3K6UA

M. acetivorans molybdate-binding protein (moda) in unliganded open form
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
EVLTVFHAGSLSVPFEELEAEFEAQHPGVDVQREAAGSAQSVRKITELGKKADVLASADYALIPSLMVPEYADWYAAFARNQMILAYTNESKYGDEINTDNWYEILRRPDVRYGFSNPNDDPAGYRSQMVTQLAESYYNDDMIYDDLMLANTGMTLTTEENGTALIHVPASEEISPNTSKIMLRSMEVELSSALETGEIDYLYIYRSVAEQHGFEYVALPPAIDLSSLEYADNYSKVQVEMVNGEVVTGSPIVYGVTIPNNAENSELATEFVALLLGETGQQIFIENGQPPIVPAIAEGKDSMPEELQALVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Apo and ligand-bound structures of ModA from the archaeon Methanosarcina acetivorans
pubmed doi rcsb
molecule keywords Solute-binding protein MA_0280
molecule tags Transport protein
source organism Methanosarcina acetivorans
total genus 104
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6uA02
3RNNA 1LB9A 4F3PA 3ONMA 1ZU0A 1D4NA 3K01A 3C34A 3IX1A 4Z0IA 1NNTA 3IO4A 2P0SA 4NF8B 4U2RA 1EZOA 3H03A 4NF6B 1TT1A 3MVWA 5L8DA 3RTFB 4H8JA 3EQ1A 1SW4A 2QMXA 3M3LA 5DTBA 5JEIA 3Q26A 3AXFA 2Q89A 1B3LA 3RT6B 2I0CA 3TCGA 4FEBA 1H43A 4ND9A 4RJZA 5ICQA 4ZECA 5HM4B 2RC8A 2O1MA 4QSCA 2OJTA 3MP1A 5KZTA 2F6PA 1LFHA 5H8QB 3MQ9A 4ZZEA 4DXCA 5I59A 1FTLA 2RKMA 4E0WA 5K2YA 4PE5B 1Q35A 1D3KA 3PGFA 1NH7A 4YKKA 3IJOB 3E4RA 3BKIB 2F7BA 3BFUA 2R9JA 3VV5A 2YPNA 2ABHA 1R9LA 4LUBA 2RF1A 4DDDA 5FTIA 3K6UA 1XHYA 1MQGA 2XXXA 3A3UA 1FQAA 4KYSA 3K1MA 3DELB 4ELOA 3KG2A 2DS9A 4R74A 4QHQA 4THIA 3CSBA 2D3IA 1Y1MA 3F11A 3C36A 1XOCA 1OLCA 5AA2A 2OBGA 4KCDA 2HAUA 4GXSB 2Q8JA 4F29A 3LSWA 3TDJA 3E13X 4RPNA 4ISUA 2E1SA 3U1OA 3T9VA 3PUYE 3U93A 3PU5A 3ILUB 1LLSA 2I4CA 4YZZA 1H3DA 1FQEA 3O9PA 3UN6A 4KR5A 4X1DA 2Y7IA 4TOZA 1B46A 5I84A 5DYHA 3OENA 4NEDA 3VVFA 4BDQA 2XXYA 3K1PA 3PUVE 1GV8A 3SEXA 3CR9A 2GHAA 3HHFA 4IO4A 4U22A 5L9OA 2ALUA 4IO3A 3G7WA 1IXHA 1DTZA 2AYSA 3K1NA 3FIRA 3C31A 2QSXA 3K6WA 3SKPA 3H06B 3IOVA 3LSLA 1LFIA 1B5IA 3O97A 3DP4A 4QFOA 4JSDA 3VXBA 3FUZA 4FEDA 4QFNA 4YKIA 4F31B 1M5BA 4H5FA 4RYAA 2QS4A 1B0HA 5H8HB 2V84A 1O63A 2DWAA 1PBQA 4PP0A 