3ODBA

Haemophilus influenzae ferric binding protein a -iron loaded -open conformation
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAATAVAKAFEQETGIKVTLNSGKSEQLAGQLKEEGDKTPADVFYTEQTATFADLSEAGLLAPISEQTIQQTAQKGVPLAPKKDWIALSGRSRVVVYDHTKLSEKDMEKSVLDYATPKWKGKIGYVSTSGAFLEQVVALSKMKGDKVALNWLKGLKENGKLYAKNSVALQAVENGEVPAALINNYYWYNLAKEKGVENLKSRLYFVRHQDPGALVSYSGAAVLKASKNQAEAQKFVDFLASKKGQEALVAARAEYPLRADVVSPFNLEPYEKLEAPVVSATTAQDKEHAIKLIEEAGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The role of vicinal tyrosine residues in the function of Haemophilus influenzae ferric binding protein A.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Iron-utilization periplasmic protein
molecule tags Metal binding protein
source organism Haemophilus influenzae
total genus 113
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3odbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3odbA02
4IO7A 4Q0CA 1SBPA 3DM0A 3EHUA 3D4GA 3K01A 4X1BA 4XKRA 5CC2A 1NNFA 1O63A 1JW5A 2V3TA 1USYE 4NEDA 5AA4A 3O6IA 4G8MA 3FVGA 1LB9A 4RNSA 5J1DA 3TKDA 1FQEA 3SEVA 3RN8A 2ESNA 2OZZA 2RINA 3MJNA 1LCFA 1XS5A 3OMBA 4JSDA 2E0SA 1DPEA 3K1MA 3FJMA 5I57A 1B5HA 3FVNA 3TTNA 4JXIA 3ZKLA 4YMAA 3E13X 4ZEIA 3MZ1A 2F36A 2F34A 4GL8A 5AA2A 1P1UA 2PMSA 3DELB 4YB6A 2ALUA 3M3KA 4UA8A 1N3XA 2RC8A 2XXWA 4R73A 2F78A 1IXHA 4OFLA 1EH3A 1ANFA 4ZECA 4L17A 2V84A 2UVJA 4F3BA 3PPRA 4WEPA 4XKQA 4R6YA 1GTKA 1A99A 4GFRA 1MDP1 3UGWA 3QSLA 1IIWA 5I84A 5I56B 3TCGA 4LVQA 2UVIA 4ELRA 4X48A 1B1XA 1UIVA 3GBBA 4UACA 3MVXA 3TAJA 4X1DA 2V3QA 2ONSA 1DSNA 1WODA 1EU8A 1B3HA 1B05A 1QKAA 2QPQA 2GH9A 2HZKA 4IGTA 4EQ7A 2RKMA 1MQJA 3N94A 3B6WA 5ITOA 3CIJA 4F1YA 1PB8A 5H8FA 5EHMA 3BFTA 5F7VA 1XOCA 5HBCA 3K6UA 1SYHA 4ZEFA 2AIXA 1P1QA 1CE2A 3TODA 3ILUB 4G2ZA 4YU0A 2RCAA 5CI5A 5I59A 4ZDMA 1TT1A 