4OFOA 1PB7A 1S50A 1ZIUA 2QS2A 1UTBA 3JV9A 2HAVA 4XTCQ 4ISUA 4TQUQ 3T22A 4NWDA 5ITPA 3BFUA 3TTMA 3MAMA 4G8HA 1NH7A 3OSQA 4ONYA 1GV8A 2DOJA 5KCJA 3DP8A 1UIVA 3N5LA 3ILUB 1PB9A 4NMYA 5HM4B 4OVJA 1FQEA 2BJJX 3LUYA 1QJMA 5AA1A 1USYE 1UTHA 3MC2A 3WAFA 1S9TA 5H8QB 2VOZA 2DSFA 4GD5A 2ANJA 4PFWA 4QFPA 1O63A 3SEXA 3OO8A 5CMMA 1P99A 1D3KA 1OQHA 3RNNA 3HSTA 3PUWE 3KSJA 1B0LA 2I0CA 5ITOA 5AA2A 2NVUB 3PMWA 1I6AA 2UYEA 1YTVA 2B3FA 1M5BA 4JWOA 5J1DA 4R6KA 1NNTA 2F7BA 3KFMA 2YLNA 2CMOA 4ZZAA 4F19A 5ISUA 3UIFA 3C36A 1SVXB 3PMXA 1B2HA 1VSOA 5DEXA 1DMBA 5BWJA 1PC3A 1ZLQA 1MXWA 2F5XA 3BKIB 4ZS9A 1ZU0A 2XXRA 3FVOA 3MPLA 4F1UA 2VD2A 3M3LA 2NXOA 1I6BA 1AMFA 4H65A 4YKIA 3IB0A 1R6ZA 4OFLA 1IXIA 1SYIA 2DS9A 1GVCA 3OENA 1EU8A 4R2FA 2LAOA 3UORA 2O7IA 4EF2A 2DP8A 3FIRA 3K1PA 1EZ9A 1MY4A 1MH3A 2PT2A 5DYHA 3SESA 1BLFA 4R74A 3MVZA 3N94A 3M8UA 2ZYOA 5H8HB 5IAIA 1B05A 2IEEA 1B5JA 4OENA 4F31B 2HZKA 4XIGQ 4X1BA 4LQ2A 3T96B 1Z7ME 1LBBA 5I2NA 3RLFE 2VP1A 3MBPA 4POWA 2HAUA 4PQJA 1MS7A 4ZEBA 2I58A 1LSTA 1MXUA 4LUBA 1N3XA 1SW4A 5F7VA 3M3FA 3IJOB 4MF3A 4R75A 2DXYA 4G4PA 4GF8A 3TTLA 2ALUA 4ELOA 1OVBA 4IO2A 1B58A 4L17A 2GHBA 4KI0E 3V5AA 4OZ9A 4ECFA 3C35A 4NF8B 3H6WA 2H25A 2RF1A 2VGQA 3K1NA 1URGA 3QIMA 1LCFA 1JEUA 1LAHE 2ZYNA 2KLFA 4LZ7A 4F29A 4LATA 1VE4A 3JYRA 2QS4A 3V8XB 1TT1A 3F11A 2A5TB 4FECA 4EQBA 1SBPA 4BDQA 3IAZA 3LBSA 4P0IA 2F6GA 3O97A 3KEIA 1IQ7A 4RK2A 4Q8RA 3P7IA 5HBCA 5TPAA 4F18A 4H5FA 5I57B 1N76A 1A40A 3K6XA 3MP6A 5L9OA 3QYTA 3PU5A 4HCYA 4ZEKA 4ELQA 3T9XB 1MH4A 1GTKA 5I56B 1GR2A 4KPTA 3FJMA 3PUYE 1O7TA 1J1NA 3MZ1A 5CI5A 5AA4A 2QS1A 4GRKA 4UACA 3SERA 4FE8A 4G68B 1M5DA 4JXIA 3I3VA 3OD7A 4DLDA 3S2VA 1JW1A 4R2BA 1MY0A 4R9FA 1OQGA 3MVWA 2Y7PA 1NNFA 4G2ZA 2O1LA 2Y7IA 3ONMA 4FATA 4YU0A 2RC7A 2I4BA 4NE4A 3FJ7A 5I2KA 3UA8A 2NWJA 1XT8A 1Z7NE 1TXFA 2XXQA 4OQOA 4P0GA 3QSLA 3S9EA 2OZZA 3PGFA 3PD9A 1F9BA 1LAGE 4QRZA 3T9UA 3TTKA 5F1QA 1A8FA 2Y84A 1B3HA 4RNSA 2HCAA 2XHDA 4MLQA 1MY3A 5KDTB 2DXRA 2H5YA 1MXXA 2A5SA 1QUKA 4NEDA 3ILTB 3VE1B 1XHYA 4PE5B 3U8QA 4QFLA 1N0TA 4G8MA 2G93A 2Z8DA 4NF6A 1BKAA 2AIXA 3KGCA 3G7WA 1N3WA 3RQTA 5AA2D 3SEYA 1BIYA 1US4A 2QMWA 2HZLA 2DE3A 3FUZA 3FXRA 2WKYA 2V3UA 3S9MC 1ZKBA 1VR5A 4O3CA 1ATGA 1AOVA 