3V5AA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with gamma amino butyric acid at 1.44 a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
Knots found
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine Lactoferrin Complexed with Gamma Amino Butyric Acid at 1.44 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 118
structure length 335
sequence length 335
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA02
3M3LA 1N3WA 1ZBMA 1PC3A 1B3EA 3OO8A 1SYHA 5I2KA 1R9LA 1RYXA 3TCFA 3MWBA 4ZZAA 2H99A 3VVEA 4XTCQ 3G3FA 3K6XA 2OZZA 1P1WA 4G68B 3SKPA 4RYAA 1IXHA 2O7UA 4X9TA 3KN8A 4KYSA 4MLVA 1UTHB 3DP6A 5H8NA 1R9QA 4YB6A 3EQ1A 4HW8A 4F3GA 2PT1A 2RCBA 3UP9A 3FVNA 2XXXA 4GXAA 3FJ7A 3FATA 1Q1KA 1S7YA 4GXSB 3GXAA 2ZYKA 3VE1B 4ZZEA 4PE5B 1PEBA 3K1NA 1B32A 4OESA 5FHMA 3TELA 4RPNA 3IO4A 2Y7PA 1S9TA 3JV9A 3PUVE 3CFZA 1H45A 3OELA 1B0LA 3GBAA 5AA4A 1I69A 5BUUA 1OVTA 3JZJA 4FE8A 3OSRA 1QUJA 3R6UA 3UIFA 4ZECA 5CBRA 3KEIA 3IJOB 3V8XB 1BP5A 1VSOA 3PD9A 2RF1A 4JWXA 1QKBA 1LCTA 1FQCA 4M4GA 5TPAA 2V25A 2FYIA 4FATA 1B4HA 3FVOA 4LONB 5TP9A 2UVJA 3H7MA 2GHAA 3PMXA 2OWSA 1IXCA 3FVGA 2A5SA 2V3QA 3MVWA 1JW1A 3N94A 1AMFA 3CR9A 4GVOA 3V5AA 2UYFA 1MY1A 3IJXB 4OHNA 4ZEDA 4OEVA 1J1NA 4AQ4A 2XXWA 1A8EA 4IO2A 3QUJA 1MQDA 3IAZA 5H8QA 3VVFA 4NMYA 3QK6A 2O84X 1XS5A 1FQBA 3T66A 1ANFA 5I58A 4OFJA 1MXYA 3FJMA 1FCKA 3K6UA 3QUFA 3D4CA 3OENA 3TKDA 1DSNA 5DVIA 1N3XA 2NXOA 1SDXA 4LZ8A 2ZNTA 4PP0A 2DE2A 3RY3A 5FHNA 1SW1A 1XOCA 3VVDA 4OMBA 5ITPA 1LAXA 2A5TB 1UQWA 2LAOA 1VFEA 4N07A 2QMXA 3PMVA 3CVGA 3VLUA 2O1LA 1MY4A 2Q89A 3DP8A 1FTKA 4THIA 1B4ZA 2I4CA 3TMGA 1ZLQA 4EF2A 3PGFA 3U8QA 1IITA 2HXWA 2F35A 3TEPA 3IOWA 3SEWA 3PU5A 2VD2A 1QVSA 2ANJA 3MVYA 3SESA 