3Q28A

Cyrstal structure of human alpha-synuclein (58-79) fused to maltose binding protein (mbp)
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
386
structure length
386
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSKTKEQVTNVGGAVVT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Sugar binding protein, protein fibril
source organism Escherichia coli
publication title Structures of segments of alpha-synuclein fused to maltose-binding protein suggest intermediate states during amyloid formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein/alpha-synuclein chimeric
total genus 123
structure length 386
sequence length 386
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q28A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q28A01
2DXRA 1DSNA 5EHSA 5FTIA 3VXBA 1POTA 3F11A 2H25A 1N0TA 4PQJA 3IL1B 1EZOA 3UN6A 2D3IA 3KJTA 1NFTA 3I5OA 5DYHA 3OEKA 1T0KA 1FTMA 2AYSA 3SERA 2Q8JA 1QKBA 3IO4A 4GL8A 2ABHA 2W7YA 1S9TA 3USDA 5L9SA 1NH7A 2F35A 2YPNA 3TYHA 3TODA 4YMBA 1TFAA 5ELVA 1MH4A 4HTGA 1B5HA 4ECFA 4OFOA 2Q89A 3GZGA 3HSTA 2O69A 4OZ9A 2VGQA 3UIFA 1SI1A 3OXNA 1YTVA 3HO7A 3V89B 1ZLQA 2DYXA 1LSTA 3T9UA 4BLAA 3SEYA 1B7UA 3Q29A 3CR9A 1WDNA 2NXOA 2O6AA 5K2XA 2V93A 3ILTB 3K1PA 4DXBA 4PETA 2RCBA 1MRPA 2Y7RA 3T93B 5HPQA 2VD3A 1OLCA 1M5BA 1USYE 2HQ0A 3UGWA 1VFDA 4DCYA 4JWOA 2XXHA 2I4BA 2ZNUA 2IEEA 4U23A 3G3FA 1P1QA 4ZDMA 1HSLA 3T9VA 4LP2B 1B5IA 4QFOA 1Z7ME 2FNCA 1Y9UA 4XKPA 3VLVA 4IO5A 2F36A 3OSQA 3KEIA 1I6QA 1FQCA 5CMBA 3VE1B 3B6WA 3CSGA 3TUSA 4QFKA 2Q88A 3R6UA 4F39A 2B65A 4DXUA 3RT6B 3TTMA 1DPPA 3OSRA 3M3LA 3ZSFA 2XHDA 3K01A 1IXIA 1R9LA 5CBSA 2QJEA 3QUJA 4AB6A 4ONYA 2VD2A 3RLFE 4RYAA 2ONKE 1QKAA 4THIA 3T66A 1MQGA 4IGRA 1QUJA 3TCGA 3V8XB 2QS3A 4ISUA 2IA4A 1JEVA 3GLBA 3A09A 3K6XA 2GHBA 2Y7IA 4R6HA 4YB7A 5TP9A 3H6TA 2VP1A 1XOCA 4BDMA 1XHYA 3G3KA 3LSWA 1BP5A 1N7WA 1URGA 3R26A 3KOTA 3CRBA 4ZEIA 4OMBA 3MC2A 3OO6A 5AA4A 3T9XB 2WKYA 2OWTA 3CVGA 3DLNA 3KN3A 1TT1A 1JETA 2Y7PA 3MJNA 1IZ1A 4NTLA 