3UK4A

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with 1,2,5-pentanetriol at 1.98 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with 1,2,5-Pentanetriol at 1.98 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A02
2O69A 4F3BA 3CI8A 4Z7EA 4P11A 2P2AA 2RC8A 4HCYA 3PPOA 3BFUA 3PMWA 3RTFB 1N3XA 1ZMGA 3O2AA 2ZNUA 3TDJA 3TTKA 5AA2D 2O1MA 3OMBA 3QAXA 1B1HA 1VE4A 2O7IA 4KFQA 2DWJA 2X26A 1IXIA 4LA9A 4GOTA 3TCFA 4P0IA 1N0TA 3EN3A 3TEPA 3MWBA 4UA8A 3IOUA 1IEJA 3FJ7A 2XXTA 3T96B 1IZ1A 5I2NA 4XKRA 4DZ1A 1HSLA 3TCGA 5I2NB 1LB9A 2XX7A 4F1UA 1GGGA 3G3GA 3QSLA 4XKPA 1B32A 1P99A 3PUVE 1Y3QA 1ZU0A 4H0WA 1N3WA 3LBSA 3RY3A 1RKMA 3RUMA 1VR5A 4N13A 4ZEIA 3PUXE 3OSQA 2RCAA 1NKXA 3K6XA 2B3BA 1XVXA 4EUOA 3DLNA 3OO8A 1QKAA 4HCWA 3C34A 2RC9A 2DE4A 4WKMA 4H6DA 1B46A 2I58A 3VVDA 3O29A 1QUKA 3K1MA 1TT1A 3S9LC 2QPQA 3DELB 3TKDA 4F3PA 3UGWA 4KYDA 3HHFA 2QJEA 1YPNA 4OTEA 1PB9A 3S9NC 1Q1KA 5TU0A 3CSBA 1BP5A 1R6ZA 3FV1A 4F1YA 3MPLA 3RT8A 5LOMA 3OO7A 3USDA 1SI0A 2X7PA 1POTA 4GQOA 4ONYA 1GV8A 1AMFA 3TMGA 5AA2B 3P7IA 4YKJA 5H8NA 4MH5A 3VXCA 3PMXA 1JQFA 4MFIA 1XHYA 1LSTA 3LUYA 3PPPA 1B7HA 2E0SA 1EZ9A 3SETA 1Y20A 4IGTA 1ANFA 2Z8EA 2DWAA 1AIVA 3MVZA 3R6UA 3K0VA 1MDP1 2HZLA 4QRZA 2ZYNA 4DCXA 1CB6A 1XOCA 3KOSA 4H8IA 3UN6A 1BKAA 5H8SA 2LAOA 4PP0A 1SW5A 3W9VA 3JV9A 4U4XA 1H44A 3JZJA 3PV0E 4F3SA 4R6YA 1TFDA 4I62A 2ONSA 4EQ9A 2F6PA 3OEKA 4EXKA 4NF6B 3MUQA 2F7BA 2DOJA 5DTBA 2B65A 4JWXA 1H3DA 4LZ7A 2Y7WA 1QVSA 4EQ7A 1A8EA 2F36A 3PU5A 3GBAA 3TODA 4I8CA 1PDAA 1B51A 1M5EA 4XKNA 3VFJA 5IKBA 4F22A 3PUWE 4OEUA 1Q35A 2I3VA 1N7XA 1OMPA 2FYIA 4ZEFA 2XX9A 3SEUA 3PUZE 3B6WA 5CC2A 1R1NA 3MP1A 4OXVA 1MQIA 2AYSA 4DXBA 2O51A 2I0CA 4X9TA 4ZEDA 4OQOA 1TWYA 2OZZA 1DMBA 5ELVA 2HXWA 4NMYA 1M5DA 4QSCA 5AA3A 3VDFA 2XHDA 2XXIA 4EF2A 5CMBA 1B1XA 1H76A 3BKIB 3Q26A 4WEDA 3DP4A 3KFMA 3FVGA 1QKBA 3MJNA 1FTOA 5BWJA 4U4SA 1QW0A 3KBRA 3OO6A 3ONMA 