3VE1B

The 2.9 angstrom crystal structure of transferrin binding protein b (tbpb) from serogroup b m982 neisseria meningitidis in complex with human transferrin
Total Genus 216
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
216
sequence length
677
structure length
675
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPETDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis of transferrin sequestration by transferrin-binding protein B.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
molecule keywords Transferrin-binding protein 2
total genus 216
structure length 675
sequence length 677
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B03
1URGA 1MXUA 4LVQA 1YCJA 4R74A 5J1DA 2QMXA 1N3WA 5ICTA 2B3FA 1VFEA 1EH3A 1US5A 2R71A 5FTIA 3PPOA 3PUXE 3T22A 1Y1MA 2XXWA 3HPIA 4M1VA 2XHDA 2XXQA 3KN3A 4NF4A 3FV1A 5H8NB 2H25A 3VLUA 2QSXA 1MY0A 5H8HA 3EN3A 1FQDA 1ZMGA 2VHAA 3QYTA 5LOMA 1D4NA 1NL5A 5CMKA 4OEUA 3S4UA 3W9VA 1B3GA 3C31A 1N76A 3KG2A 4QF9A 1B1HA 1ZTYA 3H6WA 2HEUA 1IUDA 1Q35A 4XKQA 3Q26A 4FEDA 3KBRA 4NF4B 3S9EA 3KN7A 2RCAA 3IOVA 1SQYA 2O6AA 5H8HB 3P7IA 1NMUA 1JETA 4EXLA 5DVIA 1B5IA 3IOTA 3TTLA 3A3CA 2DWHA 5EHMA 3LBSA 1LCFA 1SW4A 4FJPA 4R75A 2Q89A 2P2AA 1TXFA 3ZKKA 3EQ1A 4LZ5A 5I57A 4AB6A 1NNFA 4BDMA 1O63A 4DCYA 1IXCA 1SW1A 2XD2A 3PPRA 4PP0A 2PX1A 3IJXB 1AIVA 3C35A 1XT8A 1XC1A 1MQIA 4ISUA 3TEPA 4MH5A 4PETA 1GGGA 4H65A 2DWAA 4OFLA 3H6UA 4ZECA 4Q0CA 1FTOA 1FQEA 1MH3A 5I57B 3DLNA 3CRBA 4IO4A 1HSEA 3RY3A 1N0TA 4LQ2A 3UORA 4ND9A 3IO6A 3IOWA 1VFDA 2DE3A 2ZNTA 2DQVA 3OD7A 3LSWA 4Z0IA 1OLCA 1Y4TA 4YICA 4IGRA 1B5HA 1A55A 1URDA 1PC3A 2G93A 3SESA 4XKPA 1DMBA 1Y4CA 1MY4A 3KFMA 1XVYA 4R6YA 2YJPA 3C33A 1N04A 4BDQA 2OCUA 2F34A 2O7IA 4YMAA 4ELRA 3PMWA 3VXBA 3PUVE 3VFJA 5HBCA 3MP1A 2XX7A 4JWOA 5CC2A 2H98A 3LC8A 5JK4A 2Y84A 1DPPA 3KSXA 3R6UA 5AA3A 3HHGA 1MXXA 2ZYNA 4F29A 5I2KA 1S7YA 3V89B 1BP5A 3DELB 4JDFA 3A3UA 3FUZA 3MW0A 3UA8A 4P11A 2ZMBA 1O7TA 2I4CA 1ANFA 4YB7A 4PFTA 2F35A 