1MM7A 2P2AA 3EHTA 1SI1A 4OWDA 3DP6A 2VHAA 3A09A 4JBZA 4DXCA 4O3AA 4RYAA 3VV5A 4OFJA 4NF5B 3O9PA 2V3QA 4JDFA 1HSEA 5H8FB 4XKPA 3BBRA 4Z7EA 1B40A 2RC9A 1MQHA 4I62A 4FJPA 3W9WA 2XXPA 2DQVA 1TFDA 2ZYMA 1XVYA 2GH9A 3HN0A 3FV2A 3OEKA 2F97A 3S9LC 3TMGA 3HO7A 5B7DA 1B32A 1UTBB 2NOOA 4GIZA 3RN8A 4KHZE 3TUSA 3SKPA 4F39A 3CG1A 3TTNA 4G77A 3RGYA 3UGWA 3V83A 3TZAA 2E0SA 1LFHA 3IORA 1B1HA 1MPDA 3LSXA 5KCJB 3LSWA 3HHFA 3CFLA 4ELRA 3RTFB 4YKPA 2XD2A 5FTHA 1UTHB 3M3KA 4QSCA 3W15C 1QUIA 3TAJA 4AQ4A 3FJGA 1DSNA 2V25A 2OWSA 2O6AA 3FVNA 5H8SA 3C33A 3DLNA 5AA2B 3K6UA 4KYDA 1P1NA 3CSBA 5JK4A 4O3BA 1B6HA 1MM6A 3MUQA 4OXVA 1RKMA 2I48A 2IA4A 4OESA 3FVKA 2Z8FA 3C4MA 1WODA 2I6EA 3T9VA 3QAXA 1QUJA 4LZ5A 3KJTA 1SQYA 4DXUA 3G3IA 1A99A 2QRYA 1YAEA 3FV1A 3G3HA 2DYXA 3S4UA 4XKNA 1M5FA 3SEVA 3C31A 3H06B 1ZBMA 3ZS6A 4MH5A 3H6TA 4PFYA 1H45A 1SYHA 5B70A 3CFZA 4QF9A 4XXUA 3MVYA 5A5XA 2P1SA 4JWXA 4YB6A 3MZBA 4WEDA 2DWAA 5KZTA 2I3VA 2H9BA 4R73A 4PFTA 3PV0E 1ZJLA 3IL1B 1DOTA 2ZYKA 1ZMGA 4ZEDA 1B4ZA 2X26A 1LBCA 3JZJA 4KFQA 2ZNSA 2Q2CA 4F3GA 1PEBA 4DIGA 5CM6A 1H44A 3N6TA 4TLLB 1NMUA 3H6UA 3H03A 1Q1KA 4BDOA 3RY3A 3KN3A 1B52A 1SD3A 2ZNUA 4QFNA 3V89B 5I2NB 4IO4A 2O68A 2PVUA 3DP4A 4C1UA 1JEVA 3E4RA 1DPEA 1A55A 2UVJA 2H4IA 3K1MA 2QL3A 4KCDA 3LR1A 3OEMA 1I69A 4PFUA 3CSGA 3MPKA 2XXVA 4Q0CA 2I0BA 1Y3QA 3GBAA 4NF4A 2W7YA 3UK4A 3IR1A 3AXFA 1POTA 1JVXA 4QFOA 1IITA 3O28A 4PETA 2AL4A 1D9VA 4XKRA 1B3EA 3O29A 5DTBA 2D21A 3ZSFA 4LVQA 4U23A 2R9JA 1A8EA 1JW4A 5HPQA 1MQIA 2PMSA 4U4XA 3IB2A 3PD8A 4RJZA 2Q89A 5EHMA 2XX7A 2P0SA 4GFRA 2XXIA 3CIJA 1WVJA 1MQDA 4U22A 1QKBA 4QHQA 5DVFA 4GXSB 4KQPA 3H6VA 1OMPA 4U1ZA 1XOCA 2DWIA 1N7XA 2UVGA 3FZVA 4QSEA 3KN7A 5TU0A 5LOMA 5CBSA 3HPIA 3MWBA 4G8NA 1NFTA 2PYYA 5TPAB 4MBPA 4YKKA 4GXAA 2FNCA 2ZMBA 2OK2A 2X7PA 3TFLA 3G3FA 4JSDA 3R26A 4P11A 3C32A 3UN6A 3USDA 3N26A 2AL5A 3VVFA 1QVSA 3LSFB 3QUFA 4HCWA 4F2QA 2V84A 4ELPA 4ND9A 2GFEA 4ESXA 5AA4B 1NKXA 3O6GA 3K2DA 1IUDA 5L9MA 3VLVA 4EXKA 1B9JA 1VFEA 2XX8A 4X9TA 1PBPA 4U2RA 4AB6A 2H99A 3D4CA 4OERA 1FW0A 5TP9A 1ZTYA 2RC8A 2RCAA 1JQFA 1NNKA 4EDPA 4POXA 5L9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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