3OMBA

Crystal structure of extracellular solute-binding protein from bifidobacterium longum subsp. infantis
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
503
structure length
503
Chain Sequence
TTTADGKPIVTVLVKKNANQEKMANMQWAKDLEADCDCKIEWQEVTREAWAQQKNATLASGDIADVNLNGYGAVEAYQYPGMFEDLSKDLDKLPNVKAFFKQKPDAKKMSTDSKGRIYAIADGRGKAYSGTGQHMLINKAWLDKLGLQVPTTWDELENVLKAFKTQDPNGNGQADEIPMNIKKLEGSYFTWYSPMLLLNSTGIVTGFNKGVSEYGFYAKNGVVKSFLTSDEYKEVIKYYHKLISEGLIPAEWATKDDDAYNADQISDGKTAKTGVVFGWSPSDNFGKLKDQYIAMPVPSAPGVSPDQTVWDGSSSELSPAGLSISSHAANKDAALKLANLLYSEKYSVQQFLGSFGKAITKTGEHEYTVDNDKLSQLTGDNQYPGLSELLVGWIPDEATIKGDTHADELIEVNKVYEEQRSHFDPVKDYIPDYVNMDNMDPSDATKLNTNNAEIFNTTMQKTATWMSKGGIDEEWDAYCKQLDSIGLQESTKIWQKWYDTYTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of extracellular solute-binding protein from Bifidobacterium longum subsp. infantis
rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein, family 1
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium longum subsp. infantis atcc 15697
total genus 186
structure length 503
sequence length 503
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ombA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ombA02
3T66A 1SD3A 4F22A 1D9YA 3KOTA 4U2RA 3MUQA 4LATA 1B58A 3AXFA 1MY3A 1EU8A 3THIA 3U94A 1PDAA 1Y1ZA 2DP8A 1LBCA 3FD3A 3H6UA 1ZBMA 3TTMA 1URSA 3HPIA 1FQBA 4FORA 4JBZA 1MQJA 1P1WA 1ZJLA 1BP5A 1MPDA 1LSTA 3CFLA 1SI0A 3H6TA 3RT8A 4YB6A 4M1VA 3TEPA 1QUIA 4R6KA 2F6PA 3QYTA 3JYRA 4OZ9A 2I58A 1LAXA 3SEXA 3SDFA 1M5BA 5CMBA 3VLVA 1I6QA 2PYYA 4PQJA 4F1VA 1USYE 1OLAA 3IB0A 3MWBA 3PU5A 3U92A 1FTLA 2DYXA 1Q35A 4DLDA 5KDTA 1B1HA 1P1UA 3QUFA 1Y4CA 4ZEFA 5TP9A 1Z7NE 4QFLA 4G68C 2F97A 3EF7A 2P0SA 3MP8A 4AQ4A 