3RUMA

New strategy to analyze structures of glycopeptide antibiotic-target complexes
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
376
structure length
375
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNAAAAAGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A carrier protein strategy yields the structure of dalbavancin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein/antibiotic
source organism Escherichia coli k-12
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 118
structure length 375
sequence length 376
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rumA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rumA01
3PUVE 5BUUA 3N6UA 4R2FA 4F19A 4U23A 1AIVA 1S7YA 1SW2A 1B7UA 2O7UA 5DYHA 1XHYA 4C1TA 3IORA 3K1NA 2DSFA 2GH9A 4RY1A 2Y7PA 4KPTA 3PD9A 3CSGA 3EN3A 1B3FA 2HZLA 1B52A 2H99A 4FORA 2ANJA 2FA7A 1IUDA 4ZECA 1PB7A 3K6UA 1B1XA 3UIFA 1Y20A 3FV2A 2XXXA 1MDQA 1OQHA 3PMVA 3T9XB 2RC8A 2PYYA 4P0GA 1N84A 2DWIA 4POXA 3SDFA 2ALUA 1POY1 1SW4A 3UP9A 2THIA 1PB9A 3I5OA 1I6BA 4E0WA 2NWJA 3U92A 5TPAB 3KGCA 4G68B 2XXQA 3AXFA 4ZS9A 3O66A 2V3QA 4QRZA 4XXUA 1B40A 1Y1MA 4F3SA 2QJEA 4L17A 3RGYA 4XKQA 1IXCA 2I0BA 3MPKA 3MC2A 1AOVA 3SEWA 3TELA 3G7WA 3FXUA 2AIXA 2OLBA 3MZ1A 4ESWA 4DE8A 4DCYA 4X9TA 1WVJA 4JXIA 3ZS6A 4GIZA 3IK6B 1A54A 1BLFA 4GFRA 1VFDA 2R9JA 3G3IA 3EHTA 4F2OA 5I59A 3M3LA 3MP1A 4EF2A 1B05A 4RXLA 3IO4A 1TWYA 4Q8RA 4EQ9A 2RC7A 3TKDA 4XKNA 5CMKA 2I0CA 3P7IA 4KI0E 4DDDA 2A5TA 2P0SA 3RLFE 3C36A 3JYRA 2H9BA 3RT8A 1N3WA 2QRYA 1R9QA 3MWBA 3G3KA 3TPAA 4NWCA 3N94A 1LB8A 3TCGA 3K6XA 1J1NA 1OLAA 4G8HA 1LFGA 3T66A 2D3IA 3TODA 4H5GA 4R6KA 3VXCA 3T96B 2DVCA 3PPQA 3KJ7A 1URSA 4LATA 3UORA 1Y4TA 2XXPA 1FTLA 1MPCA 3FVGA 1N7WA 4GL0A 4XTCQ 1MXWA 2RC9A 2I4BA 4QSCA 3KN7A 5KZTA 4M1VA 3T9UA 3CRBA 5JEIA 5EHMA 2F8DA 2GRVA 1MY1A 4U4XA 3FUZA 2DOJA 4E0XA 1NNKA 1GTKA 3DLNA 1JQFA 4F3BA 4JSDA 2DS9A 3O2AA 1PDAA 4F1VA 1IXIA 4QFOA 4DXCA 1JEVA 1MXXA 1UIUA 4RNSA 3KFMA 4U4SA 