3IOTA

Huntingtin amino-terminal region with 17 gln residues - crystal c92-b
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin
molecule tags Signaling protein
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 116
structure length 388
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iotA02
1ZU0A 4JB7A 1RYXA 3K1NA 4BDMA 2BJJX 5I57B 3KSJA 3M8UA 3RUMA 2DWJA 3C4MA 3G3JA 1NNTA 3BFTA 2XD2A 2PT1A 1NH7A 5ISUA 3MW0A 4I1DA 5L9OA 1USYH 2E1SA 3MZ1A 5I59A 1PBQA 4XXUA 1EZOA 2DYXA 2Q9TA 4YMBA 1A8EA 1FCKA 2O84X 1FQDA 4FATA 4FECA 2XXHA 4H5GA 1ATGA 3FVKA 1S7YA 3O6GA 3VVDA 3TODA 2AL4A 5L9SA 5I2KB 4FAJA 5EYFA 4QHQA 4TLMB 4OYVA 3KSXA 5ITOA 3FASA 4EQ7A 3G3IA 4KHZE 5I58A 3QAXA 1MQJA 1PB9A 3C32A 4UACA 4ZE8A 3IB0A 4F1UA 2NWJA 2F78A 4QSDA 4DZ1A 4YAHX 3OSQA 4DE8A 2KLFA 4I8CA 3HSTA 5H8QB 2WKYA 3IO6A 3T9VA 3C36A 1B05A 2DWAA 4U23A 2F5XA 5DT6A 2OZZA 1N76A 4ESWA 1B9JA 3OEKA 2V25A 3O6HA 1SD3A 3Q25A 5ICTA 4OWDA 4BDQA 4OENA 1NMUA 4IY6A 3MVWA 3ZS6A 3R6UA 4QFOA 4X1DA 3G3KA 1M5EA 3I3VA 1SYIA 1IXIA 1MXVA 3SDFA 2QSXA 4NF6B 1MS7A 4OZ9A 1XVXA 4GIZA 3PD8A 2I0CA 4RK9A 1YAEA 3GBBA 4QRZA 5CMBA 1Y3PA 5AA2D 4QFPA 3F11A 2F35A 1Q1KA 1FQCA 1LFIA 3I5OA 1N7XA 2DWHA 4X1BA 2XXPA 4GL8A 3K01A 3EN3A 3B7DA 3PPQA 4LA9A 3TPAA 4R73A 1A55A 1JEUA 1S50A 3DELB 2HXWA 3S9NC 2XXUA 4U2RA 4RPNA 1MDQA 3LSWA 5JEIA 4WEPA 1BTJA 2UYFA 3MWBA 4PFUA 3MP1A 2ZNSA 3TTNA 2M8CA 3KJ7A 5FTHA 1BP5A 1LGBC 5I56B 3FXUA 3MPKA 5KCJA 4YB6A 4XTCQ 5CI5A 4F18A 1PC3A 3PV0E 4GXSB 3FATA 3M3FA 3KGCA 2YPNA 3H6UA 4GOTA 3TTRA 2Q89A 4R6HA 3Q28A 4ND9A 2I0BA 1WDNA 2B3FA 5CMMA 2DE4A 5B7DA 2FYIA 2HAVA 4LQ5A 1ZJLA 4IO4A 2Y7WA 4DXCA 2H4IA 3KJTA 4Q8RA 3TDJA 4KFQA 3D4GA 3C33A 4Z0IA 3TAJA 3GZGA 1B3EA 4R6KA 3KN8A 4AB5A 1FQBA 4NMYA 3T93B 3SEVA 3ECRA 3PUWE 1RYOA 1TWYA 4IO5A 4H1XA 3FIRA 4MLVA 3W9WA 3H6WA 1B52A 4BLAA 1B3LA 1YTVA 1GTKA 1D9VA 3H7MA 4GLIA 4YKPA 3CFLA 1MXZA 4F2QA 4DCXA 1PDAA 3TFLA 3CFZA 