3V89B

The crystal structure of transferrin binding protein a (tbpa) from neisseria meningitidis serogroup b in complex with the c-lobe of human transferrin
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
339
structure length
339
Chain Sequence
DECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transferrin-binding protein A
molecule tags Membrane protein/metal transport
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
total genus 89
structure length 339
sequence length 339
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v89B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v89B02
1B3FA 5I57A 2OBGA 4H1XA 3O9PA 2R9JA 1GR2A 3OOAA 4OFOA 3K6WA 2XXRA 4NF5B 3FXRA 2FYIA 3E9XA 1B2HA 4MLVA 3KFMA 1P1OA 4PETA 4TLMB 4ZECA 4F22A 4DXBA 3TUSA 4BLAA 1IUDA 2YJPA 1SDXA 4ZDMA 2F6GA 3GBAA 4NWDA 1AH5A 3KSXA 2I48A 4F18A 1P99A 4THIA 2ZYKA 2O6AA 4QFOA 4ESXA 1MY2A 4X48A 2HAUA 3SETA 4GL0A 3B7DA 1LCFA 4IGRA 3PD8A 2DXYA 3C4MA 4XKPA 4ESWA 5DTBA 1MY1A 1B7HA 2W7YA 3O66A 5DVIA 5FTIA 2PX1A 2PBWA 5L9SA 2F34A 2DQVA 4OENA 1UTBB 4GXSB 3IK6B 4YAHX 4QSDA 2QL3A 3THIA 2XX8A 3DP6A 2M8CA 4E0WA 4IGTA 1MH3A 1YAEA 1OQGA 2HAVA 3KJTA 4IO6A 5JTYB 2DE3A 2I0CA 2QMWA 2VP1A 3MVWA 3PPQA 3DP8A 3R26A 3PUWE 2VGQA 4JSDA 3G3IA 3C33A 5K2YA 4DIGA 4EQBA 1D3KA 4G77A 1Y9UA 3TAJA 2I0BA 3O6IA 3BBRA 1I69A 1IXCA 3EHTA 4LQ5A 1QKAA 4RNSA 1B32A 2I49A 1HSLA 1IIWA 3SEUA 1EZPA 3LBSA 4XKQA 3SDFA 5IAIA 1LLSA 1IXIA 3VXCA 1FQAA 5K2XA 5TP9A 4IO7A 4H0WA 1LSTA 2OLBA 2H98A 3MZ9A 4TOZA 4YKIA 2PYYA 2ESNA 5KZTA 3Q25A 5TU0A 4ZS9A 3KSJA 2UYEA 1LFGA 1D9YA 3U72A 3VFJA 4GVOA 4BDOA 4OMBA 5CM6A 2F97A 4M1VA 1ATGA 2QS3A 3G3JA 2UVJA 3HPIA 2X7PA 2REJA 3TTLA 4RY1A 1B1XA 3O97A 3PD9A 1OVTA 3FGSA 2UVIA 1DPPA 4F3GA 4DDDA 4LZ5A 4JWXA 1UTHA 1BKAA 4GXAA 4FIMA 1PB7A 3SKPA 2ONRA 3KN8A 4U4XA 2I3VA 2XXQA 1R9LA 3FATA 2O84X 1FQBA 2ZXTA 4I1DA 4KCDA 4ONYA 1MXXA 1OLAA 4R9GA 3QK6A 2X26A 1MDP1 4R2FA 4GQOA 1B9JA 4F3BA 3OENA 5KCJB 4GL8A 4FAJA 3N26A 