3S9MC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, cryocooled 1
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
Knots found
sequence length
674
structure length
517
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
total genus 114
structure length 517
sequence length 674
chains with identical sequence D
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC03
3TODA 1PDAA 2UVGA 2F34A 3IOWA 2DWAA 3TEPA 1MH3A 3B6WA 1CB6A 4YB7A 2PVUA 1UTBB 3QK6A 1VE4A 4R73A 1BIYA 2NOOA 3QYTA 3P7IA 3N94A 4FJPA 4YMAA 3DLNA 3V8XB 2P1SA 5TPAB 5ISUA 4MBPA 1B7HA 3H6WA 3AXFA 1POTA 3IO4A 1ZU0A 4YZZA 4EF1A 4DCXA 2FA7A 4OFJA 2VP1A 2XD3A 4H6DA 1Y3PA 3SETA 1OLCA 4R2BA 3VVDA 5L8DA 4ZECA 3BFUA 1F9BA 4POWA 4GL8A 3CR9A 3FD3A 3A09A 5ITPA 3ILTB 2RCBA 1RYOA 1LAHE 1B1HA 1Q35A 4H8IA 2CMOA 3PMWA 1NNFA 2WKYA 1N04A 3BKIB 3KZGA 3HV1A 3PMXA 4IGTA 2XXHA 3TPAA 1I6AA 4GFRA 3MVXA 4QRZA 1O63A 4DE8A 3LR1A 1MY1A 1SQYA 1MXUA 2RCAA 4RA1A 2I3WA 3S9LC 2AL4A 5L9MA 3JYRA 1FTKA 3W15C 3Q25A 3PU5A 2XXIA 4IO3A 3U8QA 1LCTA 1SYHA 3OEKA 3FV1A 4F3GA 4F3SA 1EU8A 3IK6B 4GVOA 3TTNA 1LSTA 5EHSA 1BTJA 3TCGA 1D9YA 3O97A 1MQHA 4OQOA 3KFMA 5H8QB 2QJEA 3FJMA 1R9LA 4KYEA 1B32A 4LZ7A 1JVYA 1HSLA 2D3IA 4NTLA 4LZ8A 1LFGA 3O28A 1MM7A 1N7WA 3TCFA 1B7UA 3K4UA 3FZVA 1GTKA 4Q8RA 5CI5A 3T93B 1KWHA 4EUOA 1UTBA 2ONKE 3FXUA 1HSJA 4O3BA 1FCKA 4JSOA 1Y4CA 2YPNA 1YAEA 3K6VA 2O51A 2QS2A 1ELJA 2F7BA 5TPAA 3B6QA 1A54A 1ZBMA 1LLSA 2NVUB 4IGRA 2OWTA 3LSWA 1SBPA 5TU0A 2O7IA 4G77A 5I59B 3SEWA 2RC7A 4YB5A 3LUYA 4I62A 2UYEA 5H8HB 4U1ZA 3H06B 3Q26A 1MRPA 3RT6B 3KSXA 3VXBA 1QKBA 4GD5A 1QJMA 1B3GA 3RT8A 3LSFB 4F19A 1DTZA 5KCJB 4RYAA 2V84A 4IO6A 2GRVA 3TTRA 1B2HA 2HZKA 4IO5A 4GOTA 2I4CA 2QS3A 