3VDFA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with diaminopimelic acid at 1.46 a resolution
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with diaminopimelic acid at 1.46 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 117
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2012-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vdfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vdfA02
4K3FA 3TTRA 4F22A 2BJJX 3VV5A 4R9FA 3FJMA 3IAZA 3PPPA 3OO7A 1PEBA 1FTOA 3W9WA 3H03A 2DQVA 4G4PA 3IB0A 3SEXA 2QRYA 3MP6A 1ZLQA 3K02A 1LB8A 5IKBA 1II5A 1M5FA 1XOCA 3DLNA 2AIXA 2XXYA 4RJZA 3PMXA 3K6VA 4WEDA 4OFOA 1VFDA 4GWOA 5K2XA 2DE2A 3TCHA 3Q29A 1Y1ZA 3ZS6A 1MPBA 5L9OA 2F78A 2DWIA 2XXPA 1PC3A 1MY0A 1A99A 2XXIA 4AB5A 1VFEA 2QL3A 4XXUA 3T9XB 3TDJA 5FTIA 1URGA 1DPEA 4RK9A 1NKXA 1PDAA 2D3IA 1MM6A 4IO7A 4THIA 4OZ9A 4N13A 4YMBA 3IL1B 4XKQA 3KZGA 3MAMA 1DOTA 4QFPA 1XC1A 2F7AA 3KSJA 1MDQA 1P1WA 4YAHX 4DIGA 1P1QA 1MY2A 5KDTA 2VP1A 4ZZAA 3KSXA 2F7CA 4KHZE 1XVXA 3D4GA 5A5XA 2ZXTA 4BDLA 4RNSA 3Q26A 3V5AA 2WKYA 1QULA 4IY6A 3IB1A 1P1OA 3MP8A 4F39A 3H7MA 2F6PA 3MC2A 3CSBA 2I0CA 2R9JA 2HZLA 4U1OA 2F36A 2XXXA 2XXTA 4NF4B 2GFEA 3H6VA 3MP1A 3C31A 2Y7IA 4NWDA 1Y3QA 4F31B 4Q0CA 3BBRA 4E0XA 2OBGA 4ZEBA 1MQHA 3EPEA 3EHUA 4P0IA 2REJA 1JW5A 4F3GA 1YTVA 4DZ1A 4F1VA 1MQDA 4OFLA 5HPQA 3PUVE 4FEDA 1D3KA 3VVDA 5H8NB 2ANJA 4GQOA 3SEYA 5AA4B 1OQHA 4N07A 1ZKBA 4DE8A 2UYEA 3KJTA 3KG2A 3E3KA 4ELRA 3FASA 4I9DA 3V8XB 1BP5A 4EDPA 4ECFA 1I6QA 2X7QA 1LFGA 3SDFA 4NF6A 1TXFA 3UA8A 4PE5B 3A09A 3HSTA 3L6GA 5AA2B 1UIUA 5H8QB 5H8HB 3GBBA 2F97A 1LCFA 3P7IA 4F18A 3TEPA 1QKAA 1NNPA 4QFOA 1KWHA 2GHAA 1FQEA 5F1QA 4G8NA 4P0GA 4MBPA 2D5WA 4IGTA 3H6UA 4LATA 3N6UA 4GFRA 3C34A 4R6HA 1P1NA 1LAHE 3ONMA 4KYSA 3USDA 1MPCA 5DTBA 2F6GA 5I56B 1H45A 1B5HA 5JTYB 1MXUA 3H6WA 3RPWA 4X48A 3HHGA 5TPAB 3N5LA 4ZEDA 3C36A 3V89B 1A7LA 1LSTA 4OEUA 3IO6A 1XHYA 2XD3A 3H4ZA 2A5SA 