3QAXA

Crystal structure analysis of the cpb0502
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
RIWIVGTNATYPPFEYVDAQGEVVGFDIDLAKAISEKLGKQLEVREFAFDALILNLKKHRIDAILAGMSITPSRQKEIALLPYYGDEVQELMVVSKRSLETPVLPLTQYSSVAVQTGTYQEHYLLSQPGICVRSFDSTLEVIMEVRYGKSPVAVLEPSVGRVVLKDFPNLVATRLELPPECWVLGCGLGVAKDRPEEIQTIQQAITDLKSEGVIQSLTKKWQLSEVAYEAAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the cpb0502
rcsb
molecule keywords Probable ABC transporter arginine-binding protein ArtJ
molecule tags Transport protein
source organism Chlamydophila pneumoniae
total genus 64
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qaxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qaxA02
5KDTB 4BDNA 3I3VA 2HXWA 1ZTYA 2I4CA 3OEMA 3IAZA 4F3BA 4UA8A 4GXSB 3IK6B 3K6XA 1B9JA 1B5JA 1MG1A 2IA4A 1VR5A 1MXYA 5KZTA 2XX7A 3FXUA 4OFOA 1MH4A 4NF8B 2FA7A 1UTBB 4G4PA 3ONMA 3C4MA 4KFQA 1ZJLA 5F1QA 3MWBA 2IEEA 3FUZA 1HSJA 3A09A 3OSRA 5I2KB 3CSGA 2Y7RA 3TCFA 3K6VA 4ELOA 2QS1A 3JZJA 5DT6A 4OESA 4OERA 2RKMA 2DVCA 4ZEFA 5EHMA 5L8DA 2I3WA 1N04A 4Q0CA 3JYRA 1OIBA 4QF9A 5I56A 4PFYA 1B3GA 2QPQA 2QMXA 5AA2A 4NF5A 1FW0A 4I9DA 3LSFB 1YTVA 1JQFA 1D9VA 3C34A 4EXLA 4POXA 3CFLA 3VVEA 2QMWA 2ONKE 3KZGA 1NNFA 1JW4A 1FTLA 4OFLA 4R9GA 4RXLA 2ZYOA 1POTA 4BDLA 5EHSA 4F18A 2CMOA 5H8HB 4LUBA 3K4UA 2D21A 4U4XA 3QSLA 5HBCA 1R1NA 1B7HA 3FASA 2GHBA 3QAXA 4F39A 1JNFA 3C31A 4P11A 4LZ7A 3KJ7A 3B6QA 2H4IA 2ANJA 2QS2A 3KGCA 2OLBA 2XD3A 3IOVA 3G3HA 1MXUA 1B51A 2D3IA 1NNTA 1N84A 1Y3QA 3PD9A 1JETA 4F1YA 3VXBA 1SI1A 3Q26A 4U1OA 4QFNA 3B6TA 4H0WA 3T22A 2H99A 1MQIA 3VVFA 2I0BA 4IY5A 4LONB 2A5SA 3U94A 2W7YA 4YKKA 4U1ZA 2X7PA 2PT1A 3HHFA 4JB7A 1TXFA 1Y3PA 4RYAA 4XKNA 3FVKA 3PUZE 1MXXA 3K0VA 4ELRA 3UIFA 1SW4A 3FV2A 1URSA 5DVJA 3PD8A 5DEXB 