3TKDA

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and cyclothiazide at 1.45 a resolution
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
262
structure length
262
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 262
sequence length 262
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-26
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tkdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tkdA02
1LB9A 1D9VA 2VD2A 3RT8A 2I48A 3E4RA 1N3WA 2H4IA 5EYFA 2NWJA 3VE1B 3HN0A 2ZYNA 2XXIA 3U94A 4XKRA 3IX1A 3SESA 4O3CA 1SD3A 1IXHA 1DSNA 4ZS9A 1Q1KA 3V5AA 3MJNA 3Q28A 1B51A 3Q27A 3HV1A 2XXWA 2ZYMA 4R6KA 2OLBA 1I6BA 1NKXA 5DEXB 4YKPA 4JWYA 2RC9A 2AL4A 2ZXTA 2H5YA 2Y7KA 4N6PA 2Y7WA 2QSXA 3S9LC 4I1DA 5KCJB 3SEUA 1XHYA 1MQDA 3E13X 2YLNA 1LFHA 1NMUA 1TFAA 3H06B 1NNPA 2G29A 4NWCA 4PFYA 1Y1ZA 4DXUA 3TEPA 3MZ1A 4KI0E 5ELVA 4FE8A 3FVKA 4HS7A 4BDRA 1QUJA 1B58A 5AA2A 1F9BA 4GL8A 5CI5A 5CMMA 1I69A 3W15C 4NF5A 4WEPA 2CMOA 1N04A 1VSOA 3K6WA 3RQTA 3KN7A 1FW0A 2PT1A 3PUZE 1HSLA 3C34A 2I49A 1UIUA 1FCKA 1T0KA 4TLMB 4OFOA 4RA1A 3UIFA 4LQ5A 3FUZA 5HPQA 2VOZA 4YICA 2HFBA 1OIBA 4F3GA 5B7DA 2DSFA 2Z8DA 4IO2A 1HSJA 3FATA 5K2XA 4K3FA 1B0LA 3E3KA 3G3GA 4DLDA 2AYSA 5DVJA 1P1NA 1SW1A 1OVBA 2X26A 3VLWA 2GRVA 4F3PA 2Q9TA 3WAFA 2QS4A 1M5FA 3T66A 2RINA 1MDP1 1TWYA 5AE4A 1R1NA 1AIVA 1JQFA 4UACA 1QUIA 5ITPA 2R9JA 4HTGA 4XIGQ 2B3BA 1B40A 3D4CA 2I3VA 2HEUA 3CFXA 3K1MA 2VD3A 3MZBA 1J1NA 3FXUA 2F7AA 1FQFA 5LOMA 3IK6B 4JSDA 2F78A 2UXAA 4ESXA 1DOTA 1P1UA 1NH8A 4FORA 2ONKE 2O7UA 4ELQA 4NTLA 1MXYA 3H03A 1BKAA 5I2KA 5H8SA 1MPCA 1B2HA 4THIA 2F34A 5L9MA 1BLFA 4POXA 4NWDA 1Y4CA 1SBPA 3DP6A 3DP8A 3ODBA 4ZECA 3PUYE 2I3WA 4KR5A 2ZNTA 1I6QA 2CZLA 5JEIA 