3PU5A

The crystal structure of a putative extracellular solute-binding protein from bordetella parapertussis
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
LADDHIYVTSSGGSFLENVRKHMAEPFEKQSGVKVTLVPGTNPAHALKILSSRGTPPYDVAAFGGNDMYRLIRAKKLAQVDEKSVPSLADVPEKFKADWEGCGSLYDYSSVGIAYRPDKIQGGVKSWKEFVERTVAGEFGKQVFFNNLSSNVRGAEVLSMFGKIYGSGYGDIEASIATLERMKPHIFKFFTAFNDPVVLLTSGEGAIGPGWDGRTFIAEDSTKGMVKWVDPTEGAVSSGPVMAVVKGGKEDLAKAFMNYALGEEAQKAFCEAMYYGAVNRKVQYSEKLKHRLPSIDSVQLVDTALLIKNMSALLDLWNKRIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Bordetella parapertussis
publication title The crystal structure of aa putative extracellular solute-binding protein from Bordetella parapertussis
rcsb
molecule keywords extracellular solute-binding protein
total genus 99
structure length 322
sequence length 322
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pu5A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pu5A01
2VOZA 4GF8A 4JWYA 1B58A 4MH5A 1LGBC 4OFOA 1QKBA 3PMVA 2PT2A 3RTFB 4F1VA 1JETA 3KOTA 2PVUA 4R6KA 1XHYA 3CVGA 4TOZA 5KCJA 3N6TA 3H06B 4FE8A 4OETA 2XD3A 2O7IA 1J1NA 3CFLA 3OEMA 4RXLA 3IOWA 3KJTA 1M5FA 4GFRA 5CBSA 2E0SA 2AYSA 4ESWA 4XKNA 5CI5A 3EPEA 3DP4A 1YCJA 2VP1A 4JSOA 4ELOA 3MVXA 3MZ9A 1NMUA 3O6IA 1IUDA 1M5DA 5CMCA 4KFQA 2ONKE 2G29A 3ILTB 1MDQA 3PU5A 5H8HA 1B3HA 1B4HA 3SEUA 4RA1A 4WEDA 2DYXA 3LC8A 2P1SA 4HTGA 1II5A 2THIA 3IK6B 1B1XA 1L5TA 2XX7A 1FW0A 1XOCA 1UTHA 2VHAA 3V89B 1OLCA 4IGRA 2GRVA 3B6TA 2I0CA 3RTWB 1XVXA 3JV9A 3DELB 1DOTA 3MPKA 4IO4A 2OCUA 4XXUA 1ZJLA 4RNSA 3W15C 1MQHA 1AH5A 4IB2A 3KSJA 4GXSB 3PUVE 4M1VA 4M4GA 3TCGA 3U8QA 1MXXA 5I58B 2V84A 4ECFA 1Z7NE 1SW4A 3EQ1A 4ELRA 2H25A 4LZ8A 3OO8A 4X1BA 1EU8A 1YTVA 5DT6A 4MBPA 5B70A 1B7ZA 1N3WA 4KCCA 4NEDA 4U2RA 4R9GA 4QSEA 3S4UA 4ZEKA 1DSNA 5L9SA 2XD2A 1ANFA 