3Q27A

Cyrstal structure of human alpha-synuclein (32-57) fused to maltose binding protein (mbp)
Total Genus 126
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
396
structure length
390
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSVLYVGSKTKEGVVHGVATVA
50100150200250300350300200100
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
TIV9 (271-274)TVIII1 (1-4)TII1 (4-7)S1 (8-11)S2 (36-39)EMPTYTVIII2 (58-61)AH1 (18-32)TI1 (13-16)S6 (107-112)O1 (16-18)AH12 (288-297)AH11 (274-284)AH2 (44-53)AH3 (67-74)TI2 (64-67)S15 (259-267)AH14 (335-353)S5 (103-104)AH4 (84-89)AH5 (92-98)S4 (99-100)TIV2 (99-102)S16 (302-303)AH13 (316-327)S7 (115-119)TI4 (120-123)TI3 (119-122)S13 (250-251)TI5 (129-132)TIV8 (250-253)AH6 (132-143)S8 (146-149)TVIII6 (221-224)TIV4 (151-154)3H1 (155-157)AH7 (158-164)TIV5 (164-167)S14 (254-255)TI7 (183-186)AH15 (358-370)S10 (176-183)AH9 (211-220)S11 (223-228)AH10 (233-238)3H2 (230-232)S12 (243-246)S17 (329-330)TI9 (268-271)TI10 (305-308)TIV11 (300-303)AH16 (382-385)TIV1 (41-44)S3 (60-64)TIV7 (203-206)AH8 (187-202)TI8 (206-209)TIV10 (284-287)TVIII7 (354-357)S9 (168-173)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Sugar binding protein, protein fibril
source organism Escherichia coli
publication title Structures of segments of alpha-synuclein fused to maltose-binding protein suggest intermediate states during amyloid formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein/alpha-synuclein chimeric
total genus 126
structure length 390
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q27A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q27A01
4ZEFA 1JVXA 3BKIB 4QF9A 4HCYA 1LAFE 3T9VA 1IXGA 2M8CA 4C1TA 1M5EA 4YMBA 2BJJX 3C31A 1SW2A 4ZEKA 3OELA 4TQUQ 4EQ9A 2QPQA 2O84X 3ZS6A 4F29A 3TTMA 2Y7PA 4PFTA 5CM6A 1FCKA 2ZNSA 3MC2A 1MG1A 3K01A 5AA4A 2I3WA 2OK2A 5CMBA 5H8QA 3C33A 3OEKA 2I6EA 3TODA 5F1QA 3RY3A 4E0WA 3TCGA 4ELRA 2LAOA 1HSLA 3MZ9A 1MXWA 3K1NA 1MXVA 1FQDA 4ZE8A 4LQ5A 4YU0A 1P1NA 1D9VA 4F1UA 4R2FA 4U23A 5M2VA 5ITPA 4KPTA 4PE5B 2O51A 1S9TA 1I6QA 5I58B 1OVTA 4OEUA 2Z8DA 4QSDA 4NF6B 3IO4A 4KHZE 1MQGA 3SEUA 2HXWA 3KG2A 4H0WA 3FV2A 1B6HA 3LSFB 3O97A 5F7VA 3MVZA 5JTYA 2GFEA 3VDFA 2AIXA 3PUWE 1JEVA 1ATGA 