2IEEA 4QFNA 1BIYA 3MUQA 2FNCA 1JVYA 1NNPA 1TXFA 5A5XB 1USYE 3I6VA 4NF4A 1YPNA 1PB9A 3KOSA 1S50A 3TYHA 3GZGA 2ANJA 1HSJA 5H8QB 4H5GA 4NEDA 1IQ7A 1QKBA 2OJTA 4ZE8A 3TCHA 2H25A 3C36A 3C35A 3D4GA 1DTZA 3N6TA 2B65A 1M5FA 1SYIA 3H6WA 5B70A 3KEIA 1MPBA 4QSCA 4AB5A 1N76A 1LBBA 1JETA 4YKPA 4ISUA 4KYDA 4XTCQ 4RA1A 2ZYOA 3IR1A 4PFUA 2I4BA 4G8MA 3K6UA 3G3HA 1L5TA 2Q89A 1OLCA 1A8FA 3KBRA 1B3GA 3TTNA 1MPDA 3MJNA 5H8HA 1P1NA 3FIRA 1ZTYA 4POXA 3OO9A 2RC7A 3U93A 1XS5A 5KDTA 3MP8A 5I2KB 1DPEA 3SEWA 4AB6A 1XVYA 3PMVA 2O69A 4OQOA 2DS9A 1FTMA 3TODA 4DXUA 5H8SA 3T9VA 3UK4A 1ZKBA 2H99A 4M4GA 1PBPA 3MVYA 4WEPA 3EHUA 2OZZA 4QRZA 5J1DA 4FE8A 4U21A 3MPLA 2XXWA 5ICTA 2DVZA 1NH7A 4G68A 2DWJA 4GOTA 3VDFA 2Q8JA 4MLQA 3IORA 2DYXA 1B58A 3RGYA 1JW1A 1IXGA 4NF6B 3UORA 3EQ1A 4NF5A 3VLUA 1MQHA 1SQYA 1MQDA 1ZLQA 3OO7A 4IB2A 4OWDA 3D4CA 4O3CA 1FQFA 3T93B 2O7UA 2UVGA 3Q29A 3DELB 3RT6B 5AA2B 2OK2A 3H7MA 4L17A 3MWBA 3K4UA 2V25A 2UYFA 1B52A 1POY1 4QFKA 2V3QA 3K6VA 5CI5A 2HFBA 2XX9A 3G3FA 4C1TA 1JW5A 4U1ZA 1MXVA 2XXUA 1Y20A 3CG3A 4OFJA 4O3BA 4IY5A 4R75A 5ICQA 5CBRA 2X7QA 1URGA 4ZEDA 3QUJA 1NKXA 1MRPA 5FHMA 3FZVA 1VR5A 3ODBA 4RK2A 3O6GA 3QXMA 3RNNA 4H5FA 3S9EA 4R6KA 1MXZA 4HS7A 3HHGA 1NFTA 1B3LA 1NMUA 4H65A 5ELVA 2DWIA 3OD7A 4KCCA 3CFXA 5L9OA 4XXUA 3ECRA 1ZBMA 3C34A 1UTBA 4POWA 5L9MA 1P1WA 2A5TA 3KJ7A 4JSOA 1POTA 1H76A 3F11A 3FXQA 3MPKA 4RK9A 3M3LA 2XD3A 1IEJA 4DCYA 2HZLA 2QMXA 1QJMA 2XD2A 4RYAA 3KGCA 5JTYA 3HHFA 2AL5A 4N13A 5JK4A 2D3IA 3P7IA 3ZKKA 4TQUQ 3I3VA 1Y4CA 2Z8DA 3PGFA 3PPOA 2Z22A 4U4SA 2D21A 4PQJA 3QAXA 5I59A 1LAHE 4RPOA 2I6EA 1XOCA 3O2AA 5I84A 2ZNUA 1SW2A 3FJ7A 5H8FB 1F9BA 4R74A 4RXLA 3LSFB 3IOWA 1FTJA 2DOJA 2VOZA 4OEVA 4MH5A 1Z7NE 4EQ7A 1DTGA 5FHOA 3WAFA 1NNTA 5CMMA 1MPCA 2H9BA 3LUYA 3OEMA 1WDNA 1B5JA 3GBBA 4OESA 1OQHA 3K1MA 1USYH 2DP8A 1Q1KA 3RLFE 2NVUB 4HCYA 3FJGA 3IO6A 3ZSFA 2I58A 2HXWA 3TELA 1LGBC 1VE4A 5IKBA 1Y3NA 3K1PA 3ONMA 4E0XA 4XIGQ 1SW1A 2HQ0A 3RQTA 4ZZAA 4KYSA 1NH8A 1PC3A 3B6QA 