3PPOA

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of bacillus subtilis abc transporter opuc
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
272
structure length
272
Chain Sequence
DTIKIGAQSMTESEIVANMIAQLIEHDTDLNTALVKNLGSNYVQHQAMLGGDIDISATRYSGTDLTSTLGKEAEKDPKKALNIVQNEFQKRFSYKWFDSYGFDNTYAFTVTKKFAEKEHINTVSDLKKNASQYKLGVDNAWLKRKGDGYKGFVSTYGFEFGTTYPMQIGLVYDAVKNGKMDAVLAYSTDGRIKAYDLKILKDDKRFFPPYDCSPVIPEKVLKEHPELEGVINKLIGQIDTETMQELNYEVDGKLKEPSVVAKEFLEKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis
total genus 99
structure length 272
sequence length 272
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ppoA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3ppoA02
1B3GA 1FW0A 3HSTA 1FQAA 2NWJA 3C32A 3KFMA 3MAMA 3EHUA 1FQBA 4ESWA 2I4CA 2DWJA 2H4IA 4HCWA 3M3KA 1LB8A 1RYXA 2H98A 5KZTA 2FYIA 2Q88A 3R26A 4X1BA 5DT6A 2R9JA 5IAIA 3U8QA 1A55A 1H3DA 3R7XA 1XT8A 3E3KA 3G3IA 4FATA 4QFLA 2OK2A 3DLNA 5L9MA 3OELA 3H6TA 3PUZE 3CR9A 3RT8A 3THIA 3LSXA 2Z23A 3C4MA 2PYYA 1JQFA 2H9BA 2D3IA 4Q0CA 3HO7A 3K2DA 2B65A 1B46A 1MQIA 4DDDA 5AA2D 2O7IA 1PB9A 1MQGA 2HAVA 4YZZA 3MP1A 1FTJA 5KDTB 1DOTA 4G8NA 2DE3A 2M8CA 1B05A 1MRPA 3KZGA 5A5XB 4H1XA 1B2HA 1N84A 4WXJA 2PT1A 4H5FA 5BWJA 3EPEA 2UVIA 3IR1A 1Q1KA 4AQ4A 4R73A 4EF2A 2V93A 2REGA 3FVGA 4FJPA 1OVBA 2Z8DA 1XHYA 1DSNA 5ICQA 1LB9A 3EHSA 3HCQA 3GBAA 1R9LA 3VVDA 3TDJA 3LSFB 4KD5A 1YAEA 2QRYA 1MS7A 3PPPA 4WEPA 4R6YA 2ONRA 3WAFA 3VVFA 1M5FA 3C9HA 4F31B 3IO4A 2Q2CA 1MY2A 1LCFA 4BLAA 2GH9A 4FAJA 1P1OA 4JDFA 3CFZA 4H0WA 1IXIA 4XKRA 1B3LA 1NL5A 4H65A 1FQDA 2GHBA 1LFGA 3M3LA 2OWTA 3MZBA 4GFRA 4OTEA 1MPDA 1B52A 5AA2A 3FV2A 2YJPA 3O97A 4R6KA 4KI0E 3LSLA 2DXRA 1IZ1A 4F3BA 3PPOA 2O69A 2NUVA 2XXYA 3IOUA 3LC8A 2HQ0A 3OO6A 1II5A 2XXIA 2QJEA 