1N04A 1Z7ME 3PMWA 5EHSA 1F9BA 2H5YA 1MY0A 5FHNA 3KN7A 4Q30B 5DVJA 1ZLQA 3GBAA 3I5OA 1OQGA 4YKJA 3S9MC 3I6VA 2Z8FA 5H8NB 1PB9A 5AA2A 1D9VA 3M3LA 1MPDA 1NH8A 1OIBA 4OTEA 1AOVA 5A5XB 4G68C 4QHQA 1FCKA 1A55A 1DPPA 1SDXA 4R9FA 3MJNA 2ZYMA 4I62A 1UTBA 4MLQA 1I6AA 2DVCA 2B65A 3H3GA 4ELPA 3SEYA 5TPAB 1MQGA 4IO6A 4U4SA 3FIRA 1QKAA 2YLNA 4U1ZA 5BUUA 3OMBA 4L17A 3LSWA 2I4CA 4F18A 4RK2A 4NF8A 2DXRA 3H4ZA 1EH3A 2NXOA 3IR1A 4H8IA 4YU0A 4MF3A 2F36A 5H8FB 4PFTA 5KDTA 2Q89A 4I9DA 3S9LC 1OMPA 1ZTYA 3ECRA 2DE4A 3TTNA 2Y7KA 4Q0CA 3CSBA 1NNKA 3OSRA 3FJGA 1BLFA 1GGGA 1B6HA 4YICA 1FTLA 1IXGA 3PPPA 3UK4A 3CIJA 3CRBA 3UORA 5CM6A 4OFLA 4RJZA 4XKQA 4F2QA 4JSDA 4I1DA 3OENA 4R6YA 4FIMA 1LBCA 1P1WA 2R71A 5L9MA 4BDLA 5HPQA 3FASA 1CB6A 2XXRA 5I2KA 4RPNA 1I69A 4OZ9A 2H4IA 2DWHA 4FORA 4GLIA 3U72A 4FJPA 3KFMA 5CMBA 4OHNA 2QSXA 2V3UA 2OLBA 3VLVA 1UIUA 2Y7WA 5ITPA 1EZ9A 1CE2A 1N84A 4G68A 2O1LA 2IEEA 1H45A 1GV8A 4ZEIA 1GTKA 3FZVA 3UP9A 1I6QA 3F11A 4ONYA 2NUVA 4YKPA 4BDOA 3EN3A 3TCHA 5HBCA 3T9UA 1DMBA 4DXCA 3BBRA 4G4PA 1Y1MA 2DSFA 3FV2A 3MUQA 1NH7A 1XC1A 3FVGA 4U23A 3LR1A 3IOUA 2O1MA 3VE1B 1FTJA 4NF4B 3FXRA 4GVOA 2QMXA 2OZZA 5J1DA 2DXYA 2XXIA 2I58A 5AA4B 1MH4A 2PMSA 3VXBA 5I84A 5F1QA 2XXHA 4P11A 1IITA 4LA9A 5I59B 2E1SA 3S9NC 3VVEA 2HZKA 1SVXB 3T96B 5TU0A 2GHBA 1B3GA 2ZNUA 5CMMA 4E0WA 1QUKA 1S50A 1B32A 2I3WA 2HEUA 2REGA 4OVJA 3MWBA 3TDJA 5H8QA 1JEVA 1B40A 1B0LA 2X7PA 2F6GA 3PPOA 4U4XA 1B52A 4P0GA 4BDMA 2HAVA 1MM7A 1LAHE 1EZPA 3PV0E 4H67A 4QFPA 1T0KA 1AIVA 1PC3A 1BP5A 3PD9A 4XIGQ 4JXIA 1A99A 3LSXA 3SEVA 3N5LA 4GIZA 5FHOA 3L6HA 3FATA 2O51A 1URGA 1A54A 2OWTA 4DCXA 4H0WA 3FVOA 4C1TA 4GQOA 1HSLA 1OQHA 4GD5A 1B9JA 2ZYKA 1MXZA 1XS5A 4O3BA 3PGFA 3A09A 1SYHA 1B0HA 5FTIA 4ELQA 2V25A 2G93A 4JWXA 4H65A 4R2BA 2D3IA 1LCFA 4EF1A 3RT6B 1M5BA 1Y1ZA 2UVIA 5JTYB 1USYE 1IXIA 