3R6UA

Crystal structure of choline binding protein opubc from bacillus subtilis
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
272
structure length
272
Chain Sequence
QTIKIGAQSMSESEIIASMLGQLIEHHTDLKTTTIKNLGSNAVQQQALMNGEIDIAATRYTGDALTGTLRMEPEKDPDKALALTQREFKKRYDLKWYDSYGFDNTYAFTVSKELADQYHLETVSDVKKWAPQLKLGVDNYWMKLKGNGYQDFTKTYGMTFGGTYPMQIGLVYDAVKSGKMDIVLAYSTDGRIKSYGLKMLKDDKQFFPPYDCSPVVPEKVLKEHPELEGIIKKMLGKIDTATMQELNYEVDGNLKEPSVVAKEYLEKHRYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Crystal Structure of the Substrate-Binding Protein OpuBC from Bacillus subtilis in Complex with Choline.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Choline-binding protein
molecule tags Transport protein
total genus 97
structure length 272
sequence length 272
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3r6uA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3r6uA02
5CM6A 1BTJA 4O3BA 4P11A 2CZLA 4OENA 1B6HA 3A3CA 4UA8A 2B3BA 1A40A 1WODA 2YJPA 2QSXA 1QVSA 4ZEDA 5B70A 1ZLQA 3G3FA 5ISUA 3TTNA 3TCGA 4NF5B 3QUJA 4NF4A 5H8QA 1LBBA 3T96B 1B5IA 3QAXA 2PMSA 1B46A 4F1YA 2Q89A 2OJTA 1PB8A 3UIFA 4PP0A 4DCXA 5I2NA 4XKRA 4R74A 3A09A 3IOTA 3KN3A 4KCCA 1L5TA 2ANJA 3B7DA 3K0VA 4X9TA 1YAEA 4XKPA 3KOSA 5I56B 3HSTA 4LQ2A 2F8DA 2VOZA 3KEIA 2GRVA 2PT1A 2ALUA 2AL5A 4H5FA 2XXUA 3N26A 4LZ8A 4QRZA 4RNSA 5TU0A 3VE1B 2UVJA 3RN8A 2D5WA 1B40A 3KFMA 4BDRA 1DOTA 1EZOA 1IXGA 2REJA 5KDTA 2QMWA 3Q25A 2AIXA 2G29A 3PV0E 4Q5TA 4OHNA 1UIUA 4E0XA 3HHGA 4MF3A 3VXBA 1AMFA 3HO7A 3K6UA 3KZGA 3O28A 1SW2A 1IITA 3KG2A 5AA2D 1S9TA 1SI1A 2DYXA 3RLFE 5FHMA 1VFDA 3SEXA 1NL5A 2XXPA 1AH5A 4ISUA 1US4A 1LAGE 2I48A 3THIA 5H8FA 1JW4A 3IAZA 1DTZA 2NOOA 2P1SA 1MY0A 1UTBB 4ND9A 4ZS9A 5DT6A 1MXYA 3O2AA 1PBPA 1B1HA 3OELA 4F2OA 4KYEA 3TTKA 4G77A 2DVZA 4F3PA 1FQAA 