3UP9A

Crystal structure of a putative lipoprotein (actodo_00931) from actinomyces odontolyticus atcc 17982 at 2.35 a resolution
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
241
structure length
239
Chain Sequence
DVVTLTVGATPSPHAKILTYINDNLAADAGIKLDIVEYTDYVQPNTALNDGDLDANFYQTVPYLENAEKQFGYNFEAGEGIHLEPLGVFSNKHKSLDELPDGGTIGIISDTANQSRALELLATQGLVSIPEGDVNINTVTKLKNFDFREVEGPQLVRSLDDFDYAVINGNFAQEGGKTISGDALVVESPVDNPAVNVLVWKGDSKKVDAIAKLEKLLHSDEVKQYIEKTWSDGSVIPAFM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a hypothetical protein ACTODO_00931 (hypothetical protein ACTODO_00931, SP17422A, P_02044074.1) from Actinomyces odontolyticus ATCC 17982 at 2.35 A resolution
rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein
molecule tags Methionine-binding protein
source organism Actinomyces odontolyticus
total genus 75
structure length 239
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3up9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3up9A02
1OQHA 1IEJA 1PDAA 5KDTB 2FNCA 4IY6A 5L9OA 1JVYA 4IO6A 3MVWA 2A5TB 4ZEFA 3FGSA 4QSDA 4POXA 5H8QB 1MM6A 4ZE9A 5I2NA 3MW0A 3TTLA 4G8NA 3IJOB 1XOCA 1XT8A 1UTBB 3EN3A 3KG2A 4EXLA 5JTYB 4BDOA 4QFOA 3K4UA 3V5AA 1II5A 1SYHA 1MDQA 4RK9A 4XKNA 3THIA 3C4MA 2FYIA 1MH3A 3FD3A 3TAJA 4F2QA 1N7WA 3MP1A 3L6GA 5H8SA 3V89B 4NF6A 2DQVA 4DXUA 5H8FA 4U4SA 4MH5A 2DP8A 3QAXA 4GD5A 4GLIA 2Y7WA 3QK6A 2X7PA 2DS9A 3DP8A 1QUKA 5FTHA 2DOJA 4QHQA 4TOZA 4RA1A 5I2KB 5DVFA 4IO3A 2VD3A 4ESWA 3TZAA 3KZGA 5ITOA 2ANJA 2Q88A 3O97A 1KWHA 4G68B 1WVJA 1B52A 4H5FA 2O68A 1FTOA 3I3VA 5CBSA 1D4NA 2XX8A 1HSEA 1SW5A 3G3FA 4OEVA 4U1ZA 4FAJA 1I6BA 1A8FA 1B51A 3KN7A 2I4BA 1DMBA 1N0TA 1H3DA 1JW4A 3E4RA 3IORA 2ZYMA 1FTJA 3RY3A 1B5HA 4Q5TA 1ELJA 2DE4A 3VVDA 1UIUA 1O64A 3PMVA 3JZJA 3EQ1A 1Y9UA 4XTCQ 1MQDA 2RC8A 4F3SA 5HM4B 4YKIA 3O2AA 3LSFB 1SI0A 2NWJA 3FVGA 1B1XA 4RPNA 2XXQA 3FXQA 3QUFA 3PGFA 1B3GA 2XXWA 1LAXA 4F3BA 1OMPA 4OVJA 1LFHA 3FXUA 4L17A 2D21A 3KOTA 4NTLA 2XHDA 3MWBA 3LBSA 3ZKKA 2QS4A 1S7YA 2HZLA 1N04A 2F7CA 5LOMA 3HO7A 