3ODBA

Haemophilus influenzae ferric binding protein a -iron loaded -open conformation
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAATAVAKAFEQETGIKVTLNSGKSEQLAGQLKEEGDKTPADVFYTEQTATFADLSEAGLLAPISEQTIQQTAQKGVPLAPKKDWIALSGRSRVVVYDHTKLSEKDMEKSVLDYATPKWKGKIGYVSTSGAFLEQVVALSKMKGDKVALNWLKGLKENGKLYAKNSVALQAVENGEVPAALINNYYWYNLAKEKGVENLKSRLYFVRHQDPGALVSYSGAAVLKASKNQAEAQKFVDFLASKKGQEALVAARAEYPLRADVVSPFNLEPYEKLEAPVVSATTAQDKEHAIKLIEEAGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Metal binding protein
source organism Haemophilus influenzae
publication title The role of vicinal tyrosine residues in the function of Haemophilus influenzae ferric binding protein A.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Iron-utilization periplasmic protein
total genus 113
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3odbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3odbA02
1B3LA 3TQLA 1N7WA 4OWDA 3B6WA 3TPAA 1VR5A 3SETA 2F78A 3TCHA 4O3CA 4DIGA 4U4XA 3L6HA 3S9NC 2D3IA 2HAVA 1IXGA 1QKBA 3D4CA 2IA4A 1SI0A 1Y3NA 2ZMBA 3K2DA 3UP9A 1AIVA 1A55A 1FQDA 4JWXA 3IOUA 3H6UA 1N84A 1MXZA 2NXOA 2UVJA 3PV0E 3KOTA 4GD5A 2O51A 4OMBA 1DPEA 3OELA 1US5A 1A8EA 1ZMGA 3HHFA 5A5XA 5I2NB 4NF5B 2D21A 2DOJA 2GHBA 5AA1A 3ZSFA 1QJMA 1Z7NE 3FVNA 1XHYA 3TEPA 3T66A 3MVYA 1H45A 3IO6A 4KD5A 1RKMA 3E4RA 3QUJA 3A09A 2ZNTA 4Q5TA 4H0WA 4IGRA 1IXHA 2O1MA 3OEKA 5I2KA 4U1OA 1R1NA 4MFIA 2OBGA 3MC2A 2HCAA 2ZYOA 5HM4B 4FIMA 4NF4A 4LONB 2XXXA 2YPNA 4QRZA 4GL8A 3TAJA 4O3AA 3HO7A 3O29A 2DE3A 3PU5A 4F39A 1TFAA 4HCYA 4OFOA 1MY1A 4LZ7A 1R9QA 4R6HA 2A5SA 4X1DA 3LR1A 1LGBC 4I9DA 1QUIA 4IO3A 3VFJA 3KGCA 3MVXA 2PT1A 2Q89A 1B32A 1QW0A 3MJNA 2D5WA 2GRVA 5L8DA 4LZ5A 5CMCA 3O9PA 2DWHA 2OWSA 1LB9A 1Y4CA 3KEIA 2F7BA 1FTLA 3KSXA 2V3UA 2X7PA 3HSTA 4Q8RA 2Q2CA 