3SKPA

The structure of apo-human transferrin c-lobe with bound sulfate ions
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
CKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serotransferrin
molecule tags Metal binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 113
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3skpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3skpA02
1VFDA 5EYFA 3RN8A 5FTIA 5JEIA 4Q8RA 2I6EA 1H44A 3A3CA 4YAHX 3H06B 3TDJA 4QSDA 2Q88A 3O29A 3JYRA 3KOTA 1GV8A 3LR1A 2O1MA 5TP9A 2F35A 3KEIA 4U2RA 2O84X 3T66A 4OFLA 3KBRA 2RINA 3FUZA 2Z8EA 2YLNA 3MBPA 4EF1A 4YICA 1ZBMA 4YKJA 2QS1A 4XIGQ 2OWSA 2FNCA 3FXRA 1EU8A 2I0CA 1B1HA 4QFLA 3PUWE 2Y7IA 1JETA 1ZLQA 4O3BA 1YTVA 1B7ZA 1JVXA 4ZEIA 5B7DA 4ZE9A 2Z8FA 5JK4A 4OFJA 4LUBA 1GGGA 4RNSA 1M5DA 1RYXA 1XC1A 2F6GA 4EQBA 4BDRA 3SDFA 3F11A 1ZTYA 1EZPA 4G8HA 3A3UA 2Q2CA 3VVDA 4F39A 4TOZA 5ITOA 3W9WA 3PPNA 1FCKA 1NKXA 1XVXA 3Q29A 2R6GE 4LVQA 4QSEA 1JVYA 5A5XB 4RA1A 1IXGA 1I6QA 3H4ZA 3SESA 1AL3A 3VLWA 4IGTA 1RKMA 3SKPA 1LLSA 3VLUA 3Q27A 4H67A 4GXSB 3ZSFA 4EQ7A 3VLVA 4M4GA 2B3BA 5I57B 2XXIA 1VE4A 5HBCA 2XXHA 3KN7A 4NF6B 2XD3A 2V3TA 1TT1A 3G3FA 3RTFB 4YB5A 4XKRA 3HCQA 4THIA 4F1UA 4I8CA 3IOUA 3SEUA 5A5XA 1FTJA 3RTWB 1UTHB 4U1ZA 3OMBA 5H8QB 3JZJA 2O68A 5DVJA 1MPCA 2ZNSA 4GVOA 2ZYMA 4BDNA 2H25A 4BLAA 3T9XB 1FTLA 4NF6A 1B3FA 1NL5A 1B4HA 4PE5B 3RT6B 1XVYA 2RCAA 3SETA 2ZYNA 3KSJA 2DQVA 3K1MA 5H8QA 5EHSA 1SYHA 4MBPA 3PD8A 1WVJA 4R75A 2QRYA 3M3FA 2W7YA 2Y7WA 5H8HB 3VV5A 1P1QA 5FHOA 1SDXA 2H4IA 5TPAB 3UP9A 4OHNA 4RK2A 2QMWA 2E0SA 2GHAA 5H8FA 3TQLA 4DIGA 3D4CA 3OOAA 2REGA 1Y1ZA 3DELB 4OXVA 1NNKA 2XX8A 3K2DA 1XS5A 4C0RA 1PB9A 2P0SA 1IZ1A 3QYTA 3USDA 