3MPKA

Crystal structure of bordetella pertussis bvgs periplasmic vft2 domain
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
235
structure length
235
Chain Sequence
HPAYSAREQQWMADHPVVKVAVLNLFAPFTLFRTDEQFGGISAAVLQLLQLRTGLDFEIIGVDTVEELIAKLRSGEADMAGALFVNSARESFLSFSRPYVRNGMVIVTRQDPDAPVDADHLDGRTVALVRNSAAIPLLQRRYPQAKVVTADNPSEAMLMVANGQADAVVQTQISASYYVNRYFAGKLRIASALDLPPAEIALATTRGQTELMSILNKALYSISNDELASIISRWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Signaling protein
source organism Bordetella pertussis
publication title Periplasmic domain of the sensor-kinase BvgS reveals a new paradigm for the Venus flytrap mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Virulence sensor protein bvgS
total genus 80
structure length 235
sequence length 235
ec nomenclature ec 2.7.13.3: Histidine kinase.
pdb deposition date 2010-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mpkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mpkA02
1H76A 1MS7A 2ZYMA 5FTIA 3KSXA 2UVHA 1DTZA 2XD2A 1POTA 3T96B 4HCYA 1URDA 1D9YA 3OELA 1LLSA 5I56A 1P1UA 1AIVA 1FTJA 2HAVA 4U2RA 2Z8FA 2ESNA 2UYFA 3IO4A 2ABHA 4GOTA 2YLNA 3H6VA 4Q8RA 3TYHA 1A55A 2V3TA 1TFDA 4JB7A 4KYEA 4WXJA 4ZE8A 4TOZA 1PDAA 3PUZE 2Z22A 3ZSFA 3EPEA 2Q89A 3FVKA 3TTKA 3ILTB 3ZS6A 4NMYA 1B32A 1CE2A 3EQ1A 2OWTA 3O6HA 2OWSA 3MZ9A 3I6VA 2QPQA 4LUBA 2NUVA 2RC7A 1OMPA 4GXAA 1P1OA 2QS3A 3IOWA 3H3GA 2O68A 3LBSA 3G3GA 4EF2A 5CC2A 1DMBA 3CFZA 1XC1A 2F6GA 2V3UA 3N6TA 3B6WA 5AA2D 4G4PA 1Y4TA 1RKMA 4F3BA 4U4SA 3C35A 1NFTA 2XXIA 1JETA 1A7LA 3VFJA 3RY3A 5EHMA 1VE4A 4ESXA 1B1HA 1N76A 2ZYOA 4IO3A 4R9FA 1FQFA 2XXTA 3O2AA 4RA1A 1UQWA 3SEUA 1DSNA 3C32A 2ZYNA 5H8HB 4GL0A 3LSWA 3DP8A 3OD7A 3OENA 3JYRA 2F35A 3LC8A 3QAXA 1FTKA 5I58B 3SEWA 4YZZA 1BKAA 2HQ0A 1NMUA 4UA8A 1LB8A 1JW5A 4BDQA 2YJPA 3MP8A 