2A5TB 4X1BA 1ZLQA 3OO8A 1XC1A 1QKAA 3OO9A 3IAZA 4NE4A 1OLCA 2HFBA 3M3KA 1XS5A 1OVTA 5DVJA 1SDXA 4HCYA 5HBCA 2GRVA 3C35A 2Y7PA 4IY6A 4N6PA 3G7WA 4I62A 3JV9A 3MPKA 4QFKA 1T0KA 3PPOA 5AA2D 3WAEA 2I3VA 1LCTA 3T22A 1SW2A 4FEDA 4AB6A 4PFTA 3R7XA 1BKAA 3I6VA 4O3BA 3O9PA 4NWCA 1USYH 4EXLA 3U8QA 1TT1A 3V89B 4F3BA 1QKBA 3A09A 3B6QA 2V3QA 5FTHA 3SKPA 3L6GA 1B46A 2Q89A 3PUWE 3PUVE 1N76A 1R9QA 1B40A 3T9XB 1I6AA 3T9UA 4GLIA 4O3AA 1EH3A 3G3GA 3S4UA 4IY5A 1PBPA 3Q27A 5BWJA 4THIA 3I3VA 4P0IA 4EF1A 1DMBA 2ZYKA 3H6VA 5H8HB 3DLNA 5B70A 2RC7A 3BFUA 4RXLA 3DP8A 4DCXA 2XXQA 2G93A 5EHMA 1VR5A 1FW0A 2Y7IA 5AA1A 3SESA 3G3KA 4GXSB 2B3BA 4RYAA 1IZ1A 3H06B 5KCJB 1B5JA 3S9LC 3USDA 2VOZA 2DWHA 4H6DA 4RK9A 1NH7A 5LOMA 4QRZA 4N07A 3FGSA 4JSDA 3H3GA 4QSDA 1MXXA 4XKPA 2Z8EA 1A99A 2IA4A 3N26A 2HAVA 1MPBA 1POTA 2B65A 1MH4A 2Z8FA 1DOTA 5AE4A 2QRYA 3DP6A 1DTGA 4TLMB 2UVJA 4P0GA 4RK2A 4JWYA 1VFEA 2HAUA 1B6HA 1NNKA 2XXTA 4WEPA 2I49A 4LQ2A 2OWSA 2ZYNA 2ZNTA 3OEKA 2ALUA 1N7XA 4F29A 2XXYA 4LUBA 4R6HA 2LAOA 3TZAA 2DXYA 4G4PA 1US4A 3C31A 1SI1A 3IOTA 2HCAA 3TTKA 1RYOA 4OETA 4QFNA 5K2XA 3ZKKA 5H8FA 3GBAA 4G68B 4DXCA 1SQYA 1R6ZA 4JB7A 4KPTA 4GL0A 2HZKA 4DDDA 4FJPA 5FHMA 5A5XB 1LAGE 2HEUA 1Q1KA 4X9TA 2XXVA 5I56B 4Q30B 3FZVA 4XIGQ 5AA3A 4R2FA 1M5EA 2Q88A 3CFZA 2OCUA 5I2NA 1II5A 4E0XA 3FXQA 3D4GA 2QMWA 1B51A 3K01A 3L6HA 1N7WA 1HSJA 1NNTA 3LSXA 2FYIA 4JDFA 2P1SA 4FECA 3LSLA 5DT6A 5I2KB 2GH9A 3EHUA 2XHDA 2D5WA 2H99A 1B3FA 3PMWA 5L9MA 3MW0A 4G8MA 1JQFA 5I58A 3IOWA 1IEJA 1UQWA 4NEDA 1B0LA 4Q0CA 3RNNA 1MPCA 3K6VA 1ANFA 5AA2B 3S2VA 3UK4A 2DQVA 2RCAA 5JTYA 3K6UA 2X7PA 1J1NA 3SEUA 5CMCA 3FVGA 4YKJA 5JK4A 2XX8A 2CMOA 4R9GA 4YMAA 1POY1 2UVGA 3TTNA 2VP1A 4C1TA 4IB2A 2QL3A 2RCBA 5CBSA 1MDQA 3QIMA 2DWIA 1AL3A 