3PPPA

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of bacillus subtilis abc transporter opuc
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
272
structure length
272
Chain Sequence
DTIKIGAQSMTESEIVANMIAQLIEHDTDLNTALVKNLGSNYVQHQAMLGGDIDISATRYSGTDLTSTLGKEAEKDPKKALNIVQNEFQKRFSYKWFDSYGFDNTYAFTVTKKFAEKEHINTVSDLKKNASQYKLGVDNAWLKRKGDGYKGFVSTYGFEFGTTYPMQIGLVYDAVKNGKMDAVLAYSTDGRIKAYDLKILKDDKRFFPPYDCSPVIPEKVLKEHPELEGVINKLIGQIDTETMQELNYEVDGKLKEPSVVAKEFLEKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein
total genus 105
structure length 272
sequence length 272
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pppA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3pppA02
4DLDA 4X9TA 4ESXA 3O29A 4PFTA 4YAHX 4P0GA 5FTHA 4H1XA 4RYAA 4E0WA 3N94A 3TQLA 5I59A 2A5TA 1B3HA 3G3HA 3MP1A 2UYEA 1MXXA 4THIA 4NF8A 1B52A 2Z22A 3MQ9A 3RY3A 3VLVA 4JBZA 3K02A 3VFJA 3W15C 4C1TA 4JSDA 5K2YA 3PUXE 1LFHA 3K2DA 5A5XB 2Y7KA 1R6ZA 3ECRA 3N6TA 4BDNA 1LAGE 1DTZA 1FQBA 2Y7PA 4WKMA 4TQUQ 3D4CA 5EHMA 2ZMBA 3EHUA 1IEJA 3DLNA 3EF7A 2F35A 2E1SA 1BLFA 4JSOA 5L8DA 2DWIA 3CSBA 1B7ZA 4KR5A 3VXBA 3LC8A 4R6KA 1Y1MA 5TPAB 4XIGQ 3RTWB 5I2KA 1B5JA 3O2AA 1QJMA 4GOTA 3C33A 3GBAA 2PVUA 3IL1B 3BFUA 1A99A 5ISUA 2NWJA 1UQWA 3ONMA 4XXUA 4EQ7A 3IB2A 4EQBA 1QVSA 2XXWA 4F2OA 1POTA 2FNCA 1MPDA 2R6GE 3Q26A 2OWTA 4U4SA 5I56B 4FIMA 3I5OA 1EZPA 4F39A 3IJXB 1VSOA 4QHQA 1MH3A 3IK6B 4IB2A 3G7WA 2ONKE 3E4RA 1M5EA 5DYHA 4QF9A 2HEUA 4ELPA 1B58A 1MXWA 1OIBA 3QK6A 1UTBA 1MDQA 5HPQA 1MQIA 1UIVA 4F29A 1LFGA 1YPNA 3MP8A 1B3LA 1IQ7A 1GR2A 1MY1A 3PMVA 4IGRA 1MQJA 4G68B 3LSLA 3JYRA 1AL3A 3OELA 3CVGA 3S9LC 2RC7A 4OZ9A 1MS7A 1NH7A 2ONRA 3VVEA 2QMXA 3MZ9A 3K1PA 1N76A 2XD2A 4H5GA 2DVZA 3KJTA 2VHAA 4L17A 4H6DA 5FHMA 1FTJA 2V3TA 