3OO9A

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 142
50100150200250300350020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
MSVSDGNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMDKDTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
50100150200250300350300200100
020406080100120140Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H1 (12-14)EMPTYTI1 (116-119)S1 (19-23)AH1 (28-45)AH2 (56-68)S2 (49-53)TVIII1 (72-75)S10 (289-293)S9 (284-286)TIV1 (280-283)TVIII5 (353-356)S3 (74-78)AH3 (81-89)TI8 (295-298)AH4 (96-102)TI9 (321-324)3H2 (103-105)TI6 (277-280)AH14 (314-321)TVIII4 (244-247)S4 (123-128)TI4 (261-264)S7 (246-252)S5 (131-136)AH7 (151-164)3H5 (265-267)AH6 (137-143)AH10 (209-221)3H3 (222-224)S6 (167-169)TVIII2 (167-170)AH17 (366-381)AH8 (177-191)S12 (355-357)AH18 (385-402)AH9 (193-201)O2 (382-384)TVIII3 (202-205)TII1 (226-229)AH11 (234-243)TI10 (336-339)S8 (268-271)AH13 (301-312)TIV2 (298-301)TIV3 (324-327)TII2 (331-334)AH15 (341-352)AH16 (360-363)AH5 (108-114)TI7 (278-281)AH12 (253-259)TI2 (173-176)3H4 (229-231)O1 (24-26)TI3 (205-208)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Sugar binding protein
source organism Actinoplanes
publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
total genus 142
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo9A02
2QS3A 2QPQA 4RJZA 3ZKKA 1QVSA 3O29A 2OWTA 4KD5A 1NKXA 2M8CA 5LOMA 5I84A 2RC8A 3FD3A 2DE2A 3LSFB 3V8XB 2R9JA 3G3HA 4BDNA 3MPLA 2B65A 3VLVA 1URSA 4DIGA 3FVGA 4YU0A 3C31A 3FXRA 1MXWA 4QRZA 2F78A 2V3UA 1GVCA 3U1OA 5AA2B 1MQIA 4GFRA 3F11A 4FECA 2P0SA 3HSTA 3TPAA 3Q28A 3RLFE 2XXQA 2ZMBA 4KYEA 3OO6A 1AOVA 1JEVA 4C1TA 4L17A 1B1HA 4LZ8A 4JB7A 1ZKBA 5I2NA 1S50A 3W9VA 3K00A 5JK4A 2UVGA 1MQGA 4FATA 2Z8FA 4ELOA 3CG3A 1XT8A 1PEBA 3HCQA 3JZJA 2ZYOA 1SBPA 3N94A 3TCFA 3G3KA 1MQJA 5I2KB 1H3DA 2REJA 5ICTA 4RK9A 2ZYKA 