2R6GE 1UTHB 2H4IA 1MY4A 5H8HA 3O97A 4GL8A 3PPOA 3PMXA 2DQVA 1VFEA 1I69A 3OSRA 3IK6B 1N7WA 1USYE 2Y7WA 2QMWA 2QS2A 2OLBA 1B0HA 4QSEA 3FXUA 1I6AA 1B1XA 3T93B 1JEUA 4BDOA 1S9TA 3V5AA 2ZNSA 1GV8A 3FV1A 3L6HA 4DLDA 4LA9A 1B3EA 5KZTA 4ND9A 3K1PA 1JW1A 3DELB 3OEKA 1QUJA 2B3BA 4HTGA 4I1DA 3K1NA 2F7AA 3TCGA 1LFHA 3UA8A 5L9OA 3G3KA 3PD9A 3TODA 5AA4A 1B3LA 3S9EA 2YPNA 1QW0A 1FQDA 5DTBA 1ZTYA 4YKJA 1GGGA 1VR5A 1Y4CA 2XXYA 5H8QA 3BFUA 4FE8A 4X48A 1P1NA 2QL3A 4KI0E 3VXBA 3MW0A 3C33A 3DLNA 2X7QA 4QFLA 4H67A 2DVCA 1PEBA 5CI5A 2Y7KA 1MQGA 3A3CA 4H6DA 2DE2A 3R7XA 1R6ZA 5KDTB 1B6HA 4MH5A 1H43A 1B58A 2P1SA 1LFIA 4NF5A 1NNFA 3IJXB 5I57B 4R73A 3RLFE 1D9VA 4F2OA 3TDJA 2NOOA 2XD3A 1N0TA 2PBWA 3UIFA 4R72A 1MQHA 5DT6A 1SQYA 4M4GA 5KDTA 3D4GA 1YTVA 4G2ZA 4EF1A 3V89B 4GF8A 1PB8A 3IB1A 4FJPA 3GZGA 3OO8A 2R71A 1B7ZA 1PC3A 5I57A 4JSDA 3PPPA 1MXWA 2Y7IA 4DCYA 1H3DA 4BDNA 5IKBA 3K4UA 1PB9A 4RPOA 1SDXA 3PPNA 3FXQA 4POXA 1VFDA 3B6QA 4C1TA 5CBSA 1QVSA 5ELVA 3VVFA 1EZOA 4ESWA 1LSTA 3KN8A 1P99A 4OFJA 1BTJA 1TT1A 3RTFB 4IGTA 1AH5A 3O6IA 4OESA 4N13A 5TPAB 4ZZAA 3FATA 5CMKA 1MPCA 1WDNA 3SETA 3TKDA 1FQEA 4EQ7A 1B05A 3SEXA 4MLVA 3PPQA 2DOJA 3O66A 5EHSA 3KJTA 4UACA 2G29A 2UVJA 3U1OA 3C9HA 4GXSB 4F3PA 4O3AA 4U22A 1F9BA 3M3LA 2VHAA 3MP1A 5KCJB 2DWHA 5TPAA 4IO6A 3MPKA 1EU8A 1XVYA 4WEPA 2AL4A 1JEVA 1LAFE 4U1ZA 2XX8A 3H03A 3RGYA 3SERA 1T0KA 1B40A 4PFUA 3ILUB 5CMBA 1N3WA 4ZEKA 1I6BA 3UP9A 1SW1A 1LB9A 1USYH 4F31B 2DXYA 1PBQA 1SW4A 4FATA 1SW2A 5H8SA 4POWA 3WAEA 4F22A 3RNNA 5I59B 1DPPA 4Q30B 3LSFB 4FEBA 4F3SA 1LAGE 3K6VA 4R6KA 3RN8A 4RXLA 2PX1A 3QSLA 1O7TA 2VP1A 4I9DA 1IXGA 4LQ5A 4F19A 2XX7A 4HCWA 2ZYKA 2D3IA 1M5DA 4OQOA 3TPAA 2PYYA 3FIRA 4IB2A 4Z0IA 2RINA 4NF8A 2UVIA 1P1WA 5A5XA 4O3BA 4ELPA 4EQBA 4KHZE 1IXCA 3MVXA 2Q2AA 2FYIA 1B52A 4HS7A 3PV0E 3PMWA 5I2KB 5K2XA 1SI1A 1SD3A 