5A5XA 2GFEA 5AA4A 5CBRA 1ELJA 1WVJA 3FJ7A 1JW1A 1JEVA 2GHAA 2VP1A 1P1NA 1N76A 2H98A 3IB2A 3IX1A 2VGQA 3SEYA 2OCUA 3DELB 1QJMA 1URGA 2V3QA 2H9BA 5AE4A 5K2XA 1OLAA 4C1UA 3H03A 3KG2A 3O6HA 3HN0A 3RPWA 4LP2B 4MBPA 2UYFA 3RUMA 3I6VA 3OELA 3T66A 4N07A 4H8IA 5I57A 2XXTA 2Y7PA 3EN3A 3VLWA 3RN8A 4R73A 2PYYA 1ZKBA 2YJPA 4ZEIA 3M8UA 1DTZA 1OMPA 5CC2A 3Q25A 4EF2A 1B46A 2E0SA 4ZZEA 3N94A 4KPTA 1SW2A 3FVGA 5LOMA 3PUWE 3KSJA 4JSDA 4G8NA 3ZKLA 3MZ9A 1B0LA 1AOVA 1MS7A 2Y7KA 4EXKA 3E3KA 1LBCA 2A5TB 1B2HA 5H8NA 5ELVA 1MQHA 2F5XA 3EF7A 1SBPA 3R26A 1B6HA 4DXCA 4P0IA 1USYE 3KJTA 4L17A 3TODA 5TPAA 1B7UA 2ZNUA 4G68A 2O7IA 1PB8A 2PT2A 1R6ZA 4IY6A 4H67A 4GXAA 4U2RA 5I2NB 2ZXTA 3IR1A 1B3HA 1NNPA 2DP8A 3MW0A 3EQ1A 4PETA 4THIA 3H7MA 3OO6A 1XHYA 2DWHA 3GBBA 4KI0E 4KYEA 3TFLA 3OSQA 1FTOA 4AB5A 1MXZA 3BKIB 3TQWA 4EDPA 3TAJA 2ZYNA 1IXGA 1TFAA 1B7ZA 2XXRA 4ONYA 2RF1A 4H1XA 1GV8A 3B7DA 1QUIA 1B3LA 2PBWA 1FQDA 3A3CA 4LQ5A 4QSCA 4R74A 1UIVA 2ABHA 4IGRA 2ALUA 3V5AA 1T0KA 1GVCA 1NKXA 3MC2A 4MLQA 5AA2D 3TMGA 1VFEA 1UTBA 3H6WA 1SW1A 2HCAA 1MQJA 3RT8A 3KBRA 1UTHA 2THIA 1OQGA 1HSEA 5CMCA 4OTEA 1RYXA 4Z7EA 1O64A 3MP6A 2QL3A 3R6UA 2I49A 2DWIA 4DE8A 5M2VA 3U1OA 5CMKA 2R71A 1ZIUA 4PP0A 2OWTA 1US5A 1NH8A 4FATA 3SESA 4GFRA 1S7YA 1B1XA 1BKAA 1D3KA 2I4BA 2DSFA 1O63A 4R9FA 3S4UA 1YAEA 5I58A 4DDDA 1QUKA 1F9BA 3TPAA 1WDNA 4U4SA 1XVYA 3FZVA 2F36A 3CG3A 3DP6A 5TU0A 1A7LA 3PMXA 4KYSA 4PE5B 5EYFA 3N5LA 1IITA 4R75A 3IB1A 2QSXA 1N3XA 2F8DA 1I6BA 4RK2A 4G68C 1P99A 3H06B 4JWYA 2FYIA 3S9LC 2XXQA 1VE4A 2VHAA 1B5IA 4FAJA 2XXXA 1M5FA 3GXAA 4E0XA 2G93A 4YB5A 4GF8A 5L9OA 4YAHX 1LCTA 4OVJA 4FIMA 5AA1A 1DOTA 4ECFA 4H8JA 2Z8EA 2QRYA 1MPBA 2R9JA 1ZMGA 3LUYA 4YMAA 3A3UA 1PB9A 4JBZA 2RC8A 4ZE8A 3CFXA 1MXWA 2HZKA 1H45A 3TKDA 2O68A 2NUVA 1EZOA 