3FD3A 2A5TA 4F29A 5AA4B 3IX1A 4C1TA 3KZGA 3MC2A 4LP2B 2HXWA 2WKYA 4H65A 3SEUA 3OOAA 3EPEA 5KZTA 5L9OA 4ESWA 3MBPA 2Z8DA 4GXSB 2Y7WA 1URDA 2Z8EA 1A8FA 1N84A 5CMCA 4EUOA 4YKKA 3T93B 4YAHX 1FQCA 1UTBA 1DTZA 1FTMA 3GXAA 4PQJA 4WKMA 1OLCA 3A3UA 4POWA 2IA4A 3IO6A 2HZLA 2H99A 3MQ9A 3VE1B 1B40A 1LAHE 4KD5A 3FXQA 5CMKA 1LFHA 1TXFA 2O69A 5FTIA 1YCJA 3O28A 2ZNTA 1MY4A 1EZ9A 1ZBMA 2R6GE 4OESA 2NUVA 3H6TA 4GLIA 4F1VA 4RXLA 4ZEKA 2Y84A 3H6UA 4EXKA 4GWOA 2QS1A 3G3GA 3K6WA 5TU0A 2YPNA 1H45A 5JTYB 1FQDA 1H76A 1Y1MA 4OEVA 1FQAA 2I3VA 3I6VA 3C9HA 1ZLQA 4OYVA 4ZZAA 3W9WA 3IORA 3IJXB 5L9MA 1LGBC 3I5OA 4G8NA 3IB0A 4LQ2A 4XKNA 3DP8A 4G68B 4NF6A 4C0RA 5I2KA 3PPOA 5H8FB 2AL5A 1DOTA 3K6VA 3UIFA 1M5BA 1SD3A 1IEJA 1YPNA 3KFMA 3TDJA 4KQPA 4HCWA 1FCKA 1O7TA 1MG1A 4F2QA 3IL1B 1NH8A 2XD2A 4MBPA 1OQHA 1BP5A 3OXNA 3QUFA 4QRZA 1Q35A 3OSQA 3LSFB 3H6VA 1B3GA 3FGSA 3VXBA 5B7DA 2AL4A 3C4MA 2D3IA 3P7IA 3EQ1A 4GVOA 2O6AA 3PD8A 4KI0E 3TUSA 4KYSA 4QFLA 3QUJA 1XVYA 4RA1A 1Y4TA 3N6TA 4BDRA 4OTEA 2NVUB 3C33A 1HSEA 3KOSA 2Z23A 3SEYA 4YZZA 1SW4A 1JEUA 4LQ5A 4FAJA 3D4CA 3PGFA 3S9EA 5ELVA 3KGCA 1QULA 2XXUA 2XXVA 1BLFA 4R6HA 4QFKA 3FZVA 1B5JA 1A8EA 3RQTA 2THIA 4THIA 3VLUA 4DXBA 1QUIA 4IO2A 1NFTA 5A5XB 4NF4A 3ILTB 5ICQA 4FEBA 3G3IA 2V25A 5DT6A 4JSOA 4ZEBA 4YKIA 2ZNSA 3LC8A 4G4PA 1A40A 3KSJA 2DE3A 4H67A 3H6WA 1MM6A 2ZXTA 1FTLA 4ZZEA 3H7MA 1B58A 5H8QA 4I9DA 3S4UA 4KYDA 4XKPA 4LZ8A 1MY1A 3SERA 1QUJA 5I2NB 3TTMA 2HAUA 4IGRA 2XXPA 2F8DA 2XXRA 3OELA 4Z0IA 2F7CA 5DEXA 3SESA 2DVZA 2I49A 1JQFA 3TTLA 5B70A 3IOUA 3MPLA 5EYFA 2OWTA 2YLNA 4QFNA 3IOVA 1B0LA 3VV5A 2FA7A 4QSEA 3LBSA 3PPPA 1VSOA 5H8HA 3TPAA 2D21A 5LOMA 1OVBA 4OETA 1Y9UA 3IB2A 1IXGA 1Y3PA 3TYHA 3FJ7A 2IEEA 4QF9A 3CG3A 2ABHA 3RUMA 1B7UA 3JZJA 3EHTA 2Q2CA 1MS7A 4AQ4A 1H3DA 5M2VA 1I6QA 1A54A 2VOZA 4F31B 4ZE9A 