3QAXA

Crystal structure analysis of the cpb0502
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
RIWIVGTNATYPPFEYVDAQGEVVGFDIDLAKAISEKLGKQLEVREFAFDALILNLKKHRIDAILAGMSITPSRQKEIALLPYYGDEVQELMVVSKRSLETPVLPLTQYSSVAVQTGTYQEHYLLSQPGICVRSFDSTLEVIMEVRYGKSPVAVLEPSVGRVVLKDFPNLVATRLELPPECWVLGCGLGVAKDRPEEIQTIQQAITDLKSEGVIQSLTKKWQLSEVAYEAAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the cpb0502
rcsb
molecule keywords Probable ABC transporter arginine-binding protein ArtJ
molecule tags Transport protein
source organism Chlamydophila pneumoniae
total genus 64
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qaxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qaxA02
2RF1A 2DXRA 1A99A 4ZDMA 3IB1A 1P1WA 2Q2AA 1QKBA 1B3EA 3N26A 5ITPA 3IJOB 1SI0A 2NWJA 1Z7ME 2QS4A 4WKMA 2VP1A 3MVZA 2QRYA 2ANJA 2ZNUA 2I0BA 2O84X 3OO7A 4O3BA 2PVUA 1Y3NA 3T93B 2UXAA 3FXQA 1B1XA 1YCJA 3ILTB 1MPDA 2DOJA 4YKJA 1LFHA 1B7ZA 1EZPA 4OFOA 4YKIA 3L6GA 2RCBA 4R75A 4U4SA 2VOZA 4JWOA 1BKAA 3K1MA 4G8HA 3OSRA 4I8CA 4NF6A 2QPQA 3ILUB 1B52A 3A09A 3THIA 1B40A 3EN3A 4GL8A 3GBBA 4FECA 2QS1A 4GD5A 1M5BA 4KR5A 1LAFE 5JEIA 4IB2A 4RPNA 1I69A 2GRVA 3U93A 3TDJA 3E3KA 3FV2A 3VLVA 3OO9A 1NH8A 1B3GA 1MDP1 4KYDA 1AIVA 3KOSA 1TXFA 4KYEA 1N04A 3C33A 3O2AA 1VR5A 1MXUA 5JTYB 1M5EA 4IY6A 3RN8A 2GFEA 5EYFA 5H8QA 1LAXA 2VHAA 4YU0A 2G29A 1US4A 1P1OA 4X48A 2Z8FA 3FASA 3IOUA 4NWCA 3K1NA 1MXZA 3SEYA 4F2QA 3IOVA 3PPPA 2P1SA 4GLIA 4IGTA 4DCXA 3C31A 4F18A 4ND9A 1RKMA 5I58B 1Y20A 5TP9B 1NNPA 2FYIA 2F78A 1B7HA 2XXIA 3U72A 4JB7A 4F39A 1LBBA 2DE2A 3PUYE 2IEEA 4MF3A 2XXWA 3KOTA 3PUXE 5TU0A 5L9MA 5LOMA 1FQDA 3KZGA 5I2NA 4MBPA 5I2KA 2KLFA 4FE8A 2XXYA 4G8NA 1B51A 5AE4A 1RYXA 4G2ZA 5AA2B 3OELA 1JNFA 4OVJA 3VVEA 4ZECA 1B4HA 1FTLA 2XXUA 