3QUFA

The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein from bifidobacterium longum subsp. infantis
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
385
structure length
385
Chain Sequence
GGKTKISFYSYFKDNQIGEVVKGFEKKNPDITLDVQYGQDPAQYISTLQTRLAGGKPPTIFNLTMDNRTDVMKSGAALDISGEDFLDGIDDTNFALFQQDGKTYGMPVSAWVGAFFYNKDILKKAGYDKFPKTWDEFIEMGKKINSNGSTAFLEDFNTQIAGSFTGLLASYYGEQGKSGDLDADIWSGKSTFTKDWTPVFKRWEAAAKAGVIPQKSVGLSADQVKQEFVSGNLGVMRSGPWDLPDLQKSDIDFGVAPFPAYSKEDGQWINGGPDQGFAIASRASDKEKAAAKKFLAYLNSEEGLEAFTSAAGTLSLSSKYNAEPPAELKDVVDNYFKQNKFYWVNWPKSPTVMSTEGIAQQQKIVQGQISAKDAAKALDAKWATL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein from Bifidobacterium longum subsp. infantis
rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein, family 1
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium longum subsp. infantis atcc 15697
total genus 133
structure length 385
sequence length 385
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qufA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qufA02
1HSJA 3SERA 5DVJA 3IORA 3QK6A 1LBBA 3G3HA 2DWHA 4RA1A 3D4GA 4P0IA 2O51A 3TQWA 2F97A 1MY2A 3CRBA 4RY1A 3VXCA 2DXYA 1MPBA 1R9LA 4N07A 2E1SA 4H5GA 3DELB 1T0KA 1M5EA 1OQGA 3OOAA 1N7WA 2VD3A 4RK2A 3VE1B 4LZ8A 3M3KA 1PBQA 3FXUA 4NMYA 5I57B 4R2BA 5I59A 5AA2A 4GL8A 3OO8A 1MQHA 2YLNA 4YB5A 3CI8A 3V89B 1YPNA 2O69A 1H43A 2I0CA 3FXQA 3CR9A 2ZYNA 4QSDA 3MAMA 3MVYA 3CFZA 2QS1A 4G8NA 4GF8A 3AXFA 5ELVA 1NNPA 1FQBA 3FASA 3KZGA 4NE4A 2PT2A 4IO6A 1SDXA 5JK4A 1XVYA 1PBPA 3VVFA 4EQBA 2UXAA 1OQHA 3RT6B 5AA2D 4MH5A 2F8DA 3KEIA 4NF8A 3KGCA 1QKAA 2V25A 3ZS6A 1ZMGA 4AQ4A 4ZECA 1Q35A 4QRZA 1MQGA 4IGRA 3F11A 3GZGA 4KYEA 4U4SA 3Q27A 3D4CA 4KPTA 3G3GA 5L9OA 4G68B 4DIGA 4YICA 4XTCQ 2XXWA 3IOTA 1VSOA 1MY0A 3CG1A 2CMOA 4JSOA 1IXHA 4ESXA 4F29A 1PB9A 3QUFA 1ZTYA 