1LFIA 5JK4A 3G3KA 1F9BA 3BBRA 3KGCA 2O68A 4NEDA 3H6UA 4G8MA 5AA2A 1YAEA 3S4UA 3PMWA 2H99A 2DP8A 4H5FA 4RXLA 3S9MC 2PBWA 4FAJA 4MLQA 2P0SA 4BDMA 4XKNA 4H8JA 3IAZA 3K0VA 3MVWA 1J1NA 1VE4A 3F11A 4QFKA 2Z8FA 4RPOA 4PQJA 1XC1A 2V84A 3EHSA 3IB1A 3S9NC 5CBSA 3MAMA 2QRYA 2ZYMA 3M3KA 3C35A 3C32A 3G3FA 4LUBA 4U1ZA 1MG1A 5KCJB 3ODBA 1B7HA 1PBQA 1I6AA 2HXWA 4OEUA 1GV8A 1JVYA 1MQHA 2I3WA 3H06B 3VE1B 1JNFA 1ATGA 4ND9A 1N3XA 1PDAA 3N6UA 1MRPA 1B40A 1XVXA 3R6UA 4H67A 5JTYB 3JZJA 1SD3A 3IORA 3TPAA 4OERA 4F3PA 3ZSFA 3IJOB 3VXCA 2R9JA 3T9XB 4RPNA 1IXHA 2QS3A 4ECFA 2OZZA 3L6HA 1Y1ZA 4U2RA 3PUYE 4F1UA 2DE2A 4RNSA 4F3BA 2NUVA 2AL5A 3CSGA 4XKRA 4NWDA 2QPQA 3PUZE 3RNNA 4PETA 2YPNA 1LBBA 5AA1A 2D21A 1VFEA 1USYE 3UORA 5AE4A 4ZECA 4Q0CA 4NF5A 4I9DA 1A40A 3OOAA 2ONSA 4DIGA 1CB6A 3PD8A 4I1DA 3CRBA 4GXAA 4P11A 3MVYA 1NH8A 3KN8A 3DP4A 3C34A 1B46A 5ICQA 4LP2B 3K6WA 1H43A 2IEEA 4K3FA 4R75A 4F3GA 5AA4A 3GXAA 2F8DA 1SW4A 1VR5A 4JWYA 1LLSA 4ZS9A 4PFUA 1FCKA 2H25A 1JETA 1ZTYA 1P1UA 2RC8A 3VLUA 2DYXA 3SESA 3V5AA 1Y20A 4MF3A 3RLFE 5ITOA 1HSJA 3RTFB 5H8QA 3O28A 3FVNA 4AQ4A 4H8IA 2O69A 1B6HA 1AMFA 1SW5A 3Q29A 4IO6A 2Y7RA 5DEXB 2ZNSA 2REJA 1M5CA 2RINA 3T9UA 4N13A 2ZXTA 2FA7A 2V93A 4OWDA 1Y3NA 2Q2AA 4H0WA 2M8CA 3O6IA 3MWBA 1Y3QA 4IO7A 3USDA 2AIXA 4GVOA 3TCFA 3OEKA 4R73A 4KYDA 3PPRA 3K1NA 1I69A 1MY4A 2PT1A 2H4IA 4JXIA 5H8NB 1JW1A 4DXUA 4LQ5A 1A8EA 3PV0E 5A5XA 1QKBA 5L9OA 1S9TA 3QIMA 2NVUB 5DVJA 2F7AA 3K4UA 1CE2A 2XX7A 2O7UA 4ZEDA 4Q8RA 1D9VA 2F36A 3SKPA 2OK2A 1LBCA 4OETA 1WDNA 3FUZA 1ZKBA 1LGBC 1FW0A 1FTKA 3G3IA 3PGFA 2OLBA 1DTGA 4UA8A 4YZZA 5H8SA 2AYSA 1POY1 3C36A 2RKMA 4GWOA 1LCFA 3IOTA 1XT8A 4G77A 1FQEA 3M8UA 4RK9A 4AB6A 3Q28A 5ITPA 4OEVA 2DE3A 1S50A 2PMSA 3OEMA 2B3BA 1S7YA 3O6GA 3UP9A 5I57B 1Y4CA 2Q9TA 5I56A 