3SETA

Ni-mediated dimer of maltose-binding protein a216h/k220h by synthetic symmetrization (form i)
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEHAFNHGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
molecule tags Sugar binding protein
source organism Escherichia coli
total genus 122
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3setA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3setA01
4RA1A 2F35A 3O6HA 4QFPA 3IB0A 3SESA 4G77A 2I0BA 3MPKA 3C4MA 3F11A 2YPNA 4F1UA 1MXVA 4F39A 1B4HA 2Q88A 2H4IA 5M2VA 3FVNA 2QS3A 3O9PA 4I1DA 3ZSFA 1JVYA 2H25A 4OTEA 5KZTA 1B52A 4P0GA 4UACA 4DXUA 3U72A 3PPQA 3ECRA 4G8MA 1ANFA 3CI8A 3ODBA 5EHMA 5ITOA 2AYSA 1PDAA 1URDA 5TPAB 5CM6A 2UVHA 3LUYA 3PUXE 3CFZA 1MQJA 4GRKA 2Y7WA 2I58A 2PX1A 3TCGA 5ICQA 1EZOA 1L5TA 1LSTA 3H06B 1POTA 4G68C 1YPNA 3JV9A 3Q29A 4XKNA 2DS9A 4ZEBA 2O68A 1N3WA 1MM7A 1RYOA 4EQ9A 1URSA 4YU0A 2QJEA 1B58A 4Q5TA 1SQYA 4C0RA 2F5XA 4F3BA 1O7TA 4YAHX 1OLAA 1DOTA 3VXBA 1VFDA 3U92A 3PPNA 1A8FA 1S7YA 3IL1B 1B0LA 1AMFA 4G68A 3HN0A 1ZIUA 1QJMA 4OEVA 3KOSA 3TTRA 5HM4B 4F2QA 4ONYA 4BDLA 2ZMBA 1Q1KA 3HCQA 4ZDMA 1FCKA 2YLNA 4XXUA 3FGSA 3FUZA 4R72A 3OD7A 2OZZA 5FTIA 3C36A 4R6YA 5CI5A 4QSCA 3CRBA 3FVGA 4LA9A 1MPDA 1IXGA 1USYH 5L8DA 4KCCA 1B3GA 3Q27A 4WXJA 4GF8A 3TAJA 4Z7EA 4QHQA 3S4UA 4P0IA 4EXLA 4R6HA 4BLAA 4DE8A 1QUKA 3VLVA 1MY3A 1N76A 1IQ7A 4XKRA 5B70A 1OQHA 3TPAA 4NWCA 5AA4B 2XHDA 3IX1A 3T9HB 4PFUA 1B5HA 3RUMA 4N13A 4ZECA 4YZZA 3KG2A 4KQPA 5I56A 1B5JA 1B32A 3RTWB 3TMGA 3IOWA 3BFTA 3FXUA 3EF7A 3KEIA 2RKMA 3PUVE 1Y3QA 3CFXA 2E0SA 4C1UA 3SEUA 3TTMA 3IOTA 3VVFA 3OENA 1B7ZA 3OEKA 4IO5A 1FTKA 2PBWA 2W7YA 2QMWA 4RPNA 1EH3A 3KSXA 1PBPA 3DLNA 3V89B 1QKBA 2V3QA 3VDFA 3T96B 3A3UA 4H0WA 3FIRA 2Y7PA 3RT8A 2QL3A 3MC2A 4NF5B 5DVIA 4U22A 1XHYA 4ELOA 3FVKA 2G29A 1URGA 3TDJA 3O28A 4GWOA 2XD3A 5H8QB 4RXLA 5CMMA 2ANJA 4NF8B 2PYYA 4TLMB 1MRPA 3KFMA 5BWJA 5H8SA 2I3VA 4JDFA 5HPQA 1ZJLA 