3JYRA

Crystal structures of the gach receptor of streptomyces glaucescens gla.o in the unliganded form and in complex with acarbose and an acarbose homolog. comparison with acarbose-loaded maltose binding protein of salmonella typhimurium.
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEQDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEVTPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLVPNPPKTWEEIPALDKELKVKGKSAIMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKFENGKYDVKDVGVDNAGAKAGLTFLIDMIKNKNMSADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDKSKVNYGVTLLPTFKGKPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDQGLEAVNKDKPLGAVALKSFQEQLAKDPRIAATMDNAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALKDAQSRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of the Solute Receptor GacH of Streptomyces glaucescens in Complex with Acarbose and an Acarbose Homolog: Comparison with the Acarbose-Loaded Maltose-Binding Protein of Salmonella typhimurium.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 124
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3jyrA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3jyrA01
4F2QA 3MZBA 4ZEBA 2G29A 1Y9UA 3FUZA 5ICTA 2GHAA 2KLFA 5DEXA 4N13A 4P11A 3SEXA 4OMBA 1Q35A 2D3IA 3FD3A 3PV0E 1LAXA 4ESWA 3QK6A 1EH3A 3TEPA 2CMOA 3WAFA 2QL3A 1AH5A 3FV2A 3CRBA 4R2FA 4Q8RA 3JZJA 1POTA 3KN7A 3U1OA 3E13X 1M5BA 4QSCA 2QS2A 1OMPA 1OVBA 3KOSA 2W7YA 4PQJA 5AA4B 3LC8A 2GHBA 1AIVA 2REGA 2V93A 3QAXA 3RGYA 1BKAA 1YAEA 2Q9TA 3LBSA 1P1OA 3FXQA 5A5XB 4WXJA 1A99A 3OO8A 5FHNA 1P99A 1H43A 2F34A 3IAZA 1DPEA 3W9WA 3PUYE 1T0KA 4OETA 4H1XA 2XXXA 4TOZA 2I3WA 4LA9A 2WKYA 4R6YA 1B7ZA 4M4GA 3IOWA 2QSXA 3CG1A 2ZYNA 2QMWA 3SESA 3OSRA 3KGCA 4I62A 3ZKLA 4X9TA 3PPRA 4HTGA 3K4UA 1HSJA 3KJTA 4PETA 5H8HB 4GL8A 3A3UA 4G8NA 1WVJA 2H98A 3H06B 3THIA 2RC8A 3KJ7A 1L5TA 2DOJA 1OVTA 2UVIA 2PBWA 3FIRA 3KG2A 3MUQA 3OMBA 3RT6B 3HV1A 3T22A 3IO6A 2GFEA 3GZGA 2RKMA 2F78A 3C34A 3PUZE 3G3KA 2AYSA 2VD2A 3T9VA 1NNTA 3D4CA 5ELVA 1MPCA 1FQFA 3IOVA 1B52A 