3Q27A

Cyrstal structure of human alpha-synuclein (32-57) fused to maltose binding protein (mbp)
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
396
structure length
390
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSVLYVGSKTKEGVVHGVATVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of segments of alpha-synuclein fused to maltose-binding protein suggest intermediate states during amyloid formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein/alpha-synuclein chimeric
molecule tags Sugar binding protein, protein fibril
source organism Escherichia coli
total genus 126
structure length 390
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q27A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q27A01
1MQDA 1TT1A 3L6HA 3A09A 4U4XA 2F6PA 2HAVA 5KCJB 1LFIA 2REJA 4OEUA 2DXYA 1HSJA 2DWJA 1N3WA 2BJJX 3FJMA 1R6ZA 4WEDA 1LGBC 3ILUB 2NXOA 1NMUA 1OIBA 1Z7ME 3H06B 3IX1A 4F3GA 4KHZE 3CSBA 1ZKBA 5ITOA 1SW5A 4XKQA 3IO6A 1US4A 1SDXA 1BLFA 1N76A 4ZEBA 1MM7A 4K3FA 1URSA 4BDQA 2ZNSA 1MQGA 4DXCA 2D5WA 3TTNA 2RC8A 2Y7IA 4YMAA 3KSXA 1FTKA 4F1VA 2F6GA 1MY3A 3S2VA 5I2NA 3HV1A 1IXGA 5K2YA 2ZYMA 1MH3A 4GF8A 2ZYOA 1OLAA 3LUYA 2V93A 2YLNA 1ANFA 2REGA 4G4PA 1FTLA 1FQDA 4G8HA 4POXA 4M1VA 3U92A 4RPOA 1FQFA 3U8QA 4OFOA 2I4BA 1B58A 3FJGA 3KSJA 3OSQA 1M5FA 2DE2A 2IA4A 3LR1A 1QKBA 1IXIA 1VSOA 4NWCA 3V5AA 3FVKA 1IEJA 3UP9A 4QFOA 3HSTA 4JWXA 3Q26A 3MP6A 3Q29A 5A5XB 3IK6B 2ONKE 5I56B 3O2AA 4HTGA 4ECFA 2X7PA 1B05A 1UTHA 3QAXA 2DE3A 3PPRA 3HHFA 3MAMA 4OERA 3PV0E 3EQ1A 3OELA 4GL0A 2H9BA 3MUQA 4UA8A 3TTMA 4FAJA 2OZZA 4R73A 2RINA 3SDFA 4LA9A 3BBRA 1B3GA 4GVOA 2ESNA 1ELJA 3VLUA 1N7WA 1MDP1 4OQOA 4DXUA 1S7YA 3IORA 4YICA 2ALUA 1O7TA 1CE2A 2O7UA 5AA4A 1I6QA 1OQGA 4RY1A 1MS7A 4JWOA 1H3DA 1LLSA 1Q35A 1YAEA 3CFLA 4N6PA 5B70A 1EZPA 3KN3A 5I2KA 1B2HA 3ECRA 4PP0A 3TKDA 5H8FB 5TP9B 1POY1 5JEIA 5L8DA 2NUVA 2Q2AA 3T66A 2I58A 3PUWE 3KJ7A 3TCGA 3S9NC 3VXBA 2A5SA 4THIA 2UVIA 1CB6A 4X1DA 3VLVA 3CIJA 5KCJA 1Y1MA 3ZSFA 