3T9HB

Kainate bound to a double cysteine mutant (a452c/s652c) of the ligand binding domain of glua2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGCRDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDCGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanism of AMPA Receptor Activation by Partial Agonists: DISULFIDE TRAPPING OF CLOSED LOBE CONFORMATIONS.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Transport protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 86
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3t9hB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3t9hB02
1RYOA 1UIVA 3PUYE 1B32A 3LUYA 4F3GA 3RT8A 2RKMA 3ZSFA 2LAOA 4FECA 3HCQA 3SETA 3KFMA 4LQ2A 5A5XA 3EHTA 4WKMA 3TEPA 3A3CA 3OO6A 5JEIA 4E0XA 3BFUA 1UTBB 4R72A 2F5XA 4KPTA 1IIWA 1ATGA 1MRPA 1GV8A 4EXKA 1IXHA 5I56A 2DWJA 4LATA 2X26A 1O63A 2OBGA 4WEDA 3SERA 3U8QA 1OLAA 4QF9A 3PUZE 4HW8A 3A3UA 3MVYA 5ITOA 4DDDA 1SDXA 4IO3A 1OLCA 1RKMA 4QHQA 3CIJA 4ZE8A 3DM0A 1LAHE 2I0BA 4F18A 3WAFA 3MPKA 1Y1MA 2HQ0A 2WKYA 2QS4A 3M8UA 2ONSA 4NF6A 4OFOA 4R9GA 3U1OA 2F7BA 3EF7A 1MY1A 3T96B 3Q27A 1FQEA 4JXIA 4KYDA 1Y4CA 2XX9A 2Z8FA 2QSXA 4NF4A 4XKPA 1D9VA 5F1QA 1MM6A 4P11A 4DLDA 1SW5A 1S9TA 2P2AA 4RK9A 5TPAA 2VGQA 4EQ9A 4F19A 5DVFA 1N0TA 3QUFA 2NXOA 1LFGA 2Y7KA 2DVCA 3N94A 1FW0A 1Z7ME 2HCAA 5H8HA 2B3FA 5F7VA 5TP9A 2A5TB 1SBPA 1NNKA 1MH4A 3GXAA 2DE4A 4KD5A 3T9UA 2HFBA 1LGBC 3C34A 4Q30B 1NFTA 1JETA 1USYH 4QFOA 2ANJA 2UYFA 2O7UA 3TCGA 4NF5A 2G29A 3TCFA 4LP2B 3OENA 1N7WA 4MLVA 1PC3A 2D5WA 3PUWE 3MVZA 2ESNA 2PBWA 2DYXA 3HPIA 3PPNA 4GRKA 1XVXA 4U4SA 4ISUA 2Y7WA 4L17A 4OZ9A 5AA2D 1B52A 1D9YA 1M5EA 2GHBA 1QUJA 4U23A 1IEJA 3JYRA 1LBCA 4ZEDA 3T93B 1A54A 3OOAA 2H98A 2Z8EA 1Y3NA 3IAZA 4ZEIA 1QW0A 3SDFA 4ELRA 3FJ7A 3OSQA 1UQWA 5DT6A 5JTYB 3N26A 1PBQA 3PUXE 3OD7A 1DMBA 5AA4B 3KBRA 4F2OA 2P0SA 1N3XA 3VVDA 1MQHA 4H8IA 3HV1A 4EDPA 2HAVA 3HHGA 3RTFB 1FTJA 3A09A 1IUDA 3IB0A 4YMAA 4QFLA 1URDA 1JEUA 2DSFA 