1MM7A 1MH3A 4M4GA 2VHAA 1P99A 1SYIA 1NNFA 1JEVA 4R73A 5B70A 2XXXA 4WEDA 3T22A 1EU8A 1EH3A 3U72A 1IIWA 1UTBA 1CE2A 4OTEA 2O68A 4JWOA 1EZPA 1GR2A 2PMSA 3IO4A 2VP1A 2X7PA 4X1DA 4F3SA 3OO8A 4P11A 3O29A 3TTMA 4ELRA 3SEVA 3SERA 3OSRA 3O6GA 3B6WA 2OJTA 4DZ1A 5ICQA 4GF8A 3TELA 2OWSA 1B3EA 4JBZA 2XXUA 5L9OA 1AOVA 4MBPA 5FTIA 5KDTA 1XOCA 4OHNA 2F7CA 3N94A 3K1NA 3IORA 3IOTA 2IA4A 1B4ZA 2OZZA 4P0GA 4OZ9A 1MY2A 5FHOA 1N84A 3TDJA 4R72A 2V3TA 1XVYA 2D3IA 5I57A 2RCAA 1B5HA 3GXAA 3C31A 3ECRA 5AA2D 1ZU0A 4Q30B 3PMVA 3KN3A 4OFLA 2I4CA 1Y20A 2Q8JA 3JYRA 2IEEA 1FTKA 3CIJA 4MFIA 3K1PA 4OERA 1N0TA 1MXWA 1USYE 2X7QA 4G68C 3N6TA 1XS5A 5KDTB 1POY1 3KJ7A 3VVFA 1AL3A 3BFUA 5TPAB 2DS9A 3CG1A 3MQ9A 3U1OA 1GVCA 3H7MA 4Q5TA 3CRBA 1LSTA 3KSJA 4YMBA 4OVJA 3OSQA 4EUOA 3A3CA 1US5A 3A09A 5CBRA 3TQWA 4GD5A 2UYEA 1ZBMA 2GHBA 2O7IA 3Q25A 4RK9A 3RN8A 2ABHA 4F1UA 4OYVA 5DYHA 1Z7NE 4GL0A 1L5TA 1B6HA 2XXRA 4DXCA 2UYFA 1WODA 3FV1A 5ICTA 5JK4A 4H8JA 1DPEA 2A5TA 1D9YA 3U93A 1A55A 2ESNA 3VV5A 1B3FA 1ZMGA 4ZEBA 4G68A 4G2ZA 4PETA 4O3AA 3N6UA 4HW8A 4EDPA 1LBCA 1VE4A 4OMBA 1N76A 1B32A 3MPKA 3B6QA 3MVWA 3PPNA 4NF6B 3ZKKA 1B05A 3W9VA 2HAUA 4GWOA 1JVYA 1SW5A 1MM6A 2B65A 3HSTA 4IY5A 2VGQA 3FZVA 3OO7A 1CB6A 2ZNSA 3S2VA 2REJA 2XXHA 2Q2CA 1LAHE 1R9QA 1Y3NA 1FTJA 4KD5A 1BIYA 3MP1A 3CVGA 3O28A 3Q26A 1YCJA 4WKMA 2NOOA 4GVOA 1HSEA 2A5TB 2Q89A 3K00A 4ELOA 1EZ9A 1VR5A 3FD3A 4IO6A 5DEXA 3CFZA 4F22A 2PBWA 3KGCA 2XX8A 1MQIA 3CI8A 4ZZEA 1D4NA 3H3GA 1IXCA 5A5XB 1PBQA 3TYHA 2V93A 3BBRA 2LAOA 4R6HA 3MC2A 1SDXA 3TCHA 4DDDA 1ZJLA 3O97A 2QS1A 5CMCA 4EQBA 4LZ7A 4QSDA 3EN3A 3RTFB 4YMAA 3R7XA 3IO6A 3IOVA 1Z7ME 3G7WA 5EHSA 4ONYA 4OEUA 3B7DA 3SEWA 1OLCA 3KOTA 1IXGA 3UA8A 1YTVA 4PFUA 2FA7A 3C35A 