2KLFA 2ZXTA 2F8DA 1OVBA 1MXWA 1FTJA 1MRPA 1B40A 1D9VA 1MDP1 3U92A 3G3JA 2CMOA 2O7UA 3OELA 4RY1A 1P1OA 1NNKA 2F7CA 2DVCA 3FIRA 5I2KB 1A40A 4OFJA 1A8EA 3LSXA 1LAHE 4ECFA 1MXZA 4GD5A 2FYIA 4K3FA 1UTHA 1EZ9A 4R9FA 1BIYA 4Q5TA 4RPOA 1ELJA 1S50A 3OO7A 1WDNA 3T9HB 2QS3A 1II5A 1OQGA 2GH9A 3KJTA 3O66A 2W7YA 2Z23A 2F36A 1FQFA 3FJGA 3N26A 4JSOA 3IX1A 2FNCA 2DOJA 3VVEA 2F6PA 1B05A 2NOOA 1H76A 2A5TA 1WVJA 3R26A 1P1UA 4PE5B 1UTHB 2LAOA 1VR5A 3PPPA 4LA9A 5JEIA 3RTWB 2PT1A 3TPAA 2Q2CA 3E3KA 2AL5A 4MBPA 5CMBA 3SEWA 2DWJA 1MY3A 2YLNA 2ZNUA 2V84A 1P1NA 2H4IA 1FTKA 4MF3A 2V25A 4C0RA 4UA8A 1H44A 5I58A 5JTYA 2PMSA 2QPQA 3O97A 2M8CA 2AIXA 3KSJA 1I6AA 3U93A 2I3VA 4OZ9A 4ELOA 1B6HA 2A5TB 3PMVA 3LR1A 3V8XB 2GHAA 1LFIA 4M4GA 1MDQA 3U94A 1JW5A 4XKRA 3KN8A 4BDOA 3EF7A 3MZBA 1PBQA 1BTJA 3RGYA 4F22A 4O3AA 5IAIA 1XVXA 2HFBA 4TLLB 4F31B 2O51A 2REJA 3M8UA 1IIWA 1MY2A 1TT1A 5I58B 4JXIA 5JTYB 4JSDA 3WAFA 3ONMA 1JQFA 4YKPA 3AXFA 3OENA 4ZEBA 2XXHA 2QS4A 4G77A 3K4UA 2VGQA 2A5SA 3OO9A 1H3DA 2I0CA 4C1UA 4GVOA 2OWTA 2B3BA 3O9PA 3O6IA 4ZZEA 4X1BA 1SDXA 2HCAA 2RINA 3CVGA 4DE8A 5IKBA 4NF6A 5EYFA 3MVYA 3CFLA 1USYH 3OXNA 5KCJA 3RTFB 5HM4B 4KFQA 1P1QA 3OEMA 3CFZA 2CZLA 2Z8FA 1FCKA 3MZ9A 3OOAA 4F1YA 4NTLA 4OERA 4F1UA 1TFDA 5M2VA 2ONRA 4U23A 4H5FA 1JW4A 1Z7ME 3FVKA 1LFHA 5AA1A 3FZVA 4TLMB 3H3GA 3H06B 1YAEA 2V3QA 1N7XA 3B6QA 1WODA 4XKNA 4NWCA 3IB0A 3THIA 3TCFA 3IB2A 4NF6B 1NH7A 3LSLA 4ZS9A 2Q8JA 5KCJB 4U4XA 3TODA 4MLQA 2RC9A 4WXJA 4GF8A 4PFWA 3TMGA 1Y3QA 5FHMA 3CG3A 4EXKA 3MC2A 2Z8DA 3G7WA 4Q8RA 3H7MA 1FW0A 1JNFA 3T9VA 3IORA 3VV5A 5AA2B 1B7UA 4IO3A 2HAUA 1SI0A 2DS9A 1NNPA 3T9UA 3G3KA 4TOZA 4H1XA 4WKMA 1D9YA 3MVXA 4G8HA 4DDDA 2VOZA 1SD3A 2YPNA 3PD8A 3K6XA 3LUYA 2B65A 3TYHA 1N3XA 3UGWA 1XHYA 3MUQA 1Q1KA 1GVCA 4LQ5A 5FHOA 4F19A 3K2DA 2ANJA 2RCBA 2NWJA 2ONKE 1B3LA 3OO6A 5KZTA 2F97A 3E4RA 3FVGA 3QIMA 4RXLA 1R6ZA 3VDFA 5ITOA 3H6VA 2ABHA 3VLVA 1UIUA 3O29A 4I62A 3SKPA 3RLFE 4EQ7A 1IQ7A 1UQWA 1HSLA 4JWYA 3EPEA 1R9LA 3TTKA 3S9NC 