4RJZA 4H67A 2O51A 4IO2A 1A40A 1LB8A 2O68A 4R72A 4U1ZA 2XXXA 4NF6B 2GFEA 4GXAA 1H76A 3HCQA 3E3KA 3BBRA 4RY1A 1B3EA 1HSEA 4KQPA 4OTEA 1GVCA 2O6AA 3MP6A 3TCFA 3IOUA 4FATA 3TAJA 1EZOA 3UN6A 3IJXB 3VLWA 3FVNA 4U22A 4G8HA 1A8FA 2E1SA 2Z8DA 3TDJA 1PB7A 1GTKA 5CRYA 3W9VA 3OEMA 5TPAA 3UGWA 3CRBA 3ZSFA 3VXBA 1URDA 3RLFE 2F7BA 4XKNA 3FV1A 1Y4TA 3V8XB 2ESNA 3OOAA 3E4RA 4KCDA 4YAHX 3QXMA 1LFHA 5FHNA 3O6IA 1SBPA 4OFJA 3KN7A 4OYVA 4OFOA 3BKIB 3U1OA 3I5OA 3M3FA 1MXVA 4R74A 4OFLA 1N04A 5DTBA 1O63A 1L5TA 5CMKA 2D3IA 3O66A 2PX1A 4F1UA 3K02A 3QUJA 4GFRA 2G29A 2RC8A 1BIYA 2ZYOA 1LAFE 3PUYE 2DVZA 1TWYA 4OHNA 1I69A 1XHYA 3QSLA 5CI5A 1YPNA 1GV8A 3ILUB 2PT2A 3OELA 1I6BA 4NF4B 4H65A 3TYHA 2ONKE 2V84A 1JETA 3TKDA 2GHBA 3N6UA 4LONB 4U4XA 4Q5TA 3SEYA 5F7VA 3GLBA 3V83A 2HQ0A 4BDQA 3IL1B 2BJJX 2F7CA 3C4MA 4OWDA 3TCGA 2DE2A 2Z22A 3LBSA 3OMBA 3KOSA 4QF9A 2E0SA 3RT6B 3MZ1A 4BDLA 2QS2A 1US5A 2RC9A 3K1NA 5CC2A 4DZ1A 4IO5A 2AL5A 4UACA 1MY4A 2REJA 1Y1MA 1B5IA 3KG2A 1JW5A 2Q9TA 2YLNA 1P1OA 1MXWA 2QSXA 4EUOA 5L9OA 5DEXA 1YCJA 5ITOA 3RPWA 1BTJA 3G3JA 3MVWA 1AIVA 3S9NC 3E13X 1UTBB 2PBWA 3RGYA 4AB5A 2FNCA 3EQ1A 4ZE8A 4XXUA 3W9WA 1AMFA 2R71A 2V93A 4HCWA 4KR5A 1JVYA 3VFJA 3MAMA 4GL8A 4U21A 5IKBA 1B3GA 1SYIA 2F78A 4OENA 4ECFA 3SERA 4LZ7A 4C0RA 1ZTYA 3TODA 4TQUQ 2R6GE 3M3LA 1EZPA 4XTCQ 1XVYA 1Y9UA 1QW0A 3SEWA 3TQWA 4F18A 3F11A 4HTGA 4YKIA 1NNPA 3IORA 1B05A 4GQOA 4MFIA 3T9VA 3N94A 4GIZA 1D9VA 1N3WA 3K0VA 1B4HA 2I4BA 1S50A 3E9XA 4NTLA 1R9LA 4XKRA 4OMBA 3B6TA 1UTHA 3K2DA 1FTKA 3IB1A 3FXUA 4GOTA 3CSGA 2X7QA 2OZZA 5FHOA 5BUUA 3PPRA 3CI8A 5H8QA 3KN8A 4H5FA 3IR1A 3JZJA 1VSOA 3A3UA 4NF5A 1MH3A 3DP4A 4HW8A 1IXGA 1FQFA 2REGA 3R6UA 3IX1A 2OWTA 3TTLA 2XXPA 1SW5A 5KDTB 4ISUA 2NWJA 3HV1A 3OXNA 4K3FA 