4KPTA 4PP0A 3S9LC 3G7WA 5I2NB 3CIJA 4YU0A 2P0SA 3DP4A 4KR5A 4K3FA 3QSLA 3EHSA 4NE4A 1CE2A 5DEXA 1N3WA 2OWSA 3K0VA 1US5A 2VD3A 3CI8A 4F3SA 1B7UA 4WKMA 4F29A 2R71A 3UN6A 1A54A 1I6AA 4H8IA 3FVKA 1AOVA 2P2AA 4OERA 1II5A 3TEPA 5CMBA 3RY3A 3K00A 4EDPA 3G3GA 4IY6A 5EHMA 1M5BA 2Q88A 5I56B 4Q0CA 2P1SA 3JZJA 3B6TA 5H8NA 3W9WA 1SW4A 4FEDA 2RCBA 5KCJA 5AA1A 3RT8A 1NNKA 2O1MA 1D4NA 4Z7EA 3VLWA 3Q27A 2DXRA 2QJEA 3HN0A 3KZGA 3U94A 2OWTA 3H03A 2F36A 4BDMA 1B3EA 1FQDA 3ZKLA 4LZ7A 3PPRA 1O64A 5AA2D 4BDQA 5CC2A 4WXJA 2WKYA 2DVCA 1URDA 3RUMA 1LFHA 1R1NA 1MY3A 4YMBA 4Q30B 2UVHA 4JWOA 4BDLA 1B7ZA 3CFZA 3MP1A 4OXVA 4ZEBA 3K2DA 4U23A 3CVGA 1LAGE 1QW0A 1SYHA 2NOOA 3IO4A 1A99A 3V8XB 5TPAA 2Y7KA 2RKMA 4F1UA 4OEUA 5TP9B 4DZ1A 1O63A 3HV1A 1YTVA 3B6WA 1GV8A 2LAOA 4OHNA 4Q8RA 2Z23A 4NTLA 3RTWB 5ITOA 3M3FA 4X1BA 1RKMA 4Z0IA 2XXVA 3WAEA 2E0SA 3A09A 2RC8A 2DE2A 2O51A 2XXYA 4MF3A 2E1SA 1JNFA 3FUZA 3S2VA 2DWHA 5AA4B 1MH4A 5I58A 1TT1A 3KN7A 2PT2A 3ILTB 1LFIA 1EU8A 4G8HA 4Q5TA 1URSA 2V84A 3OMBA 2R6GE 4YICA 3QUFA 3OSQA 3K02A 4PFYA 2GHBA 3A3CA 1KWHA 2V93A 1FTKA 1MQIA 1VSOA 4EF1A 3H6UA 4PFWA 4AQ4A 4ZZEA 2Y7IA 4LONB 4IO5A 4YMAA 1A40A 2AYSA 3OO6A 3TZAA 4YB6A 2B3BA 1BLFA 3OELA 2QS1A 1A55A 4LQ2A 1FTLA 3EF7A 3OSRA 2UXAA 1MQGA 3PUVE 3T22A 1S7YA 2H4IA 4R6HA 2CMOA 3FD3A 4YZZA 1XT8A 1R6ZA 4JWYA 1OIBA 4PFTA 3IOTA 3OO8A 2ALUA 1ELJA 1OMPA 1SVXB 4NF4B 3SEYA 3SEXA 1B1HA 2REGA 4F19A 4KHZE 4X1DA 3IB1A 1Y3PA 4ZEIA 5DVFA 3TDJA 2YLNA 1M5CA 3M8UA 1SI1A 1FW0A 1UIUA 1ZU0A 2D5WA 3A3UA 2V3TA 1ZJLA 4NF8B 1US4A 1RYXA 1DSNA 4HCWA 1PB8A 2O7IA 3RPWA 1MXWA 4BDRA 2F7CA 1B4ZA 1XVXA 4HTGA 4F39A 4OYVA 4EUOA 3OXNA 2PT1A 1MQJA 3JV9A 4QFLA 4QHQA 3AXFA 4FEBA 3TMGA 3LC8A 3E3KA 4FECA 1VFDA 3W9VA 4QSEA 1PDAA 4YKKA 1N7WA 2GRVA 2ONSA 2ZMBA 1JW4A 5KDTB 2V3UA 4C1UA 3MC2A 3OEKA 2CZLA 3S4UA 4XKNA 3T66A 2OCUA 1MM7A 2XXPA 3C32A 5H8FA 5HPQA 2DE4A 4I62A 4G68C 4KD5A 4OETA 1FCKA 1AMFA 3E4RA 1ZIUA 1N3XA 3KG2A 4KYEA 1B5HA 2H5YA 4GF8A 3TQLA 1EH3A 4OZ9A 