5I57A 2DYXA 4UACA 3IOTA 2AIXA 3B7DA 2ONKE 5KZTA 5AE4A 3QYTA 4ONYA 1OQGA 2VD3A 3HHFA 4U1OA 2G93A 2A5SA 5F7VA 1O64A 1TFAA 3T9HB 4G8MA 3LSFB 4HCYA 3PGFA 4GQOA 5I59B 1QULA 3MP6A 4PFTA 1IZ1A 1WODA 2XXRA 5DT6A 4ZZAA 4BDLA 3HN0A 1QUIA 4U21A 2PX1A 2PVUA 4KQPA 1QJMA 1S9TA 1BTJA 3OENA 4XKNA 1BP5A 5KCJB 5H8NB 5AA4A 1B0HA 3MAMA 2DVCA 4OXVA 2VHAA 3B6QA 3M3FA 3FJGA 5I84A 2OK2A 5A5XA 2DWJA 3N94A 3TKDA 2QJEA 1ATGA 1KWHA 1ANFA 1LAHE 3VDFA 4JSDA 2NXOA 2Z8FA 1LAFE 3ONMA 3TPAA 1Q1KA 1B51A 4H5GA 4RA1A 2DSFA 2IA4A 3K02A 5EHSA 4FE8A 1BLFA 3MVWA 4F19A 4R75A 4AB5A 4JWOA 2ONSA 3LSXA 3T9XB 4GXSB 3U8QA 3TTKA 1SYIA 2XXPA 5H8HA 2X7QA 4OFOA 3MJNA 4THIA 2ONRA 1A8EA 2FYIA 3VFJA 3KN8A 2Y84A 4ZDMA 3PUVE 5JTYB 3W15C 2V84A 1QW0A 1NH8A 3V8XB 4JSOA 3FVOA 1QKAA 2ZNUA 2D5WA 3LSWA 2H99A 1MM7A 4O3AA 4JB7A 3DLNA 4OHNA 3OO7A 3O28A 4OERA 4U4XA 4ZEIA 3UP9A 2P1SA 3MBPA 1JEUA 1NH7A 5TPAB 1Y1MA 1B3GA 1OLCA 3CFXA 3MVYA 4RPOA 5L8DA 5BUUA 2XXHA 3FASA 4NF8B 1MQJA 4BDMA 4POWA 4N6PA 4R73A 3Q29A 1B40A 1XS5A 5ISUA 3JV9A 5BWJA 3CSBA 4EF2A 3BFTA 3OELA 5I59A 1URGA 4DCXA 2HXWA 2YLNA 4IO6A 2LAOA 4EF1A 4RJZA 1B5IA 3WAEA 4XKPA 3C33A 1GGGA 4GD5A 3KEIA 2R6GE 3Q26A 4NWDA 3CSGA 4OWDA 4GF8A 5H8NA 4H65A 1B1HA 4H5FA 4KPTA 5H8QB 2Y7WA 3RTFB 3SEUA 1LCFA 3O2AA 4Q5TA 3PU5A 2M8CA 1FCKA 3FGSA 3KSJA 3SETA 2DVZA 4JXIA 4EQ9A 1MY3A 2NUVA 4KCCA 3K2DA 4ZEKA 3DP4A 1PB7A 3G3IA 3ILTB 4QFLA 2HEUA 3QUFA 1JETA 4QHQA 3N26A 4IO7A 3FV1A 4DE8A 4LATA 3UK4A 2OJTA 4YB7A 1I6BA 2PYYA 2HZLA 3SDFA 3FVNA 5TP9A 2DWHA 5J1DA 3K01A 2Z8EA 1MXUA 1QVSA 3QUJA 1URDA 4IO5A 4OESA 1Z7ME 4AB6A 4F3BA 5JK4A 5JTYA 1PEBA 2Y7KA 3L6GA 1OQHA 1XOCA 1IEJA 4QRZA 3TODA 5AA1A 5HBCA 5AA2D 1PBPA 2Y7IA 1OIBA 2QS4A 4Z0IA 1N7WA 4EQBA 1ELJA 1R6ZA 1SD3A 4KYEA 1N04A 5TPAA 1SW5A 1NNKA 2DE3A 1LFIA 1MY2A 4Q0CA 4LZ8A 3T9UA 3USDA 3A09A 1B7UA 4NF8A 4HS7A 3T66A 5EHMA 1ZKBA 4RY1A 4OFLA 2DE4A 3FXRA 4NF4A 5F1QA 3H3GA 5FTIA 1N7XA 4IY5A 1Y3PA 2V3TA 1TXFA 3UN6A 1N76A 2E0SA 4QFKA 4LZ5A 3G3FA 4UA8A 3PPNA 2RCBA 3B6WA 4XKRA 3OEKA 4YB5A 3IORA 1N84A 2NVUB 3K0VA 3E9XA 3V83A 4XIGQ 1OLAA 2O7UA 4QFPA 2O1MA 1UTBB 2FNCA 4I1DA 