1XVXA 1R9LA 1ELJA 1LLSA 4LQ2A 2F6PA 4PE5B 2ZNUA 5H8QB 3G3FA 1LAGE 3KJTA 3EPEA 3LUYA 4F29A 1SI0A 1B3HA 3IB2A 3H4ZA 3C9HA 2DE4A 3U8QA 3MZ9A 5HBCA 1JW4A 2O84X 4I8CA 1URSA 1PEBA 2Y84A 4MF3A 2V84A 4XTCQ 4GRKA 4U4XA 1MH4A 3UGWA 5EHMA 4DCYA 3EF7A 4IO4A 4QSCA 1Y9UA 4DE8A 4U22A 2ALUA 2ZYKA 2PT2A 3IB1A 2DP8A 1JW1A 4KYSA 4F1YA 5H8HB 3MWBA 3MVXA 4F2QA 4DIGA 3TMGA 5AA1A 2Q88A 3TTRA 2PYYA 4LONB 4ISUA 3FV2A 1LB8A 3UP9A 3S9EA 4KCCA 3V89B 2F7BA 2REGA 2F35A 2I0CA 5CM6A 1BTJA 4KYDA 3R26A 1OLAA 4N07A 2O51A 1IUDA 4HCYA 3H6WA 3FJMA 2RC7A 3FIRA 5CC2A 5FTHA 3RPWA 3UORA 1UIVA 3PUVE 3PPOA 2E1SA 1B3GA 4KFQA 4FATA 1PDAA 5IAIA 3SEXA 3MW0A 4ECFA 3A3UA 3SDFA 3TTLA 1B1XA 3TFLA 1QKAA 3PMXA 2DWJA 2QS3A 1SQYA 3PD8A 3Q29A 1RYOA 2XX9A 3S9MC 4X9TA 4TQUQ 1VFDA 1D3KA 2I0BA 4YKJA 2V25A 1M5DA 4O3BA 1MG1A 3FVNA 4BDNA 1LGBC 3C36A 2DXYA 1Y4TA 1JVXA 2O6AA 3PV0E 4H0WA 1MY3A 3GLBA 1SW4A 2R6GE 3HPIA 4KYEA 2XX7A 3FVOA 4POWA 4IY6A 1NNKA 1A8EA 1ANFA 3RT6B 1H76A 4LZ8A 4LATA 3N5LA 4Q0CA 4C0RA 4L17A 1VFEA 2QPQA 1QJMA 5TU0A 2DXRA 1PB7A 4OETA 5FHNA 1B7UA 3DP4A 3T93B 2R71A 4BDLA 3IJXB 1MXVA 3VXBA 2YPNA 3KN8A 2DE2A 5DVFA 1B9JA 1B5IA 3KEIA 1US4A 1SVXB 2QJEA 5F7VA 4RPOA 2W7YA 3PPQA 2ONSA 4AB6A 2D5WA 5TPAA 5H8NB 4E0XA 4ZZAA 2OK2A 3PPRA 1UTHB 4GIZA 4JWXA 5IKBA 3FASA 4EF2A 3FJ7A 3QUFA 2RF1A 3S4UA 3SEYA 4PFTA 1QW0A 3QAXA 4F2OA 3LSLA 3PUWE 2E0SA 3IAZA 5AA4A 3L6GA 5I56A 1URDA 5F1QA 4R74A 1I6AA 4U23A 3U92A 1DTZA 2BJJX 3MUQA 3KOSA 5I59A 4LA9A 4OFJA 5BUUA 4ZEIA 1AMFA 1B5JA 3DM0A 3TPAA 3TUSA 3OEMA 3QK6A 4P0IA 4EQ9A 4G8NA 3BFTA 1FQEA 4NF6A 3K6UA 2DVCA 2QS2A 3FXRA 2I58A 3EHUA 5AA3A 2HQ0A 3PU5A 3EQ1A 3VLUA 1JW5A 5AA4B 1DMBA 2RCBA 3PD9A 1ZLQA 5I56B 3TKDA 4MLVA 3IB0A 3M3KA 1FQCA 2ANJA 4M1VA 