3PGFA

Crystal structure of maltose bound mbp with a conformationally specific synthetic antigen binder (sab)
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
358
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Allosteric control of ligand-binding affinity using engineered conformation-specific effector proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
molecule tags Maltodextrin binding protein/de novo protein
source organism Escherichia coli
total genus 122
structure length 358
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pgfA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pgfA01
1OVBA 4EF2A 3OO9A 4H67A 5I2NB 1M5FA 3VDFA 3RQTA 2THIA 4OETA 4NF8A 2Q88A 3TPAA 2F7CA 4XTCQ 2GHAA 1FQCA 3IAZA 3CFXA 2R9JA 2AL5A 4BDLA 1DMBA 2F7AA 4F39A 4U23A 2H5YA 1I6AA 3GZGA 1SBPA 4EDPA 2XXHA 5A5XA 4GWOA 3C36A 4R2FA 4P0IA 3FV1A 1M5BA 2D21A 4GL8A 5BWJA 3Q28A 3TCFA 2OK2A 3Q26A 2V93A 4UA8A 3O6IA 3QAXA 2I6EA 3SESA 4GVOA 2O7IA 2E1SA 3IOUA 2XD2A 2F36A 2OWSA 1ZJLA 3CVGA 2YPNA 4BDMA 1JQFA 1JNFA 3IJOB 4ZZEA 4OFJA 2F35A 1GTKA 2XX8A 4GFRA 2W7YA 3W9WA 2E0SA 3W9VA 3I6VA 2O6AA 1B51A 3KSXA 2PBWA 3OMBA 3PPQA 3K6UA 3IB1A 3H6TA 4OFLA 3U72A 2F7BA 2DP8A 1MH3A 5HBCA 3HO7A 4PE5B 4ELQA 5EYFA 4G8MA 3MPLA 1PC3A 1DTZA 3UP9A 5L9SA 2ONKE 3O6HA 4EXLA 3QSLA 3TQLA 2UVHA 4YAHX 3DP8A 2RC9A 3H6VA 5KCJB 3OXNA 2XXXA 5EHMA 1MM7A 4ESXA 2DXYA 2A5TB 1A8FA 2G93A 1B7UA 3MVWA 4E0XA 4C1TA 3H4ZA 2AIXA 3KOTA 3MZBA 1B2HA 1SYIA 4QFOA 3EPEA 3G3IA 2F78A 3FIRA 4RY1A 2B65A 1TFAA 2UVJA 1SVXB 1IXCA 4AB5A 2ZYKA 2IA4A 3S9LC 4R74A 3TKDA 4OWDA 4FATA 3MP1A 4F1UA 3G3KA 3LC8A 4POWA 4HCWA 3PPNA 1B4HA 1FQFA 1BLFA 4GD5A 4ZEIA 1SI0A 4I8CA 1SI1A 3PPRA 4R2BA 5TPAA 3MWBA 1ELJA 5CM6A 3QUFA 1PDAA 3A3UA 2R71A 2XXRA 5LOMA 5L9OA 1DSNA 2V84A 3UIFA 4KR5A 1FW0A 3B6WA 2Z22A 2Z8FA 3HHGA 4MF3A 1MDQA 4YKIA 1P1OA 3G3JA 1SYHA 4YKKA 5I57B 3Q27A 2UVIA 2HXWA 4H65A 4YKJA 1D4NA 4QHQA 5DVIA 1TWYA 3RPWA 1LCFA 2Z8DA 1IXGA 4BDQA 5CI5A 5DVJA 