2HQ0A 2V3TA 4FORA 4JXIA 3H4ZA 1Y1MA 5DEXA 2GH9A 3TUSA 1SYHA 5I84A 2DXYA 1B40A 1SVXB 4OHNA 1MQDA 2I6EA 3TTRA 1P1QA 1MY4A 4XKPA 4TLMB 2DE2A 2XXUA 2HZLA 4PFWA 1JW5A 2AL5A 5FHOA 1B52A 5ICQA 4DXUA 3G3FA 1DPPA 4OMBA 1JVYA 3MAMA 1XOCA 3IOTA 4K3FA 3QUJA 3C36A 2Q9TA 3WAFA 5TP9B 4QFPA 4FEBA 4R2FA 2XXWA 3DP8A 5ITOA 1QKBA 4ESXA 1JEUA 5JTYB 1YPNA 3T9XB 4KYDA 2VD2A 2O7UA 3VXCA 3OXNA 1L5TA 1IZ1A 1PDAA 1QULA 3HV1A 3FXQA 3O66A 3MVYA 5FTIA 4WXJA 3PPNA 4F3SA 3MUQA 4ZEKA 3DLNA 1LFGA 4IO2A 1J1NA 1BTJA 4YZZA 4ND9A 3MZ1A 2A5TA 3K1MA 1FQFA 3IOUA 4KD5A 1H44A 2UVIA 4F2QA 2REJA 4IO4A 4PFUA 4JSOA 1PBPA 3LSWA 4QFKA 3UORA 4GL0A 4XKQA 3C9HA 5H8QA 3SETA 2Z8FA 3N26A 2O1MA 4MH5A 3VV5A 4POWA 4P0GA 3K02A 5KCJA 2I3VA 1D9YA 4RNSA 2Q8JA 3RTFB 1P1UA 2XX9A 4RK9A 2E1SA 4DZ1A 2OZZA 1FQBA 1Q1KA 3Q28A 3E9XA 5CI5A 1FTJA 5CMMA 3MJNA 3OOAA 5CBSA 3T93B 3E4RA 3KOTA 4PFTA 2XD2A 3SEXA 1A99A 1LB8A 3THIA 3N6TA 1EU8A 2DOJA 3QIMA 2FNCA 1N3WA 3FXRA 4NF6B 1GGGA 4BDOA 2GRVA 4GOTA 4LQ2A 2DVZA 4OWDA 5I56B 3T96B 4G8HA 2Z23A 4GRKA 5DTBA 3FD3A 4NF5B 3H6TA 4H65A 1N0TA 1I6QA 5HPQA 3PPPA 4BLAA 3C32A 1S50A 3SERA 3FVOA 1LFHA 2P1SA 1HSLA 3LBSA 3QUFA 3K1PA 1LFIA 5F7VA 1SD3A 1N7XA 3H6UA 3ZKKA 3T9VA 4FJPA 1M5CA 2VD3A 2YLNA 4RA1A 3W15C 2Q2AA 2F7AA 1LLSA 2XXYA 3FJMA 2I58A 1I6AA 2P0SA 2O1LA 2M8CA 4TQUQ 5ICTA 2NWJA 3D4GA 4X1DA 4YB7A 2R6GE 1FCKA 1AL3A 1TWYA 1LAHE 1JVXA 3G3JA 3MZBA 3PUVE 4YKIA 1KWHA 1M5BA 4OEUA 2Q88A 3TTKA 3QK6A 3BFUA 1IUDA 4G77A 5DYHA 3VLVA 3L6HA 3RT6B 3W9VA 4EQBA 4F1VA 5IAIA 1EZ9A 4YKPA 4F3GA 3HHGA 3V8XB 5L9SA 3IORA 3PUXE 3MPLA 1B05A 3UA8A 1ANFA 1PBQA 4MF3A 4NEDA 4QSEA 4AB6A 2RCAA 1D4NA 1B0HA 3T9UA 5IKBA 5AA4B 1SW5A 1XC1A 4BDQA 3MPKA 1FTKA 1UQWA 1B5HA 5H8SA 5KDTA 3FIRA 2OBGA 2O69A 1PEBA 3RGYA 3OO8A 3B6WA 2Y7WA 1NMUA 2ZYKA 