4LA9A 3TZAA 2FNCA 2UYEA 3F11A 2O6AA 2OZZA 1PB8A 2QS3A 4OYVA 1JQFA 2UVGA 3DLNA 1FTOA 3RT8A 4NMYA 1B1XA 5ITOA 2UVHA 4LVQA 3U1OA 4MF3A 1PDAA 4RY1A 3PPNA 1FTJA 4E0XA 3QIMA 1URDA 2UVIA 3CRBA 4EUOA 2I49A 1GGGA 4OZ9A 2DWAA 3CSBA 4POWA 4X9TA 5I58B 1DTZA 3RN8A 3HPIA 3TKDA 2NOOA 3RTFB 1VSOA 4F19A 4DCXA 5KCJA 1EH3A 3T9UA 4H5GA 3SKPA 4N6PA 1HSEA 2QS2A 3B6QA 2B3FA 3QYTA 3MZBA 3OO9A 2ONSA 1NMUA 4F18A 3TFLA 3KSJA 2F97A 2RCBA 2OK2A 5H8QA 1NKXA 1JEVA 5I56B 4G8MA 3FJ7A 1LCFA 3LSXA 3BFUA 1MS7A 2DXYA 4KR5A 4ZZAA 4G68C 1MY0A 1OQHA 1MY4A 4R6YA 1Q35A 3EHSA 4IGTA 1QUKA 5H8FA 4OESA 4MH5A 3GLBA 2GH9A 2XX8A 4IO7A 5H8FB 3KOSA 1II5A 4R6KA 4LATA 4R72A 1BLFA 3MP8A 4DLDA 3VDFA 2F7CA 3K6WA 2I4CA 1URGA 4HCWA 1ZJLA 2A5TB 4OTEA 5FHNA 4F31B 4YKKA 4LQ5A 1ELJA 5EHMA 2XXYA 3ECRA 3SEYA 1A8FA 5H8HA 2RCAA 5F1QA 4I62A 3V8XB 1QKAA 2DVZA 4YB5A 3QK6A 3LSFB 2ONKE 4OENA 1F9BA 5K2XA 5K2YA 3S2VA 1LAXA 3PPQA 3CR9A 4LP2B 4IY5A 3PUWE 1POTA 1N0TA 4NWDA 1PC3A 1BTJA 3BBRA 2I0BA 5H8SA 4ONYA 4DE8A 1GVCA 3V89B 3KN3A 3U93A 3T93B 1SW4A 5BWJA 4NE4A 2ZYNA 4C0RA 1IXCA 3Q25A 2QJEA 4ZE8A 1YCJA 2PX1A 4QFOA 4R74A 3IJOB 2DYXA 5ELVA 4QFLA 3L6GA 1JVXA 1P1UA 2DSFA 1BP5A 4RXLA 2FYIA 3PPPA 4KI0E 1KWHA 4C1TA 1M5EA 3T9HB 1D4NA 3OSQA 2RC9A 4P11A 3SEWA 4DXUA 3S9EA 1NH8A 3W9WA 4PFYA 1FTMA 4IO5A 5CRYA 3HN0A 2XXIA 3JZJA 4ECFA 1A54A 1LFIA 3DP6A 3SERA 3GBAA 4XKQA 5CMKA 3OOAA 1LSTA 5FHOA 2NVUB 2Q2AA 1OVTA 1IQ7A 1MM6A 2XXWA 3T22A 4F1UA 3K4UA 1VFDA 2O1LA 1LCTA 4RK9A 4U1ZA 2RF1A 5EHSA 1P99A 4ZEBA 3VE1B 4R9FA 3CFZA 1JW1A 1H44A 4ZDMA 1GTKA 5JTYB 2O68A 1TXFA 4Q0CA 3RT6B 2B65A 1TWYA 3FJGA 1XOCA 3O6GA 4OQOA 1IEJA 3K6UA 2DE4A 4KYDA 3H6WA 4RA1A 2O69A 1MG1A 2I58A 4NF6B 3K6VA 5TP9A 2PT2A 3FIRA 3OO7A 3UA8A 4NTLA 4KFQA 2XX7A 2DE2A 4U22A 2OLBA 4H8JA 4N13A 5FTIA 4KYEA 1NL5A 4FECA 1M5CA 1SBPA 3SEVA 5TP9B 1SW2A 