3SEVA

Zn-mediated trimer of maltose-binding protein e310h/k314h by synthetic symmetrization
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEHELAHDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
molecule tags Sugar binding protein
source organism Escherichia coli
total genus 120
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3sevA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3sevA01
3W9WA 5KDTA 3IO6A 1GR2A 3PD9A 3K4UA 3SDFA 3CVGA 4NF8B 3O6GA 3A3UA 4H5FA 3FXRA 4PFUA 4QFOA 3C4MA 5A5XB 1MQDA 1JNFA 2B65A 3TELA 4OHNA 3G3JA 3MZBA 4F3SA 2F5XA 4ELOA 3FJGA 4PFYA 2XHDA 4O3AA 1XS5A 2V93A 1SVXB 1NMUA 4KQPA 3IL1B 1FQDA 1Y20A 4OTEA 4MLQA 1EZOA 3O28A 5I2NB 3VXCA 4RK9A 2F78A 2GHBA 3A09A 1EU8A 1AL3A 4DXBA 4LONB 4ZEDA 3GZGA 3D4GA 5F7VA 1TFAA 5I58B 1IEJA 4EXKA 1Z7NE 3HCQA 1UTBB 2HZLA 3N6TA 3K00A 4NMYA 3ILTB 3TTKA 1URGA 4FIMA 3USDA 3CI8A 1EH3A 1A54A 1MDQA 2IEEA 1PC3A 3FATA 2QS1A 3P7IA 3PV0E 4WKMA 2PMSA 5I2KB 1IITA 1D9VA 1Y4TA 3H6UA 4NF8A 4XTCQ 3LC8A 3SEUA 5A5XA 2YLNA 4KYDA 3SEYA 3T66A 4OWDA 3TTRA 3RPWA 2XXWA 1LB9A 5CI5A 1MY4A 3SKPA 5H8NA 2OWSA 5CBRA 5K2YA 1FQFA 2XD2A 1FW0A 4F1VA 5H8QA 2DS9A 3QAXA 2W7YA 1B5JA 4R75A 3C32A 5I2NA 3VLVA 1MXWA 4KPTA 4U1OA 3FVNA 2RC9A 1P1QA 5CC2A 1N7XA 3EPEA 2GHAA 2YJPA 4EQ9A 4OVJA 2ONRA 5L8DA 1JEVA 5LOMA 1PB8A 1UTBA 3U94A 1LLSA 3V89B 2XXTA 4IO7A 2HAUA 4RYAA 1NNKA 4YU0A 3RY3A 2F6PA 4I8CA 1MY2A 4R73A 2ANJA 4FATA 5L9SA 4IY5A 4LVQA 4P0GA 2H25A 3KGCA 1Y4CA 1Q1KA 4ZZAA 3T9UA 4JB7A 1N7WA 1DPEA 2Z8DA 4TLMB 1EZPA 3CIJA 2VGQA 2ALUA 1MDP1 1QUJA 3UORA 5I59B 2BJJX 4IGTA 3IO4A 2V3QA 1MY0A 3OO8A 2O69A 3HHFA 3ZSFA 2Z23A 3SEVA 1DPPA 5FHMA 3MC2A 3SETA 1JEUA 4Q30B 5ITOA 4LA9A 1LAGE 4H65A 3FIRA 4F29A 2I4BA 3IOTA 2Q88A 4LQ2A 1LGBC 2DYXA 3MP6A 1Y1MA 3VLUA 2R6GE 2RCBA 3TUSA 1JVXA 4OFOA 3VLWA 1PDAA 2XXXA 4Q8RA 2DE2A 3H06B 3M8UA 3K6VA 3PPOA 1A40A 2DXYA 1FQAA 2GRVA 4LZ8A 3TTNA 4EF1A 5ELVA 4U21A 3FZVA 3RTWB 1QW0A 