4QFLA 1US4A 1SVXB 3E13X 2OZZA 2UVIA 2WKYA 3K6VA 5ISUA 5CMMA 3QUFA 3I5OA 3K00A 4NF8B 5EHSA 1ZU0A 4U21A 3FJMA 2VD3A 1DTGA 2GFEA 4E0WA 4OHNA 4FATA 1YPNA 3K1NA 1R9QA 3FXQA 1PB8A 2Y7KA 4OXVA 3I3VA 4LONB 1I6QA 2HAVA 3C34A 1MS7A 3SDFA 3U72A 2Q88A 4ONYA 3G3HA 4U4SA 4I9DA 4BLAA 3S2VA 5L9OA 1M5DA 1ZLQA 4JWXA 3QAXA 2DVZA 3MP6A 3HHFA 4OVJA 3RUMA 2DYXA 2I0BA 2O68A 3SEXA 1LAFE 5CI5A 3DP4A 3PMXA 1MQDA 4F3GA 4QSCA 3U1OA 1H43A 3G3GA 4XXUA 2RC7A 1LAXA 4KI0E 1SYHA 1ZIUA 5ICQA 2UVHA 4HW8A 1JW1A 3UN6A 2IEEA 3IAZA 3K02A 1OQHA 4LP2B 4PFUA 3TQLA 3BFTA 4ESWA 4R2BA 3TAJA 1M5FA 3TFLA 3R7XA 2ALUA 2XXUA 2I3WA 4FECA 2XX9A 3FD3A 1QKBA 2P0SA 2I4BA 3Q27A 3K6WA 1L5TA 3KOSA 4H5GA 5F1QA 4R2FA 2R6GE 4YZZA 4F3PA 1XOCA 3QUJA 3ECRA 1B4ZA 3O6GA 3RT8A 3KOTA 4G2ZA 3F11A 4N07A 4O3BA 2UYEA 4Q30B 1M5CA 2Q2AA 3ZS6A 3S9MC 2GHBA 1ZBMA 4RYAA 4C1TA 1AL3A 3CIJA 3UP9A 3W9WA 3O28A 3PUYE 1H45A 3TTNA 3PUZE 4U2RA 2V3TA 1NKXA 3FASA 1T0KA 5KDTB 2D5WA 1B32A 4H8IA 1PEBA 4QFOA 1RYXA 3KEIA 4THIA 3VXCA 2IA4A 3BBRA 3L6GA 2HXWA 3Q25A 3K1MA 1B52A 5CMCA 1UTBA 3SEUA 4IO7A 3T93B 1QUJA 3VE1B 5CBSA 5DVFA 1M5BA 2V3UA 3OSQA 1DTZA 2PT2A 3TELA 5H8SA 4H0WA 3DM0A 3PPQA 3FVOA 1JVYA 4FEBA 4NWDA 4BDLA 3CG1A 5I84A 4EDPA 3I6VA 2QS1A 1MG1A 2D21A 3RNNA 5TPAA 2NXOA 1HSJA 2XX8A 4F39A 1B3FA 2XXTA 4BDRA 1B9JA 3K1PA 1UTBB 5I2NA 3PV0E 3MP8A 4R73A 3TZAA 2PVUA 1GV8A 2Z22A 3JYRA 1F9BA 1RYOA 2Y7WA 5B7DA 1RKMA 4U1OA 4OWDA 1S9TA 3OMBA 4F18A 3ZKLA 4PFYA 1EZOA 2PBWA 5TP9A 3D4CA 4QSDA 1PBPA 3VVFA 4DLDA 2NUVA 2ESNA 4YB6A 5TPAB 1FTMA 2UYFA 1LCTA 1NH8A 5AA4A 5I2NB 4KCCA 4YAHX 1SI1A 3CSGA 4ZEFA 4F1VA 2F7AA 4EF2A 3ILTB 4KPTA 1IXGA 1GTKA 2AL4A 5ITPA 4GL8A 4YKIA 3N6TA 1Z7NE 5TP9B 4N13A 4HCYA 3HN0A 4QSEA 4KHZE 4BDNA 1FQBA 1NFTA 1D3KA 5DTBA 3TUSA 3U8QA 3SETA 5AA4B 3HSTA 4WEDA 2H99A 3MZ1A 4H8JA 4OYVA 3TTMA 3S9LC 2F5XA 2X26A 3IK6B 2I58A 1AOVA 4QRZA 4F2QA 4IO5A 4JBZA 2O69A 2DE4A 5DYHA 3KGCA 3CI8A 3PPNA 3VVDA 2X7PA 1IZ1A 2NVUB 3OEKA 2DXYA 4N6PA 4QFPA 1ZKBA 2ONSA 2AYSA 3H4ZA 2XXYA 