3KEIA 5KCJB 3RY3A 3MWBA 4PFUA 2H4IA 4NE4A 4OEUA 3EN3A 5TP9B 4ONYA 5CMBA 2PVUA 1MQGA 2Q9TA 1UIUA 4R75A 4R6KA 3MP6A 1IXIA 2OBGA 2O7UA 3TCFA 2XXXA 1KWHA 4MLQA 1I6BA 1MH3A 4OVJA 3HSTA 5CM6A 1QVSA 4I1DA 3ZS6A 1VFDA 2ZYNA 1B4ZA 2XXTA 3GLBA 1BTJA 3THIA 1JW4A 4NMYA 3FV1A 5TPAB 2OCUA 4KCCA 3TQWA 4P11A 2O1LA 2NWJA 2F7BA 2HCAA 2QJEA 3OO8A 1OVTA 2DXRA 3OEKA 3UP9A 1YTVA 4BDQA 3HCQA 3K4UA 4TLLB 3VVDA 2ZYMA 3Q27A 1AL3A 2P0SA 4PFWA 2ONKE 4GD5A 4U2RA 2OLBA 3I3VA 4DE8A 4G8HA 3LSLA 2O84X 3PPQA 2Y7RA 4R2FA 5DVIA 3Q26A 1XC1A 3W9VA 4OERA 3SKPA 1UTHA 4P0IA 3SDFA 2HAVA 1MXXA 1LBBA 5HM4B 1JNFA 4DLDA 3WAFA 3OENA 2I4BA 1POTA 3V89B 1FQFA 1IITA 2DQVA 3QXMA 2QS2A 3CFXA 1FW0A 3USDA 3VLVA 3N26A 5H8SA 2M8CA 2PYYA 2UVGA 4NF5B 1N7WA 2RC9A 3K0VA 2X26A 3R26A 3O2AA 4NF8B 2B65A 4HCYA 1D3KA 2XX9A 3KOTA 3VDFA 4E0XA 3QAXA 1XVXA 1FQBA 5CRYA 4GQOA 1J1NA 2DVCA 3IOTA 3MW0A 3W15C 4H1XA 1Y3QA 5HPQA 3EHSA 3UN6A 2QMWA 4U4XA 1PB9A 3GZGA 1LCTA 4OENA 4IO4A 2Q8JA 3O9PA 3PUZE 4QFPA 5BWJA 4XXUA 4ELQA 4NWDA 4IY5A 3PD9A 4H8IA 4PETA 3O29A 3CI8A 3KBRA 4YB5A 1M5EA 3IO4A 4I8CA 5I57B 2V93A 2GFEA 4QSCA 2Y7IA 2CMOA 1SYIA 3KG2A 4G77A 4F3PA 1OMPA 3MVYA 5AA2B 2I58A 1POY1 2ZYKA 4JBZA 1DPPA 2ZNUA 1B7ZA 3MP1A 4FATA 3Q25A 1MQHA 4P0GA 3LUYA 3R6UA 1MQDA 4ESXA 3DLNA 2YJPA 4H0WA 4RK2A 5JK4A 1P1WA 2NXOA 3QIMA 1UQWA 4DIGA 4R2BA 3E4RA 4JWXA 4RPOA 5KDTA 2Q89A 3B7DA 4MF3A 4LUBA 1P1OA 3VLWA 4YB7A 1DTGA 2O7IA 1PDAA 1I69A 3RTFB 1B4HA 1R6ZA 5I58A 1US4A 3U1OA 4AB5A 3FV2A 1RYXA 3TFLA 3UORA 3M3FA 2DE2A 2DS9A 2XXHA 2DE4A 3TMGA 1N76A 3PUYE 3OO9A 5CBRA 2VP1A 3Q29A 1Z7ME 1TFAA 3PV0E 5K2XA 1MM7A 2O51A 1A7LA 1ZIUA 2ZMBA 4DDDA 3IR1A 1PEBA 4TLMB 1VR5A 3ZSFA 2R9JA 4U4SA 3FXUA 5I59B 4LA9A 2QS3A 2A5TB 3C32A 5H8NA 3PMXA 4MLVA 1SW5A 4AB6A 4KHZE 1NNTA 2D5WA 1R9LA 4N13A 3K6XA 3ZKKA 2NOOA 4F39A 1GV8A 2QS4A 2PBWA 