1FTLA 4U4SA 4GQOA 1GV8A 4G8HA 4KYEA 5H8FB 4YMAA 3K6XA 2D3IA 3BKIB 4NF4B 2RC7A 3MP6A 3N26A 3VFJA 3PPOA 2D21A 4OWDA 4G8NA 3N94A 3K6UA 1UTHA 4IO6A 1JW5A 5AA2B 2Q8JA 4G2ZA 4DIGA 5BUUA 3TTLA 1QUIA 1LBBA 4KYDA 2AL4A 1IITA 3HPIA 4BDQA 1HSEA 2UXAA 3IB1A 3THIA 1SW5A 5DVJA 3QYTA 3TYHA 1M5CA 1QUJA 1US4A 1I69A 1I6BA 2QRYA 2LAOA 4OFJA 2GHAA 3H7MA 3DP4A 4XTCQ 1RKMA 3E3KA 5ITPA 5CRYA 3UK4A 1N84A 3B6WA 1YCJA 1MDQA 2ZNUA 5AA1A 4IO4A 1M5EA 3BBRA 1FW0A 2O7IA 4OHNA 1BKAA 2V3UA 3S9NC 4GL0A 3FXRA 2V3TA 3OELA 2I49A 3T9XB 1MH3A 4Q0CA 4FE8A 3KZGA 2NXOA 4LZ5A 2DE4A 2Q2AA 1LAGE 3RGYA 1Y1ZA 2V25A 4FAJA 4R6KA 2NUVA 1MS7A 1IXCA 3C32A 1DPPA 5I59A 2I3WA 2M8CA 5AA2D 4O3CA 1USYE 4F3PA 4LATA 4PFYA 1B3LA 2UVJA 4PFWA 3H6VA 1A40A 2OJTA 4ELPA 4XIGQ 1M5BA 3PPPA 3TCFA 4EUOA 4YB7A 1NNKA 4ZEKA 3G3HA 5H8QA 2DWHA 5CMCA 1EZPA 1LCTA 4H65A 1NMUA 2QSXA 3EPEA 4ZE9A 1NNPA 2O1MA 2QMXA 2Z23A 1Y4CA 2VD3A 2V93A 1Y3NA 1Y1MA 5CC2A 1B1HA 1LB8A 3MW0A 2I4CA 3H6UA 3MWBA 1JETA 3B6TA 3OO9A 4HTGA 4OFOA 4QFKA 3V83A 4POWA 2CZLA 2DWJA 2AIXA 2UYEA 2OWTA 1DSNA 2DXYA 1WODA 3MVYA 3CG3A 2H98A 1SW2A 4U1OA 3EN3A 5JTYB 3V5AA 4F29A 2F78A 2QPQA 2HAVA 5JK4A 1LFIA 3PD9A 3OSQA 1IXHA 2OBGA 2VHAA 3S9MC 1YAEA 4M4GA 5I56B 4PQJA 1FTOA 3W9VA 4BDMA 3PU5A 3TQLA 3UA8A 1DTGA 4JSDA 5K2XA 4OEUA 2UYFA 4XKPA 3VLUA 3T66A 2XX8A 2HZKA 1PB7A 4ECFA 4OETA 4ZS9A 2A5TB 3VE1B 1CE2A 2O1LA 2P2AA 3E13X 3I6VA 2XX7A 2RC8A 2GFEA 5CBSA 1EU8A 2OWSA 3K1NA 4GOTA 3FASA 3FJGA 2O6AA 5IKBA 2UVIA 3K4UA 2Z8DA 4MH5A 4PETA 1O64A 1SBPA 1PB9A 3QUFA 3DP8A 4MFIA 4YICA 1QKAA 1MXZA 1GGGA 1UTBA 4DCXA 2HCAA 4JWYA 1B0HA 5FHOA 4ZZAA 4GLIA 2A5SA 3FJMA 1AH5A 3OOAA 1SI1A 3G3KA 1D9YA 4LZ8A 4KYSA 1SD3A 2ZNSA 2O7UA 1M5DA 3U1OA 2H99A 2V84A 3MBPA 4JSOA 3RPWA 1B2HA 2ESNA 5CMKA 4F1YA 4WEPA 4FEBA 3S2VA 2Q9TA 3UORA 3FV1A 3OO8A 3GZGA 2O69A 1DPEA 3IK6B 2Y7RA 3HHFA 3MZ1A 1UTHB 1SDXA 3MAMA 3IOVA 2THIA 1MXWA 1MM6A 1TFDA 4MF3A 2NWJA 2ONSA 3CVGA 3FXQA 4GXAA 1IIWA 