3OOAA

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
MSVSDGNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMDADTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
molecule tags Sugar binding protein
source organism Actinoplanes
total genus 138
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA02
1GGGA 5DVJA 1H43A 1ZJLA 2F6GA 1B4ZA 3EHTA 1R9LA 5AA4B 4OQOA 2UVIA 4YKJA 3LR1A 2QPQA 3PUYE 3TTNA 4KYSA 1Y20A 1II5A 4QFKA 3PMVA 3K1MA 4NF8B 4GXSB 3ILTB 1LB9A 2D21A 1YPNA 4H8IA 1MY4A 3RTFB 3T96B 4ZZAA 1AOVA 3PUVE 4PFWA 1H3DA 4GFRA 2E1SA 2D5WA 3TZAA 4GLIA 4XKRA 1MRPA 1B3HA 3IOWA 4EUOA 4E0XA 3C4MA 4YB5A 1FTOA 2XXHA 5TPAA 4RJZA 3LSXA 4BDQA 4BDOA 4Q5TA 3VLVA 4YB6A 2F6PA 3O6IA 3PV0E 5EHSA 1VR5A 1I6QA 5H8NA 4ECFA 4F22A 1O63A 4U1ZA 2W7YA 3IORA 1JW5A 1OVTA 1M5DA 4IGTA 1SQYA 3T9VA 2QS2A 3M8UA 2B65A 4F19A 3TCHA 2ANJA 1T0KA 4MF3A 3R26A 1POTA 1Y4CA 1LFGA 3BFTA 1R9QA 3CIJA 3HV1A 2G29A 3KFMA 1BIYA 2DXRA 5AA3A 3IOUA 1MXYA 2A5TA 1B7UA 1ZMGA 4QF9A 1LBBA 2E0SA 5H8SA 4JSDA 3RUMA 4OEUA 4RNSA 4OTEA 4R9GA 3D4GA 5H8HB 3U8QA 1N84A 2F7BA 2OBGA 4JBZA 1UQWA 1TWYA 2HZKA 5I57A 4FAJA 3IAZA 2Y84A 3KJ7A 3C36A 1O64A 1YCJA 1Q35A 4LZ8A 2H5YA 4NF5A 4NWCA 3OENA 3DM0A 2UVJA 3N5LA 4OERA 3HHFA 1SW1A 3I3VA 4NF6B 3USDA 1B1HA 4ZEIA 2X7QA 3V89B 4ZEFA 3E9XA 3PPRA 5CI5A 1MQDA 1OQGA 4JWOA 4KR5A 3MUQA 4GRKA 3N6TA 2R9JA 4AB6A 1FQCA 4RPOA 3WAEA 4IO5A 4IY5A 2V3TA 2V3QA 2PT1A 5JTYA 1RYXA 1P1WA 4DCYA 3S4UA 3LSWA 4WXJA 3F11A 2ONKE 4U22A 4YZZA 4I1DA 2I0BA 5EYFA 4AQ4A 3HCQA 1Y9UA 3FXUA 4ELPA 1N3WA 4ZE8A 3O2AA 1XVXA 2NXOA 1UTBB 2HZLA 2Y7WA 3PPPA 1Y3PA 1XC1A 1DTGA 1PB8A 4XKPA 5L9OA 2Y7KA 3LSLA 3KOTA 3EHUA 2XXPA 1FTMA 4R74A 4POXA 1URGA 5ICQA 3PGFA 1NKXA 3HN0A 3U1OA 3GLBA 5CM6A 3FVGA 3DP4A 4ZECA 2XXVA 4JWYA 2XX8A 1QUJA 3IOTA 2H99A 1NNPA 4G8MA 4LATA 3V5AA 2Q9TA 4QFOA 2VGQA 5K2XA 4N13A 3IX1A 2NWJA 2I0CA 2I49A 5L9SA 3CI8A 4FIMA 2O1LA 4XKQA 2ZYKA 1VFDA 