3V5AA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with gamma amino butyric acid at 1.44 a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
Knots found
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal binding protein
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine Lactoferrin Complexed with Gamma Amino Butyric Acid at 1.44 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 118
structure length 335
sequence length 335
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA02
3HHFA 4KPTA 3OMBA 3KZGA 3N26A 3DELB 3EHTA 1H3DA 1S9TA 3IJXB 4DLDA 2KLFA 2RC8A 2ONKE 4QFNA 4H67A 1A54A 3MVYA 3KN8A 3T9HB 1MDQA 1FTKA 1A7LA 3IJOB 2A5TB 1XOCA 1TWYA 1ZMGA 4POWA 3N5LA 3VVDA 1LBCA 1Y1ZA 4ISUA 4U21A 4YKKA 1OLCA 1DPPA 1JVXA 3G3IA 3A3CA 5BUUA 2ONSA 1D9YA 3B6TA 1LCTA 1Q1KA 2HZKA 4NF8B 3SEXA 4XKNA 1UTBA 3OSQA 3TAJA 1I6BA 2ESNA 1MPCA 4K3FA 5F7VA 1Y3QA 4JWXA 5L8DA 3MP6A 4EQ9A 4POXA 1H76A 3MZBA 5FTIA 4XIGQ 1HSEA 1MQJA 3M3FA 2F97A 3N6TA 1N7XA 3H06B 1B9JA 4NF6B 2F35A 4ESWA 4X1DA 4DZ1A 4R73A 1LFIA 3RUMA 3TTMA 3C34A 3O2AA 1R9LA 3JZJA 3VV5A 4KCCA 5DTBA 4ELRA 4U4XA 5I57A 5L9SA 3VLUA 1IXHA 1MG1A 1JW4A 3IR1A 1ANFA 4OHNA 3L6HA 2XXYA 4IO3A 4FE8A 3SETA 3TCFA 3U94A 4NF5B 2Q9TA 3TDJA 5H8HA 3SEUA 3MJNA 1A40A 1ZIUA 2XXTA 1AOVA 3HSTA 2GHBA 4EF1A 3TMGA 3GXAA 1EZ9A 3HCQA 2RCBA 4LZ7A 3IX1A 2Q8JA 4G8MA 3V83A 1Z7ME 4KCDA 1B3LA 4LA9A 2DXRA 4IO2A 2DE4A 4L17A 3HPIA 4G8NA 2I49A 1FTOA 3UORA 2DYXA 1B5IA 4IO6A 4MBPA 4BDLA 2IA4A 1AMFA 4F2OA 3F11A 1MY1A 1UIVA 1N3WA 3QSLA 1QKBA 2DOJA 3IO6A 4LUBA 4MH5A 2I58A 4OQOA 3PMXA 3TCGA 4GXSB 3FUZA 5JTYA 3U1OA 3CFZA 4F3PA 1BLFA 3RNNA 4H8IA 2XX8A 2CZLA 2F8DA 4F1YA 5CMCA 1P1WA 3H6TA 3GLBA 3BFUA 3BBRA 3QK6A 3RY3A 5ISUA 5HBCA 3VXCA 1SW1A 1UTBB 4GWOA 3TYHA 5HPQA 5A5XA 2Y7WA 4YU0A 3HHGA 3I3VA 5TU0A 2V25A 4QSEA 3OO9A 3KG2A 1FCKA 1SQYA 1B46A 3FXRA 1A99A 3QUFA 5M2VA 3PPRA 2BJJX 2R71A 1LB9A 3IK6B 4ELQA 3MVWA 2F34A 1XVXA 1NNKA 5I57B 3OENA 