3ONMA

Effector binding domain of lysr-type transcription factor rovm from y. pseudotuberculosis
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
191
structure length
190
Chain Sequence
GSLIIGASDDTADTLLPFLLNRVATLYPRLAIDVRVKRSPFIADMLSSGEVDLAITTAKVSHPHVILRTSPTLWYCSVDYQFQPGEPVPLVVMDEPSLYREMAIEHLTQAGVPWRIAYVASSLSAIRAAVRAGLGVTARPIEMMSPDLRVLGETEGLPGLPETRYVLCKDKQCDNELALAIFSALQNSYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Yersinia pseudotuberculosis
publication title Structure of the effector-binding domain of the LysR-type transcription factor RovM from Yersinia pseudotuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcriptional regulator LrhA
total genus 51
structure length 190
sequence length 191
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3onmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3onmA02
3QXMA 4U22A 2Y7KA 3Q28A 1N0TA 3RN8A 3H6VA 1FQBA 3VLVA 1MY4A 4XTCQ 4R2FA 4E0WA 1XVXA 3GBAA 4GQOA 3VVEA 3IK6B 2RKMA 4OZ9A 1LFGA 1RYOA 3RY3A 5AA2A 1DPPA 4PFTA 3PD8A 2OZZA 2A5TA 3IR1A 4ELOA 2DWAA 5LOMA 5BUUA 3MJNA 1OQHA 4NF8B 1MXZA 4KYDA 4LUBA 4F19A 4Q8RA 3K1MA 3LR1A 4X1DA 4ZE9A 2VD3A 5CMMA 3DLNA 5AA3A 4KI0E 1I69A 3VLWA 1BLFA 1YAEA 3LC8A 1Z7NE 3SESA 3IAZA 1LAXA 4ZZEA 5ISUA 2GHAA 2Q9TA 2O68A 2REGA 3QSLA 4GWOA 4MLQA 5EHMA 3TCHA 1MXYA 3HCQA 3SKPA 1B05A 3UN6A 5H8NB 2O1LA 4H5GA 5I2KA 2XXPA 3CFXA 5TP9B 4QFNA 3EHUA 4POWA 2AYSA 2PT2A 3KN8A 4FATA 3Q26A 1B5HA 3C33A 3SEWA 2VOZA 2XXYA 2GFEA 4U1ZA 3T96B 1JNFA 4MBPA 2FNCA 2ZYNA 1GVCA 1FCKA 4YU0A 5EYFA 3TKDA 4WEDA 5TP9A 2DE2A 1IIWA 3H3GA 3LSXA 3CI8A 1B6HA 1MDP1 4ZEBA 1II5A 1PC3A 4GFRA 4N6PA 1OIBA 3MVZA 4RK9A 1QW0A 4R72A 2ANJA 4L17A 3Q25A 4U21A 4R74A 1H3DA 1D4NA 4OTEA 2XXUA 2F5XA 4GIZA 3DP4A 2GRVA 3QAXA 3IOTA 1OQGA 4G8MA 1B3EA 2R9JA 1US4A 1QKAA 