3O29A 4O3AA 3GXAA 3LC8A 4PE5B 4IGTA 3UN6A 3ZKKA 4RJZA 3T9VA 1SYHA 4HCYA 4IY6A 4LVQA 4JXIA 1N3XA 5F1QA 4RK2A 1B46A 1JNFA 2FYIA 3IO6A 4OFLA 4GFRA 2R6GE 4PFTA 1NL5A 3UP9A 5J1DA 3FV2A 3A09A 4BDNA 3RY3A 3RT6B 4IO2A 5JTYA 3H4ZA 3SKPA 4ZZEA 2F8DA 3JZJA 5DVFA 3MZBA 5I58A 3S9LC 1OIBA 1A55A 4UA8A 2B65A 1ZMGA 5JEIA 3C33A 4R2FA 2I4BA 1H3DA 3RN8A 4EQ7A 4H67A 3IB2A 1MPBA 1S9TA 3V8XB 4WEDA 1GR2A 4ESWA 2H5YA 2XXTA 2F7AA 3SEVA 1P1OA 2ALUA 4M1VA 2R71A 2DVZA 2XXUA 3CFLA 3LSXA 2A5TA 3H3GA 1LFGA 1N04A 1JW4A 1LFHA 1H45A 2Q2CA 3OO7A 3BFUA 5I59B 3JYRA 1ZU0A 4H8JA 4NF6A 1B6HA 4R75A 3MZ9A 3T9UA 3QIMA 3C35A 4IGRA 2F36A 4NEDA 1Y20A 2X7QA 1R9QA 3PD8A 1TXFA 3GBAA 2HZLA 2Y84A 3K00A 3MP1A 2DVCA 4HCWA 3WAFA 4U2RA 2F6PA 1T0KA 4IY5A 1MY2A 3GLBA 3USDA 2XXPA 2OK2A 1PB8A 4FJPA 4YMBA 3FD3A 1Y3PA 3IR1A 3QSLA 2F7BA 3H6TA 4YKJA 1M5FA 3LSWA 3O6IA 3IOUA 1P1WA 1B05A 3G3GA 3M8UA 5AE4A 1MXUA 3G7WA 2ABHA 5FHMA 3HO7A 1MH4A 1VFEA 3M3LA 2DSFA 2VD2A 1R1NA 5KCJB 5FHNA 3OSRA 2P0SA 3N5LA 1IZ1A 4R9FA 1POY1 4FECA 4YB6A 4HW8A 3O66A 3QXMA 1AL3A 4DDDA 2Z8FA 5ICTA 3P7IA 1OLCA 1SW1A 4OYVA 2H9BA 4AB6A 4E0WA 4KR5A 3K02A 4U23A 1TFAA 1UIVA 3R26A 3TQWA 2DE2A 5I57A 4GD5A 3VVEA 4I8CA 3VLWA 4RNSA 4MLVA 2X7PA 2ZNTA 4G4PA 3RQTA 3S9EA 1JQFA 3U93A 1OQGA 1EZ9A 2DXRA 2RINA 1I6AA 4THIA 3H6WA 4LQ5A 1B4ZA 2DP8A 4GXSB 3TEPA 1P99A 3K1MA 1BP5A 2XXVA 4Q30B 1UTBB 2XXIA 3G3JA 3R6UA 2RC9A 3ILUB 1HSLA 1NFTA 4KI0E 4NTLA 2IA4A 3PMWA 3TELA 2QS2A 2XXXA 3FVOA 1AIVA 3Q25A 3MPLA 2D5WA 3TCHA 5K2YA 4JWXA 2HQ0A 1KWHA 3E9XA 2PMSA 3PMVA 4LONB 4DZ1A 3KJ7A 4TLLB 4FEDA 4H1XA 1P1NA 1FQEA 1MY4A 1MXXA 3E4RA 5CBRA 4F19A 1ELJA 2VGQA 3RLFE 1H76A 3QAXA 4QFOA 4IO7A 1DTZA 1VE4A 2XD2A 3KBRA 3A3CA 1GTKA 3SEWA 2XXHA 5F7VA 4KPTA 1R6ZA 1SVXB 3W15C 1N0TA 5TU0A 2HAUA 1MQGA 2Q89A 1FQDA 3K6VA 4EXKA 3CG1A 4ZE8A 4DCYA 4F2OA 3UIFA 1XC1A 4Z0IA 2WKYA 5KCJA 1IXIA 2E1SA 1LAFE 4LZ7A 4F31B 2XXRA 1Y9UA 1ZTYA 3O6GA 5I58B 3EHSA 1QULA 4RPOA 1B3FA 3LSLA 