2F8DA 1F9BA 3LR1A 1URGA 2FYIA 4NF4B 1I6BA 1ZIUA 4EQBA 5H8FA 1A54A 4LONB 3MAMA 3HPIA 1ATGA 2Q88A 3T9UA 2H5YA 4ZEKA 1LAHE 5KZTA 3OO8A 5BWJA 1EZ9A 2PMSA 2ANJA 1GV8A 4FJPA 1B3HA 3T66A 1II5A 4QSEA 4MH5A 3HHGA 4AB5A 1Z7NE 1Y3NA 2V25A 4ISUA 3GBAA 1QW0A 5TPAB 4R9GA 4YAHX 4ONYA 3CSGA 3TKDA 2XXYA 3KJ7A 1A7LA 1MS7A 3UK4A 5DTBA 2QS2A 4XKRA 4LP2B 1SDXA 2DS9A 1JVXA 3H7MA 3LSWA 4IO4A 3B7DA 3FVNA 2O84X 2RKMA 4ZDMA 1GGGA 1A55A 1OQGA 5AA2D 1J1NA 1OQHA 3L6GA 2XHDA 1UTBA 3PU5A 4XIGQ 1A99A 1EZPA 4ECFA 3H6WA 3TYHA 2XX7A 3C4MA 4G2ZA 1SI0A 2NWJA 1LBBA 4QHQA 3U92A 4OWDA 5DVJA 5CI5A 3QIMA 2ZYNA 4JWOA 2QMXA 3MZBA 1H44A 2DP8A 3UIFA 1FW0A 3A09A 4U2RA 3C32A 4YB6A 1M5BA 4YKKA 4OESA 2XX8A 1URDA 3AXFA 4AQ4A 3SKPA 3QK6A 1Q35A 1Y1ZA 1YPNA 4KYDA 2P2AA 4AB6A 3E13X 1MH4A 3VXCA 1DSNA 4NF6A 1VE4A 1P1UA 2QS4A 1FTJA 1LAFE 1B2HA 1B58A 1MXVA 1BP5A 3OO7A 3USDA 4QFKA 3IJOB 3FJGA 2X7QA 4DCYA 2A5TB 3ILUB 3MVYA 4X1DA 5AE4A 4IO3A 3TTKA 1MXYA 2OK2A 3IOTA 1JETA 4IO5A 1R9LA 4R75A 2Y7WA 3FV1A 3KEIA 4BDLA 1P1OA 1SW5A 2I0CA 4IO7A 5TP9A 2O51A 3QAXA 3K02A 3K6WA 2X26A 1S9TA 3CSBA 1LFIA 2PT1A 4F19A 5K2XA 1QKAA 4ESXA 2Y7RA 1R6ZA 4RK2A 1OVBA 3ONMA 4JWYA 1O64A 5FTHA 1NMUA 3FGSA 2ZNTA 3MWBA 2PYYA 3U8QA 1PBPA 3TQWA 4GWOA 5EHMA 5KDTA 1A8EA 3MPKA 1TXFA 4JWXA 3A3UA 3EF7A 3U93A 4EQ7A 3VFJA 4OFOA 4HS7A 2ESNA 2Y7PA 4Q5TA 4NE4A 3TTNA 3VXBA 4G68A 4LVQA 1UIUA 4IO6A 3BBRA 5H8HA 3MBPA 4GD5A 1MY2A 4R6HA 2AL5A 5CBRA 1XOCA 1USYH 3CRBA 1VSOA 1WVJA 1B52A 4U23A 1IITA 3C34A 1IXIA 4POWA 1HSEA 2LAOA 3KOSA 4PP0A 4ZECA 3PUZE 3LUYA 4EUOA 1B3LA 4N13A 5A5XA 1LCFA 3Q27A 3G3IA 2QSXA 4KYSA 5HM4B 1VFDA 5I56A 1SYIA 4MBPA 1MY4A 1FQBA 3ILTB 3FIRA 2Z8DA 4F39A 5JTYA 2ONKE 1LFHA 3KJTA 4KHZE 5I2NB 1IEJA 1D9YA 2PVUA 4YKIA 4M4GA 2F36A 3TDJA 4R73A 4G4PA 3CR9A 3WAFA 4OFJA 4F2QA 3M3KA 1MPCA 3THIA 3RGYA 1Y4CA 4EXLA 1B5JA 4EF2A 1T0KA 4YZZA 1M5EA 1SD3A 3IOVA 1P99A 5FHNA 2XXIA 3CI8A 3IJXB 1DMBA 1TFAA 