3IOVA

Huntingtin amino-terminal region with 17 gln residues - crystal c99
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
416
structure length
405
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQQQQQQPPPPPPPPPPPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin
molecule tags Signaling protein
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 113
structure length 405
sequence length 416
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iovA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iovA02
4WXJA 1NNFA 2XXXA 4POXA 4H8JA 1MH4A 1LAXA 1FW0A 2CZLA 4Z7EA 1B4ZA 2ONKE 4JBZA 3C36A 2IA4A 3H6VA 3ZS6A 4C1UA 1Z7NE 4GFRA 2O1LA 2RCAA 5DEXA 2DQVA 3H06B 3UP9A 1N7WA 2E1SA 2HQ0A 1B3EA 4QFNA 2V3QA 5EHSA 3GXAA 3FD3A 1SYHA 4GF8A 3SERA 1HSEA 4PFWA 1M5EA 2ZYMA 1LFIA 2H98A 4NMYA 4RK2A 3T9XB 4MH5A 1P1NA 3KN3A 3RGYA 3MZ1A 2GRVA 3K1NA 3K6VA 3PPPA 2F34A 1LFHA 2XXHA 2ZXTA 1NH7A 3I5OA 4WEPA 1R1NA 4IB2A 4GQOA 2HXWA 2HFBA 3MZBA 1FQBA 2DSFA 5BUUA 4YAHX 2E0SA 1USYH 5HBCA 2V84A 4R6KA 1B40A 4F3BA 4IO5A 3TQLA 4I62A 3VE1B 1SD3A 1LCFA 2UXAA 1II5A 3KOSA 1FTLA 3S9EA 1MY3A 4G77A 3PUXE 4QFKA 1UTHA 1PBQA 3EHUA 1D9YA 3O6IA 2RCBA 3OELA 1BTJA 3FVNA 3DP6A 2DXRA 4THIA 3C35A 4HCWA 4R74A 4OEUA 1JNFA 3C34A 1B7ZA 2I0CA 1Y1ZA 3MBPA 2GHAA 3G3KA 4OERA 4F39A 2VGQA 2I0BA 3FGSA 1MXUA 1DSNA 4OEVA 4M4GA 2XXQA 3IK6B 1QUIA 3K4UA 3I3VA 5IAIA 1LB9A 3OD7A 3UIFA 5AE4A 3U1OA 4YB7A 3DP8A 1PB7A 4F3SA 4KCCA 1IQ7A 3N26A 1QUKA 1SW4A 2V3TA 3GBBA 2R6GE 1FQEA 1NL5A 5JK4A 1OMPA 2Z8DA 2XXUA 2XXWA 2OWTA 2W7YA 4OXVA 1A8EA 2RC8A 5ISUA 1SW2A 2QS3A 4NTLA 3C31A 2QSXA 3PD9A 1RYXA 3TYHA 2O68A 4DXUA 5I58A 2HAVA 3PV0E 4GLIA 3TCGA 3MVXA 1HSLA 4EQ9A 5A5XB 2DE2A 1MY0A 5F1QA 1UTBA 3FXRA 3IR1A 5IKBA 3K6XA 3FJGA 1MXXA 4LVQA 3A3UA 3RPWA 2Y7KA 2F5XA 4X9TA 3VLVA 1CE2A 2QMWA 4EUOA 5I57B 2QL3A 3O6GA 1GGGA 4UA8A 5CI5A 1GR2A 3IB1A 3TQWA 4GXAA 3FASA 1YTVA 1LLSA 1UQWA 3UGWA 1ZTYA 4BDOA 4QRZA 2F78A 1PBPA 3Q25A 