1B7ZA 2PT1A 3KN8A 3JZJA 2IA4A 2V3TA 4R6YA 4Q8RA 4FEBA 3I5OA 4FECA 1B52A 4EQBA 5BUUA 3O6GA 3K6UA 3H6TA 5AA4A 1CB6A 4PFUA 2O69A 4F29A 4DXBA 1SI0A 4OWDA 2RC9A 3G3HA 3FJGA 2B65A 2RC7A 4YKPA 4FORA 3G3FA 4X1DA 1Q35A 4TOZA 2HZKA 2I48A 4WEPA 4DXUA 1SW2A 4HS7A 1JVXA 3HO7A 5CBSA 5AA3A 2O6AA 1TFDA 2Q88A 3BFTA 5H8HA 3LC8A 3R26A 5DEXB 2F35A 4RPNA 4OFJA 4XKRA 4G68C 1DSNA 1DTZA 3LSFB 3CFZA 4IY5A 3B6TA 1DPPA 1IZ1A 3FUZA 4YKJA 3ECRA 2G93A 4ESWA 3TCGA 5I56A 1BKAA 2H9BA 5CMBA 3BKIB 5JTYA 1OVTA 1AH5A 1Y1MA 3RUMA 1IUDA 1M5DA 3U1OA 3GZGA 3PD8A 1UTHB 5I59A 4YKKA 3PD9A 3DP4A 5DVFA 2ABHA 2P2AA 1FTLA 1BLFA 2V25A 2NVUB 1B5JA 1ZMGA 4HCWA 2QJEA 3RN8A 4IB2A 4OESA 2PYYA 3PPRA 3RNNA 3UORA 1D9VA 3MZBA 4F3PA 1LAFE 1JW4A 5H8SA 4LVQA 4QFLA 2YPNA 5EYFA 5ICTA 1IEJA 3IR1A 4OETA 2Q89A 4MLQA 1QVSA 5I2KB 3OMBA 4WXJA 2M8CA 1Y9UA 2H5YA 1FTMA 3K4UA 3FIRA 5DEXA 2QS4A 2ONSA 4MLVA 4H6DA 2G29A 2Z23A 3ILTB 2UVGA 3QUJA 3K00A 4POXA 2OWSA 3IOTA 2I3VA 3SERA 5CBRA 5HBCA 1B40A 3WAEA 3W15C 1JVYA 4U2RA 2DWAA 3JYRA 1QUJA 2W7YA 3G7WA 2B3FA 3K1NA 3LUYA 2HFBA 1MQIA 2IEEA 2XXWA 1B0LA 4OHNA 1QUKA 4R72A 2UVJA 1GV8A 1MH4A 1QJMA 4LP2B 3IOUA 3TMGA 1UTHA 4F3BA 3VLWA 2NWJA 5TP9B 2V3QA 3KBRA 2I3WA 4C0RA 5DT6A 3RT6B 2OZZA 3O2AA 5CMMA 1GTKA 1B3HA 2DP8A 4GXAA 4R9GA 4U1ZA 1LB9A 4DLDA 3K2DA 4GLIA 1SQYA 3EHSA 1B7HA 4BDQA 1Y4TA 3IO4A 3RQTA 1MY1A 3IORA 4BDNA 3SESA 1H44A 4Z7EA 3SEUA 4H5FA 4H0WA 3OEKA 1GVCA 3PGFA 3IX1A 1POY1 3S2VA 2PT2A 3MQ9A 3RTFB 4F1UA 5I2KA 1SDXA 1IQ7A 1N04A 5ELVA 4JDFA 3EF7A 3W9VA 3VLUA 3UGWA 5LOMA 3OSRA 4QF9A 4QSEA 1OLAA 1UTBA 1GR2A 2O51A 2REGA 5I58B 3TODA 1BIYA 4NWCA 4PQJA 1FQBA 3T9HB 3OSQA 2GHBA 1HSLA 1P1UA 3TTMA 2HAUA 4UACA 2NXOA 3O28A 2RKMA 3QSLA 3CI8A 4JWXA 1DTGA 2QS2A 3RLFE 3FXRA 3MJNA 1URDA 1I69A 3QIMA 3JV9A 3S9NC 3O66A 2CMOA 3U94A 4O3CA 2HCAA 3S9EA 4NEDA 4R2BA 1B58A 1FCKA 3OOAA 3ILUB 3TTKA 3O6HA 1R1NA 5TP9A 2AL5A 4H1XA 4DCYA 3IOVA 3K01A 4KYDA 1S7YA 2HXWA 1A40A 4MF3A 4ZEKA 