3G3KA 3P7IA 1BIYA 2XHDA 5DVIA 3O6GA 2REGA 4IGTA 5H8FB 3GLBA 2Q89A 4KCDA 1USYH 1B58A 4QFOA 4NF8A 3UN6A 2AL4A 1H43A 2ZMBA 3G3IA 1DSNA 3K6WA 2V93A 4JWOA 2H25A 4ELPA 1MPCA 5FTHA 4EQ9A 1MY2A 1YCJA 5CMBA 3U72A 5I2KA 1ZU0A 2F7BA 2DWJA 4G2ZA 4JDFA 1XT8A 5I57B 4R6YA 4ISUA 4OZ9A 3H6VA 4QSDA 1NH7A 3TTMA 5I59B 4XIGQ 3IL1B 1MXVA 2X26A 1OLCA 2V25A 1PB7A 2D5WA 5HM4B 3S2VA 1IQ7A 4KQPA 1SYIA 3O29A 3TTLA 2DS9A 1AH5A 4LATA 1LGBC 3FV1A 2UVJA 2ZYMA 2HEUA 5H8NB 2ZNSA 1SQYA 1LBBA 1Y4CA 4QRZA 2DWAA 3CR9A 5TPAB 4RY1A 1MQGA 2X7QA 4BDRA 1FQEA 3O6IA 1MM6A 4Q5TA 3IJXB 3TDJA 2RC9A 1EH3A 1P1WA 5J1DA 1OQHA 3I5OA 3PU5A 3BFTA 1POY1 4NF4B 4ZDMA 3K00A 1Y20A 5H8HA 3C33A 4IO6A 4I8CA 3TCHA 2WKYA 3M3LA 4Q30B 4R6HA 3S9NC 1ATGA 3PGFA 3T9HB 1EZPA 1I69A 2BJJX 1LAFE 3O97A 2F6PA 3Q27A 3LR1A 3CG1A 3GBAA 3LC8A 3MVWA 4RPNA 4FEDA 3F11A 3UP9A 2NVUB 2XXPA 1MDP1 4M4GA 1QW0A 3OD7A 5JEIA 4H6DA 3VE1B 2HAVA 4XXUA 2UVHA 1Z7NE 4GIZA 1TT1A 1A55A 1MY3A 4H5FA 1II5A 4F2OA 4M1VA 5ITPA 2F97A 5B70A 1CE2A 4Q8RA 2PVUA 2Z22A 4GVOA 4PQJA 4Z0IA 2KLFA 3PPRA 3V83A 1R9LA 5JK4A 4YKJA 1UTHB 4I62A 3K1NA 5CM6A 3MP8A 4O3CA 2LAOA 4GWOA 2UXAA 1UIUA 3V89B 1FTMA 4HW8A 1Y3NA 3K6UA 2DE3A 2P2AA 4LA9A 5K2YA 5AA3A 4YMBA 3EHTA 1MDQA 4NF6A 1MPDA 1IXHA 3OMBA 3IB0A 5DVFA 4C0RA 1B1HA 3VLUA 3W9WA 5B7DA 1MM7A 3OENA 4OETA 4TOZA 4EQ7A 4OFJA 1VSOA 2O6AA 4RJZA 1IXIA 1MY0A 2QS3A 4QFLA 5I58B 2HFBA 4F22A 3PMWA 3CFZA 1Y1ZA 3CI8A 3TELA 2DQVA 3MVZA 2I0CA 3VDFA 5CRYA 3C35A 1QKAA 4YICA 3UGWA 4U21A 5BWJA 2RCBA 1US4A 1XVXA 4KCCA 3KEIA 1Q35A 4O3AA 3PPQA 1M5EA 3S9MC 1H3DA 3CIJA 3FGSA 4C1TA 5ISUA 2Y84A 1M5DA 4GL8A 2DE4A 4OYVA 3MVXA 3EHUA 2F35A 1WODA 3M3KA 5I2NA 4OEVA 4LZ8A 3FVNA 4XKRA 2I48A 1NL5A 3SDFA 4AQ4A 4N6PA 1B4ZA 2QJEA 2V84A 1QUJA 1B3FA 3OO7A 1XS5A 4U23A 4F19A 4H5GA 2VOZA 