1US4A 5I57B 3CR9A 3TODA 1B4HA 1OLCA 3JV9A 1YCJA 3LUYA 3OEMA 4IO5A 4DZ1A 3MC2A 3OSRA 1J1NA 1JW1A 2QRYA 4UA8A 1LBBA 2Q2AA 4FECA 4EQ7A 2DVZA 2O6AA 3MZ1A 1R9LA 2RKMA 3MVZA 5KCJA 2Z23A 3MQ9A 3O6GA 4NF5B 1LCTA 1IUDA 3A3UA 1Q1KA 4JXIA 4MFIA 3BFTA 1US5A 3U93A 4QFNA 4IO2A 2B65A 2HXWA 4P11A 3RNNA 2I6EA 1H45A 2DWJA 3CVGA 4LQ2A 3RN8A 3LC8A 4KHZE 2QL3A 2Y7RA 5I2KA 1JEVA 4BDRA 1SVXB 1VFDA 5AA2D 3Q25A 4YMBA 2M8CA 4Q0CA 1LCFA 3RGYA 3G3KA 3MBPA 4JSOA 3C35A 1B0LA 3T93B 2DXRA 4XKRA 1IITA 1O63A 2DSFA 4BLAA 1R1NA 2PBWA 4RXLA 2Y84A 4TLMB 4U22A 5TP9A 5FTIA 4F3PA 4XIGQ 1P1QA 5DT6A 3HCQA 2KLFA 4E0XA 4QFKA 2QS1A 2UXAA 1VE4A 4R72A 2R9JA 4OMBA 4R74A 1QKAA 1A54A 4U2RA 3GBAA 1FQFA 4KD5A 1S9TA 4IY5A 4GL8A 2O7IA 3S9MC 5ISUA 4BDNA 1H43A 3LSXA 2F97A 4U4XA 5B7DA 3TDJA 4BDMA 4WEDA 4KFQA 4EUOA 2Z8EA 1IXGA 3O9PA 3N6TA 2ONRA 2UVHA 4LZ8A 1JQFA 4YKPA 4BDLA 5DYHA 3VDFA 3VVFA 3GBBA 3FXRA 2WKYA 1Y20A 5CI5A 5I2NB 2DYXA 1T0KA 3V83A 1Y4CA 2HFBA 3SERA 1MXUA 1FTKA 1IQ7A 2V3UA 2GH9A 3LR1A 3PD9A 3KSJA 1B0HA 1MQHA 1RKMA 5DEXB 3SETA 3UK4A 1RYOA 2RCAA 5H8HB 4F1VA 4NF5A 1GV8A 1QW0A 4NF6B 3BKIB 5H8FB 1B40A 2F6PA 3QUJA 2ESNA 2G93A 4G8MA 2RF1A 3MJNA 5I56B 3K00A 3OXNA 1SI1A 3PPQA 4R75A 1PBQA 4IGRA 4XXUA 2ZXTA 1B3FA 2DWAA 3UIFA 3O6IA 1B7ZA 3CSGA 1UIVA 3CSBA 2XXYA 2XXRA 4ELRA 3SESA 1VSOA 1D9YA 1NMUA 3U1OA 1NL5A 2V3QA 3MP6A 3OMBA 1FTMA 2XX7A 3K1NA 2Q9TA 3O6HA 4FORA 3IOWA 3CFZA 4NF4A 4Z7EA 1IXHA 3KGCA 2Z8DA 4LZ7A 3VVEA 3CFXA 1AIVA 5HPQA 5AE4A 4EF2A 1B58A 4H5GA 1M5FA 2V84A 2ZYOA 3U8QA 1B32A 5BUUA 1CE2A 1FQAA 2F8DA 2ZYKA 4POWA 3O66A 4THIA 3VXCA 4U1OA 2ZYNA 3GXAA 3O29A 1MXWA 1QUIA 2I3VA 2GHAA 3C33A 4KYSA 2YJPA 3TCHA 1URSA 2P2AA 5I59A 4C1UA 1PEBA 3WAFA 1NNKA 2Q8JA 3K2DA 4OFOA 3SEUA 5H8NA 2Z8FA 4KYDA 3ZS6A 4OEUA 1Y1ZA 3TPAA 3OEKA 1TXFA 1TFDA 3QSLA 1ZBMA 3F11A 1AMFA 4TQUQ 1LFGA 2FA7A 4O3CA 4ONYA 2PMSA 1OQGA 4KCDA 1NNFA 3ODBA 3HV1A 4GQOA 2D5WA 3L6HA 3PD8A 5KCJB 1MXVA 4AQ4A 4LVQA 4OTEA 1M5BA 4DE8A 5TU0A 5DEXA 1EU8A 5AA3A 3TELA 3Q28A 1POTA 5H8HA 4DDDA 4N13A 4PFUA 1NKXA 2R71A 2A5SA 1HSJA 4M4GA 3SEYA 1FCKA 