3L6HA

Crystal structure of lactococcal opuac in its closed-liganded conformation complexed with glycine betaine
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
DKKVDLVYMNWDSEVASINVLTQAMKEHGFDVKTTALDNAVAWQTVANGQADGMVSAWLPNTHKTQWQKYGKSVDLLGPNLKGAKVGFVVPSYMNVNSIEDLTNQANKTITGIEPGAGVMAASEKTLNSYDNLKDWKLVPSSSGAMTVALGEAIKQHKDIVITGWSPHWMFNKYDLKYLADPKGTMGTSENINTIVRKGLKKENPEAYKVLDKFNWTTKDMEAVMLDIQNGKTPEEAAKNWIKDHQKEVDKWFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Ligand binding and crystal structures of the substrate-binding domain of the ABC transporter OpuA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Betaine ABC transporter permease and substrate binding prote
molecule tags Glycine betaine-binding protein
source organism Lactococcus lactis
total genus 85
structure length 254
sequence length 254
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3l6hA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3l6hA02
2I0BA 2F7AA 5I59B 3OSRA 1D9VA 5TPAA 3B6QA 1AOVA 4F2QA 3VE1B 4G68B 3MZ9A 3V8XB 3K4UA 4MF3A 2AL4A 1FTLA 1Y3NA 3RY3A 4FEDA 5EHSA 3N6UA 2KLFA 4G77A 4XKNA 4G8NA 1H76A 2AIXA 4WXJA 1A99A 2NVUB 5TPAB 4WEDA 3H3GA 3U94A 3G7WA 4ND9A 4OHNA 3QYTA 4U21A 4DCXA 4BDQA 5CMBA 1B0LA 5BUUA 4LZ8A 3MJNA 4TLLB 1H43A 3BFTA 2FYIA 3OMBA 1ZTYA 1B32A 3H06B 3TQLA 3RPWA 3QSLA 2HAVA 3IK6B 4Z7EA 3M3LA 2ONSA 4U23A 1BP5A 2F78A 2DOJA 1USYH 5HBCA 1GR2A 4TOZA 1MQGA 3SEUA 1PB7A 3PUZE 1PB9A 3MP8A 3R7XA 4U4SA 2DE2A 3CFZA 1HSJA 4POWA 3I5OA 4IGTA 4POXA 5CMKA 1N76A 1MQIA 2G93A 3T9VA 4PFUA 2DE4A 3SERA 4ELOA 2CZLA 3FXQA 4BDRA 2Y7IA 2WKYA 4AB6A 3H6TA 3VLVA 2VD2A 4RA1A 4RXLA 2DQVA 5ICTA 1LAXA 3MVYA 1FQDA 1Y20A 4NMYA 5FHOA 4AQ4A 1BKAA 2PBWA 4FE8A 3H4ZA 2O7IA 4EQ7A 1RKMA 3G3HA 1NNKA 3N26A 4P11A 2ONRA 3LC8A 3TTKA 1MRPA 2Q2AA 3QIMA 5M2VA 5FTIA 1R9LA 