1QUIA 4GWOA 4IO3A 1QUKA 2DQVA 3TEPA 4GXAA 3OO7A 5DEXB 2QS2A 3MP6A 1B0LA 3MW0A 1YCJA 3FGSA 3FD3A 1DMBA 4F18A 3C33A 2QPQA 1GV8A 1R1NA 5L9MA 3IL1B 5L8DA 2DXYA 2OZZA 3VLWA 1B9JA 1IXGA 3JV9A 3SESA 4G2ZA 2F97A 3SEYA 2AL5A 1XS5A 4NMYA 4ESXA 4OYVA 4LONB 4ELOA 3Q29A 1YPNA 4TOZA 1HSLA 2CZLA 1ZKBA 5DVFA 2ZYMA 3PMXA 4FECA 2X7QA 3U72A 2DWHA 2V93A 4WEDA 5I56A 1ATGA 3FZVA 3EQ1A 3BBRA 3C34A 1R9LA 2Q2AA 3FVNA 3Q25A 4JWXA 2RINA 4QSDA 1DTGA 5F7VA 1UTBA 3UK4A 5H8HB 3TZAA 1HSJA 2DE2A 1JVYA 2NUVA 1QKAA 4FATA 3BFTA 1MRPA 5I84A 2DE4A 3T93B 3F11A 4QHQA 1SYHA 5ITPA 3IR1A 4H67A 3VVDA 4F3PA 2O1MA 2QMWA 2ZNUA 4O3AA 5JK4A 4LVQA 2FYIA 3IOVA 1QULA 1Y3NA 1USYE 4P0IA 1VSOA 3KG2A 1JW5A 1QKBA 3RUMA 3B6TA 3FXQA 4JWYA 5H8NA 4QF9A 3MVZA 2Q88A 3FXRA 3RN8A 1MY4A 5FHNA 4R74A 1SW5A 5L9SA 5ELVA 4FEBA 2F78A 1Y4CA 1FQBA 4ZZEA 1JETA 4GOTA 5KDTB 3M3FA 3G3FA 3UGWA 1JNFA 2AL4A 1B3HA 1LAXA 2Y84A 4H8IA 1URDA 4YKKA 2HQ0A 3B6QA 1POTA 3HCQA 2RF1A 3KN8A 5FHMA 3LSFB 2B3BA 4U1OA 1B58A 3OELA 4PQJA 3RNNA 4M4GA 1UTHB 1NFTA 5H8SA 1MY3A 1NH7A 3FATA 3KN3A 1D3KA 4Z0IA 5JTYA 3IOTA 1AH5A 4QFLA 3VFJA 4R73A 2XXWA 4HTGA 1A7LA 4XKPA 4NF8A 3VVFA 2WKYA 1DPPA 1LBCA 1TXFA 3OO8A 4LQ5A 1B2HA 1LBBA 1QUJA 1NKXA 4KQPA 4U21A 4R2BA 2F6PA 3FVOA 3VVEA 2X7PA 5AA4A 3PV0E 3L6GA 1B5HA 4NF6A 3CG3A 3OXNA 3PMWA 2H4IA 4UA8A 1RKMA 3R26A 1IQ7A 1D4NA 5CM6A 4RPNA 2VGQA 1OIBA 4H6DA 4FEDA 2UXAA 4QFPA 4LZ8A 1FTJA 3EHUA 2QS1A 4KCDA 1Q1KA 2XX8A 5TU0A 1Y3PA 2V25A 5M2VA 1US4A 1RYOA 3K1MA 4Q5TA 3QXMA 3U93A 3UN6A 4KHZE 3W9VA 4FAJA 2NVUB 3K1PA 3MUQA 3Q28A 3OO9A 4N6PA 4ZEFA 3ONMA 3TTLA 1CE2A 3MPLA 2V3TA 4C1UA 1A55A 4OTEA 2M8CA 1MXUA 1DSNA 4DIGA 1ANFA 4DXBA 3Q27A 5I57A 4PFYA 4BDNA 3LBSA 4JDFA 3U94A 1MPDA 4LP2B 4ELRA 1P1UA 2LAOA 2XD3A 3RPWA 1GR2A 4H0WA 3L6HA 5BWJA 2XXIA 1ZBMA 3SEXA 4LQ2A 5CMCA 2UYEA 3G3JA 1FQEA 1A8FA 3H03A 5I2KB 4YZZA 2Q89A 4PE5B 5DVJA 4AQ4A 1USYH 1DTZA 2XXVA 3A3CA 3CIJA 3H3GA 4DXUA 4QFNA 4NF4B 3VLUA 3PGFA 4WEPA 4IGTA 2E0SA 2I48A 2Z8FA 5I58B 5KCJB 2KLFA 1EU8A 