4FEBA 3PUWE 1LLSA 5L8DA 5I56A 3S9NC 3N94A 5DTBA 1Y3PA 1B7HA 1FQBA 3H3GA 4R73A 3SEWA 1ZIUA 3OO6A 3H6WA 3TUSA 3QYTA 1SDXA 4YB7A 1D9VA 3SKPA 1ANFA 3PPOA 1B5IA 3T9VA 3SEVA 1B3LA 1AH5A 2Q2CA 4EF1A 3M3FA 3N6UA 5BWJA 1I69A 2I48A 1SW4A 1TT1A 5TP9B 4EXKA 1ZTYA 2Y7KA 1Y1MA 2CZLA 1N3XA 4OWDA 2I3WA 2W7YA 3VLVA 3JYRA 4GVOA 4FEDA 3OO9A 3IOTA 1OVTA 1PBPA 3CIJA 3W9WA 4OXVA 2UVJA 3HSTA 4C0RA 3VV5A 3UORA 4PE5B 1B4ZA 3TEPA 3B7DA 3Q29A 3K1PA 4RK2A 4G68C 4OQOA 4EQBA 2DE3A 3LSLA 2OWSA 4NWDA 4LZ5A 4ZEBA 4GF8A 4Q30B 1Q35A 1IZ1A 2QSXA 1MH4A 4MF3A 3VLWA 2NVUB 2HQ0A 4QF9A 1A8EA 2HCAA 4I9DA 2H4IA 4MLVA 2PT2A 4KPTA 4NF8A 3CRBA 4GRKA 4IO7A 4GXSB 4P0IA 2IEEA 1WODA 3CG1A 4GL0A 4F3GA 2OK2A 3KN8A 5AA1A 4ELPA 1D3KA 4ZEDA 1MRPA 1MY4A 2Y7IA 1DOTA 2GFEA 1JEUA 1B5JA 1SQYA 4F29A 4MBPA 2VGQA 1LSTA 3H4ZA 3PPNA 1F9BA 3T66A 4RYAA 4FATA 2XXHA 5L9SA 1QJMA 2PX1A 5I58A 3K1MA 2OCUA 5EHMA 2O51A 2VD2A 5JEIA 1EZ9A 2AL4A 4R2BA 5AA2B 1B9JA 1MXZA 1FQCA 2I58A 2NUVA 4NF4B 1IXCA 3TMGA 1ATGA 5B70A 1XS5A 3I6VA 3TFLA 4ZZEA 3FJGA 1GTKA 4F2OA 2O84X 1WDNA 3UA8A 3DELB 4NMYA 4PFWA 3N5LA 1URGA 1CB6A 2DXYA 4U23A 5CMKA 2O1MA 2BJJX 1SD3A 3ECRA 3PUXE 3C32A 1OIBA 1MXYA 1USYH 3CI8A 5I59B 1PC3A 2ZMBA 1LGBC 1ZKBA 2NOOA 4DIGA 1B3EA 4YKKA 5H8NB 5CC2A 4JDFA 2REJA 4RY1A 2H99A 3CG3A 3H6TA 1LAFE 3IK6B 3T22A 4ESXA 2HEUA 3TCGA 4PFYA 4DXCA 5IAIA 3PUVE 3OELA 1YPNA 1DPEA 3G3JA 5FHNA 1BP5A 2RC7A 1USYE 3UGWA 4ISUA 3MZBA 1NNPA 3M3LA 3PPRA 4JSDA 4NE4A 3D4GA 1JVXA 1Z7NE 2F34A 4ZS9A 1QVSA 4P0GA 2O7UA 4RNSA 3G3HA 3HPIA 3O28A 2AIXA 1LB8A 1OVBA 1P1WA 3TKDA 3IB2A 1NFTA 2NXOA 3AXFA 4OYVA 3MZ9A 5EHSA 2ZNSA 1DSNA 2QS3A 3ILUB 3MPKA 4HW8A 4GOTA 2O1LA 3PUYE 3TCFA 3KOSA 2F6GA 5F1QA 3H03A 2VOZA 4XKQA 3FZVA 3TQLA 3EF7A 3TQWA 4F19A 4WKMA 4R9FA 3EHSA 2QJEA 1Y4TA 3PUZE 5AA2A 2Q89A 4ZE8A 2CMOA 5ICQA 3SEXA 3HHFA 1IXIA 2OZZA 4QSEA 2B3BA 4PP0A 5JK4A 5CMMA 3A09A 3PV0E 4H0WA 3FJ7A 3DP4A 5IKBA 3FVNA 3IR1A 3K6XA 3DLNA 1UTHA 5CRYA 3W9VA 4F18A 4DCXA 1QUJA 4LUBA 5CM6A 2OBGA 1IIWA 4FE8A 3S4UA 3C31A 1BKAA 4H8JA 3C34A 5DVJA 3GLBA 4HCYA 4OETA 3PMXA 