3KGCA

Isolated ligand binding domain dimer of glua2 ionotropic glutamate receptor in complex with glutamate, ly 404187 and zk 200775
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
TVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title X-ray structure, symmetry and mechanism of an AMPA-subtype glutamate receptor
pubmed rcsb
molecule tags Membrane protein, transport protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 80
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kgcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kgcA02
4I62A 2P0SA 4EF2A 3V83A 3JV9A 2OLBA 5DEXB 1EZPA 3IB1A 3TTLA 1US4A 3CSBA 1RYOA 5CMMA 1JQFA 2H4IA 3QUFA 1H76A 1OVTA 2DXRA 1QVSA 1LB9A 3B7DA 2Y7PA 4QFPA 4IGRA 4PFWA 4KCDA 5CMKA 3P7IA 2P1SA 4RY1A 2G29A 3O6IA 4R74A 4RPOA 2I3VA 5ISUA 3H7MA 2ZYNA 3MVZA 4H1XA 4QHQA 2QMXA 4XTCQ 1NH8A 3PGFA 2HZLA 3FV1A 1JW4A 4F19A 2BJJX 3HSTA 4F22A 3K6VA 1D9VA 1H43A 3OO7A 1P1WA 3CI8A 2QS4A 4PETA 1A55A 1FQFA 2ZNUA 2KLFA 5LOMA 4MBPA 3FJGA 3IJXB 3WAEA 4R2BA 3H6WA 1UQWA 3TELA 4ELPA 1PEBA 2AL5A 2A5SA 2DP8A 3K1NA 5L9SA 5I2NA 4ZDMA 1GVCA 4ZEBA 4XKRA 3TAJA 4GOTA 3VXCA 3IJOB 2XXXA 3Q29A 2PMSA 4ZS9A 4RYAA 5H8QA 5JEIA 1DOTA 1JETA 4OZ9A 4JSDA 4LQ5A 4DCXA 1GR2A 2HEUA 3SDFA 3E13X 2Z22A 4OENA 3TTKA 1MPBA 1NH7A 3D4GA 2F8DA 3KN8A 4NF4A 1XHYA 1VSOA 2F5XA 3N94A 3O2AA 3MC2A 3Q25A 4R9FA 4U23A 3GXAA 1A99A 3SEXA 1Z7NE 2A5TA 3HHGA 3G3JA 3Q27A 3TTRA 5H8NA 1Y20A 2PX1A 5I2KB 2W7YA 2OJTA 2DSFA 1B7HA 4YMAA 4H5FA 4RPNA 1WODA 4EUOA 3V5AA 3S9LC 1LCFA 2F35A 3TQLA 1SW1A 4G68A 4DZ1A 4EXLA 3K1PA 4GL0A 2DE2A 3MP1A 2QJEA 2V3UA 2XXRA 1JEVA 2NXOA 2HZKA 3KOSA 2D3IA 1MQHA 1IUDA 1UTHA 3BFUA 4IO2A 3ZKLA 3FVOA 3IO4A 1MH4A 3VVFA 1B0LA 4U4SA 1SI0A 4YZZA 4BDLA 3RT8A 