1RYOA 5ITPA 1USYH 3VVEA 1VR5A 3T96B 3OO6A 3OENA 5J1DA 3T9UA 1B9JA 2QSXA 1FQDA 1B4ZA 1NNTA 1ZBMA 4N6PA 1B1XA 1B6HA 1N0TA 3WAFA 3C32A 4DDDA 4G2ZA 1N3XA 1Y20A 1B0HA 1PB7A 2Z8EA 5DVJA 1VSOA 4QHQA 1OMPA 1TWYA 5AA2D 2DSFA 5I58A 3PMWA 4L17A 5KZTA 3L6HA 2ONRA 3U93A 4ZE9A 2OLBA 5I57B 4I1DA 2QS1A 5M2VA 2QPQA 3U92A 3SETA 3PUZE 4LUBA 3QXMA 4BDMA 1Y4CA 3CFLA 4YZZA 4ZZEA 1IIWA 1FQFA 1SVXB 1CE2A 1M5CA 4OQOA 3FV2A 4KCDA 1A55A 3FV1A 4QFNA 4LA9A 4NF4A 3EQ1A 3PPQA 4QFKA 3HCQA 1NH8A 1QUIA 3CR9A 1B32A 1ELJA 5AE4A 2OWTA 4NF8B 1SBPA 3G3JA 3I6VA 4LZ7A 1FW0A 2ZNTA 5B7DA 4ONYA 4BLAA 1D4NA 2I4CA 1FQCA 4KI0E 3PPNA 4XIGQ 2ZYMA 1UIVA 4ELQA 5TU0A 4DXCA 3RY3A 3OELA 3DP6A 3R6UA 4POWA 4OXVA 2THIA 4AQ4A 5H8NA 4PFWA 3GXAA 2V3UA 3CSGA 1POTA 1NFTA 1WODA 1LBCA 2DXRA 3K6WA 4EF1A 3VXCA 2VD3A 4U4XA 3Q27A 2HAVA 4I8CA 4YB7A 4G77A 5KCJB 5AA1A 2ZNSA 4JWOA 3K6XA 3BFUA 4GOTA 5CRYA 5I57A 2DXYA 3ZKKA 1OVBA 3A3UA 5AA2A 2DS9A 4NMYA 3N26A 1M5EA 5H8QA 1S9TA 4ELPA 2VHAA 1Q1KA 4JXIA 4KFQA 3C9HA 2E1SA 1MXVA 2Q2AA 1EU8A 1PBPA 1B46A 1R9QA 2Y7WA 1ZTYA 3CVGA 1NNKA 4TQUQ 3QYTA 5CC2A 3LBSA 3MW0A 1MDP1 4IO3A 2XD2A 4I62A 2UYFA 3ZKLA 4XKNA 4KR5A 3MBPA 4LQ5A 4ND9A 4OYVA 4U23A 1O63A 2Q9TA 4DCXA 4JWYA 2ZYNA 4NF8A 5H8FB 4H8IA 5ITOA 3B6WA 4GD5A 3H06B 4ZEIA 3TKDA 1YCJA 1YPNA 3ODBA 5L8DA 1IXHA 4RPOA 4GF8A 2QMWA 5TPAA 4ISUA 1MPDA 2R71A 1PBQA 4QSCA 4YKIA 1IITA 4H5GA 5JK4A 2V84A 2RF1A 3VFJA 4XTCQ 3MPLA 3RGYA 1JETA 3MVYA 2D21A 4QSDA 4GIZA 4C1UA 3IJXB 2O68A 4BDRA 1WVJA 1Z7ME 2I49A 1QW0A 4EQ7A 3DP8A 1N84A 3TFLA 2Q2CA 1WDNA 4FAJA 1S50A 4YB6A 3KN3A 5F7VA 3Q25A 4QRZA 3MZ9A 2ESNA 1AMFA 2YJPA 2H98A 3PMVA 1HSJA 5KCJA 4P11A 1VE4A 1EZPA 3DELB 3A3CA 3T22A 1B05A 4F1YA 3KOTA 5CM6A 2Y84A 5JEIA 2DE4A 3T93B 4Z0IA 2F34A 2A5TB 5ICQA 2H99A 1B3FA 2DVCA 3G3GA 3O9PA 4H67A 3KN7A 5FHMA 1NL5A 1NNFA 2B3BA 1IXIA 1B1HA 2XXQA 3DM0A 4MFIA 1SW4A 3C35A 3EN3A 3THIA 1B5IA 4TLMB 3CIJA 3OO9A 2V93A 1XT8A 4F19A 2F5XA 2DYXA 5H8FA 2DE3A 