2PYYA 5CI5A 5I59A 3ZKKA 4EXKA 3UP9A 4QRZA 4MLQA 4NF8B 3HPIA 4QFNA 3H6WA 1MH3A 3SESA 2I4CA 5I56A 4JSDA 3RT6B 1H76A 3CG3A 3T9HB 1MXWA 2YJPA 4JXIA 5DVFA 4BLAA 2O7UA 3P7IA 3CFXA 4IY5A 5HM4B 4Q8RA 2Z8DA 5HBCA 2F35A 3D4CA 3R7XA 4NE4A 1N3XA 3FUZA 3OXNA 3N6UA 1OIBA 3IOTA 2X7QA 2HEUA 2LAOA 5CBSA 3HSTA 3SEUA 4KCCA 3H4ZA 3TCGA 1DPPA 3HV1A 3OEMA 5AA2D 1QVSA 2Y84A 5H8NB 3MPKA 1B6HA 1TFDA 2GH9A 4R73A 1OQGA 4ZEIA 3QSLA 3QYTA 3IK6B 1MQDA 5AA1A 3U94A 5TPAA 4JDFA 4ZZEA 1A8FA 1MM7A 2ZNSA 2Y7RA 5FHMA 4YKPA 4H8IA 4U4XA 3IORA 3DELB 4TLLB 4Q30B 2V25A 1BTJA 3TELA 3CG1A 4G68A 2DWAA 4DXCA 4EUOA 3FGSA 4AB6A 1UIVA 4Z0IA 1MS7A 4K3FA 1QUJA 2D5WA 3B6QA 3K6WA 3K00A 2OZZA 2HXWA 4M1VA 3PPRA 2XD3A 2HCAA 2DVZA 3IX1A 2THIA 3MWBA 3CI8A 4GFRA 1P1UA 3H3GA 5DYHA 4IO2A 3K2DA 4XTCQ 4EXLA 2B65A 3FJMA 3U1OA 2Q9TA 3F11A 3C35A 2ONRA 2XXVA 4X9TA 4U23A 2HZKA 5ISUA 5L8DA 3G3IA 1A55A 1UTHB 1QJMA 3O9PA 3FVOA 2AYSA 3KBRA 3VDFA 4C1TA 3PUVE 4L17A 4U1OA 1SVXB 4DLDA 1B3HA 4GQOA 5KCJB 3VVDA 3VVFA 4Q5TA 4KHZE 4E0WA 2Q2CA 1OLAA 1MY2A 2QS2A 3O66A 3KGCA 2OCUA 3S9LC 5KZTA 4I9DA 1MG1A 1R1NA 4YZZA 3ZKLA 3D4GA 4GL0A 1EZOA 4I62A 4OMBA 3IOWA 2I48A 1POY1 1FTKA 1PEBA 1PB8A 2XXHA 3DM0A 4ZS9A 4BDLA 1I6BA 2DWHA 1MPBA 1OLCA 3T96B 1B3LA 1DSNA 5EHMA 2V3UA 3K01A 3GBAA 1B0LA 4OHNA 4C1UA 4DXBA 3Q27A 2F6PA 2H5YA 3QXMA 5AA4B 1JEUA 1SYHA 4FORA 1ELJA 2OWSA 4GOTA 3C32A 1XS5A 4ONYA 4DDDA 4RY1A 4YMAA 4JSOA 1I6AA 1H45A 4H5FA 3MQ9A 4F29A 2QMXA 3LUYA 1LFIA 1QW0A 1WODA 1EU8A 3PV0E 3K1PA 2H99A 4HCWA 4XKQA 2QSXA 4LATA 3BBRA 2F7AA 4EQ9A 4EDPA 2V3TA 3OMBA 3PU5A 4ECFA 1FQEA 3MZ1A 3W9WA 3EHSA 5DT6A 4XIGQ 3CR9A 4XKPA 3TQWA 1NNTA 3IO6A 2X7PA 2E1SA 1DTZA 3VE1B 5KDTB 2RC8A 1ZU0A 1NH7A 2D21A 4QFLA 3TAJA 5DVJA 1PC3A 2I3VA 4U22A 3PPNA 4PQJA 4PFYA 1HSLA 1URGA 4KFQA 1GV8A 