3JYRA

Crystal structures of the gach receptor of streptomyces glaucescens gla.o in the unliganded form and in complex with acarbose and an acarbose homolog. comparison with acarbose-loaded maltose binding protein of salmonella typhimurium.
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEQDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEVTPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLVPNPPKTWEEIPALDKELKVKGKSAIMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKFENGKYDVKDVGVDNAGAKAGLTFLIDMIKNKNMSADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDKSKVNYGVTLLPTFKGKPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDQGLEAVNKDKPLGAVALKSFQEQLAKDPRIAATMDNAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALKDAQSRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of the Solute Receptor GacH of Streptomyces glaucescens in Complex with Acarbose and an Acarbose Homolog: Comparison with the Acarbose-Loaded Maltose-Binding Protein of Salmonella typhimurium.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 124
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3jyrA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3jyrA01
1B32A 1D3KA 1B9JA 2H98A 3O6IA 3MW0A 1Y20A 1H76A 4XKRA 2Z8FA 4BDOA 2QJEA 2A5TB 2D3IA 3TAJA 1Z7ME 1URSA 4PE5B 3B7DA 2Q2AA 4OVJA 1DPEA 1B5IA 1JQFA 3RUMA 3DP4A 4RY1A 1NNFA 5I58B 3TTMA 3JYRA 2QL3A 3H03A 3C32A 4HW8A 4EQBA 1FQEA 1B46A 4XKNA 5IAIA 2BJJX 2Y84A 3EPEA 3FV1A 2I0BA 2F7CA 1A40A 1LFGA 3G3HA 2DQVA 4R75A 2Y7IA 3C36A 3GXAA 2F6GA 5JTYA 1OLCA 4EUOA 1DTGA 1TT1A 4GOTA 1F9BA 2B3FA 4YKJA 1SW2A 4EDPA 4TLMB 4AQ4A 1LBCA 4OMBA 3MQ9A 1B4HA 2F34A 2ZYMA 4BDNA 3K1MA 4QRZA 4P0IA 1R6ZA 4NF6B 1YAEA 2PVUA 1HSEA 4ELOA 2PT2A 4G68B 3T9HB 4GIZA 3OENA 3EQ1A 1MRPA 4ESXA 4YAHX 5ICQA 4XKQA 3PMXA 3M8UA 1B52A 3H6TA 1P1OA 2X7PA 1PDAA 4RXLA 3UP9A 