4YKPA 3DP8A 4F3GA 1L5TA 4U1ZA 1MPBA 3KG2A 1QUIA 3PUVE 3UP9A 4DZ1A 4QFLA 3EPEA 2B3FA 2G29A 3FV2A 3PMVA 2ONRA 1IQ7A 3EN3A 1DPEA 4F3PA 1Y4TA 3K4UA 5ITPA 2I58A 3OD7A 1DTZA 1B7HA 4XKNA 4HCYA 3O28A 3K6XA 1Y9UA 3N6UA 3D4GA 2VOZA 3DLNA 4XXUA 1KWHA 4WXJA 3DM0A 3Q26A 4ZE9A 1B40A 4YKJA 3RN8A 2AIXA 1M5CA 3K2DA 1B0HA 2F34A 1N84A 2XXWA 3V5AA 2Q8JA 3GLBA 2XXVA 4R9FA 1EZOA 3FXQA 2I6EA 4KCDA 1N0TA 5CMCA 1MH3A 5CBSA 1UTBB 2H9BA 4BDRA 5JEIA 4RNSA 1MDQA 1S7YA 2R71A 4DXCA 1NFTA 3M3LA 1JNFA 2VD2A 3IORA 3PUXE 3QXMA 4O3AA 1RKMA 3SDFA 2QL3A 2DVCA 4NTLA 1B05A 3I5OA 2RCAA 3S9EA 4XKQA 2OJTA 2NOOA 2OBGA 3EHSA 4FE8A 1BIYA 4EDPA 2F7BA 1O63A 3G3JA 1ZMGA 4QFNA 3MVZA 1LBCA 3K1PA 3FASA 4M1VA 5L8DA 1ZJLA 5DEXA 3UA8A 2B3BA 2DXYA 5F7VA 3SESA 4X48A 4NF6B 5I57B 1ZTYA 3ZSFA 4I9DA 4BDOA 3TTRA 4OHNA 2RC9A 3S4UA 4RYAA 3PPQA 3N26A 2UVJA 5CMBA 1JW5A 4ZEDA 1WODA 3TCGA 3K1NA 1FQDA 2DWHA 4HCWA 2HFBA 4RY1A 3VVEA 3JYRA 1QULA 5L9SA 3CIJA 2NVUB 2I3WA 4U1OA 1H45A 4U21A 3SEUA 3Q25A 5DVFA 3T9XB 4ELPA 3ODBA 3LSLA 3C33A 2O7UA 1AH5A 3EQ1A 5H8QA 2Q89A 3T9HB 4GVOA 4PETA 4POXA 2QRYA 4EXKA 3KZGA 1TT1A 3QSLA 3VDFA 5EHSA 1MXXA 3H03A 1OVTA 3CG1A 4QSCA 3V89B 1MXUA 1LSTA 3EHTA 3GBBA 4O3BA 3PPNA 3PD9A 4RPNA 5DT6A 3W9WA 5DVIA 2OCUA 1QUKA 3H6UA 1O7TA 1B46A 1MY1A 1JVYA 3P7IA 2DYXA 5I59B 4KI0E 5HPQA 1P1NA 2I4CA 1OLAA 1NNFA 1QUJA 1NNPA 1JEUA 1XVYA 1NH8A 4U4SA 2HAVA 5H8HB 4OERA 1Q1KA 1B9JA 3BKIB 3LBSA 2Y7IA 2YJPA 3CFLA 5IAIA 1B3GA 4JSOA 4OZ9A 5J1DA 3FJMA 4OETA 3OXNA 2HZLA 5A5XB 3G3GA 2AYSA 5ICQA 3PUYE 1SW1A 1US4A 3V83A 1MG1A 3UORA 1M5FA 3KGCA 1B4ZA 1QJMA 3O6HA 3S9LC 5I56B 1GR2A 5FTIA 3TQLA 4QFPA 2Z22A 3QYTA 4F31B 4NEDA 5JTYB 1ELJA 2GRVA 2KLFA 1B6HA 3ZS6A 4NF5A 3O97A 3TZAA 2CMOA 4P0GA 3OSRA 1M5DA 5ELVA 4F1VA 3KN3A 3PMXA 2OWSA 2E1SA 4NWCA 3VE1B 4C1UA 1H43A 4UA8A 3QUFA 4HTGA 2QMWA 1Y3PA 3FXUA 3MQ9A 2R6GE 4EF1A 2PBWA 4UACA 1IXGA 4G68C 2DE4A 3K0VA 1RYXA 2UYFA 4ZZAA 5I2KA 