4OWDA 4RA1A 3KN7A 3FJ7A 3KSJA 4JWYA 1BTJA 5BUUA 3OOAA 4I1DA 3EHSA 5TU0A 3IORA 2FNCA 5ITOA 2NVUB 3G3IA 1UTBA 1B7UA 4IO6A 1ZLQA 4WXJA 1Y1MA 2B3BA 2H4IA 1B7ZA 4ZZEA 3B6WA 1O63A 3ZSFA 4AB5A 4YKJA 3H6WA 1LAHE 1R1NA 4QSCA 1QKBA 1QJMA 3OEMA 4NF4B 2IA4A 4IO3A 4KD5A 5K2YA 4RK2A 1NFTA 2XHDA 1M5FA 2RF1A 1N0TA 4ZEBA 1FQEA 4YICA 1LFGA 4X48A 2KLFA 1B58A 4OHNA 4JWXA 2Y84A 3W9WA 3K6UA 4GFRA 2B3FA 2YPNA 3PMWA 4R9FA 2PYYA 1LCFA 1A55A 2D5WA 1YPNA 3O29A 3MVXA 4MLVA 1MRPA 3MVWA 4JSDA 5IAIA 1AIVA 1GVCA 3KEIA 1ZIUA 2OZZA 2XX7A 2ONKE 1SW5A 2W7YA 2RC8A 3IB1A 4PFUA 1D4NA 2Z22A 3UGWA 4FAJA 2I0CA 2ZYNA 4YKPA 1MY3A 3EHTA 4L17A 2H5YA 3BFUA 4RJZA 2DYXA 4OETA 3QXMA 2ONRA 3GLBA 4G4PA 4K3FA 1TFAA 3CG1A 2ALUA 1LBBA 1B0LA 3DP8A 1LCTA 4RYAA 1N76A 3K6XA 3Q29A 4JBZA 3K4UA 4GIZA 1YTVA 4YB5A 1Q35A 5JEIA 2PMSA 1SYIA 1P1QA 4Q0CA 2O1MA 1VSOA 1B2HA 3G3FA 4OXVA 1JETA 1LBCA 4BLAA 3EQ1A 1B0HA 4ELOA 2HZKA 3ECRA 3H6TA 3B6QA 4LUBA 4P11A 4IO5A 1SI0A 4ZEIA 4F3PA 1B3FA 1URDA 3FVKA 3U93A 4OENA 1B5HA 2XXHA 4IO2A 3PUZE 2RKMA 3LC8A 3U94A 1LFIA 3IB0A 4C0RA 2ZNTA 4QSEA 3LUYA 2DWAA 1NNFA 1B3EA 3UP9A 3FD3A 3OENA 3OSRA 2HAVA 3TELA 2GH9A 3PPNA 2QJEA 4G8NA 2CZLA 5KCJA 4PFYA 4H65A 3GBAA 1S7YA 2YJPA 4FORA 4ECFA 4NE4A 2HQ0A 1MY0A 5JK4A 2OBGA 3PPOA 3MP1A 1CE2A 3MPLA 1EU8A 4YKIA 2A5SA 3CVGA 1D9YA 1LAGE 4YMAA 1B40A 1AH5A 5DVJA 3CI8A 1II5A 3ONMA 3B7DA 1Z7ME 1P1UA 1N3WA 3TMGA 1B52A 3OO9A 3UORA 1B7HA 3T9HB 4G68A 4GXAA 3PU5A 3B6TA 2Q89A 3H03A 2XD3A 3Q25A 3EN3A 4R6HA 1DPEA 1QUKA 5I84A 3HN0A 1A99A 1Y3PA 4OYVA 3WAFA 1PBPA 4U1OA 3SESA 1WVJA 2HEUA 3G3GA 4O3BA 2V3QA 3PPRA 3TEPA 3T66A 4H6DA 1SBPA 4FIMA 1OQGA 4I62A 4EQBA 3ODBA 1B3LA 2F8DA 3G3JA 2NOOA 3CG3A 3PPQA 2F7AA 4ELQA 2GHAA 2OCUA 5B70A 4Q8RA 4HCWA 3TTKA 3Q27A 4GXSB 4OESA 1MPCA 3HSTA 1UIVA 3SEVA 3S9EA 4MH5A 2UVHA 1XHYA 3N6UA 3RN8A 5I2KB 4YKKA 3RQTA 3DELB 1Y3NA 5I59A 4NWDA 4YB7A 4H8JA 3A09A 4THIA 1F9BA 4M1VA 1Y1ZA 1MH4A 5K2XA 4H5FA 3LSLA 4QFPA 2DE3A 1P1OA 2DP8A 5I58A 4PQJA 3LBSA 1QW0A 1FTLA 2DWHA 3R26A 3OD7A 1PDAA 3G7WA 1N3XA 4F1VA 2VP1A 3FXUA 1IITA 1YAEA 1POTA 3TCHA 4R75A 5AA2D 1JVYA 5H8NB 4YB6A 3KBRA 1N04A 4XTCQ 4GD5A 2DWIA 2H25A 4JDFA 2R9JA 2DE4A 5CMMA 4JWOA 4MF3A 3OMBA 4LP2B 4OTEA 4JB7A 5HM4B 1FQCA 5L8DA 1KWHA 5CC2A 4I9DA 1H76A 2Q8JA 4OVJA 3SERA 4XXUA 3M3LA 