4NE4A 3QUJA 2OBGA 3EF7A 5CMCA 3N26A 2Q8JA 3IOVA 4GXSB 3T22A 3RTWB 4RPOA 2Z22A 3K1NA 4G8MA 2ZYNA 1MY2A 2UVHA 2RC9A 4XKPA 3RQTA 2QL3A 1B3FA 1UTHB 3O6IA 3VVFA 5BUUA 2NWJA 2XD2A 3JZJA 2O7UA 3MZ1A 5H8QA 1URGA 1B7ZA 3OD7A 5FHMA 1Y3QA 1URSA 3T66A 1T0KA 3K01A 4ZEIA 2R71A 5A5XB 4QSEA 2O69A 2ALUA 4H5FA 2F7CA 3EN3A 4LP2B 5JK4A 1NL5A 1FQCA 4NF5B 3TZAA 4YB6A 2ANJA 2BJJX 3BBRA 2A5SA 2R9JA 5ELVA 1P1OA 3T9XB 4H0WA 4GRKA 1DPEA 3H03A 1M5FA 4I9DA 1MQIA 5AA3A 3OMBA 3I6VA 1B1XA 2I58A 4WKMA 5DVIA 1LBCA 1ATGA 4KPTA 1RKMA 4DXBA 4G68C 3RTFB 4MLVA 1PEBA 4F31B 2I48A 3TTLA 3MUQA 4XKQA 1Y1ZA 3ZKLA 5H8HA 2Y7KA 3ZS6A 1YCJA 4BDOA 4FATA 1MS7A 4GLIA 1A99A 2X7PA 3PPPA 3VLWA 2B3BA 1ZMGA 1B9JA 2IEEA 4X9TA 1O7TA 4C1TA 4F29A 5KCJA 4XKRA 1SI1A 4R75A 3PGFA 3I3VA 1USYE 4EQBA 2GH9A 3E4RA 3TUSA 1B3EA 4E0WA 2O1LA 2H98A 3FIRA 3MP8A 4BLAA 3FJ7A 4YKPA 1XVXA 3G3HA 4EXKA 3A3UA 1JW1A 1CE2A 4BDRA 3MWBA 1UTHA 1VSOA 5CBRA 1TFDA 2O1MA 4KYSA 4JWYA 3O29A 1Z7ME 3EHTA 4IO2A 4K3FA 4OEVA 4N07A 3IJXB 3A3CA 5KZTA 3TTKA 3PUWE 5A5XA 3QXMA 3EHSA 1XC1A 3RPWA 3EPEA 4H1XA 1P1UA 3FJGA 5AA2B 4NF5A 4ZEKA 3FV2A 3ODBA 5CRYA 4X1DA 4R6YA 3PPNA 1IZ1A 4PQJA 2V3QA 2REGA 5H8SA 3E13X 3C33A 2UVIA 3N6UA 3USDA 2H9BA 3OXNA 1A7LA 2HFBA 2XX9A 5CC2A 4NF4B 2ZNTA 2XXQA 5CBSA 4ZEFA 4NWDA 1B4HA 3MC2A 3PPOA 3WAEA 3G3GA 4F3PA 2UXAA 4LQ2A 4ELRA 4YU0A 2F5XA 3K1MA 1B40A 3K6XA 4PFWA 1AMFA 5FTIA 1IXHA 3C34A 3G3FA 1HSEA 3UK4A 4RJZA 1ZLQA 4JSDA 3OENA 4EQ7A 3C32A 4U4XA 3R6UA 2DXRA 4M4GA 3LBSA 2DSFA 4KR5A 5ICQA 4G8HA 3T9HB 4RXLA 3OO9A 1DPPA 4EXLA 1UIVA 3SEVA 4Z7EA 2W7YA 2OJTA 2XX8A 1OIBA 1USYH 3PUZE 2AIXA 1SI0A 3THIA 1BP5A 1MPBA 3KN7A 4QFOA 4OMBA 3TFLA 1ZKBA 4FAJA 2IA4A 5I84A 3V83A 4QFNA 2FNCA 2XXWA 3L6HA 4RY1A 