3C36A 2F35A 3USDA 5KZTA 4NF8B 1I6AA 3HN0A 1M5EA 1H44A 3PMWA 4OZ9A 3IAZA 1B2HA 3IOVA 4O3BA 5CBRA 5ITPA 4R6HA 2DVCA 1POY1 3H7MA 1P99A 3MPLA 4N07A 4ZECA 1ZU0A 3E13X 5FHMA 2QPQA 3IB0A 4ELOA 4LP2B 2X26A 4H1XA 2E0SA 4OENA 4PFTA 1GGGA 1R6ZA 2GRVA 3KEIA 4FIMA 3IL1B 5CMCA 1B1HA 2UVGA 1GVCA 1B05A 4QFLA 4QFPA 1LBCA 1GR2A 2UYEA 4X1BA 1VFEA 3I5OA 1JNFA 5AA4A 2GHBA 1VR5A 3C9HA 5I58B 3K0VA 4X1DA 3R6UA 4C1TA 3OO8A 1H76A 4OFLA 5TPAA 5ICTA 3E3KA 1MG1A 1MXXA 3OO7A 3EPEA 3IJXB 4JBZA 4OFJA 1NH7A 1TWYA 4F39A 4F1UA 3K6VA 4YB6A 1AOVA 3KJTA 4ZDMA 4R6KA 2LAOA 1ZLQA 1OLAA 3MP8A 2I49A 3TTMA 1MPBA 3TTRA 4O3AA 2E1SA 1JETA 2ZNTA 4TLLB 3FVOA 1A99A 1BLFA 1B3HA 2O69A 4KCCA 2I4CA 2VHAA 4LQ5A 2ALUA 5A5XA 1SW1A 4BDQA 4X9TA 4K3FA 4F22A 1Z7ME 3GZGA 1URDA 3S9LC 1QKBA 4ZEKA 2UYFA 1R9QA 3MUQA 1LAGE 4F31B 4ND9A 2XX9A 3M8UA 2P1SA 3RT8A 1P1OA 3G3IA 2AYSA 4JWXA 3PU5A 5K2YA 1A55A 3V8XB 2XXVA 4X48A 1YAEA 1MS7A 4KYEA 3H6VA 4I62A 3IB1A 3FV1A 2ZNUA 4JB7A 2DWHA 5FHOA 2I0CA 5ELVA 3R26A 4IGTA 4EDPA 3EHTA 4YKJA 3G3GA 1N76A 3B6WA 4OESA 1DTGA 2V25A 3U72A 3VFJA 1MY0A 3KBRA 5KDTA 2V93A 3MVXA 1FQEA 2YLNA 1Y3NA 3VXBA 3P7IA 2A5TA 1MY1A 5H8QA 2OJTA 4R2FA 1Y3QA 3W15C 1EH3A 3VLUA 1MY2A 1UTBA 3EHUA 5EYFA 1XC1A 2AL5A 5JTYA 4KR5A 2RCBA 3BFUA 3RUMA 4N6PA 2X7QA 1N7XA 1SYIA 3ONMA 1NH8A 1MPCA 2PVUA 3FVKA 2REGA 2HAVA 3DP6A 3IO4A 4KQPA 4EQ9A 1MQIA 3DM0A 4M1VA 3E9XA 4WEPA 3A3CA 3MAMA 1UQWA 1A40A 1XVYA 2H25A 3FATA 3B6QA 4LATA 1XHYA 1MM7A 5I84A 1PB8A 4HS7A 1FTLA 2QS2A 2B3FA 3CFLA 3IOUA 1XVXA 2PYYA 1O7TA 4UACA 3RQTA 2THIA 4R9GA 1NNTA 4QRZA 5CMBA 2XXXA 3UN6A 2Z22A 1MPDA 1DPPA 1I6QA 1BTJA 3IX1A 4YU0A 2XXTA 3FV2A 2D3IA 3KSXA 2IA4A 4G68A 2F5XA 3RTWB 2I0BA 5M2VA 4RPOA 2PT1A 2RC9A 1PB7A 1JW5A 3ZKLA 1N84A 2DWIA 1L5TA 3KJ7A 2XXUA 4LONB 2OWTA 3S2VA 2ABHA 2F7AA 1UTHB 3K6WA 2XD3A 3FASA 4G4PA 4Z0IA 1LAHE 1PB9A 4H67A 1P1UA 2ONKE 3SDFA 3R7XA 4H8IA 4R6YA 3K6UA 1A7LA 4XKPA 4YB5A 2V3TA 3N26A 2XXPA 1TFAA 1N3WA 4AB6A 3T9HB 3KFMA 1AL3A 3ILTB 1HSLA 4NEDA 5I57A 4AB5A 1MDP1 4QSCA 2F7BA 3U94A 5DVIA 1S50A 2UVIA 4OHNA 1QULA 3OOAA 