3KJ7A

Crystal structure of the complex of c-lobe of bovine lactoferrin with dextrin at 1.9 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Specific interactions of C-terminal half (C-lobe) of lactoferrin protein with edible sugars: binding and structural studies with implications on diabetes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kj7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kj7A02
4YZZA 4UACA 1N0TA 1S50A 3UGWA 5A5XB 2V93A 4Q5TA 4H65A 5KZTA 3CSGA 3OEKA 1RYXA 3V89B 4QSDA 5I2NB 4LZ8A 1DSNA 2YJPA 4JDFA 2UYEA 3O6IA 1N3XA 4KYSA 4IO2A 5H8SA 4IY6A 4YKPA 4MFIA 1MS7A 2ZNUA 2QS3A 2ONRA 4QSCA 1B0HA 2D5WA 3N6UA 1EZOA 1S9TA 2F97A 1SQYA 1AL3A 3PMXA 2I49A 1YAEA 4TQUQ 3BFUA 1TXFA 4FEDA 4DCXA 1N3WA 4G77A 3MVXA 1HSJA 4BDLA 4Z7EA 5CC2A 2REJA 1IXIA 5DT6A 1LCTA 4DZ1A 4DLDA 1NMUA 2OZZA 1IIWA 3FJGA 3SERA 4HCYA 1IZ1A 1B5HA 4NWDA 1LAGE 1MXYA 3T22A 5I57A 3FJ7A 3F11A 4NF8A 2HFBA 4G4PA 2GHBA 2Q2CA 2ALUA 1SYHA 3H6TA 3Q27A 4LP2B 1SW2A 1B3EA 3M3KA 2OJTA 4P0GA 4R6HA 1B51A 2W7YA 3MW0A 3H03A 1GTKA 3FXUA 1POTA 2ZYKA 3C35A 3O28A 2I4CA 1BP5A 2PBWA 3TTLA 1OQGA 1Q35A 1QUIA 1UQWA 4XKNA 2DYXA 2WKYA 3OEMA 3SEUA 1O7TA 5I56B 2XXUA 1R6ZA 2Z8EA 1MDP1 5K2YA 3OMBA 3W9VA 1JETA 4GXAA 1Q1KA 3FXQA 3TYHA 4BDOA 1QUKA 4YKKA 1P1UA 1NFTA 4OERA 3K6XA 1XT8A 1JQFA 4JWYA 3FVNA 3OELA 4R2FA 3R7XA 3ILUB 5CMCA 4EQBA 1JEVA 4R75A 3FZVA 3MBPA 4IY5A 2RC9A 1YTVA 3VLWA 1N7WA 2ABHA 1MH3A 2O68A 1L5TA 3O6GA 1IITA 2F8DA 3OD7A 3CSBA 4H0WA 5H8FA 1GVCA 4OQOA 3PUZE 1BTJA 1MY3A 4GRKA 3MAMA 3VVEA 4U4XA 3PMWA 1J1NA 4KYEA 4GL0A 1DOTA 1ZKBA 3OO8A 1MDQA 1VSOA 3PU5A 3L6GA 3H4ZA 1EZ9A 3UN6A 2FNCA 2IEEA 1DMBA 3C36A 3C33A 1LB9A 4F1UA 5JTYA 4NF6B 3PUWE 5H8QB 4PE5B 3IAZA 5TP9B 1URGA 4LONB 1SW1A 2NXOA 1P1OA 2XXIA 3TTNA 4U22A 5CBRA 2Z22A 5TPAA 3OOAA 1JW1A 3G3GA 4FE8A 2DE3A 1YPNA 4BDQA 1EH3A 3UK4A 4TOZA 1P1NA 1PDAA 4POWA 1A8EA 2GFEA 2Y7PA 3OSRA 4MLQA 3T9HB 3QK6A 4IB2A 2XX7A 4KYDA 