3V5AA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with gamma amino butyric acid at 1.44 a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
Knots found
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine Lactoferrin Complexed with Gamma Amino Butyric Acid at 1.44 A Resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 118
structure length 335
sequence length 335
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA02
4N13A 4UA8A 2O51A 3IK6B 3PMVA 3H6WA 1Y9UA 4X1DA 4U21A 3VXCA 2LAOA 2RF1A 1B3HA 1CB6A 3UP9A 3C34A 3A09A 2DOJA 1LAXA 5I58B 2DSFA 2PVUA 3PV0E 3MJNA 2QMWA 2Z8DA 1SVXB 4NF6B 2YPNA 3WAEA 4JDFA 4QRZA 3KOSA 4PP0A 2OZZA 2IEEA 1FQAA 3M3KA 3C4MA 1YTVA 2ZNSA 1N3WA 3EN3A 3PPRA 4H5GA 4U4SA 4FJPA 1SYHA 5L8DA 1UIUA 3HV1A 3KBRA 3SERA 2FYIA 5CC2A 3LSFB 1M5CA 2Z22A 5F7VA 5J1DA 3DLNA 3VXBA 3RT8A 1I6QA 4ONYA 1VFEA 1T0KA 3RLFE 2DWIA 1MQGA 2NXOA 1B05A 3IO6A 5FHMA 4X9TA 2NOOA 2PX1A 3TKDA 3FATA 3HO7A 1AMFA 5DT6A 3FXQA 1P99A 2IA4A 5H8QB 2OJTA 4H0WA 1USYE 3RT6B 1AOVA 3M8UA 2BJJX 2QJEA 3O2AA 4G2ZA 4OFLA 4Z0IA 1OLAA 3LSXA 5ICTA 3SEWA 1H45A 2G29A 1XT8A 1DPPA 4GVOA 3VLUA 2QL3A 2ZYKA 4IY5A 3SKPA 5H8FB 2OBGA 3EHUA 1A7LA 5FTHA 4ZE9A 1LSTA 1BLFA 2DE2A 5AA4A 2XXUA 1O63A 3TCGA 2QPQA 4R2BA 1P1QA 4X1BA 1URSA 2I0BA 3G3JA 3MP8A 4F3SA 5A5XA 5BWJA 3T22A 2XXTA 3O6GA 2F97A 3QIMA 4BDRA 4P11A 1MXYA 4FIMA 2KLFA 4QSEA 3SEUA 5CMCA 3C9HA 3HHGA 3OELA 3VDFA 1UTHA 2AL4A 3FUZA 2I3VA 4PFYA 2R9JA 5ITPA 4DLDA 4ZECA 4YB6A 2REGA 2NWJA 3OO8A 4R9FA 2VD2A 4IGRA 4U23A 3TDJA 5BUUA 3MWBA 2DQVA 2XXVA 4QFOA 3RY3A 1AH5A 2F8DA 3H6UA 2Q2CA 1DMBA 3VE1B 1POY1 3KZGA 4GFRA 1FTKA 3L6HA 5TP9B 2QS3A 3BFUA 3PUZE 3BFTA 3PD9A 3MPLA 1IIWA 3DP8A 4OVJA 1N7XA 3CSBA 3SESA 2XXXA 4GWOA 4F29A 1N76A 4C1UA 1B9JA 3GBBA 1JNFA 2HXWA 1MQHA 2Q88A 3PPNA 3B6TA 3U94A 4R6YA 2O68A 4GXAA 1Q1KA 2ABHA 3V89B 1NFTA 2G93A 3T66A 3KG2A 4I8CA 3V8XB 1QUJA 3OD7A 4ESXA 3TYHA 3EPEA 3ZS6A 4F2OA 2F7AA 3O97A 