4F1YA 1N3XA 3LSFB 4DCYA 4GWOA 5TP9B 1FTOA 3C36A 4RA1A 2F6GA 1D3KA 1B1XA 1OQHA 5I84A 4ZEBA 1P99A 3PGFA 4ZE9A 4YB5A 4EF2A 4LZ8A 2Y84A 2OBGA 1LFGA 4MLVA 2XX9A 2NVUB 1A54A 5I57A 2UXAA 5AA4A 4ESXA 2XXIA 3KN3A 2DXRA 2Z23A 4MH5A 5H8NA 5DVIA 2ZNSA 5K2YA 3FVOA 1S7YA 1ZKBA 4ONYA 3MPLA 3IO6A 4KCCA 1HSLA 5I59A 1MXUA 5DEXB 3M8UA 4NWDA 1SW1A 5JEIA 4GF8A 4NF8A 3LUYA 3T9HB 4F3PA 1FQDA 3B7DA 5IAIA 1M5FA 1SYHA 5ELVA 1B4ZA 3OO7A 1GR2A 1M5DA 2O1MA 2AL4A 3LSWA 2I48A 1FQAA 2ONRA 3HN0A 3K4UA 3TFLA 2ZXTA 3VE1B 1JW4A 5DYHA 3O29A 3ZS6A 2QS3A 1ELJA 4ELPA 1FQCA 4ZEIA 3EPEA 1B2HA 4WXJA 2F34A 3B6WA 4RPOA 4LQ5A 2X26A 3FASA 2I0CA 2XXRA 3HO7A 3KSJA 4FIMA 1MG1A 4F3SA 2XXHA 1R1NA 1JNFA 2OJTA 4R9FA 3KEIA 3DELB 3U72A 2DS9A 3VVDA 3Q29A 1Y3QA 3LC8A 2Y7RA 3G3FA 3ONMA 3GBBA 4BDMA 4F2QA 4QSEA 3T96B 1IUDA 3CG1A 4KYEA 5L9SA 1IQ7A 1RKMA 2I0BA 1YAEA 2A5TA 3MC2A 1Y3NA 1IXHA 2B3FA 2ZNUA 3TMGA 4I8CA 5ITPA 3FJ7A 1Z7ME 2VD2A 4PFYA 2UVIA 5L8DA 4U1OA 1XVXA 4ZECA 1B7HA 4WEDA 1CE2A 4FAJA 4OEUA 4PE5B 3VDFA 4YKPA 2XX7A 3TQLA 3C33A 4KHZE 2DSFA 1MS7A 1QJMA 1MQHA 4GD5A 2ZMBA 4QFPA 4EDPA 2DVCA 5H8NB 5EYFA 3O6GA 3ODBA 5H8FB 4BDNA 4LZ5A 4KD5A 1XT8A 3PPNA 2Y7KA 1SW4A 4RNSA 1TFAA 3EHSA 3CVGA 2QJEA 1MQIA 1P1NA 2O7UA 1O64A 2XD3A 3PD8A 4IGTA 3H7MA 1QUJA 3DM0A 3KFMA 1JEUA 3K1PA 1B3HA 3FXRA 3CR9A 1ATGA 2H4IA 3K00A 3HHGA 4Z7EA 2Y7WA 2HXWA 1B9JA 3PUXE 5H8HA 5I2NB 2NUVA 1H44A 4H5GA 2O84X 2O7IA 2QS1A 3TTRA 3TCHA 2WKYA 3CIJA 1M5CA 1PBQA 3OSQA 1LFIA 2O1LA 3EHTA 2Q2CA 3S9EA 5KCJA 3SETA 1LLSA 3R26A 3N6TA 3KJ7A 1H43A 4IGRA 1PB8A 2DE4A 3RN8A 1EZ9A 1MXZA 3UIFA 5HM4B 1MY0A 2NXOA 4KI0E 4TLLB 3ILTB 5I58B 3PMVA 4LP2B 3OENA 3BFTA 4RPNA 3K1MA 3PV0E 1ZMGA 4OQOA 3EN3A 3RTWB 3HSTA 4BDRA 5JTYB 1A55A 1TFDA 2QS4A 5H8SA 4YMBA 2A5SA 