4ZDMA 1GV8A 4H1XA 5KDTA 1ZTYA 1IUDA 3VVDA 3OSQA 3MP6A 3DLNA 1M5FA 1AMFA 2R6GE 4IGRA 3K6WA 1A55A 3HCQA 4G8MA 4OMBA 4YICA 2HAUA 1USYE 3EF7A 4DDDA 4NF5A 4GQOA 1B52A 3BFTA 5CI5A 4FAJA 1S7YA 3TODA 3USDA 4HCWA 2BJJX 1CE2A 1P1QA 3K02A 3HHFA 4GL8A 4EQ7A 4LATA 5CM6A 4NTLA 5IKBA 2V3UA 3OO7A 1NNTA 1ZIUA 2VOZA 4NMYA 3KEIA 1TFDA 4X1BA 1D4NA 3IOTA 3KOSA 3LR1A 4ZZEA 2HZKA 3LSWA 3P7IA 2QS2A 2Y7RA 3ONMA 3PPQA 4DXUA 3FVKA 1JEUA 4ZEKA 3M3FA 3T9XB 3CVGA 3OO6A 2H4IA 2HXWA 1M5EA 5I58A 1SYIA 4GXSB 4X48A 5AA2B 3K00A 3N26A 4RY1A 4C1UA 4YMBA 4ZEDA 1LSTA 5F7VA 5H8HB 2UXAA 1NNKA 1F9BA 1GR2A 1LGBC 2THIA 3VVFA 1US5A 2UVHA 2QRYA 4IO4A 4O3BA 2D3IA 4KCDA 3K1PA 4RK2A 2ONSA 2P0SA 2HCAA 4HS7A 1H3DA 3FASA 1US4A 2XXWA 3PD9A 3R6UA 3T93B 4PFUA 2XHDA 1I6AA 3VDFA 3RPWA 2ANJA 2X7QA 3GLBA 4YB6A 1IQ7A 4GWOA 1MQIA 1N84A 2RC8A 3B6TA 4N07A 3S9NC 2P2AA 1UTHB 4OFLA 4X9TA 3IORA 4X1DA 1LAHE 4ZZAA 4E0XA 1XVYA 4U23A 3TAJA 4YAHX 2ESNA 2PT1A 3EHSA 2CMOA 4YU0A 4U2RA 1JVXA 4KQPA 2F36A 4WKMA 4GIZA 5EHSA 1B7ZA 1PBPA 1UIVA 2H9BA 4AQ4A 1B5IA 2QPQA 1RKMA 3MZ1A 2OBGA 2Q88A 3JZJA 3MZBA 4YKIA 1Y3PA 4C1TA 3RT8A 3E13X 2DXRA 3O29A 1B58A 4F19A 1NKXA 4QFPA 3RN8A 4OEVA 3CFXA 2YLNA 4YMAA 3S9LC 5JK4A 1B46A 4XKQA 1FQBA 2O51A 3S4UA 3VXCA 2F6PA 3CG3A 4F39A 3QUFA 4I8CA 1WVJA 4RK9A 3CI8A 1VE4A 3B6WA 3TZAA 3S9EA 4IGTA 1Y4TA 3Q25A 5F1QA 1B05A 3RQTA 1DPEA 2QL3A 5DEXA 1LAXA 4QRZA 4PP0A 3IO6A 2V3TA 1DTZA 4RA1A 1TFAA 2P1SA 4AB6A 2FYIA 4NEDA 5H8NA 3MWBA 2KLFA 4OFJA 5KCJA 3FVOA 4N6PA 2DS9A 1POY1 4NF4B 3B7DA 5CMBA 2Z23A 3TEPA 3FD3A 4JXIA 3C4MA 1SVXB 2A5TA 3TCFA 3HV1A 4ZE9A 3KSXA 1MY0A 2DE4A 2Z8DA 3LSXA 1NNFA 2O6AA 4ZS9A 1RYOA 5DVFA 1MY4A 4L17A 4G68C 1FTMA 4YKJA 4IO6A 1I69A 3A3UA 3KG2A 2NOOA 2B65A 3DELB 3T9UA 3O6HA 2NUVA 3PPRA 2GHAA 2HQ0A 4G68B 2PVUA 4PETA 4XKPA 3TKDA 1II5A 5EYFA 3PGFA 2E1SA 3ZKKA 1FQEA 2UYFA 3MJNA 1XC1A 3IJXB 3G3IA 2F34A 5AA2D 2V3QA 2RF1A 4FIMA 1Y3QA 3TQLA 1LAFE 2UVJA 3W9WA 5B7DA 1LBBA 4Q0CA 