1J1NA 4TQUQ 4NF8B 5AA2B 2DE3A 1URDA 3SDFA 4DXBA 5I57A 3HSTA 4XIGQ 4P0GA 4LVQA 4QFKA 1RKMA 4PQJA 1SW1A 3UK4A 4BDLA 1SQYA 2GRVA 5H8NB 3O29A 3B7DA 4OETA 2Q89A 1WODA 4OQOA 3V5AA 1VFDA 4KI0E 2F7BA 3N6TA 4FE8A 2Z23A 5DEXA 3IB2A 1AIVA 4FEDA 3S2VA 4LZ5A 5CRYA 4JSOA 4BDQA 5H8HA 2THIA 3VFJA 4EF2A 5ISUA 4ND9A 1Y20A 1UIVA 3S9LC 3RQTA 4MLQA 3T96B 4YMBA 4EDPA 3DM0A 2QS1A 1PBPA 3K0VA 3UGWA 3H3GA 3S9NC 1RYXA 3LUYA 3PMXA 2H99A 1A8EA 5I2NA 2H5YA 3JYRA 4Z7EA 2DS9A 4LP2B 3UORA 3TPAA 4FORA 4DIGA 2ONSA 4GRKA 4KCDA 2OK2A 1OQGA 4LQ5A 1R6ZA 1VR5A 2ZNTA 1LLSA 1Y4TA 4FATA 1NL5A 1UQWA 2FA7A 1N0TA 4C0RA 3IORA 4IO6A 1SW2A 3N94A 5KZTA 1FCKA 3V83A 4XKRA 4F1UA 3PD8A 1XHYA 2XD2A 2O6AA 1MDP1 1ZIUA 4XKNA 3TTRA 3CVGA 4TLLB 3SEXA 4Q30B 3S9EA 1FQDA 1US5A 4H8IA 3R26A 1LGBC 2Q9TA 2V93A 3T9HB 3QXMA 1MY4A 4YKJA 4HCYA 2F35A 4KYDA 2D21A 4H6DA 1B5JA 3JZJA 4YAHX 3OEKA 2XXWA 1DSNA 4WEPA 3TODA 4OYVA 3RN8A 4POWA 4YB5A 3UN6A 1B6HA 1NH7A 1UTBA 3PUWE 3GXAA 3OO9A 1EZPA 2V3UA 5I58A 3BBRA 1B3EA 1Q35A 4GQOA 1M5FA 4TOZA 5JTYB 3ONMA 2O7IA 1FW0A 2DYXA 2X7QA 3HN0A 4RXLA 2O7UA 2D3IA 3G3IA 2B65A 4F1YA 3OOAA 3U92A 3OO7A 4QF9A 1EU8A 1S50A 4KHZE 1IUDA 2F34A 3MZBA 4QFNA 5IKBA 4O3BA 4H67A 2A5SA 4G8HA 3FXRA 2XX8A 4F39A 1D3KA 3OSRA 4I62A 3H6TA 1MXZA 1PB9A 1B52A 1JVXA 4NE4A 3PUYE 3JV9A 2PBWA 1MXVA 2X7PA 1AL3A 1PEBA 3PGFA 4HW8A 2UVGA 3LC8A 3A3CA 1H44A 4ISUA 2R6GE 3I6VA 3IL1B 3LSWA 1B32A 2CMOA 4IY6A 1MG1A 4QHQA 4XTCQ 5HM4B 1TXFA 4N6PA 3KSJA 5H8QA 4IO3A 4F31B 4THIA 4ELPA 1MM6A 4KYEA 1VSOA 4ZE8A 1XOCA 5CM6A 4YZZA 5AE4A 3FVNA 1ZBMA 5LOMA 2PT2A 4NTLA 3FD3A 4ZDMA 4KPTA 1ZMGA 5I84A 2UVIA 3E3KA 3IR1A 2VHAA 1NNPA 4G68B 2R71A 5JK4A 1IZ1A 3P7IA 5M2VA 4EXKA 1B7ZA 1A54A 3W15C 1LB8A 1MY3A 1MY1A 5KCJB 3KOTA 3D4GA 1B5HA 1QW0A 4ECFA 4TLMB 5I2KA 4RK2A 4HTGA 1SYIA 2RC8A 2I6EA 2VOZA 4GLIA 4OFJA 5AA1A 3KN8A 4ELQA 4G77A 3FV2A 3K1MA 2F78A 3MP1A 5FTIA 3ECRA 1Y3NA 1OIBA 4DCXA 2XXRA 4R73A 4R9GA 4LATA 5TPAA 1DPEA 1F9BA 