1D9VA 4QFPA 1B5JA 2ZYKA 1Y3PA 3PGFA 4ZEDA 1SI1A 1D3KA 2ONSA 4MH5A 1IXHA 4ZE8A 2GHBA 3I5OA 1IQ7A 1NNFA 1O64A 1GGGA 4ELOA 4RPOA 4N07A 2Q8JA 1IXGA 3KJ7A 2HZLA 2ZYMA 5DVIA 1HSJA 3N6TA 3N5LA 4NF5A 2Z22A 4BDMA 1TFAA 4PP0A 3CFLA 1MPCA 2CMOA 1LBCA 1LLSA 1GVCA 3PMWA 4OERA 3TTLA 2R71A 4F1VA 4N13A 1MXXA 3USDA 3OSQA 3HHGA 4P0IA 3O28A 2PT2A 4EQ7A 4OFJA 5IKBA 3RY3A 2PX1A 3EPEA 1JW4A 1QULA 1IXCA 3K6VA 4GIZA 4OETA 3A3CA 5L9SA 2DSFA 4OQOA 3VV5A 3MP8A 1JVYA 3Q29A 3KJTA 4NMYA 5A5XA 1MH4A 4Z7EA 2R6GE 1SW1A 3LR1A 1MRPA 1ZTYA 3RUMA 3KEIA 1DTGA 2PMSA 3FXRA 4F1UA 1UIUA 3VFJA 2ESNA 1BP5A 5F7VA 5DEXA 1S50A 1DPEA 4NF6B 3T9UA 3PD9A 1Q35A 1GR2A 2Y7KA 1SW4A 1FTOA 5DTBA 3TQLA 3EQ1A 3BFTA 4R2FA 1BIYA 3MZBA 3TYHA 3CVGA 2HFBA 1A7LA 5EHSA 3S9EA 5K2YA 3KN3A 3HN0A 3K0VA 4F22A 4GRKA 1B32A 4MLVA 1MY3A 5L9OA 1B5IA 3DP8A 3HHFA 3E13X 5H8QB 1FCKA 1UTBA 3RQTA 1SW5A 4E0XA 4R6HA 5I84A 3L6HA 4NF4A 2YPNA 3W15C 5CMBA 1MM6A 2F6GA 1PB7A 2QJEA 1USYH 3OENA 4OZ9A 3K02A 3ODBA 3TCHA 3TODA 4FEDA 1N3WA 4ELPA 4HCYA 4R2BA 5ELVA 4F3PA 3GXAA 3PMVA 1FQBA 4G4PA 2V3QA 4ZEFA 3FVGA 3V8XB 3O6HA 5FHOA 2WKYA 1JVXA 4BDNA 4FEBA 4FJPA 1LFGA 3SEXA 1B4ZA 4OEUA 2XXPA 3HCQA 1B5HA 3FVKA 5H8FA 4H6DA 3MBPA 2I6EA 1NL5A 3SERA 5I2NB 4OEVA 2XX7A 5I2KB 4PFUA 4F3BA 2Y7IA 1ZJLA 1NMUA 4PE5B 5BWJA 5I57A 1IXIA 4F3GA 3LSXA 2F97A 2XD2A 1OVBA 5I59B 3FD3A 1D9YA 3O97A 3T66A 3G3JA 4RK2A 4DZ1A 1URSA 3LSLA 3UN6A 5I56B 4G8MA 1A8EA 5FTHA 1CB6A 4LZ8A 2DVCA 3LBSA 2AL4A 2F5XA 1L5TA 3I6VA 1S7YA 1N76A 2H4IA 2O1LA 1GTKA 5FTIA 4LA9A 3FATA 1XVXA 1XVYA 3TKDA 4P11A 2O1MA 3PPQA 3MP1A 3W9VA 4GWOA 4OFLA 1IIWA 2NUVA 1JW5A 1B2HA 3JYRA 2A5SA 3MUQA 4KD5A 2AIXA 3MJNA 3G3GA 4N6PA 1BLFA 4WEPA 2FA7A 2F7CA 3O6IA 4HS7A 2XXRA 1YPNA 4WEDA 1N0TA 1B05A 1N7XA 1JEVA 5TPAB 1S9TA 3IL1B 2RKMA 