3WAFA 4JBZA 1B5HA 4KYDA 3M3KA 2I0BA 3IOUA 3MJNA 1LAHE 4TLMB 4ONYA 5FHOA 5CMKA 4GL8A 2O68A 1R1NA 4GFRA 2XXWA 4QSDA 3IK6B 3TAJA 4ZEBA 2DE3A 1IXGA 3QYTA 1OVTA 4GQOA 1EZ9A 1A40A 1FTKA 2PVUA 3W9VA 3TTKA 4KFQA 2RINA 4OYVA 2AL5A 5I56A 4U4SA 1PEBA 4YU0A 3FVOA 4FORA 4XKRA 4ZEFA 3KEIA 4BLAA 4H5GA 4DCYA 2X7QA 4DE8A 5CI5A 3T96B 4KYEA 3IOTA 4LZ8A 4EQ9A 1SQYA 3TTRA 4L17A 1XT8A 4GF8A 1RKMA 3QXMA 4DXBA 1M5FA 1SW5A 4R72A 4N07A 1MXVA 1XVXA 5M2VA 3TYHA 1FTJA 3PD9A 1M5EA 3R7XA 2I6EA 1GGGA 1MQIA 1US4A 1N7WA 1B3FA 1M5DA 4MLVA 4KHZE 3RPWA 4OESA 2E0SA 5CMBA 5CBSA 5F7VA 4G8NA 5I2NA 4QFKA 4NF5A 3K2DA 2H5YA 1VFEA 3QAXA 4U23A 4LA9A 2XX8A 4OWDA 1FTOA 1JEVA 1SI0A 5A5XB 1B2HA 2OZZA 1GVCA 1QUIA 2XXUA 3O28A 2Z23A 3V89B 4DXUA 5JK4A 2O7UA 2Z22A 4GLIA 2ZYOA 3H4ZA 3B6QA 3LUYA 4EUOA 2O51A 4XIGQ 1WDNA 4JWXA 5ITOA 4GL0A 1EZPA 3K0VA 5H8NB 2DWHA 4Z7EA 5KCJB 4XTCQ 5H8FA 5EHMA 1LAFE 3ILTB 3KJ7A 5EHSA 4U1OA 3PD8A 1I6BA 3ZS6A 3C35A 2PX1A 3M8UA 1PB9A 4POWA 3QIMA 4NWCA 3I3VA 1BTJA 4P0GA 3OMBA 3PV0E 4RNSA 3S9EA 3UIFA 1SVXB 3LC8A 3OD7A 3UK4A 3OO6A 5AA4A 2GFEA 3OEMA 4HS7A 4YKPA 4ZE8A 2X7PA 5DT6A 4F3BA 3JV9A 5B7DA 3RQTA 2OCUA 3GLBA 2I49A 4OHNA 1EH3A 2KLFA 2F5XA 3CG3A 2HAVA 4YKJA 3H6TA 3CG1A 4LATA 2ZMBA 4H67A 4HW8A 3MZ1A 2ONSA 4KCCA 1HSEA 3T66A 4K3FA 2Q9TA 4FJPA 4R9FA 2V25A 4QF9A 1URSA 3FVNA 3SETA 2QS3A 4MBPA 1N7XA 4ESXA 1YCJA 3B6WA 3LBSA 4KD5A 1FCKA 3MC2A 3C33A 2I4BA 1P99A 2F7CA 4YB5A 2H98A 4P0IA 1P1QA 1SDXA 3TCHA 2VHAA 1DMBA 4P11A 1JETA 3QSLA 3D4CA 1Y3NA 4QFPA 5I57B 2VGQA 1DSNA 3UORA 1A99A 1UTBB 3MVZA 3PPPA 3THIA 4ELQA 2CZLA 1DPEA 3HPIA 5F1QA 1H76A 4JXIA 4WEPA 4RXLA 5AA2D 5H8SA 4NF4B 1OMPA 4PFWA 2ANJA 4UA8A 4RPOA 1B1XA 1S50A 1PB8A 3H6UA 5I58A 2O84X 3TFLA 3TELA 2I48A 5I2KA 4F18A 5DEXB 3K6XA 3N94A 1XVYA 5ISUA 1N04A 3MPKA 3TKDA 1LFGA 4EDPA 2XD3A 3V83A 2AIXA 2I58A 2ZNUA 3N6UA 3O2AA 1Q1KA 2A5TA 1MXYA 2A5SA 4OFJA 1IZ1A 3N6TA 4BDOA 1NFTA 3H3GA 1QJMA 1PC3A 3IL1B 1ANFA 3KBRA 3MZBA 3CVGA 4LVQA 1B40A 1US5A 4XXUA 3PPNA 2DE4A 3JZJA 3T9HB 1EU8A 5TP9B 2F8DA 4DZ1A 