4H5GA 3N6TA 3SEXA 4OYVA 1NL5A 1Y3QA 1ZU0A 4IB2A 4MF3A 1LAGE 3MC2A 4H5FA 1XHYA 3ECRA 2HCAA 4KFQA 4F2OA 3OELA 3K1MA 1ZLQA 1FTOA 4LA9A 3RTFB 5EYFA 1I6QA 3MP6A 1MPDA 1AL3A 1RYOA 5H8SA 4LATA 3SETA 4TLMB 2XXPA 2ABHA 4ELQA 1EU8A 5AA1A 1VFEA 1D3KA 5FHOA 3W15C 3T96B 2AL4A 3OEKA 3KSXA 1MQHA 3OOAA 2I0BA 1FQEA 5ITOA 3C36A 2UXAA 3IB1A 3JV9A 5H8NA 2H99A 5B7DA 3EHUA 1N04A 4GXAA 1TWYA 2DXRA 4R74A 4IGTA 2XXXA 4OQOA 2DVZA 4N6PA 1D9VA 4H0WA 3SEVA 3H06B 3BFTA 2VP1A 4F29A 3PUWE 3L6HA 1MY3A 3VLWA 1B7UA 4Z0IA 3R26A 4R72A 2CZLA 4Q30B 3FVKA 1IXHA 3H4ZA 3TELA 1FTKA 5FHMA 1UIVA 2XXRA 4WEDA 4JBZA 1B51A 5KCJA 2F6GA 2F6PA 3O66A 4X9TA 4G8HA 5CMKA 2VHAA 2Q9TA 3TEPA 4OTEA 3R7XA 3MUQA 3KN8A 2Q2CA 5H8FB 1YAEA 1SW4A 1R1NA 2IEEA 1BTJA 4YB7A 3OSQA 3VVDA 1AMFA 3HV1A 4IO2A 2Z23A 4QFOA 1Z7ME 3ZKLA 3RT6B 5B70A 5H8QB 2DWJA 3TFLA 3MVXA 1LGBC 1IUDA 4E0WA 3IOWA 2V84A 4PFYA 4FAJA 1B3EA 1GTKA 3TTMA 2X7PA 3B6QA 4RPOA 1YTVA 4YMBA 3T22A 3KSJA 4H8JA 4JXIA 4TOZA 4GF8A 2D5WA 2O6AA 4KPTA 4MFIA 4F1YA 5BUUA 4ZZEA 2F7CA 2HQ0A 4DXBA 3FUZA 5L9OA 4YMAA 1LCTA 1NH7A 5AA4A 2HAUA 2HZKA 1ANFA 1B5HA 3RNNA 3KN7A 3GZGA 3T9VA 2RCBA 4GQOA 3VVFA 1PDAA 2IA4A 2UVIA 3TCHA 3C9HA 3Q29A 1MM6A 3S9NC 3D4CA 4ESWA 2XD3A 1USYE 3SEYA 3MJNA 4G8NA 2ZNSA 4KQPA 4EQ9A 4OMBA 3OEMA 4RA1A 3PGFA 2Z8EA 3B6WA 4NF8A 2YLNA 2ZXTA 1N7WA 3UN6A 1JW4A 2VGQA 4JSDA 4IGRA 4NF5B 4ZEBA 2PX1A 3U94A 1TFDA 1PC3A 4R2FA 4P11A 2D21A 3UGWA 3TUSA 3K6VA 2VD3A 1DPPA 4H6DA 4BDMA 4GIZA 4I62A 3TTLA 2I4BA 3BFUA 3A3CA 2G93A 3OMBA 4LZ5A 3LC8A 4U4XA 4THIA 1UTHA 3DP4A 4GL8A 5I58A 5TP9B 2DOJA 3FATA 4NWDA 4OEVA 4K3FA 4LZ7A 2F35A 3TODA 1B32A 3IB0A 1I6AA 2OZZA 3CFZA 4GXSB 4TQUQ 4DDDA 2A5SA 1B7ZA 1FQFA 3QUJA 1DTGA 1A40A 1ZBMA 3B6TA 3H6VA 1LB9A 1MXZA 4F22A 2DSFA 4OFLA 1LLSA 2PT2A 4WEPA 3M3FA 5KDTB 1FQCA 1PBQA 3G7WA 4ZEFA 3PMWA 2Y7KA 2D3IA 1MM7A 1PB9A 4WKMA 2RINA 4G68B 2GFEA 4NMYA 1B5IA 3PPOA 3MZ9A 3O6IA 3VV5A 3RPWA 5H8NB 