5A5XA 4YKIA 1B3LA 1H43A 2UVIA 1FTMA 2ZNSA 3K1MA 4F2QA 2DE4A 3VFJA 3SEVA 3IR1A 2XXUA 4KCDA 4QF9A 1MPBA 4QSEA 2F7AA 4U21A 2I3WA 1SW5A 4ZEIA 3M3FA 2F7CA 1M5CA 1O64A 2UVHA 1PDAA 4NF8A 4DDDA 3MP8A 4LUBA 4YAHX 4I9DA 3IOTA 2DVCA 2HCAA 3FZVA 1HSEA 4R73A 3TDJA 3W9VA 3H03A 3EF7A 3OSQA 2GH9A 4U1OA 3MPKA 1MXZA 4KPTA 2Q8JA 2CZLA 3E13X 3GZGA 3H6UA 1IXGA 1IEJA 3OOAA 4OQOA 4ZE9A 3H6VA 5CBSA 5CM6A 4F1VA 2Q2AA 3KN7A 5DEXA 4KYDA 1SVXB 4F3PA 1Y20A 1MM7A 5EYFA 4NE4A 1US5A 1PBQA 1Q35A 2D5WA 3I5OA 5ITOA 3CIJA 4P0IA 2PYYA 3RUMA 3KOSA 3BBRA 3USDA 4POXA 5DTBA 1F9BA 2B65A 3O2AA 4HTGA 3V83A 2I6EA 1GV8A 2OJTA 1ELJA 1A7LA 3O29A 4NWCA 1GTKA 3VXCA 4X1BA 1LB8A 3FV1A 3A3UA 4IO6A 4TQUQ 2QS1A 4PFYA 1TT1A 4ONYA 2HQ0A 2O51A 3CI8A 2HEUA 1DPPA 3QXMA 3GBBA 4LP2B 4YB5A 5ICTA 1YTVA 2O69A 4QHQA 1MQHA 1A99A 1JQFA 1UIVA 1B46A 3K6VA 2ABHA 5I57A 1XT8A 1LFIA 2IEEA 3S9EA 2HZLA 2FNCA 2PT2A 4H5FA 1MH3A 3KSJA 3K4UA 3OO6A 4OTEA 5LOMA 3FVKA 5L9SA 1P1UA 3SEXA 3RLFE 3LC8A 4GIZA 2DSFA 3MVXA 5JTYA 3RT8A 2CMOA 3PD8A 3H6TA 1Y1ZA 5I56B 2X26A 3FV2A 1AH5A 3R7XA 4HCYA 1AIVA 4EXKA 4IGTA 2F7BA 4EXLA 4AB6A 2ZNUA 3KJ7A 1NNKA 4U2RA 4HCWA 3G3KA 3PPRA 2NWJA 3TYHA 4DXCA 4NWDA 3WAFA 4ZE8A 1EZOA 5ISUA 1FW0A 5CMBA 4YICA 1P99A 2HAVA 1WDNA 5I59A 2NOOA 2XXHA 4ELPA 2OBGA 3S9NC 4JBZA 4LVQA 3O6GA 4DLDA 1CE2A 1FQDA 4I1DA 4R72A 3E3KA 3PUZE 1LSTA 1UTBA 1OIBA 4PFUA 4RPOA 2DP8A 2F97A 2QS3A 5H8HA 4KCCA 5I2KB 1ZJLA 1MQGA 2B3BA 4E0WA 3N6UA 3N6TA 2HZKA 3KJTA 5K2YA 5F7VA 1QJMA 3MZ9A 3MZ1A 2RCAA 1LFGA 5EHMA 2AIXA 1BTJA 2O68A 1VR5A 1JVYA 3PPOA 4BDOA 3O28A 3U93A 2XXPA 1MM6A 2VGQA 4RJZA 3A09A 3O66A 5I84A 4YMBA 3U1OA 3TTNA 3ZKKA 5H8NB 2O6AA 4OEUA 1MXWA 3CG3A 4F1YA 1LBCA 1OMPA 3SETA 4G68C 4XKNA 4QRZA 3K0VA 4G77A 