3GZGA 3IL1B 3U1OA 2HZLA 4O3CA 1QVSA 3USDA 2RF1A 2XXYA 4PFUA 3PUWE 2HFBA 4Q8RA 3TZAA 3FGSA 3FVKA 2XXXA 5L9OA 4X1DA 1LAFE 1UQWA 4OESA 2QL3A 2QMWA 2I4BA 2O7UA 4IY6A 4GOTA 2Q2CA 3TELA 3C35A 5I2NB 3LSLA 3OO9A 3QIMA 3TQLA 3TTLA 2UVHA 1MG1A 2HXWA 3FUZA 2ZYOA 3TEPA 1LB9A 5CMKA 3ZSFA 2H99A 3KN3A 1B3LA 3IO6A 3EHUA 2F5XA 1MQDA 5TP9B 2FA7A 2RINA 5EYFA 4PETA 4IGTA 2ESNA 3VV5A 3PUYE 1LFHA 1FQCA 3FV1A 3O66A 4EUOA 3PUZE 3VVFA 3RQTA 1B4ZA 3BFUA 4R75A 1N0TA 4DIGA 1TT1A 3PD8A 3WAFA 1FQBA 1JVYA 4G8MA 2W7YA 4QFKA 3BKIB 2ZXTA 3MP1A 3HN0A 3MQ9A 5CBRA 4KHZE 1Y3PA 1POY1 1P99A 4F1YA 2GHAA 4IY5A 2Y7PA 3CG3A 5KCJB 4POXA 1VE4A 3O2AA 1MY1A 3EHTA 3ONMA 5H8NA 5L8DA 3UA8A 4ZEFA 3Q25A 4OWDA 1JW5A 5DTBA 4ZE8A 1MPCA 4R6HA 5A5XA 1DTZA 1BIYA 2Q88A 4EDPA 5DEXB 4LATA 3M8UA 1PB8A 3MVWA 5FHMA 1MXUA 1JW4A 4F3GA 3PUXE 2PX1A 4KCDA 2O69A 5I56A 2AIXA 3E9XA 4PP0A 1GVCA 4XKPA 1FQDA 1H3DA 3OD7A 4WKMA 2F6PA 3MPLA 3SEXA 5ISUA 1B5JA 2XXVA 2RC7A 4AB6A 2VGQA 3H6WA 4JDFA 3UIFA 4ESXA 1FQFA 4OERA 5H8SA 1NL5A 3O6GA 4OQOA 4OXVA 3MZ1A 4NF5A 3FXUA 3SEWA 5I57A 4KYSA 4DLDA 2UXAA 4NTLA 4KYDA 3UGWA 2B3FA 3W9VA 3ILUB 2DOJA 1MY3A 2YJPA 1QUJA 3KN8A 4POWA 5ICTA 3Q29A 1SI0A 3RNNA 1PBPA 1IQ7A 1IZ1A 5CC2A 5IKBA 4LVQA 4YB7A 2QRYA 2REJA 4YAHX 4BLAA 3KSXA 4PE5B 4ZECA 1FQAA 1UIVA 4C0RA 3OO7A 4N07A 4NF6B 1Y3QA 1KWHA 4U21A 3G3IA 2ANJA 3W9WA 4IO3A 3IAZA 4GL8A 4ND9A 3FVNA 3Q26A 5AA2B 2OJTA 2F7AA 3CSGA 4GL0A 4F3BA 4UACA 3SESA 2XXTA 5JEIA 1P1NA 1LBBA 3C9HA 3MP6A 4X48A 4GWOA 1UTBB 4LQ5A 1ATGA 4R72A 2Z23A 1SQYA 5DVIA 1B46A 4Z7EA 4PFYA 5KZTA 1RKMA 1SI1A 1B5HA 4Z0IA 1VFEA 4C1UA 4NF8B 3K1PA 4F3SA 3MAMA 5AA4A 5K2YA 3JYRA 3V8XB 2XXWA 1US4A 1YAEA 5KDTB 3ZKKA 2UVGA 2CZLA 5I59A 2Q9TA 3IX1A 2GH9A 1EZOA 1Y4TA 2KLFA 2Q8JA 3T9VA 4YKKA 3VLWA 5DYHA 1WVJA 2R9JA 3TUSA 1AMFA 1A40A 2QS2A 3VVDA 4XTCQ 2F7BA 3TAJA 