4RJZA 5B70A 1B6HA 1GVCA 3F11A 2OJTA 5I2KA 2F8DA 5I56B 4R9GA 5I2KB 1FTMA 2GHBA 4X1DA 4IY6A 1ZBMA 3PPQA 4ZEKA 2I0BA 1B7ZA 2B3FA 4O3BA 1FQCA 2DP8A 4YB6A 1LFHA 2ZYMA 1Z7ME 3H6TA 3K01A 2Y7IA 4ISUA 2HFBA 1OVTA 4GL0A 1YCJA 1BTJA 3ZKLA 3K2DA 1FQFA 4KYSA 1D3KA 1S9TA 3CG1A 4OWDA 3K02A 5F7VA 4I1DA 3PPNA 4YB7A 3DP6A 3CFZA 1IXHA 1M5CA 1UIUA 3RQTA 2ZXTA 1TXFA 3E3KA 2ZYKA 4R75A 1QULA 2DSFA 3MP6A 5EYFA 4EF1A 2W7YA 5H8QB 2H4IA 3MBPA 3Q29A 3IB2A 3EHTA 5L8DA 2ZYOA 4AQ4A 3KN8A 5A5XB 3TFLA 3MQ9A 4OYVA 3DP8A 2Z8DA 1EH3A 2HAUA 3OOAA 4PE5B 3K6WA 2DE3A 1JVXA 2I6EA 1LGBC 4R72A 2I4BA 2UVGA 4ESWA 1D9YA 4DCYA 2HZKA 3V89B 5I58B 1RYXA 4KPTA 4RPOA 4YKIA 3G7WA 1SBPA 1NMUA 2VGQA 3FATA 1L5TA 1NL5A 5DEXA 3S2VA 5DEXB 3CR9A 3H7MA 4POWA 1IITA 4U23A 1FTJA 3LSFB 5CM6A 3KOTA 3VVEA 4LQ2A 3ODBA 4R2FA 1DPPA 1UTBA 1TFAA 1R9LA 1D4NA 4ZZEA 2XXVA 3S9MC 1A8FA 2PBWA 1FQAA 4RYAA 2Y84A 1MXUA 1LAXA 2OWTA 1II5A 1SYIA 1B7UA 4N6PA 3A3CA 1NH8A 2V25A 4LZ5A 2GH9A 3ZSFA 1H45A 1AH5A 1LCFA 3T9HB 4ELQA 4OFLA 1BLFA 1LFIA 1VFDA 1Y3PA 3T9VA 3WAFA 3RGYA 3U72A 3THIA 4PQJA 2I49A 4XTCQ 3MVYA 4ELOA 4G8NA 3FVKA 3FXRA 3UP9A 3VLVA 1A40A 1WODA 3IB1A 1NFTA 2XXYA 5DT6A 2AL5A 2XD2A 1JW5A 3OELA 4M1VA 1N7WA 4HTGA 4G77A 1SW1A 1USYE 4FJPA 1PB8A 3RLFE 1B3HA 5FHMA 5HM4B 1OIBA 4N07A 4RXLA 1MM6A 2VHAA 3JYRA 3HO7A 3H4ZA 2XXQA 2F7AA 5JK4A 4HW8A 1PEBA 5M2VA 4YKPA 1PBQA 1IUDA 3MAMA 3CRBA 1J1NA 4JBZA 3TTLA 4KHZE 3FUZA 4QFKA 1B58A 4IO4A 4OETA 2XD3A 2VD2A 3SERA 4O3CA 3TTRA 2G29A 2Q8JA 2O1LA 4F3GA 4GF8A 2HEUA 1MY0A 4DXUA 3M3FA 2DXYA 2QS4A 3ECRA 4U21A 3IOWA 1MXWA 4LONB 4H67A 3O66A 1LAHE 3KGCA 3N5LA 3CFLA 5CMKA 3VE1B 1B4ZA 4OESA 4PFUA 2YLNA 4GVOA 4OVJA 1T0KA 1UQWA 1MPBA 5HPQA 2DVCA 2F35A 4G68A 3V5AA 1JETA 4IO7A 1URSA 2PYYA 4G68B 1MS7A 4KCDA 5L9MA 5L9SA 1OVBA 1MQDA 1ELJA 1FQBA 4PFWA 3L6HA 3FGSA 4L17A 1B3LA 1Y1ZA 1O64A 3IX1A 3TTNA 1USYH 4BDOA 4X48A 4R9FA 2FA7A 3QUJA 3TQLA 1D9VA 