3KSXA 2H98A 1PB8A 3HPIA 1FTOA 2DE3A 3B6WA 1FQFA 1URDA 1ATGA 4MFIA 4H8IA 4GQOA 2H5YA 1PBPA 1BIYA 1N7WA 3IB1A 4RXLA 2G29A 3BFUA 3PMWA 3C34A 4IGRA 1D3KA 3FJGA 1MXVA 5AA4B 5CMKA 1QW0A 3THIA 1JW4A 3T96B 1EH3A 1Y4CA 2F78A 3DLNA 1JETA 3C9HA 4FAJA 4YKKA 1MQJA 4TLLB 2F34A 5CMCA 3TCHA 4XIGQ 4RK9A 2Y7WA 4FECA 4EUOA 1DPEA 4OZ9A 5TPAB 4NF6A 3Q26A 1B7ZA 4ZEFA 5AA2A 5J1DA 4AB5A 3A3CA 4RY1A 3S2VA 4QFOA 3Q28A 1Z7ME 1B1HA 5KZTA 2X7PA 2Q88A 5TU0A 5I2NB 3FIRA 1DTZA 3LSFB 2E0SA 1NH8A 4RK2A 2RC8A 5CRYA 3DELB 1US4A 2DWAA 1MY3A 1N84A 2QL3A 4DE8A 5H8FB 5H8QB 1JW5A 1ZU0A 3TQWA 4BDQA 3U72A 5HPQA 2WKYA 3H6WA 5I58B 3OO9A 1ZKBA 1HSJA 5FTIA 2XXVA 4C0RA 1URGA 5KCJA 3IL1B 5AA1A 2O1MA 2UXAA 2OWTA 3PV0E 5B70A 4F2OA 3ILUB 2DVZA 1H44A 2VOZA 3OEMA 3KBRA 5AA3A 4KYEA 4N6PA 1B3GA 2I0CA 2YLNA 2DXYA 4XKRA 3K1PA 3MVZA 1B1XA 1R1NA 1B51A 5FTHA 1LAGE 1OLCA 4U4XA 3W15C 1QUKA 1EZ9A 3IB2A 2Y7KA 3TODA 3OMBA 2NUVA 3IX1A 3UORA 3G7WA 3QIMA 2YJPA 5A5XB 4LQ5A 3R26A 4ELRA 1M5BA 1MDQA 4GL0A 1PB9A 3EHUA 4NF5A 4GL8A 4G8NA 1LCFA 4TOZA 4XKQA 4GLIA 1FTLA 2IA4A 2GFEA 4KHZE 1M5DA 3MC2A 1XHYA 2P0SA 3HHFA 3HHGA 4I62A 3ECRA 3S9LC 4U1ZA 1MH4A 4JWOA 3RTWB 3B7DA 4TLMB 1IQ7A 1BKAA 3HCQA 2F5XA 3LR1A 4GD5A 4NF8B 3K2DA 5HBCA 4DCYA 4NF4A 3VV5A 3EPEA 4F3SA 2YPNA 2RC9A 3FUZA 5JK4A 1B58A 1FQEA 1CB6A 4MF3A 3C35A 1KWHA 2PVUA 4GRKA 2O7IA 1USYH 4G2ZA 1MPCA 4OWDA 4Q8RA 3TTRA 3Q29A 3T93B 3ZS6A 2AL4A 3RT6B 2E1SA 3LUYA 1GGGA 4FEDA 4NTLA 4N13A 4QSCA 3MZBA 4WEPA 2NVUB 1Y3NA 3KN3A 4PFTA 3DM0A 3HN0A 3IB0A 3TUSA 3VLWA 1NFTA 3TZAA 1H3DA 2ESNA 4R6HA 3C33A 3HSTA 3QAXA 1MRPA 4LATA 4O3AA 1MDP1 2UVGA 4YZZA 4H8JA 4ZDMA 4U23A 4IB2A 4YKJA 2PMSA 4H67A 4FEBA 4GFRA 5DYHA 3O6HA 3TFLA 4G8HA 2OK2A 2M8CA 2P2AA 2AL5A 3PPPA 3TCGA 