4QRZA 3K01A 4RPNA 3DP6A 3C31A 2QS1A 4AB5A 3ZS6A 1B3EA 4TOZA 3LBSA 5H8HB 5FTHA 3S9NC 1BKAA 4P0GA 2I0CA 4RA1A 1MY3A 2ZMBA 3Q29A 1FQAA 1NL5A 3IOWA 4MLQA 2G29A 3TQWA 4JB7A 2XXUA 1IZ1A 3K00A 1MQIA 1FTLA 1RYOA 4IB2A 4THIA 3TELA 3RTWB 3OD7A 1RKMA 3RT8A 1LAHE 4XKPA 5I2KA 4KYEA 1B3GA 4FECA 3O6GA 2F6GA 4Q8RA 4ONYA 4OFOA 4I8CA 4DXUA 2I4BA 4IGRA 4H5FA 4G68A 2PYYA 1B0HA 2H9BA 4OEVA 3IO4A 1N84A 2V3QA 1B0LA 3IOUA 1GGGA 4U4SA 4G68C 2XX9A 4QFPA 1VFEA 4IO7A 3CSGA 2OJTA 5JTYB 1MQGA 2LAOA 3E4RA 5CI5A 2GH9A 3PD8A 2B3FA 4TLLB 3H6WA 5EYFA 1LAFE 1MY4A 4F1UA 2PX1A 1TXFA 5I84A 1FQDA 4DIGA 5A5XB 3Q28A 1YPNA 1URSA 3K6WA 4OERA 5JEIA 3SDFA 1Y1MA 2I6EA 4N6PA 2H4IA 3VFJA 3EHSA 4FEBA 5DVFA 3K1NA 1CB6A 1JNFA 4FEDA 4GD5A 4X1BA 3L6GA 5K2XA 4XTCQ 1YAEA 2DWJA 5KCJA 1MXXA 1JEVA 1PDAA 1SI1A 3TUSA 4F3SA 3MPLA 1MM7A 3ECRA 4O3AA 2ALUA 2XXWA 3TTNA 2Q89A 3CVGA 1Q35A 1MPDA 1T0KA 1LFHA 1ZLQA 1A8EA 3MP1A 3EPEA 1M5DA 1XC1A 1DTZA 3P7IA 2YPNA 1SYIA 1LBBA 4FIMA 4YAHX 1B6HA 4YB7A 5HM4B 3IB0A 3KN3A 1MH3A 1VR5A 3E9XA 4F31B 3FV1A 4PFWA 1AL3A 4NEDA 3USDA 4NMYA 4NWDA 3JV9A 4OENA 2DWAA 1URGA 3SEVA 3LC8A 2Y7RA 3R6UA 3FJMA 4JSDA 1LGBC 2QSXA 4DE8A 2RC7A 3E13X 2Y7KA 3O97A 5I2KB 3MZ1A 2RF1A 1HSLA 3MWBA 3IB1A 1I6QA 4LONB 4ELPA 4U2RA 1SW2A 2FNCA 4G68B 4YKPA 1LAXA 2UYFA 2UYEA 1MY0A 4QFLA 3PGFA 2ZNUA 1US4A 3CIJA 3O66A 3MUQA 1B52A 4BDOA 1O64A 1B7UA 4WXJA 3BKIB 4OXVA 3D4GA 3MC2A 1SI0A 1MS7A 4XXUA 2XD3A 4JWOA 4F18A 3UA8A 4RK2A 4DXBA 4FATA 4ZEIA 4H1XA 3K2DA 3PPNA 3T22A 1FW0A 3TZAA 4E0XA 4O3BA 2IEEA 2QPQA 1URDA 5I56A 3GBAA 3SESA 3T9XB 3RQTA 3QUJA 3PPQA 1IEJA 2ZYOA 1B40A 3UK4A 3W15C 3G3KA 3CFXA 4GFRA 3G3JA 4NWCA 3FJ7A 4QSCA 1GV8A 1NKXA 1MQDA 2VOZA 5KCJB 3G3HA 2O51A 4WKMA 1H43A 3QIMA 2QMXA 3CG3A 3U93A 1XHYA 1M5EA 5CMMA 4IO4A 1SVXB 3UIFA 4QF9A 1ATGA 3FV2A 3FZVA 3PUXE 1DPEA 5I2NA 3DP8A 1M5CA 2O1MA 2O7UA 2PT1A 2ZNSA 2DS9A 1FTJA 1FQCA 3FXUA 5TP9A 4H65A 1B58A 2DSFA 3MAMA 4Z7EA 3ZKLA 3A3UA 3FJGA 1B51A 3N6UA 1FQBA 1IQ7A 