4PFTA 1ZLQA 2WKYA 5TPAA 3ECRA 4I62A 4LQ2A 2H9BA 1O7TA 1OLAA 2HFBA 3G3HA 3CI8A 3FJ7A 1OQGA 2OWTA 2G93A 1MPBA 2HXWA 4M1VA 5FHNA 1B5JA 2HCAA 4M4GA 2OWSA 4X9TA 1BLFA 2NXOA 3SEYA 1D9VA 2F36A 2UVHA 4IB2A 2THIA 3PUWE 1JNFA 3TTLA 5L9SA 2PT2A 3OOAA 2R71A 1MM6A 3R26A 4XKNA 4BDLA 2QMWA 1MDQA 4HTGA 1MS7A 4F39A 2NWJA 1B7HA 1IQ7A 1PB7A 3KOTA 4OETA 1OVBA 4RA1A 2QJEA 2DVCA 4QRZA 4ZDMA 4MLQA 1MPDA 5CBRA 5FHMA 2ONKE 3MAMA 4OZ9A 4XKQA 4U4XA 5JTYA 4AB6A 1POY1 2FYIA 4YB6A 2XXQA 4F2OA 1LSTA 3FJMA 3E9XA 3HSTA 2Y7KA 4R2FA 2RC7A 1VR5A 3OELA 2IEEA 1NNPA 3T93B 1QUJA 3U72A 2RCBA 3O6GA 3PMVA 2F78A 2AL4A 1WODA 1LGBC 4FATA 4GRKA 3B6TA 1NNKA 3OSQA 3ZKKA 3H7MA 1N3XA 5ITPA 1ZJLA 2XX9A 1HSLA 2PBWA 5I59B 1FQBA 4H0WA 5L9MA 2W7YA 2R6GE 2B65A 3KN7A 5KDTA 2UXAA 1IUDA 2XXVA 4WXJA 4OVJA 5DVFA 4OEUA 4QSEA 4EQBA 4OFLA 3USDA 3TQWA 3CFLA 3W9WA 1UTHA 2Z8FA 3KSJA 4F2QA 1NL5A 4ZS9A 5IKBA 3W15C 5CMCA 3HN0A 1TXFA 3HCQA 4H8IA 1MQDA 3RGYA 1S9TA 3KN8A 1VFDA 2XXPA 1B3EA 2REJA 3EF7A 1AH5A 1Y20A 5K2XA 1A54A 1MG1A 2DWIA 1DPPA 3Q28A 1ZMGA 4F22A 1DOTA 4I9DA 5AA2B 3N26A 3ODBA 3CIJA 1USYH 3S4UA 3GZGA 3LSFB 1B3GA 1P1OA 1LCTA 1ELJA 2XXRA 2DXRA 4EXLA 5IAIA 1N0TA 2ONRA 1LBCA 1DTGA 4KI0E 4NF8A 3SEUA 4EQ7A 3IB0A 1AOVA 3K00A 4IO2A 1A8EA 5CC2A 4H1XA 5CMMA 4DIGA 1MRPA 4NF6A 4ELPA 3Q25A 1SW2A 4PFYA 3N5LA 1A8FA 1AIVA 4GD5A 3VLWA 1QKBA 4KPTA 4EF1A 4ZE9A 5DVIA 3L6GA 1LAXA 1QW0A 1SYHA 1SBPA 4F3SA 3FJGA 4C1UA 1N76A 5H8QA 3IORA 1MXWA 3C9HA 3CRBA 4G77A 2F34A 2Z8DA 4X1BA 2QS2A 2M8CA 1MDP1 3Q29A 4IO7A 1D9YA 2H25A 4EXKA 1MXXA 3L6HA 1IXCA 4ZEIA 3PUZE 3T9XB 3O66A 4Q8RA 1T0KA 3KGCA 2UYFA 1B7UA 1NMUA 5EYFA 1GR2A 5CRYA 2XD2A 1JQFA 4F3GA 4GWOA 2D21A 2D5WA 2O69A 4BDNA 3IB1A 5TU0A 3S9MC 1Y3QA 4ELRA 4TLLB 1YPNA 3GXAA 4MF3A 2ZNSA 3OO7A 3JYRA 3HV1A 2UYEA 3HHGA 5CM6A 1RYXA 3A3CA 2VOZA 4LZ5A 4PETA 2GHBA 3G3KA 1MH4A 1BKAA 2DE2A 3TTNA 3K4UA 4PQJA 3KSXA 4NE4A 2XHDA 3G3FA 5LOMA 2UVGA 1QULA 1MXZA 1R9QA 1I6QA 3IAZA 1B4HA 4FE8A 1SI1A 1URGA 3KOSA 1YAEA 4GIZA 3RN8A 3CFZA 1FTMA 1IIWA 5I56B 1II5A 