4LQ2A 1IITA 3C34A 3C36A 4HTGA 1AL3A 4R74A 4XKNA 3AXFA 4Q0CA 2F36A 4EF1A 1MXVA 1IEJA 4G68B 4KYSA 3TUSA 1PBQA 3LSFB 1MY4A 1LAGE 2VGQA 3S4UA 1Q1KA 4ELRA 1M5DA 3TCFA 3EHTA 1B58A 3KSJA 3JZJA 3M8UA 4THIA 1ANFA 4F31B 3LSWA 1F9BA 5ICQA 3RTFB 2DE4A 4UACA 3M3KA 4G77A 3G3KA 1Z7NE 2UVHA 4LP2B 2XHDA 4AQ4A 4QHQA 3FJGA 3VLWA 3IJXB 4GXSB 4BDQA 4JBZA 2XXTA 4KPTA 1H43A 5H8HA 3C4MA 4DIGA 3ONMA 3EF7A 2FNCA 3MZ9A 4LQ5A 5FHNA 3FJ7A 4POWA 4O3AA 1Y1MA 1PBPA 3MVWA 3IR1A 3IB0A 3FIRA 1R9QA 2AL5A 1I6QA 3KFMA 5CRYA 3BFUA 3H6UA 2NVUB 4IO7A 3B6TA 3MAMA 1Y3QA 2NOOA 4RXLA 3CIJA 3G3HA 1FTJA 4QFOA 3TTKA 2X26A 4QFKA 1JQFA 4PFTA 1AMFA 2ZMBA 2ZXTA 3DP4A 3SKPA 3K6UA 2ZYOA 4TLMB 1LAHE 3S2VA 2QL3A 2P0SA 4YB5A 2Q89A 4PFWA 2DP8A 3H7MA 1NNKA 1H3DA 2I0CA 4ISUA 1FQCA 5B7DA 2V93A 4ESWA 1XHYA 1B3FA 4OYVA 2V84A 2BJJX 2W7YA 4U1ZA 2NXOA 2H98A 2RINA 4OENA 1URDA 2O69A 4RNSA 2G93A 2OWTA 1FW0A 5JK4A 1ZIUA 2HAVA 5CM6A 1LB8A 1VSOA 4R9FA 2PT1A 2Z23A 5JTYA 3H03A 3U92A 4YAHX 2I3WA 1R9LA 2O6AA 3A3UA 4I1DA 5CC2A 3M3FA 3MC2A 4LZ7A 4PETA 2B3FA 1OMPA 4OXVA 4LVQA 3TZAA 3MVXA 2ZNTA 4QF9A 3OOAA 1SYIA 4UA8A 3PUWE 5CMMA 2VD2A 2OLBA 3OO6A 4OESA 1QKAA 3UGWA 4ZEBA 3TTMA 3KG2A 5AA3A 1M5CA 5K2XA 3PMXA 4NEDA 4RYAA 1XC1A 2ONKE 4EQBA 1N84A 5I58A 5CMKA 4IO6A 5TP9A 2DYXA 3PD8A 1POTA 1MQHA 1UQWA 3SEWA 2DQVA 3I3VA 1VFDA 3RTWB 1LCFA 3CFZA 3RLFE 4IO3A 3ZSFA 3OEKA 2DXYA 3VLUA 3UIFA 5AA2A 4ZE9A 3B7DA 2ABHA 2ZYNA 1N7WA 3MVYA 4NF5B 1NKXA 2OBGA 3U8QA 4HW8A 3TMGA 4H65A 4H5GA 4TOZA 4NF8A 1ZBMA 4ZZAA 3KSXA 1US5A 4H1XA 3MPLA 2Z8EA 1MQGA 1WVJA 2REJA 4F1YA 2QS3A 2F34A 1FTMA 4M4GA 3T9XB 4GXAA 2HQ0A 4U2RA 1FQFA 3RNNA 3O6GA 1SDXA 1B7UA 4KQPA 3Q25A 3RT8A 4LZ5A 2P2AA 4FAJA 5A5XB 1MQJA 1II5A 1VFEA 3KN8A 3O29A 2REGA 1NFTA 4EF2A 2IA4A 1Y1ZA 4X1DA 5H8NA 1Y4TA 3N94A 1YTVA 