3FVGA 2F5XA 1DPPA 5L9SA 3TMGA 4G2ZA 3IB1A 1NNTA 2H98A 4IY6A 1IITA 4LZ8A 4POXA 3EQ1A 1SW5A 3M3FA 1R6ZA 3BKIB 3C9HA 4UA8A 1OVBA 3IOVA 3USDA 5I2NA 2XX9A 2V93A 4NF5A 2Z22A 1UTHB 4MBPA 3VLWA 1MQDA 5TPAB 1MH3A 4LQ2A 1PB7A 1FQAA 3BFTA 2XXHA 3OO8A 5HPQA 3M3LA 3WAEA 3IK6B 1ANFA 4BLAA 1B40A 2OCUA 2X7QA 1MPBA 3RY3A 2HEUA 2YJPA 1UIUA 3PD9A 1O7TA 1SQYA 3VXCA 1PBQA 1HSJA 2OWTA 4ELOA 3TTMA 3EPEA 2ABHA 2Y7PA 3K02A 4JSOA 4F29A 4YU0A 4DXBA 4AB6A 4H1XA 4H5FA 4BDRA 3I3VA 2REGA 1OQGA 5DVIA 3FXUA 1JW4A 2V3TA 1MXYA 3R7XA 5JK4A 1DMBA 1Y20A 2GFEA 3VVFA 3TTLA 1Y3QA 2HZLA 2P2AA 5AA4B 4BDQA 4P0GA 3PPRA 3RPWA 1B5IA 4QF9A 1AL3A 3S9MC 3PD8A 4QSEA 1SDXA 2P1SA 2RINA 3FXQA 1AOVA 3I6VA 3CVGA 3MPLA 1SD3A 3W9VA 2HZKA 1TT1A 4C1UA 1ZIUA 4KCCA 4AQ4A 4XXUA 2KLFA 5I58A 1I6BA 2DXRA 1NNKA 2AIXA 1P1NA 4OFJA 2REJA 3C35A 3LC8A 1HSLA 3KN7A 3CI8A 4JBZA 3H3GA 4GOTA 3IB0A 2VOZA 3RNNA 1A40A 2Y7WA 4OERA 5L9MA 1PEBA 1JNFA 1EZ9A 3H03A 3G3HA 3MPKA 2I0CA 2DQVA 3B6TA 5CBSA 3QUFA 5I56A 4JWYA 2DVCA 4YICA 4BDMA 2V84A 4JB7A 2QS4A 1P1WA 1MXVA 1UTBA 1MQGA 5IAIA 3AXFA 1MDQA 2NUVA 4U21A 4F3GA 1UTBB 3O97A 4HS7A 5I59B 4YKPA 5B70A 3DP4A 2RC8A 4YB6A 3MUQA 1B5JA 3OD7A 3MZ9A 3MQ9A 1B1HA 1JEUA 1B4HA 2P0SA 4EQ7A 2XD2A 2RC7A 3UGWA 1Y9UA 3UORA 4R2BA 2LAOA 2M8CA 1FTKA 4Z7EA 2H99A 1LAFE 4KHZE 4ZEIA 1M5BA 3OXNA 1M5DA 4XKRA 3FVOA 4RNSA 1S9TA 3PGFA 2A5TA 4MLQA 4XIGQ 3IJXB 4KCDA 5ISUA 3TTKA 3Q26A 2THIA 2Z8FA 3VVEA 2O7UA 1WVJA 1Q1KA 1JW5A 1O63A 2ZYMA 4QFPA 4R75A 5LOMA 4IO6A 3TTRA 2OJTA 4F1VA 3MVZA 1LBBA 4GQOA 4GVOA 3FV2A 1FCKA 2DWJA 1LAHE 1DTGA 2Y84A 2XHDA 5FTHA 1A99A 2DS9A 3JV9A 3K1MA 1IZ1A 1B3EA 1QVSA 3QAXA 4I1DA 3CFXA 3TODA 2ESNA 5FHMA 4OHNA 4F1YA 2XXTA 1FQFA 4XKPA 3T96B 2F35A 5CBRA 1IXIA 1JVYA 1B51A 3M3KA 3TUSA 5J1DA 4K3FA 1MRPA 2ZNSA 2F6GA 1ZTYA 5DVJA 4G68B 3CG1A 4HW8A 2F36A 1SYHA 1P1OA 