4XXUA 5I59B 4MH5A 3GBAA 3RGYA 1GTKA 2DVZA 3M8UA 2DOJA 2Z8FA 5DT6A 4C1TA 1M5BA 2F36A 3RNNA 2QRYA 2G93A 2YJPA 1MXZA 3QYTA 3O6IA 4YB5A 1WVJA 4ZE8A 4YZZA 1MPBA 2ZYOA 3TODA 2H98A 4YKKA 1A40A 5A5XA 1MY4A 4LZ5A 3ILTB 4RJZA 1QUKA 2XXTA 4R9GA 4F18A 1MY1A 1MPDA 3IJOB 5CMKA 4LP2B 1EZOA 1P1OA 1ZKBA 4DCXA 4FEBA 1H43A 1S50A 4Z0IA 3ZSFA 2GH9A 5TP9A 2H25A 3CSGA 3C4MA 2HCAA 4QF9A 3T9VA 1SYHA 1B7ZA 1RYXA 1GGGA 3HHGA 4U21A 5H8FA 3UK4A 1Y1MA 3UN6A 4XKPA 3V83A 3PMWA 4R2BA 1POTA 4RPNA 2OBGA 3T96B 4QFKA 3LR1A 4BDMA 3OENA 1USYH 4LUBA 3THIA 5M2VA 2RC8A 3TCGA 2XXVA 3OOAA 3VDFA 1DPPA 3G3KA 4ESWA 2WKYA 3IOUA 5DTBA 5H8QA 2ONRA 4F31B 4EQ7A 3E9XA 1LAXA 3RTWB 4U1OA 1MS7A 3VVDA 4NEDA 1SW2A 2O1LA 4KCDA 2NVUB 5TP9B 4Q8RA 3VFJA 4R2FA 1ZTYA 3ZS6A 5H8FB 4OXVA 1M5CA 4QFLA 3QUJA 2P1SA 3T9HB 5FHMA 3M3LA 3HO7A 2DWIA 2D21A 2O1MA 5H8HA 3MAMA 3DLNA 5CRYA 1B0HA 3FJGA 4FEDA 4ZE9A 2P2AA 1JETA 4TOZA 2Q2AA 4RY1A 4I62A 1M5EA 3HCQA 1JNFA 3TCFA 1LCTA 3O9PA 1O64A 3LSWA 2GFEA 1MQJA 3RY3A 2PVUA 3H6VA 4HCWA 4OQOA 1YPNA 2O69A 1IITA 4GXSB 1TFDA 2XXPA 1OMPA 1LBBA 2B3FA 4GLIA 2QMWA 3MBPA 2QL3A 3FVGA 3FXQA 1Y3PA 3KZGA 4OENA 4E0WA 3K4UA 3CG3A 1B1HA 1IQ7A 1FTLA 3H6TA 1B46A 5I84A 1NNTA 5KZTA 1B3LA 3I6VA 3PGFA 2XD3A 4IB2A 1IXIA 3GZGA 2Z23A 1N3XA 2Z8EA 4GQOA 1FQAA 5JTYA 1NFTA 1AH5A 4F3BA 3P7IA 4ZEFA 3G3IA 2NUVA 1II5A 4U2RA 2H9BA 4YAHX 4QFOA 4G8HA 4AQ4A 3IOWA 3R6UA 1QULA 3M3FA 4QFNA 2HAVA 2UVJA 5AA2B 3VVEA 1MXUA 1PB8A 4OEVA 3TTNA 4H5GA 4PFWA 2XXQA 4NF5B 3G3JA 1MQHA 4F1VA 2GHAA 4AB5A 4NMYA 3TTKA 1TT1A 4WXJA 2Y7IA 4RXLA 3VXCA 4U1ZA 4ZDMA 2DWAA 1MRPA 3KG2A 5JTYB 5HM4B 3SKPA 2DWHA 3OMBA 4KPTA 4F19A 3PPPA 1KWHA 2V3QA 3KFMA 1N7WA 2FNCA 3O6HA 4IGTA 3T9XB 5DVIA 2OWTA 3K6XA 1SI1A 4H6DA 3JZJA 