4X1DA 3O28A 4ONYA 3KOTA 2A5TB 2RKMA 3OEMA 3U1OA 4MH5A 3GXAA 1ZLQA 1Y1ZA 3H6UA 2V84A 5CC2A 1QVSA 1LLSA 1CB6A 2GHBA 2XXTA 4YB6A 4K3FA 3RTWB 3PUWE 4G77A 1Y3QA 4LZ5A 4EF1A 3LR1A 1MG1A 3IJOB 2ESNA 1XVXA 2F34A 3QUFA 2R6GE 3E9XA 2FNCA 4OWDA 1MY2A 4PFWA 2O6AA 3S4UA 1LSTA 4I62A 4G4PA 3TTKA 2O69A 3ODBA 3HPIA 2H98A 2F7BA 1NNTA 5TP9A 5TPAA 4HS7A 3MQ9A 4DLDA 4G68A 2OWSA 1OQGA 3FIRA 4C0RA 5CBRA 2REJA 2QL3A 2PT2A 2XXRA 4FIMA 3VXBA 1EH3A 2Z8DA 1H45A 1MY0A 3ZKKA 4GD5A 5CMBA 1EZPA 1JW4A 1NL5A 1B0HA 4NWDA 2HEUA 2DXRA 1MQDA 4O3BA 2F7AA 4ZE9A 1II5A 4HCYA 3CR9A 3TQLA 4EQBA 2R71A 2F36A 3MVWA 5CI5A 4MFIA 4JB7A 3QK6A 1O63A 1QW0A 4H65A 4TQUQ 5AA2B 1IZ1A 3CFXA 3TYHA 4I9DA 1FTOA 4OHNA 4EXLA 4GXSB 3T22A 2H5YA 5ICTA 4EUOA 5H8QB 2F35A 1A8EA 1P1WA 4PFUA 1VE4A 3KSJA 5F1QA 3LSXA 3OEKA 2VD3A 3V8XB 3T9VA 2XXUA 4NF5B 3TMGA 2Q2CA 3LC8A 4OZ9A 4PFTA 4BLAA 4AB6A 2ZMBA 5AA3A 4BDOA 4JSOA 5IKBA 5I56B 1B7ZA 2A5SA 3V83A 3CI8A 2PVUA 3IB0A 3O9PA 1UTBB 1SD3A 2VD2A 2I3VA 3H7MA 3N26A 1PC3A 2PMSA 3PUXE 1OVTA 2PT1A 2HXWA 4GRKA 5K2XA 2I3WA 2QMXA 2XX9A 3K0VA 1MM6A 1MDP1 2W7YA 2VHAA 1LCTA 3GZGA 5CBSA 2Z8EA 4ZDMA 2IA4A 5AA2D 4H5FA 3RQTA 1AL3A 1B3GA 3FV1A 4GVOA 4YAHX 1NH8A 3TQWA 3LSWA 4F39A 1H3DA 2OBGA 1M5DA 1OLCA 1SI0A 2I4CA 3IJXB 5CRYA 1ZIUA 4IO2A 2ZYNA 2Y7WA 3IX1A 4KR5A 1SQYA 2DVZA 3FJMA 1S50A 5ITOA 3M8UA 4ZEKA 4EQ7A 3DP4A 3HV1A 3TTMA 5I2NB 2ZYKA 4ZEBA 2OWTA 2ONRA 3C35A 2Q9TA 4TLMB 2QS4A 3E3KA 1MPBA 1MQGA 3EHSA 2O84X 2UVGA 4GLIA 1AMFA 1PEBA 4JBZA 2ONSA 1TFAA 1LGBC 3D4CA 3B6WA 1B4ZA 3BKIB 3O6IA 1FTKA 4HCWA 3OO6A 5H8FB 1NNFA 1GGGA 3PU5A 4R6HA 2Z22A 1H43A 1GVCA 1QJMA 4LUBA 3N6TA 1Y9UA 2V3UA 3MZ9A 4R75A 1SYIA 4O3CA 4QSEA 1B6HA 2UVIA 3JZJA 2HZKA 3A09A 3W9WA 3E13X 2DYXA 2GFEA 4NE4A 4ISUA 3MJNA 1B3EA 3K2DA 4LZ7A 4GQOA 1SVXB 1UQWA 1OVBA 4F22A 4PP0A 4I1DA 5ISUA 3QAXA 4KYEA 3ECRA 3OSQA 3ILUB 5A5XA 2P2AA 2B3FA 3ZSFA 3CVGA 3DELB 3SETA 4YB7A 3OSRA 4BDQA 2G93A 4UACA 2YPNA 2UYFA 2UVHA 1B4HA 2DWAA 4BDLA 1Z7NE 1MM7A 3PD8A 1N7XA 3IB1A 3K4UA 