3Q28A

Cyrstal structure of human alpha-synuclein (58-79) fused to maltose binding protein (mbp)
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
386
structure length
386
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSKTKEQVTNVGGAVVT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of segments of alpha-synuclein fused to maltose-binding protein suggest intermediate states during amyloid formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein/alpha-synuclein chimeric
molecule tags Sugar binding protein, protein fibril
source organism Escherichia coli
total genus 123
structure length 386
sequence length 386
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q28A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q28A01
1RYOA 3T9UA 1SW5A 1B4HA 1B3GA 3O97A 1ATGA 3OMBA 3PUVE 1LSTA 3RN8A 4H8IA 4OYVA 2ESNA 2I4CA 1A7LA 3H6TA 1B05A 2HXWA 4L17A 5I2NA 3D4CA 5KZTA 4OFJA 1OIBA 1MPCA 4ZEFA 3K1MA 3WAFA 3H06B 4U1ZA 1N76A 3EHTA 1NMUA 3FJ7A 1FTMA 1H44A 4MBPA 1B6HA 5CMKA 3A3UA 1B32A 3QSLA 4H0WA 4DDDA 3VXBA 1H43A 2X7PA 4GIZA 4F3BA 3K6VA 1MY1A 3C4MA 2B3BA 3MVXA 4WEPA 1XVXA 4EXKA 2F7BA 4PFUA 2P0SA 4F2OA 3IB2A 1MXZA 4JWYA 1D9VA 1MRPA 4BLAA 1R1NA 1PBQA 2ONSA 3K6UA 4C0RA 4OENA 2HQ0A 5J1DA 5CC2A 4ZEIA 5CM6A 2QL3A 2I49A 5I56B 3LSXA 5KDTB 1JEUA 4ESWA 4IO6A 4ESXA 4GLIA 3R7XA 3H4ZA 3W15C 1NH7A 1JETA 1CB6A 3FVOA 2XD2A 2F6PA 3PUWE 4GF8A 2Z8DA 3EQ1A 4LQ5A 2D3IA 5H8HB 1NNPA 3FJMA 1LBCA 3UN6A 1JVXA 4RXLA 4LONB 4KQPA 1ZJLA 2NXOA 3S9LC 3T9XB 2ZYNA 5FTIA 4LQ2A 2AYSA 4QSDA 2G29A 4ZE8A 3G3IA 4X48A 3IO6A 1B1HA 4MLQA 1VSOA 1SW2A 4MLVA 1KWHA 3CSBA 2F97A 3LR1A 4R73A 2DSFA 3VVFA 4F39A 3EPEA 4POXA 3O2AA 3UK4A 4F2QA 4OHNA 1IQ7A 1MS7A 3SEXA 3BKIB 5BWJA 4E0WA 2CMOA 3IOTA 3V5AA 5I59B 5TPAB 4WXJA 4LZ8A 4GL0A 5F1QA 4JBZA 2A5SA 3MC2A 4MFIA 2RCBA 5DVIA 1H45A 3OO7A 3RY3A 3C32A 1ZTYA 2GFEA 3MWBA 4Q0CA 4NF4B 3B6WA 3H6UA 4GFRA 3TQWA 3N6UA 3THIA 4OWDA 1EZPA 1R9QA 2O69A 1DPPA 1B5IA 3C36A 5A5XA 5IKBA 5ISUA 4HW8A 4EUOA 4ND9A 