2F7CA 1Z7NE 4XKRA 1A40A 4FECA 3ZKLA 2DWAA 3QSLA 2XXRA 1VFDA 4ZEIA 1ZLQA 1DPPA 2QS4A 3KBRA 4QSEA 2XXPA 4I9DA 1IXGA 3JV9A 4GOTA 3H7MA 1OLAA 3A09A 4N13A 4EXLA 3IL1B 2YPNA 2DE2A 1PB7A 5L9SA 4FJPA 3HSTA 3K01A 3VLUA 5I59A 2OLBA 2PX1A 1BIYA 1Y4CA 3TPAA 4MBPA 5FHNA 1TWYA 3TMGA 3I3VA 1MM6A 3KN3A 4ZECA 1CB6A 1IXHA 4LUBA 5A5XA 1Z7ME 3H6UA 1UTBB 4KI0E 5I2NA 2M8CA 5I84A 4R6KA 1B0LA 3THIA 1B3LA 4R74A 2IA4A 5L9MA 5HM4B 4F18A 1B1XA 1OIBA 3QXMA 2Z8FA 1MPBA 3CRBA 1HSLA 1SDXA 3PPOA 4KCCA 2I0CA 3HN0A 3GXAA 3SEWA 2Y7WA 1B40A 3I5OA 5ITOA 1LCFA 4OXVA 3M3LA 3KJ7A 2NVUB 2UVIA 3DP6A 2R71A 3RGYA 3IB2A 3WAFA 4H6DA 3ILTB 1TT1A 3ODBA 4UA8A 4F31B 3RUMA 2XX8A 3K1NA 4OZ9A 1B3FA 3RLFE 4BDNA 4NE4A 4LZ7A 5I2KB 2I48A 5AA4B 2XD2A 2PYYA 1ELJA 2Q2AA 1NNPA 3W15C 1WDNA 3PUVE 4P0IA 4IO5A 4R73A 1MQJA 3FGSA 2DWHA 3O9PA 5L8DA 4LQ5A 3OENA 1Y1MA 5CMMA 1URSA 3CIJA 4RJZA 1ZU0A 2I6EA 3CR9A 5M2VA 4R2BA 3TTMA 4H5FA 1EU8A 1M5CA 2UVGA 1H76A 3ECRA 3PV0E 4JSDA 4Q30B 1MXWA 5I56A 1SBPA 1P1WA 3EN3A 1PB8A 1QKAA 2F5XA 3VE1B 1O63A 2VGQA 4JB7A 3IK6B 2DWIA 1PBQA 1LB8A 2D21A 3Q28A 5AE4A 3G3HA 5HPQA 3PD8A 4O3AA 1SD3A 3AXFA 2I4BA 1XOCA 1A8FA 2ZYNA 4POXA 1VFEA 4GVOA 1H43A 3PMVA 3MPLA 3GBBA 4K3FA 2OWTA 5BWJA 4F3SA 5I57B 2F35A 4NF8B 1SW4A 1OVBA 4GF8A 5AA1A 1D9VA 1B2HA 1FTLA 4F3GA 3MP8A 3D4GA 4RPOA 3LUYA 5CBSA 1B32A 1AIVA 4DCYA 5DVIA 2V25A 4OTEA 3JYRA 4ZEBA 3N6TA 4RNSA 3B6QA 3CFLA 1FQCA 1B1HA 5FHMA 4XXUA 4EQ9A 3U1OA 4TLMB 4EF2A 3OO9A 3K1MA 4ZE8A 2GH9A 4LQ2A 4QFLA 2VD3A 1ZJLA 3PPNA 2ONKE 3EHUA 1A54A 1ZMGA 3SETA 4ONYA 1H45A 1VR5A 4TLLB 4LZ5A 1O64A 2DVZA 4NF6A 5H8QA 1I6QA 4BDMA 3FATA 4OETA 5JEIA 5TP9A 3KGCA 3FV2A 2Q89A 3V83A 5ELVA 4OHNA 2XXTA 4ISUA 3TUSA 1D3KA 3O66A 3EPEA 3PPPA 4ELPA 1MQHA 3SKPA 1MH4A 4M4GA 4MLVA 1Y1ZA 3MVWA 1GGGA 1HSEA 2OK2A 4HW8A 3PUYE 4F22A 3HHGA 1R9LA 1XHYA 2ZYMA 3D4CA 4QFKA 3EHTA 3RTWB 4KHZE 2H99A 3E4RA 1YCJA 1MXZA 5H8FB 4Z0IA 3VV5A 3KN8A 1JW4A 1MRPA 3K2DA 3A3CA 3KOTA 