5I84A 1LSTA 3RQTA 1MXVA 4OQOA 1B1HA 1GGGA 1QVSA 3HPIA 5I57B 2B3FA 2DSFA 4GIZA 3IOUA 4ZE9A 3AXFA 4OENA 2M8CA 4H8IA 1L5TA 2ZNUA 3VVEA 3SEXA 3TQWA 2E1SA 2QS2A 2P1SA 4K3FA 3O66A 4ZEBA 4JWOA 3KOSA 2OJTA 3ZKKA 3LSXA 5AE4A 3MPKA 1I6QA 1B2HA 2O51A 3OOAA 1Z7ME 1AMFA 1TWYA 1T0KA 1P1UA 1MH4A 2F36A 2A5TB 3KN8A 3OSRA 3QXMA 1B3FA 3UA8A 4NE4A 4DE8A 2Y7RA 1N84A 2O7UA 2X7QA 4U1ZA 1B7ZA 1I6BA 1Y3NA 2OBGA 3FVOA 4KD5A 1GVCA 4MLVA 2HFBA 3CFXA 4MFIA 3IB1A 4UACA 4BDNA 4E0WA 5CM6A 1XC1A 1GTKA 4G8HA 3DP8A 1RYXA 1B40A 4DIGA 3FXQA 2I3VA 4P11A 1ZMGA 2UVIA 4MBPA 2DE4A 3O29A 3CG1A 2V84A 4YB7A 3HN0A 1IXHA 2NXOA 3C35A 2VP1A 1ZLQA 4H6DA 4TQUQ 2D3IA 3I6VA 4WEDA 4XKRA 1NKXA 3Q29A 1VR5A 2HQ0A 3K6UA 3TCGA 3UIFA 3S2VA 2H5YA 1S7YA 1GV8A 4GOTA 4U4XA 3U1OA 3FJ7A 3MJNA 3PD8A 3DM0A 1JVYA 1HSJA 1B3LA 4DZ1A 1UIVA 1MY1A 2QSXA 2QL3A 4MF3A 1B46A 3KN7A 4FORA 1MQIA 2NUVA 4RNSA 2PT2A 2ZXTA 2G29A 2O1LA 5BWJA 2Q9TA 5TU0A 2GH9A 4FAJA 3TPAA 1OQGA 1QJMA 2ZMBA 3Q28A 3IK6B 3G3FA 1MQJA 3G3HA 1D4NA 4JWXA 4EF2A 4IGRA 2ZYOA 5IAIA 1M5BA 2LAOA 3GLBA 5DVIA 1JW1A 1MPDA 2QJEA 1B05A 4LATA 1A55A 1EZ9A 1WODA 2OCUA 1YPNA 3VVFA 1JQFA 3PPNA 1SDXA 1SYIA 3EF7A 2RC7A 2E0SA 1B9JA 2QS4A 3U8QA 5L9MA 3E4RA 2PVUA 5AA3A 3MZ1A 3N5LA 4JBZA 5ICTA 4NTLA 4ELPA 1SW1A 3N94A 2XXHA 2GFEA 1AOVA 3K0VA 3MAMA 4IY6A 2UYEA 4QRZA 1N3XA 5I56B 4F31B 4OFLA 1POTA 3C9HA 4YKJA 4G77A 1LFIA 1XT8A 5CMCA 4WXJA 1B52A 3G3IA 2VHAA 2X7PA 3Q25A 3B6TA 5HBCA 5DEXB 4JSOA 2ABHA 2H9BA 2XXYA 3ZS6A 4JWYA 1MRPA 3IAZA 5DYHA 3TKDA 2I0BA 1ZTYA 1NNTA 1LAXA 2DXRA 2DWAA 1LFHA 2RF1A 3PPQA 3GBAA 2KLFA 4DCYA 3V83A 4G68B 2WKYA 1SW5A 2I3WA 4PFWA 3L6HA 1AIVA 5L9OA 2DOJA 3CRBA 2UVJA 3G3GA 3H4ZA 1RYOA 4C1UA 2AYSA 4IO5A 1MPBA 3KBRA 1B1XA 4XKPA 1MQGA 1B3HA 5HPQA 3EHSA 1B4HA 1B7HA 1H3DA 3MVWA 2V3UA 4F18A 1ATGA 5I56A 2REJA 4O3BA 4LZ7A 5AA2D 1FQEA 5I58A 2QMWA 4LP2B 3MBPA 3K2DA 1PEBA 2H4IA 4FECA 4FEDA 2F97A 5ITPA 1POY1 1FTOA 1NNPA 1H76A 2UVGA 4N6PA 2ZYMA 