4JWOA 3VV5A 1VSOA 1O7TA 1PB7A 3G3HA 5KZTA 3C33A 5AA2A 2REJA 1NNFA 5EHMA 1LAFE 2OCUA 4KQPA 4EDPA 3I6VA 2UVJA 1Z7NE 2XXPA 2ZNTA 2CZLA 4F39A 4JXIA 1B05A 2Q88A 1SD3A 4DDDA 3R26A 3MVWA 3FASA 4DIGA 4RA1A 2V3UA 3B6TA 1LLSA 4IO5A 4FECA 2IA4A 1SW4A 4EXLA 1MQJA 3G3JA 3Q27A 4POXA 3S4UA 2Q2AA 5H8HB 4QFPA 1M5FA 1SW2A 2X7QA 4NF6A 4XXUA 2P1SA 4WEPA 4GL8A 2DE2A 4GFRA 2A5SA 3FVNA 3LSWA 3H03A 2G93A 3FJMA 5I59B 4C1TA 5AA4B 3E4RA 4AB6A 3G3IA 5TPAA 4LZ8A 2E1SA 5TPAB 3TPAA 1ZLQA 3SEYA 3Q25A 3FZVA 2ALUA 1B0HA 3HHGA 1MY4A 3Q28A 4OZ9A 1Y3NA 3I5OA 4G2ZA 4DXCA 5ITOA 4GD5A 4ND9A 4U2RA 3C36A 1P1QA 1B52A 3FVOA 4Q8RA 3CFXA 4H8JA 1ATGA 1IXGA 1ZJLA 4OEVA 1B5IA 5KCJA 5KCJB 4NEDA 3U94A 4R6KA 1LAGE 1URDA 3FD3A 3IR1A 4QSEA 4G4PA 4C1UA 4FATA 1SVXB 3O28A 3BBRA 3MPKA 2VP1A 4IY5A 4YICA 4MLQA 4PETA 3L6GA 1R9QA 5I56A 5AA1A 3MZ9A 1ZKBA 3MZ1A 1MG1A 1QJMA 3OENA 5H8FB 3D4CA 3CG3A 5FTHA 1OLAA 3SEVA 4NTLA 2THIA 3G3FA 3KSJA 3K1PA 4U1ZA 4WXJA 3KJ7A 2F7CA 3PGFA 2DYXA 3O97A 3KSXA 1SDXA 2D21A 3K4UA 5CMCA 3FV2A 2HQ0A 1Y1MA 1FQDA 4G8MA 4G8HA 2PT1A 3PUYE 3IOTA 3KG2A 4LVQA 2RC7A 1P1NA 1Y9UA 2GFEA 3KJTA 1H43A 1YAEA 4NF8B 1DTZA 2ESNA 4ELRA 3PPRA 4FAJA 1HSJA 5H8QA 3LR1A 1I6QA 3TUSA 5A5XA 2P0SA 2V3QA 2VD3A 4LUBA 4TLMB 1IQ7A 3SKPA 4XKQA 3FXQA 3O6GA 3IJXB 3T9XB 3VXBA 3RPWA 5I84A 3H6VA 4YU0A 2F34A 2XXHA 1EU8A 2Q2CA 3T9UA 1MPDA 2D3IA 2OWSA 5I58A 1JVYA 3ZKKA 2R6GE 3IB0A 3MW0A 4ZDMA 2F5XA 5CMMA 4XIGQ 1XT8A 4LP2B 5JTYB 3QXMA 4LQ5A 2UVIA 2BJJX 1JW4A 4IO3A 4RPNA 5ICTA 1CE2A 1B9JA 4R2BA 4ECFA 3MZBA 1MPCA 4QFLA 3RN8A 1AL3A 3BFTA 1HSEA 2XXRA 1AOVA 1IXCA 3WAEA 1RYOA 1KWHA 4RK9A 1URGA 4IO6A 1B3FA 3H06B 4UACA 4P0GA 1SYHA 5K2YA 2PT2A 3H6WA 4OFJA 4BDLA 4BDRA 1B2HA 1P1UA 1XC1A 1US5A 2F97A 2ZNSA 4YMAA 2QL3A 1MQGA 3MC2A 3C4MA 1MDQA 2QSXA 1PBPA 3U8QA 3C31A 3QYTA 3O6IA 3V8XB 4BDMA 2UYEA 3OSRA 3IL1B 1N04A 1OLCA 3T93B 1B40A 1I6BA 1S50A 4DE8A 3IO4A 1MRPA 4K3FA 1A7LA 2XX8A 