4C0RA 1R9QA 1OVTA 5FTHA 3DP4A 1B6HA 2XX9A 1MY1A 4I1DA 3H6VA 3L6HA 1XVXA 3K0VA 4JBZA 3TFLA 2QSXA 2AYSA 1MXVA 1Y20A 1AH5A 1H44A 4PFWA 5JTYB 4U1OA 4OEUA 5J1DA 1LLSA 2F6GA 2LAOA 4OENA 3E3KA 3FXRA 1KWHA 3C31A 3SDFA 3K6VA 5ITPA 4P11A 5TPAB 2OWSA 1DTGA 1QULA 5TU0A 3Q26A 2HEUA 1B3GA 4R9FA 2FA7A 4R9GA 3T96B 3LBSA 4F1VA 5L9OA 5AA2A 3ZS6A 5KDTB 3FV1A 1WODA 3C32A 4ESXA 5H8HA 4ND9A 4R6YA 3BKIB 5DYHA 4G2ZA 3UP9A 4THIA 3U93A 4MH5A 3G3KA 2RKMA 5CRYA 3KJTA 3I6VA 2O1MA 4QFOA 3U72A 3TELA 4WXJA 1OQHA 4NF5B 1JVYA 4EXKA 1FQAA 1B7HA 3IOUA 3IOVA 4KD5A 4ELOA 3KN7A 1R1NA 1MXXA 5AA3A 2PMSA 3R26A 1M5DA 4F3BA 3WAEA 2ZXTA 2O69A 3O97A 3CFZA 1SI1A 2X26A 1UTHA 3DM0A 3UA8A 2H25A 5ICQA 4YB7A 2HZLA 3H3GA 3MP1A 5LOMA 4U1ZA 2RCAA 2I3VA 3CG1A 1JNFA 1FTJA 2O1LA 2AIXA 2R9JA 3FUZA 3QUJA 3G7WA 2I0BA 3GBAA 4I62A 4EUOA 5I58B 1USYH 3IX1A 4PQJA 3U8QA 3HPIA 2O84X 1UIUA 4LVQA 2XXXA 4YB5A 2Y7KA 4M1VA 1NH8A 3H06B 1URDA 2O7IA 4H8IA 1AOVA 3C34A 4ZEFA 2HAVA 3EQ1A 1XS5A 4HTGA 3VXBA 3TCHA 4RPNA 3SESA 3K6UA 5FTIA 1FTOA 3IR1A 4OFOA 2DXYA 4F2OA 1I6BA 4PFYA 4WEDA 4QFNA 3ZSFA 2I3WA 2ZNTA 4O3CA 3MVYA 1IEJA 3FIRA 1PC3A 3MUQA 4ELQA 5K2XA 2GRVA 4FATA 1NL5A 2F78A 3PUXE 4IO3A 1QKBA 1MPDA 3S2VA 3DP8A 2F7BA 3TQWA 5DVJA 2REGA 3M8UA 4GFRA 3SEVA 2H98A 4OESA 1QVSA 2XXVA 2B3FA 3VFJA 4GLIA 2DVCA 2Y84A 2QMXA 4DXBA 1QW0A 4PFTA 5FHOA 1NH7A 1A99A 2RCBA 4NF4A 3UORA 3RT6B 3V8XB 2XXQA 4DXCA 4F2QA 3GZGA 3KSJA 4ESWA 3IB1A 4JSOA 2VP1A 4XTCQ 1FCKA 3QAXA 4EDPA 3UIFA 3KZGA 1MQGA 2Q9TA 4KR5A 4FEBA 4XIGQ 4IO7A 1LBCA 4JWOA 2A5SA 4KFQA 2DSFA 4KPTA 2RINA 3IJOB 1JW5A 4ELRA 4H5GA 1M5BA 3G3JA 2XXHA 3C9HA 1PB9A 4U4SA 3RY3A 1Y9UA 1LFHA 2XXYA 3IO4A 4G68A 4OWDA 1A7LA 5DEXB 2H5YA 3IB0A 1P99A 2DP8A 1D9YA 5B70A 1BKAA 3MC2A 1QJMA 1MY2A 3S9MC 3TTRA 4E0WA 1B4ZA 3N94A 1PEBA 4H8JA 3T66A 2CZLA 5H8NB 3VLVA 1MXUA 2VHAA 3IOWA 1ANFA 5KCJB 5BUUA 2QJEA 1QUJA 2I58A 3TDJA 1MQDA 5ICTA 3RTFB 3K4UA 1OMPA 1SI0A 3H6WA 1Y3NA 3HO7A 2A5TB 1MM7A 