3B6TA 5DYHA 1YCJA 4MF3A 1Y3QA 1DPEA 1TXFA 2V3UA 4YB7A 2VP1A 5EHSA 1Q1KA 3S4UA 4H0WA 1LAFE 4XXUA 3MPLA 4RPNA 2PBWA 1QKAA 1JQFA 2QMWA 4PFUA 3TAJA 1IXCA 3FXRA 5ICTA 4LATA 1OVBA 4EQ9A 2ZNUA 4LQ5A 3CG3A 2Z8FA 4R9FA 1XHYA 3R6UA 2DE4A 3MQ9A 2PT1A 2I3VA 2F36A 3PPOA 3MW0A 1DOTA 4YU0A 1D3KA 1FQCA 2FA7A 1NNPA 1A7LA 1B51A 5FHNA 4OETA 3MBPA 1OVTA 2PX1A 3KZGA 4U22A 4G8NA 1B9JA 4KFQA 4P0GA 1L5TA 2UVHA 3DELB 3H4ZA 4XIGQ 4XKPA 5DVFA 1DTZA 2KLFA 4YB5A 1AOVA 3RT8A 1PBPA 1SVXB 1A54A 1MQHA 2ZXTA 1MY4A 2I4CA 3MWBA 4DDDA 1JETA 2LAOA 3MVXA 2XXTA 3K1PA 1IIWA 1WODA 5A5XA 2ZNTA 4H5GA 5I56A 4PETA 2Q9TA 4EF2A 4TQUQ 2UYFA 3KGCA 4MLVA 2D21A 3QSLA 3K01A 2GRVA 2Q8JA 3E4RA 2RCBA 3TMGA 1DMBA 3FVGA 4IY6A 4DXBA 4ELQA 1NL5A 1H44A 4X1BA 1B32A 1D9YA 1AH5A 2DS9A 3KFMA 4YZZA 3RUMA 1FW0A 4GXSB 4OFJA 2UVGA 3V8XB 4C1UA 1O63A 1N7XA 3UGWA 4F3SA 1B52A 2M8CA 4KCDA 1H76A 1MQJA 3C33A 5H8QB 3K1NA 1N04A 2FNCA 2I49A 2R6GE 5DVJA 3OO9A 5CRYA 4BDRA 3VFJA 4G8MA 1JW5A 3VE1B 2DWIA 4O3BA 1PB9A 2XXHA 5H8FA 2CZLA 3SEYA 5TP9A 2FYIA 5M2VA 2RKMA 2H99A 4JSDA 3D4GA 4U1OA 3VVFA 1S9TA 3LSLA 3EF7A 4NF4B 1MG1A 4FJPA 2VD2A 1MDQA 4KD5A 3SERA 1MXXA 4RK9A 1B4HA 1MXYA 2UXAA 4HS7A 4GFRA 5HBCA 2V25A 1EU8A 4KPTA 4DIGA 4XTCQ 3V89B 4E0XA 4R74A 2ONRA 3OD7A 1MQIA 1MPBA 5ICQA 1M5EA 1MM6A 3M8UA 4Q30B 5L9OA 3SESA 2AL5A 3SKPA 1SYIA 5EYFA 1M5BA 2DYXA 3VVDA 3IL1B 3PMVA 1D4NA 2XD3A 4ESXA 3ZKLA 3HN0A 5AA2B 1B5HA 1B3LA 4JB7A 5B7DA 3PGFA 3FGSA 4QF9A 2RC9A 5HPQA 1Y9UA 3G3HA 4R6KA 3QK6A 5TPAB 3A3CA 4KI0E 4QHQA 4DCYA 1QW0A 1O64A 1H43A 3MPKA 3VV5A 3GZGA 3B7DA 4GD5A 2O84X 3BKIB 5L9MA 3QIMA 1YTVA 4JBZA 4OYVA 2VOZA 4XKRA 4GL8A 1HSEA 3RT6B 3LSFB 3SEVA 5K2XA 4F2QA 3CFZA 3RPWA 3TEPA 3IOWA 1SW1A 4YAHX 1P1OA 1LB9A 3LBSA 3P7IA 1URGA 3S9MC 2Y7WA 1FTJA 3S9LC 2ONSA 3DLNA 1B4ZA 3I5OA 1MXUA 2H98A 1QVSA 3PPPA 4R6YA 4ISUA 2WKYA 4I1DA 3AXFA 2QJEA 5KZTA 2XX9A 3PPNA 1UIVA 3A3UA 2F7CA 3D4CA 3FUZA 4ZEIA 5H8SA 4PFYA 3Q28A 4MBPA 3DP8A 5H8QA 2OK2A 3H7MA 1B1HA 2ABHA 3QXMA 3KN7A 1FQBA 4WEPA 4NMYA 2ZMBA 