3MZBA 3ZKLA 3LUYA 4DIGA 1A99A 4G2ZA 1YTVA 1D9YA 1MDP1 2I4BA 3K0VA 1Q35A 2ZXTA 4I1DA 3GBBA 1GR2A 2FNCA 1MY4A 1A40A 3V89B 3SEYA 4YKJA 4BDLA 1MXYA 1FTLA 2HFBA 2VOZA 1JNFA 1WDNA 2XXRA 1RYXA 3OO6A 3PGFA 4YAHX 5I84A 3HV1A 3O66A 1SDXA 2DXYA 3T9VA 3MQ9A 4JB7A 3PUYE 1FQCA 5IAIA 4I8CA 3QIMA 2I3VA 1LGBC 4UA8A 1AL3A 4OEUA 3S9MC 4P0IA 2O68A 4U2RA 4ZZEA 4F3PA 2Y7PA 3AXFA 2O1MA 1N84A 4YKPA 4X9TA 4H65A 4F3GA 1OQHA 3IJXB 1ANFA 1ELJA 1Q1KA 1URGA 2XXQA 2OWTA 4TQUQ 4OESA 4WKMA 1EH3A 4G68B 1B46A 3U92A 1XS5A 2HZKA 3C34A 2O6AA 3OO9A 2QPQA 1R6ZA 2UXAA 4IO4A 5CMMA 4UACA 4OEVA 4QFLA 2QMXA 1ZLQA 4H8JA 1SD3A 2VD2A 5JK4A 4JSOA 4EF2A 1HSJA 2XXXA 3TZAA 2P2AA 3HCQA 4R9FA 1LAXA 4RA1A 3N5LA 1AH5A 4RK2A 2Y84A 1VR5A 2DWAA 4R6KA 5H8FB 1LB9A 1XOCA 2PBWA 5H8QB 1QUIA 2ZNSA 3OXNA 3LBSA 1Y9UA 4XTCQ 3TYHA 3BBRA 2DWHA 1OLAA 4F18A 1B5HA 2A5TB 2NOOA 2R9JA 5I2KB 4QFKA 1ZIUA 1LCTA 1HSEA 1VFEA 4M4GA 2NWJA 3HN0A 5ITPA 4N6PA 3FVKA 2QS3A 4IO2A 3VLWA 1CE2A 4F3SA 2XXIA 4EQ9A 1T0KA 1TFDA 1LCFA 1PB8A 3TTMA 5CBSA 1P1NA 2DOJA 1B7HA 2GRVA 1YCJA 5H8NA 3N26A 3MVWA 4POWA 3RPWA 1IXHA 4PQJA 2D5WA 1DSNA 5LOMA 3L6HA 1F9BA 3MW0A 4NE4A 3IK6B 4IO3A 4OERA 5CI5A 2Q89A 2I3WA 2XX9A 3TCFA 2AIXA 2UVJA 2VGQA 1DTZA 1B5JA 5I57B 3VVDA 4PETA 1OVTA 4U22A 1AMFA 3TTNA 4IO5A 4QHQA 2X7QA 4Z0IA 4FEDA 5BUUA 3ZS6A 2D21A 4GXSB 3W9VA 3HPIA 1XT8A 1B2HA 1M5BA 3FGSA 4DCYA 2XHDA 2HAVA 1OLCA 3KJ7A 3LSWA 3T66A 4JSDA 2M8CA 3R6UA 4ELOA 4FORA 3S2VA 2OWSA 1H3DA 1ZU0A 4E0XA 1AOVA 1MQIA 2PT1A 5I56A 5KDTA 3C31A 1ZKBA 3TELA 5K2XA 1Z7ME 4G8HA 3IB0A 5ELVA 4PP0A 1A8EA 1UTHB 4IGRA 1B9JA 3OELA 2O7UA 4TLLB 3CVGA 4YB5A 1NH8A 2DWJA 3CG1A 4F31B 3IB1A 4R75A 3S9EA 4NF8B 2HZLA 5H8HA 3RTFB 5B7DA 4LZ5A 1P1QA 1S7YA 3MPKA 2F35A 1OMPA 1US4A 2F5XA 4ZEBA 1BIYA 4EF1A 1BP5A 3CFLA 3KN7A 3QXMA 3QUFA 5ITOA 2DQVA 1JEVA 1BLFA 3ZKKA 4OVJA 5TP9A 5ICQA 2YPNA 4G68C 4RY1A 4ELQA 4RPNA 3ILUB 4FEBA 1JW4A 4M1VA 3TPAA 3S9NC 3RGYA 3PD8A 4YMAA 4YICA 1NNTA 4F22A 3TMGA 4BDRA 1A8FA 3U93A 3O28A 4X1DA 1MQHA 4RK9A 3IR1A 4IGTA 