2G93A 1LBCA 4FE8A 4WEDA 4F2QA 2XD3A 2Z23A 1B6HA 2R6GE 1Y4TA 5F7VA 3E3KA 2QL3A 3FD3A 5AE4A 3JYRA 4F3BA 4BDLA 3CIJA 3C34A 5AA2B 1FQEA 1MXUA 3D4GA 1N3XA 4GIZA 4WKMA 2HXWA 4RPOA 1MDP1 3RUMA 3A3CA 3IORA 4ZECA 5I57B 4FEDA 1YPNA 2QMXA 1M5FA 1ZLQA 2DWIA 4ND9A 3TELA 2ALUA 4EQBA 4GF8A 5DVFA 1NNFA 1UQWA 1GR2A 4TOZA 4F3SA 2H4IA 1B05A 3K01A 4NWCA 4M4GA 1RYXA 3Q28A 3VVDA 3MBPA 3TDJA 3FGSA 1URSA 3FVKA 4TQUQ 3K1PA 2CZLA 5JTYA 2VD2A 5DT6A 1MXXA 2Q8JA 4YKIA 4XTCQ 2XXPA 3EHUA 1XC1A 4H8IA 4QFKA 4ZE9A 3W15C 2I3VA 4R2FA 4NF6A 3FASA 1XT8A 4YMBA 3FATA 1R9LA 1FQCA 3R26A 4P0IA 3LBSA 3RLFE 1XS5A 1MY3A 5HBCA 1IIWA 1IUDA 1NNPA 1ZKBA 3V5AA 1EZOA 3ZKKA 2W7YA 5EYFA 3U8QA 3HV1A 4FATA 1FW0A 3MP6A 2Z8DA 5B7DA 4G8HA 1PB9A 3QSLA 4ZS9A 5H8NA 3VLVA 1D9YA 2F8DA 4YMAA 4EXLA 3SEXA 3G3KA 1UIVA 4RPNA 5AA2D 1B46A 4XKNA 5H8NB 4H65A 3H6TA 2NWJA 1UTHA 3WAFA 1VFEA 1N76A 5TPAA 3RTWB 1H3DA 2QSXA 3SESA 4PFUA 3U94A 1POY1 1ZU0A 3Q29A 2UXAA 3QXMA 1I6AA 4RK2A 4EF1A 3ZS6A 5CI5A 1Y3PA 1B9JA 3GBBA 3IAZA 1USYE 4FJPA 2DP8A 1SVXB 4EXKA 3LUYA 4Q30B 3HCQA 1MQHA 3CG3A 3C31A 5ICQA 1MXWA 1PBPA 4RYAA 2B3BA 4NEDA 4ZZEA 3U92A 2Y7IA 4GLIA 2V25A 4OEVA 3TCFA 2X26A 1BIYA 3CSGA 4E0WA 3C36A 2QPQA 1TFDA 2VP1A 1B3GA 2H9BA 1SW1A 1L5TA 5A5XB 4AB5A 4JWOA 4THIA 3ONMA 1EU8A 3G7WA 3EHTA 4PETA 1B58A 3B7DA 2CMOA 3ODBA 1USYH 4EDPA 2ZXTA 4QFNA 3EF7A 4H6DA 4I8CA 3VLUA 2IEEA 2PYYA 5AA4A 2PBWA 1SYIA 3FXRA 5I2KB 2H25A 1N7XA 3UK4A 3M8UA 1MQIA 3TQWA 4NF4B 4G8NA 2PVUA 5AA3A 2Z8EA 3MP1A 2QRYA 4QSCA 4EF2A 2HFBA 1CB6A 2GHAA 1YAEA 4BDOA 1MM7A 4MLVA 1B7HA 1LB8A 1AH5A 4PFWA 3IOWA 4DCYA 1LFGA 1ATGA 4WXJA 2YLNA 1NFTA 3E9XA 2I6EA 3IL1B 3KJTA 5KDTA 4YZZA 3PUVE 3Q27A 1B7UA 3VXBA 4PE5B 4TLLB 3PMXA 3FUZA 5CM6A 4H67A 2XXQA 4IB2A 1D3KA 3O6HA 5KDTB 4YAHX 3RGYA 3OEMA 4PFTA 3LSWA 4GFRA 4N07A 2R9JA 1S7YA 3S9LC 2VD3A 3N6TA 