1FQBA 3IJOB 3FZVA 1SI1A 2H25A 1IIWA 1DOTA 4IO3A 1MDQA 2I4BA 3EF7A 3TTNA 4ZE9A 4BDNA 2XD2A 4C1UA 1Y3NA 1Y4TA 5H8FA 5CBRA 3EPEA 3UORA 2QPQA 5I2KB 2QS3A 2I6EA 4FIMA 3MZ1A 3RTWB 2OWSA 3G3JA 1UIUA 1UTHB 3H6TA 3IX1A 4F1VA 3MVXA 1EZ9A 4EQ7A 2NWJA 1MXXA 4FEDA 1EZOA 4NWCA 1FQEA 1B46A 3N6UA 2Z23A 3KN3A 1CB6A 1VR5A 4XKQA 3PUWE 3RN8A 1MY1A 5I56A 4NE4A 4QSDA 4C1TA 3TMGA 1S7YA 3VVFA 1I69A 3VLVA 4NF5B 1FTMA 1IUDA 4RK9A 3VE1B 3PUXE 4E0WA 3E3KA 4KYDA 1QUJA 4AQ4A 4XXUA 1ZLQA 1LLSA 3UGWA 3O6IA 3KBRA 3IL1B 2UVGA 5L9OA 1AMFA 3M3LA 1N0TA 3U92A 3DP8A 1B32A 1FQAA 2QS1A 3LR1A 4IO4A 4U1ZA 4IGTA 1B3FA 2GRVA 1VSOA 4OYVA 3TUSA 3KFMA 1FQCA 4FJPA 5DVIA 5L9MA 3TCFA 4KCDA 3H6UA 1ZU0A 4GXAA 2H4IA 3O66A 1UTBA 4HW8A 2XX7A 1USYH 1MS7A 1IXIA 1SYHA 2E1SA 3N6TA 1A55A 3CFLA 3T96B 3TTLA 3FVKA 1SW4A 2O6AA 3A3CA 3MQ9A 3PD8A 2ZYKA 4FECA 1PC3A 3S9LC 4H8IA 3EHTA 3V5AA 3FJMA 1HSLA 3O6GA 5CMMA 1II5A 4RPNA 2Z8DA 4Q30B 5HM4B 4GFRA 2VOZA 4GLIA 1UTHA 3QSLA 4OEUA 5CI5A 4F3SA 4DXBA 3TFLA 1R9QA 1NNPA 1B05A 2ZYMA 4BLAA 4Z7EA 2NOOA 3IJXB 4MLVA 1TT1A 1SW1A 2H5YA 3K1NA 3CI8A 4GRKA 4U4SA 4QFNA 1XT8A 3HO7A 1B3HA 2HFBA 5FHOA 4H67A 1GV8A 1P1WA 3JYRA 2RC9A 1RKMA 5CMKA 3V89B 3QIMA 2UYEA 4LQ2A 4F3PA 4NMYA 3BFUA 2O7IA 3IB2A 4IO2A 1YTVA 2F6GA 3BKIB 5CC2A 3IR1A 1VFDA 2V3QA 1O63A 3RT8A 1EU8A 3G7WA 1IXGA 5I2NB 2I58A 2RC7A 2O51A 4DXUA 1XVXA 3Q25A 5ITPA 3IK6B 4EDPA 3DP6A 1WDNA 3GBAA 3SEYA 3CR9A 3S4UA 1H45A 4WKMA 3K1PA 4MF3A 1M5DA 4RXLA 5IAIA 2A5TB 3IOUA 1LCTA 1MDP1 4YMAA 3U94A 4YKIA 4PE5B 4ZECA 5CMBA 4G4PA 4U23A 3MP1A 5B7DA 3MZ9A 5CBSA 3EHUA 3AXFA 2RINA 1FTOA 3PMXA 3C4MA 1N3XA 3SEVA 5KCJA 4PP0A 3TAJA 3CVGA 3C35A 4ZE8A 2O68A 1NL5A 4MH5A 2XXTA 1F9BA 1NNFA 3UIFA 3TQLA 3ZS6A 2XD3A 3TDJA 1AOVA 1FTJA 3S2VA 2REJA 1ZIUA 2Q8JA 3SERA 2O1LA 4OEVA 2I0BA 4KR5A 4YU0A 4NTLA 3Q28A 4O3BA 4DDDA 3KOTA 1UIVA 4X1DA 2ABHA 2DXRA 4OZ9A 1MY4A 4LONB 4F18A 2ESNA 1MXVA 4R2BA 1IQ7A 4YKJA 3C9HA 2RCAA 1JEVA 1MRPA 2QMXA 2VGQA 3RUMA 3K6UA 3MWBA 2AL4A 4IB2A 2HCAA 2ZNTA 4GIZA 2ZXTA 1FW0A 4YAHX 5DVJA 3TQWA 1JW1A 1IXCA 2XXYA 4H6DA 2Y7RA 2HAUA 2XHDA 5I58B 4OFJA 2ZNSA 4MLQA 2B65A 