1NFTA 2O7UA 2O84X 2DYXA 3G3FA 3FXUA 5H8HA 1EZOA 1SW4A 5CBSA 4X9TA 4M4GA 3I3VA 5DYHA 1MM6A 4JDFA 3MQ9A 1S9TA 3SEWA 4MFIA 2RC9A 1QULA 1JQFA 5H8QA 3THIA 1DOTA 1NNPA 3LSXA 4NE4A 3U93A 3PD8A 3DLNA 2F8DA 3DP8A 4NF5B 3SEVA 1LB8A 2BJJX 4QFLA 2E1SA 5AA2D 2H4IA 3TEPA 5ELVA 4WEPA 4BLAA 4XXUA 3CSBA 2XX9A 2FA7A 4MLQA 1N3WA 3IAZA 3OOAA 4KI0E 5AA2B 1B1HA 3SKPA 3IR1A 1MXWA 1OQHA 4H5FA 3OXNA 4Q5TA 3GBBA 3OD7A 3EPEA 1HSLA 1HSEA 3IJXB 4G8MA 4OEUA 4EF2A 3MAMA 3PMVA 3TAJA 3OO8A 4KCDA 1JW1A 3OELA 3FXRA 2F6GA 4I1DA 2XXQA 3PPOA 3TTLA 3OSQA 3RQTA 3PUYE 1TT1A 2RC7A 3O28A 4KR5A 3EHTA 2XHDA 1OQGA 2ZXTA 4IO4A 1N84A 2Z8DA 4ONYA 5CMMA 4F39A 4EUOA 3UP9A 2VHAA 3FJGA 3OO7A 4HCYA 2IA4A 1IUDA 4YKPA 1YPNA 3IL1B 4QSEA 2B65A 3KEIA 1PC3A 3T66A 3TPAA 3IB0A 2D21A 1RYXA 2F5XA 1US4A 2NWJA 3VVFA 1BTJA 4JBZA 2OZZA 3H6WA 4GWOA 2Q9TA 1LB9A 3TELA 3KJ7A 2LAOA 4LATA 1B58A 2F36A 2Q88A 5I56B 4PETA 3TMGA 1MDQA 1ZBMA 2Y84A 5EYFA 4F29A 3QUJA 3OEKA 4R2FA 4LZ7A 2PVUA 1JVYA 4JSOA 5TP9A 4YMAA 2XXXA 4KYDA 3K2DA 2O1MA 2UVJA 4QHQA 3O97A 4YKIA 3PPNA 1WDNA 4JWXA 4F3GA 4DCYA 5DVIA 2XX8A 4LONB 2ESNA 5F1QA 4IO5A 1SI1A 4HS7A 5KZTA 3QXMA 2UYEA 3VDFA 5ITPA 1Y1ZA 3JZJA 4F3BA 1NNTA 2V84A 3FJ7A 2THIA 1FTJA 2ANJA 3PPRA 1B7HA 3V83A 2DWHA 1IITA 1Y4CA 5EHMA 4F1UA 1DTGA 3C33A 4GXAA 3DELB 1LGBC 4DDDA 1B3FA 1PDAA 4X1BA 1UTBA 1SW5A 4BDMA 1VR5A 4LZ5A 2QSXA 3B7DA 4F22A 1B3LA 1CE2A 2ZYMA 2Y7WA 1P99A 1PEBA 3U72A 3UN6A 4R75A 3KSXA 3KOSA 5DEXB 1A8EA 1UTBB 3BBRA 4F18A 5I2NA 3WAFA 4U2RA 4R6YA 4G8HA 2ZNSA 3LSFB 1GGGA 5HPQA 4U1ZA 2PX1A 1TFAA 1NH7A 2VD3A 3FJMA 1AH5A 1PB8A 4OFJA 4KFQA 3KOTA 1B5IA 3O29A 1B7UA 1MXXA 2HEUA 4L17A 1MQJA 4PP0A 4OQOA 2RCBA 1EZPA 1H3DA 3W9VA 3RT6B 3EF7A 3MVWA 4N07A 5KDTA 3HHGA 4LUBA 2HFBA 1LLSA 5ITOA 1I6AA 4ZE9A 3SETA 1XT8A 3FVNA 2HXWA 3MVXA 1MXYA 1H44A 2X7PA 1XC1A 2YLNA 3KN7A 4YKKA 