5H8HA 1B3EA 5TPAA 4U4SA 4YB7A 4KD5A 1LAGE 2V25A 1IUDA 2DXRA 2ANJA 1B9JA 1KWHA 1B1XA 1LCFA 4P11A 5CMBA 4ZZAA 2GHBA 1SI1A 4DCXA 1SW1A 1FQAA 4R9FA 4KYSA 3BBRA 4R72A 2YPNA 2IA4A 2UVJA 1Y4TA 1P1UA 1LFHA 1B0LA 1O64A 3WAEA 2DWJA 2XXVA 3TYHA 5KDTB 2REJA 1AH5A 5CI5A 2VD3A 2KLFA 4WKMA 1BP5A 4ELPA 4EXLA 1A40A 2BJJX 4DXUA 1M5EA 2ALUA 4LZ5A 3A09A 3K01A 4P0GA 2I3WA 3LBSA 2AYSA 3CSGA 4UA8A 4FJPA 2LAOA 5IAIA 3TCGA 3T9VA 2DP8A 2ZYOA 2OLBA 2I48A 3K6VA 4PFUA 5JTYB 3DLNA 5J1DA 3UK4A 3MAMA 3MVWA 2XD2A 3QSLA 3H03A 3H6UA 1FQBA 2B65A 3IJXB 3S9MC 1WDNA 2IEEA 4TLLB 1URSA 3FIRA 4QFNA 2XXPA 1B3LA 4QSCA 3FJ7A 1LB8A 3CI8A 1ZU0A 3FD3A 3C35A 1DPEA 4OERA 2F6PA 1MM6A 1LFGA 3ECRA 1NNPA 2R71A 5K2YA 1J1NA 3K02A 4MLQA 3IB0A 2ONRA 3KOSA 2UYEA 1Q35A 1B6HA 3O97A 4NWCA 1A7LA 1MY4A 1GTKA 2VOZA 3IOVA 3Q25A 2ESNA 1IITA 4G68A 1N04A 5CRYA 3IX1A 2PYYA 2OWTA 4I9DA 5F7VA 1A8FA 4XKNA 3PGFA 3TZAA 4F31B 1R1NA 1II5A 4F19A 4FAJA 1JEUA 1N7WA 5CMCA 1B3HA 1R6ZA 4IB2A 5KZTA 2ZNUA 4RK9A 3ONMA 5CMKA 3G3IA 2A5TA 1B05A 1NH8A 3LSWA 1BLFA 1PC3A 5I59A 4GF8A 4KR5A 5K2XA 3D4GA 1D9YA 1QW0A 1Y3PA 3MZ1A 3FJMA 2HQ0A 3V5AA 1US4A 3WAFA 2XXUA 3K0VA 4LA9A 4F18A 4FATA 3N26A 5I2KA 2F8DA 1L5TA 4NMYA 2RC9A 5I2NA 4WXJA 3M8UA 1Y9UA 1URGA 3H7MA 1B32A 2Y7KA 2Q89A 1FQFA 4X1BA 3H6WA 5BUUA 2P2AA 2DWIA 4N13A 4F29A 3T93B 1S7YA 1PB7A 4OFOA 4JBZA 2D3IA 3LC8A 4ND9A 4R2FA 3C33A 2VGQA 1SW2A 1B7HA 4U4XA 3E9XA 3TPAA 3JV9A 1H3DA 1USYE 4HCWA 4KFQA 3QUJA 2FYIA 5DYHA 2QS4A 4RPOA 1BTJA 3MWBA 2Q2AA 4RY1A 4Q0CA 1FTKA 4G68C 3RY3A 4U21A 2XXWA 1DSNA 3HPIA 1D3KA 3RT8A 3E4RA 4EDPA 4PP0A 1XHYA 3S9NC 3FVGA 4G77A 3V89B 3MP8A 3PU5A 4O3AA 3TAJA 2R9JA 3SEXA 4JWOA 4E0WA 2HZKA 1Y3QA 1N76A 4H0WA 4NE4A 1B2HA 4ESXA 1MPBA 1YAEA 1P1NA 