3OOAA 3K6WA 3S9NC 3M8UA 3H6WA 1FTLA 5M2VA 2FA7A 1SW2A 4DIGA 2Q89A 3ODBA 1ZJLA 2XXUA 3EQ1A 1LB8A 2OZZA 2AL5A 3OXNA 1B4ZA 3VXCA 1USYE 5I2NA 3G3GA 2F97A 1PB8A 2OCUA 1POY1 1P1QA 1DMBA 4HCWA 2DWAA 3ECRA 4MFIA 2ALUA 2D21A 3B6TA 1B6HA 4K3FA 4F1YA 1BIYA 2CZLA 3OSQA 2F5XA 2I0CA 5AA3A 1LGBC 3K6XA 2A5TA 2HQ0A 1MH4A 1US5A 4O3CA 1SI0A 5K2YA 1TFDA 3TYHA 1B3EA 2B3FA 4YKKA 3LSLA 1US4A 1JQFA 3G3HA 1H76A 4F3GA 1IITA 1UQWA 3L6HA 4NF6B 4ZEDA 3DM0A 3DELB 5H8QA 2B3BA 1M5FA 2F7BA 4R74A 4U2RA 1JW4A 5TU0A 4LZ7A 1QKBA 3MPKA 4G77A 4G2ZA 1DTGA 4QF9A 2OLBA 1Y4CA 3EHSA 3PMVA 3TCHA 1I6QA 1I6AA 2X26A 4R6HA 3O29A 1JNFA 1HSEA 3GXAA 3LUYA 5ICQA 1D3KA 2UVHA 3CG3A 3HHGA 1MXYA 4LP2B 2Y7PA 4DXCA 3RLFE 3PD9A 1Y1ZA 2QRYA 1MM6A 3P7IA 4ELOA 3IO4A 2BJJX 3I6VA 2HAVA 3TCGA 2F8DA 3OEMA 4EXKA 2XXIA 4N07A 3PPQA 3VVEA 1MPBA 1LFHA 4ESXA 3K1MA 5I58A 3IB1A 2PMSA 4JWYA 4XTCQ 1XHYA 3N5LA 4LQ5A 2V3UA 1N3WA 2O84X 2XXWA 1TWYA 4G8HA 4GL0A 1FTKA 1B5HA 1XC1A 3IB0A 1YCJA 1RYOA 1MPDA 3UA8A 4FATA 4ELRA 3GBBA 4LUBA 4OQOA 5IKBA 1MH3A 2I3VA 3C31A 4BDQA 2Q2AA 5H8SA 4POXA 3TTRA 2R9JA 3O9PA 3Q27A 1B9JA 2O69A 4RYAA 4JDFA 5B70A 4EXLA 1MQIA 4ZZEA 4G68B 5HPQA 4R9GA 4YMBA 2DWIA 1NMUA 1A40A 3RPWA 2I48A 1SDXA 2F6PA 1MQDA 3C36A 4M1VA 5FTHA 1LBCA 4X48A 3ILUB 1YPNA 3EN3A 3I3VA 1B1XA 4NF6A 3S9MC 3PPPA 3RNNA 4PFWA 4R6KA 4WEPA 1URSA 4DZ1A 1ZBMA 5DYHA 1CE2A 1Y3QA 3H6VA 1A7LA 5CM6A 4U22A 4OENA 1R1NA 2DS9A 2XX9A 4QSEA 5KDTB 1D9YA 4RNSA 2F36A 5JEIA 4YZZA 4RK2A 3S9EA 4F29A 5K2XA 1D9VA 3VV5A 4P0GA 2YPNA 3RY3A 4DLDA 2Q2CA 1B3LA 3R26A 1B0LA 3OO9A 1LBBA 3ZKKA 2OWTA 4R9FA 1LFGA 1LB9A 1A8FA 3GLBA 2X7PA 5I2KA 1FQDA 2F7AA 1MQGA 1MY0A 3U72A 1B58A 4EUOA 1SQYA 3H7MA 4GVOA 5AA2B 3MP8A 4ZEFA 5DTBA 1J1NA 2Q88A 1PBQA 3O97A 4ELPA 4PFUA 3VLUA 3RQTA 3SEWA 2IEEA 1SVXB 1EZPA 4TQUQ 1Y20A 4QFOA 3C32A 2VP1A 4ISUA 4P0IA 2F7CA 1Z7NE 2P2AA 4YICA 1GR2A 1B7HA 4TLLB 4KHZE 3E4RA 2THIA 4PFYA 4OVJA 1P1NA 3OO6A 3H03A 3H4ZA 2I4CA 4NF5A 2Z22A 3MW0A 2PT1A 5TP9B 3O6HA 1PDAA 3CFZA 3R7XA 4G68A 1H3DA 3MC2A 1A54A 2UXAA 4E0XA 2ZYOA 2P0SA 1O7TA 4F39A 3D4GA 4F22A 3FVGA 1MG1A 1ZTYA 1B2HA 1P1UA 2PT2A 