4DZ1A 3H06B 4ND9A 4I1DA 1YPNA 5I2KB 1LCTA 5AA2D 3TUSA 4HTGA 3A09A 1UIVA 5DVFA 3FJ7A 4YB7A 1AH5A 2VP1A 5AA3A 2ZXTA 3D4CA 1MXZA 3VV5A 3EN3A 1VSOA 3SEVA 3H3GA 3G7WA 4AB6A 2XX7A 3K00A 1OLCA 3PGFA 5KDTA 4N6PA 4DCYA 3FXQA 4GOTA 4ZDMA 4F22A 4WEPA 1KWHA 4Q8RA 1B52A 4DIGA 4LQ5A 4GIZA 3QK6A 4EXKA 4BDOA 4KYEA 3IO4A 1SW1A 5ICTA 4DXCA 1D9YA 1XVXA 1A8EA 4JWYA 1B46A 3HN0A 1IQ7A 1Y20A 3UGWA 3O66A 3FUZA 1PB8A 1B9JA 3HPIA 3G3GA 4JWXA 3DP6A 1UTBB 3CSBA 1QUJA 3VLVA 3U93A 3O6GA 4N13A 3OENA 1LBBA 4BDRA 4FAJA 3L6GA 3V89B 1XHYA 2A5SA 3THIA 2GRVA 3DM0A 4G4PA 5AA4B 1A54A 1JVYA 1JEVA 2ONRA 4FEBA 4KHZE 1WDNA 4IY5A 2G29A 4K3FA 1I6QA 4GLIA 4XKPA 1CE2A 4YKPA 1LAXA 4OEVA 5CC2A 3L6HA 4DXUA 1GGGA 2XXWA 3T9VA 3OD7A 3O28A 4F1YA 1F9BA 3TCGA 1UTHA 2PMSA 4NMYA 2Y7PA 3LSXA 3TYHA 2VOZA 4PFTA 3UK4A 4HW8A 4IO6A 3N5LA 3CR9A 4IB2A 1FQEA 1ZKBA 4U4XA 3K4UA 4M1VA 2HCAA 2F5XA 3FVKA 2F6GA 1SDXA 5F1QA 4KI0E 3N94A 1QKBA 2H99A 4MLVA 1B0LA 4F3PA 4EQ9A 3EQ1A 4IO3A 3U94A 2DOJA 3M3KA 1FQBA 2ZYMA 1N84A 2QSXA 3T9HB 2KLFA 4DXBA 4ELRA 1PBQA 1EZOA 1B1HA 4KD5A 3C9HA 1O7TA 1T0KA 3IB2A 5L9MA 3RTWB 3WAEA 1PB7A 4LVQA 1VE4A 1DPEA 2QL3A 1YAEA 3B6TA 3KBRA 3MVZA 5I56A 1B7HA 4MH5A 5I58B 2RC8A 2REGA 4NF6A 4G8HA 3LUYA 3SETA 2PT1A 5ICQA 3ECRA 2P1SA 2VHAA 4X48A 1MQDA 2ANJA 4OERA 4NF5A 2DWHA 3N6UA 1RYXA 2XXTA 4IO2A 4JB7A 4PP0A 2YJPA 5TU0A 2UYEA 3IOTA 3C32A 1XS5A 1LBCA 1MY2A 3T93B 1IZ1A 2FNCA 2QS2A 1NH8A 3T9XB 5DEXA 1TT1A 5H8SA 5HPQA 4ZEBA 2B3FA 4H1XA 1QKAA 4ZZAA 1TXFA 5EHSA 4OMBA 1B3HA 1FQAA 2I0CA 2QS3A 1USYH 4G68B 2M8CA 2DWIA 1SW5A 2ZYOA 5H8QA 3RUMA 3RY3A 1NNKA 5JTYA 2GHBA 1VFDA 3LR1A 2R6GE 5I84A 4QSEA 4NWCA 4GXSB 3K01A 1PB9A 3VLUA 1LB8A 2O1MA 5IAIA 1LFIA 1QJMA 2V3QA 1EU8A 2NUVA 5BUUA 3EHSA 5CRYA 1IITA 1D3KA 1Y3NA 3FV2A 2Y7WA 3QUJA 5ELVA 3SEXA 3IK6B 1A55A 4KQPA 4F2QA 3OO7A 3CI8A 4NE4A 2DS9A 3T9UA 4OESA 1B1XA 1CB6A 1ZIUA 4H5GA 4OFOA 3EF7A 5FHMA 1POY1 3PUVE 4QFPA 2Q89A 1URDA 4EF1A 4ONYA 3FASA 1NFTA 3PMXA 3KOSA 3KEIA 4OZ9A 4U2RA 2UYFA 3OELA 