3VVDA 2D3IA 5I59A 2OWTA 3IOWA 1BLFA 2QS4A 3IB1A 1UTHB 4G68A 3O9PA 2QPQA 5H8NA 1SYHA 2H5YA 3MVZA 1T0KA 3IOUA 1B51A 1MM7A 2OWSA 1N0TA 2ONKE 3USDA 2XXUA 5L9MA 3TTNA 3EHSA 2QMXA 2REGA 2O68A 5H8NB 1JEUA 3SEYA 2PMSA 2I58A 3CRBA 5L9OA 1B7ZA 1M5DA 1USYE 4GIZA 1NNFA 4QRZA 1WODA 1MXZA 3CVGA 2X7QA 4PFWA 3EQ1A 1IIWA 2UVIA 3FASA 5LOMA 3Q28A 1QUKA 3UORA 3B6TA 4BDOA 1NMUA 4TLMB 3TFLA 4LP2B 2XXTA 1TFDA 3JV9A 1DSNA 1I6BA 5H8FB 1B2HA 1LBBA 4IY5A 2D5WA 3MW0A 1MXUA 2XXHA 4MH5A 4XIGQ 3HHFA 4F31B 3HSTA 3MC2A 3TYHA 3Q25A 4JSDA 1EH3A 2W7YA 5CMCA 1B40A 4PFYA 4QFOA 4NEDA 1URSA 1B4ZA 4F1VA 3K1PA 3ZKLA 1JW4A 4ISUA 4ZDMA 1OLCA 4OTEA 4O3BA 3S9MC 2XXPA 1FTOA 2I3VA 5IKBA 1JNFA 4XKRA 5J1DA 3ZS6A 4I8CA 2ZNUA 5TU0A 2H9BA 4RK2A 3KBRA 1MH4A 2O51A 2O69A 3K1MA 4THIA 1IQ7A 3VXBA 3FZVA 3K1NA 3RLFE 2F35A 4ELPA 3HO7A 4OENA 4M1VA 3T9HB 1I69A 1ANFA 4H6DA 4ECFA 3G3KA 4GQOA 5AA4B 3KZGA 4NF5A 1N7XA 2VOZA 1OLAA 1LAHE 3C32A 2XXYA 4YB6A 3T96B 3OO9A 4R6HA 3IOVA 4GF8A 1II5A 4R74A 2I0CA 1B1XA 3MBPA 1Q1KA 3IJOB 2OCUA 2DVCA 1ELJA 4RYAA 3OEMA 5AA2A 4IO6A 1QKBA 1QUIA 4HCWA 1MPDA 3K01A 1Y9UA 3WAEA 2G29A 3TTMA 1FQBA 2F7BA 2Y7KA 2R71A 3E9XA 1ZU0A 3LBSA 1H45A 3KN3A 3VLUA 1FW0A 3S2VA 5IAIA 3D4CA 1RYOA 4ZZAA 2ZYKA 1DPEA 3C36A 1XHYA 2AYSA 1XS5A 3MP6A 1POTA 3K0VA 1O7TA 5I58A 1QVSA 5K2YA 4N13A 3PV0E 1XOCA 4I62A 4G2ZA 1SD3A 3D4GA 4OFOA 2V3QA 4H67A 1FQCA 3VXCA 4NF4B 4YAHX 4NF8B 2ZYNA 4KYEA 3U1OA 5I58B 3KJTA 2VP1A 5DVJA 4KD5A 1EZ9A 2DWJA 4P0IA 5A5XB 4ZEDA 5K2XA 4JWYA 2OK2A 3HCQA 3FGSA 3LSWA 1LBCA 1P1OA 4R72A 2Z8EA 1PBQA 4DXUA 2GH9A 3OO6A 3MZBA 5I56A 4QSCA 2I49A 3L6GA 3Q26A 5BWJA 3E4RA 4Z0IA 3CG3A 3P7IA 4H8JA 3RGYA 2XXWA 3B6WA 1URGA 3ILUB 3W15C 4NTLA 4LVQA 2H99A 2V25A 2RKMA 1NL5A 2ABHA 1D3KA 3SESA 1UQWA 2OJTA 4RY1A 3QUFA 5ISUA 3RTFB 1SQYA 1B46A 3BKIB 4XKQA 1LFIA 4OESA 1P1QA 2XXRA 5CRYA 