1US4A 1ZMGA 3RTWB 3W9WA 3DM0A 2HCAA 5BWJA 3OO9A 4H0WA 2F35A 4FJPA 4YICA 5DVJA 2Q9TA 4E0WA 3VXCA 4HW8A 1QULA 3KBRA 1A7LA 3HHGA 3TELA 3Q29A 2DYXA 2UVHA 4QFOA 1M5DA 3N6TA 4G68C 3CG3A 4H1XA 5TU0A 5AA2A 4PE5B 2ESNA 2RF1A 1IZ1A 1S9TA 3OEMA 5FHOA 4N6PA 1XVYA 4EF2A 4QSDA 2HAUA 1QKBA 1B1HA 2Y7RA 2V25A 1R9LA 3TTLA 3TDJA 3ILUB 4PFTA 3O97A 3USDA 2VHAA 1VFEA 2PT2A 2REGA 4H5GA 3U94A 2Q2CA 3CFLA 4R73A 4PFYA 4QSCA 3BFUA 4QHQA 1GV8A 4ZZAA 3EHSA 1OQHA 1DMBA 2DWJA 2F7AA 4F3PA 2DWHA 3SEXA 5JEIA 5F7VA 4RPOA 5KZTA 3B7DA 4RYAA 3VV5A 1IXHA 5H8QA 3K0VA 4P0GA 1IXIA 3TAJA 1BP5A 1LSTA 1JVYA 1URSA 4YKKA 1TFAA 4ESXA 5ICQA 1BLFA 4ZEBA 3TUSA 4AB6A 4RJZA 4FEDA 1QKAA 2NVUB 3KN8A 3H6TA 2R71A 1SW1A 4L17A 4OFOA 3MWBA 3MVWA 2GHBA 2GFEA 2F6PA 4XKNA 4LQ5A 1H44A 2QMXA 5K2XA 3A3CA 3VVFA 3V83A 5HPQA 2XXVA 3IOTA 3TEPA 2D5WA 1B05A 2VD2A 2RINA 1Q1KA 1Z7ME 4U23A 4OYVA 1WDNA 3M8UA 2UVGA 5H8NB 1L5TA 1MY1A 2AYSA 3QIMA 2B3FA 4G8HA 5H8HA 2D3IA 3OXNA 5LOMA 4F19A 3EPEA 2XHDA 2A5TA 2Q88A 1SI0A 1JW4A 2I48A 3K02A 3JV9A 4QFLA 4NF8B 4ECFA 1ZU0A 2H9BA 1RYOA 1A54A 1LAFE 4O3CA 3K6UA 3FV2A 3HCQA 3QXMA 2XXYA 4H8IA 5TP9B 3HO7A 1IUDA 1EZPA 4DE8A 3QUJA 3H03A 3FZVA 5KDTB 3PGFA 2ONSA 2VOZA 1VSOA 4F2QA 1SI1A 1H3DA 3WAFA 3MW0A 3U72A 1T0KA 1MY2A 2I6EA 2XX8A 1H43A 2QS4A 1N3WA 1OIBA 4WEDA 4DLDA 2ZNSA 5FTIA 4Q5TA 2OCUA 1AIVA 2O6AA 1O64A 3D4CA 4OTEA 3S9MC 4X48A 2X7PA 5L8DA 3THIA 4MLVA 5CMKA 3SEVA 1B4HA 5ITPA 1NNPA 2XX7A 5ELVA 3VXBA 4DXCA 3LSWA 4R9GA 4JXIA 1SVXB 3E9XA 1MXYA 1B7HA 1MH3A 3FATA 5I2KB 4LZ7A 3M3FA 1MDP1 2H99A 4H67A 4ELRA 4E0XA 4KI0E 2V93A 3PUWE 4JWYA 2ZYKA 3VVDA 1WVJA 1P1UA 2I58A 3TZAA 1YAEA 2ZNUA 3QK6A 3TCHA 3PPNA 1ELJA 4ZEIA 5FHMA 1IEJA 4U4SA 3T22A 3VFJA 4KCDA 3KJTA 3MJNA 2XX9A 1MPDA 2THIA 4HS7A 1AL3A 1N3XA 4H65A 3O9PA 4OENA 4GRKA 4PQJA 1PC3A 4U1ZA 3SETA 2DWIA 4O3BA 5CM6A 1A99A 2ONRA 3PU5A 4ZEKA 3TTNA 3PUZE 3G3IA 1I6BA 1FTMA 3C33A 5DYHA 2GH9A 4PETA 2YLNA 4TQUQ 1OVBA 3MPKA 5L9OA 3PMWA 3H7MA 1FQFA 1N0TA 3DP4A 