3TKDA 1D9YA 2ONSA 2GFEA 4ZE9A 1IXCA 3DM0A 4DDDA 3DP8A 2UYEA 4U22A 2DWAA 4HS7A 3ZS6A 1SW1A 2QS3A 3QK6A 2ZNTA 3IOVA 4R74A 3PPRA 4AB5A 1A7LA 1H44A 2OWSA 2F35A 4KPTA 1URSA 1MQJA 2A5TA 4PFWA 1SYIA 1N7WA 3OSQA 1FQEA 5IAIA 3S9EA 1SW2A 4NE4A 1B7UA 4EXKA 2PBWA 4G68B 2BJJX 2O84X 1B3FA 4LQ2A 3MZBA 4DZ1A 2DWJA 3HHFA 3E4RA 1RYXA 4TQUQ 1A8EA 1MY4A 4KR5A 1M5CA 1H43A 1MXWA 2Y84A 4JB7A 3DLNA 3T9HB 2VD3A 4E0XA 3IJOB 1Y3NA 3H6VA 1TFDA 4F39A 3HO7A 1R6ZA 4FEBA 1NNPA 1OLAA 4O3AA 1O64A 2XHDA 1LB8A 3IOTA 3MP8A 5ITOA 3TQWA 3U94A 3SERA 3GLBA 5AA1A 4YKIA 2ALUA 3K01A 1B2HA 3OEKA 5TP9A 1MS7A 1RYOA 3C34A 3QSLA 1D3KA 2ABHA 1B7HA 1IXHA 4HCYA 1NKXA 3RN8A 4OFJA 4DCYA 2B3BA 3K6UA 3C36A 3O9PA 3MVZA 1N7XA 5F7VA 2O68A 2IA4A 3G7WA 3K02A 1B3EA 3OELA 3PPQA 2AL5A 4OEUA 3B7DA 1QULA 4I8CA 3Q27A 2VD2A 3K4UA 2ZYNA 3PPNA 4NWCA 1B5IA 1I6BA 3K00A 3S2VA 3KBRA 3KJ7A 3TYHA 1Q1KA 5B7DA 3CG1A 1PBQA 3N6UA 4LUBA 4F31B 1URDA 3R6UA 4ZZEA 1MXYA 3IJXB 3K1MA 4KD5A 1FTMA 3CFZA 3BFTA 2R6GE 1PB7A 1OVTA 2DS9A 4GRKA 1LCTA 1NNFA 2Z8DA 4ZS9A 3OOAA 2P0SA 1VR5A 3MW0A 3ZKLA 5FTHA 2HAUA 5I58A 4KI0E 5EHMA 3TTMA 3C31A 4RYAA 2LAOA 1NFTA 5DEXA 3FD3A 4QRZA 1Y9UA 3O28A 2FYIA 1OVBA 3G3HA 4DXUA 3SETA 3IB2A 1MXVA 4GXAA 1B1HA 1AL3A 2UYFA 1R1NA 4TLLB 4G8NA 2OK2A 4TLMB 1ZKBA 5BWJA 4JBZA 3O29A 2I6EA 2NOOA 3TPAA 4QSCA 1US5A 3V83A 1WODA 4KQPA 4IO7A 3WAEA 1JQFA 4N6PA 3C33A 4RK9A 3KG2A 3PMXA 2ONRA 1S9TA 3H03A 1B05A 3I3VA 3C4MA 1TFAA 1MM6A 1QJMA 4DE8A 3O97A 3H7MA 4RPOA 2Y7IA 5HM4B 2XXUA 2RCAA 2RC8A 5TPAA 3TCFA 1JVXA 4ZDMA 4KYEA 1WDNA 3K2DA 4H8JA 1Y4CA 3E3KA 3VDFA 4F3PA 3QYTA 4MFIA 4OYVA 2RC9A 5H8HB 3M3KA 3KEIA 2UVJA 3KGCA 5H8FA 5AE4A 4NF6A 1UTHB 1SBPA 4P0IA 2X7QA 1LFGA 3MC2A 3LSFB 3C32A 4ZEBA 1P1QA 4IO5A 4Q5TA 3N26A 3FJMA 3VFJA 1R9LA 2I0BA 4THIA 2F97A 1P1OA 1XVYA 4YMBA 4F29A 3IO4A 5ELVA 4N13A 1M5EA 2QS4A 