2UXAA 2VD2A 4PP0A 2I4BA 1N0TA 1O64A 3EQ1A 1L5TA 4O3BA 1BTJA 4BDQA 2H98A 3HHFA 4YICA 1ZJLA 1EZ9A 3UN6A 4NF4A 4BLAA 2XXIA 2DVCA 2XD3A 2XX8A 3TQWA 3JV9A 3QYTA 2DWHA 2DE4A 3CIJA 2QS2A 2NXOA 3PPOA 1SQYA 4PFWA 2I4CA 3T9HB 1IIWA 1B3GA 3QSLA 3OSRA 1FQFA 1JW5A 1IZ1A 4DZ1A 2F7CA 4G68A 2P1SA 2XXXA 2GHAA 3FD3A 3ZKLA 1PBPA 3FASA 4KYSA 3SEXA 4R6HA 1SI1A 3K6UA 3DM0A 4GD5A 1MPCA 1OMPA 5DT6A 3B6TA 1A7LA 3RGYA 2UVJA 4QFOA 1UTHA 4AB5A 4TOZA 2Q88A 1P1OA 3A09A 3LUYA 1MPBA 4XTCQ 2DQVA 1KWHA 3OO6A 2DSFA 2B3FA 4GIZA 4KCCA 1VFDA 1GGGA 1AOVA 5FTIA 3T93B 4KPTA 2THIA 2V3QA 3O9PA 1Y3PA 4OVJA 2DXRA 3SEUA 4YKPA 2ZNUA 1Y4TA 2Q8JA 3UGWA 1QUJA 4UACA 4GL8A 4DE8A 4NF6B 4RK2A 1URSA 5BUUA 5I58B 1R1NA 2OCUA 1LB9A 4PFYA 4EF1A 4NTLA 3FIRA 1N7WA 4YB5A 2Y84A 1N84A 3ILTB 2VP1A 2OWSA 1TT1A 4LA9A 4ZZAA 3OMBA 2F6GA 1QUIA 2X26A 5KCJA 2F97A 1MM7A 1B7UA 1JEVA 3TTLA 3MUQA 3VDFA 1XVYA 4POXA 2ALUA 4RY1A 5IAIA 1NL5A 3TYHA 2UVHA 3RQTA 4EXLA 3PUWE 2B65A 1LAXA 1JW4A 1LAHE 4ESWA 4YKIA 1OLAA 2DWJA 3RPWA 5H8FB 1NNKA 4EXKA 3PPPA 4ELRA 3LR1A 3K6VA 4LZ8A 1UIUA 1H44A 3OENA 4LVQA 4O3CA 3LSXA 2F34A 5F7VA 3A3UA 4M1VA 4NE4A 1USYH 3GZGA 2XXPA 4IGTA 4HS7A 1RYOA 3TMGA 1MQGA 3H3GA 2XXVA 2D5WA 3TFLA 3IOUA 4FE8A 2HQ0A 5ELVA 3FXRA 3K6XA 2RCAA 5BWJA 1OVTA 3H6WA 4QFPA 4TLLB 5AA3A 5EHSA 3KSJA 4JWOA 1NMUA 3MPKA 4DXCA 3V8XB 1DMBA 3FVOA 4ELQA 2HZLA 5L9MA 4BDRA 3CFZA 1SI0A 4MH5A 1GTKA 4M4GA 2FYIA 3FXUA 3T96B 2Z8DA 1ANFA 1M5FA 1PEBA 3OO9A 4I62A 4IO3A 4U23A 4YB7A 4ZE8A 3W9VA 1MQDA 5L9SA 2D3IA 1SBPA 1B5HA 4G8NA 3VLWA 4RA1A 3DELB 3VVDA 1M5DA 3K01A 1MY3A 4GF8A 1N3WA 3EN3A 4F31B 1SDXA 3TELA 1H3DA 2LAOA 5FHNA 1B4ZA 4OYVA 1B05A 3PU5A 1B1XA 1HSEA 2PYYA 2ABHA 4X1BA 3RT6B 3TDJA 3MPLA 4HCYA 3MZ1A 4IY6A 4OESA 3U93A 3IOVA 1P99A 2V3UA 1B1HA 1SVXB 1ZU0A 1B0HA 3E3KA 