4FIMA 2O68A 2V93A 1Y20A 4X1BA 2XXUA 3TMGA 4R2BA 3RY3A 1P1QA 2GHBA 3IO4A 3HN0A 2O1MA 2W7YA 4ELRA 2OLBA 4ZE8A 4GL0A 4OEUA 4Z7EA 2DE3A 1LAXA 1SI1A 2FA7A 2I49A 1N76A 2UVHA 3WAEA 1OMPA 4MLQA 3RTWB 3HHFA 5CMMA 5AA2A 3PPPA 3IOUA 2XXHA 3I3VA 1H76A 3SEWA 3DP6A 3LSXA 4YB5A 4XKPA 3K6UA 4GLIA 4H8IA 4N07A 3S2VA 2H4IA 4YICA 4JDFA 3IO6A 5CRYA 2HXWA 5KCJB 1FCKA 3MW0A 3MP8A 4LQ2A 1SQYA 5I57A 2XXTA 3E9XA 3CVGA 3CFXA 1MQDA 1BKAA 4HW8A 1MRPA 2DWAA 3IB2A 3IR1A 3PPRA 4DLDA 1SW2A 3RT8A 4KCCA 4XTCQ 2RF1A 1CE2A 1A8FA 2XD2A 2V3TA 4I8CA 4OVJA 3S9MC 4NF4A 4PE5B 4G8MA 1MY0A 3K01A 2DQVA 3U72A 1POY1 4TLLB 2O1LA 4MLVA 4DE8A 2V3QA 1R9QA 4R6KA 2ZNUA 1HSJA 4IY6A 4BDQA 1JQFA 3RUMA 3IX1A 4IY5A 4RXLA 3I6VA 1XC1A 3E4RA 3H6TA 3OO9A 2GH9A 3O6GA 1LFGA 3KOTA 1QKBA 3VLUA 2QS1A 4KR5A 2F97A 2UYEA 4OXVA 5TPAA 1B4HA 1P1WA 4GRKA 2DWIA 3G3FA 1BLFA 3PV0E 5AA4B 2HEUA 3PD8A 5IKBA 1IIWA 5I59A 4PFTA 1AIVA 4LQ5A 1FTLA 2ZYMA 4QSDA 5CM6A 1B3FA 2Y84A 4FEBA 4H1XA 2YPNA 2FNCA 1OIBA 4LUBA 4F3BA 3HO7A 3OENA 1NNKA 3FJ7A 4P0IA 4ND9A 5F1QA 1SVXB 4BLAA 3MP1A 1Y1MA 3KBRA 5K2YA 3SERA 2F7AA 4FORA 3RQTA 4PFUA 3H3GA 4FEDA 4DXUA 5L9MA 4I1DA 4C0RA 4NF8B 2GHAA 3IK6B 4PFWA 5DEXB 3M8UA 3C35A 4GOTA 4PQJA 3E3KA 1I69A 2ALUA 2P1SA 5AA3A 3O9PA 1OLCA 1IZ1A 1VR5A 2NXOA 4F1UA 3T93B 1POTA 1PB8A 4DCXA 1FQAA 5HBCA 1N3WA 1HSLA 4H65A 2BJJX 1N7XA 1B1XA 4QF9A 3TAJA 3MVWA 2H98A 3FVOA 4H67A 2O7IA 5DYHA 4Q8RA 1NNTA 4ZEIA 1CB6A 2A5TA 1D4NA 1B0LA 2F5XA 1UTHB 5I58B 1US5A 2I3VA 1PB7A 2THIA 1SYHA 1YCJA 2I48A 4OENA 3IAZA 2RC7A 4G77A 4F3SA 5M2VA 2QJEA 4U22A 3O2AA 1DOTA 3R6UA 4R6YA 4F18A 3N5LA 1MDP1 1XVXA 1FTMA 2E0SA 1UQWA 3GXAA 2XX9A 1LB8A 5CC2A 1XS5A 2WKYA 4E0XA 2NUVA 1JW1A 3MZ1A 2ONSA 2REGA 1WDNA 3IL1B 2Q2AA 1IXCA 3KFMA 2H25A 4O3CA 5ISUA 3DELB 1EH3A 2O69A 4ZS9A 1N3XA 3FZVA 4Q0CA 5TU0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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