5ELVA 1Y3NA 3B6QA 2OWSA 5ICQA 3PPOA 4HCWA 4AB6A 1XS5A 3SEYA 3LSXA 3C36A 1PB8A 1D9VA 2YLNA 1WVJA 3T93B 1Y4CA 4MLVA 1MXUA 4P11A 1NNFA 4JDFA 5B70A 2Z8EA 2P1SA 4U1ZA 2NWJA 1N7WA 3U72A 3V5AA 3O28A 5I58A 4KQPA 3RTFB 3IL1B 3WAFA 1QULA 4QSDA 5JK4A 1SYHA 1R1NA 3TODA 4I9DA 4LP2B 3PD9A 1UTHA 2HFBA 5J1DA 5AA4A 4LQ5A 2O1LA 4PP0A 4R75A 1PC3A 2DE3A 1Y20A 2ZXTA 1P1OA 3S9LC 5I56B 1POTA 2Y84A 3K6UA 5KDTA 2F7BA 2HXWA 4ZS9A 4JXIA 4BDQA 2PMSA 3M3KA 1LAGE 3E3KA 1F9BA 4I62A 5H8FA 4KFQA 1MRPA 1OQHA 1B3FA 4ZDMA 4GL0A 3SEWA 4TLMB 4NE4A 2OCUA 5F1QA 4ECFA 2NVUB 1MXZA 4FAJA 2F6PA 1IXCA 3KSJA 3QXMA 2A5SA 3DLNA 4XKRA 1M5BA 4RXLA 2Z8FA 2OBGA 1P1NA 2X7PA 4F3GA 2D3IA 1Y4TA 1VSOA 4YB6A 5IAIA 2DWHA 3VLVA 1FQEA 3DP4A 3RPWA 3TCHA 1IITA 5CRYA 2FYIA 1O7TA 4X48A 2REGA 3FVGA 2DWIA 1EZPA 5I2NB 1WODA 4NTLA 1A55A 3B7DA 3OEKA 4H8JA 4ZEDA 2P0SA 4Q0CA 1B05A 4HW8A 5TP9B 3AXFA 1P99A 4QFOA 1MY2A 4GLIA 1MXWA 1CE2A 4WEDA 4GL8A 3K1MA 3MZ9A 3W9WA 5EHMA 1N3XA 2V93A 4H0WA 4R72A 5CM6A 5ITOA 4R6HA 1OQGA 4H5GA 1XVYA 2M8CA 2DP8A 1OLAA 5H8QA 3S2VA 4PE5B 4YKIA 4BDRA 1QKAA 2Q88A 2XXXA 1DMBA 4TQUQ 4XKQA 2NUVA 1B4HA 2W7YA 2ABHA 1MM6A 1JQFA 5FHNA 4C1TA 1JETA 1WDNA 4Q5TA 2AIXA 4HS7A 2XXPA 3GZGA 3T9VA 5I58B 4ND9A 2UVHA 1NMUA 3FVKA 1EU8A 3PUVE 2AL5A 1SBPA 2GRVA 2HZLA 1EZOA 2VP1A 4Z0IA 4KYSA 4FJPA 1BP5A 3H6UA 3TPAA 1UTHB 2VGQA 5AA4B 3C32A 1QUKA 4LZ5A 1NNPA 3BFTA 2O6AA 5ICTA 4RK9A 3O9PA 2XXQA 5KDTB 3FD3A 4UACA 2P2AA 4IY6A 4OESA 4G4PA 4GF8A 2F36A 4RNSA 5H8FB 1DSNA 1GR2A 2HCAA 3TFLA 4R2BA 5DT6A 5AA2D 1PB7A 2DXYA 3S9MC 3KJ7A 2H25A 4G8HA 1UQWA 3M3LA 2I3VA 1HSJA 2VD2A 3VLWA 4MFIA 1VE4A 2FA7A 4E0WA 2DQVA 2O68A 4GVOA 1OVBA 4FORA 1YCJA 4IY5A 3OELA 1SW5A 3K6XA 2NOOA 4U23A 1H44A 4M4GA 5CMKA 4PQJA 1P1QA 2XXVA 4OYVA 3U8QA 3H6VA 4R2FA 5FHOA 3V89B 5KZTA 3K1PA 3R7XA 1BIYA 3Q25A 4EF2A 3RGYA 1NH8A 3U92A 4ZEBA 1TT1A 1XT8A 2E0SA 1DOTA 3C9HA 4OTEA 3T66A 5H8QB 2QS2A 2H98A 3N94A 4N13A 1B4ZA 1MQHA 5CBSA 1RYXA 4R9FA 3FXQA 3CI8A 