1LFGA 2XXWA 3IO6A 4BDNA 1SQYA 3LSXA 2PMSA 3HPIA 2DWHA 3CIJA 2RINA 4F18A 1LCTA 1SI1A 3TCHA 4ZZAA 3KN7A 5FHNA 1DTGA 1MM7A 4E0WA 2M8CA 3TELA 4JSOA 1FW0A 2H99A 3FIRA 4LATA 1MY1A 1MY2A 4ZEBA 2DWIA 5EHSA 2HAVA 3LSLA 1GR2A 5HBCA 2NVUB 2XXXA 5CI5A 1N76A 3R7XA 5CRYA 2D5WA 2H98A 4MF3A 4X1BA 3N6TA 2I3WA 2RKMA 4MBPA 3OXNA 3EPEA 2QRYA 1B3EA 3OO9A 2KLFA 4TOZA 3HN0A 4NE4A 4Q5TA 1MQHA 4THIA 2ONKE 3C9HA 3N94A 2ZMBA 4KI0E 2IEEA 4F2QA 3V83A 4I9DA 2WKYA 5I57A 5I57B 2AL4A 3RT6B 3QIMA 1B5JA 2OBGA 4RY1A 4KCCA 1B0LA 4QFOA 1M5BA 3IK6B 3I3VA 2Y7KA 4MLVA 1PC3A 1MXXA 4G68C 4BDQA 2R71A 1QUIA 3A3UA 3PD9A 5ITPA 3D4GA 3KEIA 3QUFA 4M4GA 4R74A 4F31B 3KN3A 4FIMA 4ZECA 5FTIA 1F9BA 3DM0A 4NF4A 5J1DA 1I6AA 4NF4B 2V84A 2NWJA 4F1VA 3A09A 4H65A 1XVYA 4OHNA 4R6HA 1EZOA 2R9JA 1LB8A 1YTVA 4IO2A 2DQVA 5H8NB 1WVJA 3W15C 4E0XA 4FEBA 1UIVA 1S7YA 4OFOA 5DVIA 2DS9A 1NNKA 4U22A 1JNFA 2QMWA 4FEDA 1JEUA 1DOTA 5H8HA 2UVHA 1WDNA 4RK2A 3O6HA 1MXYA 5ISUA 1LBBA 3VLUA 3TTMA 4R73A 1FQEA 2F6GA 1VFEA 4GXSB 2O68A 3OD7A 2DVZA 1ZTYA 3FXUA 3MP8A 2ANJA 3UA8A 3U93A 2I48A 4FE8A 1MY3A 5I59A 5AA4A 3E9XA 2Z23A 3B7DA 2AIXA 3GLBA 3IORA 3C32A 5TP9A 3PD8A 2CMOA 2PX1A 5TP9B 1O63A 4KYEA 4YB5A 4H1XA 5BUUA 4RNSA 4TLLB 1NNPA 3UORA 2XXUA 3B6QA 1MXZA 5L9OA 1ZIUA 4KR5A 2H5YA 5AE4A 2RCBA 1B4HA 3T22A 3UK4A 3SEWA 4GRKA 5DVJA 1P1OA 3SESA 4PFYA 1N84A 3IJOB 2ONRA 2NOOA 1I69A 4YKKA 3U92A 4NWCA 1XS5A 3M3LA 1NNTA 4JWYA 3FJGA 5CBRA 3G3KA 4YMBA 1UTHA 3N26A 4F29A 1UTHB 2QS2A 4C0RA 2Y7PA 3ZS6A 2I4CA 3TZAA 3S9EA 4YZZA 5FHOA 2Y7RA 4EQBA 2Q9TA 1OQHA 4HS7A 5ICQA 5F1QA 3RTWB 4H5FA 4FORA 4DLDA 1Y4CA 4JDFA 2PVUA 2O7UA 4GXAA 2OLBA 4ZE9A 5H8FA 3CSGA 3K00A 3ILTB 5DVFA 3VLWA 3M8UA 4F2OA 2QS1A 3EHUA 3AXFA 4IGRA 1DSNA 3GZGA 3HSTA 1A54A 5KDTA 2NUVA 5CBSA 5KDTB 4KD5A 3IAZA 4QHQA 1OQGA 1FTLA 4QF9A 4JB7A 1Y4TA 3MVXA 4Z0IA 3UIFA 4GWOA 1US4A 2H25A 3SEXA 4QFNA 1P1WA 5K2XA 4H5GA 2H9BA 3EHSA 2GRVA 