3S9LC 1NNPA 4F1VA 4MFIA 4IB2A 2KLFA 3ZKKA 3LSLA 1A40A 3TTLA 1LFIA 2YJPA 3UK4A 1MG1A 2QPQA 3N6TA 4E0WA 3S4UA 2YPNA 5CBRA 1SYIA 3I3VA 4I1DA 3EPEA 4NEDA 3B6TA 5IKBA 4N07A 1LB8A 3OELA 3PMVA 4PFTA 3BKIB 3SEUA 4JDFA 5H8QB 2XXYA 4U4XA 2X7PA 5FHOA 3IK6B 4GL0A 3SEYA 3KJTA 3MJNA 2VHAA 5I2KB 3B6QA 2DWAA 4OETA 3O6HA 1BP5A 3CSBA 3V83A 2NWJA 4OQOA 1L5TA 4ESWA 5K2XA 4OWDA 1FTLA 2Z22A 4BDNA 2R71A 3VVEA 3M3LA 1YPNA 3MUQA 1IXGA 4X48A 2O51A 4RJZA 3HN0A 2UVJA 3Q29A 2FA7A 3W9WA 2QJEA 5L8DA 2ZYNA 3DP6A 2DOJA 2Z8DA 4YB6A 2OWTA 4LA9A 3M3FA 3G3KA 4OYVA 3OMBA 3MP6A 1YAEA 3FVOA 4G4PA 4OERA 2ZYMA 3VE1B 1FQAA 4THIA 4ZS9A 4RA1A 4KI0E 4HCWA 3C4MA 4BLAA 4XKRA 3RPWA 3RGYA 3MZBA 4PQJA 1FCKA 3RN8A 2ZYKA 1UTHA 2XXQA 2V3TA 1B05A 3K01A 1OQGA 3LR1A 3HSTA 1GGGA 4H8JA 3MZ9A 1MM7A 3CVGA 4G2ZA 2CZLA 2Q8JA 3MWBA 2QS1A 2F6GA 4C0RA 4RYAA 1FQBA 4GWOA 3OEMA 2H4IA 3G3FA 1B7UA 3L6GA 2QS2A 2Q89A 4NE4A 3TTMA 2H5YA 3TTKA 1B7ZA 3VLUA 2E1SA 5ICTA 4NF8B 4QFPA 1B1HA 3UA8A 4EQBA 1IITA 1B3FA 1IZ1A 3I6VA 1AL3A 1B0HA 4FORA 4NTLA 2B65A 3KGCA 1R1NA 4RPOA 5B70A 2O7IA 2VP1A 1NNTA 1A55A 2YLNA 5DVJA 3D4GA 4HCYA 4DCXA 5I56B 1IXIA 4QRZA 1N76A 3R7XA 3KN7A 3TDJA 1Q1KA 1EZPA 5ICQA 1FQCA 3THIA 4XIGQ 2D21A 1IQ7A 1R6ZA 3FJMA 1VR5A 1M5BA 4MLQA 2O6AA 1WDNA 3FGSA 5EHSA 2HZKA 1VFEA 3O28A 3CRBA 5KDTA 1MS7A 3FV1A 4H65A 2Q9TA 2RC8A 2Y7IA 4ZDMA 4Q5TA 4G8MA 2O69A 2RINA 5I84A 2REGA 2NOOA 5H8NB 5H8FB 4YICA 3USDA 2A5SA 1S7YA 4QSEA 4LONB 4EUOA 3IORA 2V3QA 1B40A 4RY1A 3Q26A 4F31B 2DXYA 5HPQA 1URGA 3FJGA 3E9XA 1DOTA 4I9DA 1VE4A 5CMKA 3C31A 1LAXA 4DXCA 1B2HA 3H06B 4G68B 3T9HB 4ZE9A 5EHMA 3IR1A 4OHNA 2AIXA 5TP9B 1SVXB 2G93A 5DEXA 5FHMA 3B7DA 3TPAA 3V5AA 3H3GA 5CC2A 3U94A 3O66A 3OO7A 3KSJA 1US5A 5K2YA 2F36A 4EF1A 3ZKLA 3EHUA 3TUSA 4YKKA 4GD5A 4F3PA 3K6VA 3LC8A 4NF5B 1FTOA 1B3HA 3FVKA 2I49A 3MP1A 3KEIA 1FQFA 1PEBA 4PFYA 3FD3A 1F9BA 5HM4B 3VV5A 4GVOA 3TTRA 3RNNA 1MXZA 4O3CA 1PDAA 1LCTA 4DE8A 2F6PA 3QAXA 1GTKA 4P0IA 3OXNA 2F97A 3EQ1A 3WAEA 2ONRA 4IO2A 