2REJA 1B32A 1B6HA 3Q26A 2QRYA 2I6EA 3A3CA 1VSOA 1H44A 2P2AA 2DE3A 1B05A 1B5JA 3EF7A 5AA4A 1PBQA 4KCCA 3BFUA 4DE8A 2OJTA 4H6DA 4WEPA 3V83A 1Y1ZA 2F35A 2UXAA 1MXUA 3SDFA 1I69A 2YLNA 3JYRA 1MG1A 3FXRA 4HS7A 3IJOB 2DE2A 5DVFA 2QS4A 3RTWB 1SVXB 2XXXA 3CSGA 3CVGA 1MQHA 1R1NA 2QMXA 5ELVA 5ICTA 1BKAA 4IY6A 3FJGA 2XXTA 1TT1A 4KFQA 1EZOA 4ZEKA 4M1VA 4QRZA 3Q25A 3EN3A 3VV5A 3CG1A 3T93B 4I62A 3FV1A 2WKYA 3R7XA 3TEPA 4BDMA 1NH8A 1QKAA 3T22A 4EQ9A 3EQ1A 4EDPA 4EF1A 3JZJA 3UA8A 1LAXA 1B1XA 1QUIA 3VFJA 5BUUA 3G3IA 2F5XA 1QULA 4XIGQ 5EHMA 4ZS9A 2B3BA 2FA7A 2REGA 3MW0A 2V93A 2F34A 2RC9A 1GV8A 1UTHB 3TKDA 4F1VA 5HM4B 3UIFA 1ZLQA 4G8NA 4QFLA 1IEJA 3CFLA 2QS3A 3MVXA 1R6ZA 4R6YA 4OZ9A 1MH4A 4YICA 1USYH 3MP6A 3I6VA 1D9VA 2G93A 1Z7NE 3MC2A 4DZ1A 3E4RA 4GF8A 3LC8A 4X1BA 3O97A 1P1QA 4MBPA 3C35A 3KBRA 2GH9A 4P11A 5ITOA 2XD2A 3G7WA 4F2QA 3A3UA 3O28A 4IO6A 2O7UA 1IITA 3KZGA 1ANFA 1B3GA 3OOAA 2ZNSA 4O3AA 3TYHA 3TCFA 3KEIA 2XXRA 3TQLA 4U1OA 2RCBA 3N26A 2AIXA 2RF1A 1OVBA 4GXAA 2DQVA 4LP2B 1AL3A 1B51A 3RNNA 1URDA 1Z7ME 3V8XB 5I2KA 3CRBA 5TP9B 2Y7RA 3MAMA 4BDLA 4F3GA 4C1UA 4OWDA 5KCJB 4Q30B 4F31B 1FTLA 3FXQA 2H98A 3FASA 2H4IA 2O6AA 2O7IA 4XTCQ 4KPTA 2DWJA 2O1MA 2OLBA 2OWSA 1FQEA 4QFPA 4E0WA 1AH5A 1M5BA 3K6UA 1P99A 1N04A 1XT8A 4KCDA 4R73A 2GHBA 3IL1B 1PEBA 5KDTB 2F78A 3IB2A 4NWDA 4ELOA 3H03A 4EXKA 3QUFA 5DEXA 2UYEA 3ECRA 5CBSA 3H3GA 3H6TA 4EQ7A 1MY1A 3IB0A 4GD5A 2CMOA 4I8CA 3MPKA 1FQAA 5AA2B 1H76A 3ZKKA 1B9JA 3UORA 1NFTA 4ELQA 5A5XA 2ONRA 1D4NA 3PUZE 2F7AA 4IO7A 4F3PA 4JDFA 1IXCA 1Y3NA 4DXBA 3K2DA 3N94A 3MZ1A 4HTGA 2XXWA 3OMBA 2THIA 4GL0A 1CB6A 3LUYA 4G8HA 4OFOA 5JK4A 3K6VA 3D4CA 3OSQA 4POWA 3L6GA 4Z0IA 3SEXA 3PPQA 4O3BA 2Y7PA 1US4A 1H45A 3FUZA 1EH3A 2IA4A 3HO7A 4PFUA 3PPNA 2VOZA 4F29A 1B3FA 4YKIA 2DVCA 1B2HA 1PB7A 1Y1MA 2AL4A 4PFTA 1L5TA 3RT8A 3H6UA 3QUJA 4G68C 1MM7A 5DVIA 3L6HA 4HCYA 3ILUB 3VLUA 3HSTA 1A54A 1WDNA 5TU0A 1B3LA 4PETA 3S9LC 