3V8XB

The crystal structure of transferrin binding protein a (tbpa) from neisserial meningitidis serogroup b in complex with full length human transferrin
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
676
structure length
676
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transferrin-binding protein 1
molecule tags Membrane protein/metal transport
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
total genus 176
structure length 676
sequence length 676
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB03
5H8QB 2OBGA 1B5HA 3PUZE 3RY3A 1PB7A 3THIA 3JZJA 1B5JA 4RA1A 3U8QA 5IAIA 4JB7A 2E0SA 3H6WA 2FNCA 2M8CA 3E3KA 1S9TA 5K2XA 3QUJA 4RYAA 3OO6A 1WVJA 2DP8A 3C31A 3S9LC 4F31B 4FORA 3GZGA 4GVOA 4BDMA 1O64A 3IOUA 1BKAA 1Y20A 3MP8A 5FHNA 1OVTA 4DLDA 2ABHA 3FASA 4PFTA 4YKIA 3K02A 3N26A 3I3VA 1EZOA 5HM4B 1FW0A 3K6XA 3EHUA 2D5WA 4THIA 4ZZAA 3OSRA 3RNNA 1D3KA 1MXWA 3IX1A 4DE8A 1R9LA 2Z23A 4BDQA 3IR1A 4H6DA 3TZAA 2DYXA 3OEKA 5CBSA 4AB6A 2D3IA 2RC7A 1II5A 2R71A 4KFQA 5DVIA 2QS1A 4NF8A 4KD5A 1UTHB 2UVHA 2I4BA 4DXUA 1PEBA 5AA2B 4EF1A 2XXHA 1LAXA 4H8JA 4Q30B 5DT6A 4F2OA 2XX8A 3S4UA 4X48A 3L6GA 4YKKA 1FTJA 2VD3A 3DP6A 2RKMA 3C9HA 3IB2A 3K00A 3QYTA 1HSEA 1MPDA 3K1PA 3TPAA 2XXWA 1AOVA 3HN0A 4F3PA 4F29A 4ESWA 1PDAA 3F11A 3JYRA 4OESA 4G4PA 1D9VA 1EH3A 1IITA 2XXTA 3PPRA 5I56B 3RT6B 1MH3A 5AE4A 3IOTA 2QMXA 3SESA 3KN3A 4IY5A 4DCYA 4IO7A 4RY1A 2P2AA 2XD3A 4JDFA 5KCJB 4LATA 3O66A 3SEUA 2HAUA 4NWCA 1Y3NA 1MXZA 4KYDA 5AA1A 2DE3A 3DP8A 2XHDA 1B0LA 2CMOA 4GQOA 3MC2A 2H4IA 3T96B 3T9VA 3IJOB 4G2ZA 3LC8A 1MG1A 3MVZA 1NNKA 1TWYA 4Z7EA 1LLSA 1Y3QA 3HO7A 4RK2A 4GXAA 2F34A 4LZ5A 3E13X 1BIYA 1M5BA 1P1NA 4YZZA 3V8XB 4NTLA 4LP2B 4NF6A 2X7PA 1B46A 1CB6A 4M4GA 4YB7A 3TODA 4GF8A 1MPBA 1SVXB 4U23A 3SERA 1USYE 3T66A 4DXCA 4X1DA 1MS7A 2HZKA 3UORA 1IZ1A 1ZTYA 2OWSA 1OQHA 1NKXA 1PB9A 2ZYOA 3QAXA 2QL3A 3HHGA 4N13A 3VV5A 3C35A 1GVCA 4GLIA 3KN8A 3GLBA 5I57A 4OZ9A 3TQLA 1P1WA 