3TDJA

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and bpam-97 at 1.95 a resolution
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tdjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tdjA02
3GXAA 1IUDA 4ZEKA 1JVXA 1VFEA 3KOSA 3K2DA 3IL1B 4PFUA 2RC7A 3PU5A 2XXIA 1FTLA 4G68A 1JVYA 3JYRA 1SYHA 5EYFA 4GXAA 4OETA 3TEPA 1AMFA 3V8XB 1MQJA 3IR1A 4JSDA 4DXCA 4NTLA 4YMAA 2ZYMA 4G68C 1QW0A 5JK4A 3FVNA 5EHMA 1FQFA 3PUWE 1LCTA 2ZYKA 4FATA 3QK6A 1VR5A 3ILUB 2Q2CA 1WDNA 1N3WA 4EXKA 4F2OA 1LGBC 4YB7A 3E4RA 2QS4A 1NFTA 3PUXE 4YICA 2VP1A 3R6UA 4NF6A 2O84X 4U1OA 1AOVA 1CE2A 2F97A 1B5HA 3O97A 2PMSA 4U2RA 4F31B 1RYXA 1JNFA 1LAFE 3TQLA 3IOVA 4KI0E 1B51A 3N6TA 5L8DA 3PPNA 2QL3A 3A3CA 4PETA 5L9SA 5CC2A 2F7CA 3SEXA 3O28A 4THIA 2HZKA 2A5TA 3TMGA 5H8HA 2QPQA 4XKNA 1D9YA 5FHNA 2X7QA 1YAEA 3FVOA 2H98A 3ZKLA 4UACA 2DP8A 1LSTA 3WAEA 4QF9A 1MXUA 1HSJA 1MY2A 2I3VA 1NNTA 5KCJB 3SEUA 1ZBMA 1S50A 3QSLA 2G93A 3U92A 2OWSA 4G4PA 4WEPA 3OXNA 5DT6A 4ZEBA 1XT8A 2F78A 2HXWA 3MVZA 4GFRA 3G3FA 3R26A 1LFIA 4H8JA 3O2AA 1PB9A 4OTEA 3VE1B 3RY3A 3VVFA 1DSNA 3CRBA 4FEBA 2QS2A 3CIJA 3T9HB 3I3VA 4F3GA 1GV8A 5BUUA 4NF5A 1SVXB 2DWIA 3I5OA 3GLBA 5CRYA 3MW0A 3QYTA 1MG1A 3G3KA 3LC8A 4IO2A 4ZS9A 3IB2A 4K3FA 2Z8EA 1QKBA 2Z8FA 1JETA 2HEUA 2AIXA 3IOTA 1O7TA 4FIMA 1A40A 3LSFB 4TLMB 2IA4A 3MWBA 4IO6A 5BWJA 3TODA 4BDQA 5I59A 2RINA 2OLBA 3O29A 2XXWA 2NVUB 4H5FA 4GF8A 2AL5A 3U93A 2FNCA 1TXFA 3M8UA 1UTHA 3KGCA 3U72A 3C31A 1YCJA 3B6TA 4X1DA 2DXYA 3A3UA 4OFJA 4AB6A 3K00A 4ZECA 3TTRA 4R6HA 3UK4A 3B6QA 3TTMA 5B7DA 2D5WA 1DOTA 3H06B 4YU0A 2QRYA 1A8FA 1MXWA 1EZOA 1USYE 3IO4A 1MXVA 4U4XA 2OK2A 1US4A 1URGA 4KD5A 4M4GA 3RPWA 4ESXA 1B3EA 4U4SA 3G3GA 2V3QA 3KZGA 1Y3PA 3MJNA 1NNFA 3CFZA 1LFHA 3FJGA 3FASA 1PB7A 1MQIA 4RJZA 4R74A 1YPNA 5TPAB 1SQYA 5I2KA 2UVHA 1R9QA 4UA8A 4U23A 3H4ZA 3MC2A 1TWYA 4OWDA 4PP0A 3BKIB 4HS7A 1QUKA 2I4BA 2F5XA 4QFLA 2I58A 2HCAA 3EHTA 4BDLA 2XHDA 1IXCA 4POXA 1P1OA 1FW0A 2DOJA 5KCJA 3BFTA 4XXUA 4R6YA 3FVGA 3LR1A 4AQ4A 3H6UA 4Z0IA 3ZS6A 2GHBA 3PMXA 2V25A 4BDOA 4OZ9A 2NUVA 5I57B 4X9TA 5I84A 5CMCA 1VSOA 3A09A 