2HAUA 3OO7A 5FHMA 2XD2A 3HO7A 1J1NA 4RYAA 1N0TA 3WAEA 5IKBA 4ZE8A 1N76A 1SDXA 3ILTB 1Z7NE 2ANJA 4HCYA 3I6VA 4YKJA 3TKDA 2Q2AA 3B6WA 5CMBA 1LCFA 3VXBA 3T9UA 1N04A 2RCAA 1Y9UA 2O7IA 4OEUA 3HN0A 2Q2CA 4U22A 2ONRA 3ZKKA 4OVJA 2XXHA 3K0VA 3FATA 1P1UA 5H8NB 2HQ0A 3HV1A 3S9EA 3K02A 4OWDA 1PBPA 1PBQA 3OOAA 2F78A 1MH4A 1D4NA 3TTRA 3PMVA 3PPPA 2UXAA 4U1OA 1AIVA 4JBZA 3IB2A 3GBBA 4HTGA 1M5FA 3PUZE 2F7AA 2VD3A 1Y3PA 4AQ4A 3PUYE 3PV0E 1B1XA 1MPBA 3FGSA 1S50A 1FQFA 4ZZAA 3D4CA 3TTLA 3EQ1A 1QW0A 4I1DA 4RJZA 5LOMA 3MW0A 2Z23A 3RT6B 2R6GE 1O63A 2XX7A 4WEPA 2CMOA 5I59A 3O6IA 3ODBA 3QAXA 1PEBA 3LUYA 1JW1A 3KSXA 2WKYA 1OVTA 1A8FA 3LSLA 1MXVA 4GIZA 3S4UA 1VFDA 4OZ9A 4F39A 1LFGA 4PFTA 4BDNA 3ZSFA 3OXNA 1ZBMA 3SERA 4LQ2A 2THIA 4NF4A 3C4MA 3QYTA 2X7QA 3W9VA 1B7HA 4ZZEA 4QFKA 3MVXA 1EH3A 2V84A 3R26A 1UIUA 3FIRA 3IAZA 4H6DA 4YB5A 4F2QA 2Y7IA 3ONMA 2DVZA 2QMWA 5H8SA 1II5A 4OFJA 1US5A 3CSBA 4KYDA 4EXLA 3MPKA 1S7YA 3MP8A 5AE4A 4QHQA 5L9OA 2B3BA 4X9TA 2OK2A 1USYH 2QS4A 5TPAA 4LVQA 1NNTA 1POY1 1GVCA 1TFDA 4G77A 1B1HA 4JSOA 1IIWA 1B5HA 2G93A 4JWYA 1JVYA 4ZEKA 1ZU0A 4KI0E 1I6AA 2HAVA 1LSTA 2HEUA 2X26A 3KFMA 4IO5A 1QUIA 1OMPA 2O69A 3OSRA 3MQ9A 4KD5A 4R6KA 3FASA 5B7DA 3Q27A 2V3TA 2VHAA 1JW5A 1GTKA 1QJMA 3H03A 1B2HA 2YJPA 3OO6A 3G3FA 4GOTA 4UA8A 4YMBA 1DTGA 3EN3A 1AH5A 3OO8A 3MBPA 3UN6A 4GXAA 2V3UA 4DCXA 3IOVA 3IORA 1MDP1 3MVZA 5AA2A 5DEXA 3EHUA 2DVCA 4MF3A 3KEIA 2REJA 2E1SA 2I48A 1MXYA 1ZTYA 2GHAA 3VDFA 5I59B 2PVUA 3G3GA 3KJTA 3FVOA 4PFYA 1ZJLA 2NXOA 4DXCA 4OETA 2AL4A 2I0BA 3CRBA 4F3BA 3LR1A 1B32A 5AA1A 3UGWA 3RLFE 3Q26A 4GQOA 3CFLA 4RY1A 3TEPA 4P0IA 1PB9A 4N07A 3PUWE 2XXRA 4EQBA 5CC2A 1B7ZA 1I69A 2R9JA 3KBRA 4NF4B 4R74A 3I5OA 3VVFA 2QS3A 1H45A 2RKMA 2OWTA 3CR9A 2XXIA 2I4CA 4F22A 2PBWA 4C0RA 4ZECA 1YTVA 1SD3A 2ZYKA 4GRKA 4BLAA 3FVNA 1B5JA 5DYHA 4O3CA 3CG1A 4EUOA 1R9QA 2D21A 1QUJA 3TTKA 3H7MA 2AYSA 2Y7PA 4PFUA 3O29A 4IGTA 4F29A 3KOSA 2QL3A 4DDDA 1IXIA 3PMWA 4YICA 3PU5A 4KR5A 