3C4MA 3M3LA 1VR5A 3KG2A 1SW5A 3HHGA 1WODA 5KDTA 5AA2A 3RGYA 3PD8A 4G8NA 2YJPA 3KN3A 3FXRA 2A5TB 2G93A 1OVBA 3KBRA 4BDLA 4N13A 3OELA 1I6QA 3D4CA 3VFJA 1IXIA 2HQ0A 2Y7PA 2DE4A 4AB5A 4NF4A 4QSCA 2E0SA 3FVNA 3TMGA 1PB7A 1MDP1 4BDNA 4G4PA 5K2YA 3U94A 1NNPA 3C31A 3DP4A 1RYXA 5I58B 1FQFA 2QMXA 5L9SA 1GVCA 3T9UA 5CMMA 4OTEA 2THIA 2F8DA 1AL3A 5JTYB 2Y84A 3M8UA 3FVGA 4IY6A 4IY5A 1XS5A 2I3VA 4F1YA 2M8CA 2OCUA 2DS9A 3SESA 1JW5A 3PUXE 1XT8A 2DQVA 3S9MC 2Y7RA 3G3JA 4PP0A 3BFTA 3IB2A 2V25A 1N7XA 3RY3A 3VXCA 4H67A 3MZ9A 3MVYA 3CFXA 5M2VA 3K00A 2F35A 5B7DA 3ECRA 4FEDA 1ZIUA 1IITA 1FTOA 3VDFA 2RKMA 1MY3A 4H5GA 3K6UA 2GFEA 2PT2A 4PFTA 2NUVA 4MF3A 3IL1B 2I49A 4DDDA 3L6GA 3B7DA 1JVXA 4G68B 1NMUA 2ZXTA 3PV0E 1M5BA 4L17A 2Q89A 4U4SA 4FORA 2RINA 4U21A 3U92A 4DLDA 4F2QA 4ESWA 2HZLA 1S50A 4LA9A 2ESNA 2ONRA 3H3GA 3TTMA 3H6VA 2A5TA 4ECFA 4P0GA 1MM6A 1N3WA 3C9HA 4YKJA 3IJOB 1MQGA 2VD3A 2Q2CA 3TCHA 2YLNA 4OESA 4LATA 5DVFA 5ICTA 3KJTA 2F6PA 2XXUA 1Y3NA 4FECA 4H65A 4F39A 1SYIA 1Y20A 2V93A 1GGGA 5HBCA 5J1DA 4IB2A 3TDJA 1M5DA 3FVKA 4QSDA 5FHOA 4ZZAA 2VHAA 3TQLA 5I58A 4ZE9A 1XOCA 5JTYA 2ONSA 3HCQA 1IEJA 4WXJA 2PMSA 1H43A 2XXVA 2FYIA 1A8EA 4IO7A 3K02A 1MY0A 1J1NA 1M5EA 3MZBA 1YTVA 1TXFA 4LQ5A 2UVJA 4KI0E 2QPQA 3GXAA 1SW1A 2Z8FA 1R9QA 1SDXA 4OWDA 2PYYA 1MXVA 1GR2A 5H8FB 4YMBA 4MFIA 4GL0A 1IIWA 5I59A 1B3LA 1SW2A 3OO8A 3CG3A 1LFIA 1SVXB 1P1NA 4QHQA 3S9EA 4KCCA 4QFKA 3MVZA 3FUZA 1H3DA 4OENA 1QVSA 3MJNA 5IKBA 1XVYA 5I2KB 4ONYA 1QUKA 3IB1A 2V3UA 3IX1A 1QW0A 4R72A 4IO4A 4Q0CA 5DVJA 4ZEBA 3S4UA 3PD9A 3MPLA 1ZJLA 2ZYKA 4G68A 4THIA 3TAJA 3DM0A 3GZGA 3DP8A 3K2DA 3W9WA 1WVJA 2D21A 4ELOA 3JV9A 2ZYOA 4DXUA 2DE2A 4YAHX 4GQOA 3B6TA 4ZZEA 1H44A 4KFQA 4JWOA 