3RNNA 3SETA 3QYTA 3S2VA 4KPTA 3OO6A 4EF1A 2VGQA 3DP4A 1N3WA 4WXJA 4O3AA 3T66A 5AA3A 1MH4A 3O97A 2XXQA 4BDMA 1SI1A 3T96B 3CRBA 4BDOA 4MFIA 1UTBB 1QJMA 1OIBA 3VXCA 1B2HA 5CBSA 4HW8A 3V8XB 1N0TA 1HSLA 1M5CA 1NL5A 4JWOA 1B3FA 3OSRA 4OFOA 3FXRA 4Z7EA 2Y7KA 4GOTA 1IQ7A 3FVKA 4ECFA 1MDQA 4KYEA 5ICTA 1AH5A 2DWIA 4LZ5A 3B6QA 1LBCA 2FNCA 2DOJA 3CFZA 1LFIA 5ISUA 1QUKA 1S50A 2F35A 3ECRA 2VD2A 4ISUA 2DYXA 1LAFE 3PU5A 1MPBA 3H03A 1Y3NA 4DXCA 3F11A 1B32A 2DWJA 3M3LA 1BIYA 5L8DA 3K02A 4IB2A 3CVGA 3H4ZA 1ZU0A 4NF6B 5FHMA 1OQGA 3TELA 5I2KB 2Q2AA 3HO7A 4YKJA 3ONMA 1Y4CA 1B0HA 1LB8A 1FTKA 1H44A 4EDPA 1D4NA 4O3BA 1P1NA 2OJTA 4F3SA 1HSJA 4Q30B 5I56A 2PT1A 1JVXA 2XHDA 4EQBA 1MY0A 4ZEDA 3MP8A 1SVXB 3TZAA 2V3UA 4BDNA 1FTJA 5EHSA 1LFGA 2ZYOA 2I0BA 4OFJA 1B3EA 4RJZA 1NKXA 1RYOA 3T9HB 2GRVA 1OLAA 4F3GA 3RLFE 2I4CA 2H5YA 3KN8A 4YMBA 1JEVA 2X7QA 4JDFA 3LSWA 1PB7A 3R7XA 4PE5B 4RYAA 2AYSA 1H43A 1URSA 2H25A 4GRKA 3TEPA 1FTOA 1EZPA 1M5FA 3CSBA 4R9GA 4U23A 1B52A 4ND9A 1MXZA 2UYEA 1SW1A 3HN0A 1D9VA 3JV9A 3U93A 3UA8A 3L6HA 2W7YA 4FIMA 4N6PA 3K1PA 4NF4B 1LAXA 3EF7A 1B46A 3SEWA 3FATA 4H5GA 4TOZA 2BJJX 1D9YA 3GBAA 1B7HA 3PMVA 1L5TA 1Y1ZA 4YKPA 4GF8A 4KR5A 4N07A 2O68A 3VFJA 5H8QB 3TTKA 5K2YA 4BLAA 1B6HA 1XHYA 3K1NA 3UK4A 3H3GA 2VHAA 1LLSA 3C31A 4LATA 4TQUQ 4X9TA 3QK6A 3FIRA 3S9LC 2I6EA 4O3CA 1QKBA 3RT8A 5DEXB 3JYRA 1S9TA 1F9BA 4I62A 5FHNA 5L9SA 2UYFA 3G3HA 5AA2D 4IO3A 5H8HB 1JETA 3VVEA 1NMUA 1TWYA 3RTWB 1Y20A 1JVYA 2HFBA 1MXYA 1US5A 2HQ0A 5JTYA 2I0CA 4GXAA 3HV1A 3MUQA 3O6HA 4GL0A 1MXWA 5IKBA 1PBPA 3PUXE 1MXVA 4EF2A 5AA1A 3RGYA 3MZ9A 4U22A 1WDNA 5FTHA 4PFTA 3MVZA 4G68A 4XTCQ 3S9MC 2B3FA 3HHGA 1R1NA 4Q5TA 4OQOA 3CSGA 5CMMA 2RCBA 3T9VA 4RY1A 4FE8A 3AXFA 3TQLA 3TTRA 4M1VA 3N6UA 2A5SA 2RF1A 3RPWA 4RPNA 4OWDA 4ZS9A 4DCYA 4FORA 4U1OA 1CB6A 3A09A 5ITPA 1S7YA 