1QJMA 2P1SA 3K6WA 4F2OA 3LR1A 3IO4A 3O2AA 5I2KB 4HW8A 2DP8A 2O6AA 4MBPA 1J1NA 2R6GE 2F6PA 2REJA 4FJPA 1Z7NE 2NOOA 4HTGA 2I3WA 3UA8A 4AB5A 3PD9A 3JYRA 2UVHA 3HN0A 4OVJA 2PYYA 4Q0CA 3CR9A 3KN8A 3N6TA 1I6QA 4JWOA 3A3UA 1XVXA 1Y3PA 1B5JA 1Y1MA 5DEXA 4NWDA 1PBPA 3U92A 4U4XA 1LSTA 1B6HA 3T9XB 4OWDA 1MY2A 2UYFA 4F1YA 4OFLA 1F9BA 1ZMGA 4EF1A 3IO6A 1FQEA 2DWAA 2UVGA 1L5TA 4GFRA 3ODBA 2M8CA 3K6XA 4NWCA 2I6EA 3S4UA 1JW5A 4OETA 4DE8A 1N3XA 3AXFA 1A8FA 1B52A 4QFNA 1R6ZA 2UXAA 1AMFA 1Z7ME 1JVXA 2B3BA 4UACA 4PFTA 1B4HA 1D9YA 3O66A 4N6PA 5B70A 1YAEA 1IXHA 1GVCA 4C1TA 5DVFA 3PMWA 1SDXA 5CM6A 3IOTA 3S9EA 1OIBA 1UTHA 4I9DA 5AA3A 3RT8A 4H8IA 4ESXA 1M5EA 2A5SA 2XD2A 4OMBA 4C0RA 4GL8A 2YJPA 2P0SA 3CFLA 1VFDA 3O6GA 3QAXA 5KCJA 1GV8A 1ZIUA 3TKDA 3HV1A 2QS1A 4KYSA 3H03A 3ILTB 4TQUQ 2R9JA 3E3KA 4R9FA 3N94A 4IO7A 3M3KA 5KCJB 3PUXE 4IB2A 1SVXB 5JK4A 4ZZEA 1IXIA 3Q29A 1N7WA 1EU8A 4RK9A 3PPPA 3FVOA 4EXKA 4MLVA 3C35A 1B5HA 2GRVA 3PMXA 5L8DA 3RN8A 3K6UA 1ATGA 1ZLQA 3VLWA 4RPNA 4DLDA 5H8FA 3F11A 3MPLA 1JEVA 1DMBA 2X26A 3MPKA 4ELQA 3BFUA 1ZJLA 3MZ1A 4G4PA 3ZSFA 4KPTA 3ONMA 1SYIA 1P1UA 1BIYA 4XKPA 2VGQA 4PE5B 2ALUA 1OVBA 5DTBA 1IXCA 2V3TA 1UIUA 3MUQA 3IB2A 3ECRA 4BDLA 3UGWA 1S50A 4FAJA 1P1WA 4P0GA 4DIGA 3K02A 4FECA 3S9LC 3I6VA 3ZKKA 3FIRA 4ZEIA 3CG1A 2HQ0A 4X1DA 4GVOA 2DXRA 3W9WA 4ESWA 1OMPA 3VFJA 1YTVA 2V3UA 4KHZE 1SBPA 1LAGE 4NF6A 1MG1A 4U1OA 3C9HA 4WKMA 2B3FA 4DXCA 3KG2A 4G68C 2Z8FA 5ICQA 3VV5A 2OLBA 1A55A 1IZ1A 2P2AA 1R1NA 3GLBA 5AA1A 2NUVA 4NF6B 1FQFA 5AA4A 2QS2A 1B3EA 1LAFE 4GXSB 4O3AA 1QW0A 2DE3A 3T93B 1B3HA 3M8UA 3RUMA 2DSFA 1MY0A 1M5BA 1M5FA 1UIVA 4ZE8A 1A40A 4JB7A 3KGCA 4EQ9A 2CMOA 4FORA 4KQPA 4E0WA 4RJZA 3H6UA 3FV1A 3FV2A 5FTHA 3A09A 4QSDA 5H8HB 3U8QA 2Q89A 4ELRA 1LFGA 3G3IA 1SW2A 1MPBA 2Z23A 4O3CA 2PT1A 3UIFA 4OYVA 1IXGA 3C31A 3TCFA 4ZECA 