1URDA 1MXWA 3DP8A 1FTJA 2CZLA 4E0XA 1Y9UA 1HSEA 4AQ4A 2NXOA 4KCDA 4ELPA 1ZMGA 2NOOA 4KPTA 3FGSA 1OQGA 3UP9A 1XC1A 2HFBA 5A5XA 1FTMA 1B3GA 3OO7A 3S9MC 3RY3A 3SESA 1B2HA 5ICQA 2ZYMA 3KEIA 5H8SA 3OENA 5BWJA 4ELQA 1LAFE 2PT2A 5TPAA 1ZKBA 1ZIUA 1H3DA 1DPEA 1NKXA 4QFKA 1OLCA 1SW4A 1XT8A 3M3KA 3A3CA 5CM6A 4TLLB 4L17A 2DXYA 3GLBA 4R2FA 4ZDMA 1F9BA 1Z7NE 4HTGA 4F3GA 2XX7A 4RXLA 3TMGA 2F36A 5F7VA 3O6IA 3PMXA 4DIGA 1B5JA 3QXMA 1NNPA 4N07A 3IB1A 1UTBB 3HHGA 3CFXA 2ZYKA 3SEYA 2I6EA 4RK2A 4H0WA 2H99A 3CRBA 2Y84A 3O2AA 3OD7A 2DP8A 3VE1B 4ELOA 3K6WA 1Y4TA 3IORA 3EHUA 3PGFA 4R9FA 3FVNA 4QSCA 5CBRA 3RT6B 3H6TA 3RLFE 5IKBA 1POY1 1B46A 2XXWA 4GFRA 5JTYA 1MH4A 1MG1A 3K1PA 3H4ZA 3CVGA 2ZNTA 1FTOA 2O7UA 4FEDA 4ZEKA 2F8DA 3KBRA 3S4UA 2Z8DA 1AOVA 1P99A 4OFJA 1M5FA 4X48A 3TQWA 1B32A 4OHNA 4Q30B 3MBPA 1WVJA 4HW8A 4ZE9A 2ESNA 2ALUA 4G68B 5H8FA 3FV2A 3QK6A 3G7WA 2QRYA 4NE4A 3RNNA 1CE2A 3O29A 4LVQA 4G4PA 1P1NA 2DSFA 4F3PA 4P0GA 3N6TA 4U21A 3T66A 2OK2A 3TQLA 3LSFB 3RPWA 2XXQA 2HZKA 1MXXA 3OMBA 1BKAA 1OVTA 1I6BA 4KYDA 4F31B 3EPEA 3BFUA 1JW5A 5CMKA 4OFOA 4I62A 1SBPA 1I6AA 1JVXA 4JBZA 5CC2A 2DE3A 4ONYA 3N5LA 1IUDA 1N7WA 4Z7EA 3I6VA 1GVCA 5DVFA 1IITA 1B0HA 2X26A 4YB5A 1FQFA 5AA2A 1GGGA 1P1UA 3G3HA 1NNFA 4MFIA 3TCFA 3FJ7A 1QKAA 4ZEFA 3L6HA 2FA7A 1FQAA 4JSDA 3PUVE 5TP9A 3H3GA 4KCCA 3A3UA 1QVSA 1DTZA 2DVCA 1QUKA 4NWCA 3LR1A 4YU0A 4U1ZA 3RT8A 2HZLA 1B5HA 1B3FA 1II5A 1UTHB 4FEBA 5KCJB 1DOTA 3T9XB 3N94A 2G93A 2QMXA 1MRPA 4OEUA 3CG3A 4XKQA 4YICA 3MJNA 1B7ZA 2R6GE 3ONMA 5AE4A 2NVUB 2YLNA 1PB7A 1R9LA 1IXGA 3VVFA 4G2ZA 1SQYA 1LSTA 3R26A 3IX1A 1UIUA 2XXRA 2QS1A 3PUYE 2XXTA 3OO9A 2P1SA 1Q35A 3GBAA 1VE4A 3UGWA 4EQBA 3G3GA 3MP6A 1QUIA 3OO8A 4PQJA 1JVYA 2VP1A 4WKMA 1OVBA 3MVYA 4KD5A 2A5SA 1ZBMA 2O1LA 2PX1A 1B3HA 4ZEDA 3ZSFA 2DE2A 1A54A 4OERA 4NF8A 3MZ9A 3TELA 3IJXB 3OXNA 1O64A 1O63A 2V93A 5B70A 3D4CA 3KOTA 1R1NA 3FZVA 4ZEIA 2RINA 1ANFA 1QJMA 3SKPA 