3TTMA

Crystal structure of spud in complex with putrescine
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
DNKVLHVYNWSDYIAPDTLEKFTKETGIKVVYDVYDSNEVLEAKLLAGKSGYDVVVPSNSFLAKQIKAGVYQKLDKSKLPNWKNLNKDLMHTLEVSDPGNEHAIPYMWGTIGIGYNPDKVKAAFGDNAPVDSWDLVFKPENIQKLKQCGVSFLDSPTEILPAALHYLGYKPDTDNPKELKAAEELFLKIRPYVTYFHSSKYISDLANGNICVAIGYSGDIYQAKSRAEEAKNKVTVKYNIPKEGAGSFFDMVAIPKDAENTEGALAFVNFLMKPEIMAEITDVVQFPNGNAAATPLVSEAIRNDPGIYPSEEVMKKLYTFPDLPAKTQRAMTRSWTKIKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas aeruginosa
publication title Structural Basis of Substrate Binding Specificity Revealed by the Crystal Structures of Polyamine Receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polyamine transport protein
total genus 122
structure length 341
sequence length 341
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttmA02
3U93A 3SEWA 2F6GA 3C9HA 2QS1A 5DT6A 1R1NA 1MS7A 4JWXA 2ONKE 3TYHA 4OESA 1B3HA 3B7DA 1EZPA 4ELRA 4NWDA 3RT8A 3OSRA 2P1SA 5TPAA 2REGA 2ZYMA 2H9BA 4R6YA 1Y3QA 3V89B 1B58A 3QUJA 1JVXA 1AL3A 1OLCA 3TFLA 3FJGA 4E0XA 1YTVA 2AIXA 3W15C 3G3KA 2I0BA 3AXFA 3KEIA 2DSFA 1UTBB 1SD3A 2M8CA 1USYH 3UGWA 4NF5A 4PETA 4XKPA 3CG3A 3MVZA 1PBPA 1AH5A 4NF6B 4O3BA 3PUZE 1LAGE 4NWCA 1SBPA 3DP8A 4GL8A 1NNTA 3K6XA 1T0KA 5TPAB 2V3QA 1M5BA 1PEBA 1DPEA 3O29A 2ZNUA 4F18A 1N3XA 2Z8FA 5HM4B 5KDTA 1LSTA 1R6ZA 4U23A 4LVQA 4GL0A 4I1DA 3PMVA 3VLWA 2ZNTA 1R9LA 1I69A 1PC3A 3VV5A 3FXQA 5CMKA 1B7ZA 4U4SA 4KHZE 1N0TA 2D21A 1VR5A 1B0LA 3PMXA 4YKIA 2CMOA 3IOUA 3G3JA 2Q2CA 4Q0CA 4QFLA 2XX9A 4R75A 4QRZA 2HZLA 1QW0A 3FJ7A 3C34A 3PPQA 4PFYA 5KDTB 3KSJA 3FATA 1A40A 4GF8A 2IEEA 2VD2A 2YLNA 2Y7PA 3L6GA 1BTJA 3SEXA 3BFUA 3PPPA 5DVJA 3CG1A 2V84A 3UP9A 3OO9A 4KCCA 1SW4A 1URGA 3MZ9A 1US5A 3OO6A 5IKBA 3DM0A 4OMBA 2D3IA 3PV0E 4MFIA 4AQ4A 2GHAA 2QS2A 3VDFA 3MVWA 1URDA 3TKDA 3EF7A 3MBPA 1ZMGA 1MG1A 4LA9A 3BKIB 5L9MA 2XXQA 4PFTA 4LATA 2W7YA 3RGYA 2IA4A 4NF4A 2B65A 4POWA 1DSNA 4H8JA 2I3VA 3EHUA 3FZVA 4OFJA 3I5OA 1XHYA 5I58B 4U21A 1I6QA 1IEJA 