1SI1A 2DOJA 1B3LA 2OBGA 5H8FA 1N7XA 3O6IA 1FQEA 3CVGA 2QS2A 3R7XA 5TPAA 4ZEKA 1MXYA 1Y20A 1Y4TA 3V8XB 2I6EA 1B0LA 2I48A 3KN8A 4IO3A 2DE3A 3IJOB 2Z8FA 1CB6A 1XC1A 3E13X 1O63A 1MXZA 4M4GA 1P1WA 1B4HA 1NH8A 2D3IA 3MWBA 5B7DA 3HCQA 4NWDA 2GHAA 4YMBA 2PVUA 1DTZA 4R6HA 3MBPA 3MUQA 3OXNA 4H67A 4DXCA 1LCTA 1H45A 3TEPA 2P2AA 3KOTA 2QSXA 3S9MC 1NH7A 2OJTA 4F1UA 1WDNA 3VVDA 1PB7A 3KG2A 1N0TA 3THIA 4DXBA 5ITPA 4OESA 2HZKA 4GLIA 1DTGA 3PV0E 4C1UA 4YAHX 1TFDA 1XS5A 3FIRA 2Q9TA 3IO4A 4UA8A 3RQTA 2NUVA 2Y7KA 1FCKA 3RN8A 1B7HA 3T9XB 1GV8A 2UVIA 1ZJLA 4BDQA 3OSRA 4JSDA 4RPNA 3PPQA 4DE8A 4AB5A 1FQAA 4JDFA 5K2XA 1UTBB 1BKAA 2OLBA 1AMFA 4OVJA 3GLBA 1R1NA 3N6TA 4NF5A 4ELOA 2XXIA 4GIZA 3TCGA 2HQ0A 2R6GE 2R71A 2HCAA 3KJTA 4NWCA 5HBCA 1NNTA 3C32A 1MDP1 5K2YA 1RYXA 3W9WA 1GR2A 4ZEBA 3U8QA 3L6GA 2I3WA 3JYRA 1XT8A 3LSWA 3EHUA 1MG1A 2P0SA 3FUZA 1ZKBA 2ALUA 4EDPA 3VDFA 4NF6A 3W15C 5KDTA 3UORA 3GBAA 1LFHA 1QKBA 1YTVA 4RK9A 3K02A 5I56A 4Q30B 3VVEA 4ECFA 3WAFA 1FQCA 1MQDA 1Z7ME 2M8CA 4ONYA 1Y3QA 3E9XA 3A3UA 4N6PA 4KCCA 3U92A 1A54A 1LAGE 3SEYA 1EZPA 1ELJA 2I4BA 3G3FA 5TU0A 3K0VA 5CI5A 3OENA 5I2KA 4JB7A 4U21A 3I5OA 4FIMA 3TTRA 1SVXB 3O6GA 1DPEA 3O2AA 4ND9A 3H6WA 5L8DA 3T22A 3C31A 4YKIA 2HXWA 3RUMA 4LA9A 3OEKA 2XXUA 4H6DA 2XXTA 3RPWA 3KBRA 4ZS9A 3VFJA 5M2VA 1JQFA 3ZSFA 5DVIA 3Q26A 3PD8A 3TCHA 3ILUB 3A09A 3MP8A 4AB6A 2XXYA 3HHGA 1B9JA 1MXVA 2WKYA 3O97A 2IEEA 2NOOA 1SYHA 2X7QA 1GGGA 4F19A 5A5XB 3MW0A 3C4MA 2H4IA 2XHDA 4RJZA 1LGBC 3ILTB 4KHZE 5ICQA 5H8QA 2O7UA 1LB9A 4EUOA 3U93A 4Q0CA 4ESWA 4QFOA 2RC7A 3T96B 3K1NA 1B51A 2AL5A 1R9QA 2V93A 3EHSA 1B3EA 3Q25A 2F34A 3MZBA 3FVNA 3JZJA 1LB8A 1MY3A 2HAUA 4DCXA 2REGA 1I6AA 1MY4A 2OWSA 1JW4A 1NMUA 2A5SA 3M8UA 4HW8A 3H6UA 1A99A 5AA4B 3RTFB 2QJEA 4I62A 3C35A 3IO6A 4XKPA 5CMCA 2Q88A 3USDA 3FJMA 3HV1A 1L5TA 5HM4B 1IXIA 2Z8DA 4OHNA 4FORA 