3KG2A 2I3WA 3VDFA 1JNFA 1MH4A 1NL5A 2KLFA 3R26A 3VLUA 1SW5A 1B5JA 2GHAA 1LCFA 1H44A 4R2BA 4C1UA 1ZLQA 4F29A 1US5A 2XXRA 3MP6A 3O29A 1QUKA 1Y3NA 3CSGA 3UK4A 4DXCA 3PGFA 2Y84A 4ELQA 4I8CA 1II5A 3MBPA 4KCDA 3O28A 4TLMB 5I2KA 3K6WA 2WKYA 2AL5A 4FEDA 2Q8JA 3IO6A 4AQ4A 3K2DA 5CMMA 2DE3A 1Z7NE 5B7DA 2O1MA 3VVDA 2Y7RA 2QS4A 2OZZA 3VE1B 2F8DA 1MH3A 5AA2B 2DWIA 2XXPA 4XKQA 3G3FA 3KSJA 1JW4A 3H6TA 3K1MA 2RC8A 1IZ1A 2DS9A 3FASA 4JXIA 3OO9A 5I84A 3EHSA 3HHFA 3W9WA 1MXVA 3V83A 3CVGA 3TEPA 4ZDMA 2F36A 1I6QA 5AA2A 4IO7A 4P0GA 2GH9A 3CIJA 1MRPA 3G3HA 3R6UA 4H8IA 3W15C 2F7BA 3RQTA 4LP2B 1IQ7A 1MG1A 4GLIA 2O6AA 3CG3A 3FZVA 3OOAA 1Y20A 4IO2A 2NVUB 2QRYA 1D4NA 1NNPA 2HCAA 3T9XB 1ZMGA 4QFKA 3TTMA 2X26A 3G7WA 4PE5B 3VXCA 4XKPA 1MQIA 3MPLA 3FVGA 2M8CA 2DVZA 5CBRA 3RT6B 5F1QA 2X7PA 2ONSA 1JQFA 3PUXE 5JTYA 3PUWE 3M8UA 4YMBA 3S4UA 1B0LA 3PD8A 3K01A 1LFGA 3T9UA 5AA4B 1HSEA 5H8QB 2AIXA 4K3FA 4O3CA 5L9SA 5AA1A 4U23A 1N3XA 2H25A 3O9PA 2DP8A 2I49A 4DCXA 3HSTA 4H5GA 4KCCA 1SYIA 5IAIA 1FCKA 5K2YA 3IX1A 1MQDA 4XXUA 3OMBA 3T9VA 3MZBA 4NF5B 5M2VA 3I5OA 1EZPA 4ZEBA 2I3VA 2F7CA 2GHBA 1LCTA 3HCQA 1R9QA 2XXVA 1MXYA 1AOVA 3TCHA 3A09A 5DVJA 3E4RA 3OXNA 4IY6A 3O6GA 4AB5A 4JSOA 4F1UA 4YICA 4KR5A 1EZ9A 3PMVA 4KYDA 2PT2A 2H99A 4KD5A 4C0RA 5HBCA 1OQGA 3ONMA 3E3KA 4IO5A 2XXQA 4EXKA 1MQJA 3DM0A 4EUOA 4NEDA 1LGBC 2HXWA 4ZEFA 1URSA 4FIMA 1US4A 1UTBA 4TQUQ 3M3FA 1M5BA 1ATGA 1KWHA 3D4CA 2O69A 1MY0A 4RYAA 1XVXA 3Q26A 4YAHX 4QFNA 4QSDA 5ITPA 2B65A 1OVBA 3LUYA 3OO6A 2D21A 4RJZA 1Y9UA 3ODBA 3IB2A 5H8FB 3LSXA 4F1VA 1H45A 1LBCA 1N7XA 2PT1A 4LZ7A 4OWDA 3N5LA 4PQJA 3QYTA 4PFTA 3W9VA 4L17A 4QFOA 3K02A 4RK9A 2I4BA 4LATA 4GVOA 2R9JA 4JDFA 4R6YA 3N26A 3S9MC 3V8XB 2XXUA 3VV5A 1XOCA 5DYHA 2O1LA 4R74A 1OLCA 1NNKA 5H8FA 3CI8A 1QJMA 4YKPA 1MPBA 1FQAA 3U8QA 3FGSA 2I48A 3N94A 1M5CA 1UIVA 