5CBSA 2ZNTA 3CG3A 2P0SA 5I2KA 4Z7EA 3K1NA 5H8FB 1UQWA 5KZTA 4JXIA 3IB2A 1LAFE 2G93A 2A5SA 3HV1A 1IZ1A 3KOTA 5CMKA 1M5CA 4QFPA 2NOOA 3M3KA 4ESWA 1FTMA 3LR1A 1A8EA 3CFLA 2HXWA 2I58A 3KN3A 1LBCA 3S9EA 5KCJB 3TAJA 5CRYA 4IO2A 3VE1B 2QS3A 4FEBA 1NFTA 5EYFA 2XXUA 1HSLA 2ONSA 3UN6A 3OO7A 3O9PA 1US5A 1R6ZA 4QFKA 4Z0IA 1H43A 1B5IA 5FHOA 3R6UA 4YMAA 1SQYA 1AH5A 2OZZA 2Q2CA 2XXQA 3WAFA 1VE4A 3PUZE 4RXLA 1JETA 4LZ5A 3LSWA 2I6EA 4RPOA 2F7BA 5TPAB 3BFTA 4L17A 3LSFB 4WEPA 3THIA 5H8FA 1M5EA 4ONYA 4QHQA 2RINA 3TMGA 1USYH 3OO6A 3MW0A 4XIGQ 1O7TA 3S9LC 1UTHB 3H6WA 1LAHE 3PUXE 4PETA 1PBPA 4I62A 5KCJA 3FUZA 5I59A 3B7DA 4YZZA 2I49A 1SBPA 4ZECA 4OYVA 4KR5A 4BDQA 4NWCA 4DCXA 1NNFA 1PB7A 2ZNSA 4NF4B 3C31A 3QYTA 4BDRA 4F3GA 1RKMA 3KZGA 1II5A 4G2ZA 4THIA 5CMMA 4HW8A 5DVJA 1P1NA 1IQ7A 4HCWA 4KI0E 1LCFA 3MVXA 3IB0A 3R26A 4XXUA 1QULA 3O2AA 1BLFA 2P2AA 1B0LA 4ZZEA 3RTFB 4EDPA 3G7WA 2XX9A 2YPNA 4F39A 3FVKA 1HSEA 4R9FA 2XXIA 4O3CA 1P1OA 3TEPA 3GXAA 1R9LA 2AIXA 3T96B 4GLIA 4YMBA 1TXFA 2RC8A 1DOTA 4PQJA 4MH5A 4RY1A 1LCTA 1UTHA 4OXVA 1CE2A 1ZJLA 2I4CA 3FV1A 5ISUA 4G8MA 3B6WA 2I0CA 4QSDA 1MY3A 2XXPA 5CMBA 4JDFA 3JZJA 3LUYA 5I57A 4JSDA 4GL8A 5AA2B 4QF9A 4TOZA 3B6QA 3T9XB 2CZLA 4POWA 1QUKA 3DELB 5IKBA 5AA1A 1TFDA 1XHYA 2FYIA 2H99A 4LQ5A 4ECFA 3RT6B 4AQ4A 2HCAA 3PMWA 4DXUA 3H03A 3QIMA 1VSOA 4PFTA 3S9NC 1WVJA 3Q27A 2DVCA 2F7AA 2Y7IA 1DTZA 1B3EA 1O64A 4U4SA 5JEIA 1ZIUA 4F3BA 3KSJA 5TP9B 3F11A 3KFMA 2V3TA 2A5TA 3H3GA 2Y84A 4I1DA 3PUYE 1H44A 3EHUA 4U22A 1P1WA 3MQ9A 3PMVA 3ONMA 2UYFA 3PU5A 3T22A 3PPRA 4OEVA 1LBBA 1I6AA 4RK2A 2O1MA 2DWIA 4X48A 3IOVA 2DVZA 3ILUB 4ND9A 4OETA 4YB6A 1OIBA 1MH3A 2Q89A 3FGSA 2OLBA 2Q2AA 4N13A 3BFUA 3T9HB 3Q26A 3K1PA 5AA2A 2F35A 2AL4A 2PT1A 4H5GA 1YAEA 3ECRA 4GL0A 3KSXA 1B5HA 1A8FA 5AA4B 4NWDA 3FJMA 3T93B 4U23A 3QUFA 3MP1A 4AB5A 4RJZA 1B7UA 2FA7A 4H1XA 4OESA 4QSEA 4EQBA 3VV5A 1SW4A 3KEIA 1LB8A 3H7MA 1BP5A 3OO9A 2XX7A 1N0TA 4G4PA 1B3GA 4PE5B 