3TTNA

Crystal structures of polyamine receptors spud and spue from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
SLHIYNWTDYIAPTTLKDFTKESGIDVSYDVFDSNETLEGKLVSGHSGYDIVVPSNNFLGKQIQAGAFQKLDKSKLPNWKNLDPALLKQLEVSDPGNQYAVPYLWGTNGIGYNVAKVKEVLGDQPIDSWAILFEPENMKKLAKCGVAFMDSGDEMLPAALNYLGLDPNTHDPKDYKKAEEVLTKVRPYVSYFHSSKYISDLANGNICVAFGYSGDVFQAAARAEEAGKGIDIQYVIPKEGANLWFDLMAIPADAKAADNAYAFIDYLLRPEVIAKVSDYVGYANAIPGARPLMDKSVSDSEEVYPPQAVLDKLYVSAVLPAKVLRLQTRTWTRIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis of Substrate Binding Specificity Revealed by the Crystal Structures of Polyamine Receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polyamine transport protein
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 114
structure length 335
sequence length 335
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttnA02
1MY1A 3M8UA 2OWTA 4KR5A 2O7IA 1FCKA 2AL5A 2D5WA 2DXRA 3OELA 3OXNA 2VHAA 3WAFA 3N26A 2FNCA 1P1WA 5KDTB 1OQHA 1QULA 4RK9A 1F9BA 4DIGA 4ND9A 1EZ9A 2ZNUA 4U4XA 4H0WA 1A40A 1FTKA 2OLBA 4U4SA 2XXXA 3H4ZA 3MPLA 2Y7WA 4IGRA 4QHQA 1YAEA 4GOTA 1UTHA 4NF6A 1L5TA 3RLFE 5KCJB 4F3SA 1A7LA 4RJZA 2B3FA 3VXCA 5BWJA 1B5IA 2ZMBA 4IO6A 1WVJA 1XT8A 4F3GA 3U72A 3IJOB 4F1VA 4RYAA 3PPOA 5I2KA 1TT1A 4KFQA 1POY1 1AIVA 3QSLA 1AH5A 3ZKLA 2O69A 3IORA 2IEEA 2WKYA 2E1SA 3S2VA 1OIBA 3I5OA 4MFIA 5CM6A 1TFDA 1FTJA 1B6HA 2OJTA 3LSWA 4OMBA 1VSOA 4NMYA 2XXPA 4Q8RA 2XXRA 2ABHA 4LZ7A 2I3WA 3KJ7A 2XX8A 3OOAA 1PEBA 1NNPA 5FHMA 1EH3A 1JEUA 1S9TA 2F7CA 3OENA 5H8NA 2XXTA 4I62A 4IO3A 3T9UA 4EXLA 1BKAA 3GBBA 5ICQA 2F97A 2VOZA 5H8QB 3TAJA 4JXIA 5CBSA 3OMBA 4O3AA 4C1UA 1FQEA 1IXCA 1UTBA 1FTLA 2Q8JA 5CMMA 1URGA 5J1DA 3F11A 4I1DA 4PFUA 4RY1A 4GQOA 5DVJA 3RNNA 1LAHE 3KG2A 4P11A 4NWDA 3G3FA 1T0KA 3MC2A 3CR9A 3JYRA 3D4GA 3TEPA 3CI8A 2ZYMA 4EDPA 1MXUA 4PQJA 1SD3A 4G77A 1US5A 4YAHX 3R6UA 3UP9A 4F1UA 2RCAA 3IL1B 3WAEA 4NF4A 3EHTA 3C32A 4XKNA 2QMXA 1MPBA 1NNKA 4ELPA 1MPDA 2Y7RA 1GTKA 2F6GA 2B65A 3H3GA 4ESXA 3B7DA 2NVUB 4FATA 3U94A 3IB0A 