2XXXA 1FTOA 4DZ1A 4F3SA 1SW5A 4ELRA 3ECRA 3OEMA 3FJGA 1URSA 2F6GA 4ZE8A 3FATA 4ZDMA 4POXA 4R74A 1S7YA 1HSLA 2DWIA 4P11A 5AE4A 5I57A 2ZMBA 3TELA 3FV2A 3PUWE 3TKDA 4KI0E 4ZEDA 3PUYE 4H65A 5H8HB 4HCWA 3MZ9A 1LLSA 3FD3A 4YB7A 1MPDA 1B3HA 3KN7A 2FA7A 4U22A 4R75A 3N5LA 1POTA 3T9UA 4GQOA 4NF4B 1MRPA 3OMBA 3T9VA 3TQLA 4Z7EA 3FVOA 4TQUQ 1RKMA 4OXVA 1PC3A 4O3CA 1VFDA 3PUVE 1IITA 4LUBA 3LUYA 4YB6A 1MXUA 2ZYOA 2FNCA 3DP4A 4G8MA 5F1QA 2Z8EA 3H4ZA 1IQ7A 2ZYMA 5ISUA 4X9TA 1R6ZA 4F3BA 4OTEA 3K00A 2P1SA 3KSJA 3IB1A 1QVSA 2KLFA 1EZOA 2ONRA 4G68A 1IZ1A 1Q1KA 4OYVA 1D9VA 2I0BA 3LSXA 1LAFE 3TTNA 3K1MA 2I4CA 2VOZA 3LSLA 4FAJA 3TCFA 2PT1A 1SW1A 1EU8A 1UIVA 4R9GA 1IEJA 4JWXA 3IAZA 2GH9A 1H44A 4NTLA 3OO9A 1OVBA 3DP6A 3WAEA 2ESNA 4GXAA 3JV9A 1ZBMA 4F39A 1SW4A 3P7IA 2AYSA 4OERA 1ANFA 3K6UA 1VFEA 4BLAA 5CM6A 1IXGA 3DLNA 3TODA 5JTYB 2QMXA 2W7YA 3PMXA 4LVQA 2DS9A 2LAOA 3K6VA 5BUUA 4ZZEA 2Z23A 4FJPA 3FJ7A 5ITOA 2F7AA 4G68C 4JWYA 1IIWA 1SI0A 4YU0A 3PUZE 4DXUA 1ATGA 1MDQA 5TP9B 4R6KA 1J1NA 2V3UA 5DTBA 5EHSA 4OEUA 1QULA 1HSEA 2AL4A 2OWTA 4I1DA 4OFOA 2X7PA 2UYFA 3IOUA 1B3GA 3MVXA 3CFLA 4LATA 2QRYA 1O7TA 2X26A 2HEUA 3N6UA 3I3VA 1OLAA 3Q29A 2XD2A 3RLFE 1NL5A 3BFTA 1JW5A 3RNNA 5CBRA 1UIUA 3OSQA 3BKIB 2QPQA 4NEDA 4M1VA 3UA8A 1SQYA 5I58B 1Y1ZA 1UTBA 4GL0A 3SEUA 2ZNSA 4U2RA 4O3BA 4XXUA 1LAXA 3FXRA 1N84A 3PMWA 5EHMA 1PDAA 1AL3A 4R9FA 1S9TA 3TTMA 1A8EA 3CFXA 3DM0A 1FTJA 4R73A 5BWJA 5KCJB 1B6HA 5KZTA 3MPLA 1ZLQA 4LQ2A 5EYFA 3LSFB 5CMKA 2A5TB 4I9DA 4XIGQ 2D5WA 5FHOA 4XKNA 2ANJA 2G93A 2ZNUA 4OQOA 2ZXTA 3RGYA 3CSGA 1I6QA 2QL3A 4U4XA 4F2QA 1MY1A 3PMVA 2RCBA 4QHQA 3N26A 4F22A 3QSLA 5H8SA 2F6PA 1QW0A 1Y3PA 1B7UA 1POY1 1MS7A 2PYYA 1UQWA 4POWA 4GOTA 1BP5A 1XVXA 4IO2A 1LSTA 1MM7A 3TTKA 2DQVA 3PUXE 1D4NA 1MQJA 3W9VA 1TFAA 4PP0A 1P1OA 2NWJA 4QSCA 1B52A 1PEBA 4QFNA 4MLQA 3H6TA 3O9PA 3IOVA 