1TWYA 3L6HA 4GRKA 3CSBA 3H06B 1UIVA 1IZ1A 1B51A 2NWJA 2AIXA 1MY0A 2Z8EA 3MBPA 1QUJA 1SI0A 4MBPA 3HO7A 2Y7WA 3TKDA 2F78A 5FHNA 3MP6A 4R6YA 5CBSA 3USDA 1EZOA 3FXUA 3IJXB 1AL3A 2RC9A 3CSGA 1LAFE 1Q35A 5I2NA 4ELPA 3N6UA 3KOTA 1B5IA 3KN3A 3FVGA 4RPNA 4F1YA 3PPPA 4RJZA 2GH9A 3PPNA 4ELOA 1DOTA 3Q28A 1GGGA 1MM6A 4LP2B 2I3WA 2RF1A 4ELRA 1P1UA 1FQCA 2ABHA 4P11A 1B6HA 3CRBA 3SERA 1NNFA 3H4ZA 2VHAA 3VLVA 4TLLB 2XXIA 4C0RA 5CMCA 4EF2A 1B4HA 4JB7A 4EXKA 4I8CA 3BKIB 4NWCA 2XXXA 1GTKA 5I56A 5I57B 1B40A 3VVDA 1LBCA 4G2ZA 2DSFA 3EPEA 3V5AA 4N07A 3LR1A 2ZYMA 3O6HA 4UA8A 1M5EA 3H6VA 3DLNA 2A5TB 4JBZA 4F1VA 1MXUA 4KI0E 4KQPA 3MZ1A 1A7LA 4XKRA 1PEBA 3FVNA 4U2RA 3TCGA 2Q9TA 2BJJX 4OTEA 4I9DA 3TTMA 2HCAA 4GIZA 2O1LA 1H3DA 3SEVA 4QF9A 3R7XA 2XHDA 1T0KA 1OVBA 3IJOB 3R6UA 2Y7PA 1JVXA 5I59B 3GLBA 5B7DA 4IO2A 2FA7A 1QUKA 1LCTA 3V83A 3N5LA 2QS2A 2B3FA 4ND9A 1H43A 3PMXA 4ZEKA 3LSWA 2IA4A 5HM4B 1UQWA 4JDFA 4OVJA 2VD2A 3O29A 4YB7A 5CRYA 3HSTA 1IITA 5A5XA 4KFQA 1B0HA 1RYOA 1I6QA 2QPQA 2YPNA 3T9XB 3IOUA 2QSXA 3FASA 3FJMA 4ELQA 1N84A 3U1OA 1M5DA 5ITPA 1D9VA 4H6DA 3PU5A 4LZ8A 3LSLA 3EN3A 5H8QA 5DT6A 3BFTA 5F1QA 2RINA 5DYHA 2F6PA 2F8DA 5EHSA 3H6TA 3IOVA 3K6XA 5AA4A 1S9TA 4HW8A 1N0TA 4O3AA 3LSXA 4LUBA 2Q2AA 4IO3A 2QS4A 5DEXB 1PBQA 1XC1A 1MDQA 2G29A 4ZE9A 1HSEA 2PVUA 4F3PA 3C9HA 4GWOA 3TFLA 4ZEFA 1MXYA 3FVOA 3S9MC 1B05A 1YCJA 4H8JA 3MAMA 1P1QA 1B46A 4YKJA 4OFLA 3PV0E 3GXAA 3TPAA 5I2KA 3DM0A 5H8NB 4YB5A 3UA8A 3IB0A 1JEUA 1MG1A 4QFPA 4FATA 3U8QA 3JYRA 3M3KA 4MFIA 3VVEA 4DCXA 2XXTA 4R72A 3IX1A 5EYFA 1N7XA 1Z7ME 2PMSA 3ZS6A 5AE4A 3K1NA 4G8NA 1SD3A 4DE8A 4LA9A 4F2OA 5M2VA 4EXLA 2THIA 4R73A 5HBCA 4X9TA 2HEUA 2GHAA 4JXIA 1H45A 4NMYA 1TFAA 1Y4TA 1AIVA 3SESA 1GVCA 4DXCA 4NF6A 1FQEA 2GFEA 4H67A 1UTHB 4G4PA 3VXBA 2AL4A 3N94A 1SBPA 2G93A 3K01A 2XXHA 4EQ9A 1MS7A 4NF8A 3TTKA 4UACA 4F2QA 3MW0A 2QRYA 5AA2A 3QIMA 3UP9A 3VV5A 3T96B 4U22A 4BDNA 4LATA 3FV1A 3Q26A 3V89B 2F5XA 2Q2CA 5BUUA 5TPAB 3MZBA 4WEDA 3VE1B 2DWAA 1DMBA 