4MLQA 3GZGA 1GVCA 1B3FA 3JZJA 3KN7A 3PMXA 3B6TA 1A55A 1USYE 4QF9A 4ZDMA 1CB6A 2YJPA 2DXYA 3CRBA 2DWAA 3E4RA 4FAJA 3QYTA 3SEUA 3BFTA 1FQDA 3B6QA 3U93A 1ZJLA 1BKAA 1S7YA 4YKIA 4R6YA 3W9VA 2PBWA 1B32A 4DZ1A 2Y84A 4NWDA 1DTGA 5DTBA 4ZEFA 3LSLA 2DVZA 4ZZEA 1LAHE 4G68A 1NNKA 3MP8A 4LZ8A 3CVGA 1MPBA 4ISUA 3SESA 2OLBA 1ZIUA 3LUYA 3RNNA 3G7WA 4IO2A 1VFDA 4HCYA 3EF7A 2OJTA 4NF5B 1AH5A 1WODA 1VE4A 2LAOA 2OWSA 4DXBA 3K6WA 4ZE8A 2WKYA 3G3JA 3M3KA 2F97A 2V3UA 1ZLQA 2UYEA 4RA1A 2OBGA 2Z8EA 5KCJB 3Q28A 3V5AA 4GVOA 1R6ZA 1B2HA 1LCTA 1A40A 4C1TA 1I69A 3IOUA 3ZKLA 3V89B 4ELPA 3IOWA 4GL0A 1US5A 1B9JA 5I56B 1B5HA 3TKDA 3HPIA 3IO4A 1Y20A 4R75A 3KSJA 3K00A 2I4BA 3T9VA 4AQ4A 2IEEA 5AA3A 1MY4A 5I57A 1O63A 1D4NA 4LP2B 2F6GA 1LGBC 5HM4B 4MFIA 1Y4TA 5AA2B 5ITOA 1Y3QA 4M1VA 1XS5A 3UK4A 1UIUA 4YZZA 3TODA 1YCJA 2G29A 2ZNTA 3LR1A 3ODBA 4JB7A 3K01A 4DCXA 1N84A 1N76A 4RPNA 4U2RA 4F31B 2OK2A 4BDMA 3OENA 2Q8JA 3S2VA 1MXWA 1IIWA 3FXQA 1BIYA 3MAMA 3V8XB 3UN6A 4FE8A 4YKPA 1N7XA 4FEBA 5TPAB 5CRYA 4NWCA 2ALUA 3KSXA 3FIRA 1FTOA 3SEWA 1EU8A 3RN8A 2B3BA 1MM7A 4BLAA 5JTYB 1M5CA 3TPAA 4RXLA 5EYFA 1LBCA 2QS1A 2XD2A 5H8FB 3MUQA 4JSDA 4GD5A 4MBPA 3FVOA 4F2OA 4NF6B 3TMGA 2Z8FA 4ELQA 4DIGA 5CMCA 4U4XA 3O2AA 2NWJA 2I4CA 1QW0A 1DTZA 1RKMA 4GWOA 4H5FA 3BBRA 1GTKA 3CI8A 3M3LA 2XXPA 3OOAA 1NKXA 1B3HA 2H25A 3K2DA 2ANJA 3MQ9A 4LONB 4F1VA 3IJOB 3E3KA 4OFLA 3PMVA 3PUVE 3IAZA 4EDPA 3RY3A 1Y9UA 4JWXA 2O7UA 1IXCA 1NMUA 3T9HB 1B5IA 2QS2A 4JDFA 4YKJA 2QPQA 3TTMA 1TWYA 1QUJA 1SW5A 2DP8A 5H8HB 2PVUA 2F7CA 4PFUA 4YB6A 3N6UA 2UYFA 5CMMA 3RQTA 2BJJX 4IY5A 2ZYOA 2A5TB 1B51A 4KQPA 4U1OA 4WKMA 2XXRA 4NF4B 5AA4A 4KR5A 5I2NB 4IO7A 1M5FA 2DE3A 5DT6A 4EXKA 2UVJA 3H4ZA 3N94A 4ELOA 2NOOA 2PYYA 3KGCA 4IO6A 4UACA 3T96B 2ZYNA 3FUZA 1URDA 1B0HA 4KYSA 4EQ7A 3RUMA 3HSTA 2RKMA 1TFDA 3OMBA 2AIXA 3IJXB 1URGA 2A5SA 2NUVA 3FJ7A 3U92A 5DEXB 3E13X 1SBPA 2H4IA 1MXZA 1OLCA 4IO3A 2DVCA 3ILTB 3W15C 2AL5A 3CG1A 5L9SA 3L6GA 4JSOA 1B1XA 