2G29A 3VFJA 4ELPA 1D9VA 1M5BA 1ZU0A 2F7AA 3MWBA 5ELVA 1VFEA 4F3PA 3E13X 1CE2A 4R9GA 3MVXA 3BFUA 1N7WA 3S2VA 4DXBA 4HCYA 2I49A 2FA7A 2D5WA 3K6UA 2W7YA 1F9BA 4IO5A 1Q1KA 3QUFA 3VE1B 1QVSA 3HHFA 5L9OA 4I1DA 3LSLA 1SW4A 1EZOA 3FJGA 1ANFA 5TPAB 5HPQA 1MQIA 3T93B 1MY3A 3HO7A 3CG3A 3VV5A 1BP5A 4Q30B 1MRPA 4PFUA 5IAIA 3RUMA 2X7QA 1ZMGA 4JSOA 4ND9A 1B4HA 4PP0A 2IA4A 1VFDA 5I59B 5DT6A 4RXLA 1MDQA 3O9PA 4LZ7A 1FTJA 2BJJX 4JWXA 2OLBA 4H1XA 1B7ZA 3KEIA 1RKMA 3MPLA 4KCCA 1WDNA 3M3LA 4IO3A 3VXCA 4F3GA 3RT6B 1IEJA 4YMAA 1A8FA 2RC9A 4POXA 5FTHA 2QRYA 5KCJB 3UK4A 2F35A 1J1NA 2H25A 4R6KA 2CMOA 2DSFA 3G3HA 3UIFA 4R6HA 1Y1MA 3T9VA 3USDA 2UVGA 2Y7WA 1MPBA 3HSTA 2RINA 4DIGA 2G93A 5DEXA 1BTJA 2O7IA 2VHAA 5JK4A 4GVOA 3S9MC 2QS4A 4EUOA 4TLMB 1MXVA 3FIRA 3K1PA 2QMWA 3QK6A 2Z22A 3G3JA 4DCXA 4XXUA 4TOZA 2Z8FA 5L9SA 4OWDA 2O84X 2QSXA 3FJMA 3K6WA 2HAVA 3WAEA 1NNTA 4IO6A 1MXUA 4F3SA 2DE3A 1B52A 5F7VA 1P1UA 3PD9A 3JZJA 4QFOA 2H5YA 3SDFA 4IO7A 1XOCA 2Z8EA 1B3FA 4NF4B 3B7DA 4MF3A 3RT8A 1PBPA 3QIMA 1VE4A 2PBWA 4ZZAA 1A7LA 1EU8A 2PT1A 5ITOA 5I56B 3VVFA 4EQ9A 2I4CA 4DE8A 2ZNTA 5BWJA 3RPWA 2XXHA 1JEUA 1B32A 1HSJA 4NF4A 3F11A 4YAHX 2D21A 1MH4A 2ALUA 3H6TA 1TFAA 4Q5TA 3U92A 4U2RA 5IKBA 5I2NA 3IB1A 3TDJA 5DVJA 2THIA 4N07A 3TPAA 1JQFA 2F7BA 3OMBA 1H76A 3PUVE 3G3GA 2PX1A 4G68B 5L9MA 2ZYOA 3C9HA 1Y4TA 1YCJA 4LONB 4RYAA 1B3HA 4DXCA 2ONRA 4FE8A 4ESXA 1B51A 1MH3A 3EN3A 1B58A 1DOTA 5AA1A 4EF1A 1S9TA 2ZNUA 3I5OA 3IOWA 1D9YA 2OK2A 1MY2A 5I57B 3TZAA 3E9XA 4FAJA 1M5FA 3ODBA 1SI0A 2I6EA 4IO4A 4G68A 1AMFA 4PETA 2Q2AA 1EZPA 2XXXA 4BLAA 1SVXB 4XIGQ 3MC2A 1B1HA 1LBBA 3IOUA 1N04A 3PUZE 2YLNA 1TT1A 3OSRA 3PUXE 1ZJLA 2YPNA 2UVIA 1QUKA 3PV0E 1B7HA 3RLFE 4LVQA 1O7TA 3CFZA 1N84A 4HS7A 4Z7EA 3T22A 5B7DA 1B4ZA 3T9XB 2UXAA 1R9LA 4I8CA 3MQ9A 1MPCA 2ONSA 4OERA 2I58A 