1QULA 3MBPA 3M8UA 5KDTA 3T22A 1L5TA 4HS7A 2DXRA 3T9HB 5I57B 4F19A 4H6DA 3MJNA 2XHDA 3ILTB 2XX8A 1AL3A 4EDPA 4Q0CA 1B5IA 4K3FA 2BJJX 4OENA 1T0KA 1OVBA 4BDNA 4OYVA 4WXJA 3VLVA 1B2HA 1B05A 1BLFA 1O63A 3O9PA 3U92A 4F39A 4MBPA 1Y4TA 4UACA 1D9YA 1Y3PA 1SYIA 5ELVA 3CRBA 5JTYB 5HM4B 5IAIA 3ODBA 4GOTA 3EHSA 3UK4A 3VXBA 1LFHA 2DYXA 1SW2A 3E4RA 3IOVA 3MQ9A 2B3FA 4PQJA 3AXFA 2F6PA 5AA2D 3FGSA 3H4ZA 4XKPA 1A54A 3CG1A 2AYSA 1M5FA 4ISUA 2R6GE 2RINA 4MLQA 1OLAA 2ONRA 4YKPA 1WODA 1I6AA 1N76A 3N5LA 2ZMBA 4Z0IA 2ALUA 2ZYNA 5AE4A 1QUIA 3FXRA 3SERA 3WAEA 4YU0A 4QFKA 5BWJA 3Q27A 2F6GA 3C31A 5I59B 4POWA 4YMAA 4EQ9A 2ZYMA 4LA9A 1OQGA 4BDRA 3E9XA 2I3VA 1B5HA 4JSDA 1UTBB 2R71A 1UIUA 3K00A 2QS2A 4G68A 5H8HB 2XD3A 3LSXA 4H1XA 2VP1A 3MAMA 3FXQA 4P11A 4X1DA 2FA7A 4F29A 1VE4A 1UTHA 1POY1 4H0WA 3RGYA 3MPLA 4R74A 1MY2A 3VDFA 3LSLA 1YCJA 3UGWA 3FXUA 2XX9A 4R2BA 3V89B 2Y84A 2G93A 1LLSA 4EQ7A 4OERA 1RKMA 5L9MA 3G3IA 4L17A 3EN3A 2Y7RA 4U22A 1PB7A 1N7XA 2XXRA 3KFMA 1IIWA 2F8DA 1B7HA 1DMBA 2DOJA 3BFTA 4F31B 1SD3A 4KQPA 2ZYOA 1EZPA 4OFOA 4Z7EA 1A8FA 1LB9A 3K6WA 2OLBA 1A40A 4C1UA 3G3HA 5H8SA 3SDFA 4IO3A 4Q30B 2F36A 1S50A 4ESWA 2DS9A 1JNFA 2QPQA 4ZEKA 1LAFE 3K02A 4M1VA 5TP9B 2GHBA 1TFDA 4H5GA 3Q25A 4F3BA 3H3GA 4NF6B 3UN6A 3G3GA 1HSLA 3FD3A 5AA2B 4EF1A 3ZSFA 1XC1A 5B7DA 2Q9TA 5L9OA 1Y9UA 3PUXE 1XVYA 5I2NA 1OQHA 2D3IA 2DQVA 2ZXTA 3TAJA 2XXIA 1SI1A 4ND9A 4MH5A 4DXUA 5H8FA 4IO5A 1P1NA 1LGBC 1NNPA 2PBWA 3U94A 2W7YA 3QYTA 1O7TA 1B40A 3LBSA 3RPWA 1RYOA 1NNTA 3UA8A 1IUDA 1Y1MA 2GRVA 1MXXA 3L6HA 1II5A 2X7QA 3PPNA 3I6VA 3K01A 2OCUA 3KZGA 2Z8FA 2XXTA 1FTJA 1D4NA 2V84A 3PPQA 2A5TA 4KR5A 5KCJB 1B52A 4PETA 1MXUA 2XX7A 1IXIA 4F22A 4ELOA 5DT6A 3KG2A 1WVJA 2R9JA 4OVJA 2KLFA 