2Z8DA 3FASA 1NKXA 2I4CA 4LZ8A 1A8EA 4OYVA 3FUZA 1XC1A 1QULA 1SQYA 2DWHA 3HHFA 4ESWA 3T22A 3K1MA 3U72A 2GHAA 1WODA 2OZZA 4UACA 4F29A 3PPPA 1M5DA 3LUYA 1LAGE 2Q2AA 4DLDA 1BLFA 2QS2A 4FIMA 4R9FA 3U1OA 2Y7WA 5TP9B 2BJJX 3W9VA 1B6HA 1R6ZA 4GRKA 2Z23A 1B1XA 3K4UA 2V3QA 3SEXA 4JWYA 1A54A 3A3CA 2O51A 4GQOA 3TTLA 1UQWA 2A5SA 1OVTA 3TAJA 1PB9A 2OLBA 3R7XA 1PB7A 4OTEA 3E3KA 1VR5A 1N3XA 4R9GA 3SKPA 1NNPA 4WEPA 2QMWA 4H65A 1LB9A 4JSDA 3O28A 1N76A 2OCUA 1YCJA 5ITOA 4IO2A 1FCKA 3C36A 2DOJA 3H7MA 1CB6A 1JNFA 4HCWA 1GTKA 1D9YA 4EXLA 3L6HA 5JK4A 1P1OA 4OFLA 1SVXB 2YLNA 1LCFA 2LAOA 3MUQA 3VVEA 2AL5A 3DM0A 4MFIA 3HHGA 4H0WA 5IAIA 5DVFA 3K00A 5CMCA 4QSDA 2DSFA 2G93A 3V83A 4YB5A 1Y20A 3FXQA 4NF4A 3W15C 1B7HA 1H43A 1MXVA 5B70A 1USYH 4KFQA 2OWSA 4EQ7A 3MQ9A 2DVCA 2HFBA 4YICA 1SD3A 3B6TA 4ZEDA 5I56A 3IAZA 3T96B 3H4ZA 3MW0A 4IY5A 5CMMA 1LGBC 3RTWB 3EHTA 4N07A 3O6HA 5H8HA 4I1DA 4KYDA 4U1OA 3K2DA 4U4SA 2UVJA 1O7TA 3IX1A 5H8FA 2R6GE 3Q28A 4YAHX 1NNTA 5H8NB 1D9VA 2DE2A 1SW2A 5KCJA 1XS5A 4U4XA 1M5CA 3PUWE 5H8QA 1PBQA 2PT1A 3MVZA 1MDQA 4NF4B 1US4A 3E4RA 4H8JA 3VLWA 3ZKLA 1IIWA 5I56B 4RPNA 2O1LA 2XXVA 4M4GA 3VDFA 3H06B 1B3LA 5H8HB 5LOMA 4X1BA 1N7XA 1MQDA 3O2AA 2CZLA 4G68C 2P0SA 3PMXA 4U2RA 5CMKA 5FHNA 4F1VA 2QMXA 5H8FB 3IOUA 5CBRA 3CG1A 4OVJA 2DXYA 4H1XA 1XVYA 5KCJB 3PU5A 5ISUA 3C34A 3PUZE 4NE4A 4XXUA 5H8QB 4R72A 1B5JA 3PPQA 4BDLA 3VFJA 3RPWA 4BDNA 4ELRA 1TXFA 1MG1A 4DCXA 3GBBA 4UA8A 1OQHA 4PFYA 2B3BA 1JW4A 1SW4A 4C0RA 1UIUA 1ZTYA 4POWA 2O1MA 4ZEKA 2QPQA 3O29A 3IO6A 2X7QA 4JB7A 1A8FA 3FVOA 4RK2A 4YB6A 3EF7A 4E0XA 5AA3A 1LBBA 3ZKKA 2ZMBA 1B46A 1FQEA 2Z8FA 3AXFA 2RINA 4N13A 2I49A 2UYFA 4EF2A 1NNKA 1A55A 1I6BA 4GL0A 4ELPA 4R74A 3MBPA 3FJMA 5K2YA 2H99A 3HN0A 1OMPA 1PC3A 1MQHA 3MPLA 3W9WA 3DP8A 2XXRA 1URDA 3UORA 3VVDA 5CM6A 4XTCQ 2V3UA 5L8DA 3H6VA 5IKBA 2REGA 3RTFB 5I84A 3FXRA 1FQDA 3H6WA 4I8CA 2F6PA 4ELQA 4YZZA 1PBPA 1SDXA 4GWOA 5EYFA 1Y1ZA 2X26A 1GV8A 4R75A 1AH5A 3PGFA 3S4UA 4P11A 2XXXA 4QFNA 1UTBA 2F8DA 4LQ5A 3IOVA 3N6TA 