2Q88A 3TFLA 4QSCA 4U21A 4R9GA 5DEXB 3CSGA 1CE2A 4AB5A 2I58A 2F8DA 4G68C 4IO4A 4ZEKA 1B9JA 4RJZA 1P99A 4JWXA 3OO8A 2OJTA 1O7TA 2DS9A 4DXUA 2ALUA 2F7BA 2H25A 1LSTA 4NWDA 3T9VA 3PPOA 3KN7A 3QUJA 2OK2A 3QAXA 1T0KA 2CZLA 3H6VA 3FV1A 3MP6A 2M8CA 1O63A 4GF8A 3FXUA 1P1QA 3H06B 3ECRA 1DOTA 1KWHA 1ZMGA 2A5TA 2D3IA 4R6YA 3G3FA 1Y9UA 1UTBB 1QUIA 2RC9A 3TEPA 4NF4B 5M2VA 1SW2A 3TTRA 2UVIA 2UYEA 4H8JA 2QMWA 1AOVA 5H8SA 3S9MC 1P1NA 1PB9A 3TTNA 2UVJA 3K4UA 2B3BA 3SEVA 4YB6A 4NTLA 3R6UA 2DWIA 1A54A 1DMBA 1EH3A 3UA8A 1XT8A 4R72A 3CRBA 1MY0A 3E9XA 1YAEA 4TQUQ 3IO4A 3S9NC 2RCAA 5J1DA 3GZGA 4FATA 1UTHA 5H8FB 1SQYA 1RYOA 3CSBA 2GHAA 1J1NA 2UVGA 4P0GA 1SD3A 3HO7A 4QSDA 4LONB 4ESXA 4KI0E 3LC8A 2A5TB 1IZ1A 3QUFA 1Y4CA 5KCJA 4BDRA 3UORA 4GVOA 5HPQA 5IAIA 1PDAA 5I57B 1H44A 1LB9A 3Q26A 1FQAA 1ZLQA 4YMBA 4RK9A 3IB2A 4DCYA 1ZKBA 2PBWA 4FIMA 3K6XA 4R6KA 1MDQA 1IUDA 3E4RA 4LUBA 3T22A 2Y7PA 4MFIA 3QIMA 3SETA 4H67A 3RPWA 3DLNA 2DE3A 3B6WA 1B46A 4WXJA 1XOCA 5AA4A 3Q28A 1R6ZA 2XXXA 2XX8A 5CBRA 4F19A 3RGYA 4POXA 1B1HA 1MY1A 1TT1A 2I4BA 1OVTA 3JV9A 2H9BA 4XXUA 3TPAA 2O7IA 1B0HA 2O51A 5CMCA 3H6TA 4DE8A 2VD3A 2O68A 1D4NA 4KCDA 5BUUA 5ITOA 4X1BA 3SDFA 1HSEA 3EHUA 5F1QA 1A40A 1USYE 1AH5A 1QUKA 1LGBC 1LCTA 1MXYA 4QSEA 2HAUA 2XX9A 5ICTA 4YB7A 3QK6A 3FZVA 1EZ9A 5KDTA 1WDNA 2RC7A 1SBPA 3WAFA 4O3CA 3FVNA 2XXQA 4BDOA 3MW0A 3PUZE 3V89B 1M5FA 3ZS6A 1TWYA 3VXCA 4F3SA 4IGRA 3DP6A 4H0WA 2YLNA 4YKKA 3VXBA 2R9JA 4F2OA 5B70A 1VE4A 4C0RA 1ATGA 3R26A 3G7WA 2E0SA 3GLBA 3V83A 3M3LA 3WAEA 3C9HA 1JW1A 3OD7A 4XKRA 1MQIA 3UK4A 4JWYA 4ELQA 2I49A 4RA1A 3IAZA 1JETA 4OWDA 3V5AA 4YICA 4IO5A 5H8HB 2UYFA 4OTEA 3BKIB 2DWJA 2Y7WA 1OQHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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