3Q26A 1AH5A 4NWDA 3SEXA 2RF1A 3SERA 5I57A 5H8HA 1R6ZA 3MQ9A 3KZGA 4GVOA 4OQOA 1IQ7A 4GF8A 2XHDA 4N6PA 2ZMBA 3KG2A 1B51A 1JW1A 1B7UA 1HSLA 1US5A 3SEUA 4I9DA 1TFAA 2Y7PA 4M1VA 2Q2CA 3TKDA 1AL3A 3TZAA 1IZ1A 3WAFA 1MY2A 3Q29A 3C31A 5L8DA 1VFEA 3ILUB 3K6VA 4U4XA 3K0VA 4R74A 5AA1A 5HM4B 5TPAB 1Y4CA 1EH3A 3VLWA 1B58A 3IOTA 4EUOA 3HV1A 4ZEBA 1MQHA 3PUZE 3T22A 4DCYA 2NUVA 5AA4A 3KFMA 3HPIA 1H44A 2V3QA 3ZKLA 1SI0A 3DP4A 4OVJA 2P2AA 2UYEA 2ZXTA 1NNKA 1JEVA 4GWOA 1Z7ME 2GHBA 4G8NA 2HCAA 3E13X 3FV1A 4XIGQ 5FHNA 4O3BA 1TT1A 2O51A 4LUBA 4RPOA 3KN7A 2I4CA 4YKKA 1Y1MA 3CIJA 1B5IA 3UORA 3SEWA 1VR5A 2Z8EA 2F97A 1AMFA 3B6QA 3Q27A 2Y7IA 4IO6A 3G3FA 2OBGA 2V84A 1BLFA 4BDRA 4HCWA 1NH8A 4OFLA 3EF7A 4KYEA 4JWYA 4YB7A 3VXCA 1MDP1 5EHSA 2AYSA 3GXAA 1TXFA 3PPOA 3E9XA 1M5BA 3RQTA 1I6QA 1LCTA 4GXAA 2DQVA 4ZECA 3CSBA 4NF4B 5H8FB 4FE8A 2F6PA 3PPRA 5H8NB 2I48A 4GD5A 3O97A 3EHSA 4XKPA 4LONB 1B7HA 2Z23A 4H67A 4NF5A 4KI0E 5FTIA 1VSOA 2THIA 4PFWA 2XX9A 3H06B 2QPQA 3IOUA 1XOCA 3SETA 3PUXE 2HEUA 2Q8JA 3TYHA 1SYHA 1MY3A 3S9LC 1XS5A 1BIYA 5HPQA 1B1XA 5I56A 5I59B 1A7LA 4MBPA 2GHAA 4XKNA 4LZ5A 2O1MA 3VXBA 5AA2B 3K6XA 2OJTA 3E4RA 3IJOB 4PFTA 1EZPA 2LAOA 2Q2AA 4BDNA 4QFNA 2I58A 3T9HB 3VV5A 1MXUA 3E3KA 1OLAA 3U8QA 2O68A 4O3CA 4PFYA 3UN6A 2XXIA 4R2BA 4YZZA 4U22A 3ILTB 2ZYOA 4MH5A 2B3BA 2ONRA 3HN0A 4DDDA 4AB6A 2F7AA 2O7IA 3IO4A 2ABHA 1YPNA 3V5AA 2ANJA 4OTEA 2E0SA 5I58B 2AIXA 3BBRA 4FJPA 1GV8A 5DEXA 1QW0A 2RC8A 2DS9A 1NFTA 3FVGA 2QS2A 2QMWA 3K1MA 2Y7KA 1FTLA 2DVZA 1QUJA 4ECFA 4DXBA 1B6HA 4FORA 3LSLA 3PMWA 4TOZA 1B4HA 2QS4A 3TTMA 4P0IA 2H25A 1N3XA 2PYYA 3O28A 3K02A 2OWTA 3VLVA 1HSJA 3LBSA 3T96B 4X9TA 3QSLA 1FTKA 4QF9A 5F1QA 5CRYA 3ODBA 1FW0A 3PD9A 1MQGA 2RC7A 4Q0CA 5K2YA 2O69A 1LB8A 1USYE 4LQ2A 5CMCA 3IR1A 4G8HA 3IL1B 3JYRA 3VVEA 3O9PA 2XXVA 4UA8A 4G68C 2OCUA 2UVIA 1P1OA 3VFJA 1EU8A 1UIVA 4JWOA 5I84A 2QS3A 2G29A 4IO3A 2VHAA 2REJA 1XVYA 4MLQA 3FXRA 