3TYHA 1BLFA 1AOVA 2QMWA 3CRBA 4JB7A 3UORA 4I1DA 5B70A 2HCAA 2DYXA 1PBPA 2H4IA 1NH7A 1B0LA 3MQ9A 1QKAA 2F7AA 4QF9A 2QSXA 4QFPA 3OEMA 4R74A 4DIGA 4HS7A 1NFTA 2PX1A 1MDQA 1POY1 4KCDA 3SDFA 4OETA 2DVZA 2CZLA 2R6GE 5F1QA 3LSLA 3MVWA 1FTLA 1B58A 2I0CA 5AA1A 2XXPA 1LCFA 3IORA 2I0BA 1QUJA 2G29A 3KN8A 3TQWA 1TFAA 2ABHA 4P0IA 4I8CA 4M1VA 1S7YA 2D5WA 1JW4A 3TELA 5H8FA 4BDMA 4KQPA 2XXRA 2DWIA 4PETA 4OYVA 2ZMBA 4H8JA 3FASA 3G7WA 2Q9TA 1R6ZA 1M5CA 2Z8EA 4NF8B 5I56B 1YPNA 4Q30B 2GHAA 4GXAA 4ZEDA 4EDPA 5I2KA 3GLBA 1PBQA 1B5HA 4MH5A 4RK9A 5AE4A 3WAFA 3PMVA 1I6BA 3PUVE 5DYHA 3Q27A 1A55A 1PC3A 3CFZA 4JWXA 2F78A 2REJA 3O66A 1B46A 3KOTA 3SKPA 2HXWA 4UACA 1P1QA 1N3XA 4HCWA 1FQBA 1LGBC 4EQ9A 4F22A 1DOTA 1ZTYA 3OO7A 4XKNA 4DCYA 4NF6B 4U22A 3OO6A 3K1PA 2QS1A 3E3KA 3C36A 2O84X 5JEIA 4KD5A 3K0VA 5I2NB 2X7QA 3SEYA 1B05A 1EZ9A 3H6UA 3IO6A 4O3AA 1LAGE 4YICA 3S9NC 3O2AA 4ISUA 2XHDA 3Q29A 2Q2AA 1A40A 4ESXA 3CSGA 3PUYE 3FGSA 1B51A 3PPRA 4R9GA 4UA8A 4FIMA 5I57B 5CM6A 2P2AA 3H4ZA 4Z0IA 3HO7A 3CG1A 4R6KA 2H99A 4QFLA 1XHYA 3V89B 3G3IA 1AIVA 3H6TA 3R26A 1LAFE 3FVOA 3UP9A 5L9OA 1LB9A 5AA4B 4F1VA 3U1OA 1UIUA 2RF1A 4TLLB 2H25A 1FQEA 1MXZA 4GWOA 1Z7NE 1OMPA 3LC8A 3UGWA 3IR1A 3HHFA 4R9FA 3FXQA 4AQ4A 3R7XA 3VVEA 2VOZA 1WDNA 3UIFA 4R2FA 2B65A 3RUMA 1LB8A 3ONMA 3EHUA 3U72A 1MXWA 1Y1MA 5FTHA 1P1WA 2HAVA 1IXCA 4DZ1A 4NF8A 5I56A 2OLBA 4U1OA 2DXYA 3C35A 1B6HA 4JBZA 3GBBA 4XTCQ 4PFYA 4U2RA 2HAUA 1Y4TA 2O6AA 4NWCA 1B5IA 3ZSFA 3VLVA 2OWSA 3T9VA 5EYFA 4X48A 1SW4A 4F1UA 2XXTA 1BKAA 2Z23A 1H45A 3N6TA 1UQWA 4NF6A 1MXYA 5HM4B 1OQHA 2DP8A 2Y7WA 5I2NA 3DP6A 4KYDA 4FEBA 1A8FA 4JDFA 3QUFA 3Q28A 5FHNA 1FTMA 4HTGA 4ND9A 3O6GA 4OXVA 4JXIA 1EZOA 2DE3A 1NNKA 4WEDA 3QAXA 1EZPA 