4MLQA 4XTCQ 2V93A 2AL5A 4GIZA 4ZE8A 1NNFA 2UYEA 1A55A 3IAZA 3CIJA 3QUFA 5AA1A 2FA7A 4N13A 2F36A 1MM7A 1DOTA 5DVFA 1Q35A 1XS5A 2RC8A 3KN7A 2NOOA 4F1UA 5CBSA 2ZYKA 2P0SA 4DDDA 4NF4B 5AA2A 4R6KA 5EHSA 1M5DA 2F8DA 4GRKA 2I4BA 3O6GA 3I6VA 4KQPA 3TCGA 3FUZA 3S9LC 2NUVA 4F2QA 4FIMA 2PBWA 1S7YA 3QIMA 1IXGA 1J1NA 3O6IA 4M4GA 1ZTYA 2RINA 4X1BA 5AA4B 1MXVA 3RPWA 3UN6A 2A5TA 3GZGA 1II5A 2X7QA 3N6UA 1QUIA 3LC8A 3HV1A 3ZS6A 2ZYNA 3E9XA 1B7HA 3MUQA 5JK4A 5AA2B 4GQOA 5CC2A 4MF3A 1JEVA 4QF9A 2Q88A 2KLFA 5I2KA 3SERA 2Q9TA 4FE8A 4ZEKA 5I84A 2ABHA 1QKAA 2F5XA 4DIGA 2XD3A 4YB7A 3OO8A 1VFEA 2I48A 4F1VA 5H8SA 3MPLA 2H4IA 3SDFA 1XVYA 4F1YA 3KBRA 1ZU0A 2QS3A 3MZ1A 5H8NB 4C1TA 4K3FA 1A99A 3FIRA 4QSEA 2O7UA 1WVJA 4ELOA 2G93A 4MLVA 4RJZA 2RC9A 3C36A 4RK2A 1LBCA 3VXCA 4WEPA 3TUSA 3MZBA 2HXWA 1B3FA 4AB5A 2DXRA 3VLUA 5KCJA 5TP9A 2OLBA 4TLMB 4THIA 3T66A 4FATA 3QYTA 5I57B 5H8HA 2R6GE 4DZ1A 1B5HA 1NL5A 4AB6A 3SEYA 1IXIA 3GLBA 2Y7RA 4M1VA 2DXYA 3E4RA 4POXA 1DTZA 1VE4A 1VSOA 1P1WA 3Q25A 2DOJA 2PYYA 1Q1KA 2OZZA 4F3BA 1JVYA 3R26A 1LCTA 5I56A 1MY2A 1JQFA 4WEDA 1IXHA 3EHTA 3K4UA 1B32A 1UIUA 5TP9B 3R7XA 3UIFA 5L9OA 4F2OA 4R2BA 3CR9A 1SI1A 3RLFE 4EF2A 1IUDA 3T93B 4ECFA 4OHNA 4IO6A 1RKMA 1TFAA 2HAVA 1B3GA 5ITOA 3TTLA 1WODA 2ONSA 1SI0A 3MPKA 3T9HB 4EUOA 5CBRA 1B05A 4ZZAA 4DXUA 3LSLA 3A3UA 4JWYA 5JTYA 3SETA 3PD9A 3JYRA 2I49A 3N94A 4YAHX 4ZZEA 1LFIA 4YU0A 1YCJA 1RYOA 3IOWA 3V5AA 4ND9A 4OEVA 3MVYA 1FCKA 3EPEA 2V3UA 2DWAA 1S50A 1N7WA 4NTLA 4GXAA 2XHDA 3FVGA 3KSXA 3RTFB 2B3BA 3K1MA 5FHNA 3HCQA 1JW1A 1FW0A 1LB8A 3O28A 5JTYB 5CRYA 4NMYA 2V25A 4FAJA 4HW8A 1FQCA 1OQHA 4JDFA 5M2VA 2OJTA 2YPNA 3ILTB 3OEMA 3T22A 5BWJA 2UVGA 2AL4A 1LFHA 3O9PA 2XX8A 3VVFA 4RY1A 4F3PA 2UXAA 1B3LA 4H1XA 2O7IA 2QSXA 5I59A 1XT8A 4IY6A 4H8IA 1LAHE 2RKMA 2G29A 5FHMA 1JETA 1B1HA 4MH5A 2BJJX 3OO7A 2ALUA 5CMMA 1GV8A 3TELA 1DPPA 2DS9A 4ESWA 3GXAA 2XXVA 4OFLA 5A5XA 1LGBC 3D4CA 4PFUA 3MP8A 4NEDA 3S4UA 3MAMA 5I59B 2I4CA 3B6WA 3IL1B 4ZECA 1WDNA 2GHBA 4LQ5A 3O66A 2HFBA 4G4PA 5DTBA 1B5JA 4RA1A 