1LB8A 3RGYA 4HW8A 3G3IA 5IKBA 3TZAA 3FZVA 4PFWA 5KDTA 2O7IA 3K1MA 1P1NA 3OENA 5FHMA 2QRYA 3N94A 4KQPA 4QFPA 3HPIA 3UA8A 4NF4A 5FTHA 3QUJA 1GTKA 3GBBA 1DTGA 4EF1A 2Y84A 4OENA 2O1MA 3CFXA 3SEUA 1OMPA 3T22A 1B5JA 4ZZAA 1IZ1A 1SYHA 1B0LA 3TTKA 2XXUA 1QUIA 5ELVA 2AYSA 3G3FA 2PMSA 3MVWA 2XXPA 5IAIA 5ITPA 4H65A 1TWYA 4RXLA 2B3FA 3TTLA 5JTYB 2AL4A 2CMOA 3G7WA 5AA2A 4NF8B 2ANJA 1LAGE 5CC2A 1B3HA 4G68A 2HZKA 3CSGA 5TPAA 3SETA 2HXWA 3FASA 4FATA 3K2DA 1ZU0A 2VHAA 1A99A 3SEXA 4YKJA 3IB1A 2HZLA 4BDMA 4U4SA 2I3WA 4QSEA 4R2BA 4BDOA 2XHDA 1RYOA 4BDNA 3O29A 4TOZA 5I59B 2Z8DA 1Y3PA 1IUDA 3B6WA 4X9TA 2QMXA 1ATGA 3R7XA 5H8HA 3TODA 2Z8EA 4IGRA 2G29A 4NEDA 3WAFA 3H6UA 3M3KA 1B0HA 2OLBA 4H5FA 3RLFE 3FVOA 3O66A 4HCWA 3C35A 4ZS9A 5CI5A 4GRKA 4TLMB 1LFHA 2X7QA 4GWOA 1XOCA 2B65A 4YB6A 3N5LA 3N26A 4NF5A 3RTWB 5CBRA 4ZEKA 5BUUA 2RF1A 1QJMA 4WKMA 4C1TA 3JV9A 1LAXA 1SBPA 3O6IA 1I6BA 5I58B 3KOTA 3H6VA 1WVJA 3T9XB 3BFUA 4O3AA 5CMBA 4LZ5A 4ELRA 4LQ2A 2E0SA 5DTBA 3MJNA 1PB7A 2O1LA 2V3TA 3TYHA 5DVIA 3T93B 3RN8A 5TU0A 3TCHA 4KR5A 2F78A 4I8CA 4OZ9A 4R9GA 1MPDA 5ISUA 1BP5A 3PUVE 1USYH 1PC3A 1XVYA 4OFLA 3T96B 1EH3A 1R9QA 3LSWA 4ZZEA 3OO8A 2XXIA 1LBCA 3PU5A 1N3XA 3MVZA 1P1QA 3U93A 2GH9A 4NE4A 3TQLA 1XS5A 4F29A 4Z0IA 1P1WA 4U21A 1XC1A 4IY5A 1NNKA 4EXKA 4QFKA 2NVUB 4Q0CA 4F3BA 3O97A 1SQYA 4LZ8A 4IO4A 2QS4A 2I48A 3DP6A 3T9VA 1B1XA 2QL3A 1USYE 5JTYA 4RA1A 4U2RA 4I62A 3U94A 4ZECA 4R6HA 4NF8A 1I6AA 1P1UA 3TUSA 1B7HA 3ZS6A 5HM4B 4YKPA 2H25A 3H6WA 5KDTB 3KG2A 3T9HB 2HQ0A 2QSXA 1OQHA 4H67A 4N07A 3QYTA 2OBGA 5I59A 3PMXA 4IO7A 3S9EA 3MP8A 3U1OA 3UIFA 3PUXE 1VR5A 1LCFA 3I6VA 2H5YA 3O6HA 4Q5TA 4FEBA 1SI0A 2X26A 4EQ7A 3LSXA 2Z23A 4QFNA 3OXNA 2OWTA 1J1NA 2XXXA 3O28A 1LAHE 3GBAA 2O6AA 3Q25A 1OLCA 4N13A 4DCXA 2P2AA 1LSTA 1UQWA 4G68B 4HCYA 4AB5A 4KCCA 4Q8RA 2GHAA 3SEWA 1II5A 4P11A 4KYEA 4NWDA 3FATA 3KEIA 1NNFA 2THIA 3GLBA 5I58A 4OXVA 1Y4CA 1B40A 3K4UA 2D3IA 3C34A 3MZ9A 5CBSA 2XX8A 2P1SA 2O69A 2XXVA 1SI1A 3CRBA 5F7VA 3LC8A 4OWDA 3TTRA 3CG1A 