3SEXA 3UK4A 3TQWA 4E0XA 5H8QB 5JTYA 2OBGA 3TUSA 2NXOA 4EDPA 2Z22A 4GOTA 1ZKBA 3CIJA 1B0HA 4YU0A 2I4BA 1Y4TA 1TWYA 2A5TA 2Y7PA 1US5A 4K3FA 5F7VA 3C4MA 3PUWE 4OZ9A 2GFEA 1Q35A 4ZS9A 5JTYB 4NF4A 4NF8A 3V89B 2F34A 1OVTA 3V5AA 4GLIA 2XX7A 1B9JA 1QKAA 3T9UA 1QUJA 5A5XA 2A5TB 5CI5A 5H8SA 2DXYA 1TXFA 4R6KA 1YCJA 4H1XA 4FEBA 1R9QA 3PUVE 2GHBA 1FTKA 3CSGA 2RF1A 4EQBA 1IEJA 4RPOA 3SDFA 3RTWB 4LQ2A 1A54A 3R26A 1NH8A 3IORA 3FUZA 2V93A 4YB5A 4F3SA 1XVYA 4EXLA 2QS3A 1B05A 3O6HA 5JEIA 1NKXA 3EN3A 3MP1A 2DWIA 3LSLA 4H65A 3Q27A 2I48A 1DTZA 4YKJA 4PQJA 4BDNA 4R2BA 1FQAA 4UA8A 1MDP1 3DP6A 3K6VA 1P1NA 1S7YA 4IGRA 4FATA 3DM0A 3TZAA 2HZKA 4QFKA 1CB6A 2FNCA 4JXIA 4Q30B 1AL3A 2QL3A 2F7CA 3KFMA 3G3GA 3EHUA 2E0SA 5I2KA 2QRYA 4Q8RA 5L9SA 1DPPA 2QJEA 1Y3QA 1B3GA 1D4NA 1FTMA 3DP4A 4H5GA 1SW1A 3MWBA 2PT2A 3PGFA 1LFHA 4OERA 2YPNA 3VVEA 1SI0A 3RNNA 3FD3A 4X48A 3HPIA 4XTCQ 5DT6A 4YMBA 2H25A 4ZEBA 4FIMA 3M3FA 4R73A 4GD5A 2ZMBA 3T22A 4DXBA 2XD3A 2RCAA 5FHNA 4IO2A 4QF9A 1A7LA 1VSOA 2ZYOA 3K00A 1VE4A 4DZ1A 2I4CA 5TP9B 5AE4A 3S9NC 2XXIA 4IY6A 4YB7A 3LUYA 1KWHA 1LCFA 4RNSA 3O6IA 1O64A 1AIVA 1MY4A 2GHAA 4IO3A 4LQ5A 2ZNTA 4F3PA 5I84A 1GTKA 3QK6A 1M5CA 4OXVA 1MH3A 3TCGA 3E13X 1MS7A 3CFXA 1MXVA 5CBRA 3G3JA 1MY1A 3GXAA 2AL5A 4GL0A 3PU5A 3TDJA 4ZEKA 4C1UA 3H6VA 4YICA 2HAUA 4F19A 3H7MA 2Y7RA 3GBAA 4OEVA 3GZGA 3FVKA 3TODA 3C34A 2DS9A 2XXVA 4ZEFA 1WVJA 2QMWA 1LCTA 3PPQA 2RC8A 3IX1A 5I57A 4U22A 4H0WA 1JETA 5I2NB 3OENA 4R9GA 1POY1 2HZLA 1MY3A 3R6UA 4LA9A 1MQDA 4YZZA 3TTRA 2IEEA 1URDA 2Q8JA 2RINA 3FVGA 5CC2A 5I57B 3L6HA 1VFEA 5B7DA 5HM4B 3FATA 1MQHA 3CI8A 2Q2CA 3KSJA 2DVZA 2HCAA 2O1LA 4GRKA 5FHMA 3N5LA 5KDTB 1N04A 4QFPA 2H98A 1MPCA 1FCKA 2F97A 3TCHA 4KCCA 1O63A 3A3CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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