1ANFA 2I4CA 1IIWA 4ONYA 4R74A 1MS7A 3DLNA 3PUVE 2XXRA 4GRKA 2I48A 4G8HA 3U1OA 1M5CA 4H1XA 3L6GA 3LR1A 2HAUA 3VXBA 2RINA 2E1SA 4NF4A 5I59B 4DDDA 2IEEA 4MBPA 4GWOA 5EHSA 4GF8A 1IUDA 2GRVA 5DEXB 3UIFA 1PC3A 3HHGA 2Q88A 4F39A 1UQWA 3O2AA 3O6HA 3T22A 1EZ9A 2DVCA 3S9LC 3QSLA 1DTZA 1B4HA 1QUJA 4LZ5A 3N6TA 3KJTA 1MDQA 4FECA 3H7MA 4F1YA 2V93A 3GZGA 4MLQA 3KGCA 4EF2A 1NL5A 2Q2AA 4G8MA 2D3IA 1Y3QA 3T96B 4R73A 2ESNA 3C4MA 1Q1KA 3Q28A 5EHMA 3O6GA 2ANJA 2ONSA 5I57B 3VVEA 3FVGA 1B5IA 3R7XA 4DLDA 3PUYE 2Q9TA 2F5XA 4EUOA 1N7XA 1A40A 2DQVA 1RYXA 1TWYA 1ZTYA 1ZBMA 1N7WA 1MDP1 4EXLA 1N84A 5FTIA 4AB6A 2DVZA 3U72A 2QSXA 2A5TB 2F7BA 1IXHA 1OLAA 2XXPA 1EH3A 2PT2A 5EYFA 4BDQA 4DXBA 2PT1A 3MAMA 3WAEA 2V3TA 4N13A 3IR1A 4OFOA 3ILUB 1ZU0A 5HBCA 1JW4A 5L9OA 1B5JA 3SETA 2QS2A 3AXFA 4KI0E 4PFWA 4OERA 4JSOA 2RCAA 1BIYA 3EF7A 3MJNA 3HPIA 2F35A 2XXYA 2ZNUA 1L5TA 1B1HA 4F22A 3L6HA 4M4GA 2UXAA 2UVGA 5FHOA 1MXXA 1FTMA 2ZXTA 1JW1A 3HCQA 3IK6B 2XXVA 4AQ4A 4UACA 1GR2A 3SKPA 5AA1A 4IY6A 3TFLA 3CSGA 2OJTA 1PB7A 3C32A 3K00A 3DP6A 1QKAA 3FGSA 3USDA 4QRZA 3TTNA 3H6VA 1OIBA 2QRYA 2PBWA 1LSTA 1TT1A 3OXNA 1JEUA 4DE8A 1B46A 5TP9B 1I6BA 3PD8A 3VVDA 3THIA 4X1DA 4QFNA 3CFLA 4C1UA 2XXQA 1I6AA 3O9PA 4WEPA 1LGBC 1O7TA 2Y7RA 1LB9A 4TOZA 2F97A 3S2VA 1IQ7A 3SEYA 2THIA 3FVOA 4NWCA 2WKYA 3H4ZA 3H6UA 4H8IA 3QUFA 2I4BA 1UTHA 4LQ2A 2QL3A 4OMBA 3MVYA 3O66A 1R9QA 4GVOA 3TCFA 4FATA 5I2NA 4X9TA 2REJA 1FQFA 1NH7A 2F6PA 4H67A 3C34A 2XXIA 4E0XA 2VHAA 5CMCA 5DTBA 3W9VA 4PP0A 2Z8FA 3OSQA 4GL0A 3DM0A 4OFLA 1A8EA 2PVUA 1TFDA 2RC9A 3K6VA 4GOTA 2QMXA 4XKRA 3KFMA 3MZBA 5ELVA 5I2KA 3M3KA 2VD2A 1B4ZA 1DOTA 4P0GA 4PETA 1VFDA 1NKXA 1AL3A 1M5BA 1QUIA 1DMBA 2QS1A 3MBPA 4LZ8A 4KQPA 2D21A 4MFIA 4RXLA 3RPWA 4F31B 3U8QA 3V89B 3ILTB 2RC7A 2DXRA 2H98A 2XXWA 1JNFA 1M5DA 2XD2A 2DS9A 3H3GA 1OQHA 2VOZA 1I69A 4N6PA 4OEVA 1IXCA 1AMFA 5H8NA 1PB8A 1MH3A 1A8FA 2NUVA 1PB9A 1UTHB 4UA8A 5ICQA 3RGYA 2DXYA 3FIRA 1EZOA 4YZZA 5KDTA 3KN3A 4OFJA 5I56A 2H9BA 5L9MA 2XXUA 5I2NB 1H3DA 3GXAA 1VR5A 1DTGA 2UYEA 4EDPA 3FVNA 3E4RA 5CI5A 1FTKA 5BWJA 1P1WA 3VLVA 3UK4A 4LVQA 3P7IA 2UVIA 1BKAA 1B05A 4XKQA 2PX1A 3IO6A 1H45A 3QK6A 1US4A 3U92A 5DYHA 3JYRA 1IZ1A 1JW5A 1MY2A 5ICTA 4R9GA 2Y7IA 4HTGA 2H99A 2O68A 4OZ9A 2DWJA 4BDRA 3QUJA 5CRYA 5DEXA 4ZDMA 4ZECA 