1FCKA 2UYEA 1SW4A 5H8HB 1URDA 5DEXB 3R26A 3RQTA 3OOAA 5AE4A 4EQBA 5J1DA 4AQ4A 2Q88A 5CM6A 5AA1A 3M3FA 4TLLB 3C32A 3HO7A 5LOMA 4QFLA 1YPNA 2A5TB 1MH4A 4QRZA 3EHTA 5CMCA 3G3JA 5AA2D 1D9VA 1M5DA 2IEEA 4LZ7A 4UACA 4NF5B 1BIYA 3EHSA 1TFDA 2DWAA 3C31A 4JXIA 4H1XA 4DLDA 3PUZE 3EN3A 4PE5B 1RKMA 4C0RA 3VVEA 3C9HA 3UORA 4RNSA 4NF6B 3IO4A 4GOTA 1EZOA 1LCTA 3PPQA 5JK4A 1JEUA 3F11A 3K6XA 4F3PA 1NKXA 4LONB 1Y3NA 1PBQA 4GQOA 1XVXA 3HCQA 3W9WA 4PQJA 3ZKKA 3B6QA 4MLQA 4F31B 3FV1A 2DVZA 2F97A 1B5IA 3O9PA 1FQAA 5DT6A 5FHOA 4U23A 3MZBA 1DPPA 5H8NB 1NH7A 1JVYA 1P99A 2HCAA 3IOVA 3K00A 3FIRA 1A8EA 4AB6A 1ZBMA 1I69A 2Z22A 3PMWA 3RTFB 4G77A 1EZ9A 2F5XA 1IITA 4RYAA 3IB0A 3VDFA 2HFBA 3G3KA 3E13X 4JSOA 3VXCA 1Y20A 2B3BA 4ELPA 1SW2A 1PDAA 4EDPA 3H3GA 1IXHA 3PD9A 4M4GA 5F1QA 4ZE9A 2I0BA 4OESA 4R75A 3E9XA 4IO5A 3W9VA 3EPEA 3HHGA 3GXAA 4GIZA 2E1SA 3UK4A 1SD3A 2F8DA 4G68C 1MXVA 3MVYA 2NOOA 3VLWA 3OSRA 2G93A 1F9BA 3UN6A 4O3CA 1MXWA 3V83A 4ZE8A 1DSNA 4XKNA 3FVNA 4KYDA 4H8IA 2R71A 3W15C 4DZ1A 4JDFA 5L9SA 4YKIA 2QS1A 2R9JA 1Z7NE 1VFEA 1GVCA 4MFIA 1LFGA 2DOJA 2YJPA 4QSCA 4YKKA 3IOUA 3ONMA 4FECA 3MP1A 4NTLA 4ZEDA 3PUYE 3TELA 1A8FA 1Y1ZA 3IAZA 1NFTA 1VFDA 1B6HA 2ZYKA 3EHUA 2Y7RA 4E0WA 1ZIUA 5I57B 4RJZA 4IGTA 3TDJA 1S50A 1PEBA 4OHNA 1AL3A 4L17A 2OCUA 2NWJA 1UTBB 1JNFA 2VGQA 4IB2A 3G3GA 4LUBA 1B7UA 4F22A 4FORA 3BFTA 5DEXA 3OEKA 3L6GA 2VD3A 2F7BA 1TFAA 4ESWA 3OEMA 3CR9A 4H8JA 4FIMA 3JYRA 2PVUA 3FJ7A 1AMFA 2I6EA 1IQ7A 2XXRA 1A40A 3MC2A 3MZ1A 4ELOA 2F35A 4F19A 2OWSA 1VE4A 2Q2CA 3OO6A 2A5TA 4EUOA 5CMMA 4EXLA 3RY3A 1R1NA 2GFEA 4ZDMA 3QUFA 3N6TA 2QS3A 1B7ZA 1Y4TA 4IO6A 1QUKA 3PD8A 3IJXB 4H6DA 4IO2A 1QULA 3ODBA 4PFTA 1BKAA 4NF6A 1GV8A 1PB8A 2AIXA 5FTIA 3OMBA 3FD3A 1MY1A 3WAEA 2HAUA 5CMKA 1H45A 2H4IA 1LBBA 1HSLA 1JW4A 1JW1A 1R9LA 1MXZA 2GHBA 4DE8A 4F1UA 2XXWA 4ONYA 5H8NA 4BLAA 4U1ZA 2F7AA 1B46A 1FTMA 1MRPA 3RNNA 2P0SA 1UIUA 3K0VA 5AA3A 3CI8A 2XXQA 3TFLA 3I3VA 2O51A 2F34A 4R2FA 1MPCA 2Y7KA 1B3FA 3T9UA 1WDNA 1NNTA 2DSFA 4Z7EA 3KJTA 