1SQYA 4BLAA 5CMKA 4QSEA 1UIUA 4LUBA 1UIVA 4FATA 3KN7A 5I2NB 3UN6A 5CMBA 4F39A 2XXXA 1MXXA 3IK6B 1LB9A 4BDLA 1USYH 3FUZA 5ITOA 5TP9A 5KZTA 4R6YA 3OENA 3FJGA 2AL5A 4OWDA 4P0IA 4DCXA 3CSBA 1LBCA 1JNFA 4IO6A 3CG1A 1B58A 3VVEA 3TTNA 1OLCA 4IO3A 1IXCA 4MF3A 1JVXA 2I0CA 3K0VA 4ZEKA 1R6ZA 1SW1A 3PMVA 3E9XA 4LQ5A 1UQWA 4QFNA 5K2YA 1XT8A 2I3VA 1SW4A 3Q26A 3LSLA 1B3FA 4KPTA 4U1ZA 3KJ7A 4U4XA 4WXJA 5AA4A 2QMWA 2V3UA 3A09A 4Q8RA 2H98A 1N0TA 2O7IA 2QRYA 3G3HA 1Y1ZA 4UA8A 1B3EA 2F5XA 3AXFA 2I48A 5DVJA 3Q29A 4ISUA 1FCKA 3MJNA 1WODA 5EHSA 3OOAA 4ZEIA 4F1UA 2OCUA 5AA2D 1RYOA 4YKJA 4H5FA 5H8HA 4YAHX 3TAJA 4QRZA 3LSWA 3S9EA 4YICA 4GXSB 1FQBA 3EN3A 2IA4A 3ILUB 2XXQA 2ZYMA 3CR9A 2I3WA 3VXCA 5DEXA 3CIJA 1ELJA 1JETA 4P11A 4ZE8A 1S50A 3IB0A 2ALUA 1NH8A 2AYSA 3H03A 5CRYA 4LONB 2NXOA 2ZXTA 5ISUA 3V83A 2QS4A 4F18A 2DXYA 1FQFA 1I6AA 4EQ7A 4Q0CA 4EDPA 3GBBA 5I59A 1A8FA 2I0BA 1B3LA 4POWA 3KSXA 4YB6A 1IXHA 3KOTA 3T9HB 1A7LA 5I58A 5L9SA 1MQDA 3H4ZA 4ND9A 3A3UA 3KEIA 4NF5B 4QFPA 1TFAA 4NF4B 4ELRA 5JEIA 4HCYA 1Y3PA 3QXMA 1B3HA 4F22A 2V93A 1PBQA 1B05A 2HFBA 5CMCA 3RTWB 5F1QA 1JW4A 1MM7A 1Z7NE 4ZE9A 4QHQA 5ICTA 4WEDA 4AB5A 3PD8A 3K6VA 1MY1A 3FD3A 5FHMA 1VFEA 3KZGA 4DZ1A 1YTVA 1B5IA 2QSXA 5CBRA 1FTLA 3B6TA 5BWJA 1BLFA 3HV1A 3CVGA 1LBBA 1TT1A 1LB8A 2OJTA 3B6WA 4L17A 1L5TA 1H45A 4OFOA 1BP5A 2B3BA 3RQTA 4ZEDA 4DDDA 2IEEA 1MRPA 3I5OA 4X1BA 3S9MC 1H44A 1VSOA 1NFTA 3G7WA 4FE8A 4R2BA 3JV9A 3VVDA 3PUXE 5KDTA 3QUFA 5TU0A 4NF6B 1IEJA 4BDNA 2Y7IA 2I58A 3G3JA 1Y4TA 2F8DA 2VOZA 5DTBA 1A99A 2V84A 1RYXA 4LVQA 4EXKA 3PPOA 3B7DA 1URSA 4R6HA 1PB8A 4U2RA 3H06B 4OFJA 4EF2A 4XKRA 3CFXA 3OELA 2I4CA 4GL8A 4FJPA 4DIGA 3KBRA 3TELA 3W9WA 1BTJA 4KQPA 3O6HA 2NVUB 3WAEA 2XX9A 1MPCA 2UYEA 2XXPA 3FXUA 4ONYA 1NNFA 1POTA 4HS7A 2I49A 1EU8A 4RXLA 4JSOA 3OO9A 4OFLA 1N7XA 3O6GA 2A5TA 4O3AA 2Q8JA 4ZECA 4JWXA 4I9DA 2ZNUA 3LR1A 3R7XA 2HCAA 1DMBA 2AIXA 4F1YA 4MFIA 3U92A 1TFDA 2O51A 3LBSA 3PUYE 3TMGA 3VFJA 4F3BA 4M1VA 