3G3HA 3C36A 1ATGA 1LBBA 4EQ9A 4K3FA 3RTFB 4RYAA 4WEDA 4YICA 1A99A 4AB5A 1MH3A 4JWYA 3N6UA 3O66A 3CG1A 2I4CA 1B46A 3TTLA 1IXGA 4PE5B 4DE8A 5B70A 4DXUA 3RPWA 3CRBA 2I4BA 2UYFA 3FJGA 4MBPA 1PB8A 4RY1A 4GXSB 1PBQA 2F36A 3BKIB 1Z7ME 3G3FA 2A5TB 4RA1A 4F3PA 3KJTA 3ODBA 3KGCA 2PT1A 1MY0A 4RJZA 1TT1A 5TU0A 4RPOA 1Y1MA 1JW4A 4WXJA 4NF4A 1NKXA 4OEVA 1MPDA 1JEUA 4AB6A 3MZ1A 1IXIA 3PPQA 3K6VA 2ZYOA 5AA2A 1B4ZA 1I6BA 1LCFA 1B4HA 1QVSA 1H76A 2NUVA 3CR9A 1HSJA 1ELJA 4YMAA 1B1XA 1TFDA 4YB7A 2HZLA 3KSXA 1EZ9A 3OXNA 3VVDA 3LSLA 3MVWA 4O3CA 1JQFA 4F18A 1XVXA 2P2AA 5AA3A 3FJ7A 1M5DA 5F1QA 4FECA 4F2QA 5L9OA 3FVGA 2M8CA 3ILTB 5K2YA 4JSDA 1R1NA 1NNFA 2Y7KA 2QSXA 2XXIA 1UTHB 3K02A 4G8NA 4P0IA 4MLVA 3C35A 2W7YA 4F3GA 1NNKA 4EF1A 4KFQA 3TTKA 1JEVA 4XKPA 4LZ7A 2DE4A 2X26A 3U1OA 5CMKA 4R72A 5CMMA 2P1SA 1SW4A 2QS4A 3MZ9A 1M5BA 1QULA 2OCUA 4ESWA 1ZKBA 4U1OA 2GHBA 5I56A 1FQFA 5DVIA 2P0SA 2ZXTA 4R74A 4RPNA 4KD5A 2I3WA 3FVOA 1A55A 3Q26A 5JEIA 3TMGA 5DYHA 1OLCA 4QFLA 3CIJA 4FEBA 2Y7WA 1YPNA 2ZNUA 5HPQA 1DOTA 2RKMA 4HCWA 2XXHA 3CFXA 1QKAA 1URGA 1MRPA 1B3FA 1MXUA 3FASA 3C33A 5DVFA 4EQ7A 1LBCA 5CI5A 2XX9A 4QFPA 3TUSA 1H3DA 3O9PA 1H43A 3QUFA 3G3GA 4GF8A 2ALUA 4UACA 2DWHA 1MQDA 3K1PA 3FXUA 1MQJA 1IEJA 3PPPA 3Q28A 1FQBA 4JBZA 1DTGA 1N3XA 3CI8A 5KDTB 2UVHA 1ANFA 5FHOA 1B58A 2I48A 4JWOA 1B3LA 4L17A 4YKKA 4OHNA 4IO4A 4MFIA 3VLVA 4LONB 3UIFA 3H03A 3FZVA 1MXWA 5ITOA 1LAFE 5H8HB 5DTBA 2RINA 3UA8A 3FGSA 1HSEA 1IXCA 2H4IA 4YKPA 1OQHA 5CBSA 3RTWB 4BDMA 4BLAA 4JXIA 3W9WA 1S9TA 3MVYA 3VLWA 3QUJA 1EH3A 1LFGA 2RC7A 4C1TA 2OWTA 2QRYA 4F19A 1B7UA 3QAXA 4LA9A 2HAVA 4O3AA 4G4PA 3DP6A 4M4GA 2PYYA 5K2XA 3OMBA 4F1VA 4NF6A 4ZZEA 4GOTA 3LR1A 1JW1A 5AA2D 3TTMA 4N07A 3SEVA 3KN7A 4KR5A 3L6GA 4MF3A 4OESA 2O69A 5EYFA 2XD3A 4ELOA 1O7TA 3I3VA 4AQ4A 1FTMA 1GV8A 4RK9A 3EF7A 4QSCA 2HAUA 2HFBA 2FNCA 3OO6A 3QSLA 3SEYA 3CFLA 4LZ8A 1L5TA 5KCJA 4GL0A 4XXUA 4OEUA 1QUIA 3MVXA 4EUOA 1SBPA 4Q8RA 1QUKA 2UYEA 