2M8CA 4R2BA 5CMBA 1FTOA 2QPQA 4OQOA 3TKDA 4G8MA 4ESWA 5TP9A 1Z7NE 1B5JA 2UYEA 4RPOA 3S9LC 4QSDA 5CBSA 2VGQA 2PT2A 4BLAA 4R6KA 1HSLA 4KPTA 3FIRA 4PE5B 1GTKA 2V25A 1P99A 1XVXA 1I6QA 1OLCA 4PQJA 2O7UA 3M3FA 3S9NC 2OCUA 2DE4A 3PUYE 2Y7IA 1R9QA 3LSLA 5I2KB 1PB9A 4N13A 3OXNA 1MDQA 3Q27A 3OENA 3UN6A 4ELPA 2XXHA 2QS4A 3I6VA 5DTBA 3LSWA 1H3DA 4HCWA 3TUSA 3SERA 2I58A 2ZNUA 1MDP1 3TCFA 4YZZA 3E3KA 3ILTB 3IO4A 4EXLA 2NWJA 1OMPA 4KYSA 3RPWA 1OVTA 1GGGA 4DLDA 4IO7A 1JW5A 4F31B 4IGRA 3C35A 4ELOA 5ICQA 3N5LA 2AYSA 4ELRA 5CMMA 4OEUA 2HFBA 1RYOA 4QHQA 4HW8A 2HZLA 1MM6A 3U8QA 3TQLA 2UXAA 3HCQA 3D4CA 1FQCA 4FEDA 3CSGA 3LR1A 4GXSB 2Y7PA 3FGSA 1B4ZA 3VV5A 4JWOA 2UVIA 2F5XA 4JB7A 3OO9A 5L9SA 3MWBA 4TOZA 2A5TA 4R9GA 1AIVA 5AA3A 5CMKA 1B58A 4HCYA 5H8SA 1EH3A 3SESA 4WXJA 3B6WA 3Q29A 1A8FA 1LLSA 4EXKA 4IO6A 4Q30B 3TPAA 3FXUA 1R1NA 3FUZA 3T9XB 5IAIA 2V3TA 5BUUA 2H98A 2THIA 1VFEA 1B2HA 1LCTA 3QXMA 4Q0CA 2QS3A 2YLNA 4NMYA 3GBBA 2D21A 4G8NA 1QW0A 1R9LA 2DP8A 4DDDA 1H44A 2XXXA 3VXCA 4IO3A 3RGYA 1MXUA 3V8XB 4F3GA 4BDLA 1FQBA 4I1DA 1SI0A 4U1OA 2H25A 4H5GA 4OESA 5F7VA 4ESXA 1JETA 1TFDA 2OLBA 3O29A 1PB7A 3O6IA 3FVKA 1O64A 4NF5A 1US5A 3USDA 3CFXA 2UYFA 3EHTA 2OWTA 3VLVA 2R71A 4H1XA 4MH5A 5IKBA 3C33A 3OO8A 4G68C 2I3VA 1B5HA 2OBGA 2XXIA 4NWDA 3GLBA 4RY1A 1JEVA 1NMUA 4OWDA 1USYE 3Q26A 3DM0A 2QRYA 2GHAA 3C34A 4OFJA 1A54A 4XKQA 5I58B 3IK6B 4RPNA 3RY3A 2DSFA 2DWIA 5I56A 4K3FA 2PVUA 4R6HA 4GWOA 1TWYA 4ELQA 3HV1A 3DP8A 4TQUQ 4O3CA 3QK6A 4U23A 3CG3A 4F3SA 4R2FA 1SDXA 3V89B 2ZYOA 3V83A 3SEWA 1N3XA 3PPPA 3UORA 5H8NB 3R6UA 4RA1A 4AQ4A 2ESNA 3MAMA 3UP9A 3CIJA 4UACA 2O1MA 1Y3PA 4U22A 2B3FA 1P1OA 3KSJA 4GD5A 4QSCA 2VD2A 1Y4TA 3EHSA 3IB0A 5A5XA 1UIVA 1FQEA 3RUMA 1XS5A 1URDA 3E13X 4GF8A 1Y4CA 3I3VA 3JYRA 4ZE8A 3MVWA 3FJMA 3OSQA 5B7DA 4F1VA 1UTBA 1M5BA 2B65A 