3OEKA 1POTA 3C9HA 1Y4CA 2PT1A 2I0BA 1MY2A 4GIZA 2QL3A 1XOCA 1MY1A 1M5BA 4GWOA 1MQGA 3S9EA 4KYDA 4KI0E 4GQOA 4PFYA 1LBCA 4GD5A 3BKIB 1USYH 5DTBA 4OWDA 1DPPA 4IO5A 1FQCA 1QVSA 4R9GA 1B5JA 4ZZEA 5LOMA 5H8SA 4H8IA 1QUJA 3TTNA 3DP6A 2NVUB 3T9HB 4DZ1A 3TTKA 1DTGA 3ZKKA 3TQWA 3TUSA 1A54A 4DE8A 3LSFB 2B3FA 2OZZA 4FE8A 4I1DA 3E3KA 3OEMA 2F5XA 2V93A 4ZEKA 3S9LC 2XX7A 5I57A 1YCJA 1OQGA 3MC2A 3GLBA 4KPTA 4JSOA 1FTMA 4YMAA 2ZYKA 4F3BA 2Z8DA 5DT6A 1UTHA 3W9VA 1PDAA 1DTZA 4OETA 3I5OA 2PVUA 1QJMA 4LQ2A 4OQOA 3U1OA 1B0HA 4MF3A 5AA1A 3IR1A 3PUYE 4H1XA 1UTBB 3B6WA 1M5FA 4HS7A 1UIUA 3G7WA 3GXAA 3ZKLA 3T9UA 3OENA 3VE1B 3U93A 1JQFA 5AA2B 1EZ9A 3FVKA 2G29A 3QAXA 3OO8A 4FEDA 3N6TA 3U94A 1URDA 4OYVA 1S50A 2PBWA 1ZMGA 3IOWA 3TTMA 2O7UA 4YMBA 1OLCA 3VXCA 4HTGA 4OVJA 5L9OA 1UTBA 4EUOA 2H5YA 2XXYA 4DXBA 1LSTA 5L8DA 4ZEDA 4LATA 2I4BA 4G8MA 2O6AA 1B3GA 1NH7A 3ODBA 4L17A 3I3VA 2XXTA 3SEVA 2DVZA 4U23A 1MS7A 2ONKE 1ELJA 2VP1A 3TFLA 3FZVA 3CVGA 4M1VA 3T22A 1IXCA 4F3GA 4EQ9A 4FEBA 3CG3A 3HHGA 1B7UA 1I6AA 1ZKBA 1SVXB 1SBPA 4ELOA 1MG1A 3KN8A 2V3QA 2F34A 3RLFE 1NFTA 3ILTB 1GR2A 1H76A 3G3JA 1UQWA 3IORA 4IO3A 5I58B 1B46A 4ESWA 2HAVA 4XXUA 3KFMA 1PEBA 4ECFA 3MVXA 5KDTA 4YKKA 3MUQA 2G93A 3EQ1A 1HSEA 2O1LA 2H99A 4R6YA 3CSBA 2RF1A 3QK6A 3K00A 3K6WA 1PBQA 5L9SA 4G8NA 2DWHA 2X26A 4WEPA 1EH3A 3VXBA 2QJEA 3M3KA 3B6QA 3IO6A 3VDFA 1LAXA 4BDLA 1B40A 3TODA 2UVHA 1AMFA 4ZDMA 5AA3A 3MPLA 5JTYA 3Q28A 1WODA 4ELQA 3VVFA 2RCBA 1JW5A 4NWDA 2YJPA 4PFWA 1A55A 2F7BA 4C1UA 1F9BA 2A5SA 3CIJA 1TXFA 5I56B 2P1SA 1GVCA 3QUFA 2XHDA 4EF2A 3KZGA 4GL8A 4H5FA 4X9TA 4K3FA 4YKIA 4OZ9A 1IQ7A 3OSRA 3FXUA 4QFOA 1MQHA 2ZNTA 3K6UA 3FV1A 3IAZA 1HSLA 4MFIA 1VR5A 5AA2D 3KJ7A 1B58A 5ISUA 4FORA 