2IEEA 3W15C 5IKBA 3TQWA 4U21A 1N7WA 3FV1A 4R73A 3KOTA 1SW1A 3Q26A 3C36A 1M5CA 5LOMA 4XTCQ 2F6GA 4PQJA 5F7VA 4LP2B 4OHNA 4EF1A 1N04A 4QRZA 1Y1ZA 3IO6A 1NMUA 4XKRA 1B3HA 3FIRA 3P7IA 3K02A 1RKMA 3FVKA 1Y1MA 3HCQA 4NF4B 2P0SA 4QFNA 5CMBA 5H8NA 2PBWA 5FTHA 2F36A 3E3KA 4BDRA 3UGWA 5CM6A 4WXJA 3O66A 2ZNUA 1Q35A 2V93A 4R2FA 2ONKE 1LAGE 1LB8A 1BLFA 5AA2B 2O51A 3MZBA 4ZEDA 1OLCA 3M3FA 5I58B 3MPLA 5CBSA 4NWDA 3JZJA 4WKMA 1D9VA 1MM6A 1L5TA 4JXIA 1B0LA 1MPBA 2D21A 3V89B 1PBPA 1GGGA 4YKKA 1IEJA 1JW4A 1IXGA 1B3FA 4EQBA 4ELPA 2OZZA 4NWCA 4DCYA 1B40A 1USYH 1AH5A 2ZYOA 4F39A 1ZMGA 1TFDA 3ECRA 4EUOA 2AYSA 2DWJA 4ELQA 4G77A 5AA2D 2DE2A 5KZTA 1UQWA 1BP5A 4QSCA 4ISUA 3IB0A 3OO8A 1N3XA 1RYOA 4IB2A 4PFWA 4Q30B 3VXCA 3VLUA 3USDA 1MH4A 5H8FA 3K01A 1B4HA 4RPNA 1T0KA 1ZLQA 4NF8B 3MUQA 4LUBA 4KPTA 3RLFE 1YTVA 3CFXA 2ESNA 2Y7WA 3K6XA 4C1TA 1EZPA 3OEMA 1PB8A 2I0CA 1B3GA 2DWAA 3EN3A 4P0IA 4DXUA 2D3IA 2DVZA 1P1NA 1AIVA 4X1BA 3C9HA 5ITOA 3KSXA 3DP8A 2HAVA 3HHFA 4ESWA 3IJXB 5AA1A 4H5GA 3TTLA 2DYXA 4JWXA 5I2NB 3S2VA 1OLAA 1UTBA 4BDNA 4YB5A 1LAXA 1O64A 2ZMBA 5CI5A 1DTGA 4ELOA 3TUSA 3MZ1A 1JW1A 3LUYA 4LONB 1Z7ME 3KSJA 3RNNA 4GWOA 3SKPA 1D3KA 2X26A 2DE4A 1DPEA 4N07A 2XXVA 5K2YA 2HFBA 3CSGA 1JEVA 1S7YA 3RT8A 2O1MA 3T93B 4YKIA 2GRVA 4X48A 2XXYA 4OXVA 1XOCA 1J1NA 2P1SA 3UP9A 4QFPA 2QSXA 4JWOA 2YPNA 1JEUA 3MPKA 4O3AA 2DSFA 4F29A 2I0BA 1R1NA 4H6DA 1NH7A 3KJTA 5DVJA 4JDFA 3F11A 2G29A 4Z7EA 3LBSA 4U1ZA 4BLAA 2ZYNA 4GIZA 2Y7RA 3TYHA 5L9OA 4RK2A 3S9EA 2XXHA 4NEDA 2Y7PA 2ZNSA 3UA8A 5J1DA 1NKXA 3MBPA 3QXMA 4E0XA 2F8DA 1FQCA 3H3GA 3N94A 2OCUA 3BFUA 2Z22A 1B58A 4PFYA 4ND9A 2ABHA 4OESA 3SETA 3OENA 3IK6B 4QHQA 1B05A 4GL8A 3K0VA 1MH3A 2O68A 3SERA 1LFGA 1B6HA 3QAXA 5AA4B 3FZVA 4RYAA 2XXQA 3G3JA 1PBQA 1PC3A 3KEIA 2REJA 5CMMA 1NNKA 3OD7A 5H8QB 2ALUA 2GHAA 4DLDA 2W7YA 2XX8A 2V3UA 4R9FA 2PYYA 1N7XA 5DEXA 3C33A 4WEDA 2H4IA 1FQEA 2UXAA 3PUYE 3KN7A 1B5JA 4HW8A 4AB5A 1OQHA 4OYVA 3IOUA 3IX1A 3C34A 4IO3A 4DXBA 4NF8A 4LZ5A 4JB7A 2AL4A 3FJMA 3PV0E 4LVQA 4N13A 2E0SA 3FD3A 2A5SA 4XIGQ 1FTKA 1LCFA 4ONYA 2B3BA 2R6GE 1IZ1A 3LSWA 2H25A 