4OETA 1P1QA 3CSBA 1B5JA 3MP1A 2THIA 2QSXA 1B0HA 3IK6B 4R75A 4EQBA 3MW0A 3MP6A 3MUQA 3JYRA 2H4IA 2XXYA 4OFLA 1MS7A 2UYEA 4FJPA 4LQ2A 3B6TA 4GWOA 4IO4A 2ONSA 2Z8EA 1IZ1A 3N26A 3TTLA 4JDFA 4RA1A 2I58A 3CFXA 4DZ1A 3TPAA 4XXUA 3S9MC 3I3VA 4X48A 1EU8A 2DWJA 3P7IA 3H06B 4ELQA 1VFDA 4LZ5A 3C4MA 3PUWE 4JB7A 4IY5A 3IOUA 5F1QA 4BDLA 2DWHA 4NF5B 3W9WA 3TQLA 2PX1A 2Q2CA 4E0XA 5JEIA 3G3JA 4JWYA 4F18A 3L6GA 3RN8A 3SEYA 4DCXA 1P1OA 4QSDA 4R6KA 4Q5TA 4G8MA 3T9VA 2Z22A 2ONKE 2REGA 2VD3A 3OD7A 4R2FA 4NF4B 1D9VA 4LZ7A 2QJEA 2V93A 4R6YA 1ZIUA 3OEKA 4ZS9A 1SQYA 3C36A 3GLBA 4FORA 4GF8A 3O6IA 4QFPA 3RNNA 1B7UA 2I0BA 5FHOA 1Z7NE 1ZMGA 5CC2A 4F1UA 1AOVA 3CSGA 4QFLA 5DEXB 3IO6A 2VHAA 1SW4A 1JVXA 1YAEA 2Z8DA 5DVJA 5EHSA 3B6QA 1LBBA 5CI5A 1DOTA 3RTFB 1NMUA 4QFNA 3FASA 3T9XB 4JSOA 3T9UA 3ONMA 4WKMA 4DIGA 1MPDA 3DP4A 3M3KA 3SEUA 3LSWA 1I6QA 1USYE 4ZEBA 4BDMA 1NKXA 4H65A 4IY6A 3QSLA 3D4GA 4KD5A 4WEDA 1B3FA 1B6HA 1YPNA 3C32A 1Y3QA 3KGCA 4BLAA 3PUYE 5M2VA 1SBPA 1TFAA 3OXNA 1MG1A 1NNFA 2Y7IA 1GVCA 4KFQA 3IORA 4O3CA 2Z23A 3ZKLA 1LAHE 1M5EA 1JEVA 2RC7A 1H76A 1JEUA 1TWYA 3F11A 4PFWA 5CMMA 3EHTA 5KDTB 1FQAA 2HFBA 1R6ZA 4YB7A 2I48A 3BKIB 2REJA 2H25A 2HAUA 2V3UA 1NL5A 1N04A 2H9BA 1NH7A 1MQIA 1N0TA 3TTKA 1DTGA 5L8DA 2DWIA 2XD2A 1B9JA 1QKAA 1B3HA 3TTMA 4C1TA 1MY0A 5I56A 2QS4A 4DXBA 3HO7A 2RKMA 5DVFA 4OXVA 3CFLA 4ECFA 2I49A 4O3BA 4R9GA 4U4SA 4UA8A 3O97A 1POTA 4JXIA 4P0GA 4I8CA 1TXFA 2D21A 3S4UA 4RNSA 3RQTA 1ZTYA 1URSA 4G4PA 4R9FA 2XXQA 5IKBA 1SI0A 1XVXA 3HV1A 4KI0E 3OO7A 3KOTA 2P1SA 1GR2A 5K2XA 4IO7A 1A55A 2QRYA 4NEDA 4FIMA 1I6BA 2QMWA 5ICQA 2V3TA 4ESXA 2I4BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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