3RGYA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with lipopolysaccharide at 2.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Lipopolysaccharide at 2.0 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA02
4KI0E 4R2FA 4ZE8A 4LUBA 3V83A 4G4PA 3OMBA 3JYRA 3BFUA 4FECA 1URGA 3B6WA 4QF9A 5CI5A 1N84A 4YB5A 1FTJA 4DXBA 4MBPA 2DWHA 1B4HA 2DQVA 2HQ0A 2XXIA 3E3KA 1SYHA 4GVOA 2A5TA 1Y3QA 2QMXA 3B6QA 3TQLA 3PMVA 1QKAA 2AYSA 2V93A 1RKMA 2F6PA 1ZLQA 4UACA 2DVCA 2Y7PA 5IKBA 1UTBB 1JNFA 1EZOA 1FTKA 2R6GE 3W9WA 4IO6A 3IB2A 3Q29A 5JK4A 1OQHA 2GH9A 2PMSA 4M1VA 5J1DA 2XHDA 2HFBA 5ITOA 1EH3A 4G8NA 3H6VA 2O51A 2V25A 3VLWA 1XS5A 2ANJA 5H8HA 1IEJA 2QMWA 1A8EA 3TTRA 4QSCA 4R72A 2ZNTA 1LFIA 3Q26A 3D4CA 3PUZE 1TFAA 1MXZA 1Y4TA 3H3GA 1B5IA 4Z0IA 4LONB 2REGA 3R7XA 2I6EA 4Q8RA 4KQPA 2OLBA 4DE8A 5F7VA 1MH3A 1VE4A 3KBRA 2UXAA 1AIVA 1SW1A 1SQYA 4PE5B 5DVIA 3RQTA 2I48A 4KD5A 2ONKE 2F7CA 4G77A 3S9EA 4X1DA 3MC2A 5ELVA 2DE3A 3TTNA 2HZKA 3Q25A 1UTHA 5EYFA 2ZNSA 4YB6A 3MVZA 4KYDA 2PVUA 4R6HA 4WKMA 4QRZA 4P0GA 3FIRA 4ELRA 5H8SA 2ZYKA 1Y9UA 4XKNA 4IO2A 4OESA 4G68C 1TWYA 4GL8A 2O7IA 2OWSA 2QJEA 3KJ7A 2QPQA 4ZECA 3PV0E 2XD3A 1IQ7A 4I1DA 3RTFB 3UORA 5H8HB 3SDFA 1JQFA 3H6UA 1LFHA 4H6DA 4U4SA 4BDMA 4MFIA 1KWHA 4XTCQ 1MM7A 4EUOA 4IO5A 3GZGA 1B52A 3IJOB 3T9VA 3IOVA 3G3GA 3FASA 1B7HA 2Z8FA 2I3WA 4MH5A 4AB5A 3OOAA 3SEXA 2G29A 4H0WA 5TU0A 5CMMA 1FQBA 4DDDA 2QS1A 1NL5A 2F7BA 1OLCA 1AMFA 2XXVA 5L9SA 4ZS9A 3LUYA 4HCYA 2B3BA 2Z23A 2F97A 2I4BA 3N6TA 4GWOA 1I6BA 3TCGA 3IORA 4YKIA 2UVIA 4NE4A 3GBBA 2PX1A 3VE1B 1URSA 4NF8A 1MM6A 3SEVA 3N94A 4NMYA 3AXFA 4PETA 2PT2A 4H5GA 4JSDA 4ZEFA 1UTHB 3C36A 4Q0CA 2OCUA 3MVWA 5L9OA 5HPQA 3TKDA 1QUIA 3OO8A 1Q35A 2RCAA 3CI8A 3KN7A 5I56B 3QK6A 3S2VA 4ELPA 2NXOA 4HW8A 2ONRA 4DXCA 4YAHX 5DEXA 1S7YA 1EZPA 4H5FA 2F78A 1USYE 4FATA 2DXRA 3IR1A 3C31A 4DXUA 2YJPA 1SW4A 3TQWA 3CRBA 5I59A 3KSJA 3FV1A 4XXUA 3FVOA 1XHYA 3CIJA 3T93B 2B65A 4JB7A 4NWDA 4EQ9A 1FQDA 4LQ2A 1MXYA 4ELOA 4TLMB 4F3SA 3KSXA 3ODBA 1FQCA 3C34A 3QAXA 1N3XA 3G3HA 4IO7A 4NF6A 3WAEA 3VLVA 2RC7A 3MZ9A 5I57A 3BKIB 4U2RA 2O69A 