2I0CA 1A7LA 4Q0CA 4PFUA 1CE2A 1HSEA 4OXVA 4GIZA 3VFJA 1KWHA 4PP0A 4F22A 4ZZAA 4ZEBA 1ZKBA 4DIGA 1MPDA 4YKJA 2AYSA 4FJPA 3SESA 1P1OA 1UTBA 4OENA 2ALUA 4GQOA 4GOTA 1JNFA 4FIMA 4O3BA 4F29A 2ONKE 5KCJB 3E4RA 4H0WA 2UVHA 3RTWB 5KZTA 1TWYA 1QVSA 4R6HA 1J1NA 3MAMA 2XXPA 3LBSA 3HHFA 2IEEA 1Y9UA 3PV0E 3ECRA 5AA2B 2RF1A 3RY3A 3TZAA 3Q25A 2DE2A 1DPPA 3QSLA 2RC9A 2REJA 5I2NB 4ECFA 4FAJA 2F8DA 3CR9A 3BBRA 1NH8A 2PMSA 3PU5A 2PT1A 1ZTYA 1B51A 2Z23A 4PE5B 3H4ZA 1AH5A 3K1MA 2DWHA 3MVXA 4IY5A 2XD3A 1QKAA 5AE4A 2VD3A 3E13X 5B7DA 4ZEKA 4AB5A 2O68A 5BUUA 2V84A 1JW5A 4WEPA 1LLSA 4EXLA 1N3WA 4U1ZA 3VLWA 3QYTA 3OO9A 4XKNA 4OFJA 2Q2CA 1NNFA 2HEUA 3ONMA 3KOSA 3FASA 1QKBA 2VOZA 3CI8A 2A5TA 3GBBA 3K02A 4XKQA 1P1NA 2GH9A 1FTKA 2ZXTA 5JK4A 4G77A 1N84A 1O64A 4YAHX 4TLLB 1B3GA 1SW1A 2OZZA 3S9EA 4H67A 4Z7EA 4BDLA 3IJXB 4DXUA 4JWXA 1LB9A 2F78A 3H6VA 2GFEA 3F11A 1H44A 1ZIUA 1B1XA 2PX1A 3VVFA 4GXSB 2DP8A 3U93A 1N04A 3TTNA 3MQ9A 2AL5A 4G68C 3H6TA 2XX7A 2I48A 3PUVE 3TKDA 5ELVA 1SQYA 1QUKA 4YKIA 2THIA 2AL4A 4AB6A 1MY2A 3VDFA 4R74A 4R6KA 1XC1A 1R9QA 3OEKA 3TELA 5CM6A 3K2DA 3G7WA 1BIYA 4H6DA 5I58B 4C1UA 1D4NA 4ELPA 1LSTA 4DZ1A 4I8CA 5JTYA 4F2QA 1B5IA 1MPCA 3O9PA 3IOTA 5AA4A 5M2VA 1BLFA 3MC2A 2RCAA 2I3VA 4XXUA 3I5OA 1M5DA 2Q2AA 4RK2A 1WVJA 4IO7A 4POWA 1QUIA 3UORA 2ABHA 3B6WA 1PB9A 4LQ5A 5L9MA 5ISUA 2I6EA 2O1LA 4BDMA 2FYIA 3CSGA 4H1XA 3W15C 3KN8A 3S2VA 1HSJA 3FXRA 3BFTA 3R26A 4YKPA 3CFZA 4QFNA 1M5FA 1B7HA 5BWJA 4ZEFA 5I59B 3PMWA 2Y7RA 2HZLA 4JWOA 4PFWA 3K6WA 3CG1A 1FTMA 3MW0A 5H8QA 3FIRA 2Y84A 4U21A 2O84X 2NUVA 3UN6A 3PMXA 2UVGA 3GZGA 2UYEA 2R9JA 3G3GA 3P7IA 4BDQA 5I2KA 3HO7A 3JZJA 4KFQA 3PPPA 5A5XB 2OLBA 5H8SA 2B3BA 4KYEA 1US4A 3K4UA 1ZMGA 3PGFA 1NKXA 3UP9A 2IA4A 2I4CA 1OIBA 3N6UA 1XHYA 1ZBMA 5FHNA 1MPBA 3T22A 1B3LA 1A8FA 1LBBA 3RT6B 1SD3A 4M1VA 1H76A 4JSOA 3FATA 2X7QA 4LUBA 4N6PA 1B46A 5DEXB 3TFLA 1JW4A 4KCCA 1MQGA 3T9XB 3E3KA 5FTIA 2H99A 2BJJX 4R9FA 1MY3A 3IOUA 3KOTA 3FUZA 3FVNA 4LVQA 1QULA 3QIMA 