4OENA 5ELVA 5DT6A 2UVJA 2DSFA 3KJ7A 1B4HA 3K6UA 4FORA 2ZYKA 3BFUA 4R9GA 4QFNA 3M3LA 4ELQA 4OQOA 3PGFA 1TWYA 4DCXA 3MPKA 2I48A 5AA2A 4P0GA 3CR9A 4AB5A 2F6GA 4QFKA 1CB6A 5CRYA 2ZYMA 3FXUA 3O6HA 4G68A 3O2AA 1MQGA 4H6DA 1LFGA 3ILUB 4OTEA 3A09A 1EU8A 4F3SA 2XXVA 2QMWA 2XD3A 3E9XA 3TCHA 1FTLA 2GRVA 3FXRA 3FATA 4XIGQ 1FQAA 1B3HA 3H6TA 4ZEIA 1VSOA 3IB1A 2QRYA 1B46A 1PDAA 4G8MA 4YKJA 3FGSA 3N6UA 1VE4A 4G4PA 3TTRA 1CE2A 4RK2A 1B0HA 2XXPA 1OLAA 2DXRA 2RKMA 4NF8A 4G68B 5DEXA 2OK2A 3GBBA 4KQPA 5BUUA 3B7DA 3FVNA 1B5JA 4IB2A 2XXRA 3OSRA 4LATA 3B6TA 1NNTA 4GQOA 3TQWA 3V5AA 1GR2A 1LGBC 3MVZA 2UVGA 4AQ4A 1LB8A 3SEVA 1DPEA 4R72A 4O3CA 3JV9A 2ZNSA 2RC8A 5FTHA 3Q29A 1USYE 2I6EA 5DEXB 1SYIA 1A7LA 4LZ7A 2D3IA 4FIMA 1SW2A 3KZGA 1JEVA 4ZZAA 4DXUA 3D4GA 1BLFA 1MM6A 1P99A 4I1DA 4IY5A 1OIBA 1B2HA 2F78A 3DP8A 4U22A 4OEVA 5AA2D 4POWA 3HV1A 5I56A 3K01A 3EHTA 4U1ZA 1KWHA 1PB7A 3EHSA 1MM7A 4FE8A 1O64A 2QL3A 4KYDA 1QUIA 4R6HA 1B7ZA 3UIFA 1I6BA 2DWIA 1B1XA 1LSTA 1P1WA 4ZDMA 4LZ8A 3UK4A 4FAJA 5I59A 4GWOA 4E0XA 4IY6A 1B7HA 4GXSB 3Q28A 5A5XA 4F2OA 2Q9TA 3JZJA 5CM6A 3T66A 4DXBA 4NMYA 1FQCA 2O1MA 3PUWE 4UACA 5TU0A 4GIZA 5I56B 3M3FA 3MPLA 5KDTA 2ZYOA 3RPWA 4EQBA 2HZKA 4TQUQ 4ZE8A 3PD9A 5L9SA 4RNSA 4KCDA 2G29A 1POY1 4KYSA 2DP8A 2Z8EA 4KYEA 2OBGA 4NF5A 5I59B 4ZE9A 2E1SA 3N94A 3C4MA 4PQJA 4GFRA 5A5XB 4RK9A 2HZLA 2XXXA 3VLWA 2BJJX 4I8CA 4MLVA 3C32A 2Y7PA 1SW5A 4ELPA 4NEDA 3QSLA 3HO7A 1M5EA 2QS2A 5L9MA 2OLBA 4HTGA 1LBCA 3IL1B 1A8FA 3MJNA 1A54A 4DZ1A 3K0VA 1PB9A 4R6KA 3OO8A 1SBPA 4L17A 4QHQA 3MAMA 1QUKA 3MBPA 2FA7A 4JB7A 2O84X 1QKAA 1AMFA 1QULA 1DSNA 2UXAA 3V83A 3MQ9A 1MPDA 4NF5B 4RA1A 1MQHA 4WEPA 4ZEDA 3TDJA 3GZGA 4GL0A 4GRKA 4YB5A 3M3KA 3MWBA 3C36A 5FHNA 4HCWA 1MXVA 3QXMA 2OWSA 4DXCA 4F3BA 4OMBA 3DP6A 1Y9UA 3RQTA 1UIVA 4YKKA 1B51A 4MFIA 1MQJA 3T9XB 3QK6A 3W15C 1LAGE 2R9JA 4LUBA 1IEJA 2P1SA 1JEUA 1B0LA 3IOUA 1OMPA 4EQ9A 3GLBA 5HPQA 4POXA 2H9BA 1LBBA 2HQ0A 5H8QA 1MXYA 4P0IA 5K2XA 3H03A 4HS7A 4NE4A 4H67A 1I69A 1TFAA 