2A5TB 2ZXTA 1MG1A 1JW1A 3TQLA 3S9EA 1SQYA 1LBCA 1Y1ZA 3EHSA 2ESNA 3Q29A 4G68C 4NMYA 3KN3A 3PPNA 1MXWA 1N3XA 1NNKA 1M5EA 2QL3A 2XXIA 2XD3A 3TCGA 3MP8A 4OETA 3KJ7A 2HZKA 2XD2A 1LSTA 3UA8A 3FV1A 1FW0A 1JVYA 5EHSA 4OEVA 1IITA 1SD3A 3GZGA 3MZBA 5I2KB 1AL3A 2QJEA 1VR5A 3KOSA 4HW8A 3JYRA 4ZEKA 2DWIA 3IORA 1URDA 4QFPA 3PMXA 3LBSA 5M2VA 1WODA 3B6QA 4UACA 2Q8JA 1MXXA 1OVBA 2Z23A 4OFJA 5K2XA 4ECFA 1L5TA 2Q88A 3KFMA 3R26A 5CBRA 4O3CA 4ONYA 4F1VA 3K01A 3VDFA 2I0CA 4P0GA 4DDDA 4KD5A 2V3QA 2ZNSA 1Q35A 1CB6A 3B6TA 3KJTA 2F78A 1FQEA 4THIA 2P2AA 2XX7A 4X1BA 3PPPA 1A55A 3IX1A 3N94A 1URGA 4YKKA 4OFOA 3JV9A 3S9LC 1URSA 3CIJA 5CM6A 3H6UA 3KOTA 3OO9A 3CVGA 3PUYE 3L6GA 5JEIA 1FTKA 3O6GA 2PMSA 1A99A 4Z0IA 3U72A 4H67A 2V25A 2Y7IA 4NE4A 4QSCA 3GXAA 2XHDA 4BDOA 3R6UA 3PPQA 4OYVA 2B3FA 1FQDA 4OXVA 3LUYA 4EXLA 3O66A 3H7MA 3O2AA 3TTMA 3H06B 3MVYA 4KHZE 4ZEDA 3RGYA 3G3FA 3FXUA 3ILTB 4BDMA 2GH9A 3D4GA 2F34A 3BFTA 4H5FA 1IXHA 2WKYA 4M4GA 1Y4CA 2OJTA 3IJXB 4F3BA 4NWDA 1Y3PA 1SI1A 1LFIA 2OCUA 3DM0A 2H98A 1JVXA 1OLAA 3TEPA 4GOTA 5DVIA 4R6YA 1OMPA 2AIXA 1PEBA 1FTMA 1B9JA 2HXWA 4LA9A 2XXRA 4ISUA 4KYSA 1KWHA 4ZE8A 5CMKA 1XVYA 4XKQA 2D3IA 2O7UA 1Z7ME 4YKIA 1P1OA 4H6DA 2O6AA 3FXQA 4G4PA 3VVDA 3PUWE 4M1VA 4ZEIA 2I0BA 4U23A 3MBPA 2FYIA 3RQTA 3LSWA 4R75A 2V3UA 5H8SA 3TODA 3G7WA 3OXNA 1MQGA 4PQJA 4NF6B 1ZTYA 2ABHA 5DEXB 2RC8A 2QS1A 3ZKLA 3W9VA 1NNFA 4LZ5A 1ZLQA 1DTZA 4H8IA 4EXKA 3ZS6A 3MVWA 3VLUA 1I6QA 4RY1A 4KR5A 4EDPA 4OHNA 2Z8DA 1TXFA 2V93A 3N5LA 3IB0A 1MQHA 1LCFA 4NF6A 1Y20A 4OENA 1A54A 3PPOA 3CR9A 3EF7A 3N26A 2Y7PA 2RCAA 4R2BA 3TFLA 1ELJA 4ESWA 1SDXA 1B0HA 5K2YA 3PMVA 3IO4A 1S7YA 4LATA 5KZTA 3FGSA 1DSNA 4EF2A 3FD3A 1LCTA 5CI5A 1NH8A 1M5DA 3S9NC 1I6BA 4WXJA 3H03A 1LGBC 3W9WA 3CFLA 3KSXA 4KQPA 3QYTA 5JTYB 1Y3QA 1FQFA 4FEBA 5HM4B 5CMCA 5I58B 