3ONMA

Effector binding domain of lysr-type transcription factor rovm from y. pseudotuberculosis
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
191
structure length
190
Chain Sequence
GSLIIGASDDTADTLLPFLLNRVATLYPRLAIDVRVKRSPFIADMLSSGEVDLAITTAKVSHPHVILRTSPTLWYCSVDYQFQPGEPVPLVVMDEPSLYREMAIEHLTQAGVPWRIAYVASSLSAIRAAVRAGLGVTARPIEMMSPDLRVLGETEGLPGLPETRYVLCKDKQCDNELALAIFSALQNSYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the effector-binding domain of the LysR-type transcription factor RovM from Yersinia pseudotuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcriptional regulator LrhA
molecule tags Transcription
source organism Yersinia pseudotuberculosis
total genus 51
structure length 190
sequence length 191
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3onmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3onmA02
3K01A 4YKIA 3RY3A 1FQDA 3G7WA 1MH4A 1FQEA 2NXOA 1FQBA 3BFTA 3S9MC 4I62A 4KYDA 4WEPA 4GIZA 1BIYA 1MXYA 3UN6A 2I0CA 3QUJA 3QXMA 3TQLA 4G2ZA 1H3DA 2E0SA 2RC7A 3TTRA 4NF6A 3KOTA 1LAGE 4IO5A 1SW2A 3MZBA 4QF9A 3KGCA 4JWOA 1B6HA 2FA7A 1SYIA 3PD9A 1B0HA 1B7ZA 2QS4A 1H44A 3E13X 2OWTA 3ZKLA 4IO7A 3M3KA 1MPCA 3SEVA 3UIFA 2Z8EA 4JXIA 3OO7A 4YAHX 3N6TA 1B3HA 5H8HA 1QUKA 1MXZA 1ZKBA 4XKNA 4ZE9A 1ZTYA 5I57A 1B32A 3TEPA 1POY1 1B1XA 5I59B 1NL5A 2VD2A 3KOSA 3C31A 1I69A 2F34A 3K2DA 3RT6B 1GTKA 2HXWA 3F11A 1FQAA 1MXVA 4QHQA 3T22A 4ZZEA 3V83A 2DVCA 5I56B 3TYHA 3JYRA 3JV9A 4G68C 3V89B 1MY4A 3DP4A 1FQCA 2W7YA 1MPBA 4G77A 3K02A 3VV5A 2Q88A 4ELOA 4OESA 2GHBA 3G3JA 4QRZA 1WDNA 4KYEA 2HZLA 2DVZA 3TTNA 1PB9A 2Y7RA 3PUYE 1S50A 4ZECA 4QSCA 1LBBA 3WAFA 1TT1A 1SW4A 5H8NA 1PBPA 1GR2A 4NTLA 3N6UA 4Q30B 1UTBB 4C0RA 3MP1A 3IOWA 3U94A 1LCTA 2BJJX 4U21A 3I5OA 1EZ9A 1R9LA 3UGWA 1VSOA 3RT8A 5L9OA 1URDA 