4LONB 3DELB 1USYE 4YMBA 3K6VA 4KHZE 3OEKA 3MPKA 4R6KA 3G3IA 1OMPA 2F7AA 4F29A 3I5OA 1MPDA 3H06B 3K1NA 3HHFA 1RYOA 4Q0CA 4JWOA 2F8DA 4DXBA 3EN3A 3KN3A 3UK4A 3BBRA 3IORA 1EH3A 3IK6B 3ZS6A 2XX7A 2XXTA 1B0HA 1MM6A 2ALUA 4IGRA 4BDMA 2VP1A 5HM4B 3RLFE 2ZXTA 3TQWA 5F1QA 2E0SA 2QS1A 4GL0A 5F7VA 2ZYNA 3PPPA 2B65A 1MXWA 4JWYA 2Q88A 5FHMA 3IJXB 4LA9A 3O29A 4Q8RA 2B3BA 4KI0E 4OENA 1MQHA 3RT6B 3W15C 5HPQA 1ANFA 3T22A 1J1NA 1JEUA 1B1HA 1A54A 2R9JA 2DSFA 3MPLA 4HCYA 2V93A 3HPIA 2DYXA 2Q9TA 5KCJA 1UTHB 1NKXA 3T9UA 3TDJA 1QW0A 3KN8A 5ISUA 4JWXA 4YB6A 3RY3A 2WKYA 3QIMA 3M3FA 4BDQA 3K6XA 4NEDA 1URDA 4JXIA 4Z7EA 2V3QA 3U8QA 3EHUA 1AH5A 3V83A 4MLVA 3FVNA 3H7MA 3THIA 1B3GA 1M5DA 3QUJA 1II5A 1SDXA 3IX1A 1FTMA 3MWBA 3C31A 2DVZA 4YKPA 4PQJA 3OSRA 5FTHA 4P11A 3S9MC 3A09A 3TQLA 3GZGA 3MZBA 4I8CA 1ELJA 5CMMA 1IXIA 1I69A 3WAFA 3PUVE 3N26A 1LCTA 2DWJA 1QKAA 5I2NB 3SERA 4EF2A 4U23A 2O51A 4OZ9A 4QF9A 2I4BA 3CI8A 3LSWA 5BWJA 4R9GA 5H8QA 3KJ7A 2RCAA 4YICA 2GHAA 4GRKA 2F35A 1D9VA 2RF1A 5L9MA 5ITOA 2XXXA 3OELA 1B3EA 1MM7A 1FQFA 1KWHA 1MQIA 2ONSA 3TPAA 2F36A 2V84A 1BTJA 3TEPA 3CVGA 4G8HA 3O97A 1MQJA 2F6PA 3SEWA 2I48A 5AE4A 3VXCA 1AMFA 4TQUQ 4DCXA 3T93B 3MC2A 1MXXA 2UXAA 3V8XB 1B1XA 2QRYA 4LZ8A 3RN8A 1N76A 3KG2A 3UIFA 5TU0A 4ZEKA 1Y3NA 5DYHA 4F19A 5I2KB 1MXUA 4LP2B 4LVQA 4F22A 3IOWA 1SI1A 2RCBA 1R1NA 5M2VA 1I6AA 3MAMA 4DDDA 3O2AA 1N7XA 4IO4A 1MDP1 3CG3A 2H9BA 3H3GA 1ZLQA 3U1OA 2F5XA 3QK6A 2GFEA 5H8HA 2I3WA 3ECRA 4FORA 4LATA 3LUYA 3B6QA 1O63A 4WEPA 3ODBA 1UTBB 4C1TA 1SQYA 3MP1A 2O69A 2QMWA 2YJPA 1FQCA 1VFDA 5DEXB 3H6VA 1M5CA 3IR1A 3LSLA 5FHOA 4L17A 4G68C 4N13A 4ZZAA 2ZYOA 4KQPA 3PD9A 4H65A 1FCKA 3K01A 5K2XA 2IA4A 4WEDA 1NH8A 5H8FA 4KYSA 5I56A 1OQHA 3A3CA 3PPQA 4ZEIA 3E9XA 4F3BA 2HZKA 3MUQA 3C34A 3FVKA 4F1YA 2F97A 1TFDA 2HCAA 3EHSA 2G29A 2DWHA 4LUBA 1SVXB 4U2RA 2ZNUA 4M4GA 2DE2A 1I6QA 1CB6A 1A55A 4YKKA 