3OMBA 4XTCQ 3PUXE 1MQGA 1GVCA 3G3KA 5K2XA 3FV1A 1VE4A 2HAUA 2F35A 2PBWA 4U2RA 3MZ1A 2ZYMA 4G68B 5DVIA 1SYHA 1Z7ME 2HAVA 2ZXTA 3BBRA 2XXTA 4C1TA 3TQWA 3TAJA 2QJEA 3K02A 4GL8A 2XXYA 3W9WA 4GL0A 3K1PA 4IO5A 4H8JA 4P0GA 5M2VA 1MQHA 5TPAB 1XOCA 1ZIUA 2XD3A 3PD8A 4YMAA 1MXXA 4H67A 2I0CA 4N6PA 3DP6A 3IOVA 1D3KA 1POY1 3FATA 3QIMA 2RINA 1SW1A 3RQTA 4NE4A 1LCFA 1M5DA 5FTHA 5I2KA 1N3WA 3H03A 3DLNA 3U92A 3VFJA 3C4MA 1NH8A 3G7WA 2W7YA 3FV2A 1OQGA 1LAHE 4DXUA 4ZE9A 3PD9A 1LFIA 3TCHA 3PPQA 4X1BA 1PDAA 3DELB 3C36A 3BFUA 3FZVA 5A5XB 3FJ7A 4QFNA 2ONKE 1JEUA 1MG1A 3G3JA 4DCYA 1OLAA 4KCDA 3KN7A 4ZEBA 1FTMA 4PFUA 3KN8A 3LBSA 3ZKKA 4IY5A 1B3EA 3PMVA 4IY6A 2DWAA 3TTMA 2Q88A 3TEPA 4H0WA 4U21A 3K1MA 2ONSA 1IXIA 3TZAA 1MS7A 4NF6B 3KSXA 3K01A 4DXBA 4OEVA 4YKJA 1ANFA 1B3FA 3GBAA 4DXCA 1OVBA 1PC3A 4MFIA 2F6GA 3E9XA 4LONB 3TTLA 3LC8A 1UTHB 2DE3A 2F78A 4LP2B 1S50A 4XIGQ 5DEXB 1MY2A 1SD3A 4U4SA 3KBRA 4PETA 4LA9A 4MBPA 1MPDA 4LZ7A 2OK2A 3MPKA 3K6VA 2DWHA 2I49A 5I84A 3T9HB 3FXQA 1EZPA 1MPCA 4JWXA 3CSBA 4FE8A 2KLFA 3ECRA 4R72A 4DZ1A 1TFAA 2BJJX 3L6GA 2RC7A 3M3LA 4FEBA 1M5FA 4H65A 1DMBA 5H8HB 3EN3A 4GRKA 4ZEFA 3K6XA 3H7MA 3UK4A 3IL1B 1EZ9A 4BDQA 4OETA 1MRPA 5JTYB 1Y3QA 4NEDA 3FD3A 4OERA 3R26A 4WEPA 1M5CA 1RYXA 3IOWA 4JBZA 1ZBMA 3FXRA 4LVQA 3LUYA 2R6GE 2QS1A 2HXWA 2X7PA 2V3UA 3C31A 1LB8A 3JV9A 4YB7A 3MP1A 1SYIA 2Z23A 2XX7A 4XXUA 3Q28A 1MM7A 4AB5A 2Z8DA 1B52A 1JQFA 3T9UA 2Q2CA 4BDOA 4FATA 5AA4B 4YB5A 3PPOA 1B3GA 1I6AA 4ONYA 3PU5A 5FHOA 2Q8JA 2AL4A 3K00A 3KJ7A 4F1UA 1O63A 3H06B 5I58A 4I9DA 1GV8A 1B9JA 3OO6A 1T0KA 3PMXA 1SW5A 3SKPA 2ZYNA 1LAXA 4XKNA 2DOJA 2VP1A 5CI5A 3IB2A 1UQWA 3H4ZA 3ILUB 5I57B 1OQHA 3R7XA 1B05A 3ZKLA 5AA2B 1NNKA 4IO2A 2XXRA 4F3BA 4ZZEA 4QF9A 5LOMA 5L9OA 3UA8A 5H8NA 2V84A 1GR2A 3N94A 5KZTA 5I59B 5AE4A 2HEUA 1HSJA 3DP4A 4FJPA 2QMXA 