3U94A 1ZBMA 4QF9A 3TTKA 1EZPA 3RNNA 3MQ9A 1B9JA 1N76A 3MVZA 1OLCA 1B7UA 1FW0A 4GD5A 4JWXA 2V84A 4BDRA 1LFGA 1N7XA 1IXCA 4F29A 4Q8RA 4FORA 3KFMA 3N5LA 4WEPA 5EHMA 2X7PA 2Q8JA 1T0KA 2ZMBA 5IAIA 3U92A 4AB5A 2DQVA 4R72A 4U21A 4F3PA 2PT2A 4MF3A 2G29A 5HBCA 1UTBA 3LSFB 4OYVA 3SEXA 2ZNSA 3V5AA 2AL5A 1FQDA 5CMKA 3FVGA 3LSLA 4OVJA 2QMWA 4DIGA 1B3HA 1MPCA 4EF1A 1FQFA 2XD3A 2NWJA 3MPKA 2ZYOA 3T9VA 2AL4A 4QHQA 3TCGA 2DOJA 3FJMA 4DE8A 4F1YA 3BBRA 4G8HA 4H67A 2B3BA 3OXNA 1BLFA 2F7AA 4RYAA 3O2AA 2E0SA 3MZ9A 2RC7A 1SW5A 4G8NA 4ECFA 4NWCA 2Y7IA 1B5JA 2G93A 3G3FA 3E9XA 1N04A 3QIMA 4LA9A 3Q29A 3LC8A 4BLAA 2O7UA 4RXLA 2OCUA 2VD2A 1B4HA 5I2KA 5I59B 1FTKA 3SEYA 5AA4A 1LFIA 2QS1A 5ISUA 5DTBA 1ATGA 1MG1A 3QYTA 2DWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YZZA 4UACA 1N0TA 1S50A 3UGWA 3BIGA 1DCUA 5A5XB 2V93A 4Q5TA 4H65A 4JVDA 5KZTA 3CSGA 3OEKA 1RYXA 3V89B 4QSDA 5I2NB 4LZ8A 1DSNA 2YJPA 4PFIA 4JDFA 2UYEA 3O6IA 1N3XA 4KYSA 4IO2A 4PE3A 5H8SA 4IY6A 4YKPA 1FBPA 4MFIA 1MS7A 2ZNUA 2QS3A 2ONRA 4QSCA 2WEFA 1B0HA 4X8RA 2D5WA 3N6UA 1EZOA 1S9TA 2F97A 1SQYA 1AL3A 3PMXA 2I49A 1YAEA 4TQUQ 3BFUA 1TXFA 4FEDA 4DCXA 1NUXA 1N3WA 1IMAA 4G77A 3MVXA 1HSJA 5FBPA 4DI3D 4BDLA 4Z7EA 1D9QA 5CC2A 2REJA 1IXIA 5DT6A 3HFUA 1LCTA 4DZ1A 3D1RA 4DLDA 1NMUA 2OZZA 1NI9A 1G0HA 4QXDA 3E79A 1IIWA 3FJGA 3SERA 4HCYA 1IZ1A 1B5HA 4NWDA 3KC1A 3SZPA 1LAGE 1MXYA 3T22A 5I57A 3FJ7A 4NF8A 3F11A 2HFBA 4G4PA 3KBZA 2GHBA 2Q2CA 2ALUA 4AS4A 1SYHA 3H6TA 3Q27A 4LP2B 1SW2A 1B3EA 3M3KA 2OJTA 2QVUA 2VT5A 4P0GA 4NAPA 4R6HA 1B51A 2W7YA 3MW0A 3H03A 1GTKA 3FXUA 2CZIA 1POTA 2ZYKA 3C35A 3O28A 2I4CA 1BP5A 2PBWA 3TTLA 1LBVA 1OQGA 1Q35A 1QUIA 1UQWA 1FPFA 4XKNA 1DK4A 2DYXA 2WKYA 3OEMA 3SEUA 5J16A 1O7TA 5I56B 2XXUA 1R6ZA 1FBCA 2Z8EA 1MDP1 5K2YA 3OMBA 3W9VA 1JETA 4GXAA 1Q1KA 5ESYA 3FXQA 3TYHA 4BDOA 1QUKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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