1MQHA 4KYSA 5FHMA 4IGRA 1DSNA 3KSXA 5KDTA 4JBZA 4H0WA 4R72A 2DE2A 4JWXA 1RYXA 1AL3A 4FORA 1ZMGA 1VE4A 2ANJA 4DCYA 3HPIA 3U93A 2DQVA 3W9VA 5LOMA 2I49A 2UVJA 3F11A 3OD7A 3BBRA 4NF4B 1M5CA 5ITOA 4KFQA 2YJPA 3M3KA 4X1BA 1R9LA 1NFTA 2F35A 3PMWA 4WEDA 3VLWA 5DEXB 4ND9A 5L9SA 3CIJA 5EYFA 2DXYA 5AA2A 3HSTA 5CMCA 3I5OA 3TZAA 1JVXA 4NEDA 4ELQA 4YB6A 4F31B 1VFEA 1DTZA 3TTMA 4BDRA 4IY6A 1JW5A 2XXQA 4G68C 1PB9A 5DVFA 2V25A 3FXUA 1GVCA 3TELA 3MVZA 3K00A 5H8FB 4GWOA 4KI0E 4TLMB 4F1UA 1M5EA 4YKPA 3VXBA 4FAJA 3T93B 1LAGE 1QUKA 4H8JA 3FATA 4ZS9A 2XXVA 4I9DA 1B5JA 2UYFA 1B4HA 1MXZA 3KZGA 2ZMBA 4GOTA 2H9BA 3QXMA 2XX8A 1S50A 4LVQA 3SKPA 4KD5A 2HZKA 2RF1A 5CRYA 4L17A 5I56B 4C0RA 3ZSFA 1XVYA 1H44A 3MPLA 2R71A 2DP8A 4BDOA 1SBPA 1IXHA 1MXWA 4ECFA 3VVDA 3K6VA 3HCQA 1DPPA 1GTKA 3R6UA 4MBPA 1JVYA 2OBGA 4OTEA 4I8CA 1LSTA 4F2OA 3FJ7A 3PPOA 4FEBA 1NKXA 5I57B 2GH9A 1D4NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F2QA 3MZBA 4ZEBA 2G29A 3LUZA 1Y9UA 3FUZA 2DDKA 5ICTA 2FIXA 2GHAA 2KLFA 5DEXA 4N13A 4P11A 3SEXA 4OMBA 2Q74A 1Q35A 2D3IA 3SZPA 3FD3A 3PV0E 1LAXA 4ESWA 4GWZA 3QK6A 1EH3A 3TEPA 2CMOA 3WAFA 2QL3A 1AH5A 3FV2A 3CRBA 4R2FA 4Q8RA 5LDZA 3U65A 3JZJA 1POTA 3KN7A 4XF5A 3U1OA 3E13X 1M5BA 1FJ6A 2R8TA 2B4LA 4QSCA 2QS2A 1OMPA 1OVBA 1BK4A 3KOSA 3ISPA 2W7YA 4JVCA 4PQJA 5AA4B 3LC8A 2GHBA 1AIVA 2REGA 2V93A 3QAXA 3RGYA 2FVZA 1BKAA 1YAEA 2Q9TA 3LBSA 1P1OA 3FXQA 1YZ0A 4WXJA 5A5XB 1A99A 3OO8A 5FHNA 1P99A 1H43A 2F34A 3IAZA 1DPEA 3W9WA 3PUYE 4GWUA 1T0KA 4OETA 4H1XA 2XXXA 4TOZA 2I3WA 3ROJA 4LA9A 2WKYA 1YYZA 4R6YA 1EYKA 1B7ZA 4MMPA 1IMDA 4M4GA 3IOWA 2QSXA 3CG1A 2ZYNA 2OX3A 2QMWA 3SESA 3OSRA 3KGCA 4I62A 3ZKLA 4X9TA 3PPRA 4HTGA 3K4UA 1HSJA 3KJTA 4PETA 5H8HB 4GL8A 3A3UA 4G8NA 1WVJA 2H98A 3H06B 3THIA 2RC8A 4FBPA 3KJ7A 1L5TA 2DOJA 1OVTA 2UVIA 1FBEA 2PBWA 1EYIA 3FIRA 3B8BA 3KG2A 3MUQA 3OMBA 3RT6B 3HV1A 3T22A 3IO6A 4P1EA 2GFEA 3GZGA 2RKMA 2F78A 3C34A 3PUZE 3G3KA 2AYSA 2VD2A 3T9VA 4GBVA 1NNTA 2Y5LA 3D4CA 2WBDA 5ELVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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