1T0KA 3SEUA 1LB9A 5KDTA 3FASA 4TLLB 3MVYA 5DT6A 5B7DA 4IO4A 4NTLA 3QIMA 4N13A 3O97A 1BTJA 5B70A 4OEUA 4FJPA 4RK2A 2QSXA 1SDXA 3TCFA 3S9EA 1B32A 2HCAA 2UVJA 1B7HA 2O68A 2ABHA 1O7TA 1LAHE 1D9YA 1N0TA 2CMOA 4YKIA 1NMUA 1P99A 2XX7A 4IO6A 4OENA 1IIWA 4ZZAA 1KWHA 1F9BA 4OVJA 5HBCA 3TCHA 1DPEA 4R6YA 2X26A 5FTIA 5LOMA 3BFUA 2OK2A 1Z7ME 3W15C 4AB5A 4F29A 1HSEA 1ZTYA 4P11A 3THIA 3LSLA 5K2YA 1M5BA 3ZKLA 1B46A 5IAIA 3KBRA 4EDPA 4DZ1A 2F6GA 1PB8A 3CG1A 4LA9A 4KYSA 1B1HA 1MXVA 3Q26A 2IEEA 4YMBA 3O6HA 5I59B 1XC1A 4YICA 2YLNA 3CFLA 3OMBA 4YU0A 3MZBA 4RPOA 3N5LA 3MVXA 1NNPA 3PUZE 4ELQA 5TP9B 1JVXA 5L9OA 3IOUA 3C32A 4OQOA 1LCFA 2O1LA 1BIYA 1EZ9A 5AE4A 1B5JA 3LUYA 2I6EA 4RA1A 3OD7A 2ZXTA 3C4MA 3H4ZA 3S9MC 4OERA 2I49A 1WODA 2Y7KA 4F1UA 3I6VA 4OMBA 3WAFA 5CMMA 3HSTA 2PX1A 5DTBA 3TFLA 4GL8A 1B51A 1XT8A 1B5IA 3PPPA 1US5A 3USDA 2E1SA 3IAZA 1LAFE 4IGRA 5I2KA 1A40A 2QS3A 4BDMA 4F1YA 1FTMA 3GLBA 1RYXA 2ZNSA 4IY6A 4F2QA 4NF4A 1MH4A 4Q0CA 3EF7A 3KOSA 5I58A 5KCJA 4NEDA 3MAMA 1SW1A 4G68C 2B65A 4XIGQ 1LFHA 1IXHA 1ZJLA 3C31A 1P1OA 1H44A 3I3VA 3SERA 3HO7A 3FJ7A 3MBPA 3DP6A 4FE8A 4THIA 3K6VA 2RCBA 1ELJA 4YKJA 3SKPA 1ZMGA 1XOCA 5FTHA 4I8CA 1MXZA 1Q35A 3B7DA 3FVKA 1YTVA 4YMAA 3O6GA 1MQHA 1OMPA 1P1NA 4MLVA 4G8NA 4KCCA 4ZEDA 1I6QA 3RTFB 1ZU0A 4KYDA 3ILTB 1L5TA 1M5EA 4IB2A 2GHAA 4JWOA 3O29A 3KEIA 3H6TA 1MS7A 2HAVA 4R9GA 1PBQA 2REGA 3QUJA 3PUYE 2Z23A 3H06B 3K02A 4ECFA 3A3UA 4G8MA 4H8JA 1FQDA 3HHGA 1MQIA 4F31B 1D9VA 1R6ZA 4U2RA 4RYAA 1MH3A 4MF3A 4OESA 3MP8A 3OOAA 3K00A 1FQAA 1SI1A 1LFIA 4KFQA 4WXJA 2XXHA 2Y7IA 3RY3A 5AA2A 2XHDA 2DWJA 5H8NB 4ZEIA 1TT1A 4N07A 4QFKA 4OEVA 1N3XA 5HM4B 1EZOA 3RT6B 2ZYOA 4HW8A 3E4RA 4OFLA 4U22A 3QYTA 4ZE8A 4Z7EA 5H8QA 1FQCA 4IY5A 4YKPA 1M5FA 2XD2A 2D5WA 4R72A 1A99A 3H6VA 4NF5A 3K6WA 5ICQA 4KD5A 4XKRA 1JW1A 4WKMA 3CSBA 5EYFA 4X48A 2H25A 1XVYA 3U8QA 2F7CA 3K01A 5JTYB 4BDRA 1I69A 2F5XA 2HFBA 1H76A 5DEXA 4EXKA 4NF8B 1B3LA 3KZGA 3S9NC 5DVIA 4MLQA 2AYSA 5J1DA 1JEUA 4U1ZA 3R7XA 5HPQA 3KSXA 