3T9VA 3CG3A 5JTYB 1D4NA 3Q25A 3K1PA 5EHSA 1MDQA 3IB1A 1QUIA 3VDFA 1POY1 5K2XA 1MRPA 1N76A 1B7ZA 1QKAA 5FHOA 4ZEFA 4FJPA 1P1WA 4H8IA 1B46A 2H9BA 5I56B 1MS7A 3T9UA 4P11A 3Q29A 1AL3A 4OERA 4GRKA 4NMYA 1I6QA 1I6BA 3BBRA 1LBCA 1OIBA 1F9BA 5B70A 3O9PA 2ONSA 1MY3A 2F35A 2XXUA 4G2ZA 4FORA 1VFDA 1A99A 3D4GA 2QS3A 1EH3A 1OQGA 2I6EA 2UVGA 3FATA 3PD8A 4QFOA 1ZU0A 4LQ2A 2B3FA 1I6AA 4IO7A 1N84A 3L6GA 2PX1A 3PUZE 1IIWA 4GD5A 4R6KA 4HCWA 1UIUA 1PDAA 3B6WA 2X7PA 1DPPA 3VVDA 5KDTB 2XXRA 1B7HA 4ELRA 3QUFA 5ISUA 3K4UA 1FQDA 3TFLA 3M3KA 1LB9A 2DVCA 3M3LA 2RCBA 4G68B 2RC8A 2VD2A 4F19A 1MQGA 2KLFA 4EDPA 1MQHA 1P1UA 4QSEA 4YKPA 4JWYA 1IXHA 2V3TA 1Y20A 3QUJA 4H67A 2Q8JA 3K6VA 2LAOA 3K1MA 4ZZEA 4IO4A 4OQOA 4R72A 3VFJA 3WAFA 3S9NC 1M5EA 2PT2A 4ZE9A 1MDP1 1B1XA 4ZDMA 4KR5A 4PE5B 3EHUA 3H6VA 3VV5A 2Z23A 2XD3A 1OMPA 4LATA 4IY6A 4YB6A 1URDA 4EQ7A 4BDMA 4NF6B 4YMBA 1B9JA 2ANJA 3MP1A 3PGFA 3PPQA 5M2VA 2Y7IA 3SEVA 4ECFA 3TCHA 1N0TA 3KN3A 3LSLA 2H99A 2THIA 3G3HA 2VHAA 4ZE8A 1B0HA 3OMBA 5A5XB 2PT1A 2XXPA 2Q9TA 3UIFA 1URSA 1WODA 2QMXA 5TU0A 5H8HB 3KG2A 2VOZA 3KJ7A 3FV2A 2M8CA 2O6AA 5DVFA 1H76A 2NXOA 4JBZA 4GQOA 2VGQA 4JSOA 4OENA 4MLQA 1A7LA 2QJEA 2B65A 4LZ7A 3FGSA 3MP6A 3Q27A 4QFKA 1GR2A 3FXRA 3C32A 3SDFA 2O1LA 1ZTYA 2F7AA 2R9JA 4MBPA 2DE3A 4KHZE 4TLLB 4MF3A 1SD3A 1M5FA 2DQVA 1XS5A 1BKAA 2I48A 4NE4A 3RTWB 2OBGA 1B52A 1FTOA 3TZAA 5CBRA 1DTZA 4FAJA 2F6PA 5CMKA 4F1UA 2RF1A 3OEKA 4R75A 4MFIA 3TAJA 4P0GA 1ZJLA 4NF5B 1R6ZA 3PMWA 5DVIA 2XX7A 5TPAA 3V5AA 2XXTA 4YZZA 4RY1A 1ZIUA 3EQ1A 1UIVA 3W9VA 3ONMA 3OO7A 5ICTA 5HPQA 3E13X 3IAZA 2FYIA 1BTJA 4R9GA 3PUVE 1Q1KA 1JW5A 4Q0CA 2NWJA 2OJTA 1A8EA 3K6UA 1XHYA 4FECA 3QIMA 3FUZA 4N6PA 5I59B 4KCCA 1B5IA 3VLVA 5I57A 5ICQA 1QVSA 3CVGA 1LBBA 1MPCA 2UVJA 1UTHB 1ATGA 1GTKA 2RCAA 3SESA 1SYIA 1B32A 1B4ZA 3CSBA 1XVYA 2ZNTA 3EPEA 3W9WA 4H65A 3TPAA 4F3PA 3K1NA 1LLSA 3H7MA 2Q89A 3U8QA 1M5DA 4QSDA 2CZLA 2DWHA 3O6IA 2XX9A 4RK9A 1B3LA 3MVWA 4NF4A 3G7WA 3VVEA 3RGYA 2RC9A 4Q8RA 3U1OA 2I4CA 1FTMA 1B2HA 2FA7A 2UVIA 3K6WA 3IORA 3UN6A 3OOAA 3N6UA 3RUMA 1IXIA 1I69A 5TP9B 3VXBA 3D4CA 1GVCA 3H6TA 