4NF5B 4R75A 2DXRA 3CG3A 2DVZA 5CMBA 1TWYA 3PUVE 4U2RA 3IOVA 2ONRA 2ANJA 2F6PA 4NEDA 1MPCA 3PUXE 4JWXA 1UTBB 1M5EA 1P1NA 2H25A 4H1XA 2Y7IA 1I6AA 4KCCA 1ZJLA 1MM7A 2XXQA 1OVTA 3FIRA 2GHAA 3MBPA 3KFMA 3KEIA 3OENA 5EHMA 5H8FA 2B3FA 2DVCA 3K6UA 2F5XA 1EZOA 4KYSA 3K6WA 3M3FA 2E1SA 3FVKA 4G8MA 5I59B 5EHSA 3M3LA 2GFEA 2Q8JA 1PDAA 1N84A 2A5TA 1GVCA 3B6WA 3IJOB 1MY2A 3T9UA 1MDQA 3VVEA 2OWSA 3MPKA 1B51A 3EHSA 3TAJA 2V3TA 3TZAA 2O1MA 3I5OA 3TQWA 2ZYMA 3EHTA 4EQBA 1R9LA 3F11A 1PB7A 4R6KA 4H5FA 3USDA 1B40A 2Y7RA 2YJPA 2Q2AA 1IXHA 3SETA 1WDNA 3MAMA 3R7XA 1Y1ZA 1GGGA 1SW5A 5IAIA 1B2HA 5H8SA 4ZEIA 2HQ0A 1YCJA 1XC1A 3T9VA 4ZZAA 4OWDA 3H4ZA 5TP9A 3R6UA 3U72A 3Q27A 1BIYA 2HEUA 1Z7NE 1ZU0A 4U4XA 1N7WA 2I58A 1Y3QA 1QJMA 3ZKLA 3IOTA 4KQPA 2Y84A 4Q5TA 1NH8A 4R6HA 4WKMA 2O84X 4NWCA 3TFLA 4R2FA 1ZLQA 1DTZA 1JVYA 5I2KB 3N26A 3D4CA 1JW5A 1HSLA 4HS7A 3DP4A 2F7CA 3IOWA 4LUBA 2REJA 3H7MA 1GTKA 1NMUA 3VV5A 3FJMA 4NF8A 2RC9A 4MH5A 3GLBA 4I9DA 4PFTA 3IO4A 3PMWA 3HPIA 3WAFA 3IJXB 4RNSA 3PPOA 5CBRA 3MUQA 5TPAB 5H8NA 3TEPA 2HCAA 3TQLA 3GZGA 2WKYA 2V3QA 3EQ1A 4ZEBA 3MVZA 4BDNA 3MP6A 2VP1A 5AA4B 2AYSA 3RUMA 1QKBA 2V25A 4X48A 5B7DA 3KN3A 3G7WA 3ZKKA 5A5XB 3LBSA 2I0CA 4GL8A 2XX7A 3B6QA 4H65A 1WVJA 1BTJA 1US4A 3K6XA 3OSQA 2DP8A 3IOUA 3TELA 4YKIA 1B0LA 3Q29A 2XHDA 4F3BA 4IO2A 1LAGE 4GIZA 4IB2A 1CE2A 3OEMA 4DCYA 2E0SA 3DELB 4NF4B 1OMPA 4NWDA 2RCBA 4QSDA 3K2DA 3GBAA 2H9BA 2ZYNA 4FAJA 3HCQA 2XXPA 1Y4CA 1P1OA 4BDOA 1USYH 3U93A 4DZ1A 4E0WA 4IGTA 2QMXA 1SI1A 2I49A 1P1WA 1B1HA 1A40A 5KDTA 4XKQA 1FTLA 3E4RA 1GR2A 4OENA 3QYTA 3KJ7A 3A3UA 4PETA 3TTNA 1BP5A 3K1NA 1R9QA 1N04A 1I69A 1SD3A 1O64A 5HBCA 2ZMBA 3MQ9A 1D4NA 1OVBA 4YU0A 3H06B 2ONKE 1FQEA 4U1ZA 3W9VA 2F6GA 2DWJA 3CSGA 4OZ9A 3MC2A 2OLBA 1MQIA 2HZKA 3MW0A 2Z8EA 5ICQA 4H8JA 1FTJA 5I57B 1SI0A 1LCTA 3ILUB 4NMYA 4OERA 2NVUB 1MS7A 3QK6A 3VVFA 2PMSA 2ESNA 1MH4A 1S7YA 4OTEA 4PFUA 4I1DA 2CZLA 4ELRA 1KWHA 1IQ7A 5JTYA 3T9XB 5I56B 