1DSNA 3H3GA 1JVYA 3PPNA 4EF1A 1N84A 1B51A 2DXRA 4Q8RA 2ZNSA 4ZEIA 2RCBA 1MQDA 4EQ9A 3OEMA 1MPBA 4EQBA 5DVJA 1BIYA 1SBPA 1A7LA 3K1NA 4N07A 4NF8B 4RXLA 4QSEA 4I8CA 1BKAA 1FQDA 3C9HA 1M5EA 4IB2A 4NTLA 3U94A 1IZ1A 1MY1A 4H8IA 1Y9UA 3MJNA 2PYYA 1QJMA 4F39A 5CC2A 4G68A 2V3QA 5HM4B 1TXFA 4NWCA 1JNFA 2GH9A 1D4NA 1B0LA 1IXCA 1MH4A 3FVOA 2HZKA 1IXHA 1S7YA 3G3GA 4KI0E 5TPAA 2RCAA 4LZ5A 3MQ9A 4R9FA 4MLQA 4POXA 5KCJB 2I4BA 1IQ7A 4F18A 4OYVA 1FW0A 4THIA 3IO6A 4TLMB 4FAJA 1MH3A 1IEJA 2I3WA 3T9VA 3W15C 3O97A 2H9BA 2O1LA 3OO7A 4KHZE 4OFLA 5HBCA 4M4GA 4MLVA 3HHFA 4OXVA 3SEYA 1SQYA 4KR5A 3MZBA 2XXVA 2FA7A 2UVHA 4QFLA 3O9PA 4PFTA 4X48A 1XC1A 2UVGA 3IOUA 3PMWA 3AXFA 2O7IA 1N7XA 4ZECA 4KYDA 1MXZA 2ABHA 2IA4A 1ZMGA 3PPRA 3OOAA 1AL3A 4QFOA 1JW1A 1EU8A 1AOVA 4GFRA 5FTIA 5AA1A 1WVJA 2NXOA 2PX1A 5DVFA 4ECFA 3C32A 2Y84A 2HQ0A 1LSTA 4GXAA 3RTFB 1NH7A 3BFTA 1I69A 4R75A 3H6TA 3OD7A 2XHDA 1NNFA 4NF6A 1IIWA 2OZZA 3EHUA 4YU0A 3TDJA 1B7ZA 2F6PA 1PBQA 3MP6A 3RT6B 2HCAA 3L6HA 3B6QA 2ZNTA 1UTHA 2H4IA 1HSEA 3CR9A 3CG1A 4P0IA 2ZYKA 2FNCA 5DEXA 2XXWA 1URSA 4JWYA 4FIMA 2IEEA 3RT8A 1A8EA 4IGTA 1A55A 1B7HA 1MXVA 3LSXA 2DE2A 2F97A 2XXQA 3IJOB 2VHAA 2H99A 3TMGA 3W9VA 4Z7EA 5CRYA 1FQFA 1XHYA 1USYH 1Y20A 3O6HA 2ZMBA 4JSOA 1SW4A 3PUZE 3VLUA 1H76A 2VD3A 5H8HA 3O66A 4JDFA 1ZU0A 1VSOA 5ITPA 3IORA 3VVFA 2D3IA 2DS9A 2P2AA 5JTYA 4Z0IA 3K6WA 3ZSFA 4F22A 4RJZA 2RC8A 4ZDMA 3S9EA 1CB6A 4U1ZA 3QUFA 2RC9A 1RKMA 3ONMA 1LFGA 4OMBA 3RTWB 3ZS6A 3TYHA 4HS7A 3I5OA 4GVOA 5K2YA 2XX8A 4POWA 3MW0A 1MXWA 3S9MC 1QKBA 5ICTA 2R9JA 5F1QA 4EUOA 4RK9A 1OIBA 4GLIA 1II5A 2DVCA 1N76A 4OZ9A 4FORA 3E4RA 4I62A 3IB1A 1B3LA 4QFKA 3BKIB 3F11A 5AA4A 1MQIA 3SDFA 4NF4B 1P1UA 1B1XA 5H8QB 4BDNA 3MZ9A 1P1WA 1B0HA 4G8HA 1B3HA 3RNNA 3M3KA 1Y1ZA 3GZGA 2Q9TA 5HPQA 4L17A 3N6TA 1LGBC 1O7TA 3FVNA 1Y1MA 