4KI0E 4KHZE 3RTWB 3WAFA 1YCJA 4YAHX 1DSNA 4LATA 1MQJA 5I57A 1LFIA 2YPNA 3HCQA 2GHAA 5DVIA 2FA7A 4EQ7A 1MY3A 4O3BA 1CB6A 4U1OA 4ELRA 1MS7A 3MPKA 4JSOA 3RN8A 5TPAA 2O7UA 4U22A 3CFZA 5DVJA 5FTIA 4O3AA 3T93B 4KYEA 5AE4A 2LAOA 3IX1A 2UXAA 3T9VA 3R6UA 1LGBC 4YB7A 4FE8A 4GL8A 1TFAA 2RC8A 1AIVA 4KYDA 1OLAA 4KQPA 4IY6A 2XXWA 4LQ2A 2Y84A 1Y9UA 2PYYA 3LSWA 4KYSA 3KBRA 1MPCA 3KOTA 4R6HA 2I0CA 1B5HA 2XXTA 4ZEIA 2HAUA 3ECRA 4G8NA 5HM4B 4IO6A 4ZE8A 3RY3A 4OTEA 5F1QA 2PT1A 3U1OA 4R75A 3H6TA 1GTKA 1ANFA 4DXCA 3B6QA 2ZNSA 4NF5A 1GV8A 1LBCA 4GXSB 4KD5A 1VE4A 4IY5A 5ICTA 4F29A 4PE5B 4NF8A 1USYH 3VXBA 3PUVE 3G3IA 5AA4A 4PFYA 4NWCA 1LAGE 2ZYKA 1UTBA 2FNCA 5HBCA 1R6ZA 3U8QA 4M1VA 5CI5A 2QRYA 4G8MA 1OLCA 3HO7A 1MXVA 5A5XB 2Y7IA 5CM6A 4KCCA 1POY1 1YAEA 2I58A 3MZBA 4G68C 1MY2A 1B5JA 1A40A 4OYVA 4BDOA 4EQBA 4H0WA 3PPOA 1QKBA 1BLFA 2XXVA 4X9TA 1MG1A 1N3WA 1YTVA 1USYE 1LSTA 3S2VA 4LA9A 1FQCA 3MVYA 1EH3A 5I59B 4XXUA 3EQ1A 1QJMA 2DWJA 4C1TA 2ZYMA 1LFHA 1M5CA 4EQ9A 1NMUA 3RUMA 4YB5A 3KG2A 3ZKKA 1SQYA 3EHTA 4UA8A 3OXNA 4EF1A 4GFRA 4HCYA 3IAZA 3FJMA 1R9QA 3CFLA 1H45A 3FD3A 1HSJA 4OVJA 4KFQA 4IO4A 2HCAA 1FW0A 3FXUA 3PUWE 4U21A 1B7ZA 5I56B 3PUYE 1BTJA 2OK2A 1VFDA 3TFLA 1TT1A 1LAFE 1SYHA 4F3PA 2R9JA 1I6AA 1B3GA 4TLLB 4DIGA 5H8FA 3DP4A 3GBAA 3TEPA 2E0SA 4H6DA 2X7QA 3N5LA 4U1ZA 3VE1B 3KFMA 2P2AA 4C1UA 3ILUB 2ESNA 2Y7WA 4I9DA 2YJPA 3IOTA 4F31B 2DQVA 3UP9A 3TTMA 3PD9A 1EU8A 3FV2A 1TFDA 1B3EA 4MLQA 3K1MA 4FAJA 1P1QA 4HCWA 3SEYA 4YMBA 1M5BA 4RJZA 1IQ7A 1UIVA 2H5YA 2Q88A 4G77A 4NMYA 2RC9A 1B5IA 4NF6B 1NNKA 4LONB 3L6HA 4Q30B 4H5GA 5AA2A 4MFIA 4Q5TA 1A7LA 3EN3A 4L17A 2HAVA 1SYIA 1PB7A 3MW0A 1MQDA 3FXQA 3V89B 1AMFA 2VGQA 1PB8A 1MXUA 2O68A 4HS7A 4ZECA 3FVKA 3QAXA 2HFBA 5DYHA 2XD3A 3TCHA 2QMWA 