5TP9A 3U92A 4NF6B 3UGWA 3OMBA 3C36A 2QMXA 3JV9A 4I9DA 4ISUA 4R2BA 1LFGA 4AB6A 1IXGA 4F1UA 2O68A 3SERA 2XXVA 1URDA 4KYSA 1VFEA 5DTBA 2UVHA 4ESXA 5H8NB 1SW2A 4KFQA 3VVDA 1UIUA 1QKBA 5H8QB 1FQCA 3TCHA 4ELRA 3N26A 1TT1A 4E0XA 4RPNA 1MS7A 4R9GA 1B0HA 4M1VA 3PUWE 2OWTA 4ELQA 2OK2A 1J1NA 1YTVA 3E9XA 3KG2A 5AA4A 3RN8A 4BDOA 3OXNA 3A3CA 2R71A 3V5AA 1N3WA 1IIWA 3FD3A 4DDDA 4C1TA 3TQLA 3QSLA 3W15C 5FHNA 2Q8JA 4GQOA 3WAEA 1I69A 4F22A 4ZEIA 4NF6A 4BDLA 4TLLB 3K1MA 3H6TA 1OLAA 3O97A 3CFZA 3K01A 3RLFE 2XD3A 4YAHX 4Q5TA 1BIYA 1NL5A 1B6HA 1XOCA 3CSGA 3K02A 3BBRA 3VFJA 3DLNA 3OSQA 3IORA 1SI1A 3PUVE 1BTJA 2CMOA 3QK6A 2X26A 4H67A 1FCKA 2UXAA 4X9TA 4OMBA 4QFNA 2Y7KA 4IO6A 1R1NA 2D21A 3LSLA 4R6HA 1Y3QA 1PB9A 4EUOA 3KJTA 1MXZA 2F6GA 5DEXA 2VOZA 1ANFA 4FE8A 3TZAA 5HM4B 3EN3A 1FQBA 2QRYA 2Z8FA 4NF5B 3TCFA 1H45A 4G68A 2D5WA 2VD3A 4R72A 2O7IA 1MG1A 4KCCA 5JK4A 1SI0A 1MXUA 3TDJA 4BLAA 3I3VA 3QUJA 2Z8EA 2I48A 5H8HB 1QKAA 3RNNA 4GRKA 2Z22A 4ZDMA 3FXUA 4IO4A 4EQ7A 1F9BA 4YICA 3D4CA 1OMPA 1Y9UA 2F8DA 4U2RA 1OVBA 2Y7WA 3CR9A 4HTGA 1D9YA 3PPPA 4R6YA 3MP8A 2PBWA 1B51A 3OENA 4X1DA 1O63A 5JTYB 5ICQA 4DXCA 1S9TA 5FTHA 4GXSB 2ZYNA 4LUBA 1DMBA 3IOWA 4Q0CA 1MM6A 1MPCA 1ELJA 4R74A 2QPQA 4KYEA 1BKAA 1JW4A 3O6HA 2REGA 5EHSA 4RA1A 2NWJA 1US4A 4F1YA 4ZE8A 3TTMA 4PP0A 4NF5A 4G8NA 1N04A 3N6UA 1S50A 1IXCA 1IXIA 2PYYA 4GWOA 4ZS9A 4DLDA 4OERA 3TYHA 1M5FA 5H8HA 4HCYA 4NEDA 2NVUB 3HSTA 3FVGA 3PMXA 5BUUA 3EHTA 2RCAA 1FTLA 3EQ1A 4IB2A 1KWHA 3RUMA 3GBBA 1B4ZA 2F34A 2Y7PA 3I5OA 1NH8A 4YKPA 4R6KA 1XVXA 1VFDA 3U72A 4GD5A 4EXLA 2DWJA 5JTYA 3E3KA 3DP4A 3OELA 4P0IA 3VDFA 1NH7A 1JW5A 1Y3PA 4GF8A 3K6XA 3MWBA 4IO3A 5H8SA 3OEMA 4YB5A 1OVTA 2DQVA 1FTKA 4GFRA 3UP9A 3OD7A 5EHMA 1A7LA 1D3KA 2F7CA 4QFLA 4OFJA 1QUIA 2ESNA 3TFLA 1B32A 5TPAA 1OQHA 2R9JA 5B7DA 3T9VA 4KHZE 1MM7A 1XVYA 1MXYA 4GVOA 3S9MC 2FNCA 2DP8A 3MVYA 3U93A 2XX8A 3G3KA 4C0RA 4BDMA 1P99A 2O84X 3TTLA 4G68C 5B70A 2V25A 3L6GA 