2UVJA 2XXYA 1M5CA 2RC7A 3IJOB 1N0TA 5I2NB 4F1YA 3IB2A 4ND9A 3KBRA 4MH5A 1ZTYA 2Y7PA 4KYSA 1RYXA 3E3KA 5BWJA 2XD2A 3FV2A 3TPAA 1A55A 4RK2A 4OVJA 1MY2A 3ILTB 4LP2B 2PT2A 3K6VA 1FQEA 4P0IA 1FTOA 3TQWA 1GR2A 1XT8A 1ZMGA 2DVCA 1ZLQA 2Q89A 2I0CA 3K02A 4GXAA 2V3QA 4QSDA 2V84A 3CVGA 3FXUA 2XX7A 3TCFA 2DP8A 4ZEFA 3M3LA 1T0KA 3N6UA 1JEVA 4FEDA 4X48A 1MY0A 4WXJA 5I57A 4OEVA 1POTA 1JVXA 1B3EA 4F39A 2QS2A 4LVQA 4FE8A 1N84A 2QPQA 1UTBA 3JZJA 5EHMA 2DWHA 1UTHB 2RCAA 3K6UA 3KN8A 1KWHA 2DQVA 3U72A 3IR1A 1GGGA 4IO3A 5I84A 3IOTA 3THIA 4JWYA 4F18A 2ZYNA 2HEUA 3H6TA 4YMBA 1ZJLA 2DXRA 1AIVA 3DP4A 3USDA 4OMBA 3FXQA 4BDLA 3C4MA 3Q27A 2O68A 4OTEA 5AA4B 4I9DA 3DM0A 3OO7A 3KOSA 2PYYA 3C36A 1QUJA 3H03A 4G2ZA 1BTJA 1US5A 1NH8A 4GLIA 5I2KB 2W7YA 4F2OA 3O6GA 2YPNA 3K6WA 4R72A 4POWA 2OJTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MQDA 1TT1A 4O94A 4MJOA 3L6HA 3A09A 4U4XA 2F6PA 2HPGA 2HAVA 5KCJB 1LFIA 2REJA 4OEUA 2DXYA 1HSJA 4NHBA 2DWJA 1N3WA 1EYJA 1NV7A 2BJJX 4PF6A 3FJMA 1R6ZA 1LBVA 4WEDA 1LGBC 4P8BA 3ILUB 2NXOA 1NMUA 1OIBA 1Z7ME 4NX1A 3H06B 3IX1A 4F3GA 4KHZE 4NG7A 3CSBA 1ZKBA 5ITOA 2PCRA 1SW5A 4XKQA 4AS4A 3IO6A 4N8GA 1US4A 1SDXA 1BLFA 1N76A 4ZEBA 1MM7A 4K3FA 1URSA 2PFZA 4BDQA 2ZNSA 4GX4A 1MQGA 5EYGA 2D5WA 4DXCA 3TTNA 2RC8A 4LN5A 4DI3D 2Y7IA 4YMAA 3KSXA 1FTKA 4F1VA 2F6GA 1MY3A 3S2VA 5I2NA 3HV1A 1IXGA 5K2YA 4PFRA 2ZYMA 1MH3A 4GF8A 2ZYOA 1OLAA 4FBPA 3A29A 3LUYA 2V93A 2YLNA 2XA5A 1ANFA 2REGA 1FPJA 4G4PA 1FTLA 1FQDA 4G8HA 4POXA 4M1VA 3U92A 4RPOA 2WEFA 1FQFA 3U8QA 4OFOA 2I4BA 1B58A 3FJGA 3KSJA 3OSQA 1M5FA 2DE2A 2IA4A 3LR1A 1QKBA 2KR0A 1IXIA 1FPDA 1VSOA 2FBPA 4NWCA 3V5AA 3FVKA 1IEJA 3UP9A 4QFOA 4GWUA 3HSTA 4JWXA 3Q26A 3MP6A 3Q29A 5A5XB 5EQ7A 3IK6B 3RPLA 2ONKE 5I56B 3O2AA 4HTGA 4ECFA 2X7PA 1B05A 1UTHA 3QAXA 4IR8A 4GWZA 4PC9A 2DE3A 3PPRA 3HHFA 4GWWA 3MAMA 4OERA 3PV0E 3EQ1A 3OELA 4GL0A 2H9BA 3MUQA 4UA8A 3TTMA 4FAJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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