2ONSA 4MLQA 1FTOA 4WXJA 3EHSA 4GF8A 1II5A 4G8HA 4YKKA 2I0BA 3A3UA 1URSA 3FV2A 1QW0A 2RCAA 5FHOA 3S9MC 3FVNA 2AIXA 5B7DA 2HEUA 3TEPA 1IXCA 3TTKA 4EQBA 1NH8A 1RYOA 4JXIA 3OD7A 3HCQA 4F3BA 3K6UA 1LBCA 5A5XA 3MZBA 3JYRA 3QAXA 4PE5B 1B52A 3U93A 3S2VA 1ZBMA 3FVKA 1UTBB 1EZPA 4OEVA 2RF1A 3LC8A 3N26A 3TZAA 3PMVA 3PPOA 1R9QA 3LR1A 3C31A 1UTHA 1DMBA 2B3FA 1SI0A 3OENA 4AQ4A 1A99A 1ZU0A 3K6VA 3ODBA 1FTLA 4LONB 5ITPA 3KGCA 3SETA 3FJ7A 1B05A 1EH3A 3KSJA 5EHMA 2V3TA 1IQ7A 4G8NA 1B7ZA 5A5XB 4DZ1A 1BKAA 3KZGA 1M5EA 4Z7EA 1B4ZA 3CG3A 2DS9A 1DOTA 2VHAA 4KD5A 1GR2A 5ICQA 3D4CA 4G68A 1H45A 5JTYA 1H76A 5M2VA 1Q35A 4F3SA 3SEWA 1FTKA 4Q5TA 1MPBA 1US5A 2ALUA 4U22A 4RXLA 1MXWA 3H03A 3LSXA 3OO9A 4R73A 1DTZA 2REJA 1GGGA 4ND9A 2Z8EA 3TQWA 1JVXA 2F7BA 4RA1A 1UIVA 4F2QA 2D5WA 1IXGA 1MY0A 3KFMA 4O3BA 4L17A 2XXYA 4FAJA 3M3FA 2THIA 1HSJA 5AA4B 4Q30B 3PUXE 1QUKA 1MXXA 1B3GA 1MY2A 4F3GA 1OLAA 4OENA 1R1NA 1LAFE 4Z0IA 1CE2A 3ILUB 4NF5A 4FEBA 4LVQA 3O66A 1QVSA 3IOWA 1EU8A 1N3WA 3C32A 2XXQA 3ONMA 4EQ9A 4IO7A 1IITA 2E1SA 4EXKA 4G68B 3O6GA 5JTYB 3U94A 2DVZA 2O7UA 5AA2D 4FECA 1QUIA 3RY3A 4KYSA 1S7YA 1NMUA 3TPAA 2I48A 5L9MA 3M3KA 2ZNTA 3CFXA 4G77A 3SDFA 2AL4A 4KHZE 2RC7A 4H67A 1YPNA 2GRVA 1Y3NA 3FV1A 1M5FA 2FYIA 4F19A 3KN8A 1LCTA 4GD5A 1DTGA 3CFLA 3B7DA 1N84A 2XX9A 1SBPA 2QS1A 4XKRA 2V84A 4NF5B 1IEJA 3Q26A 4OXVA 4TLMB 3TELA 2HXWA 4GVOA 1MM6A 1D3KA 1FQAA 1RKMA 2QSXA 4F22A 1RYXA 3M8UA 4PFWA 2XXTA 3PV0E 4OETA 2I58A 4ZZEA 4OERA 3OO8A 3K1NA 4N6PA 3HV1A 3CIJA 4HW8A 1OVBA 3B6QA 3E9XA 4F3PA 2ZYOA 4F2OA 3K0VA 4RPOA 2DQVA 3TDJA 1EZ9A 4I9DA 2YJPA 1AMFA 3CSBA 1P1UA 4F18A 2F78A 3DP6A 3N94A 2KLFA 1FTJA 2F97A 3L6GA 3ECRA 4FEDA 5I59A 5F7VA 1F9BA 2XXUA 4TQUQ 1D4NA 4OQOA 4LZ5A 4ESXA 1FW0A 4XKQA 2RC8A 1B51A 4NMYA 4ZE8A 1A40A 1FQFA 2O68A 3THIA 1ZMGA 4LA9A 1PDAA 3OMBA 5CRYA 5ICTA 4P0GA 1B3EA 4X9TA 3I6VA 4RK9A 2XXPA 2A5TA 3OOAA 1JVYA 1MPDA 3PPNA 4F31B 3T9HB 4MH5A 2H98A 1LFIA 2H4IA 3FIRA 3O9PA 3IB0A 2ESNA 1LFHA 2UVIA 4ZEFA 1B9JA 4ZECA 3TTRA 4E0WA 1S50A 