3O28A 4OFJA 1BP5A 2XXWA 5KZTA 2XX9A 4EXKA 5A5XA 3K6WA 3GZGA 3V8XB 3IO6A 2X26A 3OO9A 1B7ZA 3IOTA 4R73A 2H25A 4TOZA 4G8MA 1H44A 3DELB 2VD3A 1IIWA 3RTWB 1ZMGA 4ZE8A 4ELQA 3MZ1A 2UVHA 3IAZA 4HTGA 3CVGA 4L17A 4H65A 1UIUA 1US4A 2XHDA 3FUZA 4YKPA 3T9VA 1DPEA 3IOWA 1O64A 2RC8A 1M5CA 2ZNSA 3IB2A 4OYVA 1Y3QA 1MDP1 2I6EA 4GVOA 3G7WA 4QFKA 4ZE9A 5CMBA 3T96B 3Q25A 2F36A 3K2DA 4GD5A 4EQ9A 4GIZA 4BDRA 1B7HA 2P1SA 3I3VA 4H67A 2QL3A 4QRZA 1SBPA 3V89B 1GR2A 4IGTA 3TCFA 1POTA 1QUKA 2PYYA 3HPIA 3V5AA 4PFTA 3VVDA 4ZEKA 3MWBA 3O9PA 4YMAA 1LAFE 4OHNA 1QUIA 1IUDA 1JW5A 3MW0A 3HSTA 3KGCA 1RYXA 1Z7NE 1MH4A 2V3TA 4XXUA 4OFOA 3Q29A 1N7WA 4MF3A 2HXWA 3QXMA 3TODA 1ANFA 1MS7A 2GFEA 3G3GA 2XD2A 1MQJA 5KDTA 3EF7A 1YTVA 4G4PA 4H1XA 4NEDA 5I58B 1ZU0A 2QJEA 5DTBA 2A5TB 2M8CA 2F7AA 1SI1A 2XXVA 2AL4A 3EPEA 1Y4TA 1D9YA 5KCJA 4I9DA 4LQ5A 3H03A 2NOOA 5TPAA 3FASA 3K6VA 2O1LA 4RA1A 2QMWA 1HSLA 1B1HA 4BLAA 5TP9B 1IXGA 5H8HB 4QSCA 4U21A 3N94A 4WKMA 3DP8A 1TFAA 4HW8A 3BBRA 1ELJA 2PX1A 3C33A 1QJMA 3SETA 1B9JA 2Q89A 4IY5A 4KCCA 4ESWA 5L9SA 1S50A 1O63A 4TQUQ 3KN8A 1URSA 4YU0A 1SYIA 4ELOA 4WEDA 1XVYA 1D4NA 5HPQA 3OEMA 3U1OA 1DTGA 4UACA 2Q9TA 2I49A 3G3IA 4RPOA 3TKDA 1M5DA 3SERA 1URDA 5CMKA 5AA2B 4O3CA 3TTMA 3IK6B 4YMBA 5H8QA 2XXHA 1LFGA 1R6ZA 3O29A 1N3XA 3FVKA 3KN7A 3B6QA 2CMOA 3CG1A 3FZVA 4U22A 2RC7A 3RQTA 1P1UA 2AIXA 3TYHA 1LAGE 2B3BA 2PBWA 4F2QA 1LAXA 2DS9A 3VLVA 4IY6A 5B7DA 4I8CA 4R74A 4WEPA 5I2NA 1Y3NA 4BDLA 4THIA 2G29A 2ONSA 4U1ZA 3KJTA 4JSDA 3QUJA 2GRVA 3ONMA 3S4UA 1B1XA 2HFBA 1PBQA 4HCYA 3PPNA 1B51A 4ZEBA 3M3FA 1JNFA 4EQBA 3HO7A 3EHSA 4OFLA 4E0XA 3FVNA 5I56B 4HCWA 5LOMA 2ZYOA 4JB7A 1MH3A 3LSXA 3P7IA 1YPNA 1H3DA 3S9NC 4DXCA 3TQLA 2PT2A 4F39A 1P1QA 1N04A 4LVQA 3MP1A 1N7XA 2PVUA 2P2AA 1DSNA 1N0TA 3BKIB 4N6PA 3FJ7A 1Y20A 1B3EA 3TPAA 4N07A 3IOVA 4U2RA 5I84A 4ONYA 3MBPA 3TUSA 1MXVA 2QS3A 5CC2A 1BIYA 2DXYA 1SW4A 5H8FA 3TTNA 3A3CA 2QRYA 3TMGA 3RN8A 4YB6A 1MY2A 4R2FA 1DPPA 1GV8A 2X7QA 1Y1MA 2XXYA 3VVEA 4OTEA 5IKBA 3THIA 1ZBMA 4KI0E 1OVBA 2H4IA 4FE8A 3KOSA 