1PB9A 3N5LA 1NMUA 2PMSA 3TUSA 1NKXA 3FV2A 4YKKA 1FTMA 2ABHA 2VGQA 4JXIA 2KLFA 1B7ZA 1XOCA 1NL5A 1RYXA 1VFDA 2PT1A 4EXKA 4DXUA 1DPPA 1LAHE 1QVSA 4JSOA 5J1DA 3MVYA 1F9BA 3VLUA 1GGGA 5FTIA 1MY1A 2H98A 3SEVA 3D4CA 4DXBA 3GXAA 3OD7A 2V3UA 4R6YA 3KSXA 3KZGA 4LVQA 1H45A 3MZBA 4F2OA 4MLQA 4YICA 1AH5A 1MRPA 2DE3A 1B52A 4G68A 1JEVA 4HS7A 2D21A 3IJOB 2HZLA 2V3TA 4WKMA 1FCKA 4IO6A 2Q8JA 2H25A 4JWXA 5TPAB 1UIVA 3KJTA 1MM7A 5A5XA 5I56A 1DTZA 2OLBA 4F19A 5ICTA 3FATA 4EQBA 3G3IA 3RY3A 3Q25A 1B0HA 1CB6A 3TELA 3FJGA 2DOJA 3W15C 3MVXA 4H1XA 2RKMA 2CZLA 3GZGA 4OERA 1OQGA 2FA7A 4C1UA 3OSRA 2P2AA 2H5YA 1DSNA 4PP0A 2W7YA 1N0TA 3H4ZA 5I2KA 1ZIUA 1FQEA 1LGBC 4L17A 1LB9A 2O69A 4NMYA 3S9MC 3RQTA 1PEBA 4YB7A 3VV5A 2QPQA 3IB2A 2OK2A 3MZ9A 2IEEA 4I1DA 5AA2A 3KBRA 5CM6A 2YPNA 1B5HA 4KYDA 4H0WA 4IO7A 1VE4A 4N13A 2VHAA 1MY2A 3RUMA 4MF3A 1O7TA 1IITA 1A7LA 1KWHA 4ZEDA 4BDOA 3PMXA 4ZEKA 1QULA 1MDP1 4OVJA 3CFXA 1OVBA 3PPQA 5ICQA 3G3HA 1URGA 3U93A 3QK6A 4KYSA 4YU0A 3K6WA 3QAXA 3ZKLA 1LCFA 4NF6A 4ND9A 3UA8A 4OEVA 3C9HA 1NH8A 1WDNA 3O2AA 3IOVA 1IIWA 2RF1A 4ZDMA 3OO6A 4ELRA 1MQDA 3O6HA 4MBPA 4BLAA 3O28A 2AYSA 1WVJA 3ECRA 2V25A 5TU0A 4E0WA 2F5XA 3LR1A 3MVZA 4G8NA 4KFQA 1DPEA 4EQ7A 4R73A 4POWA 2QMXA 4U23A 2VD3A 4QSCA 4PFWA 1BLFA 4R75A 3MBPA 1D4NA 1H3DA 4OXVA 4DE8A 2RINA 3P7IA 1MXYA 3MJNA 1B32A 4ZZAA 3TPAA 1S9TA 2UYEA 2NOOA 4IO4A 4UA8A 4ZZEA 2ANJA 4ELQA 3H03A 1PC3A 1Y3PA 1ZU0A 3FVKA 3CG3A 4Q8RA 3H6WA 4I9DA 1IXCA 2I4CA 4PETA 4X48A 3RTFB 1JW1A 4EQ9A 1UIUA 5B7DA 1A8EA 5DVFA 2DWJA 4QFOA 3C32A 3UP9A 3T93B 4LA9A 4F3GA 3O97A 4G2ZA 3A3CA 3CSBA 4PFUA 2XXWA 3V5AA 2M8CA 4NF4A 3Q26A 1B7UA 3VXCA 3VVFA 5KZTA 1UTHB 2THIA 4ZS9A 4FE8A 1QUKA 4TOZA 2F35A 3IO4A 3IK6B 4XKQA 4F39A 4U4SA 1Y20A 5H8QB 5EHSA 