5AA2A 5A5XA 2XD2A 4GVOA 2PVUA 4POWA 3PPPA 5I58A 4F1VA 4F2QA 4KYEA 2E1SA 1O63A 5I2KB 5IAIA 2GH9A 1WVJA 1MY0A 1XVXA 1DMBA 3TCGA 3N26A 1MY4A 2HAUA 3T22A 4GL0A 3I6VA 1POTA 1MXZA 4L17A 2GFEA 1SW5A 4M1VA 4HTGA 2Y84A 2ONRA 3G3IA 4ZZAA 4KYSA 3GBAA 2F34A 3H03A 2QMWA 3EHSA 4FE8A 1SDXA 1KWHA 2Z8DA 3ZSFA 3KBRA 4DDDA 1H44A 3RQTA 3S9LC 1P99A 2P2AA 1MPDA 3Q28A 4F18A 5H8SA 2RKMA 5L9MA 2Q88A 3TTKA 4OEUA 3TELA 5HBCA 1SW2A 3DP4A 3RTFB 4EF2A 4C1UA 3MAMA 2REGA 5H8NB 1P1QA 4HCYA 4LA9A 3SEYA 1Y3QA 1IITA 3O6GA 4F3BA 3HPIA 3TDJA 1EZ9A 3B7DA 4OFOA 3FXQA 3C35A 1A54A 4H1XA 1H45A 4IY5A 2YJPA 3U94A 4I9DA 5I2NA 4LZ8A 1MM7A 4YKJA 3R7XA 3TTNA 2I49A 3S4UA 1JQFA 4KYDA 3PD9A 2UYEA 1B7UA 1OVTA 4E0WA 1H43A 1IQ7A 3IOWA 3GZGA 3AXFA 2BJJX 4OFLA 4YAHX 4KQPA 4G8HA 3MQ9A 2OWTA 2DS9A 1TT1A 3L6HA 4IGTA 1SI0A 2CMOA 4RPOA 2UYFA 4TOZA 4R2BA 4ZEIA 3OO6A 4U22A 4LQ5A 3ZKKA 4OEVA 4KFQA 4OMBA 4XKQA 1SI1A 4EQ9A 4XKPA 1HSEA 5TP9A 4MH5A 5AA3A 5H8FB 1Z7NE 4KCDA 1MXYA 4RXLA 3UORA 5HM4B 1US5A 3MP8A 3DP6A 1EU8A 4C0RA 3DLNA 1M5BA 3PPRA 1S9TA 5FTIA 3RT6B 2WKYA 1MQDA 4FEDA 3TCFA 4F22A 3MVYA 5AA4A 1SBPA 1FQBA 2Y7KA 1R9LA 5ELVA 3KN8A 3CFLA 2HQ0A 5H8QA 1ZKBA 1CB6A 1UTBB 1MXXA 2I3WA 1Y3NA 2NOOA 1BIYA 3S9MC 3N5LA 3OELA 5JEIA 2F7BA 4GOTA 3DELB 4DIGA 1QJMA 3H6WA 2Q2AA 3IJOB 2ZXTA 1HSLA 3MVXA 1QUJA 4I8CA 4DZ1A 2DXRA 4Q5TA 3DM0A 4G8NA 1XC1A 3T9XB 3LSXA 4H0WA 2O7UA 1QULA 4DE8A 4G8MA 5F1QA 4F3SA 1NH8A 5FHMA 3GBBA 5JTYA 3HV1A 3VLWA 3HHGA 4F1YA 4PFTA 3OSQA 2QS1A 3FJ7A 2YLNA 1B1HA 2A5TB 4MLVA 3CI8A 1FCKA 3ILTB 1NL5A 4I62A 3O6HA 5I56A 1ELJA 1FQAA 3SEWA 5ITPA 3HSTA 4DCXA 3OSRA 3HN0A 1A55A 1LAHE 1Y4TA 1H3DA 2R71A 3PPOA 4GXSB 1SW4A 3CG1A 5DTBA 5AE4A 1FTJA 4EXLA 2H5YA 4RA1A 4RNSA 3HO7A 3E9XA 1MY1A 1II5A 1ANFA 3FXUA 1Y9UA 4IO5A 3V83A 2V84A 4IGRA 3MZ9A 3ODBA 1TFAA 5DYHA 4O3BA 1VE4A 2O7IA 3KFMA 1Y4CA 4I1DA 3T66A 4GLIA 1PEBA 3RN8A 2VD3A 3OO9A 3CR9A 2HZLA 3C4MA 3TKDA 3JV9A 5DEXB 2XXXA 3EF7A 1NNPA 3PMVA 3THIA 4TQUQ 4O3CA 1OVBA 3T96B 4OVJA 2O69A 5KDTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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