3ODBA 2DWJA 2PMSA 1J1NA 2XD3A 4ESWA 1SDXA 3PMVA 4NF8B 4AB6A 2F5XA 3H03A 4FATA 2REJA 1A8FA 4MBPA 3CR9A 2G93A 2B3FA 2Q9TA 3KBRA 4GQOA 4NF4A 1FW0A 3SESA 3TCGA 1FTJA 1MQHA 3OELA 2I58A 2Z8FA 1B3FA 3O6GA 5CRYA 2DQVA 3G3GA 4P0IA 1URGA 1PDAA 1US4A 2M8CA 4JSOA 3P7IA 4RNSA 2DSFA 5CBSA 2P0SA 2ONSA 4F3BA 3B6WA 1Y20A 3JZJA 2F6GA 1P1WA 3M3FA 3VDFA 1M5FA 4EXLA 4U23A 1DSNA 3UP9A 2XXHA 2B3BA 3ZKKA 4RY1A 2ONRA 1YPNA 4IO6A 3EN3A 1IUDA 4EQ9A 1NMUA 2DE3A 1CE2A 1FTKA 1B9JA 1AH5A 4O3CA 2GRVA 1MDP1 5ICTA 3K1PA 5DEXB 2REGA 5KCJB 4O3AA 2G29A 3LUYA 1SW1A 2XXTA 3QIMA 2OWSA 2H4IA 3MUQA 2XXIA 1LBCA 2O1LA 2QMWA 4G8HA 4N07A 5ICQA 3Q29A 1JEVA 2CMOA 3KN8A 4O3BA 1OVBA 5I2NB 1TFDA 4H0WA 4QFOA 4Z7EA 5EYFA 3C4MA 3OEMA 1ANFA 2I3VA 4HCYA 1POTA 4YKKA 4DIGA 2V3UA 1RKMA 4PP0A 4PE5B 1O7TA 2V3QA 1JW5A 3IOVA 5CM6A 4LVQA 3A3CA 4YKJA 5I58B 1N0TA 4KCCA 3TODA 4DE8A 1PB8A 3USDA 1JEUA 4U1ZA 2VD3A 5HM4B 1VR5A 5JTYA 3CI8A 3UK4A 3OEKA 3RUMA 5BUUA 3PD8A 4R2BA 4LA9A 4KCDA 4FJPA 2QJEA 1UIUA 4LZ8A 4F1UA 3TAJA 2ZNUA 3QYTA 3LBSA 1OQGA 4H8JA 2H98A 4H5GA 2E1SA 3FVNA 3R26A 3W9VA 4YB7A 2A5TA 5H8QB 4GF8A 4MH5A 3C35A 2XXUA 4I9DA 2RCAA 5AE4A 4IGTA 2H25A 4K3FA 1LLSA 3CFXA 5KDTB 5TPAB 1Y1ZA 1D3KA 3U93A 1QJMA 4OQOA 4F18A 2UVIA 4OETA 1MS7A 2UYFA 3E4RA 1AMFA 1Y1MA 3O28A 3RPWA 2XX8A 1SQYA 4GLIA 1IXIA 3PPRA 4BDLA 4UA8A 5JEIA 5HPQA 3T93B 4NMYA 4N6PA 1I6AA 3IK6B 3D4CA 3TTLA 4LZ7A 1P1OA 3O9PA 4QSEA 1I6QA 4ZE8A 2KLFA 4IB2A 2R71A 4JSDA 4IO4A 1BKAA 4RK9A 4FORA 1UTHB 2QL3A 1P1NA 3RLFE 3OD7A 2Y7KA 4EF2A 1DOTA 2O1MA 4PFYA 4UACA 4NF5B 3K6WA 1MM6A 1SD3A 4M1VA 4PQJA 4DXCA 1DTGA 4IO2A 3O97A 4TLMB 3TELA 3CSBA 1VFEA 1H76A 1GVCA 5EHMA 4R6HA 1B3EA 3IOUA 3OSRA 4FEBA 1QKBA 2HAUA 3O6HA 2ZYNA 4XIGQ 2OLBA 1JW4A 3FJGA 4DCYA 2CZLA 4NWCA 1M5EA 2DE4A 3QAXA 3DP6A 2O6AA 4G8NA 4HS7A 3SETA 4G68A 4MLQA 2VHAA 