5BWJA 5A5XB 3ECRA 3D4GA 3HHFA 1MQDA 4F3GA 3MAMA 3V89B 4QSDA 4IB2A 2FYIA 1JW5A 4OERA 1O63A 3MVXA 1N0TA 4DCXA 4I9DA 4JWOA 1IXCA 3PUYE 4ZEIA 2XXQA 2CMOA 4KFQA 3SEUA 3UN6A 4KCDA 2RKMA 4XKQA 3HSTA 3IO6A 1LAHE 2NOOA 1D9YA 4R6YA 1NFTA 3TDJA 1N7XA 4Z7EA 4GFRA 4OMBA 1OIBA 3LSWA 5DEXB 4TLLB 5CMKA 2OJTA 1MPDA 1LLSA 3KGCA 1ELJA 3I5OA 3ILTB 3VV5A 1NNFA 5I59B 3M3FA 2M8CA 3TTMA 3K1NA 3OO9A 4EXLA 3CFLA 2V3QA 1ZU0A 3IB1A 2GFEA 5AA2A 1ZIUA 4IO4A 3RNNA 1Y1ZA 1BLFA 3O28A 4QHQA 1XVXA 4LVQA 1WVJA 4GRKA 3DP6A 3K6VA 1MPCA 5KCJA 2O1MA 1LCFA 1PB7A 2HXWA 2HEUA 4U1ZA 3LSFB 5H8FB 1NMUA 1SI1A 1FTLA 4KYEA 1B6HA 4NF6B 5L8DA 1Y4CA 5AA4B 1SD3A 4C1UA 4ZZAA 4U23A 3K00A 3G3IA 1JVYA 1HSJA 2QRYA 1USYH 4ZDMA 1CE2A 2IEEA 3JV9A 4GXSB 4R9FA 4NF5A 1B51A 4RA1A 1B58A 2OZZA 2OWTA 3TMGA 3OELA 4POXA 1R9QA 4AQ4A 2REJA 3O6GA 2UYEA 2DE2A 1MY1A 1M5FA 1JW4A 2Q89A 4F22A 1SW5A 4R73A 2LAOA 4H67A 5TP9A 4FEBA 3THIA 2NWJA 1MDP1 4LP2B 3A3UA 4ND9A 4OEVA 3OSQA 1Z7NE 1AOVA 4R2BA 4LZ7A 4OWDA 3LBSA 3U72A 4NF4B 3OSRA 5AA1A 3OXNA 2XXYA 4FE8A 1WODA 1QUKA 1AH5A 3MBPA 1IIWA 1I6QA 1P1QA 5KCJB 2THIA 1PC3A 4DZ1A 3V8XB 3OENA 3TCFA 3IOTA 3KZGA 5DT6A 1HSEA 2KLFA 5JTYA 5CMCA 3V5AA 4F1VA 2Z22A 1B7ZA 3L6HA 1SI0A 4E0WA 1ATGA 4NF5B 3HO7A 4QFLA 1L5TA 1JEUA 1H3DA 1Z7ME 2F7AA 4P11A 4YMAA 3O97A 3FVKA 4DIGA 1DPPA 4RY1A 3RY3A 3MP1A 3RGYA 1YTVA 1B1HA 4OEUA 3BFTA 2UVJA 5IAIA 3K1PA 2DWJA 4FEDA 1ANFA 2VP1A 3W15C 4O3AA 1B2HA 3O29A 1DTZA 3SKPA 3H03A 5KZTA 4QFKA 1T0KA 2ALUA 2XX9A 3E13X 2RCBA 2DVZA 1MQJA 4ECFA 4Q30B 4E0XA 3P7IA 1Q1KA 3ZKLA 3JZJA 2H9BA 1O7TA 2BJJX 1H45A 3K2DA 3G3KA 4MLQA 1A40A 1H76A 2XXWA 4WEDA 3MP8A 3PUVE 1EU8A 2V3TA 2CZLA 3MW0A 1PDAA 3BBRA 1B0LA 2PYYA 2A5TB 4C1TA 3T66A 3FJ7A 1SDXA 3K6WA 2XXXA 3MZBA 4QFPA 2P1SA 4MLVA 1MY0A 4HS7A 1B3HA 1B46A 1LBBA 4ONYA 3KN3A 1CB6A 1JVXA 3ZS6A 3T9HB 3U1OA 4JSOA 3IO4A 3K1MA 4BLAA 5B70A 4KHZE 3TODA 1MQIA 3VVFA 1JETA 1XC1A 1GVCA 3CFXA 2O7UA 4YICA 1TT1A 5I2KA 2X7PA 2I4CA 4QFOA 3TUSA 2Y84A 3B6TA 5B7DA 3T9UA 1QULA 5F1QA 2P2AA 3OD7A 3MQ9A 2XD2A 4O3CA 3CSBA 5FHNA 1URDA 1D3KA 4ESWA 3QXMA 1DTGA 2AIXA 1A99A 4ELQA 2HAVA 2QS4A 