1N3WA 5I2NB 4DZ1A 1PDAA 2QPQA 2Q89A 1SW2A 1ATGA 4MFIA 3C34A 4BDLA 3H4ZA 2DXRA 1B2HA 1MPDA 4C1TA 1PB9A 3K2DA 4FIMA 1LB9A 4MLVA 4MH5A 3TAJA 1JEVA 3VXBA 4KCDA 5DTBA 5JTYA 5J1DA 2DYXA 4ZECA 1NKXA 5I58A 4DCYA 3L6HA 2VGQA 3GLBA 1MY0A 2ZYKA 3SERA 3E4RA 4ZEFA 1AH5A 3RNNA 3C35A 1HSEA 2V84A 1HSLA 3RTWB 1A8EA 1DMBA 1EH3A 2ZYMA 1UIUA 3SEXA 4FJPA 4JDFA 1B40A 1QJMA 2I3VA 3A3UA 4G2ZA 3TYHA 3ILUB 4JSDA 3K00A 3V8XB 5FHNA 4RNSA 4TQUQ 2A5SA 4RPNA 5L8DA 4R9FA 1JETA 2I48A 2ZMBA 4WKMA 2HCAA 4F31B 4UA8A 3SEYA 4IGTA 1S50A 1LB8A 4F22A 3MW0A 3HPIA 1UTBA 2O51A 4GL8A 5ITPA 4H8JA 5H8HA 4NF5A 5AA4A 1EZ9A 4HTGA 3RTFB 1M5CA 2DWJA 3ZSFA 4KFQA 4ZDMA 3OO8A 4IO2A 4F2OA 2VD2A 2F8DA 2I4BA 5F1QA 1YTVA 5H8FB 1BIYA 4RK2A 3GBBA 4IY5A 5KDTA 2DVZA 4F39A 3C36A 4YICA 3OEMA 4PFWA 3C4MA 4YKJA 3FXRA 3CRBA 3IJOB 1I6AA 3EPEA 3K6VA 4GL0A 3FVKA 3DP6A 4E0XA 3KGCA 3UP9A 3EQ1A 1MQDA 1DPEA 2P1SA 4BDNA 3KSJA 1IZ1A 5H8FA 4NEDA 4G8NA 4GD5A 3C32A 1H44A 3SEUA 1B1XA 4K3FA 4DLDA 4N13A 4OVJA 4ZS9A 4F18A 3O6HA 1XT8A 4GRKA 3O97A 4IGRA 4HCWA 4WEPA 1IUDA 3MP6A 4FECA 1O64A 4IY6A 2R6GE 4AB6A 2UYEA 3K02A 3ZKKA 3IO6A 2ONKE 3OENA 3FATA 2F36A 3QUJA 3MP1A 4I62A 1SYHA 2UYFA 3U8QA 1IXGA 2NVUB 2DS9A 3OO7A 4NF8A 4G8HA 4BDRA 1XC1A 2O69A 3K1NA 4Q0CA 2VP1A 1UQWA 4KYEA 2F6PA 1B0LA 3FVNA 4JWYA 1Y9UA 4DXUA 3SEVA 3TTRA 4O3BA 3TTKA 3TCFA 1LAGE 3TQWA 1NL5A 1Y3NA 1POY1 1A40A 3N6UA 5CBSA 2OBGA 5CC2A 1B5JA 1WVJA 3WAFA 5H8NA 3A3CA 4KPTA 3N6TA 2F7CA 2X26A 1OVTA 3I3VA 3SETA 4NTLA 2M8CA 5HBCA 3MZ1A 1P1WA 3DELB 3ONMA 3HV1A 2O1MA 3D4CA 4FEDA 1B7UA 3AXFA 3FUZA 1NFTA 1P99A 5TU0A 4AB5A 3V83A 2XX9A 3A09A 1N76A 5H8QB 1BKAA 3T66A 3EHTA 3U1OA 1VSOA 4LQ5A 1GGGA 1YPNA 3T9UA 2XXWA 1B5IA 4JXIA 1MS7A 4JB7A 1QULA 3CSBA 1QUIA 2F6GA 4GXAA 4P0IA 3PMWA 4LZ8A 1O63A 2HQ0A 2QS2A 3K6XA 4PFYA 1NH7A 5H8QA 4X9TA 