4RYAA 3MWBA 1I6BA 2P1SA 5IAIA 3FJ7A 2XX9A 4EQ9A 3O97A 3C33A 1LLSA 2DWJA 5I2NB 1RYXA 5KDTB 3G3KA 1PB9A 4KPTA 4RK2A 1N3WA 3U72A 4GRKA 4PFYA 3CFXA 3QAXA 4R74A 4GXSB 1SYHA 3KJ7A 3T9VA 2NUVA 3S9LC 1JW1A 1B3EA 3R7XA 3IB2A 2Z8FA 3SEWA 3RT8A 3VDFA 4ESXA 4U4SA 4IO6A 1TT1A 3B6QA 4YB5A 2I6EA 1H3DA 1MXZA 1EZOA 2O1MA 4HW8A 3TUSA 4LONB 1FTJA 4IO5A 3VXBA 1A8FA 3PPOA 4OTEA 1ANFA 3TZAA 3PUXE 4ZS9A 4X9TA 3GLBA 1Z7NE 2ONKE 2A5TA 2QMXA 1Y3PA 4YMAA 4EXLA 3HV1A 1MY3A 1P99A 4HCYA 1LFIA 1MXXA 1B3LA 4ZE8A 2E0SA 1OLCA 4NF5B 1ATGA 1AIVA 3MVWA 1MY4A 4NF6B 4LQ2A 2RCAA 5L9SA 1QKBA 3ZSFA 3FD3A 4G8HA 5I2NA 1JNFA 2PVUA 1FTKA 3IK6B 1O64A 2P0SA 2X26A 3PUWE 1MXWA 4BDOA 1MQGA 2I4BA 1I6AA 5CI5A 4HTGA 4GVOA 3HN0A 2UXAA 1EH3A 4LZ5A 2PBWA 3O29A 4OMBA 4JSDA 2HQ0A 1OQGA 5FHNA 1R6ZA 4IO2A 1J1NA 3OO8A 5BWJA 4ZECA 1XS5A 3TTNA 3S4UA 4R6KA 2VGQA 4EF2A 2YLNA 4IGRA 2DOJA 3IJOB 1ZU0A 3MVZA 3FVOA 4KQPA 2CZLA 4H8JA 1AOVA 1MH3A 1SW1A 2XX7A 3QUFA 3LSXA 4KCCA 1LBBA 2KLFA 4Q5TA 3TAJA 2Q8JA 3LSWA 4FJPA 3MVXA 3UK4A 3KEIA 2DWHA 3U8QA 3TCFA 2Z22A 2Y7RA 2VD2A 4M1VA 3VVFA 4C1TA 4ZEFA 2OJTA 3TQWA 4NF5A 3KGCA 4H65A 4XKPA 4U21A 3SEVA 4O3AA 2XXUA 1HSEA 5FTHA 3SKPA 1H76A 3PU5A 1MQJA 2FNCA 3TTLA 2NOOA 1IXCA 3M3FA 2XXRA 1MXYA 2OCUA 1MS7A 1N76A 4ZDMA 1D9YA 2ZMBA 3D4CA 3MZ1A 3OD7A 1B4HA 2AL4A 1GGGA 1N7WA 1PB8A 4RA1A 1MRPA 4M4GA 1MG1A 1L5TA 1AL3A 2DVZA 2O1LA 2UVHA 1TFAA 5L9MA 4AB6A 3AXFA 3MPKA 4Q30B 2HEUA 2PX1A 4WKMA 4FATA 5I59B 1USYE 2QS3A 1H43A 3F11A 5EHMA 1IXGA 2H4IA 4YU0A 5CMCA 4PFTA 4RXLA 3UP9A 3LSLA 4MH5A 3IOWA 2O84X 4OVJA 3N6TA 1ZIUA 3B7DA 3Q28A 3TPAA 4PP0A 4F3SA 3CG3A 2X7PA 3K0VA 1T0KA 3V83A 4U22A 3KOSA 3MUQA 2ZYOA 2RINA 2UVIA 1MM7A 4OENA 3HPIA 3OXNA 4E0WA 4G68B 3EHTA 4ELOA 5K2YA 1LAXA 1B3GA 1M5BA 4RY1A 1NH7A 3TELA 1R9LA 1BTJA 1LCTA 3M3LA 4X1BA 2LAOA 1UQWA 3HHFA 1SYIA 1YAEA 2ZNUA 2XXVA 3FVGA 4EUOA 5I84A 4NE4A 2XXHA 3GBAA 4R73A 1XVYA 3OEMA 2XHDA 2PMSA 1NMUA 3TYHA 5EHSA 1SI1A 1JEVA 1URSA 