2Z8DA 2QRYA 1US5A 3RNNA 5I57A 4ZS9A 5AA2D 3KEIA 4YKIA 4N6PA 1Q1KA 1D4NA 3CSBA 1H76A 3M3FA 2KLFA 1I69A 2Y7IA 5DEXB 3IB0A 1B4ZA 2X26A 3S2VA 1QUIA 4LUBA 3CVGA 4OVJA 5AA4A 2I4BA 5EHMA 1IXGA 2OZZA 3KJ7A 1MG1A 4OFLA 4FE8A 2QS4A 3O6HA 3CFLA 1P99A 1NH8A 1NKXA 5K2XA 4RK2A 1OLAA 1MQDA 1QULA 3VE1B 4P11A 4ZE8A 3K6WA 3QSLA 1ANFA 2H5YA 3CIJA 5HPQA 4LONB 4O3CA 4TQUQ 2VGQA 4R6HA 3HN0A 1B52A 3V5AA 1VFDA 3QIMA 3T96B 2RC8A 2OK2A 2ZNUA 4AB6A 4ZDMA 3OSQA 2O68A 3N5LA 3UA8A 4TLMB 1MXXA 2XXXA 3I5OA 3SEUA 2AYSA 3MBPA 4GF8A 3HSTA 3O9PA 5CMKA 1SD3A 1D3KA 3VV5A 1II5A 3H7MA 4XXUA 4DXCA 1N76A 1MPDA 2DVCA 2F97A 3KOSA 5TP9B 4TOZA 2HEUA 1FTJA 3EQ1A 5DTBA 4NMYA 4F2OA 2NXOA 4XIGQ 3IOTA 1MY4A 3ILUB 2P0SA 1DMBA 4LVQA 1Y9UA 5H8NB 3FATA 3GBAA 3TKDA 1LFHA 1JQFA 1GV8A 3LSXA 3W9VA 1D9VA 1N0TA 3G3KA 2ZYMA 1FQDA 4OERA 1FQAA 2F36A 2DWJA 3E9XA 1FW0A 4G2ZA 3OSRA 2GHBA 1L5TA 4E0XA 3MP1A 5F7VA 3IAZA 1AH5A 3HPIA 3RN8A 3DELB 2VD2A 2DWHA 5ITOA 4U23A 1PB8A 2V3TA 1JEUA 5BWJA 5DEXA 1OQGA 3PPQA 3F11A 1R1NA 1N84A 1IUDA 3D4GA 3SERA 2AL5A 4GIZA 4X1BA 3MW0A 1MH4A 2I6EA 5CMBA 4NEDA 1JEVA 2LAOA 1OVTA 1MQJA 3MP6A 3OOAA 1US4A 4MLQA 4KHZE 2DOJA 3CI8A 4F18A 2E1SA 5LOMA 2ZNSA 4ELPA 1TT1A 2B3FA 1PB9A 3SEXA 1JETA 4POXA 1O64A 3ZKKA 2UYFA 2XXYA 3IOUA 4LZ5A 4OZ9A 4HW8A 1EH3A 1DTGA 1VFEA 4YKKA 4Q5TA 3KSJA 4C1UA 4RPNA 3RLFE 1LBBA 4RNSA 4C0RA 2PT1A 5KDTB 2PBWA 3KGCA 4ELQA 1MPCA 1DSNA 5IAIA 3M3KA 5TP9A 4WEPA 4BDQA 3MPKA 1IQ7A 1URDA 4F3BA 4PE5B 4OEUA 1NNTA 1TWYA 4OHNA 1B0HA 3MAMA 1B5JA 2XX7A 1S9TA 1LAXA 5H8NA 4HCYA 4EF2A 4OFOA 1B3HA 4PFUA 5DT6A 2F6GA 2Q88A 3UN6A 3VLUA 3U93A 1JNFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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