3G3FA 3V5AA 3FIRA 3DELB 3MP1A 4ESXA 2Z8DA 4HW8A 3PMWA 1HSJA 3IO4A 2DQVA 1OQGA 5HPQA 4YMAA 4RJZA 1A54A 1POY1 5AA4B 1LFGA 4KYEA 3SETA 4ELPA 1B4ZA 2R9JA 1US4A 3GXAA 4OVJA 1SI0A 1UTBB 2O68A 2GFEA 4PQJA 4WEPA 4R9GA 1ZU0A 3P7IA 3N6TA 3B6QA 4GIZA 3KJTA 2HXWA 2V25A 5JTYB 3N5LA 4N07A 3O9PA 4GOTA 4E0XA 5H8HB 2ZMBA 3RGYA 1IUDA 2GHBA 2V3TA 4U4SA 4R75A 3VDFA 3G3KA 3H6UA 4OQOA 1M5FA 2UVGA 4IB2A 1US5A 1MQJA 3LSXA 2REGA 2NUVA 3DM0A 4F3GA 1O63A 2HAVA 5L9MA 1OVBA 3PUVE 3EHSA 1M5CA 1Q35A 2ZYKA 3UK4A 2H9BA 3SEVA 4DXBA 4EUOA 2Q2AA 2OK2A 3FXQA 1ZJLA 3IL1B 3C32A 1T0KA 2O1MA 2XX7A 2REJA 4IGRA 3IJXB 1H43A 1B6HA 3TKDA 5I58B 1MXYA 3HPIA 2UVIA 4G8MA 3MVXA 1N76A 2W7YA 2RCAA 1MM6A 4QFOA 3UA8A 3PV0E 4KI0E 3S9NC 4GD5A 1Y4CA 5J1DA 2PVUA 1JW1A 5I2KA 1NNTA 4ZS9A 4IGTA 1IQ7A 3C4MA 1PBPA 4TOZA 5EHMA 3SDFA 1QVSA 2XXIA 4NEDA 4PFYA 4BDRA 1NL5A 3EF7A 1OLAA 1M5EA 3HSTA 1B52A 1JEVA 4JWOA 1MQHA 3BKIB 4OENA 1URGA 2YJPA 1I6BA 1SYIA 1FQAA 4HCWA 5AA2A 3H7MA 4GFRA 3Q28A 3K6UA 4QSDA 1JEUA 1XVYA 2H99A 3UGWA 1MY4A 3KG2A 3ZSFA 1URDA 2GHAA 3T22A 3CSGA 3CFLA 4RNSA 3TCHA 1TXFA 3MZ9A 2Y7RA 3G3GA 1FQCA 1SDXA 2GH9A 4TQUQ 3RN8A 4G8NA 2A5SA 1FQEA 4TLLB 4MH5A 1DTZA 5M2VA 5I56A 4QF9A 1JVYA 1DTGA 3VE1B 2D21A 2PYYA 1B7UA 4H8IA 1ZMGA 4F19A 3FXRA 3C33A 3CI8A 5KCJA 3QSLA 3SEXA 4H1XA 3G3IA 1SI1A 4I1DA 3ZS6A 2DWIA 3IB1A 3TUSA 5AA3A 4QFKA 4FAJA 2F6PA 1GR2A 2A5TB 1R9QA 2RCBA 3KOSA 3TTKA 5H8FA 1JW5A 4NF8B 3PGFA 5FTHA 4LQ2A 2O6AA 1DOTA 1QUKA 3UP9A 3MP6A 4OXVA 2O1LA 1P1QA 4R6KA 4EQBA 1DPEA 3FVOA 4F1VA 5EYFA 4KR5A 3U94A 5CM6A 1B0HA 3S2VA 2ONKE 1N3XA 1O7TA 4R72A 4OHNA 4YU0A 3WAFA 4R2FA 5TPAA 5H8NA 2F6GA 2NWJA 1DPPA 2RC8A 2HQ0A 4G68A 1P1UA 2WKYA 2F7CA 2X7QA 5I2NA 1LAHE 1MQIA 2O84X 2V3QA 1N84A 1DSNA 1LFIA 2XXYA 2Z8EA 3L6HA 4PE5B 4N6PA 2RC9A 1FTMA 2QPQA 1LAGE 3MAMA 2ZNSA 5CI5A 3BFTA 3U1OA 2Z8FA 2F35A 2Y7WA 3FJ7A 4ELOA 3PPNA 3RLFE 2I6EA 5BUUA 2F78A 2XD2A 4X9TA 3MBPA 2B3FA 4RPNA 1MXUA 1R1NA 4RPOA 5I84A 1GV8A 3O97A 1ZBMA 3MW0A 