1B3EA 5H8HB 4C0RA 3D4GA 4N07A 3ZKKA 3OO8A 1R9QA 3EPEA 5K2XA 4OENA 2O1LA 1I6QA 2DWAA 4GL0A 4H65A 3O97A 3FGSA 5TP9A 2CMOA 2I3VA 5CBRA 2OBGA 3KZGA 3FJMA 1WODA 4KCDA 1PB9A 3MW0A 2ZYNA 4LZ7A 2VD3A 3HV1A 2QS4A 3Q25A 2BJJX 1A54A 1JQFA 4OFOA 3MJNA 1IXCA 3B6WA 3U94A 2F78A 4OQOA 3M3FA 3C31A 3OO7A 3WAFA 4KFQA 4YKKA 3S2VA 3KOSA 3A3CA 3MP6A 4C1UA 3SDFA 1D4NA 3PD9A 4GQOA 5CMBA 5CMMA 3HPIA 3QXMA 4MFIA 2OJTA 1B0LA 1HSLA 4ZEBA 1Q35A 5KDTB 4F1YA 3KG2A 2O6AA 4ZEIA 3VVFA 3SETA 3E13X 3N26A 5AA4B 3O66A 2X7QA 4FEDA 5I57A 1ZBMA 3IO6A 2IA4A 2V25A 1DOTA 3GBBA 5CI5A 4E0XA 3BFTA 3E9XA 3V89B 4KHZE 2ESNA 3N5LA 3HSTA 4LZ5A 2Y7WA 4KD5A 3FV2A 2Y7IA 4IY5A 1BKAA 1O63A 5TPAA 4OXVA 2DXYA 1O7TA 2DS9A 3KOTA 3TKDA 5I84A 1Y9UA 4QRZA 3RT8A 3P7IA 1EH3A 2ZNTA 1SW1A 1OQGA 4EUOA 2GRVA 3DP6A 1US5A 1ZLQA 3CFLA 3IR1A 3KBRA 3R26A 4NWCA 3BKIB 5I2NB 1YCJA 3TUSA 3FATA 3MBPA 3CR9A 3HN0A 4FJPA 2I0BA 4ZZEA 3TTMA 1FTMA 4X48A 1XHYA 4WEDA 2G93A 4F18A 2I6EA 1OLCA 1URDA 4GRKA 2E0SA 3S9EA 3KN3A 3U72A 3FVGA 2GFEA 3FJ7A 4DDDA 2RCBA 5CMCA 3TTNA 4F1VA 2Q2CA 4OFJA 2GH9A 1SYIA 4YMAA 4BDLA 2W7YA 2O84X 4R9GA 1B3FA 1H76A 5CM6A 3UA8A 4U1OA 3H4ZA 3CG1A 1B9JA 3U8QA 2AL4A 3IOWA 4NF6A 3K1MA 1MH4A 2YJPA 3U1OA 5I58A 1AH5A 5I59B 1P1QA 1Z7ME 4N6PA 2A5TB 4FEBA 4OFLA 5DVFA 1RYXA 4ISUA 2Z23A 2PT2A 3CFXA 4NF8B 2UVIA 4FATA 1MXZA 4HW8A 4OHNA 1N04A 2H9BA 4JWXA 3U92A 3TCHA 2PX1A 4R74A 1B4HA 4QSEA 1QKAA 4LONB 3QUJA 3LBSA 2Z8EA 4PE5B 5M2VA 5IKBA 3GLBA 3G3GA 3TZAA 3CG3A 4YU0A 2HZKA 2GHBA 1QUKA 2XXYA 4NF4B 5H8FA 4ZEKA 4POWA 2HAVA 2VOZA 4FECA 3W9WA 5I2KB 3H6VA 2Q89A 1ELJA 4YMBA 4OMBA 3TTKA 3I3VA 5B7DA 3I6VA 1OQHA 4TLMB 1PB8A 3PMXA 3Q27A 5AA2D 5B70A 5DVIA 2O1MA 4LQ2A 4HTGA 4ZEFA 1H45A 2XXUA 1EZOA 1P1NA 4R6YA 3ILUB 2XXRA 4R72A 2CZLA 3MVZA 4Z0IA 1BP5A 1D3KA 4YB6A 