3JV9A 4TLLB 1N7XA 4EXKA 3K01A 2I6EA 3G3HA 4R75A 1LCFA 1H3DA 1NH7A 4FECA 1B4HA 2HZLA 3D4GA 1FQBA 4EF1A 3OEKA 3W9WA 5H8NA 4QRZA 3ZKLA 4JB7A 2DQVA 1UTHA 3FGSA 3VLVA 1OVTA 1UQWA 4FIMA 3MPLA 2M8CA 4IO7A 3IL1B 2AL5A 1NL5A 2HZKA 4ELPA 3OD7A 1Y3QA 4IO5A 1QKBA 3F11A 4ZEDA 4FAJA 4QSEA 1XT8A 1LFGA 2NXOA 4ZEKA 4GXAA 2XHDA 3K2DA 5L9SA 5L8DA 2FYIA 4H67A 1FTOA 5I2KB 5I2NA 2KLFA 3LC8A 4OESA 1H44A 4C1UA 4DXBA 3QIMA 2PX1A 2V3UA 3MP6A 4MLQA 1R6ZA 4PQJA 5CBSA 1Q35A 3RUMA 4G4PA 3WAEA 2F8DA 3CR9A 4OWDA 4NF4A 4YKIA 1QVSA 4YB6A 4NE4A 1A7LA 3C32A 4NF8A 3L6HA 4GOTA 4G8MA 4UA8A 2Y7RA 3O2AA 3LSFB 3LBSA 3DELB 4RK2A 1B7HA 3BKIB 1GV8A 1UTBB 2DYXA 3KBRA 4PP0A 3C33A 3KSXA 1P1WA 3K02A 5I2NB 3QXMA 3AXFA 3T9UA 5CMBA 1OQHA 3LSXA 1LFIA 4QFPA 5ISUA 4KHZE 2XXYA 3TZAA 3HHFA 1O63A 4R6YA 3ILUB 3V8XB 4NF4B 2UVGA 4U4SA 1MY0A 2F6GA 4R9FA 2I4BA 3USDA 4YU0A 1FTMA 4NF8B 3EHTA 1PB9A 1ZIUA 1ATGA 2A5SA 1DTGA 1S7YA 3PUXE 4RNSA 4JSOA 2XD2A 3RLFE 2RKMA 3ONMA 4RYAA 3CFLA 3MP8A 5I57B 4I9DA 5BWJA 2THIA 4BDOA 4KQPA 4XKQA 1WDNA 1MQGA 4GFRA 2OCUA 1MDQA 3EHSA 3H6UA 1FQDA 4BLAA 1TXFA 2UVHA 5ITOA 2HXWA 3QSLA 3MVZA 3O66A 3K6VA 2UVIA 3OELA 4IO3A 4H8IA 1YAEA 5I58A 3N26A 4X48A 4EXLA 3B6TA 3TAJA 4JDFA 1A8FA 4ND9A 3K0VA 2H99A 3I5OA 1H45A 2Y7PA 3IR1A 3OO9A 1IZ1A 1O7TA 2F5XA 4QHQA 1BP5A 2Z22A 4BDQA 1P1QA 1IEJA 4H5FA 4F39A 1A99A 4YB7A 4XKNA 1A54A 4LVQA 3CSBA 4Z7EA 5K2YA 2ZMBA 3TQLA 3SETA 4X1BA 4JXIA 1B52A 2F97A 1S9TA 2AIXA 1PC3A 1JEUA 4G68B 1XC1A 4G77A 2QMXA 1MXXA 3I3VA 1LAFE 4N13A 5J1DA 1PBPA 5I58B 5KCJA 1RKMA 2P0SA 3GBBA 4FJPA 1OQGA 4IGRA 4H65A 3OO6A 4H1XA 3OXNA 3MVYA 1URGA 2DE3A 3S9NC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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