3W15C 1EZPA 1N7WA 3K4UA 2Y7PA 2HEUA 1ZKBA 3EPEA 3FGSA 3FVKA 4PFWA 1FQDA 1OIBA 2PBWA 3IOVA 3KSJA 1OMPA 4E0WA 2UYFA 3DLNA 3ODBA 3FVNA 1LGBC 1J1NA 1VR5A 1QW0A 3M3FA 3QK6A 3DP4A 1QKAA 1JQFA 3K2DA 1Y9UA 2AL4A 5I57B 1D9YA 1B1XA 4OYVA 1QUJA 3IAZA 3O29A 3QIMA 4EQ9A 3IOWA 3N6UA 2RINA 2LAOA 3ILTB 3H3GA 5ICQA 1KWHA 5H8SA 3EHTA 2OZZA 5I2KB 5TP9B 1QUIA 3PD9A 1ATGA 1F9BA 2B65A 3PPQA 1A8EA 3MZ1A 3OMBA 1SW5A 2ESNA 4XKQA 3PPPA 3O2AA 4GRKA 1A40A 4F2QA 1B9JA 3CRBA 1MY3A 3FV2A 4C1TA 3BFUA 1VFDA 2R6GE 4H0WA 3MPLA 2DS9A 5HBCA 2YLNA 2F36A 2Q88A 3TTLA 3CFZA 4I8CA 3D4GA 2ONSA 1M5DA 3RPWA 3U93A 4JSDA 1PC3A 4WKMA 4BDOA 3MZBA 2H5YA 2ANJA 4NF5A 1D4NA 2X26A 5DVFA 3T93B 5DYHA 4NF4A 3SEWA 3PUWE 2Y84A 2FA7A 2G29A 3UIFA 3TQWA 3LUYA 1RKMA 3R6UA 2PT1A 2CZLA 4ZEBA 1LSTA 4MLVA 3MVYA 3OXNA 4U22A 4FECA 2BJJX 4OERA 4U21A 3ONMA 1QKBA 3T9UA 3C36A 2VD2A 5L8DA 1AMFA 1GGGA 2QS3A 4ZDMA 2DWAA 1N04A 2DWJA 4KYSA 5DEXB 3Q25A 3A3CA 4YKPA 1B1HA 4LZ7A 4P0GA 4XIGQ 1NMUA 5H8FB 1P1OA 1MXVA 2DXRA 3PMXA 4PETA 5A5XA 2P0SA 5H8QA 5I59B 1MY0A 3VLUA 3VLWA 1I6QA 4YB5A 1XC1A 1B2HA 2OLBA 4KHZE 4R73A 2PX1A 3ECRA 1EZ9A 1MY2A 4NWDA 3HCQA 2YPNA 4C1UA 4U1OA 5FHOA 3SKPA 2H25A 3OO8A 2OWTA 2F7BA 3ZKKA 5TPAB 1IXGA 1VE4A 5H8NB 3R26A 2Y7KA 3C34A 3TFLA 3CG3A 3MWBA 2HZLA 3H6TA 5L9OA 3M3KA 4G68B 1Y1MA 3BBRA 2ZNTA 3U72A 4JXIA 4C0RA 3VXBA 2Z22A 4UACA 3T9XB 3D4CA 3FJMA 4I62A 4OEVA 2Q2CA 3LSFB 5IKBA 5FTIA 3USDA 4K3FA 1XOCA 2NOOA 3N94A 1AH5A 1SBPA 1NH7A 3OO7A 2F97A 2QJEA 2DSFA 3TTRA 4PP0A 1UTHA 5ITPA 3MUQA 2VHAA 4OMBA 1Q1KA 1B51A 2XXRA 1SD3A 3K01A 4ZZEA 4IO5A 4MLQA 2THIA 4ZEFA 3RT8A 1XHYA 2DE2A 1LCFA 3TCFA 1FTKA 2O7UA 5KDTB 2RF1A 1AL3A 3RUMA 1FTOA 1LCTA 3M3LA 1MDP1 4HTGA 4IO4A 4Z0IA 4FEBA 4JWYA 2VGQA 3VLVA 1N3WA 1AIVA 2P1SA 3HHFA 3ZKLA 1ANFA 1NNPA 2DVCA 3TEPA 3RTFB 1UTBA 4FIMA 1XVXA 4NMYA 2PT2A 2UXAA 3E4RA 4O3BA 4NE4A 1QULA 5JTYA 3FATA 5ELVA 3IORA 4G68C 1B40A 2O69A 1B7ZA 4QSCA 3EQ1A 3GBAA 2VP1A 2DOJA 4XXUA 4IY6A 4OETA 1GTKA 