2Z8DA 3Q27A 1OLAA 4OFOA 3EHUA 3CRBA 3B7DA 3LSLA 4FORA 5L8DA 5H8NA 2VD2A 1Y1MA 4G68C 3CFLA 3EN3A 4LZ8A 4IY5A 3GBAA 1FTOA 1B3HA 3JZJA 1AL3A 2F5XA 4U21A 4G77A 1LAHE 3AXFA 1ZIUA 2XXHA 3FV2A 1OIBA 5CMCA 1XS5A 3H4ZA 1MDP1 1BIYA 1GTKA 2P2AA 3KFMA 3BBRA 3VVEA 3K6UA 4ZEIA 4EXLA 1RYOA 1ZBMA 5F7VA 3CSBA 3QUFA 1YCJA 4ONYA 3BKIB 2QMXA 2QJEA 4F18A 1RYXA 1N04A 2DYXA 4NF8B 3SEYA 1NNTA 5A5XB 4YU0A 2Q9TA 4QHQA 2UVGA 3MJNA 2XHDA 4H8JA 2RCAA 4ZZEA 3E9XA 5DEXB 4R75A 3I3VA 4G8MA 3TZAA 1FTMA 4X1DA 2CMOA 3TTRA 3TQWA 1FQBA 1B3GA 5TU0A 4H5FA 3IAZA 1WODA 3FJMA 3G3JA 2BJJX 4H1XA 1MXZA 3FJGA 4P0IA 3G3IA 3SESA 1ZKBA 1FW0A 3JV9A 4OEUA 3RT8A 1CB6A 1B46A 5DEXA 3HHGA 5ITOA 4DIGA 4KYSA 2ONKE 4OETA 2O51A 2NWJA 5ISUA 1MY1A 2HZLA 3MVYA 3TFLA 3UORA 4GWOA 3TELA 4RPNA 2RF1A 4GRKA 3QXMA 2FA7A 1JVYA 1DOTA 4BDRA 1SVXB 3KJ7A 4ECFA 1POY1 2HEUA 4OMBA 4QRZA 4GIZA 1FTLA 2NXOA 4BLAA 3IOVA 1BLFA 3FXRA 4YB7A 2OBGA 1S7YA 3GXAA 3T66A 2ZXTA 3ECRA 2UXAA 2V25A 1GVCA 2DWJA 2FNCA 4G68A 3PUYE 1A99A 2I0BA 3FUZA 4P11A 4F1YA 1ZJLA 4JWOA 4JWXA 3MVZA 1O64A 5DVIA 4YB5A 5HM4B 1MY2A 4U4XA 2XX9A 3KBRA 2HFBA 1QUIA 2GRVA 3IJOB 4THIA 2OCUA 1B5HA 2Z8EA 3UN6A 5B70A 5JK4A 1IEJA 1SI0A 4JWYA 1MY3A 3CR9A 2HZKA 2LAOA 2ZNUA 4PP0A 4YB6A 4EQ9A 3RPWA 3Q28A 1SYHA 1JVXA 4G8HA 4RK2A 1URGA 5FHOA 1L5TA 2O7UA 3K0VA 4YKKA 2DE4A 1IXHA 3P7IA 2VOZA 3BFTA 4DDDA 1Q1KA 3KZGA 4F2QA 1MPDA 2HAUA 3C34A 3IR1A 2REGA 3TAJA 1TXFA 3K6XA 4ZE9A 4HW8A 2V3QA 3LR1A 1GR2A 5ICTA 4ISUA 4R2FA 4PFYA 3Q29A 5AE4A 4I62A 3HO7A 4F3GA 5FTHA 2I0CA 1LBBA 2ANJA 5JTYB 1S50A 3L6GA 3TTLA 2IA4A 3OSQA 2F34A 4OYVA 1IIWA 4IGRA 1A40A 2F78A 3PUVE 5LOMA 2VGQA 5L9MA 4H0WA 4OXVA 5DVFA 5JEIA 3MZ1A 5ICQA 4OERA 1DPEA 1EH3A 2V84A 1IITA 1NKXA 4N07A 2Y7PA 1ZU0A 1BP5A 1MDQA 2AYSA 3TMGA 3F11A 2I4CA 3PU5A 4N6PA 1MM7A 5I58A 2Z23A 4DXBA 3FJ7A 3THIA 4GQOA 5EYFA 4F39A 