4QSCA 4ZE8A 3RPWA 3S9NC 1Z7NE 4TLLB 3I6VA 2HZLA 4ZDMA 1QULA 3ILTB 2NWJA 1AOVA 3IB1A 3SDFA 4XKPA 5TP9B 3TCGA 3UA8A 3TTRA 3KZGA 3QYTA 4POWA 1B2HA 2ZMBA 3FD3A 3PPRA 3L6HA 1SBPA 1DTZA 3K00A 3RTFB 3O28A 1FQDA 4MH5A 1Y4TA 1BKAA 5DTBA 2I0CA 3RGYA 3VVDA 1Y1ZA 3O6HA 4U1ZA 4EQ7A 3CR9A 3SKPA 4RK2A 3T96B 3BFTA 3HHGA 1T0KA 1B3LA 1BP5A 4DXUA 4OEUA 4H8IA 3QUFA 3PD8A 4NF5A 4G2ZA 1P1WA 1PB7A 5H8SA 2QMXA 1MY2A 4LQ2A 2GHBA 3VVEA 3TFLA 3Q29A 1LFIA 3USDA 2ZNSA 1A7LA 1RKMA 1AL3A 4OTEA 3FIRA 2DWAA 3VVFA 1XVYA 5JTYB 4IY5A 3CG1A 1MPCA 1H44A 1PB9A 1GVCA 2XD3A 4FATA 3R26A 4GQOA 1NFTA 3PU5A 5EHMA 5CBSA 3K4UA 5CRYA 4I62A 1O64A 1I6BA 2XXHA 2XXPA 1Y4CA 4F18A 1LCFA 3RNNA 3G3KA 5I59A 3KN7A 3KOSA 1NH7A 1H3DA 3M3KA 3MVWA 4OESA 2VD2A 1JW5A 2ONRA 4ZECA 1GV8A 4ZZEA 1B3HA 3VV5A 1B3FA 1WDNA 5JK4A 1A8FA 2V3TA 3HCQA 1L5TA 1LFHA 1CE2A 2Q8JA 4MFIA 4G4PA 4TOZA 3VLWA 4WXJA 1IIWA 3GBAA 1HSLA 2AL4A 3S2VA 4KYEA 1VSOA 2GRVA 4R2BA 5A5XB 2OLBA 3QAXA 5CM6A 5I57A 1USYH 3C35A 3FV2A 1GR2A 1LGBC 4NF6A 1FQAA 3TCFA 3KEIA 4DIGA 1US4A 3F11A 4R73A 2OZZA 4OETA 3U94A 3WAEA 3C9HA 1R9LA 1XC1A 1NNTA 4I9DA 2X26A 1IEJA 2O1LA 1GGGA 2UVGA 4QHQA 1B0LA 3DP6A 3UN6A 1FTLA 5KDTB 2XXRA 5JEIA 1OLAA 4Q5TA 3SETA 4U22A 3FZVA 4MBPA 1NMUA 2OBGA 3GBBA 4N6PA 4ZS9A 4PFUA 3OOAA 2VHAA 1MXYA 2F78A 2OJTA 2VD3A 2QS3A 5KCJB 2VOZA 2DE3A 2FA7A 2PMSA 4F1VA 4QFKA 4OFLA 1QJMA 3FJ7A 3K6WA 1WODA 5AA4A 4EXLA 1R9QA 4NF8A 2H5YA 5CBRA 1ATGA 1Y3PA 4KFQA 2OK2A 1FW0A 4ZEDA 2ABHA 1SI0A 4ZEBA 2Y7WA 2RINA 2R6GE 3Q27A 1LBBA 4MLQA 1FTOA 4RJZA 4XIGQ 1MY1A 4G8MA 3S9EA 1A8EA 1EZPA 1SYIA 4R6HA 1SW1A 2Q2CA 3G3GA 1N04A 2UYEA 3ZSFA 3MVYA 1ZBMA 2DP8A 1GTKA 4H0WA 3N5LA 4NF4A 4KCCA 5H8QB 1MXZA 1IXCA 1MY3A 4ECFA 1BLFA 1FTJA 5LOMA 4UA8A 2XXYA 4H5FA 3RTWB 2O6AA 1DSNA 3E4RA 5HBCA 1M5FA 4R9FA 4R74A 1ZTYA 2PX1A 3EF7A 4PFWA 5L8DA 4AB5A 1H43A 1QUIA 4FJPA 4NWCA 5TPAA 5FTIA 1QVSA 2XXUA 