3B6TA 3CG1A 3FUZA 1A55A 5FHOA 3C36A 2PX1A 4OXVA 1BKAA 4QSDA 3VVFA 1YAEA 2Z8FA 1T0KA 2P1SA 4KCDA 4NTLA 3E9XA 1NNKA 1IXCA 5DTBA 3WAEA 2F6GA 4WEDA 4U1ZA 1AIVA 2B3BA 3IJOB 3IAZA 2I3WA 3T9XB 2QRYA 2UXAA 1IUDA 4R74A 5IAIA 4POXA 4KFQA 4F22A 4R9FA 4H8JA 5A5XA 2XXIA 4BDLA 3BKIB 1GVCA 2G93A 3LSXA 3M8UA 3U72A 4ZE8A 3DP6A 1MY2A 1SDXA 4Q8RA 1UTHB 5BUUA 2DSFA 1B1HA 1B51A 2DXYA 5DVFA 3G3KA 3H06B 5DYHA 2OWSA 1MQIA 4F19A 1AOVA 4H6DA 1O64A 3IB1A 2PT2A 2F5XA 2XX7A 1GR2A 2F97A 3A3CA 5I2NA 3G7WA 2E1SA 3ODBA 3E3KA 4JB7A 3KJ7A 4ELPA 4K3FA 1VFEA 4DXUA 3U8QA 1DMBA 3MZBA 1SW2A 4H5FA 4OMBA 2R71A 2ONRA 4YICA 4HTGA 4F18A 2XD3A 3T9UA 3K00A 1NNPA 1XT8A 5AE4A 3C35A 1VE4A 3KN3A 2O1MA 2REGA 1MXUA 4GIZA 1ZJLA 3V5AA 4OHNA 1MY3A 2CZLA 3PUWE 1B5IA 1ZKBA 4EQ9A 2HEUA 5F1QA 1II5A 2OK2A 1ELJA 2GHBA 4EXLA 1Z7NE 3TCHA 4OZ9A 3HPIA 5KCJA 3K2DA 3KSXA 1WVJA 4QHQA 1SI0A 3IOWA 3MVWA 2ANJA 5TP9A 1M5DA 2QL3A 4G68C 1LAGE 1QW0A 3MPKA 2KLFA 4DCXA 1AMFA 4LONB 1JW1A 4DZ1A 1MPCA 3KN7A 2P2AA 1PBQA 2REJA 3U94A 3CR9A 1IZ1A 2GHAA 2LAOA 4F2OA 1I6AA 1ZTYA 3V83A 3U92A 1ATGA 4JWYA 1ZMGA 4FJPA 4RK9A 4ELOA 1P99A 4F1UA 1GGGA 3CFLA 3KJTA 1TFDA 4M4GA 2H9BA 5KDTB 3FASA 2DP8A 1N04A 1PC3A 5TPAA 3RT6B 1USYH 2F6PA 2UVHA 3O66A 1URGA 2XXYA 5I58B 4NWCA 3MAMA 1MPDA 2QSXA 3BBRA 1RKMA 4R72A 3C34A 3PMWA 4PFYA 2DWAA 3IK6B 4HS7A 3O6GA 2G29A 3HHFA 3G3JA 4U21A 1N7XA 2H98A 2XX8A 2Q88A 2I48A 3N5LA 3FVOA 1EZOA 1Q1KA 3Q28A 2VD3A 4E0WA 2X7PA 2Y7PA 3LR1A 4FECA 4IO5A 1LSTA 5JEIA 1B9JA 2F7AA 2FYIA 3OO7A 3S9NC 2DWHA 2Z22A 4XIGQ 2RC7A 3PUVE 5H8NB 5DVJA 3OD7A 3L6GA 1MRPA 1NH7A 3G3FA 3BFUA 4QFOA 4MH5A 4IO6A 2QMXA 3T22A 1B3LA 3FJGA 4LZ7A 3OEMA 1SQYA 4NF5A 4PP0A 3PPNA 4C1UA 4FEDA 4IY6A 4NF8A 3SEXA 1R9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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