1R6ZA 4FJPA 3MVYA 3BFTA 1NMUA 4NF4B 3I5OA 2DVCA 1MPBA 1NNPA 1NNFA 2HFBA 4LZ5A 3K1NA 3KSJA 2V3TA 3FD3A 3RT6B 3B6QA 2QRYA 3OEMA 5AE4A 1II5A 2Y7KA 5K2YA 1AOVA 3IX1A 3FVGA 2XXYA 4F3GA 4YZZA 1MXWA 4XXUA 3KN8A 1MM6A 1S50A 3TODA 1B40A 1NNTA 1BIYA 2NOOA 3USDA 3SKPA 3KN7A 5AA2A 2H4IA 1MH4A 3K6WA 3IOVA 4ZECA 1FTLA 4YU0A 1SD3A 3CFLA 1FTKA 3R6UA 3LSLA 1MY1A 5H8NA 4R9GA 4RXLA 2XXUA 3MVXA 4YMBA 4OEUA 3HV1A 4XKNA 1QW0A 2ESNA 4LQ2A 1FTOA 1IXIA 3PD9A 1JVXA 4EQ7A 2F97A 3E13X 1B05A 2QJEA 4LZ8A 3TZAA 3GBAA 2XXVA 4RYAA 1A99A 5CBRA 4JWOA 4Z0IA 3LBSA 1GVCA 4THIA 3SERA 2IEEA 3TTLA 1D9VA 1P1NA 1BTJA 4QF9A 5I59A 4EQBA 3OSRA 3MQ9A 1N0TA 3GBBA 5I2NA 1N7WA 2ZNSA 3U1OA 3VVEA 2PVUA 3W15C 1XOCA 3G3FA 1B3EA 1A40A 2O84X 4RK9A 1JW1A 3V5AA 1BKAA 2HEUA 1MPCA 5H8FB 4E0WA 1B0HA 1QVSA 2RINA 3H7MA 1EH3A 3UA8A 2OLBA 3P7IA 4U21A 1RKMA 5K2XA 1Y1ZA 1OQGA 1OVTA 3HHFA 1H3DA 3M8UA 1B5JA 3PMWA 3OO8A 3OEKA 1S9TA 5TP9B 2Y7IA 4IO7A 3D4GA 4ECFA 4IGRA 5AA1A 2FA7A 4WXJA 4FEDA 2VD2A 3K0VA 1DPPA 3OOAA 2XHDA 3S2VA 3CIJA 2DE4A 4MFIA 4PETA 1O64A 4F3SA 3M3FA 4WEDA 1HSEA 2RCAA 3K2DA 3KGCA 3R26A 5ISUA 4G68C 4JBZA 4XIGQ 1IEJA 3MC2A 4F29A 3FATA 4JDFA 1JETA 4R6YA 1B3FA 4QFKA 4F3BA 2O1LA 3TTNA 4U1ZA 3HCQA 4RNSA 1FCKA 3WAFA 3CG1A 3OSQA 3MBPA 1MQGA 2VGQA 2I3WA 3M3LA 2WKYA 3T22A 4DE8A 1IXHA 3CRBA 4YMAA 3AXFA 1GV8A 3KJ7A 1ZU0A 3IL1B 1Q1KA 2AYSA 3K1MA 2P0SA 1MQHA 4TLLB 3G3HA 4P0GA 5KCJA 2I58A 4H8IA 5H8HB 3VFJA 4RA1A 3Q29A 1WODA 2ZMBA 4JSOA 1YCJA 2A5TA 4MBPA 3C33A 4FIMA 4P11A 2X7PA 1FQDA 3B7DA 4NF8B 1R9QA 4QFLA 3U92A 4YB6A 1MXVA 1MY0A 4QFNA 3IB0A 4NEDA 4GL0A 2QS1A 4LP2B 4ESWA 1S7YA 4GQOA 4TOZA 1ATGA 3S9EA 3ILTB 3OO6A 4R72A 4ZE9A 2XXIA 2D5WA 5J1DA 5A5XB 3IJXB 4RPNA 2RC7A 3K6VA 4DCXA 3CFZA 2PYYA 1YTVA 3KJTA 1JW4A 1Z7ME 1PBPA 5DTBA 1LAGE 1N3XA 2DVZA 2ABHA 1GR2A 1MY3A 2PT2A 1NL5A 3JZJA 4F2OA 1L5TA 3CG3A 2I48A 4RK2A 1N04A 5L8DA 1H44A 2XD3A 2LAOA 1MXUA 4O3BA 1URSA 1XC1A 1USYE 5I57A 2GFEA 1Y3PA 2F34A 3RN8A 4IO5A 3GXAA 3S9NC 3SEYA 3SDFA 