4NF8A 1JW1A 3EN3A 3SDFA 1MQDA 2X7QA 4X1BA 5ICTA 4ESWA 1LFGA 4G2ZA 5EHMA 3SEYA 4QSEA 3G3HA 5I59A 4PP0A 1DPEA 2DOJA 1MQIA 5TP9A 1MRPA 4OETA 1DOTA 4F29A 4OESA 4BDLA 2VP1A 4RK9A 1OVTA 5KDTA 3KEIA 1JETA 3MPLA 4XIGQ 2UVIA 3IB2A 2XD3A 4I1DA 4KYDA 1Y1MA 1UIVA 3MVYA 3H3GA 4IGRA 1I6QA 1DPPA 4KFQA 2I49A 1ANFA 3IORA 3UORA 4NEDA 4I8CA 2YPNA 3UA8A 1XHYA 1B5JA 2REJA 3CSBA 3TTKA 2XXTA 1PB9A 3RT6B 1LB8A 3JYRA 2QJEA 5CC2A 5L9MA 4YB5A 4TLLB 1MDQA 1UTHB 4R2FA 3VLUA 3S9NC 5I84A 4AB5A 2F7BA 3OSQA 2O69A 2ABHA 5I2KA 4R2BA 2Y7PA 3L6HA 3S4UA 1POTA 4ZECA 3ZKKA 4YMBA 3EHTA 4HTGA 1MPCA 1H45A 1SDXA 1MQJA 3O28A 3TFLA 4NE4A 1MM6A 2D21A 3OO8A 2OZZA 1B3LA 3KFMA 2B65A 2PT1A 4FIMA 5DVFA 4ZEDA 4XTCQ 1TT1A 4ND9A 3LSFB 3TCFA 2FA7A 1N04A 2Q89A 3T9UA 1B7UA 2H5YA 3ONMA 2RC9A 2XXIA 4O3AA 2P0SA 3TTRA 3PPOA 2Q2AA 2AL4A 1Y3NA 2DE4A 3H6WA 5B7DA 1XVXA 5H8SA 3RLFE 3RT8A 3MVZA 4LATA 4XKQA 1MXVA 5CMBA 3R7XA 3HN0A 3KZGA 4R9FA 4G8MA 4G68B 1POY1 4LZ5A 4XKPA 4DDDA 3EQ1A 5I58B 1XOCA 4LQ2A 3PUYE 5CBSA 2M8CA 4FATA 5AA1A 1JEUA 4DCYA 2FNCA 4EQBA 3C32A 3F11A 3CR9A 4X1DA 1P99A 3O6HA 5K2YA 1UTBB 4GXSB 3OEKA 3T66A 2P1SA 3QSLA 1EZ9A 1LBBA 3S9LC 3G3FA 1B0LA 3OSRA 1FCKA 1Q35A 1QVSA 1IXGA 3BKIB 1PDAA 3U8QA 4GL8A 4MF3A 2HZLA 3HV1A 5J1DA 2O1MA 4ONYA 1AOVA 4FECA 2FYIA 3GBAA 2NXOA 1FQCA 4F18A 3K1MA 4GOTA 2O7IA 2PMSA 2G93A 3Q26A 1H76A 4OQOA 4NF5A 1AMFA 3Q27A 5A5XA 4OVJA 4KYEA 3FVGA 1P1QA 2RC7A 3DLNA 4IO4A 4ZE9A 3N5LA 2Y7IA 1B52A 4Q0CA 1D9VA 3O29A 3OO6A 2I3VA 1ZKBA 4TOZA 1VR5A 3LC8A 2DS9A 3P7IA 1JW5A 2F36A 4F1UA 5KCJA 3SKPA 2O51A 5FHNA 2ZMBA 1TXFA 3PD8A 1XT8A 1Y3PA 4Q8RA 2O84X 5I56A 3B6WA 4OZ9A 1FTKA 3KJ7A 4P0IA 1B58A 4KD5A 4Z0IA 1B6HA 3FVKA 2HZKA 3DELB 5FTHA 3CIJA 5CBRA 3LSXA 2P2AA 3C9HA 3IL1B 1PB8A 4RY1A 4TLMB 1SQYA 4RNSA 1EZOA 4F1YA 3FV1A 2F8DA 4F3GA 3K1PA 4XKRA 2I3WA 4OFJA 1NH8A 3PPQA 4H6DA 2Z23A 3C4MA 3H6UA 4N07A 4POWA 4LA9A 3KG2A 4BDRA 1QJMA 5DVIA 4ZS9A 1SYIA 1A8FA 5M2VA 1XC1A 1NFTA 5H8QB 1P1WA 1O7TA 2CMOA 