2HFBA 5I56A 4KQPA 5M2VA 1LCTA 4R6KA 2XXXA 5L9MA 1N0TA 3BFTA 1BIYA 3O66A 5DVFA 1MH4A 3OO6A 1Z7NE 1VSOA 2PX1A 1M5CA 4XKPA 5I84A 1MPDA 4GOTA 4H5GA 1MRPA 1QUKA 3CFLA 1D9VA 2OBGA 4OESA 3MJNA 3PPRA 4GLIA 2HXWA 3MP1A 4LZ7A 5H8NB 4YU0A 4HCYA 2F7CA 3PUZE 4IGRA 4U22A 3C36A 1SQYA 4XTCQ 3M3LA 1ZIUA 1MDQA 2I3VA 2VD2A 3UGWA 3PPPA 3MVZA 3PMVA 1N3WA 3IO4A 1P1OA 4KCCA 1MY3A 1HSJA 3K6XA 1IIWA 2Q9TA 1MXZA 2QSXA 4ZS9A 3L6HA 5H8NA 4C1TA 2HEUA 2NXOA 5TU0A 1LBBA 1T0KA 1QUIA 4ELRA 1NMUA 2Q8JA 4BDOA 1SYIA 1P1WA 5CBSA 5CBRA 1QKBA 5FHNA 3FATA 4QRZA 2ZMBA 4NF5B 2X7PA 4GFRA 1PBPA 4R2BA 1Y20A 3FASA 4RYAA 5TP9B 3MP6A 3HHFA 2I58A 2ABHA 2HZLA 4JWYA 4AB6A 4Z0IA 1QKAA 2UVIA 5HPQA 3PMWA 3HSTA 2O69A 1O63A 1UIVA 3OD7A 1LGBC 2RC7A 3TKDA 1OQHA 4ZEFA 3V83A 3PMXA 4NF5A 3EHSA 2NOOA 3R26A 3N5LA 3I6VA 2XX9A 4FIMA 3CR9A 3GBBA 1ATGA 4F2QA 3UORA 3AXFA 3VVEA 1MQJA 1SW4A 4IO4A 1S9TA 4BDMA 1ZJLA 1NNFA 1CB6A 3MQ9A 3QXMA 1MXUA 2Z23A 3H6VA 4GRKA 1IXIA 4X1DA 1MXWA 3KGCA 1Y1MA 3OO7A 3W15C 1MH3A 1TFAA 2GFEA 2NWJA 4F3SA 4Z7EA 2PMSA 4ZECA 3KSXA 4N6PA 2Z22A 4IY6A 2XXRA 3O28A 1OMPA 3MZ9A 2DE3A 2DVCA 4F1VA 1MQDA 2I49A 3PPOA 4ZEBA 1A8EA 2DWAA 3THIA 3RNNA 4X48A 5ITPA 3QIMA 3FVNA 3TMGA 1FTOA 4DCYA 1SW5A 4G4PA 3O6HA 2V3UA 1OIBA 4PETA 4UACA 3HO7A 2F7AA 3R6UA 1AIVA 2H9BA 2GRVA 3PUXE 1B51A 1PB8A 1Z7ME 4IY5A 2E1SA 2DXYA 3KJTA 2X7QA 4PFTA 3CG1A 1N84A 3OO9A 2OK2A 3N6UA 1B5IA 3Q26A 4G2ZA 1TWYA 3IOTA 1A99A 4F2OA 3FGSA 2QPQA 3FVOA 4O3CA 3S2VA 3R7XA 2F36A 2M8CA 3V8XB 4TQUQ 4RXLA 3K1PA 5B70A 5KCJB 2QS3A 3B7DA 3H3GA 4NEDA 1D4NA 2UYFA 1B4ZA 3MZBA 4OEUA 2THIA 3PUVE 1TFDA 5H8FB 5ELVA 1I69A 1SD3A 4ISUA 1JEVA 4ZE8A 2ZXTA 4GL0A 1YPNA 2DE4A 4U1OA 3E13X 4IO7A 3O6GA 4OMBA 2VHAA 1JW1A 1QULA 2CZLA 