3ILUB 4N6PA 3BFUA 3IAZA 3RTFB 1BP5A 1H44A 3FV2A 2O68A 2Y84A 2ZNTA 3IB2A 3UIFA 3H3GA 1O7TA 5BWJA 2ZNSA 1VFEA 5DVJA 1FTOA 3TQWA 2I4CA 1ANFA 2Y7RA 3T9HB 1ZMGA 2NUVA 2F35A 1R9QA 4F31B 1B3HA 3U92A 1LB8A 2RCAA 3W15C 4DLDA 3CFLA 1LB9A 4GD5A 1Y1MA 1MY4A 4GLIA 3C31A 3UGWA 4IO4A 2F7BA 4P0IA 1N04A 3PMWA 3T9UA 1J1NA 5ISUA 1B0LA 1I6BA 5JEIA 1Y1ZA 3O28A 3IL1B 1TFDA 2NXOA 5AA3A 2KLFA 3MVZA 4R2BA 5I58B 3S9NC 2Z8FA 2F7AA 4U1OA 5FTHA 1A8EA 4GFRA 5L8DA 4FORA 1IXHA 3HCQA 5LOMA 4LVQA 2ONKE 3TCFA 5H8HB 5F7VA 1XHYA 3E13X 3VVFA 1Y3QA 2HZKA 1BTJA 1QULA 1QVSA 1SW5A 3I5OA 3PUYE 4R9FA 3G3KA 3RN8A 3MQ9A 3PUZE 1EZ9A 3MVXA 1LAXA 5CMKA 1QUIA 1JEVA 4P0GA 1CB6A 4PE5B 3L6GA 3PUXE 1JQFA 3CG1A 3TTRA 4ECFA 2XX7A 3QYTA 3CR9A 1NL5A 4G68B 1WVJA 2A5SA 4FJPA 1WODA 2ZYNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B3FA 2Y5LA 5I57A 2OBGA 4H1XA 5IZZA 3O9PA 2R9JA 1GR2A 3OOAA 4OFOA 3K6WA 2Q74A 2XXRA 4NF5B 3FXRA 4GWWA 2FYIA 3E9XA 1B2HA 4MLVA 2FIEA 3KFMA 1P1OA 4N4UA 2F3DA 4PETA 4TLMB 4ZECA 4F22A 4DXBA 3TUSA 4UABA 4JVDA 4BLAA 1IUDA 3BIHA 4NGUA 2YJPA 1SDXA 4ZDMA 1FRPA 2F6GA 3GBAA 4NWDA 1AH5A 4PC9A 3KSXA 2I48A 4HE2A 4F18A 1P99A 4THIA 2ZYKA 3NOHA 4XFEA 2O6AA 4GBWA 4QFOA 4ESXA 4O7MA 1MY2A 4X48A 2HAUA 3SETA 4GL0A 3B7DA 1LCFA 4IGRA 1BK4A 3PD8A 2DXYA 3C4MA 4XKPA 1RDXA 4ESWA 5DTBA 1MY1A 1B7HA 3RYDA 2ZYNA 1FTAA 2W7YA 3O66A 5DVIA 5FTIA 2PX1A 2PBWA 4MCOA 5L9SA 3ROJA 2F34A 2DQVA 4OENA 1UTBB 4GXSB 3IK6B 4YAHX 4QSDA 2QL3A 3THIA 2XX8A 1K9YA 3DP6A 2M8CA 4E0WA 4IGTA 1MH3A 4PFIA 1YAEA 1OQGA 2HAVA 3KJTA 3T1BA 4P1EA 2WX9A 4IO6A 5JTYB 2DE3A 2I0CA 2QMWA 2VP1A 3MVWA 3PPQA 3DP8A 3R26A 3PUWE 2VGQA 4JSDA 3G3IA 3C33A 5K2YA 4DIGA 4EQBA 4H45A 1D3KA 4G77A 1Y9UA 3TAJA 2I0BA 3O6IA 3BBRA 1I69A 1IXCA 3EHTA 2XWOA 4LQ5A 3PTYA 1QKAA 1FPDA 4RNSA 1FPGA 1B32A 2I49A 1HSLA 2V4CA 1IIWA 3SEUA 1EZPA 3LBSA 4XKQA 3SDFA 5IAIA 3KBZA 1LLSA 1IXIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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