1ZTYA 2H25A 4N07A 5HM4B 3TELA 3E3KA 1MRPA 1O63A 4QSCA 1P99A 4FECA 2V3UA 1VR5A 4ISUA 1MQIA 3PPOA 2V25A 2HAUA 2QMWA 1B3LA 2Z8EA 2OWTA 4PFWA 3ODBA 4G2ZA 1B5IA 2RCBA 3ONMA 3PUXE 2XXQA 3FJGA 4GXAA 3LSFB 4OHNA 2ALUA 5B70A 4X1BA 4U1OA 2QS4A 1J1NA 3K1PA 2B3BA 1MDP1 3PD8A 2I49A 3N6TA 3MZ9A 5DT6A 3S9MC 4I9DA 3CSGA 2I0BA 3KZGA 1QUKA 5TPAB 1UTBA 4LZ7A 2CMOA 3IOWA 1OLAA 3KN3A 4Q30B 1TFDA 4F1VA 2REJA 4WKMA 3C31A 5JK4A 1POTA 2X26A 3FXUA 4O3AA 2PX1A 3QIMA 1RYOA 2O68A 3SEWA 2UXAA 3FZVA 4G8NA 1LSTA 5AA4A 3MZ1A 3BBRA 2NXOA 2QMXA 3MP8A 3ZKKA 4QRZA 4AQ4A 3C35A 4ZEKA 2YLNA 1LLSA 2XXPA 1EZPA 1XVYA 2Y84A 4DLDA 4JSDA 1H76A 3H6UA 1FTJA 2DWJA 4OQOA 2NVUB 2DE2A 3TTKA 3FVNA 2ONSA 2AL4A 5M2VA 4H5FA 3DELB 1B6HA 4DDDA 2BJJX 5FHOA 5KDTB 3RGYA 4LUBA 4C1UA 4UACA 5CMMA 3MUQA 4XKQA 4R6KA 3I3VA 1MQJA 3ILUB 4F31B 4QSDA 4R73A 4HCYA 5JEIA 3EHTA 3FGSA 1OQHA 2I3VA 5ITOA 4ELPA 3PUWE 2DXRA 5I58A 3VXCA 4POXA 2O7UA 4BLAA 1B5HA 3ZS6A 2ZYNA 4F19A 4GF8A 3C4MA 3TQWA 4Q0CA 4KCDA 3V8XB 1Y9UA 1US4A 3IR1A 2OBGA 2OZZA 4RPOA 3C34A 1I6BA 4FORA 3TCHA 3LSWA 2F8DA 5ITPA 3SEUA 4G77A 1MPDA 2FYIA 3PV0E 4Z7EA 3O2AA 3DP4A 1UTHB 1H45A 2HZLA 1B32A 3HSTA 2VD3A 2HQ0A 3IO6A 1R9LA 2DSFA 4G68A 3F11A 4GRKA 5DYHA 3PMVA 1NH7A 2ZNTA 4LONB 1MXYA 3TEPA 1B3GA 3O97A 3RNNA 1JEUA 4LA9A 4R6HA 3UORA 4ZE8A 2I4BA 1IUDA 4KPTA 3VVFA 4KFQA 3FJMA 3A3CA 4ZEFA 4OYVA 3MW0A 1SW2A 5CMBA 2I4CA 3MPKA 3KG2A 3E4RA 3PUYE 1M5EA 1A7LA 1UIUA 3ZSFA 3BFUA 2Q2CA 3E9XA 4KCCA 1DTGA 1MXXA 3N26A 3K6XA 1UQWA 4O3CA 3O9PA 1B58A 2Y7RA 3TFLA 1Y4CA 2Q2AA 3ZKLA 3H6WA 5I56B 3QXMA 4R9FA 2CZLA 2Q9TA 4KYDA 1Y3QA 4NF6B 1LFHA 1SQYA 4NF4A 3T66A 3V83A 4M4GA 4TQUQ 1LB9A 4BDNA 4NF5B 5IKBA 4ZEDA 3TDJA 4HS7A 4Q5TA 2NWJA 4YB5A 2DYXA 1EZ9A 1HSLA 3FXRA 1ANFA 2ZNUA 5DEXB 1LFGA 2XX9A 3O29A 4NWDA 3EHUA 4H6DA 3VVDA 1HSJA 4OTEA 1AIVA 1BP5A 3RTFB 5H8QB 1DOTA 4NTLA 2H98A 4PFUA 5F7VA 5JTYB 4F18A 1JW5A 1US5A 4KYSA 4YICA 1PEBA 3U8QA 2DE3A 3S4UA 3GLBA 5KZTA 1AL3A 3PU5A 4PQJA 1IIWA 4IGTA 4TLMB 4IO4A 1URGA 