5F1QA 4BDOA 3M3LA 2O51A 1P1WA 4R2FA 1FQAA 3RUMA 1GVCA 2F7BA 1QULA 1UTHB 3KEIA 5JTYA 3QUFA 4XKQA 2QSXA 1B2HA 3T9VA 2R71A 2X7PA 3G3JA 3HCQA 2YLNA 4QFLA 1TWYA 1TFAA 1ZIUA 1A55A 4EDPA 1RKMA 1UTBB 2QJEA 2RC9A 4ZE9A 1I6BA 1QW0A 1M5BA 1T0KA 2QMWA 4G4PA 5HM4B 4IO5A 3T66A 3LSWA 1D9YA 1R9LA 5CRYA 2HAUA 1B5IA 4F3SA 1IITA 1BIYA 2I58A 4P0IA 3FZVA 2XHDA 2XXQA 5FHOA 1LAFE 1N7XA 1MXVA 3MVXA 1MXYA 4GFRA 2XX9A 2VGQA 4EF2A 2DOJA 4MBPA 4G68C 1JVXA 4X1DA 5J1DA 4G2ZA 1SYHA 3KJ7A 3HO7A 3SEYA 4F19A 4U22A 1B51A 3DP8A 1MY0A 3O6HA 4QSCA 3H6TA 5AA2B 5H8HA 3KN7A 2I49A 3HHGA 2F6PA 2I48A 1FTOA 2XXHA 4R2BA 3TEPA 4KQPA 1FQCA 4GXSB 3IB0A 2H5YA 3K00A 3SERA 4DCYA 3AXFA 1YTVA 3PPNA 4JB7A 3TCGA 1DPPA 1LSTA 1US4A 5DTBA 3T22A 3MC2A 1Z7NE 5CMKA 2G29A 3MZBA 3IX1A 3B6QA 2ZYOA 4G8HA 3FV1A 1B32A 3L6GA 2F5XA 1Q1KA 4I8CA 4KI0E 3TAJA 5EYFA 1URGA 4Q30B 3C4MA 5DEXA 3LSFB 4DCXA 4DXBA 2HFBA 4Q5TA 3RN8A 3R7XA 3OD7A 3OXNA 1NNTA 3KSXA 1IUDA 5LOMA 4F2QA 2A5SA 3H7MA 3TODA 2ANJA 3FVKA 5KDTA 1PB7A 1II5A 1XS5A 1PC3A 1FQDA 5HBCA 2O7IA 4YKJA 4NMYA 5H8NA 4Z7EA 2RF1A 1MDP1 4XKPA 4IO2A 5KZTA 3QAXA 2I0CA 3V83A 4EQ9A 2QL3A 1NNPA 4QSDA 4U21A 4HCWA 3FXQA 4F22A 5JEIA 4QFNA 3TTRA 2HCAA 2QS1A 2UYFA 3PUVE 3SEWA 4WEPA 1AIVA 1JEUA 1ZMGA 2KLFA 3ZS6A 2XXTA 3THIA 1DPEA 4MLVA 3C9HA 1IXIA 1FTLA 3SEVA 2P2AA 1TFDA 4KYEA 3VV5A 4GLIA 4NF5B 2WKYA 3EHTA 4ELOA 5I2NA 1DSNA 1OVBA 3UIFA 1LB8A 1NKXA 3KFMA 2ZYKA 4ONYA 4LATA 5TU0A 4OTEA 3CI8A 1SW2A 4ZDMA 4FORA 2NOOA 1MM6A 4JDFA 1WVJA 1NNFA 3PPQA 5ICTA 1MXUA 3IO4A 3OSQA 4RJZA 1A8FA 1TXFA 3H03A 3UK4A 3WAEA 4WXJA 4O3AA 2REGA 4U4XA 1IXGA 3B7DA 5TP9B 1MY2A 1EU8A 1NFTA 2UVGA 3FJGA 1XOCA 4IO4A 4R9FA 1LCTA 5H8QB 5CC2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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