4BDNA 4RA1A 3PMXA 1LLSA 1TXFA 3MJNA 4OERA 1OIBA 2F78A 2G93A 1JNFA 1B58A 1XC1A 3DLNA 4ZEFA 2R71A 3FXRA 1MPDA 3TYHA 4NTLA 2ZXTA 5KDTA 5FTHA 3QUJA 3K0VA 1Y4TA 1MQIA 2VD2A 3IL1B 1N84A 3PPPA 4JWXA 4DE8A 4QF9A 3SEWA 3H3GA 1QW0A 1URSA 2I6EA 3OENA 3O6GA 4F1YA 1Z7ME 4F2OA 1UIUA 1ZTYA 4BDMA 3QYTA 3A3CA 2Z8FA 2NVUB 2XHDA 3UN6A 4N6PA 5EYFA 3LUYA 3SERA 4FATA 3DP8A 1MH3A 2UVGA 3M8UA 4Z0IA 3MP8A 3TZAA 3B6TA 5A5XA 2QSXA 1FTOA 1II5A 3FZVA 1A8FA 3PMWA 3N6UA 1XS5A 1B51A 3R7XA 3MVWA 2RKMA 4ISUA 2VP1A 4FJPA 3CR9A 3RNNA 1LB8A 2O6AA 1I6QA 1MXWA 4OESA 4F39A 3S9NC 3KJTA 2H98A 1FTKA 2RCBA 4RXLA 3OO8A 2PBWA 2VD3A 4GWOA 4F3BA 2QS2A 3CFXA 3VLVA 2RC7A 3HPIA 4ND9A 5EHMA 5I59A 5K2YA 5I58A 3C34A 5H8HA 3BFTA 1Q35A 4LP2B 1FQBA 1EZOA 4QFNA 4THIA 3KGCA 1M5FA 3TTNA 5KCJA 4G8HA 1QULA 3H06B 4F2QA 5TP9B 1CE2A 4TQUQ 1SI1A 3RT6B 3MUQA 3FJ7A 3TCFA 2NOOA 3S4UA 3QIMA 2DOJA 4TLMB 5B70A 5JTYB 2O51A 3W15C 2WKYA 3CG3A 2RCAA 5I56A 4GLIA 3KN3A 3QXMA 2XXUA 3C31A 4QSDA 3ILTB 3MZ1A 2M8CA 2V3QA 4K3FA 4ONYA 1B4HA 3ONMA 2DYXA 3UIFA 3K4UA 2UYFA 2RF1A 1LAXA 3OMBA 4DXBA 3LSXA 4DLDA 1VFEA 1AH5A 1MXXA 1DPPA 3VV5A 1BIYA 1ZJLA 3T9HB 4LUBA 3VFJA 4GXAA 4QSEA 5IKBA 3U72A 2F36A 2ONRA 4NE4A 1AOVA 4QSCA 2XXIA 4PFTA 1LBBA 2XX9A 3B6WA 2QPQA 3VVEA 2ZNTA 4R72A 2F97A 5JK4A 3M3LA 5DEXA 3CSGA 1IZ1A 2AIXA 3KSXA 3JYRA 4N13A 4BLAA 1MY1A 1B1XA 3TODA 3FUZA 1JEUA 3TPAA 4JWOA 3A3UA 5CBRA 3C32A 3QK6A 3USDA 3HN0A 2FYIA 3TQWA 1O63A 1N3XA 4OEUA 4ELQA 1EZ9A 3M3FA 3T22A 3RGYA 1F9BA 3ZSFA 5CRYA 4FIMA 4KPTA 3H03A 2NWJA 2Q2CA 1NNTA 2R6GE 1SDXA 2B3FA 1Y3QA 4GQOA 1MM7A 5FHNA 1Q1KA 1URDA 1XVXA 4YKIA 5CC2A 1A8EA 2PVUA 4GIZA 1PB9A 1Y1ZA 5AA1A 4ZEDA 3SEUA 3G3KA 2UVJA 2Q2AA 3O29A 1ZLQA 1P99A 3FIRA 3LSFB 1P1OA 4XKNA 3LSLA 3CRBA 3EHUA 3DM0A 