4JSDA 3T66A 3LSFB 2P0SA 3TELA 4OTEA 2RKMA 5I2NB 5JEIA 4LATA 1CE2A 2YPNA 3V5AA 4X1DA 4YB6A 1FCKA 3WAFA 1JVXA 3U1OA 5L8DA 2F7CA 3H6VA 5I57A 1B7UA 1H43A 1Q1KA 3PUVE 2O84X 5AA2A 4YICA 3G3HA 1D9VA 3IJXB 4IO4A 2Z8FA 3MVZA 4PFYA 2RF1A 5I59A 5ITOA 1ZTYA 3KJTA 4HTGA 4F29A 2O69A 1VR5A 1NKXA 1MQJA 4PFWA 4AB6A 4ZEKA 3FASA 3IX1A 3MPLA 2Y7RA 3QSLA 1MY3A 5KDTB 4DE8A 4H6DA 2QS2A 3EQ1A 4NF8A 3PUWE 5CBRA 2WKYA 3JZJA 2X26A 1D9YA 1WDNA 1QUKA 1P1NA 4JXIA 2Z8EA 3IR1A 1J1NA 1Y3NA 1N7WA 1LB9A 1NFTA 1ZJLA 3OSRA 2G93A 1TT1A 3SEUA 2DQVA 2NVUB 1B32A 4DIGA 5H8FB 3VVDA 2I0BA 1DPEA 4GQOA 1FTJA 2Z22A 1R6ZA 1N04A 2LAOA 1BLFA 1FTLA 3VVEA 4LQ5A 2QL3A 1DPPA 2DXYA 4BDMA 2O68A 3WAEA 2Y7WA 4U4XA 4R6YA 3MBPA 3QYTA 3T22A 4C1UA 5EHSA 3H6UA 5KCJA 2O6AA 3SEVA 1XT8A 4RK2A 2X7QA 3CVGA 5TP9B 1YPNA 1I6BA 5ELVA 4C0RA 3H6WA 3K2DA 1MY4A 1BP5A 4TLLB 1ATGA 1F9BA 2GHBA 4YKKA 2O51A 4EF2A 3MVXA 5DYHA 1LFHA 4FECA 2REGA 2XD2A 3S2VA 3SETA 4KFQA 3FVGA 1A99A 3CRBA 4F2QA 1Q35A 3TTRA 2F36A 3P7IA 3PGFA 1LBCA 3U93A 2XX9A 3N6UA 3EF7A 3VLWA 2ONRA 2H5YA 3K4UA 5EYFA 1DTGA 3T93B 4R73A 1XVYA 1B4HA 2A5SA 3S4UA 1POTA 3TODA 2F7BA 4G4PA 1P1QA 5JK4A 4EQ7A 3MC2A 3EPEA 3CFLA 4RYAA 2DWJA 3M8UA 2E0SA 3CI8A 4WKMA 1QULA 2GFEA 5BWJA 1NNPA 3TFLA 4M1VA 4YMBA 2OWSA 1N0TA 3OEKA 4QFPA 4KQPA 4G2ZA 2Y7KA 5EHMA 1FTKA 4YKIA 5FHNA 2NUVA 3MP8A 1QUIA 3VDFA 1LAFE 3KOTA 1QKAA 3GXAA 2E1SA 3ODBA 1IUDA 1QUJA 2A5TB 2I4CA 4KD5A 3UGWA 3G3IA 4GIZA 1H45A 3KGCA 3HN0A 1URGA 3B6TA 4YAHX 1YTVA 4OFOA 2Q2AA 3O6GA 2F7AA 2F34A 2FYIA 1ELJA 2V93A 3MVYA 1PEBA 4E0WA 5CMCA 3A3UA 5J1DA 1NNTA 4YKPA 4ZZAA 4GOTA 1ZKBA 3FJGA 3U72A 4F19A 4LUBA 2I6EA 5L9MA 3CFZA 4EDPA 4O3AA 1SVXB 3D4GA 4OVJA 4WEDA 3MUQA 1YCJA 2CMOA 3HPIA 1KWHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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