2I49A 5I2NA 4JB7A 1UQWA 3ZS6A 3E9XA 1LLSA 3IB2A 4MFIA 2ZXTA 1A7LA 4NEDA 3SEXA 2RCBA 2Y7KA 1Y3QA 4LONB 3IL1B 4GXAA 4XTCQ 3PUXE 4NF5A 4YICA 3K6WA 1O7TA 1UTHB 3U94A 4X9TA 5I2KA 1KWHA 3N5LA 2HZKA 1B40A 1SBPA 2XXVA 5HBCA 3VFJA 1FQEA 3TAJA 2F6PA 1Y1MA 5H8QB 4U23A 4F3GA 1ZLQA 4E0XA 1XVXA 2DVZA 3VLUA 4PFWA 3OD7A 3TTKA 3FATA 4XIGQ 5AA3A 4OXVA 1A99A 1IXCA 3FV1A 4AB5A 2THIA 4KYDA 1PBPA 1JW5A 5FHMA 3QK6A 3V89B 2UVJA 1JW4A 2VD3A 2XX7A 4FIMA 3TTNA 3UIFA 3RNNA 3UN6A 1UIVA 1OQHA 2Y84A 5BUUA 4RYAA 5TP9B 1XVYA 5KCJB 3MJNA 4OENA 4HTGA 3OENA 1SI1A 4DIGA 5K2XA 4ELRA 4KFQA 1AOVA 5TPAA 2RINA 1IUDA 4C1TA 2V3UA 3OMBA 2QS2A 2XXUA 1NNFA 2VHAA 1MH4A 4KQPA 4EQ9A 3CSBA 3V5AA 4NF6B 3ZKKA 5JEIA 4TOZA 3E4RA 1LFIA 3B6TA 2X7QA 2F34A 4OHNA 4YKIA 2R71A 1LBCA 4I1DA 4TQUQ 1ZU0A 3FD3A 3K0VA 4YKJA 4LZ5A 4JWXA 3L6GA 3W15C 4OZ9A 3ILUB 4QHQA 4R75A 1EU8A 3KN7A 4HCYA 1YTVA 3OOAA 1QUIA 4P0IA 3UK4A 4DLDA 1LAHE 4ZEFA 1FQFA 1SW5A 3RQTA 2D21A 5FTHA 1CB6A 3IORA 3W9WA 5CBRA 2PMSA 2F7BA 2G29A 3KGCA 2B3FA 3VLVA 4F1UA 1RKMA 4N07A 1UIUA 3TKDA 1RYOA 1M5EA 1PC3A 3G3FA 3TELA 4Z7EA 3PUWE 3VE1B 4OWDA 2Y7PA 4ELOA 3GLBA 4G2ZA 3CI8A 2O6AA 1D3KA 3GBBA 2XD3A 3PGFA 1EH3A 3O6HA 5I57A 4F2OA 1LGBC 4F2QA 5DVFA 3Q28A 4OFLA 3U72A 4DXBA 3FXUA 3QYTA 4GF8A 3O28A 1MM7A 1Y20A 5CC2A 5JTYA 2YLNA 1A8EA 1B3FA 3CVGA 3HHFA 2BJJX 4DXCA 3HPIA 4RY1A 3OO8A 4PFYA 3P7IA 2XHDA 2OZZA 3D4GA 4LVQA 4IGTA 3TTRA 2V3QA 3LBSA 3PPNA 1AL3A 5H8FB 1P1WA 2QS3A 1MY1A 5F1QA 4U1ZA 4K3FA 2G93A 4AB6A 3FZVA 5B7DA 3TODA 2RF1A 4O3AA 1POY1 1B6HA 2HFBA 1HSLA 3S2VA 4ND9A 5CBSA 4GXSB 3VVEA 1Y4TA 3RLFE 2OCUA 1OLCA 4YB7A 3G7WA 4Q5TA 2R6GE 4DCXA 3K6UA 4F29A 2AIXA 3FJ7A 3I6VA 3K1NA 3S4UA 5I59B 2QPQA 2VGQA 3IX1A 3UA8A 2DE4A 3H03A 3FGSA 1QVSA 1MQDA 4F3PA 2HEUA 4GIZA 4I8CA 1QJMA 4UACA 1EZOA 