3LSXA 3BBRA 1MPCA 1B4ZA 3FZVA 3FGSA 1USYE 2ZYMA 4ZEKA 1VSOA 5BUUA 2QL3A 1N84A 2Q88A 2ZXTA 2ZYKA 5FTHA 3KJTA 3WAEA 3RTWB 1MY1A 4OMBA 1H45A 4I8CA 3OO8A 3VXCA 1ATGA 3RT8A 2PYYA 1UIVA 3FVGA 2HZKA 4O3BA 5H8HA 1RYOA 2HZLA 4WEDA 4F1UA 3OEKA 2FA7A 1MXUA 4GVOA 1B7ZA 4R6YA 4I1DA 4LZ7A 1IXIA 2VD3A 2H4IA 3OSRA 1MM7A 1LBBA 5I2NB 3TMGA 4Q0CA 4MH5A 3TTMA 2Y84A 1XC1A 4NF5B 3DP8A 2VP1A 4G8HA 3S2VA 3TEPA 1H44A 2ZNTA 3MPLA 4IGTA 4H6DA 1ZIUA 2NVUB 1JEUA 2DOJA 4R6KA 4G68B 1L5TA 4OQOA 4DLDA 3TPAA 2PT1A 1SD3A 4XKPA 1B58A 5ELVA 4JB7A 3TZAA 3D4GA 5J1DA 1FW0A 1FQDA 3VLUA 3Q27A 3PPQA 3OO9A 3IO6A 2NOOA 3KFMA 3MUQA 2BJJX 1UQWA 3EHUA 4ESWA 2I3VA 4TQUQ 4F1VA 3T9UA 2Y7WA 1A7LA 4NWDA 2Z8EA 5H8FB 1S7YA 1MQJA 2Y7PA 3DP6A 1BP5A 3P7IA 3G3IA 2B3FA 2VD2A 4LQ5A 1IEJA 3I5OA 3PMXA 4C0RA 2RC9A 3IJXB 1P1NA 3MP6A 2LAOA 3MWBA 3FXUA 3TODA 1ZTYA 4OXVA 3U8QA 4U21A 5AA4B 1IITA 3ZKLA 2IA4A 4R6HA 3MW0A 2ESNA 2XX7A 2ZYNA 4RK9A 3QUJA 4ZZAA 2REGA 4YB7A 4UACA 1B51A 1OQHA 4F19A 1R6ZA 3RUMA 3B7DA 2DXYA 3PPRA 4YMAA 1P1UA 3KZGA 4MFIA 3T22A 2FNCA 3K02A 4G68C 4WKMA 2Q2CA 4AB5A 3ZSFA 3MVYA 4IO5A 1VE4A 2X26A 3S9NC 5BWJA 2OLBA 5A5XA 3PMWA 4ECFA 1KWHA 3LR1A 2Q2AA 4R73A 4R2BA 1HSJA 4JSOA 3E3KA 5DVJA 3C32A 2DVZA 2F97A 1Z7NE 1NNFA 4IO6A 1Y1ZA 4POXA 3TQLA 2QPQA 3I6VA 5H8NA 3HO7A 3QUFA 3MVXA 1Y4CA 5KCJA 3V8XB 1JW5A 3G3GA 4KQPA 2YJPA 4E0XA 4JDFA 3K6VA 1Y4TA 1AMFA 2HEUA 4JWOA 1MY2A 1F9BA 4LONB 3FXRA 5HPQA 4H65A 4HCYA 2RCAA 2F35A 1LCFA 2DWJA 3FV2A 1P1WA 2XXHA 2B3BA 5I58B 2CMOA 3GBAA 4X48A 5I2KB 1B6HA 3FATA 1UIUA 4OEVA 3FASA 5AA3A 1GTKA 4RY1A 3VE1B 5HBCA 4G4PA 1LAGE 1ZBMA 2V93A 3TUSA 3VLVA 2P1SA 4NTLA 3O29A 4OFOA 1B05A 2XXTA 1URDA 3U94A 4YAHX 2QS1A 2DSFA 4R9GA 3MBPA 2A5TB 2YLNA 1POTA 3PUXE 4AQ4A 3UP9A 3UGWA 3H6WA 1FQCA 1MY3A 3IOWA 4FECA 3O6IA 2F6GA 4EF2A 3VDFA 3FXQA 3SESA 1Y9UA 2G29A 1PDAA 3CSGA 4YMBA 4G8MA 3GBBA 3BFTA 5TPAB 1I6AA 4FAJA 4Q30B 2GRVA 1OIBA 5AE4A 4IY6A 4BDMA 3IR1A 4NMYA 3FD3A 5I57A 1CB6A 3DLNA 1UTBA 1M5CA 3MZ9A 2Y7RA 4OTEA 3FV1A 3EN3A 4FIMA 4N13A 2P2AA 