1OVTA 3IB0A 2HZKA 3H6VA 2Z22A 3PV0E 3OXNA 3DP8A 3E9XA 1XT8A 5B70A 1NH7A 4I1DA 1OQHA 2OBGA 2P2AA 3MVZA 4YKPA 4ELPA 3VXCA 4BDOA 2FYIA 3PMXA 2QS3A 3K0VA 2QPQA 1H45A 4EUOA 3G3FA 3N94A 1B1HA 2I0BA 4GL0A 3S9LC 4H1XA 5AA3A 1N3WA 2V84A 3C33A 4JBZA 2NVUB 5CBRA 1I6BA 3B6QA 4WKMA 2D3IA 3VLWA 2I3WA 3MWBA 1MQJA 4U4SA 1XOCA 4MF3A 1B7HA 2R6GE 3IR1A 3SERA 3TPAA 3GBAA 4C1TA 3ZSFA 2V93A 4OVJA 1N04A 1D9YA 3EQ1A 4XKPA 1R9QA 1URSA 5H8SA 3DLNA 5IAIA 3SEXA 5DVJA 1SVXB 3FJMA 4ND9A 1NNKA 2DWIA 1QKAA 3FASA 1LB8A 3K6UA 4EXKA 3KN7A 3PU5A 3UORA 4H8IA 1YTVA 1TWYA 5AA4B 4R75A 3H7MA 3V8XB 5TU0A 3PMWA 3MPKA 2AL4A 4OFOA 3IO6A 3CRBA 5BWJA 1D4NA 1QUIA 3TCHA 5H8FA 3T9UA 1SI1A 1ELJA 2F6PA 5F1QA 1Y3PA 4H6DA 3LSLA 3KJTA 4JWXA 5FHNA 5FTHA 4F1VA 3B7DA 3RQTA 3IJOB 2R9JA 1N7WA 1XHYA 1B46A 1LB9A 3MC2A 5TP9B 3IORA 4QFPA 3E3KA 5I2KB 2HQ0A 3ILUB 4FAJA 2DE2A 2I4CA 2X7QA 3ONMA 3MZ1A 4OHNA 1Y4TA 1NNFA 5ELVA 3TFLA 4YZZA 4DXBA 4OFJA 4YMAA 4FIMA 2IA4A 2HFBA 1ZJLA 1B3LA 2QRYA 2XXPA 1N3XA 3MVYA 1A99A 4MLVA 3T9VA 3OENA 4ZS9A 2HCAA 3W9WA 2DYXA 3U92A 2NWJA 3M3LA 5AA2A 1PEBA 3FUZA 2GH9A 3HHGA 2P1SA 4F19A 4NEDA 1LGBC 2PT2A 5F7VA 2DP8A 1MY2A 3OO6A 4JDFA 3R7XA 4F22A 3A3UA 4DZ1A 1B4HA 3FV1A 4U1OA 3HSTA 2YLNA 2ZNTA 4OEVA 4R72A 3L6GA 1F9BA 5DEXA 4G4PA 3K6VA 3K1NA 1A7LA 1UIVA 3IOTA 4HW8A 3PUVE 4P11A 3ILTB 2PBWA 1B51A 4LZ5A 1O64A 4GL8A 4OERA 1EZPA 1GGGA 1UQWA 4NF6B 3FD3A 3FVGA 1US5A 3TCFA 1Y9UA 2F7BA 3HHFA 4GXSB 4ZEDA 3W15C 1NH8A 4LQ5A 2HEUA 3EPEA 3AXFA 3FXUA 3THIA 3IX1A 1Y4CA 3OSQA 3K4UA 2DWHA 4XKQA 5H8HB 3KN3A 1QVSA 4AB5A 5LOMA 2DXRA 4OZ9A 1B40A 5I57B 3CG1A 4ZEFA 4JWYA 1JVXA 1FTOA 2XXVA 2O7IA 3VE1B 2XXWA 1XVYA 1R6ZA 2ZYMA 3LR1A 3SKPA 2Q2AA 4F3PA 3RNNA 1USYE 4HCWA 2UVHA 3MAMA 1MQIA 1HSEA 5I59A 2XXQA 3C36A 1A55A 1NNTA 4DLDA 1BP5A 1IXHA 1OLCA 1P1UA 4ISUA 3G3KA 3FIRA 