3PD8A 1JVXA 4MBPA 4DCXA 1FTMA 2H98A 5ITPA 3K1MA 3VDFA 4POWA 3TFLA 4OEUA 4GLIA 3B6TA 2ZXTA 3K6XA 3PMVA 1MY3A 1M5FA 3RTFB 2P0SA 3A3UA 5TU0A 4P0IA 2V93A 3UK4A 3QIMA 3FIRA 4DE8A 1R9LA 3M3LA 1IZ1A 1R9QA 4H6DA 5HBCA 4XKQA 3ECRA 3OO8A 5K2XA 4FIMA 1LCFA 3O97A 3Q27A 4F18A 4HS7A 1XHYA 3EQ1A 3B6WA 3MP8A 1BLFA 3O6IA 5F1QA 2THIA 1B52A 1MQIA 2Z22A 3T66A 2HAVA 2PMSA 4F29A 1MY0A 3TCHA 1D9VA 1MG1A 4ZS9A 1MM7A 1IXHA 3SEWA 1JW4A 2F7BA 4R9FA 3L6GA 3TTLA 4H8IA 1B32A 2HCAA 1AL3A 2A5TA 3FV2A 3V83A 4G68C 1LB9A 4JSOA 5I59B 2OBGA 4U1OA 2RF1A 4BDQA 3LBSA 1ZKBA 5TP9A 1JVYA 2D3IA 5JEIA 1B3LA 3KOTA 3VFJA 1LFIA 1N3WA 1MQHA 3HN0A 1XOCA 3Q26A 4ECFA 4LP2B 4NF8B 2XX7A 3U8QA 3DP6A 4OERA 1MRPA 2DVZA 4G8NA 5CI5A 1UIVA 4OETA 4JWOA 2I4BA 3OO6A 2Q2CA 1YCJA 5AA2D 1B4ZA 4LUBA 3HV1A 3PMXA 4YZZA 1RYOA 3VXBA 1CB6A 2R9JA 3PV0E 3FXRA 1DTZA 3C36A 1I6BA 4JWYA 3RGYA 4X9TA 2IA4A 1JQFA 1B3FA 3N6UA 5AA2A 3FV1A 4MH5A 3EN3A 2QS2A 1B46A 4R6KA 3TTRA 3EHUA 2NXOA 1WDNA 2AYSA 3DM0A 2R71A 3K6UA 2Q2AA 2F8DA 4G68B 5DT6A 3CFLA 1DOTA 1SW5A 4F22A 4OXVA 2VGQA 3G3JA 4U23A 4RXLA 1OMPA 4DZ1A 3RT8A 1O7TA 3E3KA 5EHSA 1S7YA 3CSBA 3PUXE 1PC3A 3ILTB 3O6GA 1IITA 2HZLA 1B0HA 2I0BA 4QSEA 5L9OA 2F34A 1MPCA 1NFTA 1UTBB 5I57B 4KYEA 2REGA 3MQ9A 4IB2A 4X1DA 5FTHA 3HHFA 1Y1ZA 1VE4A 1MXYA 3OEKA 3SEXA 5M2VA 3SEVA 2F35A 4DCYA 2OK2A 3ILUB 3QUFA 1A99A 1B0LA 4BDMA 3UN6A 1PDAA 3O66A 2Q88A 3VE1B 5AE4A 3PUVE 2GHAA 2O68A 2HQ0A 1LSTA 4F2OA 2DE2A 1EZPA 1HSEA 2V25A 4ELRA 3SEUA 2O7UA 4LZ5A 3UIFA 2YLNA 5H8SA 3TZAA 2Z23A 1MQDA 3H6UA 1SYHA 4KYSA 3SKPA 1B5HA 1N76A 4FJPA 2HAUA 4KHZE 1MXXA 2UYFA 3G3KA 4M1VA 5CBRA 2HEUA 3Q28A 2DE3A 1LFHA 1B3GA 1LLSA 4GF8A 3MVYA 2Y7PA 3T93B 1FW0A 5L9MA 4FORA 5DYHA 4YKJA 4FECA 2O1MA 4OEVA 1TXFA 5DEXB 2YJPA 4GXAA 5EYFA 3BFTA 3IO4A 4C1TA 4F19A 3CIJA 3UGWA 1A8FA 1UQWA 3MZBA 3USDA 2O6AA 1NL5A 2UVJA 3UA8A 5AA4B 3VV5A 3W15C 2H9BA 4NF5B 4TLLB 1MM6A 2REJA 3LR1A 5JTYB 2DWAA 1MDQA 2OWSA 2W7YA 1P99A 2Z8DA 4NTLA 3T9XB 4GFRA 3U93A 4DXUA 4H5FA 1NNFA 3PPPA 1JW1A 1MQGA 1MY4A 3E4RA 4QFLA 