1FQCA 1NKXA 2OJTA 2Q89A 3VXBA 5AA2B 1ANFA 3FUZA 3MP8A 4MF3A 2Z8EA 3A09A 1NH8A 4U2RA 2GFEA 1WODA 3C35A 3G3GA 5M2VA 1MG1A 1IIWA 4U21A 3U92A 1URSA 4GWOA 2P1SA 2Y7WA 2CMOA 5CMCA 4LATA 4I62A 2I4BA 3F11A 1XC1A 3O2AA 5I2NB 4EDPA 3PD8A 3IOTA 1Y1ZA 1AMFA 3K1MA 3RTWB 2WKYA 1USYE 1F9BA 4YMBA 1MY4A 4ESXA 4HW8A 3EQ1A 5CMBA 2OBGA 1WVJA 1B7UA 2UVGA 4NF5B 3GZGA 2ZNSA 2H5YA 4ONYA 3Q29A 3SETA 1PDAA 5HM4B 3MPLA 3OXNA 4TLMB 4ELPA 4RK9A 5I56B 5I2KB 2DE2A 1MXZA 3QAXA 2IEEA 2F5XA 3TFLA 3K1PA 2D5WA 1I69A 4QSEA 5B70A 4G68B 1BLFA 1POTA 2O7UA 3PMVA 3WAEA 2XX8A 3JV9A 2XXXA 3KSJA 4DXUA 1NNTA 3I5OA 4MLVA 3T9HB 1BP5A 1TWYA 2QL3A 2X26A 1O63A 1B0HA 2Y7IA 3EHTA 2I58A 2Q2AA 3QIMA 1SW1A 4QFOA 1GTKA 5HPQA 3L6HA 1DTZA 1ZBMA 2E1SA 5H8NA 3OSRA 5EYFA 4NWDA 1B3EA 2F97A 1QUKA 4H6DA 1Z7NE 4XKPA 5TPAB 3MUQA 2AL5A 4BDOA 2QS1A 2F6GA 1LAGE 1VR5A 4I9DA 1TFAA 3TCFA 4RA1A 3K6XA 4OFOA 2O51A 1DTGA 1CE2A 1USYH 3SERA 2F8DA 4N6PA 1ZTYA 1JEUA 2F78A 3OO7A 3TTLA 3GXAA 1B5IA 3CSGA 2DWHA 3N94A 3RPWA 1US4A 4KYEA 1IXGA 4OESA 4DZ1A 1ELJA 1SDXA 3SDFA 3U93A 4RK2A 4ZZAA 4Q8RA 2F36A 4F18A 3S9LC 1ZMGA 1A54A 4GRKA 1I6BA 3KG2A 3Q26A 3TZAA 4U22A 4ISUA 4XKNA 5ITOA 3C36A 3K6VA 3BKIB 3TQLA 2A5TA 3CG3A 2ZYKA 5H8HA 1B51A 3MWBA 3MVWA 2H25A 2P2AA 4NTLA 3C33A 3O6GA 4IO4A 1JNFA 1H45A 1L5TA 4RPNA 1D9VA 3K01A 3G3HA 5I57B 3Q25A 4GLIA 3O6IA 1QULA 3O9PA 4DCYA 4GD5A 4R9GA 4YB5A 1JVYA 3RN8A 1AH5A 5FHOA 1M5CA 1MXWA 2VP1A 2DS9A 1R1NA 3JYRA 1MPCA 1S9TA 1MY0A 3OSQA 4EXLA 2DQVA 3CRBA 3EF7A 4G8MA 1MQJA 4BDNA 3LSWA 3RTFB 3T22A 3N6UA 2V3TA 4C1UA 5CRYA 2ZMBA 4E0WA 4OEUA 3FJGA 3T96B 4KHZE 1QKAA 3CG1A 3T9VA 1Y3NA 3TEPA 3SESA 4OYVA 2DYXA 4ZEBA 3E13X 4R74A 1JW1A 4FE8A 3VDFA 1TXFA 3B7DA 4YB6A 2I48A 4F1VA 1M5BA 3QUFA 3B6WA 1P1QA 2I0BA 2O1MA 2QSXA 1MPBA 4OQOA 3MZ1A 4GL0A 