4PQJA 2O7IA 4Q30B 3RUMA 2ONSA 2FA7A 1ANFA 4LONB 5KCJA 3MW0A 3FV2A 3OXNA 4BDQA 1Q1KA 3DM0A 3B6TA 3K1NA 3G3GA 5HM4B 1RYOA 5CMMA 4N07A 4OTEA 3PV0E 2PT2A 4NF8B 3OSQA 3L6GA 1H43A 2NUVA 5BWJA 3UIFA 3TEPA 2QMXA 4R73A 2OCUA 3P7IA 1MQIA 3HV1A 4YB6A 3O2AA 5AA2A 1CE2A 3H6TA 2I4CA 1O7TA 4AQ4A 4NF4B 4YKPA 3GBAA 4R6HA 1OVTA 2D21A 4IO2A 1MXYA 1MM7A 4NF8A 4LZ8A 2WKYA 3IK6B 3S4UA 3IL1B 1OLAA 3EHTA 1FW0A 2O51A 1DMBA 1IXHA 5DVIA 3O9PA 3G3HA 3CRBA 5ICTA 1P99A 3EHUA 4NF4A 3IB1A 3C4MA 3PD9A 2OJTA 3MVYA 3RQTA 1BKAA 3K4UA 4EXKA 4WEDA 1FQDA 2GH9A 4KHZE 2RKMA 1EZOA 3VFJA 1MXVA 1NNTA 3OELA 4KYEA 3SEWA 3RPWA 1MXXA 4JDFA 3CFXA 2D5WA 3FXQA 3LSXA 3TCHA 1LAFE 4FECA 5I58A 3G3KA 4POXA 4OENA 2UXAA 1LB9A 1B5HA 4RJZA 3IB2A 4DLDA 1JW4A 2UVGA 2DOJA 2QS2A 2CMOA 3EF7A 2DS9A 1R9LA 1XT8A 3C34A 3ZS6A 1LAHE 2F78A 4I62A 2DSFA 3C32A 3DP8A 4G68B 2V84A 4F3PA 1JNFA 3IJOB 3MPKA 3BFUA 5F1QA 1IEJA 5FHMA 5ICQA 3KG2A 4AB5A 3N94A 3CFZA 4GXAA 1POY1 2HCAA 4QHQA 5IKBA 4QFKA 1FQEA 1MDP1 1I6BA 4ONYA 4OEVA 4QF9A 4E0XA 2A5TB 1N3XA 2Y84A 1DOTA 5DEXB 2Y7RA 5I59B 3EPEA 4R74A 4JWXA 4LQ5A 3ILUB 3T96B 3FJGA 4Q5TA 2F97A 3TTLA 3PPQA 4H8JA 2AL4A 3TCFA 4JB7A 5I2KB 3UA8A 1Y3NA 1US5A 4H65A 5AA4B 5CC2A 1R9QA 4KCDA 5I2NB 3SERA 2AL5A 5CM6A 5DEXA 4XKQA 4DXCA 3SEYA 4POWA 4QFPA 3U8QA 4F22A 2HAUA 3U72A 4YZZA 1N7XA 4RPNA 1MY0A 2DE2A 5EHMA 3KN3A 4DDDA 3RGYA 5AA4A 1B52A 3U92A 4JSDA 1H45A 3UN6A 1VFEA 5AE4A 4H6DA 4LP2B 3LUYA 2DYXA 4NTLA 3TELA 3O6IA 2AIXA 1SI0A 3C31A 3HN0A 4F1YA 2H98A 3LSLA 2Y7PA 3TTRA 1OVBA 1AOVA 4HW8A 4MLVA 4JXIA 4MH5A 4TLMB 2RC8A 4IO6A 2XXQA 4P0IA 3EN3A 5FTHA 3DP4A 3GZGA 1LFIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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