3O66A 1M5CA 5DTBA 3MVYA 3SEYA 3IX1A 3IAZA 3C35A 1FW0A 3CG1A 5TPAA 1M5EA 4KR5A 1Y20A 3OO6A 2F34A 1R1NA 3MWBA 1SYIA 3TTKA 4G8MA 5FHOA 1B4ZA 5CM6A 3UK4A 4F1UA 4OVJA 1B40A 1UIVA 4Q5TA 4ZEDA 1LCTA 1B05A 4GOTA 3VXBA 3RN8A 3A3CA 1ZTYA 3VFJA 5ISUA 2WKYA 3N5LA 1PBQA 4PFTA 1DPEA 3TPAA 1RYOA 1QVSA 3TTLA 1OQGA 5H8QA 3PPRA 3DP8A 1Y3PA 5L9MA 3C33A 3VVDA 5I2KB 3GLBA 1BIYA 5HBCA 3E9XA 1GGGA 4EQ7A 3MUQA 4IGRA 2OK2A 1VFEA 2H99A 4LZ8A 4UA8A 3TEPA 4ZZEA 4OFLA 4G2ZA 1S9TA 4KPTA 4PFYA 2I0BA 2X7QA 1LB8A 1NH8A 3TCHA 2F6GA 3TAJA 1VFDA 4F18A 3KOSA 2VOZA 4NF8B 1SBPA 1A54A 5KDTA 2Z8DA 4X1BA 5I58A 4H8IA 2HCAA 1I6AA 4OYVA 1POTA 5TPAB 2ZYMA 4EDPA 1VR5A 4OENA 3EF7A 1N76A 2ONSA 1OLAA 3Q28A 1MXVA 1O64A 1LAGE 2F36A 4HTGA 3FVGA 1EZ9A 1ZJLA 4R74A 3HN0A 4HCWA 2E0SA 3S4UA 3K6XA 4YKKA 3TFLA 2I0CA 4IY6A 3MPKA 3C9HA 3FATA 3IOUA 4H65A 4LATA 2NVUB 1B1XA 1LAFE 2OBGA 1MG1A 4YKJA 4LZ5A 1LAXA 2GHBA 3C4MA 3U8QA 4EQBA 3DM0A 4QFNA 4RK9A 4OHNA 3CFZA 5EHSA 2Z8EA 1POY1 1P1UA 3G3JA 4TQUQ 4OFOA 2D5WA 4I62A 1J1NA 4RPOA 1MH4A 4GL0A 3FXUA 3S9NC 2ZXTA 1I69A 3GBAA 3R6UA 2DWAA 2Q8JA 3PPNA 3FVNA 4GQOA 1LB9A 1PEBA 1NNKA 3T22A 1B7UA 5I57B 3FUZA 5AE4A 4N6PA 3SERA 3PD8A 4YKPA 3CSGA 4R75A 4WEPA 1UTBA 2DP8A 3M8UA 4QSEA 1B32A 3HPIA 1UIUA 4F1YA 1LSTA 2VHAA 1SW2A 4F29A 1GR2A 3DLNA 2G93A 2YLNA 2O68A 2DWIA 2XXHA 3FJMA 4PFUA 5DVJA 1US5A 3R26A 3ZSFA 4TOZA 1SVXB 4YMBA 4ZEKA 1MXXA 4NWCA 5EHMA 3IL1B 2H4IA 3QSLA 3MP6A 2DE4A 4PP0A 3O2AA 2ZYNA 1R6ZA 4KYSA 3PGFA 2RC9A 4IGTA 3I3VA 2DS9A 3VDFA 2O6AA 5AA3A 3EPEA 4THIA 2AL4A 4JDFA 3CG3A 2H5YA 3K02A 2DOJA 3PD9A 3S9LC 1XVYA 1NH7A 5AA2B 3RT6B 2IA4A 4EF1A 2HAUA 2HZLA 2FA7A 1FQFA 3RLFE 2P0SA 4BDQA 2R71A 4P0IA 2Q88A 1DSNA 2Y7RA 3VLUA 1QKBA 3TZAA 2Q9TA 1YPNA 4M4GA 3EHTA 4YB7A 1AL3A 3C32A 4MF3A 1NKXA 4GIZA 2D3IA 3W9VA 1A55A 1MXUA 2X26A 4O3BA 1BKAA 3PUWE 2RINA 4RJZA 4JBZA 4GF8A 3RUMA 3U92A 3IJXB 4XKPA 1DOTA 4K3FA 2QS2A 3KEIA 2QS3A 5CBRA 3EHSA 4G68A 3DELB 4BDRA 1MQHA 3FJGA 2F35A 1VSOA 4OZ9A 5TP9B 3B7DA 4IO3A 2VD3A 3FXRA 3LC8A 4GD5A 3PUXE 4RXLA 1MPBA 1FCKA 4H8JA 3OEMA 1A8FA 3PMWA 3CR9A 3HV1A 3I6VA 1JEVA 1N7WA 1PBPA 