4LZ5A 2IA4A 1D4NA 4IB2A 2Z8DA 3OD7A 3VLUA 4R2FA 4Q0CA 1RYXA 4U4XA 2AL4A 1MY0A 4NF4B 3OSRA 3GLBA 4BDRA 2F7BA 4H65A 1MXYA 4DXUA 1YPNA 3MAMA 4PFUA 4AB6A 3IORA 3UORA 2A5TB 4YU0A 4ZZAA 1D9YA 5M2VA 4PP0A 3PPQA 4C0RA 1KWHA 4JB7A 2H25A 1N76A 4WEDA 4QFKA 2DE4A 4G4PA 4G68B 3E9XA 3IOUA 5ITPA 1FCKA 2UVIA 3U94A 2DWIA 2B65A 4I8CA 2H9BA 1DTZA 2V3TA 2OBGA 1L5TA 1NNPA 3S9EA 3O28A 3O97A 3PD8A 2QL3A 3THIA 4IGTA 3T9XB 3OO9A 1UTHB 5IAIA 3OOAA 4ZEKA 4F1UA 5I2KA 3FASA 4Z7EA 4I1DA 3MQ9A 2HXWA 4LZ7A 3K02A 2Q89A 2V84A 4F3GA 4ESXA 3H6UA 2DWHA 4IO5A 3HV1A 4H8JA 2OWSA 3IO6A 1ATGA 3OEMA 2Y7RA 3T9UA 1ZBMA 5TU0A 4PQJA 3KN7A 4JBZA 4EDPA 3TUSA 3W9VA 3LC8A 5DTBA 1MXZA 2CZLA 3MP6A 4P0IA 1MM6A 3G3FA 1B9JA 3IOWA 2QS1A 5FHOA 4DDDA 1Y1MA 1B40A 1IEJA 5TP9A 3GZGA 1OMPA 3SEVA 4JXIA 2ANJA 5ELVA 1IXHA 4RNSA 3KJ7A 3LR1A 3TDJA 4YKKA 1B3FA 2AYSA 4OXVA 3T66A 1DMBA 4M4GA 3LBSA 2XD2A 1O7TA 4E0WA 4RK2A 4RK9A 1PBQA 1FTLA 2OWTA 4QFOA 1IXIA 2Z23A 3I6VA 4POXA 3O9PA 2ALUA 1A54A 5ICQA 1M5EA 5DT6A 2HQ0A 3K2DA 4HW8A 1IXCA 4BDQA 2Z8EA 2GHBA 1POTA 1B0HA 4YKJA 3RTFB 3UGWA 3PMVA 2O7IA 4OQOA 2I48A 3A09A 4OETA 1N7XA 3SESA 2O69A 4NF5B 2DWAA 1MQGA 1R1NA 3H6VA 1NKXA 3V8XB 3PPNA 4NF8B 1URGA 2I4CA 1S9TA 1VR5A 3ZS6A 5AA4B 2UVHA 3G3GA 1I69A 1HSEA 1UTBB 4R73A 3K01A 4WKMA 3TCGA 3K6UA 1MDP1 2GFEA 1QUKA 3MBPA 4FORA 1SD3A 3CG1A 3O66A 1B4ZA 5J1DA 3PPRA 4NWDA 3MWBA 2D5WA 1RKMA 2GH9A 4X48A 3C4MA 3KSJA 4FEBA 1O64A 4DCYA 4OWDA 5F7VA 4XKQA 1PDAA 1H44A 4F1VA 4ECFA 4R6YA 1P1UA 5BUUA 3K6XA 4JDFA 1SW4A 3U92A 3UA8A 3GBBA 3MVXA 4UACA 3EF7A 1N0TA 1XVYA 5L9OA 1Y3PA 2Q9TA 1BKAA 3O6HA 3IR1A 2DS9A 1SBPA 3KEIA 1ZIUA 3SETA 3DP6A 4O3CA 3BKIB 4QFLA 3MZ9A 3PUZE 2F6PA 1TWYA 3RQTA 3D4CA 1XT8A 1HSLA 2REGA 3IK6B 4TOZA 3JZJA 1QUJA 3N6TA 3DELB 2UYEA 