4XKRA 4X9TA 5CMCA 3KFMA 1MG1A 1WVJA 3QYTA 2O51A 2P2AA 4X1DA 2RF1A 4MLQA 1LAHE 1AMFA 1OMPA 1Y4TA 2UVGA 1OIBA 4U4SA 5FTHA 3T96B 2O69A 1I69A 1SW4A 2X7QA 4U22A 3VLWA 1MY4A 5H8FA 1LAFE 1H43A 2HAVA 5FTIA 1P1QA 4FE8A 4C0RA 4I62A 1N3WA 3TMGA 3DLNA 2GH9A 1MS7A 3FVOA 2DQVA 3TTMA 4ZS9A 1QUIA 1M5DA 5TP9A 1P1UA 5I2KA 2Z23A 5FHNA 5B7DA 2F6PA 1Z7NE 1M5CA 1ZBMA 2QPQA 4RJZA 3TTRA 3PPPA 1B4ZA 2HZKA 3BKIB 5AA2B 1B7ZA 3IORA 3R7XA 1N7XA 3K02A 4OVJA 4R75A 4L17A 2Q8JA 3RLFE 3PUZE 3MJNA 3JYRA 5H8NB 1XT8A 3MAMA 3UN6A 4EUOA 1N76A 2DWAA 4JXIA 4OENA 2D3IA 2RKMA 1P1WA 4PFYA 3VE1B 3TAJA 3VXBA 1NKXA 1VFEA 1FTMA 1ZMGA 1LGBC 5CMKA 4H8JA 1Q35A 4OXVA 4LATA 2OJTA 4IY6A 4ELOA 3MP6A 3RT8A 4H0WA 2H9BA 3JV9A 1R1NA 2OCUA 3H03A 1Y1MA 5H8HA 5CBSA 3Q25A 1ZLQA 1QULA 5I59B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OVBA 4GX3A 1XI6A 4EF2A 3OO9A 4H67A 5I2NB 1M5FA 3VDFA 3RQTA 2THIA 4OETA 4NF8A 4MCOA 4HE0A 2Q88A 3TPAA 2F7CA 3PTYA 4XTCQ 2GHAA 1FQCA 3IAZA 4O8MA 3CFXA 2R9JA 2AL5A 3FBPA 4BDLA 1DMBA 2F7AA 4F39A 4N8YA 4U23A 2H5YA 1I6AA 3GZGA 1SBPA 4EDPA 2XXHA 5A5XA 4GWOA 3C36A 3B50A 4R2FA 4P0IA 3FV1A 1M5BA 2OWZA 2D21A 4GL8A 5BWJA 3Q28A 3TCFA 2OK2A 3Q26A 2V93A 4UA8A 3O6IA 3QAXA 2HPGA 2I6EA 3SESA 4NX1A 4GVOA 2O7IA 2E1SA 1FBGA 3IOUA 2XD2A 3D1RA 2F36A 2OWSA 1ZJLA 3CVGA 2YPNA 4BDMA 1JQFA 1JNFA 3IJOB 4ZZEA 3A29A 4OFJA 2F35A 1GTKA 2XX8A 4GFRA 2W7YA 3W9WA 2E0SA 3W9VA 3NOHA 5EYHA 3I6VA 4P1LA 2O6AA 1B51A 3KSXA 5ET8A 2PBWA 3OMBA 3PPQA 3K6UA 3IB1A 2XWIA 2BJIA 3H6TA 4OFLA 4P8BA 3U72A 2F7BA 2DP8A 1MH3A 5HBCA 3HO7A 4PE5B 4ELQA 5EYFA 4G8MA 3MPLA 1PC3A 1DTZA 3UP9A 5L9SA 2ONKE 3O6HA 4EXLA 3QSLA 3TQLA 2UVHA 4YAHX 4DI4B 3DP8A 2RC9A 3H6VA 5KCJB 3OXNA 4QBAA 2XXXA 4OVRA 5EHMA 3RPLB 1MM7A 4ESXA 2DXYA 4O7IA 1RDYA 4NGUA 2A5TB 1A8FA 2G93A 1B7UA 3MVWA 1NUWA 4E0XA 4C1TA 3H4ZA 2AIXA 3KOTA 3MZBA 1B2HA 1SYIA 4QFOA 3EPEA 3G3IA 2F78A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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