3OO8A 2Q8JA 3HO7A 4OTEA 5I56A 5CMMA 1GV8A 4OFLA 3PUWE 3PPNA 1FCKA 5A5XA 3FATA 2ZYKA 4OENA 3TKDA 3TMGA 5IKBA 2RF1A 4Z0IA 3RTWB 5H8NB 4ZEIA 1R1NA 2PX1A 5I84A 4DXUA 3GXAA 3H6WA 2X26A 3U8QA 1LFHA 1OMPA 1Q35A 3FVKA 1IZ1A 2Y7WA 2VP1A 3O66A 4F29A 3C34A 1MDQA 3HCQA 3WAEA 1UTBA 4KR5A 4F2QA 2F7AA 4X1DA 5K2XA 5CC2A 3K1MA 4ZZAA 1MM7A 4GOTA 1IITA 2ZXTA 3VVDA 4ZEBA 1IXGA 4QSDA 2RC8A 2I49A 1LAXA 1MXUA 1EH3A 2O84X 3M8UA 4E0XA 1JETA 3O2AA 3H6UA 4NF8A 1M5DA 4NF4B 1MXXA 2V3TA 5DYHA 4ELRA 5DTBA 2ABHA 3KJ7A 1FTLA 4RA1A 3RGYA 1SBPA 3PPPA 3IJXB 1JVYA 4OXVA 4F3SA 4F2OA 4KI0E 1O63A 4E0WA 4R6KA 1EU8A 4EQ7A 5CMBA 1MY1A 4LP2B 1B0LA 1LAHE 1A40A 1YCJA 4OEUA 2XHDA 4RPNA 1ZLQA 2XX9A 1JNFA 3CSGA 3KG2A 1Q1KA 5ISUA 2D5WA 3RTFB 3CG3A 3LSWA 3U72A 2A5SA 3CFLA 4THIA 3SEYA 3O6IA 4YICA 1LFGA 4H65A 2Y7PA 5CI5A 4F1YA 4QFLA 3H06B 3KSJA 4PFUA 4ZDMA 2XX7A 2XD2A 4G8MA 3EHSA 3VLUA 4FEDA 4R6YA 2AL5A 2WKYA 2QS2A 5KCJA 3S9EA 4DDDA 2Q89A 1WODA 1SYHA 3K6XA 4KHZE 3HN0A 3RN8A 1IQ7A 5DVFA 1AOVA 5K2YA 5AA1A 2O7UA 3MVXA 1QW0A 3PPQA 1N84A 1D9VA 4YMBA 4X9TA 1ZU0A 3OOAA 2THIA 5I2NA 1LSTA 4R9GA 1USYH 3T9XB 3EF7A 2HAVA 4RJZA 3TUSA 1ZBMA 2O51A 1B5IA 2ESNA 1ATGA 4H5FA 1MQDA 3MP8A 3N5LA 4GXAA 4R9FA 1T0KA 2XXRA 5JTYB 5I58A 4JB7A 3OO9A 4DCXA 4HTGA 4BLAA 1OLAA 3PPOA 3SEUA 1H43A 3H4ZA 3MPLA 3MBPA 4RPOA 2PT1A 3Q25A 1Z7NE 4F39A 3CVGA 5A5XB 2A5TB 1LAFE 3CIJA 4PFTA 5ITOA 5B7DA 3BBRA 3Q27A 2OK2A 1L5TA 4LQ2A 1MY3A 4RXLA 3FVOA 1Y3QA 3MQ9A 1SW5A 2UVGA 5L9SA 5H8QA 3ECRA 4EF1A 3MZ9A 4Q8RA 1ZMGA 2O69A 4IY5A 3QUFA 3IB1A 3SEWA 4MFIA 1B3GA 3A09A 1MQGA 5KDTA 2AIXA 5TPAA 3KZGA 3VVEA 3TTKA 4R74A 2H99A 1PBQA 1MY0A 2DOJA 3TTMA 3S9NC 4OMBA 3H6TA 4POWA 2PYYA 3MJNA 3PGFA 5FHMA 4Q0CA 1IXCA 1N76A 4PETA 3HV1A 4BDMA 4BDRA 4F31B 2ANJA 5KZTA 3S4UA 4X48A 3C32A 2ZYOA 2VOZA 4NWDA 3KFMA 1A8EA 2GHAA 