3DP6A 3DP4A 5I59A 3MUQA 3C9HA 4FE8A 4THIA 1FQDA 3G3JA 5CMCA 4EDPA 4NF5A 2CZLA 3DLNA 2YLNA 3MP6A 3TDJA 3TFLA 4F1YA 2Y7RA 2REGA 3M3KA 3KJTA 3KGCA 2UYEA 1M5DA 4LUBA 4YZZA 1B4ZA 2AL5A 3GLBA 2NUVA 2RC9A 3P7IA 3PPRA 3JYRA 2YJPA 1MH3A 3IAZA 4PFYA 2XX8A 1JW1A 1VFDA 3K4UA 5DT6A 3O6HA 1SVXB 3VE1B 4FAJA 2QJEA 5ICTA 1NKXA 2HEUA 3T96B 5CRYA 3UIFA 1BTJA 2G93A 4QSCA 5F7VA 4ONYA 3IOVA 3PPQA 5AA3A 4QF9A 1NFTA 4H5GA 4KFQA 3CIJA 4YB6A 3JZJA 4KYSA 4ELRA 5AE4A 2NVUB 2V3QA 4ISUA 1MXXA 3JV9A 4GRKA 5KCJB 1LFHA 3TTLA 3HO7A 5AA2B 4EQBA 2IA4A 1USYH 2W7YA 4MH5A 2H99A 3MJNA 5JEIA 1Y3QA 2F34A 3SERA 1QJMA 1AIVA 3K6XA 4IY5A 1LB8A 3PMWA 4LVQA 2P1SA 4MF3A 3FVNA 1LFGA 4G68A 3FV2A 2QSXA 4R9GA 3B6QA 2XXPA 3MZ1A 4F19A 4EXLA 2I0BA 4KCDA 4H6DA 2XD3A 1Z7NE 1B3LA 5JTYB 5H8SA 2ONRA 4PE5B 2PMSA 2REJA 5EYFA 3KOSA 4P0GA 1FTJA 4QRZA 4JXIA 1DMBA 3KG2A 5FHOA 3IOWA 2H4IA 3VFJA 3LSLA 2OCUA 4XKNA 1DOTA 4BDQA 1PEBA 1DTGA 3TODA 5B70A 2R6GE 1TXFA 4ZZAA 4ZS9A 3LC8A 1SBPA 2I0CA 5H8FA 1II5A 1OQGA 2UVIA 2OJTA 1FCKA 3UORA 3CG3A 4R2FA 5H8QA 2F6GA 1SI1A 4YMBA 3G3HA 3HHFA 2A5TA 5I2KA 3F11A 3EN3A 4LA9A 2V93A 2ZYMA 5A5XB 4RYAA 3B6TA 1LFIA 4U4XA 3I3VA 2I48A 2GH9A 1MQJA 1S50A 1SYHA 3K1PA 3TEPA 4G8NA 3U72A 2RC7A 2DE3A 2WKYA 1N7XA 5EHSA 3SDFA 3VV5A 4FATA 3U94A 4KCCA 3PV0E 3VDFA 4ZDMA 2F8DA 4Q8RA 3IORA 3E13X 4NWCA 2QMWA 5HBCA 2V84A 4Z7EA 2GHAA 1POY1 4XIGQ 5K2YA 1QVSA 3MPLA 4KYEA 4F1UA 2Q2CA 1NL5A 3K1NA 3O9PA 2THIA 3SEWA 4YB7A 3TQLA 1MPBA 4HTGA 1IIWA 1D3KA 1TT1A 5I58A 2XX7A 2E0SA 2F78A 4NMYA 2DE4A 4RPOA 1B7UA 1MY2A 2LAOA 1P1UA 2O1LA 3USDA 2O7IA 2RCAA 3FXQA 4ELPA 3FVGA 2OLBA 4GQOA 1I6AA 3FJGA 2OBGA 3QUJA 3O29A 3KOTA 2ZYKA 1Y3PA 1B0LA 3OSQA 2DE2A 2I6EA 1QUJA 3FIRA 3Q26A 3H3GA 3Q29A 3FXRA 1MXUA 1I6QA 3H6VA 5AA1A 4IB2A 3G3GA 3PUXE 4KHZE 3RNNA 5DYHA 3K00A 3Q25A 1UTHA 4DZ1A 1PDAA 5AA2D 2PYYA 1JW5A 4HS7A 4Q5TA 4AQ4A 1HSLA 3QAXA 3FV1A 1Y1MA 3VXCA 3OEMA 4NF8A 3GZGA 1QKAA 4GOTA 1WVJA 3OENA 4QFOA 4DE8A 5AA4B 1IUDA 3T22A 3IJOB 3O6GA 4LP2B 4PFWA 4O3BA 2ZMBA 4FJPA 4N13A 