3SESA 3K6WA 2VD2A 1B58A 4N07A 1USYE 3CSBA 5DVFA 4F3PA 3E13X 2THIA 3OEKA 2PX1A 1DSNA 1N76A 2H98A 2HAVA 3RGYA 1ZKBA 5DT6A 3M3LA 1DTGA 4NF4A 3H6VA 4H8JA 3MPLA 3BKIB 4ZEKA 1PBQA 2XXRA 1M5DA 4UA8A 4QSCA 1MQHA 4XKQA 3C34A 3M3FA 5KDTB 4XKNA 3PGFA 4X1BA 1R9QA 5J1DA 2AL5A 3KJ7A 4F19A 2HEUA 4FJPA 3HO7A 2O6AA 3IR1A 1IUDA 4KCDA 5FTIA 3FV2A 2ZYKA 4OEUA 3MUQA 4R2FA 3C33A 5M2VA 3IX1A 4M4GA 3JYRA 1A99A 4F2QA 3W9VA 1WDNA 5K2XA 2ONKE 4YKKA 3LBSA 3TODA 2HZKA 4GXAA 3ZKLA 4F2OA 1FTJA 1OLCA 5F1QA 1ZU0A 3DP6A 3ODBA 1MXXA 3RT8A 4POXA 1SD3A 2B3BA 2DE3A 3S4UA 3IJXB 3SEWA 4OZ9A 3UK4A 3HHGA 3MVZA 4ZEFA 3VXBA 1Q35A 1ZBMA 3R7XA 3FASA 2DWHA 3O6IA 3IJOB 2RKMA 4HS7A 3MZ9A 2IA4A 1SYHA 1CB6A 4YKIA 4H0WA 1Y1ZA 1URSA 1YCJA 3V8XB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GWSA 4N81A 3W9WA 5KDTA 3IO6A 1GR2A 3PD9A 5DW8A 3K4UA 3SDFA 3CVGA 4NF8B 2Y5KA 3O6GA 3A3UA 4H5FA 3B50A 3FXRA 4PFUA 4QFOA 3C4MA 5A5XB 1MQDA 1JNFA 2B65A 3TELA 4OHNA 3G3JA 4HXVA 3MZBA 1NUYA 4MNPA 4F3SA 2F5XA 4ELOA 3FJGA 4PFYA 2XHDA 4O3AA 4NAPA 2CZIA 1XS5A 2CEXA 1SVXB 2V93A 1NMUA 4KQPA 3IL1B 1FQDA 1Y20A 4OTEA 1QGXA 4MLQA 1EZOA 3O28A 5I2NB 3VXCA 4RK9A 2F78A 2GHBA 3A09A 1EU8A 1AL3A 4DXBA 4LONB 4ZEDA 4MMPA 3GZGA 4I40A 3D4GA 5F7VA 1TFAA 5I58B 1IEJA 4EXKA 1Z7NE 4OA4A 3HCQA 1UTBB 2HZLA 3N6TA 3K00A 4NMYA 2HPGA 3ILTB 3TTKA 1URGA 4FIMA 3USDA 1EYKA 2XWVA 3CI8A 1EH3A 1A54A 1MDQA 2IEEA 1PC3A 4N6DA 3FATA 2QS1A 4NG7A 3P7IA 4G61A 3PV0E 4WKMA 2PMSA 1IITA 5I2KB 1D9VA 1Y4TA 3H6UA 4NF8A 4JVDA 4XTCQ 3LC8A 3SEUA 5A5XA 2YLNA 4KYDA 3SEYA 3T66A 4OWDA 3TTRA 3RPWA 2XXWA 1LB9A 5CI5A 1FPLA 1MY4A 3SKPA 5H8NA 2OWSA 5EQ7A 5CBRA 5EYHA 5K2YA 1FQFA 2XD2A 1FW0A 4F1VA 5H8QA 2DS9A 3QAXA 2W7YA 1B5JA 2XA5A 4NHBA 4R75A 3C32A 5I2NA 3VLVA 1MXWA 3ROJA 4KPTA 4U1OA 3FVNA 2RC9A 1P1QA 5CC2A 1N7XA 3EPEA 2GHAA 2YJPA 4EQ9A 4OVJA 3PTYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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