3FXUA 4MBPA 1B4HA 3FD3A 5BWJA 4GLIA 3V5AA 4H5GA 2OJTA 1JW5A 4JSOA 3G3HA 3SESA 3MZ1A 3FGSA 4OFJA 5I59B 2FA7A 4LZ7A 2F34A 2E0SA 4R6YA 3VVFA 4FJPA 1ATGA 3K02A 3G3IA 4GXSB 2PMSA 5DVJA 4TLLB 4G8MA 2ANJA 4HCYA 3LSFB 4JBZA 4IB2A 1PEBA 2A5TB 5AE4A 2UVGA 4KPTA 5KDTA 4POXA 1MXUA 4KI0E 3RT8A 2PX1A 1BIYA 1OQGA 5TPAA 4EDPA 4H5FA 5J1DA 2CMOA 4PP0A 3OEMA 5BUUA 2NUVA 1PB8A 1MXYA 1MPCA 1POY1 3IOTA 1LFGA 2Q9TA 1SYHA 4GXAA 4ZEBA 1B3FA 1TWYA 5AA1A 2Q2CA 4ZE9A 3C4MA 3N6UA 2DWIA 2I3WA 2ZYMA 2V25A 3UK4A 4YKJA 4QRZA 3KJ7A 3RNNA 3JZJA 1B0LA 3QUFA 1A7LA 1VFEA 3QK6A 3RUMA 2ZNSA 1MY3A 5KDTB 5I58A 3ZS6A 1H44A 3IJOB 4R2FA 2F6GA 5TPAB 1Y4TA 3P7IA 5KZTA 5CI5A 3QSLA 2NVUB 1BTJA 2DE3A 3HPIA 4AB5A 2GFEA 1Z7NE 5HBCA 4C1TA 3E13X 4DDDA 1VSOA 4OEUA 2XD3A 5I57A 5FTHA 4O3AA 2HZKA 2PT2A 4HS7A 3Q27A 4LUBA 2OK2A 3H6UA 3TMGA 1ELJA 2QS4A 4OHNA 4EF1A 2OBGA 1IXHA 4ZS9A 1FQBA 1I69A 3H3GA 5DEXA 3PD9A 1B40A 1MY4A 3PUYE 5TU0A 5F1QA 3IK6B 1MY1A 4WKMA 3RGYA 4QHQA 4JDFA 5I58B 1P1NA 4JWXA 3WAFA 3MZ9A 4X1DA 4MLVA 1N04A 3MP1A 3EHUA 3QXMA 5I2NA 4NWCA 4YU0A 3D4GA 5DTBA 5I2KA 4TOZA 3KBRA 5AA2A 2HAUA 4IO6A 3SEUA 2P1SA 4M1VA 5I57B 1JEUA 2F5XA 4KQPA 3KSXA 1GVCA 3PD8A 1ZIUA 1P99A 4GOTA 4RNSA 1O63A 4G4PA 3TTNA 1Y1MA 3EN3A 3JV9A 4KCCA 2F7CA 4WEDA 4DE8A 4R6KA 4KR5A 5DEXB 3G3GA 4YMAA 1MM7A 1H3DA 3VXCA 3VLUA 1JQFA 3IJXB 3TQLA 3S9EA 4MF3A 1MS7A 3RQTA 2ZXTA 3G7WA 3TCFA 4YKPA 1UTHB 4IY6A 3MWBA 2HZLA 4RY1A 2R71A 3QYTA 3LBSA 3K6WA 5I2NB 4GIZA 5I2KB 5FHMA 3BFUA 4ZZAA 4RJZA 3EQ1A 5AA2B 3KOSA 3CFZA 4C1UA 1MH3A 5CC2A 3MVYA 4IO3A 3C33A 1DPEA 3PMWA 3UA8A 4Q8RA 2XXIA 1J1NA 2DWJA 4PFTA 3RN8A 4NEDA 1MDP1 4ELOA 3FJGA 3OELA 2Y7KA 1B0HA 4H6DA 1VE4A 4O3CA 4OESA 2QRYA 4BDOA 4I62A 4X48A 4KCDA 4IO4A 2DWAA 4BDQA 3O97A 2Z22A 3CI8A 1AL3A 4BDRA 1XT8A 3DP4A 3QIMA 2P2AA 1ZJLA 3IR1A 1QJMA 3U8QA 3PPRA 3OO7A 3MVWA 2XXWA 1L5TA 5H8SA 2ZYNA 2D21A 2QL3A 2HAVA 2G29A 1LLSA 3WAEA 4QSCA 1NL5A 2F7AA 1B3HA 1WVJA 3SEVA 2HCAA 3C35A 4F1YA 3MPKA 4FE8A 4QFLA 1AOVA 2H9BA 3MVXA 3U92A 3TKDA 3S9LC 1I6AA 