3MVXA 3FXUA 4EF1A 2HQ0A 4QFNA 2O7UA 5ICTA 4GL8A 3R7XA 3UORA 2Y7KA 2XHDA 1PB8A 2G93A 3IOTA 2REGA 2XXWA 3KSXA 5CMCA 2A5SA 1H45A 3CSBA 5FHNA 1O7TA 2Y7RA 5AA2D 2AIXA 5L9OA 2HEUA 1LB8A 2Z8EA 4Q30B 5H8HB 3T9XB 3IOUA 1NNPA 1JW4A 4U4SA 2RKMA 1VR5A 5J1DA 3SEVA 2OWTA 4X48A 1US5A 2D5WA 1ZKBA 1FQBA 3BKIB 3T9VA 3TZAA 3OO6A 4JDFA 3JZJA 2XX8A 3PUXE 2UVHA 3K2DA 4F2QA 4JBZA 2F7BA 4YKIA 4PFTA 2CMOA 4NE4A 5H8NB 4F3SA 3OEMA 2YPNA 2O7IA 2DVCA 1BIYA 3Q28A 1IZ1A 1P1QA 3I3VA 3OD7A 1URGA 1EZOA 5H8FB 5AA3A 5I56B 5CMKA 4R6YA 4E0WA 4LZ7A 3HN0A 4MF3A 3MVZA 4QFOA 4ZEFA 4QSEA 4OFOA 4O3BA 1OVTA 5AA2A 3QXMA 4YMAA 3G3FA 4F39A 1UQWA 2E1SA 3FATA 4EXKA 4C0RA 2DWIA 3PPOA 4F3GA 3CRBA 4PETA 3HO7A 1IXHA 1QKBA 3TYHA 4IO6A 1LAFE 1N7WA 2ZNTA 4OFJA 4JSDA 4X1BA 4RK9A 4IO5A 3C4MA 2XXQA 2REJA 3PGFA 3FJGA 4GVOA 1B5JA 3HSTA 1MH4A 4ELPA 1ZU0A 2XXVA 1HSJA 1B51A 4QSDA 1IITA 1SYHA 2I49A 3CFZA 4FECA 2UVJA 5B7DA 2UVIA 4YB5A 3LSXA 1POTA 1N3XA 3C33A 3QSLA 3SEYA 4RPNA 5TP9A 4NF5B 4X1DA 4GWOA 3IJOB 1UIUA 1MPBA 4POXA 4IB2A 1JW1A 1Q1KA 1RYXA 3MZ1A 1DPPA 2IEEA 4HCWA 2OWSA 4OXVA 5KZTA 4NMYA 2H4IA 1YTVA 4ELRA 3W9WA 3PUWE 2O68A 3E3KA 5AA1A 1OVBA 5CI5A 3IB0A 2DOJA 5EYFA 1YPNA 1VFEA 4U1OA 2A5TA 4RPOA 1SW4A 2I58A 2DE4A 4M1VA 4F1UA 4FEBA 1TWYA 2NVUB 3FUZA 4Z0IA 5CMBA 3VXBA 5I59B 1B7UA 4IO2A 5I58A 2THIA 4C1UA 4BLAA 4HS7A 3LSFB 3U93A 3L6GA 1NNKA 2QPQA 2HAVA 2FNCA 4R72A 2H99A 4IO7A 2HFBA 2RC8A 1M5BA 1OIBA 1B7ZA 5DVJA 2M8CA 4KPTA 4RA1A 3KJTA 2DXYA 3BFUA 2X7QA 1P1NA 3LR1A 1WVJA 4KR5A 1Y3QA 1IUDA 1NL5A 1PC3A 3K0VA 3W9VA 5I57B 3TKDA 4ISUA 1PBQA 1JVXA 1Y9UA 5DVIA 3VFJA 2GH9A 1B7HA 4YB7A 5CC2A 1LB9A 1UIVA 3OSQA 3PMWA 3Q26A 4JB7A 2R71A 4EQ9A 2PYYA 4JSOA 4OERA 4G68A 1EZ9A 3H4ZA 3E13X 3DM0A 3N6TA 3SEUA 1MY4A 5ELVA 3S9LC 4OHNA 5A5XA 4QFLA 4PP0A 3IL1B 4F2OA 3MZ9A 4DLDA 4ELQA 2Z23A 4DE8A 1Y1MA 3ONMA 1Q35A 1D4NA 4IY6A 3MP8A 1LAHE 4F31B 1N3WA 1PBPA 