4AQ4A 4ELQA 2QMXA 5DT6A 1HSJA 2ZMBA 1WVJA 2UYEA 4GRKA 4H67A 1II5A 3C9HA 4F3GA 4KD5A 2XXYA 4I8CA 2F35A 4R73A 1UTHA 3H3GA 3BFUA 2QS1A 1JW1A 1RYOA 3VLVA 4NF5A 2QSXA 2OCUA 4EQBA 4GVOA 2NOOA 4TOZA 2ZNSA 1MPDA 3G3HA 2RCBA 4POXA 4FE8A 3G3IA 3Q28A 2H9BA 3T96B 3VVFA 5ITPA 4KQPA 1JQFA 1BLFA 1Y3NA 2IEEA 4ZEKA 2DWAA 3GBBA 4WXJA 3K00A 2VGQA 4LONB 4FECA 1B5HA 2DXYA 4P0GA 4G68B 2DS9A 5CMKA 1P1QA 2OJTA 3IL1B 1N7XA 3GZGA 3U1OA 4IGRA 1M5BA 3DELB 3MVWA 4KYSA 3FXQA 2F8DA 3LSXA 1B58A 3TDJA 1P99A 2I48A 2Y7IA 3ZS6A 1HSLA 1LCFA 1Z7ME 2B65A 5HBCA 3BKIB 2V25A 4LUBA 1XC1A 3S2VA 3SDFA 3VXBA 1MG1A 1EZOA 4XKRA 3TQWA 4QFKA 2RC9A 4TQUQ 1CB6A 4XXUA 3B6TA 4Q5TA 4IY6A 4RK2A 1IEJA 4U22A 4OWDA 5L8DA 4PFWA 4IO3A 3LSFB 2OZZA 1B2HA 2I6EA 3PUZE 1TFAA 4GWOA 1S9TA 2RKMA 3KSXA 4LATA 1NKXA 1QUJA 3LC8A 3DM0A 3OMBA 4ESXA 1S7YA 4GD5A 4WEDA 2UXAA 5JK4A 1MXWA 1MRPA 3I6VA 5J1DA 3UA8A 2RINA 2ONKE 3IAZA 2Y84A 1VE4A 4EDPA 3N26A 1A54A 1PB7A 1DPEA 3TZAA 2PVUA 1BTJA 3IB2A 1AIVA 2Z8DA 4YB5A 2I4BA 3O29A 4QFNA 5AA4A 4YU0A 5H8FB 3FZVA 2LAOA 1VFDA 4X1BA 3MP6A 2YPNA 2F78A 2Z23A 4BDNA 1LFIA 1B5JA 4ECFA 3QK6A 1FTMA 2FNCA 3FXRA 4U2RA 3EHTA 1AL3A 4C1UA 1KWHA 3KEIA 4KFQA 3CFZA 4TLLB 2ALUA 1B7UA 1XS5A 3Q26A 1FQFA 4RYAA 1OIBA 1PC3A 2GFEA 5FTIA 1NNPA 5TP9A 1QULA 1SI0A 5I2KA 4OYVA 4N13A 4BDQA 3D4GA 3R6UA 2H5YA 4R2FA 4ONYA 4U4XA 2F97A 5EHSA 4NE4A 3I3VA 3L6HA 1B52A 2F7CA 2X7PA 3FGSA 2NUVA 5DVIA 2D21A 5FHOA 1XVXA 1YAEA 1TXFA 5AA2B 5L9MA 5AA2D 1NFTA 3EHUA 4YB6A 2AYSA 1RYXA 2F36A 3FV2A 5CMCA 2Q2CA 3MW0A 3T66A 3GLBA 5M2VA 2XXXA 1B4ZA 1IIWA 1ZIUA 4GFRA 1MH3A 3FJ7A 3QSLA 2UVJA 3PUXE 4L17A 4KPTA 2O68A 3VFJA 3HPIA 3IO4A 4XTCQ 3V5AA 2YJPA 1DMBA 1DPPA 4M4GA 3T9HB 1M5CA 1DTZA 1B05A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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