1SDXA 4ZEFA 1TFAA 4JB7A 3FV1A 4F22A 1II5A 3K00A 4ZEDA 3U8QA 5L9MA 3TCHA 5L9SA 5DEXB 1MXXA 4OFOA 1JETA 1LB9A 3C32A 4IO5A 3THIA 3G3KA 2O1LA 1NNTA 2AIXA 3E9XA 2V84A 2QS2A 1BKAA 1B7HA 1LAHE 3IAZA 2DWAA 2GH9A 1P1UA 2H98A 1B3GA 5I2NB 5DVJA 3AXFA 1RYOA 4M1VA 4Q0CA 3O6IA 1D9VA 2YLNA 4IO7A 3TCFA 1B0HA 2VGQA 2B3BA 3N5LA 4NF5A 4ZEKA 3O6HA 1IITA 2D5WA 2Y7PA 3K01A 1ZTYA 1PC3A 1FTOA 1XS5A 2DXYA 3IB1A 4GD5A 1B5IA 1A8FA 1LFHA 3HHFA 3PU5A 2RCAA 1POTA 4ZS9A 3C31A 4OMBA 1LFIA 4POXA 3H6VA 2UVJA 3S4UA 1YAEA 4G68A 2XXYA 2UXAA 3E13X 2AL5A 3T93B 3ZSFA 4PFWA 5I59A 3RNNA 3IX1A 4DDDA 4DXCA 3S9MC 4G68C 2Z8FA 5ELVA 1MPBA 4E0XA 1D9YA 2VD3A 3IB0A 3Q25A 3O28A 4LQ2A 4OXVA 5FHNA 1FQCA 3CFZA 4EXLA 1XVYA 4U22A 3K4UA 1Y3PA 3RGYA 1VE4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N13A 4UA8A 2O51A 3IK6B 3PMVA 3H6WA 1Y9UA 1FBEA 4X1DA 5ET5A 4U21A 3VXCA 2LAOA 5T3JA 2RF1A 1B3HA 1CB6A 3UP9A 3C34A 3A09A 2DOJA 1LAXA 5I58B 2DSFA 2PVUA 3PV0E 2FIEA 3MJNA 2QMWA 2ZZXA 2Z8DA 5LTCA 1SVXB 4NF6B 2YPNA 3WAEA 4JDFA 1XI6A 4QRZA 3KOSA 4PP0A 2OZZA 2IEEA 1FQAA 3B8BA 3M3KA 4N6DA 3C4MA 4I40A 1YTVA 2ZNSA 1N3WA 3EN3A 3PPRA 4H5GA 1RDZA 4U4SA 4N6KA 4FJPA 1SYHA 5L8DA 1UIUA 3HV1A 3KBRA 3SERA 2FYIA 2GQ1A 5CC2A 3LSFB 1M5CA 2Z22A 5F7VA 5J1DA 3DLNA 3VXBA 3RT8A 1I6QA 3LV0A 1D9QA 3IFAA 4ONYA 1VFEA 1T0KA 4GX3A 3RLFE 2DWIA 1MQGA 3ROJA 2NXOA 1FPDA 1B05A 3IO6A 1FBHA 4OANA 5FHMA 1IMFA 4X9TA 1INPA 2NOOA 2PX1A 3TKDA 4NF0A 3FATA 3FBPA 3HO7A 1AMFA 5DT6A 4AS4A 4GWYA 3FXQA 1P99A 2IA4A 5H8QB 4GBVA 2OJTA 4H0WA 1USYE 3RT6B 4KXPA 3RPLB 1AOVA 3M8UA 2BJJX 2OX3A 2QJEA 3O2AA 4G2ZA 4OFLA 4H46A 4Z0IA 1OLAA 3LSXA 5ICTA 4UABA 3SZPA 3SEWA 1H45A 2G29A 1XT8A 1DPPA 4GVOA 3VLUA 2QL3A 2ZYKA 4IY5A 5H8FB 3SKPA 2OBGA 3EHUA 1A7LA 5FTHA 4ZE9A 1LSTA 1BLFA 2DE2A 4NHBA 5AA4A 4NQ8A 2XXUA 1O63A 4P47A 3TCGA 2QPQA 4R2BA 1P1QA 4X1BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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