2X7QA 4GLIA 3SEYA 4RPNA 4Z7EA 5K2YA 3TKDA 3LSFB 4GXAA 1Y1ZA 1QJMA 3HCQA 1B58A 4ZEKA 5DVJA 4IO2A 1EZPA 1Y20A 3EHUA 2H5YA 3N5LA 1N7WA 3ODBA 5B70A 2QJEA 1XS5A 4RJZA 2O1LA 3L6HA 1IXHA 1MPCA 1ZJLA 1OVTA 2Y7IA 3G3FA 2I49A 4EF1A 3RN8A 1MH4A 4OFOA 5F7VA 3PU5A 3B6WA 5H8QB 1B3EA 4GOTA 2DE2A 3CSBA 3G3IA 1BKAA 1AH5A 5H8FA 4X48A 3T96B 1POTA 1YTVA 4G8NA 3FV2A 2RF1A 2XXIA 4YU0A 2Y7RA 4KD5A 4IGTA 3IO4A 1JVXA 5L8DA 2REGA 1ATGA 1DOTA 3SERA 1LB9A 4EUOA 1MPBA 3MVWA 2E0SA 4G68C 1IXIA 2PYYA 4ESXA 4OETA 5AE4A 3BKIB 5H8FB 5BWJA 4KR5A 1MY1A 3USDA 1R1NA 2VP1A 3IR1A 1Y3PA 1IITA 3RT6B 4X1DA 1Y3NA 3IJOB 2F7BA 2OJTA 1N84A 3WAEA 1URSA 3GXAA 2V93A 4DIGA 1QW0A 3ZSFA 5CBRA 3TCGA 4IO6A 1QVSA 1LLSA 2THIA 4OESA 4X9TA 5H8NA 3FJ7A 3GBAA 1A99A 4YMBA 3C9HA 3CFXA 1J1NA 4XTCQ 2VD2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1URGA 4N6KA 1MXUA 4LVQA 1YCJA 4R74A 5J1DA 2QMXA 1N3WA 5ICTA 2B3FA 1VFEA 1EH3A 1US5A 2R71A 5FTIA 3PPOA 2KR0A 3PUXE 3T22A 3IFCA 1DCUA 1Y1MA 2XXWA 3HPIA 4M1VA 2XHDA 2XXQA 3KN3A 4NF4A 3FV1A 5H8NB 2H25A 3VLUA 2QSXA 1MY0A 5H8HA 3EN3A 1FQDA 1ZMGA 2VHAA 4MHFA 3QYTA 1FJ6A 5LOMA 1D4NA 1NL5A 5CMKA 4OEUA 4NAPA 3S4UA 3W9VA 1B3GA 3C31A 1FBDA 1N76A 3KG2A 4QF9A 1B1HA 1ZTYA 3H6WA 2HEUA 2P3NA 1IUDA 1Q35A 4XKQA 3Q26A 4FEDA 3KBRA 4NF4B 3S9EA 1NV6A 3KN7A 4PE3A 2RCAA 3IOVA 1SQYA 2WBDA 2O6AA 5H8HB 4FBPA 3P7IA 1NMUA 4GWUA 1JETA 4EXLA 5DVIA 1B5IA 3IOTA 3TTLA 3A3CA 2DWHA 4PGNA 5EHMA 3LBSA 1LCFA 1SW4A 2F3DA 4FJPA 2PFYA 4R75A 2Q89A 2P2AA 4MIJA 4OA4A 1TXFA 3ZKKA 3EQ1A 4LZ5A 5I57A 4AB6A 1NNFA 4BDMA 1O63A 3HFUA 4DCYA 1FPEA 1IXCA 1SW1A 4H45A 2XD2A 1FPBA 3PPRA 4PP0A 2PX1A 3IJXB 1AIVA 1FBEA 3C35A 1XT8A 1LBYA 1XC1A 1MQIA 4ISUA 3TEPA 4MH5A 4PETA 1GGGA 1LBWA 4H65A 2DWAA 4OFLA 3H6UA 4ZECA 4Q0CA 1FTOA 1FQEA 1MH3A 5I57B 3DLNA 3CRBA 4IO4A 1HSEA 3ISPA 3RY3A 1N0TA 4LQ2A 3UORA 4ND9A 3IO6A 3IOWA 1FPGA 1VFDA 2DE3A 2ZNTA 2DQVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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