3FVOA 1D9YA 1PEBA 4R2FA 3DLNA 3T66A 2H25A 1MQDA 2P1SA 3AXFA 3RT8A 3TTNA 3EHTA 3LBSA 4ND9A 1LAXA 2XX9A 1JETA 2YLNA 2LAOA 5KDTA 5AA4B 4NF8B 3MJNA 3O9PA 4OQOA 3U92A 4DCYA 4QFPA 3B6TA 3S4UA 4ONYA 1P99A 1B05A 3UGWA 1ZIUA 4YZZA 3IO6A 4KD5A 1B4ZA 3V5AA 3K02A 2VGQA 4H6DA 3TELA 2AYSA 3CSGA 4BDLA 1TXFA 2PBWA 2XD2A 4YU0A 3FASA 4U21A 4HTGA 5DVFA 4H67A 3SESA 1UTHA 4F3PA 3PV0E 4I1DA 2RC7A 2ANJA 1EU8A 4NF4B 2V3UA 4PFYA 4GF8A 3TTKA 3PPNA 3N6UA 1POY1 1DOTA 5ITPA 3OO8A 4O3AA 1B58A 3HV1A 2AL5A 1IQ7A 1XS5A 4WKMA 1AIVA 3DP8A 4GD5A 3TODA 3FXQA 1MY0A 2OCUA 1XVXA 3OO9A 2P0SA 5TPAB 4KYDA 1LSTA 4LZ5A 3H6UA 3VDFA 2QSXA 5I2NA 4OWDA 3FJMA 2O1MA 4FAJA 3H6WA 3PMVA 1S9TA 1S7YA 3CIJA 5K2YA 3U72A 4H1XA 3OO7A 4H5GA 4E0XA 4K3FA 5I84A 3MBPA 3LC8A 4FEDA 2Q89A 1N0TA 2CZLA 1XOCA 3TMGA 4KCDA 4NTLA 2DXRA 1N84A 3ZKLA 5L9SA 3CFXA 3KBRA 3IO4A 1B5HA 1MH3A 4N07A 1LAGE 4IGTA 2QS2A 4FIMA 3GLBA 1MXVA 2KLFA 3KFMA 4P0GA 2DS9A 2ESNA 5IKBA 3CFLA 5I2KA 4X9TA 3O6GA 1ZJLA 2FYIA 3RQTA 4XTCQ 2I3VA 2W7YA 2D21A 1QUJA 3IOVA 4FE8A 3R6UA 4G8NA 3V89B 1B40A 2Y7PA 1VE4A 4XXUA 3FXRA 1M5EA 3SEXA 2PT1A 1XHYA 1MDQA 1LLSA 1JNFA 4THIA 1TFAA 5AA2B 1UTBA 2NXOA 3IB2A 2HAUA 3G3JA 1SD3A 2ZYKA 4H8JA 5H8NA 4RYAA 1MG1A 4GXAA 5DEXA 3G7WA 5DT6A 4UACA 1MS7A 3KGCA 3O66A 1MQGA 5EHSA 3OXNA 1P1UA 4U4XA 3M3LA 1IXGA 4IO3A 2NUVA 4DXCA 5B70A 4ESWA 3N94A 3ZKKA 1S50A 3VLVA 3FVGA 1SW5A 3FGSA 3Q25A 3KSJA 4ZE9A 4LQ5A 3PUYE 3D4CA 2Z22A 1JEVA 2XXIA 3K6UA 3P7IA 2O84X 3IAZA 1ZMGA 2HXWA 1YCJA 4AB6A 2I4CA 3D4GA 4NWDA 3JV9A 3VE1B 4DZ1A 2NOOA 4G77A 4BDRA 3MP6A 3B6WA 4RNSA 1B6HA 3KOTA 2QS4A 2I6EA 4OEVA 3TCHA 2RC9A 1XT8A 4GFRA 1OQGA 1QUKA 1FTKA 4OYVA 1A99A 2Z8DA 4GXSB 5BUUA 3OMBA 1DMBA 3VLUA 3TTLA 1JVYA 3PUZE 3TUSA 3A3UA 2V25A 3K1PA 2ONKE 4O3CA 3ILUB 2UYFA 4GLIA 2P2AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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