2V3UA 4OXVA 2QJEA 3UN6A 2ZYOA 4ZEDA 2HFBA 4F1YA 2X7PA 1AIVA 4YKPA 2DP8A 4LQ2A 2FYIA 2Q2CA 3SETA 5CMKA 1DPPA 2Y7IA 3UP9A 3E3KA 2HAUA 1SI1A 1YTVA 1QJMA 1YAEA 5I2NB 1MXWA 1J1NA 2OWTA 3QSLA 2Q88A 4R2FA 4OMBA 3GBAA 5M2VA 1A40A 3VVDA 1MXVA 4H67A 3U92A 1LAFE 5JEIA 4RA1A 4LVQA 1LCTA 4NF4A 1TFAA 5BWJA 2I3VA 3IO6A 3H6VA 3TELA 4U23A 4P0GA 5I59A 4U4SA 2Z23A 2R71A 1SW5A 2PYYA 1XVYA 1O7TA 4YB7A 2XHDA 2RINA 2RC8A 3KN8A 3VE1B 4R2BA 4LA9A 3VXBA 1DTZA 3C32A 1US5A 3H4ZA 1ZU0A 4H1XA 1QW0A 2VD2A 3K0VA 3T9HB 3K1NA 4H8JA 3ZKLA 3FD3A 4GOTA 1MY0A 2QL3A 4GL8A 2PBWA 3M3KA 5IAIA 4IO3A 4EQBA 2ZYNA 3T9XB 3RGYA 1ELJA 1ZTYA 2YPNA 1BTJA 2DWAA 2DS9A 5KCJA 3LSFB 5HBCA 5FHNA 1S7YA 3O6GA 3K02A 3OD7A 4QSDA 3OO8A 1IXHA 4MLQA 2QS1A 4ZZEA 4UACA 1A99A 5I58B 1I6BA 1A8EA 4KD5A 4Z7EA 5B7DA 5F7VA 4K3FA 4U2RA 3RT6B 3LBSA 4NF8A 2DVZA 3TTKA 2ZYMA 3VVFA 3GXAA 1MQGA 3UK4A 3S9MC 5CC2A 4RYAA 3KJTA 1NNFA 1B7ZA 3DLNA 4DCXA 2F7CA 1B4HA 1LAGE 4KYEA 3QYTA 3KGCA 3PD8A 3CSBA 3O29A 4IGRA 5L9MA 3RLFE 1B0HA 4XXUA 4R9FA 2QMWA 4DXUA 4ESWA 1LBCA 1NNTA 1BP5A 1FQFA 3OO7A 3O6HA 1PB9A 2DE4A 2HXWA 3M3LA 1B0LA 1HSEA 2BJJX 1KWHA 1GTKA 1XS5A 3I5OA 2A5TB 3TODA 3N6UA 4FATA 2XD3A 3Q29A 4FORA 4P0IA 3TPAA 3W15C 1VFEA 4OFLA 1SW2A 5I57B 2P1SA 4U4XA 4MH5A 4Q8RA 3GZGA 3KG2A 1AMFA 2FNCA 4DLDA 2V84A 3SEWA 3QXMA 2VHAA 3IOVA 1PBPA 2Q2AA 3FVNA 4KI0E 3B7DA 2R6GE 5H8HA 4R72A 3U72A 1S50A 3S9NC 4WEDA 1TFDA 3TTLA 1GVCA 3K00A 3Q27A 4XKNA 4LONB 1JQFA 2F97A 3SERA 5L8DA 1MY3A 5CMMA 5FHOA 3ONMA 2ALUA 3BKIB 1CE2A 4G2ZA 1MM6A 4PE5B 3OEKA 4NF6A 3KSJA 5FTHA 4R6KA 5AA2D 2I3WA 1FW0A 3RY3A 4EXLA 2PX1A 4KYDA 4ZEBA 2M8CA 5H8FB 4ND9A 2PT2A 3H06B 4F3BA 3B6WA 4YAHX 4PP0A 3MVWA 3DELB 5I2NA 3EPEA 1F9BA 1LGBC 4OVJA 4LZ5A 2DWIA 2F36A 4HW8A 1Q1KA 5CRYA 4RK2A 3S2VA 3FV2A 1A55A 1MS7A 1MDP1 3FJMA 1EZ9A 2DWHA 1IIWA 2GRVA 1MH3A 3FVKA 2D3IA 1M5FA 2B3FA 2I4CA 4OFJA 2X26A 2DSFA 1OMPA 3C9HA 3QIMA 3PMWA 3MJNA 3SEUA 3MP8A 