1JVXA 4XXUA 3RTFB 4GIZA 1OLAA 4K3FA 4P11A 3GLBA 3CFXA 3FXUA 3I6VA 5TPAA 4OMBA 3OO7A 4YMAA 3FJMA 1S50A 3MP6A 4QFPA 2KLFA 3LBSA 4I9DA 1FQAA 3MP1A 5JTYA 3IX1A 1PEBA 4OHNA 1NNTA 1YPNA 4IY6A 4YU0A 1Y4CA 4R6HA 5H8FA 1I6AA 4FORA 1M5BA 4LUBA 3CSGA 4U21A 4NF6A 1MQGA 1D3KA 1R9QA 1ZBMA 3MZ9A 3IOVA 1B46A 4Q30B 5B70A 1JQFA 2Z22A 4N13A 3VVEA 1F9BA 1P1OA 3CFZA 1ATGA 4G8NA 4U22A 3QUFA 3R26A 1B3GA 4C0RA 5AA4B 3R6UA 3WAEA 3QAXA 4OWDA 3VLWA 4BDQA 3O66A 1FTJA 1MG1A 1MS7A 3VDFA 1KWHA 1LAGE 3D4GA 3ECRA 4BDNA 4IGTA 1MQHA 3IB0A 2Y7WA 4F22A 3ZSFA 4G4PA 3PPRA 1EH3A 3T93B 3MC2A 4EXLA 4KPTA 1J1NA 2PX1A 4KHZE 2VD3A 1JEVA 5H8NA 1OQGA 3HHFA 1HSJA 3G3GA 2R9JA 5AA2D 1IITA 4NF4A 3A09A 3AXFA 4R72A 3KOTA 5I2NA 4JWOA 5I59B 4EF1A 2QRYA 3IO6A 2HEUA 2X26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WXJA 1NNFA 1FSAA 2XXXA 4POXA 4H8JA 1MH4A 2PFYA 1LAXA 1FW0A 2CZLA 4Z7EA 1B4ZA 2ONKE 4JBZA 3C36A 2IA4A 3H6VA 1KZ8A 3ZS6A 4C1UA 1Z7NE 4GFRA 2O1LA 2RCAA 5DEXA 2DQVA 3H06B 3UP9A 1N7WA 2E1SA 2HQ0A 1B3EA 4QFNA 2V3QA 5EHSA 3GXAA 3FD3A 5EYHA 1SYHA 4GF8A 3SERA 4PC9A 2VT5A 5EQAA 1HSEA 4PFWA 1M5EA 2ZYMA 1LFIA 1FRPA 2H98A 1AWBA 4NMYA 1YXIA 4RK2A 3T9XB 5IZZA 1YZ0A 4MH5A 1P1NA 3KN3A 3RGYA 3MZ1A 1YYZA 2GRVA 3K1NA 3K6VA 3PPPA 2F34A 1LFHA 2XXHA 2ZXTA 1NH7A 3I5OA 4WEPA 1DK4A 1R1NA 4IB2A 1IMFA 4GQOA 2HXWA 2HFBA 3MZBA 1FQBA 2DSFA 5BUUA 4YAHX 2E0SA 1USYH 5HBCA 2V84A 4R6KA 1B40A 4F3BA 4IO5A 3TQLA 1INPA 4I62A 3RPLB 3VE1B 1SD3A 1LCFA 2UXAA 1II5A 3KOSA 1FTLA 3S9EA 1MY3A 4G77A 3PUXE 4QFKA 1UTHA 4MMPA 1PBQA 3EHUA 1D9YA 2QVRA 3O6IA 5A5LA 2RCBA 3OELA 1BTJA 3FVNA 3DP6A 2DXRA 4THIA 4GBWA 3C35A 4HCWA 4R74A 4OEUA 1JNFA 1NV7A 3C34A 1B7ZA 1FBCA 2I0CA 1Y1ZA 3MBPA 2GHAA 2HPGA 2DDKA 1FBDA 3G3KA 4OERA 4F39A 2VGQA 2I0BA 3FGSA 1MXUA 1DSNA 4OEVA 2F3BA 4M4GA 4IR8A 4P8BA 2XXQA 3IK6B 1QUIA 3K4UA 3I3VA 5IAIA 1FPDA 1LB9A 3OD7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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