3CI8A 1FTOA 5JK4A 2DE2A 2OBGA 2XXQA 4EQ9A 4UA8A 3HV1A 2I48A 4FAJA 2NVUB 1JW1A 3T66A 3HHGA 3RT8A 3D4CA 1HSJA 3JZJA 1P1UA 4X9TA 3T9XB 2F34A 3TFLA 3TTKA 1QUIA 2Z22A 1MPBA 4U1OA 2X26A 3A3CA 3SKPA 4LZ7A 4RY1A 5I56B 1BTJA 4HW8A 1R9QA 1SW5A 3OO6A 2ZMBA 4EQBA 4JWOA 4NMYA 2H9BA 3QUFA 4PQJA 1LFIA 4LZ5A 1VFDA 3TMGA 2AL4A 2DP8A 1D4NA 3H6TA 3K0VA 2DQVA 3R26A 2Q2AA 1N76A 3EF7A 2FNCA 2V3QA 2Y7RA 1IIWA 2D5WA 4QFOA 2DWIA 3LUYA 2V93A 4QFLA 4H1XA 3MBPA 1MRPA 1VSOA 4NF5B 4YZZA 3G3FA 4ISUA 5I57B 4LONB 1ZIUA 1MH3A 4FATA 3RPWA 1JNFA 3K6WA 4G8HA 3A3UA 2DVZA 3THIA 2DE3A 1HSEA 3B6WA 4R2FA 4BDNA 4ZEDA 3U93A 4G77A 1MDP1 4LP2B 4R73A 4ZZAA 2QPQA 4NF4A 4YB5A 5CRYA 4F19A 3VXCA 3QUJA 3G3JA 3L6GA 4OMBA 4HCWA 3KOSA 3D4GA 3AXFA 4EXLA 1ZMGA 2PT1A 4FEDA 4NWDA 1H76A 1NNTA 3DP6A 2Z8EA 4BDQA 2F7CA 1MQIA 3VLUA 4F1UA 2HCAA 3OXNA 4FECA 3RUMA 1LLSA 4XKRA 3RY3A 2XX8A 2I3VA 3LBSA 1TWYA 1PDAA 4K3FA 4QSDA 3G3GA 3P7IA 3TODA 4G2ZA 3E13X 4OEVA 4F22A 2P2AA 3QXMA 1QW0A 5ICQA 1PEBA 5AA3A 1N3XA 4QF9A 2QS1A 2WKYA 2M8CA 4WEPA 1SD3A 2I49A 3QAXA 5I2KB 3MVYA 1Y20A 1ZBMA 1MY2A 3HPIA 1B51A 5DVFA 2PYYA 1IEJA 3TTRA 3SDFA 3FJ7A 1ZU0A 3HCQA 3G3KA 2A5SA 2XX9A 5JTYA 4DXBA 5K2XA 4YB6A 2XXPA 4H5GA 4AQ4A 3U92A 2O6AA 3CFXA 3EHSA 2D21A 3R7XA 3B6QA 4WXJA 4H6DA 3K6XA 4H5FA 1LAGE 3T93B 2H98A 4YMAA 4QFNA 5I2NA 1LAXA 3HSTA 1S7YA 3V5AA 3RLFE 1USYH 3O6HA 5AA2D 2QJEA 4IO2A 3GBBA 3RGYA 1O7TA 1Q35A 3Q28A 3IB0A 4MLVA 1XT8A 4BDRA 3IORA 3FXQA 2NWJA 1DPEA 4EQ7A 1GR2A 3IB1A 1YPNA 1O63A 2HQ0A 2YPNA 2A5TB 2RCBA 4F2OA 3K1NA 3N94A 5M2VA 5LOMA 1DTGA 3GXAA 1ELJA 1A8FA 2V3TA 3ODBA 3M3FA 3H6UA 2ZNSA 3CR9A 1JEUA 1TXFA 2CMOA 1POTA 3T22A 5H8QB 4OENA 3KZGA 1FTKA 3UN6A 3K6VA 4EF2A 1BKAA 2RKMA 1LSTA 2F8DA 2F78A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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