4FEDA 4YICA 2I0CA 1USYH 2UVGA 1FQDA 4PE5B 3FXQA 1FQFA 1SDXA 3HCQA 3T22A 4R6HA 1M5BA 1ZIUA 1NNTA 2HZKA 3C34A 4IO5A 4OQOA 4IO2A 3K1NA 2QPQA 1XS5A 1SVXB 3GLBA 2DVCA 4O3BA 1GGGA 1MXWA 2X7PA 3E9XA 4YB7A 4F3PA 4GXSB 1H45A 2NUVA 2RINA 3UORA 4AB6A 4DXBA 3RPWA 3DLNA 1QKBA 4OENA 3MPKA 3PGFA 4XTCQ 3FJMA 1WODA 5I59A 1QUJA 1AMFA 1B40A 3DP4A 1NKXA 2XXQA 3TELA 3KBRA 5JK4A 4BDOA 4LA9A 4Q30B 1ZTYA 2DSFA 4XIGQ 2UVIA 4OWDA 1EU8A 5K2YA 4OZ9A 3QYTA 5F7VA 1FQCA 2UXAA 1I6QA 5TPAB 4NF8A 3QK6A 3H6VA 2DWIA 1LGBC 3GXAA 1II5A 3ZS6A 3MVZA 1Y3PA 2DQVA 1QW0A 3IOUA 2VD2A 4H5GA 4LATA 2DE4A 2CZLA 3VLWA 4YKKA 1Y4CA 3K4UA 3E13X 1D3KA 4AQ4A 1ZLQA 3H7MA 3G3HA 5L8DA 2RKMA 5DVIA 1Y9UA 4TLMB 4G68A 3O2AA 4EF1A 3BFUA 1A54A 4ZZEA 3S9LC 3FVGA 3LUYA 3ZSFA 1XVXA 4NWCA 1JEVA 5FTIA 1B7UA 3CRBA 1Q35A 3IJXB 2XXIA 2QS4A 1A8EA 1CE2A 4QFPA 1J1NA 1P1NA 1VFDA 2Z8EA 3KSJA 1P1OA 3PUZE 1RKMA 3OSRA 3GBAA 3PU5A 3FVOA 4PFWA 5I57A 2QSXA 4M4GA 3RT6B 1IEJA 4QSDA 3MJNA 5I2NB 1H76A 4LQ2A 4OESA 4RK2A 3JV9A 3CFZA 4OVJA 3VLUA 4KYDA 4G8HA 4X1BA 1B4HA 2D21A 4EUOA 5CMCA 5I58A 2ZYNA 1B3HA 2XXUA 2O51A 3R7XA 5FHNA 1MXZA 3PPRA 2OZZA 2ZNTA 1IQ7A 2DWHA 1EZOA 2F6PA 2LAOA 3RY3A 1VR5A 4N13A 5H8HA 2V84A 2H5YA 2YPNA 2DOJA 1TWYA 2GH9A 3HHGA 1UTHB 4RPNA 4NF6B 4R75A 1ATGA 3PPQA 3SESA 1NMUA 5B70A 5DEXA 4F1YA 3I6VA 3TDJA 2ZYKA 5CRYA 3C31A 3MVXA 3PUYE 2RCBA 2FA7A 2Y84A 1AOVA 5H8FB 5I2KB 1OLCA 4YKIA 1PB7A 3MZ9A 4Q5TA 2F5XA 5AA4A 1SW1A 2FYIA 1OVTA 3SEYA 3W9WA 4NF5A 3KZGA 4H8JA 2ONKE 3OD7A 2Z8FA 1IXIA 2I4CA 5JTYA 4PETA 3MAMA 4FEBA 5FHOA 3ODBA 2XD3A 3S9MC 1XC1A 3TQWA 3MVWA 3IB1A 3W9VA 3K01A 4R2BA 5H8NB 3VVFA 4GL8A 3K1PA 2V3UA 1JETA 3ZKKA 4MLVA 3S9EA 3A09A 2DYXA 2G93A 3KEIA 2A5SA 4YB5A 2UYEA 3N5LA 1DMBA 5HM4B 3N6TA 3IX1A 4MLQA 3KSXA 4PP0A 3KN3A 1LCTA 1Q1KA 1HSJA 3JZJA 3LSFB 3MP6A 3R26A 1SW2A 2QS1A 3K00A 2F78A 4GRKA 1N84A 4IO7A 3CSGA 4DDDA 4KCDA 4G2ZA 4ZEFA 5ELVA 1PB9A 4GWOA 1NH7A 3CG3A 1FQBA 5I56A 3T9HB 4F3BA 2V3QA 1QKAA 4AB5A 2I58A 1VFEA 3RUMA 1M5EA 4ZZAA 4POXA 1B5JA 5ITOA 4JWXA 3FATA 4NF4B 3FXUA 