3C35A 3EQ1A 1MXYA 2UVJA 4IGRA 4H65A 2DXRA 2ONSA 1URGA 1R9QA 4OESA 3PPPA 2F34A 1QKBA 4F29A 4THIA 5H8HB 5L9MA 3K6UA 2R71A 3LSXA 1MPDA 3IOWA 5I2NA 3THIA 4GL0A 3TCHA 2F7BA 3W15C 2A5TA 4EXKA 1MQDA 5M2VA 4OETA 5BUUA 4R6YA 4ELRA 3MAMA 4K3FA 4P11A 5ELVA 5KDTA 2Z22A 1UTBA 4HCYA 3B6WA 1OIBA 4PE5B 1O7TA 1LAHE 2UXAA 1N04A 4WXJA 4ISUA 1A8FA 4U4SA 1QULA 3BKIB 4JWXA 1PEBA 1DTGA 4RNSA 2DWIA 4F39A 2V3TA 2FNCA 4IB2A 4DXUA 3MZBA 3FD3A 5AA4B 2I4BA 2H5YA 2HAUA 2CMOA 1D3KA 5IAIA 4OXVA 1MM7A 3S9EA 2Y7RA 4G77A 3T9UA 1IIWA 1DMBA 4LZ7A 1KWHA 1MM6A 1B0LA 3KOSA 4IO2A 5DVJA 3DLNA 2ZYNA 2I49A 4NTLA 3N6UA 4LZ8A 2V3UA 1PB8A 3M3LA 1LBCA 3KN3A 2F6GA 1ELJA 4IY5A 3K00A 5EHMA 3N26A 4IGTA 1L5TA 3C34A 3V83A 4G68A 2I3WA 3WAEA 2I3VA 1XHYA 2F7CA 4Q5TA 1SW5A 2RCBA 4RA1A 3EHTA 3UIFA 2XX8A 2Q88A 3MVXA 2ONKE 1JQFA 2DOJA 4OMBA 1I69A 2D21A 3CI8A 4NEDA 4EDPA 4KR5A 2UVHA 3MPLA 2OLBA 3P7IA 4H5FA 2R9JA 3DM0A 1ZLQA 3B6TA 4JXIA 1MQIA 4YKJA 2QJEA 3TCGA 1JETA 4F3SA 5A5XB 3RTWB 3MUQA 2D3IA 3JZJA 5LOMA 4NF5B 4ESXA 3V8XB 1OMPA 3L6GA 1GR2A 1M5CA 3PPNA 1J1NA 3FXQA 2X7PA 4H8IA 1N0TA 1URSA 1T0KA 4MF3A 4PP0A 5I2KA 1PBPA 1Y3NA 1Y1ZA 3MC2A 4YKIA 1UTHA 4BDLA 4N13A 1SDXA 2IA4A 4JDFA 4QFLA 4IO7A 1N3WA 1WODA 1POTA 4XKRA 1EZ9A 3V89B 5AA3A 4F19A 2W7YA 3UK4A 1MH3A 5FHOA 4KQPA 4POWA 1N84A 5H8QA 3JV9A 1LAXA 1D9YA 3U93A 1MPBA 3CR9A 4O3AA 3S2VA 2IEEA 1YCJA 4ZS9A 5DVIA 1SW1A 2H9BA 4RY1A 3RTFB 1DSNA 2X7QA 5DEXB 4C1UA 1MY1A 1LFGA 1UQWA 4KYSA 5JTYB 1VFDA 3U72A 4HS7A 3DP6A 5JK4A 4JSOA 3USDA 4RYAA 4EF1A 1LFHA 2RKMA 4POXA 4F1VA 3FJMA 4TQUQ 1MPCA 4NF6A 1IXCA 2YJPA 3TTKA 3U92A 5KZTA 3C9HA 1MY0A 5TU0A 1JW4A 2B65A 3QUFA 4QSEA 2VOZA 3HO7A 3A09A 1IEJA 3UA8A 1DPPA 3CSGA 4GRKA 4FIMA 5K2XA 3LC8A 2UVGA 4E0WA 3R7XA 2GFEA 2ZNUA 1A40A 3O66A 5ITPA 3U1OA 2GH9A 1MY4A 3IAZA 3CG1A 3OEMA 1AIVA 3OOAA 1RKMA 1B4ZA 1B40A 1H43A 1P1WA 1Y20A 3PMVA 2D5WA 4BDOA 4PETA 1NL5A 3LUYA 2REGA 2RC9A 1A99A 1ZTYA 3VDFA 