1P1NA 3PPPA 1RYXA 2H5YA 4F1YA 4Q8RA 4DXBA 4YZZA 5AA4B 1MQJA 1BIYA 4HCWA 3TTKA 4DCYA 5HBCA 2DE2A 4PQJA 4H6DA 5K2XA 1FW0A 2HAUA 4G2ZA 5TPAB 3K01A 4MLQA 4I1DA 3RPWA 4RJZA 4KI0E 4IB2A 1YTVA 3TYHA 4HTGA 3H6UA 3M3KA 4I8CA 3T9XB 3LSWA 2HZKA 2H98A 2Y7PA 1ZJLA 3T9UA 1M5CA 3Q26A 1M5DA 4PETA 3S9EA 4G8HA 4H65A 2YPNA 4DLDA 4FJPA 4YAHX 5L9MA 4E0WA 3G7WA 4YICA 2F36A 2OLBA 2RINA 1FQDA 3Q27A 3MVYA 2VP1A 1ZMGA 1EZOA 4WXJA 3TTNA 4YMAA 1SW2A 3B6TA 3IO6A 4ECFA 4U21A 4ELQA 1MQGA 2QMWA 5A5XB 4JWOA 4GWOA 1LFIA 4ZZAA 4ZEIA 3U92A 3QXMA 3RT6B 3BBRA 4IO4A 3HHGA 3OD7A 3RTFB 1B46A 3OENA 2XD2A 1B6HA 2F78A 3ZSFA 1LB9A 1MY3A 3D4CA 4OERA 1SBPA 2QMXA 3OSQA 2P0SA 3K02A 1B7UA 3FUZA 3KN3A 2H9BA 4GFRA 4LA9A 1DTZA 3T96B 5F7VA 2R6GE 3FIRA 3RLFE 2ONSA 4GIZA 2XXIA 4JWYA 5J1DA 3H06B 4GXAA 4NWCA 4G77A 3UP9A 3FJMA 3WAEA 3QIMA 3VE1B 1EZPA 2G29A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OQHA 1IEJA 1PDAA 2Q8MA 5KDTB 5LTCA 2FNCA 4IY6A 5L9OA 1JVYA 4IO6A 3MVWA 2A5TB 4ZEFA 3FGSA 4PAKA 4QSDA 4POXA 5H8QB 4PF6A 1MM6A 2WEFA 4ZE9A 5I2NA 3MW0A 3TTLA 4G8NA 3IJOB 1XOCA 1XT8A 1UTBB 3EN3A 3KG2A 4EXLA 5JTYB 4BDOA 4QFOA 3K4UA 3V5AA 1II5A 1SYHA 2F3BA 1MDQA 4RK9A 4XKNA 3THIA 3C4MA 2FYIA 1MH3A 3FD3A 3TAJA 3IFAA 4F2QA 1N7WA 3MP1A 3L6GA 5H8SA 3V89B 4NF6A 2DQVA 4DXUA 4PAFA 5H8FA 4U4SA 4MH5A 2DP8A 3QAXA 4GD5A 2OWZA 4GLIA 2Y7WA 3QK6A 2X7PA 1FPIA 2DS9A 2GQ1A 3DP8A 1QUKA 5FTHA 2DOJA 4QHQA 4PDDA 4TOZA 4RA1A 5I2KB 4OANA 5DVFA 4IO3A 2VD3A 4ESWA 3TZAA 3KZGA 5ITOA 2ANJA 2Q88A 3O97A 1KWHA 4G68B 1WVJA 4GWYA 1B52A 4H5FA 2O68A 1FTOA 2WX9A 3I3VA 5CBSA 3NOHA 1D4NA 2XX8A 1HSEA 1SW5A 3G3FA 4OEVA 4U1ZA 4FAJA 1I6BA 1A8FA 1B51A 1CNQA 3KN7A 2I4BA 1DMBA 1N0TA 1H3DA 1JW4A 3E4RA 3IORA 2ZYMA 1FTJA 3RY3A 1B5HA 4Q5TA 1ELJA 2DE4A 3VVDA 1UIUA 1O64A 1LEVA 4GWWA 3PMVA 3JZJA 1INPA 5IZ3A 3EQ1A 4JVIA 1Y9UA 4XTCQ 4PFBA 1MQDA 2BJIA 1NUWA 2RC8A 4F3SA 5HM4B 5I7IA 1NV5A 4YKIA 3O2AA 3LSFB 1SI0A 3PTYA 2NWJA 3FVGA 1B1XA 4RPNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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