5CMKA 2Y7KA 4TLLB 2FA7A 1B2HA 4G8MA 4IO4A 4KYEA 3T66A 4EXKA 4F2OA 4F2QA 4FE8A 4PETA 1Y3NA 2FYIA 3VLVA 1LFHA 1B7UA 3CRBA 4NTLA 3PUYE 4LZ8A 5B70A 2GRVA 4JBZA 3FXUA 2VOZA 1B51A 2Z8DA 4FIMA 2R6GE 3K1MA 4R75A 4KD5A 2GH9A 5DYHA 1EZ9A 3CG1A 3H3GA 2O7UA 1OIBA 3FVNA 1LGBC 3FATA 3I3VA 4R2FA 3FGSA 3G3IA 3FVKA 1SD3A 2I58A 3LR1A 2I0BA 3FXQA 3S9MC 1F9BA 2Y7PA 4UA8A 5FHOA 4OERA 4JSOA 1O7TA 4GL0A 3M8UA 4G68A 3UIFA 3TQLA 4YICA 3E9XA 1A54A 3UN6A 3PV0E 1FQAA 5DVIA 2AYSA 1UTBB 4O3BA 3E4RA 3C4MA 3E13X 3M3KA 3N94A 2RC8A 5ISUA 1US5A 2F7BA 3KFMA 1JQFA 1ZJLA 1RKMA 2XX8A 4JB7A 4OEVA 2RCBA 4GL8A 3QK6A 3FZVA 1SW5A 1JEUA 3O6IA 1US4A 2H25A 1N7XA 3K1PA 3RTWB 2ALUA 2O7IA 2OK2A 5HM4B 1DMBA 1A8EA 2ZYKA 5A5XB 3VE1B 1LAGE 2F8DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K3FA 3TTRA 4F22A 2BJJX 3VV5A 3GYYA 1FPLA 4R9FA 3FJMA 3IAZA 3PPPA 1Q9DA 3OO7A 1YYZA 1PEBA 1FTOA 3W9WA 3H03A 2DQVA 4G4PA 3IB0A 3SEXA 2QRYA 3MP6A 1ZLQA 3K02A 2B4LA 1LB8A 5IKBA 2XWVA 1II5A 1M5FA 1XOCA 3DLNA 2AIXA 2XXYA 4RJZA 3PMXA 4PFIA 3K6VA 4WEDA 4OFOA 1VFDA 4GWOA 5K2XA 2DE2A 3TCHA 3Q29A 1Y1ZA 3ZS6A 1MPBA 5L9OA 4GWUA 1NV4A 2F78A 2DWIA 2KQZA 2XXPA 1PC3A 1MY0A 1A99A 2XXIA 4AB5A 1VFEA 1LBWA 2QL3A 4XXUA 3T9XB 1G0IA 3TDJA 5FTIA 1URGA 1DPEA 4RK9A 1NKXA 1PDAA 2D3IA 1MM6A 4IO7A 4THIA 4OZ9A 4N13A 5IM2A 4GX3A 4YMBA 3IL1B 4XKQA 3KZGA 4OVSA 3MAMA 1DOTA 4QFPA 1XC1A 2F7AA 3KSJA 1MDQA 1P1WA 4YAHX 4DIGA 1P1QA 1MY2A 5KDTA 2VP1A 4ZZAA 3KSXA 1IMEA 2F7CA 4MMPA 4KHZE 1XVXA 3D4GA 5A5XA 2ZXTA 4BDLA 1NV5A 4RNSA 3Q26A 3V5AA 2WKYA 1QULA 4IY6A 3PTYA 5IZ3A 3IB1A 1DCUA 1P1OA 3MP8A 4F39A 3H7MA 2F6PA 3MC2A 2HHMA 3CSBA 1NV7A 2I0CA 2R9JA 5EQAA 2HZLA 5ET6A 4U1OA 2WYKA 2F36A 2XXXA 2XXTA 1NUZA 4NF4B 2GFEA 3H6VA 3MP1A 3C31A 2Y7IA 4NWDA 1Y3QA 4F31B 4Q0CA 3BBRA 4E0XA 2OBGA 4ZEBA 5EQ8A 1MQHA 3RPLB 3EPEA 3EHUA 4P0IA 4N81A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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