4G4PA 4R9FA 3KEIA 1S50A 4IY6A 4IO7A 5F7VA 4G68C 5AE4A 3T9XB 4NF4A 4POXA 3H4ZA 2Z8FA 1NFTA 3IB0A 3IOWA 1SW2A 3I3VA 1A40A 5DVJA 4NF8A 4R72A 4U4XA 2DVCA 1FTKA 1ZJLA 2HCAA 2VOZA 4QSDA 2RCAA 4BDQA 2DSFA 3MZ9A 3IK6B 4YKKA 3G3KA 3UGWA 5L9OA 3AXFA 5DYHA 1FTLA 1PBQA 4IO3A 5FTIA 3CFXA 2NVUB 1MXUA 1MDQA 4JXIA 1URDA 2F7CA 5H8SA 3M8UA 4GOTA 3FXQA 4U4SA 1P1NA 3DP4A 1LAXA 4H8JA 3N6TA 2YPNA 1SW4A 3FVOA 5TP9A 1N3XA 1QUJA 3K00A 5JK4A 3V8XB 2Z22A 3G3JA 3O29A 3FASA 3DP8A 4ZEKA 5IKBA 5DEXA 5AA4A 3TYHA 1B1HA 2RC7A 4NE4A 3S9EA 1B1XA 4RNSA 4YMAA 3SKPA 1FTMA 4NF6A 1N7XA 2QMXA 5ELVA 1NNKA 1B0LA 1P1UA 3DELB 3USDA 2W7YA 5CI5A 1B5JA 4O3BA 4MH5A 1P99A 4IO2A 4KR5A 3LR1A 4U1OA 5DTBA 4R2BA 4YKPA 1IEJA 1QKBA 1JETA 3TPAA 3C31A 3QSLA 2Q8JA 1ZKBA 1GR2A 4M4GA 4YAHX 3PMWA 4IGRA 3MBPA 1ATGA 3TCHA 4YU0A 4DE8A 2PVUA 3S9NC 4XKQA 1O64A 2XXQA 5J1DA 3FVNA 4RPOA 1BKAA 3TMGA 1NH7A 2AL4A 2QMWA 4QRZA 3U1OA 3ONMA 4QFKA 2RKMA 1H44A 1IQ7A 4ZECA 1NNPA 1B9JA 3Q27A 2RC8A 4RXLA 2DWAA 4ZE8A 3MVXA 1I6QA 3HHGA 3M3FA 2QS4A 2HXWA 1XOCA 1ZIUA 5H8NB 4XXUA 4Q30B 1J1NA 1M5DA 4R2FA 4R6HA 1SD3A 3HN0A 2V25A 4IO6A 2XXRA 4EF1A 2LAOA 3H6VA 4ECFA 4KYSA 1D4NA 2UYEA 4P11A 3CFLA 1VFEA 1SYIA 5EHMA 1MY3A 2O84X 1OMPA 3KSXA 2XXHA 4PFTA 3KN3A 3VXCA 3EN3A 1IITA 1GGGA 1B3HA 4H5GA 4NWCA 2F35A 5ICTA 4N13A 4LA9A 5H8FA 4LZ7A 4FECA 2FNCA 2UXAA 3H6WA 2ALUA 1US5A 3K4UA 3CIJA 3OO9A 5I58A 4WKMA 3MVYA 3PPRA 5CM6A 1NMUA 2ONKE 2ONSA 3PU5A 1OIBA 5ITPA 4LUBA 1DMBA 1UTBA 1I6AA 3IJOB 1B5HA 4MBPA 1N0TA 4KCDA 2DOJA 1B7ZA 4LZ8A 2A5TB 3S9MC 5H8HB 4ZZEA 2KLFA 4KPTA 5L9SA 1EZPA 1B7HA 5I59A 4F19A 4JSOA 3O66A 1B32A 4F1YA 2P0SA 1QW0A 4ZDMA 4FEDA 3KJTA 4BDMA 3IJXB 1FCKA 3H6UA 5K2YA 2H99A 2I0CA 3IAZA 1Y9UA 4H8IA 4G77A 4PFUA 1SVXB 2UYFA 3FVKA 4OETA 2I3VA 2ZNUA 4RJZA 3QXMA 1WDNA 