1B3HA 3U72A 4DZ1A 3IR1A 3IOTA 1OLCA 4KYSA 3R6UA 3N94A 5I59A 5BUUA 1H43A 2F34A 3KG2A 4QHQA 3KZGA 2Y7RA 4YKJA 5KCJB 1Y1ZA 2XXRA 1QUJA 2I4BA 3ILUB 1A7LA 1OMPA 3SDFA 4ELQA 4ZEKA 1H76A 4OEUA 5M2VA 4U23A 1WODA 5I84A 2VHAA 1VE4A 1WDNA 1B7ZA 3K0VA 2O7IA 3V83A 2G29A 3IB2A 2HAUA 2O84X 5TU0A 3K1NA 5H8QB 3PPOA 2AL4A 4FAJA 1B0LA 4IO2A 3C4MA 4FORA 3MAMA 4OETA 3PUYE 3OSRA 4ELRA 4WEPA 4G77A 3IO4A 3G3IA 3CFLA 3RQTA 4KPTA 1DSNA 1XVYA 3PUZE 1P1QA 2I48A 4KQPA 2BJJX 1RYOA 2I3WA 3C33A 3I5OA 1JETA 2F6PA 3OMBA 3IX1A 5IKBA 4GL0A 2E1SA 2UYFA 2WKYA 3ZKLA 3K6XA 5ICTA 3PMWA 4F22A 3KFMA 4GRKA 4U2RA 3N6UA 1O64A 4X48A 2Q9TA 2VGQA 3A3UA 1J1NA 1FQBA 1MQJA 4OXVA 3DM0A 4O3BA 3O6IA 2E0SA 1CE2A 4ESWA 1OLAA 5DYHA 1S50A 4F2OA 4L17A 1MPCA 1Z7ME 4GXAA 4U4SA 3FV1A 3O28A 2Q88A 5DTBA 5H8HB 3FZVA 3DELB 5ITPA 4JDFA 1B0HA 4GWOA 1B52A 3HHGA 4G68A 3O2AA 2ZNUA 4PQJA 4DDDA 3MVWA 3EN3A 2Y7KA 3MW0A 3ILTB 2ONRA 1LFHA 1D9VA 4ZEFA 3GZGA 4R9GA 1US4A 2ZYKA 3TTNA 3H7MA 1T0KA 3E13X 3H4ZA 3O66A 2H5YA 4FEBA 4QSDA 3UN6A 1LLSA 5AA2A 1AMFA 1LAGE 2XXVA 5JEIA 5I57A 4GXSB 3H06B 3OO6A 4YB7A 3N26A 3G3FA 3K00A 2QS1A 1I6QA 1I69A 3H6VA 4TLMB 3VV5A 2AYSA 3SEUA 3TCGA 4F3PA 3KN8A 3S4UA 4JXIA 3P7IA 1MH4A 4PP0A 3PUXE 4RJZA 4OVJA 5DEXA 2FA7A 2HQ0A 3LSLA 1B5HA 1MY2A 3THIA 2XXUA 4ELPA 4EQ9A 4DXCA 2ANJA 4M1VA 2F7AA 3MWBA 4ESXA 3G3GA 4BDNA 1QULA 1GV8A 5DEXB 1Y1MA 1ZBMA 4G4PA 1B3FA 4IO4A 1B2HA 4HTGA 5L9OA 3N5LA 5CMBA 2PMSA 2AL5A 3KBRA 1N04A 4X1BA 5CMMA 4R73A 4ZEDA 5KZTA 4OFLA 1N3WA 1EZPA 4NF8A 3KJ7A 1SI1A 2V3QA 2QMWA 3PMVA 1BKAA 3G3JA 4UACA 1OIBA 3TYHA 3OENA 4NF8B 1B4ZA 2R71A 1DOTA 3T9VA 3MZ1A 1MPDA 4ISUA 1YTVA 3DP8A 5CC2A 2RKMA 4LUBA 3GXAA 4Z0IA 3C32A 4JSDA 1XVXA 3UIFA 3FJMA 3T9XB 1NH7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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