1WVJA 1JW4A 4RK2A 1TFDA 2V3TA 4NF4A 1MY4A 3EPEA 2UVIA 3RLFE 3PPOA 3VVEA 1MY0A 1JVYA 4O3CA 4BDRA 1LB8A 3M3FA 3KN3A 5AA1A 1BIYA 3A09A 1TFAA 2DQVA 1B0LA 3SEWA 2UVJA 5DEXA 4R75A 4JWYA 4YICA 1XS5A 1QUKA 2V3QA 3UA8A 3EHSA 3U92A 2PMSA 4C1TA 1MH3A 4G68A 4N6PA 1YTVA 1AL3A 4LP2B 1ZKBA 5JTYB 1NH8A 3R6UA 1N3WA 2DP8A 1O64A 2GH9A 1B9JA 1B52A 1TWYA 2HQ0A 1Y3PA 3MP8A 3S9LC 4IGRA 4OERA 1FQFA 5TP9A 4GOTA 2O1LA 3C4MA 5B70A 3TCFA 1QVSA 3IB2A 4PFUA 1SYIA 1I69A 2XXIA 2V3UA 4OENA 4DCXA 1Z7ME 3V5AA 3O6HA 1QKAA 3CFXA 5KDTB 4QFLA 1J1NA 2O6AA 4O3AA 3RY3A 1B3HA 4ZEDA 1SW1A 1UTHB 4IY5A 3SEVA 2NUVA 3FVKA 2O7IA 3VFJA 2QRYA 1JVXA 2H99A 3VVDA 1PBPA 3QK6A 4F1YA 1MQHA 4GXAA 3G3JA 2DYXA 3SERA 3SDFA 5ICTA 1B1HA 4HCWA 1JW1A 4G2ZA 4U1ZA 2OK2A 4Q5TA 1CE2A 3EHTA 2F7AA 1NKXA 3H6VA 2I3WA 3OXNA 1A55A 3DM0A 1B32A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RNNA 5ET7A 1NUWA 1LB9A 4PTKA 4F3PA 3ONMA 1ZU0A 1D4NA 3K01A 3C34A 3IX1A 4MMPA 4Z0IA 1NNTA 3IO4A 2P0SA 5LDZA 4NF8B 4U2RA 2V4CA 1EZOA 3H03A 4NF6B 1TT1A 3MVWA 5L8DA 3RTFB 4H8JA 3EQ1A 1SW4A 2QMXA 3M3LA 5DTBA 5JEIA 1Q9DA 2FHYA 3Q26A 3AXFA 4HE1A 2Q89A 3HFUA 1B3LA 1RDZA 3RT6B 2I0CA 3TCGA 4FEBA 1H43A 4ND9A 4RJZA 5ICQA 4ZECA 2CZHA 5HM4B 2RC8A 2O1MA 4QSCA 2OJTA 3MP1A 4DI3D 5KZTA 2F6PA 2B4LA 1LFHA 5H8QB 3MQ9A 4ZZEA 4DXCA 5I59A 1FTLA 2RKMA 4E0WA 5K2YA 4PE5B 1Q35A 1D3KA 3PGFA 3SZPA 1NH7A 4YKKA 2BJIA 3IJOB 3E4RA 3NOHA 3BKIB 2F7BA 3BFUA 4MIJA 2R9JA 3VV5A 2YPNA 2ABHA 1R9LA 4LUBA 2RF1A 4DDDA 5FTIA 3K6UA 1XHYA 2P3NA 1MQGA 2XXXA 3A3UA 1FQAA 4OVTA 4KYSA 3K1MA 3DELB 4ELOA 3KG2A 2DS9A 4R74A 4QHQA 4MJOA 3CSBA 4THIA 2D3IA 1Y1MA 3F11A 3C36A 1XOCA 1OLCA 1VDWA 5AA2A 1LBVA 2OBGA 4PFIA 4KCDA 2HAUA 4GXSB 2Q8JA 4F29A 2Y5LA 3LSWA 4UABA 3TDJA 4GX3A 3E13X 4RPNA 4ISUA 2E1SA 3U1OA 2F3BA 3T9VA 3PUYE 1EYIA 3U93A 2KR0A 3PU5A 3ILUB 1LLSA 2I4CA 4YZZA 1H3DA 1FQEA 3LUZA 3O9PA 3UN6A 4KR5A 4X1DA 2Y7IA 4TOZA 1B46A 5I84A 5DYHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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