1P1NA 1SDXA 3PMWA 5FTHA 1PB8A 2YJPA 4LZ8A 4WXJA 3SESA 4X9TA 1SW1A 1XVXA 4IO2A 4NF5B 4EQ9A 3KFMA 3HHGA 2UVJA 2VHAA 2DVZA 4BLAA 5EYFA 2I6EA 1FQEA 4IO7A 5A5XB 3H6TA 3TODA 3HSTA 3FXRA 2V3TA 4XKRA 4KPTA 3PPNA 4ZDMA 3C32A 4JBZA 1JW5A 4YB6A 1GVCA 3O2AA 2Q89A 4QHQA 1LAXA 4EF1A 1QUKA 3G3FA 3UORA 3SEUA 3M3KA 1HSLA 4C1UA 3U1OA 4KYEA 4GLIA 4YB5A 2DVCA 3CSBA 3IOVA 3VE1B 1CE2A 2QL3A 1N3WA 2D5WA 2H99A 1MDQA 2O1MA 3T9UA 4FORA 2PT2A 4H6DA 4BDLA 4G8HA 3KN8A 3K6UA 3R6UA 2I0CA 3Q28A 3PUYE 3DLNA 1NH7A 4H0WA 1B4ZA 1M5EA 3OENA 3QAXA 4X48A 3SKPA 2Z23A 2RCAA 2DQVA 3TTMA 2O1LA 2GH9A 3CSGA 2Y7WA 3PGFA 4IO4A 1UIVA 1GGGA 1OMPA 4HTGA 1MPCA 1Y1MA 4KCDA 1O63A 4F19A 2THIA 2DWJA 5DEXA 3C35A 4RNSA 1H43A 3RUMA 2XXPA 3V8XB 1D3KA 3DELB 1B40A 2OK2A 3FD3A 3IJXB 1MM6A 4H65A 5ITPA 2F34A 2E1SA 3CFLA 4F3GA 4DE8A 1BP5A 4DCXA 4EXKA 1QUJA 4LZ7A 1B2HA 2F35A 1DTGA 5K2YA 4X1DA 3HPIA 4LONB 4NF8A 4OFOA 3MQ9A 5EHMA 1VFDA 5H8FA 4YMAA 2QPQA 1FQFA 1R9QA 5DEXB 3TCFA 1MH3A 1Y9UA 2UYFA 1YAEA 3FVNA 1FTOA 3JZJA 3TDJA 4DLDA 3FXUA 4WKMA 1SQYA 1PB9A 3ONMA 1KWHA 1JNFA 3VLVA 3H7MA 3U8QA 1ZKBA 1FQBA 3RNNA 3HO7A 4MBPA 4LP2B 4NF8B 2OWTA 1EU8A 1I6AA 4IY5A 2A5TB 3IR1A 5H8FB 3T9XB 2DWIA 5FHOA 3KGCA 3TTNA 2Y84A 1B3EA 5ICQA 3RY3A 1GTKA 3S9MC 1A8EA 4G68C 1MY0A 3HHFA 2QMXA 4OERA 5I2KB 2PVUA 3H6UA 5ELVA 1PBQA 2PMSA 3VVDA 3IJOB 1MY3A 4ISUA 5B70A 2FYIA 3CI8A 4YKKA 2PT1A 4C0RA 2OWSA 1B9JA 5KZTA 2GFEA 3K1NA 3W9VA 2F97A 3U94A 1H3DA 2DE3A 1B4HA 4U1ZA 3MC2A 5CM6A 3QK6A 4H67A 1SYIA 4YMBA 3M3LA 4QFPA 2DWHA 1OVTA 4ZEDA 4KFQA 4I8CA 2XD2A 1TXFA 5KCJB 1B1XA 4R2FA 3IOTA 3IORA 2PX1A 4E0WA 5H8HB 4F31B 2DE4A 4ZS9A 1MQHA 3P7IA 1FQAA 4O3AA 1H44A 1LB9A 3EHSA 4H5GA 4EDPA 4OQOA 1QVSA 3M8UA 1MY1A 2HCAA 2O84X 4BDNA 2ZNSA 1JW4A 2F6PA 1MQDA 1N7XA 1B46A 5L8DA 4R6HA 5I56B 2XX7A 3H3GA 2XXXA 4YZZA 2RC7A 2LAOA 1UQWA 2O6AA 3PD8A 4JWOA 1IXCA 4DXCA 4O3CA 2R9JA 1HSJA 1RYXA 3E3KA 4P11A 4KR5A 1MQJA 3S9EA 1MH4A 1DMBA 4RK9A 3CFXA 3TEPA 3TQWA 1B6HA 1B52A 4OXVA 3Q27A 4IGTA 4EXLA 4RYAA 1FTJA 5DYHA 3L6HA 5CI5A 3U92A 