3ZKKA 5I2NB 2HQ0A 1P1QA 4F2OA 2XD3A 1LCFA 5FHMA 2A5TB 3TTLA 1Y3QA 4EQ9A 3MP8A 2AL5A 3TUSA 3MVZA 4R72A 4LATA 5TP9B 3IK6B 2OWSA 3FJGA 2VGQA 1LBBA 2XXXA 1SW2A 4R75A 2O6AA 3HCQA 4RJZA 3OELA 5CBSA 4ZZAA 1FQEA 2RCAA 5KDTB 1LAGE 1US4A 5DTBA 3PU5A 4C0RA 2XXYA 3TEPA 1TFDA 2VD3A 4DLDA 4F22A 2Z8FA 4H8JA 4G8MA 2P0SA 2PVUA 1H76A 5DYHA 1SVXB 1LLSA 3H03A 3FVOA 1B1HA 3K4UA 1JNFA 3RGYA 3QIMA 1SI1A 3AXFA 4F1YA 4EF2A 4R9GA 4ZZEA 3U94A 4OEVA 2PBWA 3QUJA 3HHFA 1IXHA 3IB2A 2VD2A 1D4NA 3OO6A 4C1TA 3OSRA 1CB6A 3VLUA 1OQHA 2GRVA 3H6VA 4EXLA 4NF4A 4LP2B 3K2DA 5H8NA 3IOVA 4WEDA 4NF8B 2PMSA 3RN8A 5J1DA 3FUZA 2H98A 4F3BA 4YMAA 4M4GA 1S9TA 4H6DA 3QYTA 1LB9A 4GQOA 1M5DA 2QL3A 4U1OA 1H45A 3W9VA 5HBCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2R8TA 1ZU0A 4JB7A 5T3JA 1RYXA 4HXVA 4PF6A 3K1NA 5EQ8A 4BDMA 2BJJX 5I57B 3KSJA 3M8UA 3RUMA 2DWJA 3C4MA 3G3JA 1FTAA 1NNTA 3BFTA 2XD2A 2PT1A 1NH7A 5ISUA 3MW0A 4I1DA 5L9OA 1USYH 2E1SA 3MZ1A 5I59A 1PBQA 4XXUA 1EZOA 2DYXA 4PAFA 2Q9TA 4YMBA 4XFEA 1A8EA 1FCKA 2O84X 1FQDA 2ZZWA 4P56A 4FATA 1XI6A 4FECA 2XXHA 4P1EA 4H5GA 4N6DA 3T0JA 1ATGA 3FVKA 1S7YA 3O6GA 3VVDA 3TODA 1NUXA 2AL4A 1NV6A 5L9SA 5I2KB 4FAJA 5EYFA 4QHQA 4TLMB 4OYVA 3KSXA 5ITOA 3FASA 4EQ7A 3G3IA 4KHZE 5I58A 3QAXA 1MQJA 1PB9A 3C32A 4UACA 4ZE8A 3IB0A 4F1UA 2NWJA 2F78A 4NX1A 2Y5KA 4QSDA 4DZ1A 4YAHX 1IMFA 3OSQA 3QMFA 4DE8A 2KLFA 4I8CA 3HSTA 5H8QB 2WKYA 3IO6A 3T9VA 3C36A 1B05A 2DWAA 4U23A 2F5XA 5DT6A 2OZZA 1N76A 4ESWA 1B9JA 3OEKA 2V25A 3O6HA 4GWZA 3RPLA 1SD3A 3Q25A 5ICTA 4OWDA 2JJKA 4OENA 4BDQA 1NMUA 2BJIA 4IY6A 3MVWA 3ZS6A 3R6UA 3CHGA 4QFOA 4X1DA 3G3KA 1M5EA 3LUZA 4OANA 3I3VA 2VPNA 1SYIA 1IXIA 1MXVA 4PTKA 3SDFA 2QSXA 2ZZVA 4NF6B 1MS7A 4X04A 4OZ9A 1XVXA 4GIZA 3PD8A 2I0CA 4RK9A 1YAEA 3GBBA 4QRZA 5CMBA 1K9ZA 1Y3PA 5AA2D 4QFPA 4PE3A 3F11A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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