4LQ5A 4C1TA 3UN6A 3MC2A 1A40A 4U1OA 2Y84A 1F9BA 1XOCA 3PU5A 1OLCA 3HSTA 3VV5A 2H98A 3FVGA 1US5A 4F1VA 3U72A 2Q89A 3FVKA 3TUSA 2B3FA 1A7LA 3ODBA 2Q8JA 1A8FA 2YJPA 3SESA 3C36A 2RINA 3TMGA 1PB8A 1URGA 3Q28A 2Y7IA 4PFTA 2F7CA 3U1OA 5FHNA 5A5XA 4H8JA 3TDJA 2GHBA 2RC9A 3KFMA 5FTIA 4E0XA 4FECA 1B4ZA 2DE4A 3K6XA 4KYSA 3ONMA 4Q8RA 1AH5A 1DPPA 4C0RA 2E0SA 2GFEA 2NXOA 2R9JA 3QYTA 3BBRA 3T66A 3MZ1A 4THIA 4PETA 4ELQA 4H0WA 2XX7A 4Q5TA 2XXQA 4O3AA 1YAEA 3IOWA 2Z22A 2O7IA 3TZAA 3EPEA 4X1BA 1NFTA 1B1HA 4IO4A 2VHAA 4FATA 3C34A 2OCUA 2PBWA 5DYHA 1FQDA 4YMAA 2UYEA 5AA4A 4P0GA 2PX1A 1D9YA 1LAHE 5DEXB 3TAJA 1MH4A 3IB0A 2VD2A 1B3FA 2FYIA 5FTHA 2XXVA 4HTGA 1OIBA 1SW2A 3TYHA 2DSFA 4X1DA 4R6YA 1ZIUA 2QS4A 2V3QA 1OMPA 4YKKA 4PFWA 1SYIA 1N3WA 4F3GA 3PPOA 4U23A 4EQ7A 3EHTA 2Y7WA 2DWAA 2H99A 1Y9UA 4R2FA 1NNKA 4HCYA 1B1XA 3TPAA 3O6HA 4KYDA 3RY3A 3E4RA 5H8HA 1M5BA 3K6WA 3KOSA 5AA3A 3O29A 4R72A 3OO6A 3S9LC 4G4PA 5H8NB 4EQ9A 1M5FA 3QUJA 1JVYA 1YCJA 4N13A 3MPKA 4NF4A 4KFQA 1NKXA 2G29A 2XD3A 4OENA 2O1LA 4UACA 4PFUA 1BIYA 5I2NB 3I6VA 1LFGA 3IB2A 1URDA 4XKRA 4KQPA 1D3KA 4RPOA 3ZKKA 1IUDA 4WEDA 4LONB 3SKPA 4BDLA 1II5A 1MQIA 4GFRA 3T93B 2ONSA 4LP2B 4G77A 4OFLA 1CE2A 4F1YA 5B70A 5IKBA 2RF1A 4ZEIA 4QF9A 1VE4A 3PPPA 5CMMA 4ZEFA 5DVFA 5J1DA 2DYXA 4EF1A 3IR1A 1AIVA 2NVUB 3H6VA 3PGFA 1S50A 4G8HA 2I49A 3QAXA 4L17A 2AIXA 4DLDA 1MXWA 2Q2CA 3CSBA 1B40A 2ABHA 3EQ1A 2RC8A 1JEVA 2IA4A 3B7DA 3N94A 5I59B 5AA2B 1SBPA 2HFBA 2REJA 1JNFA 2THIA 1GTKA 3FZVA 4XKQA 3SETA 4BDOA 5CRYA 1QUKA 1KWHA 3BFUA 4YZZA 1A55A 4H1XA 4IB2A 4TLMB 2DP8A 3VLVA 1JEUA 2BJJX 1B5JA 2QMWA 1US4A 5CBSA 4GVOA 2Q2AA 3G3KA 4TOZA 5JTYA 4H5FA 2VGQA 4K3FA 2B3BA 3O28A 2ZNTA 4KR5A 3UK4A 4NF8B 3H7MA 1B32A 2I58A 4ZZAA 1P99A 3PPNA 2QS3A 2O84X 1GVCA 3K2DA 1N76A 4GXSB 2H25A 1I69A 3H3GA 4F2OA 1TT1A 5TP9A 3TFLA 3K4UA 4BDMA 1ZU0A 1B5HA 