1A54A 3LR1A 2IEEA 1JEUA 2ONRA 2GH9A 1SYIA 5H8NA 1Z7NE 1B5IA 1N7XA 3OO6A 3DP6A 1Y4TA 1FQFA 3R7XA 1F9BA 2O51A 3Q28A 1B1XA 1SW4A 4JWOA 3FZVA 1NNTA 2DWAA 4FIMA 4QRZA 1S50A 3CR9A 4MLQA 4NWDA 2ONKE 4NF6B 4ELRA 3H03A 2RCAA 2DYXA 3PGFA 4DXBA 1MQIA 1US5A 3PV0E 1QW0A 3EHUA 5I2KA 4YKPA 4ND9A 3MP8A 3K01A 1N7WA 1A8EA 2R9JA 5I2NB 4WKMA 5KDTA 4ISUA 1D3KA 3TTNA 3FJ7A 4U21A 2ZYOA 1TWYA 5L9OA 1I6QA 1B9JA 1ZKBA 2FA7A 5IAIA 1HSJA 4F1VA 3CSBA 4RY1A 4OESA 4I9DA 1FQCA 1NH8A 4YKIA 3ZKLA 2AL5A 3K2DA 1YTVA 4BDOA 2X26A 3ZS6A 4LQ2A 4IO3A 1B3HA 4H6DA 1XVXA 3B6QA 2ZXTA 4NE4A 1P1QA 2OLBA 1JW1A 4I62A 4C1TA 3M3FA 3WAEA 4X1BA 3QUJA 1OVTA 3MVXA 4EF2A 1B7UA 2Y7IA 3VXCA 4EF1A 4GVOA 2ZYMA 4RYAA 4X1DA 2QS1A 4F22A 1LCFA 1FTMA 3TKDA 4F3SA 2GRVA 5I57B 3OMBA 5EYFA 3O97A 4HS7A 1B40A 1MPCA 1LAHE 2XXWA 2XXQA 3KGCA 4F18A 5DEXA 3SERA 3ILTB 5TP9A 5H8HA 2Z22A 3IJOB 3RNNA 3K6WA 2F7CA 4O3BA 1GVCA 3CIJA 4XKQA 1LAXA 2XX9A 1NKXA 4OQOA 1Z7ME 5A5XA 2FNCA 3OEMA 4ESXA 3IORA 4QSDA 3MUQA 4JBZA 3SDFA 1WDNA 3TODA 3U8QA 3K1PA 4LUBA 4U4XA 1MQDA 3C31A 2RF1A 2P1SA 2ZYNA 1RYXA 4OENA 1ZBMA 4MBPA 4PP0A 4GIZA 3FATA 1IEJA 2B3FA 1Q35A 3I3VA 3N6UA 3D4CA 2DQVA 2NOOA 4QFNA 4X48A 3C9HA 5DT6A 3OXNA 3Q26A 2QS4A 5TPAA 2Z8EA 4N6PA 5AA3A 1FQAA 5CMBA 3PUWE 1H43A 5I2NA 1XOCA 1O63A 4EQBA 1VR5A 3G3FA 1D9VA 4ZEFA 1B7HA 1LB9A 2XXYA 1R9LA 4OXVA 4QFLA 2F6GA 3DM0A 3HHGA 3KSJA 1LBCA 4YKKA 3K0VA 3KN8A 4POXA 3VV5A 5B7DA 2F97A 5ISUA 1TT1A 5HBCA 5DYHA 1AOVA 4TQUQ 1A99A 5DTBA 4H5FA 1QVSA 2BJJX 3N6TA 1WVJA 1XT8A 3D4GA 2F34A 3G3IA 5L9MA 3KOTA 4U1ZA 4JB7A 5H8NB 3EQ1A 2O84X 3TFLA 3PPRA 2I6EA 3IJXB 5L9SA 2G93A 3EHTA 4GL8A 4R9GA 1LGBC 3B7DA 1MXYA 1B3EA 2RCBA 3PUZE 4N07A 3O2AA 2CMOA 2YJPA 1A7LA 2OCUA 3DELB 1BTJA 4X9TA 3RTFB 1MDP1 4OVJA 4TOZA 1XS5A 3PMXA 4R74A 3MVWA 4KHZE 3KJTA 4AQ4A 2GHBA 1SI0A 4FATA 4R73A 1PC3A 3AXFA 3IO4A 4OZ9A 2DOJA 3T93B 5I2KB 5AA4A 3QK6A 2ZYKA 1PEBA 5ELVA 1DMBA 3I5OA 1II5A 2VOZA 4BDRA 5FTHA 4ELQA 1MY0A 