4OERA 2OK2A 5DYHA 2Q89A 4NF8A 3H6UA 2YJPA 1A99A 4OMBA 1B3GA 3GXAA 3EF7A 4NWDA 3U1OA 2UYFA 3EQ1A 3H3GA 1BIYA 3T66A 4NF5A 1MH3A 4GIZA 2O6AA 4NF5B 2FNCA 1IIWA 3HCQA 2YPNA 4U1OA 1FTKA 4GLIA 4TQUQ 2Z22A 3RNNA 4ESXA 3LC8A 1LBCA 2A5TA 1NH7A 2ABHA 2A5TB 1POY1 3E13X 3OEMA 3M3KA 2DXRA 5JTYA 1B5HA 3K6VA 3TYHA 2VOZA 2NXOA 4PFTA 2V3TA 2F78A 1JW1A 2Z8FA 4Q30B 1DPEA 4YAHX 3W9WA 4ELPA 4ZS9A 3QK6A 3GBBA 2QMXA 1EZPA 3IOVA 1MXVA 3ILUB 4Q0CA 2HCAA 3KZGA 3TQWA 3CVGA 2O84X 2REGA 5B7DA 4F19A 4ZE8A 4AB5A 3K1NA 3SDFA 4OENA 3C35A 1FCKA 1GTKA 1A55A 4IB2A 2QS3A 1UTBB 2V93A 3HV1A 4BLAA 3TAJA 3O9PA 1JEVA 1QUJA 5JEIA 2RF1A 4O3AA 3PMVA 2GHAA 4JSDA 2UXAA 3VVFA 1MH4A 3N6UA 5IAIA 3K6UA 4QSDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5AA2B 3P7IA 4YKJA 5H8NA 4MH5A 3VXCA 1IMFA 3PMXA 3U65A 1JQFA 4MFIA 3KC0A 1XHYA 1KA0A 1LSTA 3LUYA 3PPPA 1B7HA 2E0SA 1EZ9A 3SETA 1Y20A 4IGTA 1ANFA 2Z8EA 4GX6A 2DWAA 1AIVA 3MVZA 3R6UA 5J16A 3K0VA 1MDP1 2HZLA 4QRZA 2ZYNA 4DCXA 1CB6A 4GWWA 1XOCA 3KOSA 4H8IA 3UN6A 4N15A 1BKAA 5H8SA 2LAOA 2VPOA 4PP0A 1SW5A 5IZZA 3W9VA 3JV9A 4U4XA 1H44A 3JZJA 4JVCA 3CHGA 3PV0E 4F3SA 4R6YA 1TFDA 4I62A 2ONSA 4EQ9A 2F6PA 3OEKA 4EXKA 4NF6B 3MUQA 2F7BA 2DOJA 5DTBA 2B65A 4PBQA 4JWXA 4MHFA 1H3DA 4LZ7A 2Y7WA 1QVSA 4EQ7A 1A8EA 4XEQA 2F36A 3E78A 3PU5A 4GWYA 3GBAA 3TODA 4I8CA 4LN5A 3IFCA 2QVRA 1PDAA 1B51A 1M5EA 3FXBA 4XKNA 3VFJA 5IKBA 4F22A 1IMBA 3PUWE 2QFLA 4OEUA 1Q35A 2I3VA 1N7XA 1OMPA 2FYIA 4ZEFA 2XX9A 3SEUA 3PUZE 4GWUA 3B6WA 5CC2A 1R1NA 3MP1A 4OXVA 1MQIA 2AYSA 4DXBA 2O51A 2I0CA 4X9TA 4ZEDA 4OQOA 1TWYA 2VPNA 2OZZA 1DMBA 5ELVA 2HXWA 4OVQA 4NMYA 1M5DA 4QSCA 5AA3A 3VDFA 4GWXA 2XHDA 2XXIA 4EF2A 2XXKA 5CMBA 1B1XA 1H76A 1Q9DA 4AS4A 3BKIB 3Q26A 4PAFA 2P3NA 4WEDA 3DP4A 3KFMA 3FVGA 1QKBA 3MJNA 1FTOA 5BWJA 4U4SA 1QW0A 3KBRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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