4POWA 1Z7NE 5FTHA 1SW4A 3RNNA 3TTLA 5HPQA 5H8HB 4FJPA 2XXXA 2O6AA 2Z8EA 4U21A 3I5OA 1QVSA 3K1PA 3O6IA 1ZMGA 1FQAA 4KCDA 4IY5A 1OMPA 4N07A 4F18A 4F3GA 3CRBA 2CMOA 1RKMA 1TXFA 4JXIA 1MPDA 2G29A 4XIGQ 3ZKLA 5I57A 4Z0IA 1MPBA 5CMKA 2O7UA 4RPNA 1OVBA 3IX1A 3UN6A 5KDTB 4WEDA 3VV5A 3KZGA 5I56B 4XKNA 3V8XB 3IOTA 3KN8A 4ZEDA 3RTFB 3ZKKA 1BLFA 2QS3A 1PEBA 2A5TA 1UIUA 3OO8A 1NNTA 1SI1A 1Y9UA 4RK9A 4Z7EA 4G77A 3BBRA 4QFKA 4F19A 3JZJA 1XOCA 2AL5A 5LOMA 1XVYA 3LSXA 3PMXA 3CFZA 2DSFA 3VFJA 3EPEA 4DXCA 3HV1A 1FTOA 4NTLA 2QMWA 5L9SA 5CBRA 3M8UA 3I6VA 5AA3A 3Q26A 2R6GE 3N26A 4G2ZA 4F2QA 3K02A 1SQYA 3VLUA 4DCYA 3TZAA 2O1LA 4ESWA 3RT8A 4O3CA 3V83A 4QHQA 3I3VA 1H43A 3TPAA 5IKBA 4POXA 3PGFA 1SW1A 4EF1A 4IO7A 5AA2B 1EZPA 3DP4A 1SYHA 4WKMA 4BDMA 2HFBA 4G68C 5DVFA 3K0VA 2NXOA 4DZ1A 1H44A 3E13X 3T9UA 1NNPA 1NH8A 1GV8A 4R72A 2ZYOA 3M3FA 2ABHA 1R6ZA 2GHBA 1Y20A 1MM7A 1J1NA 1MQHA 3H06B 1CB6A 3MW0A 2FYIA 3MP6A 5TP9A 4ND9A 3FXQA 4ZE9A 3FASA 1ZKBA 5CBSA 2P0SA 1FQBA 3K6WA 3KOTA 4TLMB 3G3KA 3CR9A 5AA4B 3EHUA 4P0IA 1DPPA 5H8QB 2E0SA 4TLLB 2OWTA 3IAZA 2RCBA 3TKDA 1MM6A 2F7CA 1ZJLA 3QAXA 4DIGA 3FV1A 1JQFA 3N94A 3K2DA 2OWSA 2V84A 3VE1B 1VE4A 3RUMA 1GTKA 4U2RA 2R71A 4Q30B 3RLFE 4ZZAA 1Y4TA 3IOWA 4KCCA 1XT8A 2QS4A 2NWJA 2UYFA 1MXZA 4RPOA 2F6GA 3C36A 2YLNA 2REGA 2Z23A 1OLCA 2UVJA 4ISUA 1B9JA 1MQJA 1XS5A 3TQWA 3FZVA 4FEBA 4H5GA 3VLWA 1IXIA 1BP5A 4QFOA 2AYSA 4DXUA 1US5A 3HHFA 3SDFA 3KJ7A 4NEDA 5J1DA 3E3KA 4U1ZA 5JTYB 2HZLA 2I58A 1D3KA 2VD3A 5A5XA 2O7IA 3MPKA 4ELPA 3SEWA 3PUXE 3GBBA 4OQOA 4YAHX 1NNKA 2HCAA 3K1MA 4U4XA 3IL1B 1B1XA 3FJMA 4IB2A 4ZS9A 3IOVA 1UTBB 4GQOA 3C9HA 2P2AA 3TUSA 2Y7KA 2I49A 2V3UA 4O3AA 3D4CA 2F36A 2Q2CA 4BDOA 1YCJA 4LZ7A 4IGRA 4FEDA 1URSA 4BDNA 1WODA 3RT6B 4XKPA 2O69A 1MY1A 2I3VA 1B3HA 3LSWA 3O28A 5H8FA 1GGGA 2DOJA 3E9XA 1ELJA 1USYE 1O64A 3FJGA 1B32A 3PV0E 1AOVA 5B7DA 4NF5A 3MQ9A 1MQIA 4KYDA 1A54A 3PMVA 2OLBA 3VVFA 4R6KA 4F3SA 4EXKA 2P1SA 1POY1 4KFQA 4DCXA 4Q5TA 1QULA 4IO4A 3JV9A 3F11A 3TDJA 3KOSA 3OO6A 3S9NC 5A5XB 4F3BA 3D4GA 1MXUA 4QFLA 3PPPA 2X26A 4KR5A 3A3UA 1FTJA 1USYH 3A3CA 3TTRA 3MUQA 3T9XB 3CSBA 4HW8A 3FUZA 4GL8A 4NF8A 3QIMA 5AE4A 3TYHA 3RTWB 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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