5FTHA 4U23A 2Z8FA 3LSFB 1B51A 3V8XB 1NNKA 2DP8A 1FQAA 3BFTA 2XXUA 4I9DA 3SETA 4GXAA 3VLUA 1UTBB 1JQFA 2RKMA 2UVHA 4YKKA 2F36A 1B3HA 3KSJA 1Y4CA 5DEXB 1OVBA 4ZE9A 4GL8A 2FYIA 1M5EA 3UP9A 4BDOA 1POTA 2H98A 4RJZA 3OO8A 1MXWA 5CMBA 2RINA 3U8QA 2O84X 1LAGE 5L9OA 1B3FA 2B65A 2VHAA 1GVCA 2UVGA 1USYE 3R26A 3CI8A 1IITA 4R2BA 2O51A 2DVZA 1URSA 1YPNA 5L8DA 5H8NB 3S4UA 2XXVA 3V83A 1FTOA 4OQOA 4R74A 3K02A 4DXUA 1ZMGA 1B0HA 4IY6A 4N07A 1M5CA 1PBPA 4PFTA 3KSXA 4NEDA 2XXYA 3RT8A 3CRBA 3DM0A 4ZEDA 2VP1A 3TTRA 3IO4A 4OZ9A 1J1NA 1LAFE 3OOAA 1MDQA 3K6WA 1PC3A 3A09A 4NF6B 3H03A 4OFOA 3CR9A 4G77A 3RTWB 3M3FA 2B3FA 4U21A 3Q28A 3MP1A 4C1TA 2Z23A 3HSTA 1R9LA 3T9HB 2QS2A 5TPAA 3L6GA 1SW1A 3UGWA 1PB7A 5DVJA 2ONKE 4DXCA 3G3KA 5DVFA 5I2NB 4NF4A 1MY3A 3I5OA 1IXGA 3TTKA 3PU5A 2RC8A 1N0TA 2Q88A 5KCJA 3VVEA 4R72A 5AA2A 4FIMA 4C1UA 3FXUA 3GBAA 1FQEA 3IX1A 3QK6A 1P1WA 3MAMA 4F1VA 4JWOA 3N94A 1MQDA 4OETA 2ZNTA 1EU8A 1L5TA 3GXAA 3PUZE 3SEUA 1FQFA 1P99A 2DWIA 4G4PA 3EHUA 2OZZA 2FA7A 2PT2A 1QULA 1MG1A 5JTYA 1A55A 3DELB 5EHMA 5FHNA 1IXCA 1I6BA 4XXUA 1B40A 3M3LA 1QW0A 2H5YA 4X1BA 5TP9B 4EQ7A 3ILTB 3QYTA 2F7AA 3E4RA 4NWDA 1N3XA 4NTLA 3KZGA 1N3WA 1Y3NA 1O63A 1D4NA 3DP8A 4OFLA 3A3CA 4Q30B 2Y7WA 1Y4TA 2R71A 3ECRA 2DYXA 3EHSA 3FASA 3KFMA 3B7DA 2DS9A 4O3AA 3MZ9A 4YU0A 1LAHE 3D4GA 1MM7A 1FTKA 4NF5B 2HCAA 3IOUA 1MY0A 4ECFA 3UA8A 1IZ1A 3OEKA 1MQGA 3Q27A 2ANJA 3TCHA 2Y7KA 4TOZA 2V3TA 3FATA 4XKPA 1N04A 1LBBA 4I62A 3FUZA 3CFZA 4YKIA 1IEJA 4DXBA 1Y1ZA 5HM4B 3RUMA 2ZYOA 2QS4A 5DTBA 1S9TA 2E1SA 1MXVA 4HCWA 4QFNA 2OK2A 3I6VA 3OSRA 2I58A 1MM6A 3OD7A 1B7ZA 1BKAA 1Y20A 3C35A 1UIVA 4LATA 1YAEA 3T93B 1N7WA 3H6WA 3MVYA 2ZNUA 3CSGA 1FW0A 4WEDA 3BFUA 4KYDA 4QFPA 2H9BA 2ABHA 4KI0E 1LLSA 1URDA 3MVZA 1FQBA 4R6HA 1SW4A 5FHMA 1US5A 4KR5A 1GGGA 3ONMA 4JWXA 1ZBMA 2HAUA 4K3FA 3ODBA 4F29A 1MH4A 2QS1A 1SQYA 1EZ9A 5CBRA 3N6TA 5L9SA 4H67A 3EF7A 2Q2AA 3E3KA 4GVOA 2KLFA 4RNSA 1O7TA 1VE4A 3MP8A 2XXTA 1TFAA 4KPTA 1UIUA 2F7CA 4AB5A 3RLFE 2X26A 4R6YA 1DPEA 4O3CA 4U1OA 