1J1NA 4POWA 1LFGA 4LVQA 3C36A 4NEDA 1B1HA 5H8FB 4X1BA 1QUIA 5EHSA 2X7PA 1WDNA 2V93A 5B7DA 3OEKA 5CMBA 3TMGA 1P1NA 3FVNA 4FECA 3IB0A 2Q8JA 1OQGA 1MY4A 2YLNA 4ELOA 3G3HA 5ITOA 3MPLA 5FHMA 4GRKA 1D3KA 1ZKBA 2B3BA 2XXHA 4F3SA 3HHFA 2F6GA 3UK4A 1AL3A 2I49A 1B7UA 1FTJA 1ELJA 3FVGA 2ZYOA 3K6WA 2I4BA 4MH5A 1DPEA 3EPEA 5AA2B 4H8IA 1IITA 4Q8RA 3KZGA 3VVDA 3ODBA 2QS3A 5L9MA 1OVBA 2F7CA 3I3VA 1LCTA 5HPQA 3SKPA 4WXJA 4XIGQ 3W9WA 4U2RA 4ZE9A 1ZU0A 1I6BA 4IO3A 4NF6A 2I3WA 2XX7A 4ZZEA 2D21A 1B3LA 2XX8A 4OFJA 3E4RA 4XKPA 5BWJA 2OZZA 2DE3A 1NL5A 4LZ8A 4X1DA 5AA3A 3Q26A 3U93A 2E1SA 3EHSA 5CBSA 4AQ4A 1ZMGA 5CMCA 4G2ZA 5KDTB 1SW2A 2DVZA 1SVXB 4HTGA 3I5OA 3RLFE 3TKDA 2X26A 1PBPA 2F7AA 3IB2A 1T0KA 5I2NB 1BP5A 1JW5A 2O1LA 2OCUA 4EXKA 1R9LA 3F11A 1B52A 4KR5A 1S7YA 1B6HA 3Q28A 3G7WA 1B05A 5KZTA 1IIWA 3C33A 3OO6A 5H8QB 3C35A 1PC3A 2H99A 3VLWA 3FGSA 1JVXA 4P0GA 4JWYA 1WVJA 2ABHA 2F34A 2ONKE 3H4ZA 4OEVA 1NFTA 2O84X 4MF3A 5H8SA 4P11A 1OQHA 4GVOA 3QSLA 4H67A 4FEDA 3OSQA 2O1MA 2ONSA 3E3KA 4E0XA 1DTGA 3M3KA 1FTMA 5H8NB 4AB5A 1IXGA 3C9HA 1M5DA 2ZMBA 4OMBA 1H3DA 1NNFA 4ESWA 1N04A 1SW5A 1US5A 4GF8A 1FQAA 2V25A 5K2XA 2PT2A 3S9MC 2XXQA 1LAHE 1XOCA 5DVFA 4YB6A 4MLVA 1MDQA 4QRZA 5I58B 5H8HB 3CIJA 4R6KA 4IO7A 4OFLA 4OFOA 1B46A 2VHAA 2XXYA 2REJA 3PV0E 4GD5A 1MRPA 3OELA 5KCJB 3VDFA 3N26A 3L6GA 1QKAA 5I84A 1GGGA 1JVYA 2Y7KA 4N07A 3PU5A 2CMOA 4YICA 4R9GA 2IEEA 2DXYA 1N7WA 1S50A 1FQDA 4YKPA 3AXFA 5L8DA 3K00A 5I57B 1B32A 3T96B 3FATA 1Y3NA 5AA2D 2NUVA 3CVGA 2XXPA 2I0BA 2THIA 2DVCA 4F18A 5TPAB 2GRVA 2RINA 2VOZA 1Y4CA 3PUXE 1JW1A 3R26A 4OHNA 3IOVA 3BBRA 1FQEA 5JTYA 3RPWA 1B3HA 4WEPA 1B2HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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