5F7VA 2F7CA 4XIGQ 3OXNA 4GD5A 5JEIA 2QRYA 4FECA 1B7UA 1SYHA 3TAJA 2Z22A 1AOVA 3G3HA 1NMUA 4GXSB 3H6VA 4G77A 3LSWA 1CB6A 2XXHA 3QXMA 1TFDA 1SW5A 1MY4A 4FJPA 1UTBA 1PDAA 3K0VA 2QS4A 4NE4A 3Q26A 3ZSFA 2XXTA 2Z8EA 5BUUA 3FV1A 4NF6A 4DXBA 3WAEA 1LAFE 2X7PA 4F29A 1NNPA 2REJA 3FV2A 3LSXA 1H76A 4Q30B 1MPDA 5I2NA 3K6VA 3N5LA 3MWBA 3O6HA 4N6PA 1P1UA 4QFOA 2RCBA 2Y7IA 1P99A 3VVEA 3EN3A 2GRVA 3KOSA 1OQGA 1A7LA 1USYE 1Y4CA 1ANFA 4KYSA 3FVOA 3PU5A 4U1OA 3RT6B 4XKNA 4JSDA 1F9BA 4F22A 3OOAA 3KJTA 3IO4A 3K01A 5I2NB 4N07A 3QSLA 3W9WA 5H8QA 1M5CA 1ATGA 4FEDA 3TCHA 5AA2D 3MJNA 2O69A 1MXUA 3PPRA 1IIWA 3RQTA 3LR1A 1B51A 4QFKA 3CFZA 4G68A 3OELA 5K2XA 2ZMBA 3ECRA 5CMBA 2OBGA 3OD7A 3C4MA 4Z7EA 3JV9A 3B6TA 3KJ7A 3U72A 3IB1A 1Y4TA 4LUBA 3G7WA 3ZKKA 5HBCA 5HPQA 3MW0A 3IO6A 1US4A 3T9VA 4GVOA 4G8NA 4I62A 4ONYA 2XXIA 5H8QB 3K1PA 4YKPA 3H03A 1I6BA 1ZBMA 2NWJA 3EQ1A 4ELPA 2VD3A 5I58A 1D9VA 1BIYA 3VFJA 1NKXA 4PFWA 4IO3A 1XC1A 3VXBA 4G68B 1GR2A 2DYXA 1FQDA 3WAFA 3DP4A 3TPAA 2Y7KA 2P2AA 5IAIA 2ESNA 3E13X 3F11A 4EQ7A 1LCFA 1EZ9A 3MP1A 1HSEA 1Y20A 2FNCA 1N04A 1PB7A 3TMGA 1SVXB 3KG2A 1OLAA 3RN8A 3K6WA 2ZYOA 4PP0A 4GWOA 3SEVA 1O64A 4L17A 1Z7NE 1MXXA 5B7DA 3ZKLA 1IZ1A 1NH8A 1IITA 2HZKA 3IX1A 2RF1A 2QMWA 3THIA 4KYDA 1S9TA 5AA3A 1MXYA 3H6WA 4F39A 3C33A 1MQGA 4RPOA 3USDA 4KI0E 3FASA 1EH3A 5AA4A 2I3WA 3GBAA 4P0IA 5FTIA 3FGSA 2F78A 2UVIA 2O51A 2Z8DA 3RTWB 4ZEFA 3FVKA 4JSOA 4U2RA 4BDQA 4R9FA 1H45A 3K2DA 1JEUA 4HCWA 4QSDA 3IB0A 1A54A 1FTMA 3A3CA 4G2ZA 3PUVE 2XXUA 2H25A 5H8NA 4OENA 3TZAA 1TWYA 2QJEA 3Q29A 2XXWA 2E0SA 1BLFA 1P1OA 3T96B 1NFTA 4P0GA 4OWDA 2VGQA 3PUXE 2VP1A 4Q5TA 4ZE9A 5TU0A 1O7TA 4RXLA 2X26A 2Q2AA 3LSFB 4OETA 4ZEBA 4XXUA 1A8FA 2HAUA 3C31A 4F3SA 1Z7ME 4HS7A 1N76A 4QSCA 3V83A 5L9SA 1MPBA 4OZ9A 1TT1A 1OVBA 2UVHA 4Q8RA 5I57A 1IQ7A 3TQLA 1QULA 2A5SA 4BDMA 1NNKA 2R71A 3TTKA 4I9DA 2ZXTA 4PE5B 1L5TA 1EZOA 1ZJLA 3OSQA 1ZIUA 2F7BA 3LBSA 1Y1ZA 4IO5A 4JB7A 2B3FA 4EQBA 4DCYA 4ESXA 1P1QA 3HN0A 1ELJA 3BBRA 4YICA 4ELQA 1LLSA 4R9GA 3CRBA 4HCYA 2NXOA 4BDRA 