4POXA 2XXRA 4Z0IA 4FEBA 3KSXA 3QUJA 2DXRA 3O97A 3V89B 4KYSA 3IJOB 4NF6B 4XTCQ 4QFKA 1OVTA 3FXQA 4GXAA 4GL8A 3ILTB 3RQTA 3DELB 1XOCA 3K6UA 1PBPA 5DYHA 1EZOA 4TLMB 2HXWA 2F34A 1B5HA 2PT2A 1WODA 2DVZA 4KQPA 2OJTA 2PVUA 4GF8A 3IOWA 3SEVA 3DP4A 4NF4B 1I6QA 3JV9A 3EHSA 4NF8A 3TAJA 4F39A 1MQIA 5LOMA 3DP8A 4LZ5A 3MZ1A 1SYHA 5TPAB 4NWDA 1RYXA 1ANFA 5ITPA 5H8HB 4OVJA 1ZLQA 5TU0A 2I3WA 3OO8A 2Q88A 4MH5A 2DS9A 1DSNA 4FE8A 3FZVA 5AA1A 1DPEA 4JBZA 3TODA 3IB1A 1I6BA 2XXTA 1ZU0A 3H03A 4DCYA 3MP8A 3PPRA 1LAGE 4I62A 3KG2A 3M3KA 4NMYA 5I57A 1PB8A 2DE3A 4G8NA 1T0KA 2ZNUA 1MH3A 3Q28A 1B9JA 1R9LA 4P0GA 4UA8A 4RXLA 4MF3A 1M5CA 5DTBA 3K1NA 3K6XA 3T9VA 2F35A 2DWIA 3C36A 4X1BA 3UGWA 2ZYOA 4Q8RA 1NL5A 3QXMA 1ZJLA 3C9HA 5H8NA 5H8FA 1MQJA 3ILUB 1GR2A 3LSWA 5DVIA 3UIFA 3IOVA 1EZ9A 4ZZEA 1B4HA 2CMOA 2NVUB 1MXWA 4HS7A 4G68A 3VXCA 1HSLA 1MXXA 3H7MA 4NWCA 4DXBA 4JB7A 4QSDA 1TT1A 1XS5A 3MVWA 1B0LA 4BDRA 3IB2A 4GLIA 3KJ7A 2UXAA 1Z7NE 4JSDA 1LCFA 1MXVA 3K0VA 4AQ4A 1H45A 4H5FA 3MBPA 1BKAA 1IXCA 2QMXA 4KCDA 3SEWA 1JQFA 4TQUQ 2RCBA 4OEUA 2F7CA 1N7XA 4RPNA 1P1UA 4N13A 3S9MC 5IAIA 5FTHA 3H6UA 2GRVA 2XXXA 2QL3A 4IGRA 2XXUA 3ZS6A 4QSCA 1H3DA 4ESXA 1SW2A 4IO6A 4O3AA 3N5LA 2I58A 3OSRA 2F7AA 3MPLA 2QS3A 1JEVA 2GHAA 4ELQA 3S9NC 1B58A 1OMPA 1OVBA 1EU8A 2D3IA 1URSA 2XXHA 5KCJA 4IO5A 1AOVA 1MY0A 1QJMA 1MY4A 2OWSA 2XHDA 2ZMBA 4LZ7A 1POTA 2V25A 2H25A 1VSOA 5AA2A 1POY1 3TYHA 2VD2A 3LSFB 3O29A 4M4GA 1USYE 1B4ZA 4F1UA 2XXVA 3EN3A 3W9VA 4ELOA 4F3SA 1TFAA 2RC7A 1PB7A 2P1SA 5I2NA 1UTHB 3U72A 3PPQA 4K3FA 3TCHA 3K1PA 4TOZA 4GFRA 3O2AA 2ZNTA 4FATA 3KZGA 3FV2A 2UVIA 4R2FA 1JVXA 4YB5A 1Y3QA 3CFXA 2XX8A 3C35A 5EYFA 1VFDA 3VXBA 1AMFA 1P1QA 4RNSA 4YZZA 4F1YA 1YCJA 4HTGA 3K00A 3PD9A 2Y7PA 3PD8A 4H5GA 3D4CA 2XXIA 3H6WA 4YB7A 3T66A 1NH7A 1P99A 5CMBA 2XD2A 1MDQA 2XXWA 3IO6A 4LZ8A 3O6IA 3LSXA 4FEDA 1BTJA 4R2BA 3IX1A 5HBCA 1ELJA 3R6UA 1B6HA 1MXYA 2O1MA 1S50A 4X1DA 3C32A 3FXUA 5CMCA 5L9SA 3O6GA 2R6GE 5J1DA 4IO4A 1Y4TA 2W7YA 1XT8A 1I69A 