3IB2A 2I0CA 1SYIA 2I6EA 1TFDA 5H8NA 3KN7A 3Q25A 3UP9A 1ZKBA 2VOZA 3TCHA 3VV5A 1B58A 5L9OA 1LB8A 2PVUA 1Y4CA 3C9HA 1IUDA 2XD2A 3TFLA 3MP6A 2RC9A 1Y3QA 3EPEA 4DIGA 4NF6A 1B2HA 4GFRA 2ZYKA 3BFTA 1YAEA 2M8CA 2UVHA 2Y84A 1B1HA 2X7PA 3LSLA 2DP8A 1O64A 4EUOA 3O6IA 4U1ZA 1MQJA 4OWDA 1LAHE 4PFUA 2ONRA 2PBWA 3FVGA 4Q0CA 4XKNA 5JEIA 4QSEA 2RKMA 1KWHA 2GH9A 3IB1A 2NOOA 2NWJA 2DE4A 4NF8A 4IGTA 1NNFA 1P1WA 3I3VA 2UXAA 3N5LA 1XVXA 4R2BA 4LQ2A 4XIGQ 1HSEA 1SW5A 4NF6B 4NWDA 1AIVA 2O84X 4QF9A 4FATA 1JW1A 4H8IA 3GXAA 4K3FA 4U21A 5DT6A 4P0IA 3GBAA 4F1UA 5DVIA 1MXZA 4DXCA 1Y3PA 3MAMA 3FATA 4LATA 3FZVA 4FORA 2O7IA 3S9NC 3G3JA 2XX8A 3DELB 1LAXA 3MP8A 2H5YA 4QFPA 2R9JA 3PUVE 2XX7A 4YKIA 1ANFA 4NF8B 1OIBA 3KG2A 1MQIA 2PYYA 5HM4B 3IORA 4KYEA 1Q1KA 4G2ZA 1SW1A 1B32A 3BBRA 3BKIB 2I3VA 2UYEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DXRA 1DSNA 3A29A 5EHSA 5FTIA 3VXBA 1POTA 4PTKA 3F11A 2H25A 1N0TA 4P1EA 4PQJA 4O94A 3IL1B 3E79A 1EZOA 3UN6A 2D3IA 3KJTA 1NFTA 3I5OA 3KBZA 5DYHA 3OEKA 1T0KA 1FTMA 2AYSA 3SERA 2Q8JA 1QKBA 3IO4A 4N81A 4PE3A 4GL8A 2ABHA 2W7YA 1S9TA 3USDA 5L9SA 1NH7A 1NV6A 2F35A 2YPNA 2R8TA 3TYHA 3TODA 4YMBA 1TFAA 4FBPA 5ELVA 1MH4A 4HTGA 1B5HA 4ECFA 4NGUA 4OFOA 2DDKA 4MNPA 2Q89A 3GZGA 3HSTA 2O69A 4OZ9A 2VGQA 3UIFA 1SI1A 3OXNA 1YTVA 2HHMA 4OANA 3HO7A 3V89B 5IZ1A 1ZLQA 2DYXA 1LSTA 3T9UA 4BLAA 3SEYA 4NF0A 1B7UA 3Q29A 3CR9A 1WDNA 2NXOA 2O6AA 5K2XA 2V93A 2V4CA 3HFUA 3ILTB 3K1PA 4DXBA 4PETA 2RCBA 1MRPA 2Y7RA 3T93B 3FBPA 2P3VA 5HPQA 2VD3A 1OLCA 1M5BA 1USYE 2HQ0A 3UGWA 1VFDA 4DCYA 4JWOA 2XXHA 2I4BA 2ZNUA 2IEEA 4U23A 3G3FA 1P1QA 3KC0A 4ZDMA 4N8YA 1HSLA 3T9VA 4LP2B 1B5IA 4QFOA 1Z7ME 2FNCA 1Y9UA 4NQ8A 4XKPA 3VLVA 4IO5A 2F36A 3OSQA 3KEIA 1I6QA 1FQCA 4PAKA 5CMBA 3VE1B 3B6WA 3CSGA 3TUSA 3GYYA 4QFKA 2Q88A 3R6UA 2HPGA 4F39A 5EYGA 2B65A 4DXUA 3RT6B 3TTMA 1DPPA 3OSRA 3M3LA 3ZSFA 2XHDA 3K01A 1IXIA 1R9LA 5CBSA 2QJEA 3QUJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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