2I3WA 3H3GA 3C33A 5TPAB 4KHZE 3T96B 3DM0A 4ELOA 5DVJA 3K6VA 3SKPA 4G2ZA 5H8NA 4R6YA 4LATA 5DVIA 2OLBA 2A5TA 4ESXA 2RINA 4Q30B 1TFAA 3V8XB 4F1VA 2GFEA 3KN7A 2QJEA 3VVEA 1IXGA 1QVSA 1R6ZA 3LSWA 1D3KA 4R9GA 4RPOA 2ZYNA 3OEMA 3LSFB 4PETA 4NF8A 2Z22A 4EDPA 3KOTA 2B65A 3RN8A 3EF7A 5AA2B 1FTMA 2QRYA 5DEXB 3O6HA 2UVIA 1KWHA 5EHSA 1BTJA 2XHDA 2O84X 1NFTA 2UVJA 2RC9A 4LZ8A 1LLSA 2UVGA 1IUDA 3TQLA 5ITPA 2H5YA 3IOTA 2DE2A 4ZEFA 4NF6A 4ZE9A 4M1VA 3K4UA 1NH7A 3THIA 1ZKBA 2D5WA 2Z8DA 5L9MA 2PT2A 4OFLA 2OZZA 3C35A 5BWJA 1B3HA 2F5XA 4F19A 1USYE 4NF5A 4EQ7A 3UP9A 5CBRA 5AA3A 1SW4A 4DCYA 3M8UA 1JEUA 2ZYMA 3KGCA 5K2YA 3JYRA 3H4ZA 4BDMA 3G7WA 4YMAA 1LB8A 4C1UA 3A09A 1OIBA 4YZZA 2F7CA 4EXKA 2ZNTA 1L5TA 4OMBA 2H99A 3VE1B 3ILUB 1ELJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HHFA 4GX4A 4KPTA 3OMBA 4GWXA 4PAIA 3KZGA 3N26A 3DELB 3EHTA 1H3DA 4O8MA 4MNCA 1S9TA 3IJXB 4DLDA 2KLFA 4UABA 2RC8A 4FBPA 4NX1A 2ONKE 4QFNA 4H67A 1A54A 3MVYA 4PFBA 5J16A 3KN8A 3T9HB 1YXIA 1MDQA 1FTKA 1A7LA 3IJOB 2A5TB 1XOCA 1TWYA 1ZMGA 4POWA 3N5LA 2FIXA 3VVDA 1LBCA 1Y1ZA 4ISUA 4U21A 4YKKA 1OLCA 1DPPA 1JVXA 3G3IA 3A3CA 5BUUA 2ONSA 1D9YA 3B6TA 1LCTA 1Q1KA 2HZKA 4NF8B 3SEXA 4XKNA 1UTBA 3OSQA 3TAJA 2PCRA 1I6BA 2ESNA 1MPCA 4K3FA 5F7VA 1Y3QA 4JWXA 5L8DA 3MP6A 4EQ9A 4POXA 1H76A 3MZBA 5FTIA 3QMFA 4XIGQ 1FJ6A 1HSEA 1MQJA 3M3FA 2F97A 3N6TA 1N7XA 3H06B 4NG7A 1B9JA 4NF6B 4P3LA 2F35A 4ESWA 4X1DA 4DZ1A 4R73A 1LFIA 3RUMA 1NV7A 3TTMA 3C34A 3O2AA 1R9LA 3JZJA 3VV5A 4KCCA 5DTBA 4ELRA 4U4XA 5I57A 5L9SA 3VLUA 1IXHA 1MG1A 1JW4A 4MJOA 4P9KA 3IR1A 1ANFA 4OHNA 3L6HA 2XXYA 4IO3A 4FE8A 3SETA 3TCFA 2OX3A 3U94A 4NF5B 2Q9TA 3TDJA 1DK4A 1EYJA 5H8HA 1VDWA 3SEUA 4P8BA 3MJNA 1A40A 1ZIUA 2XXTA 1AOVA 3HSTA 2GHBA 4EF1A 3TMGA 5ET5A 3GXAA 1EZ9A 3HCQA 3GYYA 2Q74A 2RCBA 4LZ7A 1RDZA 3IX1A 2Q8JA 4G8MA 3V83A 1Z7ME 4KCDA 1B3LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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