2XXVA 4DLDA 2OK2A 3K01A 4HCYA 1IXCA 4GQOA 2F6GA 3K2DA 4YB6A 3CRBA 3ZSFA 3O28A 2XXHA 4GD5A 3M3FA 2H5YA 1LSTA 3KN3A 3DM0A 4G8MA 1B4HA 4NE4A 3RTWB 3ZS6A 3HSTA 3SEUA 4IO3A 4IO7A 1B3EA 3IO6A 5H8FA 1DMBA 3PV0E 3O2AA 3RLFE 2PMSA 5AA2B 3TEPA 5FHNA 1GTKA 4FECA 1GR2A 1OVBA 1DTGA 2DXRA 3FJGA 1LAXA 2AIXA 4NWCA 4HTGA 4E0WA 1AIVA 2ESNA 2XXIA 2Y7IA 3TZAA 4ZE9A 1RYOA 4XTCQ 2RC7A 4F29A 3MBPA 1SI0A 2F78A 3QYTA 3HPIA 3PUYE 4ELQA 3CVGA 3SEWA 4MFIA 5I59A 3RNNA 1NNKA 3CSBA 3U8QA 4YU0A 2CZLA 4ZZAA 4WEDA 2XX8A 4ESWA 4WKMA 4NMYA 3IOWA 4ZEDA 5L9MA 1R9QA 4ZECA 4KHZE 2HAUA 4WEPA 1IIWA 3KFMA 2V3UA 2ONSA 2F7CA 3UK4A 4DCYA 3ILUB 2B3BA 1A8FA 4O3BA 5H8QB 3PPOA 4X1BA 1RKMA 2F34A 4NF4A 1IEJA 4HCWA 4HS7A 5KCJB 1Y9UA 4JWXA 4OENA 1LAGE 3OEKA 4QHQA 5A5XB 1ZLQA 2UVGA 1VFDA 3PMVA 2UYEA 1BP5A 3TTNA 1A54A 4MLVA 3H3GA 1O7TA 1Y4TA 4IO5A 1AMFA 3KN8A 1LCFA 4F1UA 3ODBA 2OWSA 1MH3A 3RY3A 1FQAA 3O9PA 2PX1A 3EHSA 2G29A 4DXBA 5FHMA 3D4CA 4LZ5A 3U92A 3Q29A 2AYSA 4ZEBA 4R72A 4KR5A 1A8EA 4NTLA 3U93A 4IB2A 4F31B 3HCQA 4R6KA 2DYXA 1MY1A 1N7WA 1QVSA 1B32A 3S9EA 2RINA 1H76A 2NXOA 4U22A 2YPNA 2B3FA 3E13X 3HO7A 4I1DA 4BDMA 3EPEA 4GLIA 3VVDA 3TQLA 2B65A 1A40A 3SKPA 4R2BA 2QS4A 3KN7A 1BLFA 4N13A 3TCGA 1S9TA 2O84X 3WAEA 3VFJA 3TYHA 1FQCA 3AXFA 3KOSA 4NWDA 3ECRA 3BBRA 3JV9A 1DPEA 4EF1A 3R7XA 3QXMA 4LVQA 5TP9A 1TFDA 3RQTA 3FATA 4F3PA 3MQ9A 4G68B 3ILTB 4ZS9A 2Q2CA 1URDA 2NOOA 1LB9A 5JTYA 1P1OA 3DP4A 3N6UA 4X48A 2O51A 1Z7ME 3LSLA 4OXVA 3KSXA 4DCXA 1CB6A 3G7WA 1OVTA 2ZNTA 3OO9A 1SDXA 3GZGA 4UACA 3L6GA 1NFTA 4X9TA 3MP1A 1MRPA 2Z8DA 3LSXA 4RPOA 5BUUA 2ONRA 1ZBMA 1PC3A 4OQOA 3IJOB 4TLLB 4FE8A 4EUOA 2OJTA 3SEVA 3G3GA 3USDA 4DIGA 3IO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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