4POWA 4P0GA 4H67A 3D4CA 3PD9A 3MP6A 4JWYA 2B3BA 4ZE9A 2O68A 3C34A 2I3WA 5EHSA 2XXPA 1VSOA 3SEYA 1S7YA 1XS5A 4PE5B 3T93B 3KBRA 3FXRA 1Z7ME 3B6QA 5KDTA 4GVOA 5ISUA 1EZ9A 4EQBA 5A5XA 4PETA 2XX9A 4KCCA 1B4HA 3RT6B 1N7WA 2PT2A 4X48A 1Y3PA 4NF4B 1T0KA 3A3CA 3MVZA 2E0SA 5I56A 4Z0IA 1SI0A 2ESNA 4NF8B 4OERA 4TLLB 1B4ZA 2Q9TA 3PUVE 4THIA 4G68A 1IXHA 4PQJA 4NMYA 2VD2A 1N3WA 1VE4A 1R6ZA 3FJMA 4F39A 5DVIA 4PP0A 1LAFE 4WEDA 2ZYOA 3DP6A 1H76A 1OQGA 4OVJA 1MQHA 1PEBA 3OEKA 4JBZA 1DPEA 5JTYB 3TQWA 2OWSA 1B58A 1MXVA 1LFHA 3H7MA 4OFJA 2GRVA 3T9UA 3T66A 4C0RA 2F7AA 3QUJA 5DEXB 3SEUA 2OLBA 1TFDA 5AA4B 3KJ7A 2NXOA 3BBRA 1H43A 4FEBA 4QFNA 4G8HA 4LQ5A 3TCGA 2A5SA 3SEVA 2ABHA 1LSTA 3BFTA 1MXXA 4O3CA 1SQYA 3SEWA 2REJA 1R9QA 4LQ2A 3N26A 1Q35A 4BDRA 4ZEIA 3VLWA 1BIYA 1DPPA 3RGYA 3ILTB 2GHAA 3UORA 2PX1A 2X7PA 4ZEDA 1UTHA 1JVXA 3PPQA 4OEVA 4QF9A 1PB8A 5L8DA 4EQ7A 1TT1A 3MC2A 4M1VA 4UA8A 1N04A 1JEVA 3TUSA 2O1LA 3PV0E 1A8FA 4QFPA 2XXWA 5H8QA 3KN8A 4IO5A 3DM0A 3FIRA 1D9YA 2IA4A 4GQOA 3K02A 2CZLA 4L17A 3TTMA 3H06B 2DXYA 4GL8A 2AYSA 3ODBA 2HAUA 2HZLA 2FA7A 3PMXA 1VFDA 4X1DA 3VV5A 1FTOA 3MQ9A 1MDP1 3R6UA 3IO6A 1OLAA 2PBWA 1AIVA 3RY3A 5KCJA 1GV8A 3IB1A 3RUMA 2RC9A 2ZYMA 3JZJA 1HSEA 4ELQA 3ECRA 2Y7RA 4F22A 4EXKA 4JWOA 3IOVA 1YCJA 2UVHA 4F3SA 4QSCA 3H3GA 2XXTA 4IY5A 2V84A 5I84A 4HS7A 1HSJA 4LP2B 3MPKA 1MXYA 2ZNTA 5TU0A 4IB2A 3BFUA 2NOOA 5CMKA 1LBBA 5LOMA 4BDLA 3UP9A 5CMMA 1N76A 1LCTA 3W9VA 1BTJA 3KOSA 4MLQA 2ANJA 4ZS9A 1Y4CA 1GVCA 4EUOA 4JSDA 3LUYA 3PUYE 4OMBA 1OVTA 1MH3A 1MM6A 1PB7A 3OEMA 1YPNA 3V83A 1SYHA 5I58B 4FORA 3A3UA 3HV1A 2XD2A 2DWIA 1UTBB 3MW0A 5AA1A 2ZYNA 3ZKLA 3ZSFA 2DP8A 3KOTA 5FHNA 2I6EA 1URGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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