2KLFA 4ZEDA 5KDTB 1PBQA 4DXCA 1H44A 1FTJA 1NH7A 3L6HA 1JEVA 3MJNA 4OMBA 1NNFA 1MY1A 2HFBA 3LSFB 1CB6A 4KD5A 3GBBA 3T22A 1ZLQA 4EDPA 1MG1A 2Y7KA 2HEUA 4E0XA 4RK9A 3HSTA 3M3KA 2DE3A 4Q8RA 1ATGA 2HXWA 4QF9A 3HV1A 1JVXA 1BIYA 4QSEA 2DWIA 4LP2B 3TUSA 3IAZA 3CSGA 4AB5A 5LOMA 1FQBA 4G68B 4OERA 1OMPA 2PT2A 4R2BA 4KCDA 3KN3A 2B3BA 4NF5A 1BLFA 3PUYE 1MQHA 3TZAA 3TTKA 4ZEIA 3C34A 2NVUB 4NMYA 2PVUA 4IB2A 3U94A 4L17A 4NF8A 3L6GA 1OVBA 4H8IA 5EHSA 2REJA 3SETA 4K3FA 3KN7A 3SEYA 4H5GA 3LBSA 4FORA 1XVYA 5I84A 1VSOA 3ONMA 1P1UA 3MVZA 3W9WA 5H8FA 2UVGA 5DEXB 1IUDA 2PT1A 2I0CA 4KFQA 4NF4A 3VVDA 5TP9B 5H8HB 3UGWA 1UQWA 3MQ9A 3SEXA 1B51A 4F3GA 4YB5A 1J1NA 4DLDA 5A5XB 2I48A 1UIUA 4P11A 1LLSA 5AA2A 1D4NA 2REGA 2VP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RA1A 2F35A 2OX3A 3O6HA 4QFPA 4OVQA 3IB0A 3SESA 4G77A 2I0BA 3MPKA 3C4MA 3F11A 2YPNA 4F1UA 1MXVA 4F39A 1B4HA 2Q88A 1IMFA 2H4IA 5M2VA 3FVNA 2QS3A 3O9PA 4I1DA 3ZSFA 1JVYA 2H25A 4OTEA 5KZTA 1B52A 4P0GA 4UACA 4DXUA 3U72A 3PPQA 3ECRA 4G8MA 1ANFA 2Y5LA 3CI8A 3ODBA 5EHMA 5ITOA 2AYSA 1PDAA 1URDA 5TPAB 5CM6A 4FBPA 2UVHA 3LUYA 3PUXE 3CFZA 1MQJA 4GRKA 2Y7WA 2I58A 2PX1A 2DDKA 3TCGA 5ICQA 5ET7A 1EZOA 1L5TA 4JVIA 1LSTA 3H06B 1POTA 1NV6A 4O7IA 4G68C 1YPNA 3JV9A 3Q29A 4XKNA 2DS9A 4ZEBA 2O68A 1BK4A 1N3WA 1MM7A 1RYOA 4EQ9A 1URSA 5IGAA 3E79A 2QJEA 4YU0A 2B4MA 1B58A 4Q5TA 1SQYA 4C0RA 4MEVA 2F5XA 4F3BA 5IZ3A 1O7TA 4YAHX 1XI6A 1OLAA 1DOTA 3VXBA 1VFDA 3U92A 3PPNA 1A8FA 1S7YA 3IL1B 1B0LA 1AMFA 4G68A 4N81A 3HN0A 3QMFA 1ZIUA 1NV7A 4OEVA 1QJMA 2CEYA 3KOSA 1LBVA 3TTRA 5HM4B 4F2QA 4ONYA 4BDLA 2ZMBA 1Q1KA 3HCQA 4ZDMA 1FCKA 2YLNA 4XXUA 3FGSA 5ET8A 3FUZA 4R72A 1NV3A 3OD7A 2OZZA 5FTIA 3C36A 4R6YA 3SZPA 3CHGA 2OWZA 5CI5A 4QSCA 3CRBA 3FVGA 4LA9A 1MPDA 5EQ9A 1IXGA 4JVCA 1USYH 5L8DA 4KCCA 1B3GA 2WEFA 3Q27A 4WXJA 4GF8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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