4FAJA 3IORA 3USDA 2F97A 2F6PA 1AMFA 1UTHA 3KGCA 4TLLB 2IEEA 2H9BA 2ONRA 2O84X 3SEVA 2UYEA 1MM6A 1XT8A 1HSLA 4E0XA 1PB7A 3SKPA 1M5EA 5BUUA 4R6HA 2DWAA 1VSOA 4RNSA 3MVWA 2THIA 1B5IA 2XXWA 3MQ9A 2Q2CA 4XTCQ 1B4ZA 2ZMBA 4OZ9A 3KOSA 3FVNA 1P1QA 3C36A 3FD3A 5AA3A 1B4HA 4BDLA 4QFPA 3S9NC 1UTBB 3TUSA 4QF9A 3MAMA 3KN3A 1B2HA 3B6TA 5I2NB 4DXUA 4NTLA 5TP9B 5J1DA 3ZKLA 2REJA 3K00A 5CRYA 2PMSA 3CG1A 2OJTA 1HSJA 4Z7EA 3QK6A 1B51A 1ANFA 3OO7A 2QSXA 4GFRA 3M3KA 1DTGA 4FECA 2O7IA 1FQCA 4Q5TA 2B3FA 3IB0A 3IL1B 4XKNA 4ZS9A 4MF3A 5I2NA 1OQHA 1YPNA 1QKAA 5TP9A 4X1BA 4LVQA 4WEDA 4OENA 2DXRA 3QIMA 2CZLA 5BWJA 2XXXA 3S2VA 2H98A 1Y1ZA 3H7MA 1IXIA 1B3FA 5FHMA 4H65A 3EF7A 4ELOA 1NH8A 4LZ5A 3RUMA 4DZ1A 3CFXA 1QKBA 4IO4A 4U1OA 4YKIA 4KFQA 3FVOA 2Q88A 2D5WA 3TQLA 1QULA 3E13X 1LAXA 4NWDA 4G8NA 4M1VA 4RY1A 4OTEA 3C4MA 3H6WA 4NF6B 4PETA 5H8NB 4OFLA 4X9TA 3ZKKA 1OVTA 3MC2A 2DSFA 1O63A 3KOTA 4EDPA 1D3KA 1A8EA 3H06B 5CM6A 1A8FA 1WVJA 3IOTA 1XHYA 4OVJA 2VD3A 3C31A 4R9GA 1M5FA 1B7HA 1ELJA 4MBPA 2RCBA 4NF4B 3U92A 3UGWA 4ZEDA 3U72A 2PVUA 1B7UA 4ELRA 4NE4A 1MXXA 4NF6A 1IUDA 3HPIA 1J1NA 3GBBA 1N84A 3T22A 4OHNA 3WAFA 4KQPA 1NH7A 4XIGQ 3TTNA 5HPQA 1SBPA 4JBZA 1Y3QA 2E1SA 1TFAA 3IOUA 1Q35A 2I6EA 2A5SA 4BDMA 1A54A 2ZNTA 4NF4A 3H6UA 2GFEA 4MLQA 2RC9A 4XKRA 4NWCA 3EHTA 4YMAA 5FHNA 4E0WA 4KPTA 3TCFA 2H5YA 1UIUA 3VLVA 3DP4A 4GD5A 3GLBA 3HN0A 1R1NA 4PFWA 4LONB 3MWBA 5KCJA 3DP6A 3A3UA 1Y3PA 4Q0CA 2I58A 1R9LA 3MUQA 4MFIA 4QSCA 1Z7ME 3S9LC 1YAEA 3T9HB 3Q25A 2V93A 2A5TB 1B9JA 2P0SA 4LQ2A 2W7YA 4WKMA 2G93A 3U93A 2QS1A 2OK2A 5I56B 1MXUA 3N6UA 3VLWA 4AB6A 4ZECA 1TWYA 3KEIA 5I59A 2ALUA 3SDFA 3QUJA 3RTWB 4OEVA 3U94A 2RKMA 3HV1A 2A5TA 1PBPA 4G68B 3OEMA 3PPRA 2E0SA 4DE8A 3KN7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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