3IO6A 4PETA 3S2VA 1URGA 3TAJA 3PPRA 5A5XB 1VR5A 4OFJA 5AA4B 2ONKE 3GBBA 1S9TA 4NF6B 1BKAA 4RJZA 3TTNA 4IO7A 1IEJA 3PPNA 3R6UA 3WAEA 4OXVA 3T9HB 3VDFA 2PBWA 3VE1B 2RCAA 1MQJA 2VP1A 3DM0A 4DCXA 2ZNTA 2O7IA 1DOTA 2P1SA 4MBPA 2VOZA 2OCUA 1LAGE 3FJGA 5H8HA 3H6WA 2XXYA 1TFDA 2DE3A 1N04A 3TUSA 2Q8JA 1IITA 1SBPA 3SEVA 3IOWA 3TTRA 1VFEA 3HN0A 5AA1A 1FW0A 3V89B 3V5AA 3VLVA 2BJJX 5I2NA 3QSLA 3IB2A 3G3HA 2OJTA 1FCKA 3UA8A 1YAEA 2NOOA 4ELPA 5I57B 3PPOA 1FQFA 4Q30B 3OENA 3EPEA 2O51A 1P1QA 2G29A 3VV5A 4IO5A 4RK9A 1N76A 4X1BA 4F3GA 2I58A 2HAUA 1M5CA 4H1XA 1MXYA 3C9HA 2Y7RA 4R9FA 5H8FA 3D4GA 4ND9A 3DP8A 1PBPA 4POWA 3HHFA 4YB5A 3CFZA 1WDNA 1UTHA 2YJPA 1UIVA 5FHOA 5EHSA 3KJTA 3TDJA 3G3GA 1O64A 3S9LC 2NXOA 4GF8A 4OETA 3M3KA 1I6AA 4OFOA 3GBAA 1BP5A 2D21A 2DP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IZ3A 3PUVE 1IMEA 5BUUA 4JVIA 3N6UA 4PDHA 4R2FA 4F19A 4U23A 1AIVA 1S7YA 1SW2A 1B7UA 2O7UA 5DYHA 1XHYA 4C1TA 2QFLA 3IORA 2DDKA 3K1NA 2DSFA 2GH9A 5I7IA 4RY1A 2Y7PA 4KPTA 3PD9A 3CSGA 3EN3A 1B3FA 2HZLA 1B52A 2H99A 4FORA 2ANJA 2FA7A 1IUDA 3T0JA 4ZECA 4MX6A 1DBZA 1PB7A 1NUZA 3K6UA 1B1XA 3UIFA 1Y20A 3FV2A 2XXXA 1MDQA 2HXRA 1OQHA 3PMVA 3T9XB 2RC8A 2PYYA 3FXBA 4P0GA 1N84A 2DWIA 4POXA 3SDFA 1POY1 2ALUA 3PTYA 1SW4A 3UP9A 2THIA 1NUWA 1PB9A 3I5OA 1I6BA 4E0WA 2NWJA 3U92A 2Q74A 5TPAB 3KGCA 4G68B 2XXQA 3AXFA 4ZS9A 3FBPA 3O66A 1IMBA 2V3QA 4QRZA 4XXUA 2VPOA 1B40A 1Y1MA 4F3SA 2R8TA 2QJEA 4L17A 3RGYA 4XKQA 4N8YA 1FPLA 1IXCA 2I0BA 3MPKA 3MC2A 1AOVA 3SEWA 4OVTA 3TELA 3G7WA 3FXUA 2AIXA 2OLBA 3MZ1A 4OVRA 4ESWA 4DE8A 4DCYA 1FPJA 2BJIA 4X9TA 1WVJA 4DI3D 4JXIA 3ZS6A 4GIZA 3IK6B 2Y5LA 1A54A 1BLFA 4GFRA 1VFDA 2R9JA 3G3IA 3EHTA 4F2OA 5I59A 3M3LA 3MP1A 4EF2A 1B05A 4RXLA 3IO4A 1TWYA 4Q8RA 4EQ9A 2RC7A 3TKDA 4P1EA 4XKNA 2FHYA 5CMKA 2I0CA 3P7IA 4KI0E 4H45A 4DDDA 2A5TA 4HE2A 2P0SA 3RLFE 3C36A 4X04A 3JYRA 2H9BA 3RT8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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