1AIVA 1FTLA 4RPOA 2UVHA 3MAMA 2REJA 3V89B 4XKNA 4H65A 2R71A 2DE4A 1D3KA 4GXSB 3FV2A 3I6VA 3OEKA 4U1OA 4RJZA 5DVFA 3H6WA 4LQ2A 2B65A 4H0WA 4QRZA 4RA1A 3LSFB 4OFLA 5A5XB 4F2QA 5I84A 4PE5B 3UORA 5ICTA 3M3FA 1USYE 4X48A 3TUSA 3OO6A 1TWYA 5DYHA 5TPAA 4C0RA 3O29A 3KZGA 4QSEA 3FVOA 3IOVA 3IL1B 4QF9A 3M3KA 1UIVA 1R9QA 4ELQA 1H43A 2QMXA 2HAUA 3BKIB 4F1YA 2XX8A 5A5XA 1QUJA 3O6IA 3S4UA 1GV8A 5I59A 4ELRA 4OESA 3MPKA 2Y7RA 1IQ7A 2IEEA 2E0SA 5AA2D 2UVJA 4YKPA 4C1UA 2CZLA 2PYYA 1NMUA 3FVGA 2Y84A 3C31A 3THIA 3HN0A 5KCJA 4O3AA 2DWHA 1B3LA 2XXVA 1UTHB 2X7PA 2DVCA 2LAOA 1ZIUA 4QFKA 3FJ7A 3Q27A 3K0VA 3PGFA 4LP2B 4TLLB 1SW5A 1AOVA 2HFBA 3G3IA 2H9BA 4YB6A 1SBPA 4QHQA 3U94A 3M8UA 2DP8A 2AL5A 3BBRA 2DOJA 4QSDA 5AE4A 3U93A 3E3KA 4I9DA 1IXCA 2HEUA 3KBRA 2Q2CA 3OOAA 1JW4A 5CRYA 1ZKBA 3MUQA 1FTOA 1ZBMA 3OD7A 5FHMA 4YB7A 1UTHA 1JW5A 4G77A 1LFHA 2OWSA 2GHBA 2KLFA 1GR2A 3PPRA 3KG2A 1MY1A 3KN7A 3B6WA 3CSGA 3G3KA 4JBZA 1H45A 1US5A 3OELA 1P1QA 4XKPA 4OQOA 1SYIA 4OEUA 1MQJA 4IB2A 4U4SA 1P1NA 5I56A 4P11A 3IB2A 3O28A 2PVUA 2RF1A 2H4IA 3OSQA 4GLIA 4F1UA 2HZLA 5B70A 5CMBA 1DTGA 1FQCA 2QS3A 2RCBA 3V5AA 1UTBB 4F29A 4QFLA 1QKBA 3T9HB 3CG1A 2NOOA 4YZZA 3HHGA 1PB7A 1MM6A 3FASA 2RC7A 2XXQA 4YMBA 1R1NA 5H8HB 2YJPA 4NF5B 5AA4B 1GTKA 1POTA 5ICQA 1OLCA 1TFDA 3K4UA 4JWOA 1T0KA 1MM7A 3TELA 4EQ7A 4XKRA 1FQAA 2DQVA 3MZ9A 1N7XA 2I3WA 3UGWA 2NXOA 2F97A 4AQ4A 1LAHE 1LLSA 1PBQA 1IXIA 2NWJA 5FHOA 5KDTB 4EQBA 4GF8A 1LAFE 4U4XA 2AL4A 4BDQA 3TMGA 2V3TA 1RYXA 4YB5A 5I57A 3TTNA 1XHYA 5FTIA 3W15C 2P0SA 2NUVA 1XS5A 1NNPA 1B3GA 4NWCA 1PB8A 1SW1A 2XXTA 1USYH 3R7XA 1B46A 2E1SA 4FORA 5AA2B 3ECRA 3FZVA 3TTLA 3P7IA 2OWTA 4R73A 2B3BA 4OMBA 2DXYA 2H99A 1R6ZA 3PU5A 3DP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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