2Q89A 3G3HA 1MY2A 1UTBA 2Z8DA 3SKPA 1B58A 3TCGA 2O51A 3PMXA 2H25A 4TOZA 4G68B 2AYSA 3W9WA 3B6TA 2P0SA 3OSRA 3K4UA 1P1UA 1UIUA 2CZLA 4OEVA 4M4GA 4HCWA 3TQWA 2NUVA 3S9EA 1OIBA 4ZDMA 1IXGA 4RK9A 4IO4A 2NOOA 3DP8A 3OELA 3VXCA 1FCKA 3A09A 1TXFA 2H9BA 4MFIA 1LLSA 4OENA 3TFLA 1GR2A 3K6XA 2DOJA 5I56B 1WVJA 3SESA 1LAHE 4AB5A 1URSA 4ESXA 1DSNA 3IO4A 5I58A 3O9PA 5F1QA 4I9DA 1QVSA 3HHGA 4H0WA 4BLAA 5KZTA 3TTMA 2GHAA 4RXLA 4JXIA 3K1PA 3FZVA 3PUXE 1JETA 4QHQA 3MQ9A 4TQUQ 2XXIA 4KHZE 4FEBA 2UVHA 3ODBA 2GFEA 1N3XA 3VVEA 3C34A 4YU0A 3WAFA 5AE4A 1I6AA 1M5CA 4C0RA 3ZSFA 4F39A 5DT6A 3JV9A 4ONYA 3U93A 1OLCA 2LAOA 2VD3A 2Z8FA 4F3SA 2UVGA 4YMBA 1IXIA 1PC3A 4QSCA 1BLFA 4R6HA 2O84X 4IB2A 3FVOA 2Z8EA 3H7MA 2PMSA 1HSLA 4N07A 5H8QB 2ZNTA 4OETA 1JEUA 1FTJA 2OK2A 5ITPA 1LCFA 1OQHA 4X48A 1A7LA 4TLLB 5CMCA 1UTHA 1JW4A 2NVUB 1HSJA 3IR1A 1B52A 1MQIA 3T9UA 1QKBA 1MQJA 3AXFA 5FHMA 3MVYA 1XOCA 1FTKA 5I84A 3HPIA 2RC7A 1OLAA 2KLFA 3FATA 3K6WA 4YKKA 4THIA 1UIVA 3O66A 4GQOA 4KQPA 3QAXA 4NEDA 4ZE9A 4L17A 4QFNA 2XXYA 3TUSA 3RN8A 4OHNA 2RKMA 3FIRA 4EF2A 4RPNA 5CMBA 3KN7A 1WODA 2I48A 1N0TA 3FJ7A 3E13X 2ONSA 1ZKBA 2O68A 1DOTA 1IZ1A 3SEYA 1N7WA 5I2KB 3U94A 1SW4A 1ZBMA 2V25A 3FGSA 4JB7A 2UYFA 5H8FA 3W9VA 1B3EA 1RYOA 3M3FA 4OESA 3MBPA 2ABHA 5K2YA 1JW1A 4LZ7A 2DYXA 2HAVA 4O3CA 2XXUA 1LFIA 3G3FA 5TP9A 3RQTA 1NNKA 1USYE 5DEXB 1B5HA 3UGWA 4UA8A 4NTLA 4FECA 4MLVA 1ATGA 4X9TA 1IUDA 2HCAA 3QK6A 2IEEA 1FQDA 1EZPA 2XXQA 3R6UA 3MZ9A 5ISUA 4G4PA 3GBBA 3RPWA 4G68A 1SYIA 4GWOA 2I58A 5TPAB 1D9YA 5KDTA 5A5XB 4DDDA 4Q0CA 3TTRA 4H5GA 3OEMA 1Y3QA 4G77A 4YMAA 1XHYA 1EU8A 1JNFA 1VE4A 1RKMA 2VP1A 1MDQA 3CG3A 2Q8JA 3BBRA 5H8NB 4NE4A 3DP6A 4JWXA 4BDRA 5IKBA 3T66A 3OO9A 3PUWE 5DTBA 1B5IA 3C31A 1NH7A 2YJPA 5AA2A 1NMUA 4TLMB 5I56A 3Q28A 3MVZA 3EHSA 4QSEA 5DYHA 1B7HA 4R75A 1MPBA 2A5SA 4H65A 3MP1A 3B6QA 4BDNA 3CFXA 2OCUA 1FQBA 1DMBA 5FTIA 4PQJA 2ZNUA 1SDXA 3PPOA 5LOMA 2ESNA 