3CFXA 4QFNA 4XKPA 2E0SA 1LBCA 4EF2A 2PT1A 1PBPA 3FD3A 2I48A 4IO4A 4WXJA 4ISUA 1R1NA 4JBZA 4R9GA 5DVFA 1B2HA 4JDFA 4DLDA 2DWJA 4LONB 3FJGA 4K3FA 4X48A 3TCGA 1FTOA 1LB8A 3U92A 2H99A 4C0RA 3PUWE 3L6HA 2VP1A 3AXFA 1LBBA 4F31B 2I3VA 4UA8A 1A55A 3LSLA 5AA1A 4XKRA 2BJJX 1ZJLA 3SDFA 1Z7ME 1NH8A 2O84X 3KFMA 5A5XB 3H6WA 3TTKA 4Z7EA 4RNSA 3LC8A 2KLFA 1FQAA 4ZDMA 1BTJA 3K02A 4LZ8A 1SI0A 2ESNA 2Y7IA 4R72A 3FGSA 5EHMA 1H43A 4ZEIA 3M3KA 4PFYA 2ANJA 1OLAA 2OCUA 3H06B 4KQPA 3PMWA 5BUUA 3D4CA 3O6HA 2NWJA 1KWHA 3PD9A 4Q0CA 3OO7A 1I69A 3QAXA 4KPTA 1OQGA 1I6AA 1SQYA 3C4MA 2R6GE 3MUQA 3IR1A 1B05A 3K0VA 4EQ7A 4FAJA 5AA3A 2ALUA 4QFOA 3C35A 1B58A 4GL0A 4KD5A 2ONRA 2RC9A 5ISUA 4ZECA 5IAIA 3H6TA 1PB8A 1QVSA 4Z0IA 4R6YA 2Y7KA 4BDNA 4ZEDA 3OSQA 2DP8A 1GVCA 4QF9A 3C9HA 1USYE 5ICTA 4P0GA 2GHBA 4NE4A 4E0WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MY1A 3M8UA 2OWTA 4KR5A 4OVTA 2O7IA 1FCKA 2CZHA 2AL5A 2D5WA 2DXRA 3OELA 3OXNA 4P56A 2VHAA 3WAFA 3N26A 4IR8A 5ET6A 2FNCA 1P1WA 5LDZA 5KDTB 1OQHA 1QULA 4RK9A 1F9BA 4DIGA 4ND9A 4PF6A 1EZ9A 2ZNUA 4U4XA 2OWZA 4H0WA 1A40A 1FTKA 2OLBA 4U4SA 2XXXA 5I3SA 3H4ZA 3MPLA 1NV3A 2Y7WA 4IGRA 4QHQA 1YAEA 4GOTA 1UTHA 4NF6A 1L5TA 3RLFE 5KCJB 4F3SA 1A7LA 4RJZA 2B3FA 3VXCA 5BWJA 1B5IA 2ZMBA 2Y5LA 4IO6A 1WVJA 1XT8A 4F3GA 3U72A 3IJOB 4F1VA 4RYAA 3PPOA 5IZ3A 2FIEA 5I2KA 1TT1A 4KFQA 1POY1 1AIVA 3QSLA 1AH5A 3ZKLA 2O69A 3IORA 2IEEA 2WKYA 2E1SA 4DI3D 1FBEA 3S2VA 1OIBA 4PDHA 3I5OA 4PBQA 5J16A 4MFIA 5CM6A 1TFDA 4KXPA 1FTJA 1B6HA 2OJTA 3LSWA 4OMBA 1VSOA 4NMYA 2XXPA 4Q8RA 2XXRA 2ABHA 2BJIA 4LZ7A 2I3WA 3KJ7A 2XX8A 3OOAA 1PEBA 1NNPA 5FHMA 1EH3A 3LV0A 1JEUA 1S9TA 2F7CA 2WX9A 3OENA 5H8NA 2XXTA 4I62A 4IO3A 3T9UA 4EXLA 1BKAA 3GBBA 5ICQA 2F97A 4MEVA 2VOZA 5H8QB 3A29A 3TAJA 4JXIA 5CBSA 1VDWA 3OMBA 1NV6A 4O3AA 4C1UA 1FQEA 1RDXA 4NAPA 1IXCA 1UTBA 1FTLA 2Q8JA 3FXBA 5CMMA 1URGA 5J1DA 4AS4A 3F11A 4I1DA 4PFUA 4RY1A 4GQOA 5DVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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