2I3VA 3H03A 2F5XA 1B5IA 3KJ7A 4BDRA 1FTMA 3MQ9A 3VLWA 4WEPA 1EH3A 4MBPA 3U94A 3UIFA 4IO7A 1USYE 5H8FB 2HAVA 4FE8A 3IX1A 5TPAB 1B58A 4PE5B 5ICTA 2XXPA 1FTKA 4YKPA 1P1UA 4KCDA 5I58A 2UVGA 3IJXB 3DP8A 1Z7NE 3R6UA 3QIMA 3SDFA 3ZKLA 4JXIA 3HPIA 4KD5A 2DWJA 3O66A 2Y7PA 4QSEA 5KCJA 1MH3A 4F31B 3M3LA 4WXJA 4FEDA 1DSNA 4RYAA 1UTHA 1EZ9A 4YKJA 2A5TA 3GBBA 4QFKA 3EF7A 2RKMA 1MM6A 3V5AA 3B6QA 2F36A 1JETA 1B0HA 3MJNA 4OMBA 2Y7RA 1UTHB 3MP6A 1WODA 3IK6B 4GWOA 3S9NC 4MFIA 3MVZA 2XXRA 1Y4CA 3KN3A 4RNSA 4IO5A 3T9HB 3M3FA 3K1PA 1MPCA 2DXRA 2D21A 1B46A 3OELA 4OEVA 1N04A 4ELPA 3C33A 2UVHA 3G3JA 4OWDA 1H3DA 5CC2A 4F18A 4LZ5A 2F7BA 2F35A 5L9SA 2F78A 4NF5B 1Y3NA 1N3XA 2O1MA 5FHMA 1M5CA 3E3KA 2XX9A 4TLLB 2OZZA 2VP1A 3VLUA 2GRVA 1DOTA 4QFLA 1Y1MA 3K01A 3LBSA 3HHFA 3RT8A 4OZ9A 3G7WA 3C9HA 3RTWB 1RYOA 3GXAA 4NF6B 2PMSA 5KDTB 1IXCA 3TTLA 4MF3A 4F3PA 2UVJA 2H5YA 5I56B 3OO7A 3SEXA 2YPNA 4E0WA 1FW0A 2CZLA 5LOMA 4PFYA 4PQJA 4QFPA 3CG3A 3LR1A 1O64A 3SEVA 2RCAA 1WVJA 3KSXA 3L6HA 3V83A 1VR5A 4JWOA 4OETA 5IAIA 2V84A 5JEIA 4I8CA 1MXXA 3HN0A 4DDDA 2DVZA 1B05A 4IGTA 4IY6A 5I2KB 1LBCA 4G2ZA 5L9MA 2OK2A 3SEWA 1USYH 3B6WA 2H9BA 1P1NA 3VXBA 1B2HA 3UP9A 3B6TA 3H06B 2XXHA 1TWYA 1JW1A 2ZYKA 4HS7A 3PPRA 4ISUA 1LFIA 3G3IA 4IY5A 1JVXA 4LZ7A 3R26A 5DT6A 2O6AA 2DVCA 4OFJA 3HO7A 3OD7A 1NNFA 3QXMA 3FV1A 1FQFA 4BDNA 3PD9A 5I84A 5CMBA 3S2VA 1QUJA 5DEXA 4WKMA 1XHYA 4Z0IA 5HPQA 3MVWA 1TXFA 2XX8A 1QJMA 5F7VA 3EN3A 2HZLA 4FEBA 4U1ZA 4EXKA 4MLVA 2DE2A 4EF2A 1B7ZA 3LC8A 1H76A 3A3CA 1FTLA 1AOVA 5H8QB 3UGWA 4EXLA 1I6BA 4GD5A 1BTJA 4X48A 2V3TA 3MP1A 5AA1A 1LCFA 3CIJA 1QUIA 1M5DA 3S4UA 3S9EA 3IL1B 5H8NA 1P1QA 4RXLA 1OVTA 1SD3A 4JBZA 2B65A 4DCYA 1DMBA 3FGSA 4GRKA 1BLFA 2ONKE 5I2NA 2O68A 4H8IA 4ZE9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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