3PUWE 3N26A 4TQUQ 1LBBA 4U4XA 1POY1 1Y3PA 3S2VA 3KN3A 3G3GA 2HEUA 1BKAA 3MVXA 5LOMA 2I58A 3D4GA 1MXZA 1MRPA 2DE2A 4G8MA 1XOCA 4JXIA 3CVGA 3K00A 4R73A 3TTRA 2VOZA 4IGRA 1D9YA 3MP6A 4UA8A 4TOZA 5AE4A 3UK4A 4FEBA 1OIBA 4OVJA 1SW2A 3OEKA 1MQIA 2XXRA 4XKQA 2F7AA 3IB2A 3BFTA 2HQ0A 3B6QA 1FTKA 2ONRA 4R74A 1POTA 1YPNA 4OYVA 3FJMA 2NVUB 2H5YA 3H06B 3A09A 5J1DA 2WKYA 4GOTA 1MDP1 4BDOA 4R72A 3UA8A 1M5FA 1MXWA 4H5FA 1B5IA 4IB2A 2XXYA 4KD5A 2ANJA 3DP6A 3LUYA 3KOTA 2AYSA 4OEUA 1AMFA 5DVIA 1UTHA 1Y3NA 3ILUB 2O68A 4LZ5A 5ISUA 4RPNA 4UACA 2H98A 2OCUA 1AIVA 1QKBA 3PPOA 3M3FA 3H4ZA 3O97A 4QFNA 4U22A 4TLLB 4ZEIA 4YKJA 3N6TA 2CZLA 3I3VA 3IK6B 4Z0IA 1ZLQA 4GFRA 5CMCA 2Q8JA 3S9NC 5ICTA 1QJMA 3OMBA 2DP8A 1URSA 3ODBA 4PQJA 1N84A 3GBBA 4LQ2A 1UTHB 3KZGA 1FTLA 5F1QA 1D4NA 4OTEA 3G3IA 3K02A 1B0HA 1LFGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FBPA 3U93A 3SEWA 5F24A 2F6GA 3C9HA 2QS1A 5DT6A 1R1NA 1MS7A 4JWXA 2ONKE 3TYHA 4OESA 1NUWA 1B3HA 3B7DA 1EZPA 4ELRA 4NWDA 1LEVA 3RT8A 3OSRA 3MYUA 4PDDA 2P1SA 5TPAA 2REGA 2ZYMA 2H9BA 4GBVA 1D9QA 4R6YA 5FBPA 1FBDA 1Y3QA 3V89B 1B58A 2CEXA 3QUJA 5DW8A 1JVXA 1AL3A 1OLCA 3TFLA 2B4MA 3FJGA 4E0XA 1YTVA 2AIXA 3W15C 3G3KA 1INPA 4P9KA 2I0BA 3AXFA 2XWVA 3KEIA 2DSFA 1UTBB 1SD3A 2M8CA 1FBFA 1USYH 3UGWA 4NF5A 4PETA 4XKPA 3CG3A 3MVZA 1PBPA 1AH5A 4NF6B 4O3BA 3PUZE 1LAGE 1NV5A 4NWCA 1SBPA 3DP8A 3ISPA 4GL8A 1NNTA 3K6XA 1YZ0A 1T0KA 5TPAB 3RPLA 2FIXA 4H46A 2V3QA 1M5BA 1PEBA 1JP4A 1DPEA 3O29A 2ZNUA 4F18A 1N3XA 2Z8FA 5HM4B 5KDTA 1SPIA 1LSTA 1R6ZA 4FBPA 1DBZA 4U23A 4LVQA 4GL0A 2P3VA 4I1DA 3PMVA 3VLWA 2ZNTA 1R9LA 1CNQA 4PAFA 1I69A 1PC3A 3VV5A 3FXQA 5CMKA 1B7ZA 2FBPA 4U4SA 4KHZE 1N0TA 2D21A 4OA4A 1VR5A 1B0LA 3PMXA 5I3SA 5ET7A 4YKIA 2CMOA 3IOUA 2WX9A 3G3JA 2Q2CA 4Q0CA 4QFLA 2XX9A 4N4UA 4R75A 4QRZA 2HZLA 1QW0A 4HE0A 3FJ7A 3C34A 3PPQA 3D1RA 1NUZA 4PFYA 5KDTB 3KSJA 4NN3A 3FATA 1A40A 4GF8A 2IEEA 2VD2A 2YLNA 2Y7PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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