3RUMA 3GBAA 4U22A 1SI1A 1Y3PA 1AIVA 1MQDA 2QRYA 4YU0A 3QK6A 4F3BA 3FVGA 3AXFA 4G8HA 5KDTB 4EQ7A 3U92A 3C33A 3SEXA 3CFLA 4YMBA 4JWYA 3G3HA 1EH3A 4ND9A 2H9BA 1GVCA 1DTGA 1Y1ZA 3TQWA 5CRYA 3TQLA 4UACA 3DLNA 1TXFA 2HAUA 5I58A 4BDOA 4OMBA 5AA3A 1A99A 5CI5A 1B5JA 4OESA 1FQDA 1MDP1 3GLBA 2FNCA 4WXJA 4KHZE 3G3IA 1XVYA 1OQHA 3VLVA 4EF2A 3L6HA 1O7TA 2V3UA 1UIUA 2PYYA 4KR5A 1P1WA 2M8CA 4U1OA 1LFHA 3TMGA 3RLFE 1LAFE 1TFDA 1CB6A 4IGTA 2ZNSA 4OFLA 3KN3A 4R73A 1MXUA 1H43A 1A8EA 3IO4A 4ZECA 1II5A 1B3EA 1D3KA 1NMUA 3CG3A 1I6AA 5CMMA 3PPOA 1Y20A 4R6YA 2OK2A 1Q35A 4X9TA 3G3JA 4OEVA 5CBSA 3IL1B 1JW1A 4IY6A 4MBPA 4OTEA 2DQVA 1DTZA 1JVYA 3ODBA 1SW4A 5I57B 2OCUA 4U2RA 5I59A 4R75A 2QMWA 3V8XB 3SKPA 2I4BA 5L9OA 1YTVA 1SI0A 2E0SA 4ONYA 4PETA 2V93A 4C1TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2O7UA 4KXPA 3TCGA 4NF5A 2G29A 3TCFA 4LP2B 3OENA 5J16A 1N7WA 4JVDA 4MLVA 1PC3A 4OVSA 2D5WA 3PUWE 3MVZA 2ESNA 2PBWA 2DYXA 3HPIA 3PPNA 4GRKA 1XVXA 4U4SA 4ISUA 2Y7WA 4L17A 4OZ9A 5AA2D 1B52A 1D9YA 1M5EA 2GHBA 1QUJA 4U23A 2Q74A 1IEJA 3JYRA 1LBCA 4ZEDA 3T93B 1A54A 4FBPA 2CZKA 3OOAA 2H98A 2Z8EA 4PCDA 1Y3NA 3IAZA 4ZEIA 1QW0A 2GQ1A 3SDFA 4ELRA 3FJ7A 3OSQA 1UQWA 5DT6A 1FSAA 5JTYB 3N26A 1PBQA 3PUXE 3OD7A 1DMBA 3KBRA 5AA4B 4F2OA 2P0SA 1N3XA 3VVDA 1MQHA 4H8IA 3HV1A 4EDPA 2HAVA 3HHGA 3RTFB 1FTJA 4JVCA 3A09A 2V4CA 1IUDA 3IB0A 3LUZA 4YMAA 4QFLA 1URDA 1JEUA 2DSFA 5FBPA 3S9LC 1NNPA 4MEVA 4F1VA 4MFIA 1KA1A 4IB2A 5T3JA 2KLFA 3ZKKA 3LSLA 1A40A 3TTLA 1LFIA 2YJPA 3UK4A 1MG1A 2QPQA 3N6TA 4E0WA 3S4UA 2YPNA 5CBRA 1SYIA 3I3VA 2XA5A 4I1DA 3EPEA 4O8MA 4NEDA 3B6TA 5IKBA 1NV0A 2B4LA 4O94A 2QVVA 4N07A 1LB8A 3OELA 3PMVA 4PFTA 3BKIB 3SEUA 4JDFA 5H8QB 2XXYA 4U4XA 2X7PA 5FHOA 1FTAA 3IK6B 4GL0A 4QXDA 1CNQA 3SEYA 3KJTA 3MJNA 2VHAA 4IR8A 5I2KB 3B6QA 2DWAA 2WYPA 4OETA 3O6HA 4P8BA 1BP5A 1KA0A 3CSBA 3V83A 2NWJA 4OQOA 1L5TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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