3EHUA 3VVEA 1QW0A 2RF1A 2V84A 1HSLA 3H4ZA 3IOWA 4R9GA 1LBCA 5DYHA 3KOTA 5JEIA 3RT8A 1IITA 4XIGQ 1B3LA 2XXTA 1B5HA 1US4A 3UIFA 2XX7A 2VGQA 1ZMGA 3O6HA 5JTYB 3PPOA 1Y1MA 4KCCA 4EXKA 3WAFA 3SESA 5DVFA 1MXWA 2V3UA 1YAEA 1B3GA 5I56A 5I2NA 2YPNA 2PT1A 3H6WA 2ZYOA 4XKRA 2UVHA 3VXCA 5CC2A 1LFGA 3M3LA 2I49A 5K2YA 4L17A 5FTIA 1B0HA 1LGBC 3FD3A 4F39A 1NNTA 2Y7IA 4FORA 3G7WA 4G68B 1A7LA 1MY4A 3UA8A 4F3BA 3LSLA 5M2VA 4FIMA 4X9TA 1II5A 4NTLA 4G8HA 3O6IA 1ZKBA 2UVGA 4RYAA 1MY2A 2O1LA 4JWYA 4DCYA 1UQWA 5ICTA 4GLIA 1QJMA 1PB8A 3QUFA 4N07A 2Q2CA 1MQGA 2O84X 3PPPA 1TXFA 2ESNA 1ZBMA 3E4RA 4U22A 4PFWA 2XXUA 2AL5A 3K6UA 1N04A 3G3FA 4OXVA 5A5XA 1IXGA 3DP4A 3T9XB 3MPLA 1H43A 4X48A 3U93A 1F9BA 1YCJA 1XOCA 3ZKKA 3KFMA 4I8CA 4FJPA 1B5JA 1MRPA 4F2OA 3N6UA 5LOMA 5FHMA 4JXIA 4OQOA 1RYXA 4U4XA 1QUJA 2GRVA 4WXJA 2A5SA 3QYTA 4F19A 5FTHA 4FAJA 5I84A 3S9MC 1OVBA 3LR1A 5I2NB 4OETA 3GXAA 3RTWB 4GXAA 4DLDA 2I3VA 4U21A 4EF2A 1FQAA 2W7YA 5H8NA 3KN8A 3IB0A 2QL3A 3QIMA 2H98A 5AA2D 3K4UA 2GHAA 4OFJA 2D21A 4ZEBA 4BDOA 3KJTA 3HCQA 3MZ1A 1Y3NA 4LQ5A 1MY3A 2Y7WA 1D4NA 4R6KA 1JW1A 1OVTA 1IUDA 2Q2AA 1P1NA 5H8FA 2H25A 3SEWA 1D9VA 3M3KA 3OO7A 2NUVA 2XX8A 5AA4A 2DXYA 1MDQA 3T96B 3H6TA 2Y7KA 5BUUA 1IXIA 1GV8A 2B3FA 3OEKA 3KG2A 4POWA 5CMBA 1H44A 1XT8A 3Q27A 4YU0A 4H1XA 3LSXA 3HHGA 3O9PA 2E1SA 4RNSA 4IY5A 2ZMBA 2I58A 3A09A 4NEDA 5CRYA 1B9JA 2F8DA 1B3FA 2XXPA 2PBWA 3U94A 4RK2A 3FGSA 3SETA 4F31B 2UYFA 3K01A 4N13A 3QUJA 1FQEA 2VD2A 3H7MA 5CBSA 3FV2A 5H8QB 4U1OA 1PB9A 3FZVA 1S50A 4LA9A 1M5BA 5H8NB 3F11A 1M5DA 2QSXA 3TELA 4NF4A 3PU5A 3USDA 1B3EA 2R9JA 1BTJA 3TYHA 1MS7A 1NNPA 1GTKA 3ILUB 2XXRA 4YZZA 4PQJA 3K0VA 4F3PA 5HM4B 4RPNA 1N3WA 2ZNUA 1P1WA 5ICQA 3UGWA 5KDTB 3UP9A 5I58B 1FTOA 4ISUA 3ONMA 3FXQA 4ZE9A 1P99A 3CVGA 3H06B 3PPQA 1R9LA 5K2XA 2RC8A 1FTMA 3N26A 4AB6A 1BP5A 1P1OA 1TFDA 1IXHA 1DMBA 2DYXA 3IK6B 2F5XA 4BDNA 4C0RA 4F2QA 5ITPA 4ESXA 1WDNA 4JWXA 3L6GA 4BDLA 3EQ1A 2DSFA 3RPWA 2FNCA 3MJNA 4OTEA 3PMXA 1IZ1A 3EN3A 2ABHA 1OMPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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