4DIGA 1P1QA 2ZYMA 4F31B 5HPQA 2XXUA 2UYFA 5CBRA 1JVXA 4NF5B 3HHFA 4GVOA 4P11A 2YJPA 3VVEA 3MQ9A 1LBBA 1NNFA 2H9BA 3PUZE 2ONSA 1SVXB 1N84A 5F1QA 4YZZA 3UORA 1IXIA 4ESWA 2R9JA 1AOVA 2DWAA 3K6XA 2PVUA 4G77A 2I6EA 1FTJA 4IO3A 4H8IA 4OESA 4JWOA 5M2VA 5CMMA 3PPPA 2XD2A 5ISUA 1NFTA 4QHQA 3FIRA 5I57B 2F8DA 4GRKA 5AA4B 2F36A 4POXA 4R2BA 2I3WA 1B3LA 1OIBA 2AIXA 3PD9A 3WAFA 1YTVA 1WODA 1MM6A 2Q2AA 2GHAA 1MQGA 3FJMA 4Z0IA 4FEBA 1TXFA 3C34A 3FUZA 5I59B 1UTBA 4M4GA 2UVHA 4H8JA 1OMPA 2F7AA 3MP1A 4NF8B 3Q28A 4O3CA 3KGCA 4ELOA 4X1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T66A 2R8TA 4PC9A 1DK4A 1SD3A 4F22A 1D9YA 3KOTA 4U2RA 3MUQA 3PTYA 4LATA 1B58A 3AXFA 1MY3A 1EU8A 3THIA 3U94A 1PDAA 1Y1ZA 2DP8A 1LBCA 3FD3A 3H6UA 1ZBMA 3TTMA 1URSA 5IZZA 1FPGA 3HPIA 1FQBA 4FORA 4JBZA 1MQJA 1P1WA 1ZJLA 1BP5A 1MPDA 1LSTA 4GWUA 3CFLA 1SI0A 3H6TA 3RT8A 4YB6A 4M1VA 3TEPA 1QUIA 1NUZA 4R6KA 2F6PA 2OX3A 3QYTA 4N17A 2CEYA 3JYRA 4OZ9A 2I58A 1LAXA 3SEXA 3SDFA 4GWYA 3FXBA 1M5BA 5CMBA 3VLVA 4I3YA 1I6QA 2P3VA 2PYYA 4H46A 4PQJA 4F1VA 1USYE 1OLAA 3IB0A 3MWBA 3PU5A 3U92A 1FTLA 2DYXA 1Q35A 4DLDA 5KDTA 1B1HA 1NUYA 1P1UA 3QUFA 1FBHA 4N91A 1Y4CA 4ZEFA 5TP9A 1Z7NE 4QFLA 4G68C 2F97A 3EF7A 2P0SA 3MP8A 4AQ4A 2A5TB 4X1BA 1ZLQA 3OO8A 1XC1A 1QKAA 3OO9A 3IAZA 4NE4A 4GWSA 1OLCA 2HFBA 3M3KA 1XS5A 1OVTA 5DVJA 1SDXA 4HCYA 5HBCA 2GRVA 3C35A 2Y7PA 4IY6A 4OVTA 1XI6A 4N6PA 3G7WA 4I62A 3JV9A 3MPKA 4QFKA 4LN5A 1T0KA 3PPOA 4FBPA 5AA2D 3WAEA 2I3VA 1LCTA 3T22A 1SW2A 4FEDA 4AB6A 4PFTA 2XWKA 2QVVA 3R7XA 1BKAA 3I6VA 4O3BA 3O9PA 4NWCA 1USYH 4EXLA 3U8QA 1TT1A 3V89B 4F3BA 1QKBA 3A09A 3B6QA 2V3QA 5FTHA 3SKPA 3L6GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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