2H25A 1B3EA 1A54A 1IXIA 1MPDA 3PMVA 3PPPA 3IL1B 1H76A 2Q8JA 2IEEA 3SKPA 2QRYA 1GTKA 4U4SA 3CFXA 4P11A 5AA4A 3WAEA 3G7WA 1P1OA 3VLVA 2PX1A 3M8UA 4TLMB 5I57A 4QSEA 2DVCA 1O64A 4BDMA 2PVUA 1SYIA 3TUSA 4XKQA 1GV8A 3TKDA 2ALUA 4KD5A 4DCXA 4OXVA 2Z22A 3KEIA 2V3UA 4H1XA 3E9XA 3O6IA 1UQWA 1UTBA 4XKRA 1XC1A 1JVYA 3W9WA 1QKBA 4JDFA 1I69A 2GHBA 3K2DA 3KN3A 3G3FA 3ZSFA 4IO7A 4OTEA 3HHGA 3PPNA 5DEXA 1SI0A 3C33A 5M2VA 3PPOA 2XXWA 2BJJX 3K01A 3MBPA 1TWYA 4H5FA 3PMXA 2VD3A 3FD3A 2V25A 1EZOA 2Y7IA 1PB9A 3SESA 2AL4A 3PD9A 5TU0A 3RT6B 1B58A 1M5FA 2RF1A 1XHYA 5HPQA 4G8MA 2XXHA 2UYFA 4HCYA 1XVYA 4ZEKA 2DXRA 4GWOA 3KBRA 3KN8A 4ZECA 3H7MA 1NNFA 3TAJA 4OMBA 2Q9TA 3RQTA 4FECA 4BDNA 4AB6A 3U1OA 3TCGA 4DLDA 2Z8EA 4NF6A 5I58B 1WODA 3SEVA 1RKMA 1B52A 4LZ7A 3FZVA 1QUKA 5L9MA 1B1XA 4GD5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NF0A 1RYOA 3T9UA 1NV3A 1SW5A 1B4HA 1B3GA 3O97A 1LBXA 1ATGA 3OMBA 3PUVE 1LSTA 3RN8A 4H8IA 4OYVA 2ESNA 1IMAA 1FPKA 2I4CA 1A7LA 3H6TA 4O7IA 1B05A 2HXWA 4L17A 5I2NA 3D4CA 5KZTA 2KR0A 4OFJA 1OIBA 1MPCA 4ZEFA 1FBGA 3K1MA 1FTAA 3WAFA 3H06B 4U1ZA 1N76A 3EHTA 3CHGA 1NMUA 3FJ7A 1FTMA 1FPEA 1H44A 2ZZWA 1VDWA 4MBPA 1B6HA 5CMKA 5F24A 3A3UA 1B32A 4OVRA 3QSLA 4HE0A 4H0WA 4UABA 4DDDA 3VXBA 1FBDA 5ET6A 1H43A 2X7PA 4GIZA 4F3BA 3K6VA 1MY1A 3C4MA 2B3BA 3MVXA 4WEPA 1XVXA 4EXKA 2F7BA 4PFUA 2P0SA 4F2OA 3D1RA 3IB2A 1MXZA 4JWYA 1D9VA 1MRPA 1NV4A 4MX6A 4BLAA 4GX3A 1R1NA 1PBQA 2ONSA 3K6UA 4C0RA 4OENA 2HQ0A 4PF6A 5J1DA 5CC2A 4ZEIA 5CM6A 2QL3A 2I49A 5I56B 3LSXA 5KDTB 1JEUA 4ESWA 4IO6A 1AWBA 4ESXA 1LEVA 4GLIA 3R7XA 3H4ZA 3W15C 1NH7A 1JETA 1CB6A 3KC1A 1FBCA 3FVOA 2XD2A 1FBPA 2F6PA 3PUWE 4GF8A 1LBYA 2Z8DA 3EQ1A 4LQ5A 2D3IA 5H8HB 1NNPA 3FJMA 1LBCA 1IMFA 3UN6A 1JVXA 2FHYA 4RXLA 4LONB 4KQPA 1ZJLA 2NXOA 3LV0A 3S9LC 3T9XB 2WBBA 4GWUA 2ZYNA 5FTIA 4LQ2A 1FPIA 2AYSA 4QSDA 2G29A 4ZE8A 3G3IA 4X48A 3IO6A 1B1HA 4MLQA 1VSOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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