4GVOA 3OXNA 3MZBA 2RCAA 1JVYA 2HEUA 2OZZA 1S9TA 4F18A 4GIZA 2F8DA 1LB8A 3PU5A 3VDFA 4C1TA 5J1DA 1M5EA 3KOSA 4FJPA 4OYVA 3IK6B 3SEVA 3PD9A 4FE8A 1NL5A 1P1OA 4DXCA 4NF5B 4F1UA 4NMYA 1SD3A 4PFYA 2ZMBA 3TAJA 1JEVA 3CFZA 1D3KA 2O69A 1N76A 4ELRA 1SBPA 1POY1 3ZS6A 5AA1A 1JVXA 3TMGA 4ISUA 3THIA 5H8QA 3TDJA 1Y4TA 5HPQA 2XX9A 4JSOA 2DXYA 2PVUA 1DPEA 3G3JA 4DIGA 3C33A 3G3GA 2HQ0A 3IB1A 5CBRA 1MPDA 5JTYB 3K01A 1B40A 4F2OA 1LFHA 1ZIUA 3OO6A 5B70A 2QSXA 1MXXA 4NF4B 1PDAA 3KN3A 4IO2A 3G3KA 1QUKA 2Z22A 2AL5A 3MWBA 1MXZA 5I59B 4U21A 2XX7A 1B46A 3KSXA 4H5FA 1P1NA 1SI0A 2ZXTA 4N6PA 3IJXB 3P7IA 1A8FA 4WKMA 3MPLA 3H6WA 1LSTA 1MPCA 1N7XA 2I4BA 4FEDA 4RY1A 4X1DA 1SYHA 3VLWA 1IQ7A 4LQ5A 3CR9A 4LUBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GGGA 5DVJA 1H43A 1ZJLA 3E78A 2F6GA 1IMEA 1B4ZA 3EHTA 1R9LA 5AA4B 2V4CA 4OQOA 2UVIA 4YKJA 3LR1A 2QPQA 3PUYE 3TTNA 4KYSA 1Y20A 1II5A 4QFKA 3PMVA 3K1MA 4NF8B 4GXSB 3ILTB 4N15A 1LB9A 2D21A 1YPNA 1Q9DA 4P9KA 1LBZA 4H8IA 1MY4A 3RTFB 3T96B 4ZZAA 3RPLB 1AOVA 3PUVE 4PFWA 1H3DA 1FPJA 4GFRA 2E1SA 2D5WA 3TZAA 4GLIA 4XKRA 2Y5KA 1MRPA 1IMDA 1B3HA 3IOWA 4EUOA 4E0XA 4N6KA 3C4MA 4YB5A 1FTOA 2XXHA 5TPAA 4RJZA 3LSXA 4BDQA 4BDOA 4Q5TA 5LTCA 3VLVA 2P3VA 4YB6A 2F6PA 3O6IA 4GWSA 4HXVA 3PV0E 5EHSA 1VR5A 1I6QA 5H8NA 4ECFA 4F22A 1DCUA 1O63A 4U1ZA 2W7YA 3IORA 3MYUA 1JW5A 1OVTA 1M5DA 4IGTA 1SQYA 3T9VA 2QS2A 3M8UA 2B65A 2FBPA 4F19A 3TCHA 2ANJA 1T0KA 4MF3A 3R26A 1POTA 1Y4CA 1LFGA 3BFTA 1R9QA 3CIJA 5J16A 3HV1A 2G29A 3KFMA 4HE0A 1BIYA 2DXRA 5AA3A 3IOUA 1MXYA 2A5TA 1B7UA 1ZMGA 4QF9A 1LBBA 2E0SA 5H8SA 4JSDA 3RUMA 4NGUA 4OEUA 4RNSA 4OTEA 4R9GA 3D4GA 5H8HB 3U8QA 1NI9A 1N84A 2F7BA 1FPBA 2OBGA 4JBZA 1UQWA 1TWYA 2HZKA 5I57A 4FAJA 3IAZA 2Y84A 3KJ7A 3C36A 1O64A 1YCJA 1Q35A 4LZ8A 2H5YA 1FPIA 4NF5A 4NWCA 3OENA 3DM0A 2UVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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