3KFMA 4H65A 1MH4A 3TYHA 3PU5A 2FYIA 3TDJA 2F7AA 4AQ4A 1SYHA 4QFLA 2XXUA 1IXIA 4XKNA 4O3CA 2ONRA 1Z7ME 4RK9A 2Q89A 4KCCA 1ZLQA 2ZYNA 2E1SA 3O28A 1A55A 4XTCQ 4GWOA 2G93A 4H5GA 1H76A 5LOMA 1B3GA 1CE2A 1S7YA 4TLMB 1MDQA 1LFHA 3SEYA 2PMSA 1HSLA 1XS5A 4LZ8A 4F3SA 4G77A 4ELQA 3KGCA 4OEUA 3H6VA 2QS2A 5CMMA 1MQGA 4YMBA 4XKPA 1YPNA 3FVGA 4OTEA 4IO2A 2KLFA 4MBPA 3TTMA 4R9FA 3TCGA 3MVWA 1YCJA 4FEDA 3MQ9A 1B32A 2DWHA 3K1NA 4EXLA 3K6WA 3OEMA 4LA9A 5B7DA 4R74A 1I69A 3V89B 4H67A 3W9VA 3K1MA 4KCDA 1SW2A 5JK4A 3VVFA 2Q9TA 4PFUA 2UVJA 1P99A 3FV1A 3OSQA 4G8HA 3I6VA 4Q5TA 1LAFE 4JBZA 5F7VA 5CC2A 1IIWA 3OD7A 2XXVA 4POXA 3MPKA 3IO6A 1B7HA 5B70A 1ZIUA 3M8UA 1YAEA 1WDNA 1H3DA 2GRVA 1QJMA 1B4HA 2DVZA 3O6IA 2DE4A 3FZVA 4GL0A 4ECFA 3Q27A 5A5XB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5H8QB 2OBGA 1B5HA 3PUZE 2XWOA 3RY3A 1PB7A 3THIA 3JZJA 1B5JA 4RA1A 3U8QA 5IAIA 4JB7A 2E0SA 3H6WA 2FNCA 2M8CA 3E3KA 1S9TA 5IZ1A 5K2XA 3QUJA 4RYAA 3OO6A 1WVJA 2DP8A 2WBBA 1FPGA 3C31A 3S9LC 2R8TA 4F31B 4FORA 3GZGA 4GVOA 4BDMA 1O64A 3IOUA 1NUYA 1BKAA 1Y20A 3MP8A 5FHNA 1OVTA 4DLDA 2ABHA 3FASA 4PFTA 4YKIA 3K02A 3N26A 1IMAA 3I3VA 1EZOA 5HM4B 1FW0A 3K6XA 5I5PA 3EHUA 2D5WA 4THIA 4MAGA 4ZZAA 3OSRA 4P1EA 1NV4A 3RNNA 1D3KA 1MXWA 3IX1A 4DE8A 1FPIA 1R9LA 2Z23A 4BDQA 2FIXA 4OVQA 3IR1A 4H6DA 3TZAA 2DYXA 3OEKA 3E79A 5CBSA 4AB6A 2D3IA 3KBZA 2RC7A 1II5A 2R71A 4KFQA 3IFAA 5DVIA 5ET6A 2QS1A 4NF8A 1IMCA 4KD5A 1UTHB 2UVHA 2I4BA 4DXUA 1PEBA 5AA2B 4EF1A 2XXHA 1LAXA 4H8JA 4Q30B 5DT6A 4F2OA 2XX8A 3S4UA 4X48A 3L6GA 4YKKA 1FTJA 4PDHA 2VD3A 3DP6A 4O8MA 2RKMA 3C9HA 4MEVA 3IB2A 4GWXA 3K00A 2Q74A 3QYTA 1HSEA 1MPDA 3K1PA 3TPAA 2XXWA 1AOVA 3HN0A 4F3PA 4F29A 2ZZWA 4ESWA 1FPDA 1PDAA 3F11A 3JYRA 4OESA 2QFLA 4G4PA 1D9VA 1EH3A 1IITA 2XXTA 3PPRA 1K9YA 5I56B 3RT6B 1FJ9A 4MNPA 1MH3A 5AE4A 3IOTA 2QMXA 3SESA 3KN3A 4IY5A 4OA4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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