3VE1B

The 2.9 angstrom crystal structure of transferrin binding protein b (tbpb) from serogroup b m982 neisseria meningitidis in complex with human transferrin
Total Genus 216
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
216
sequence length
677
structure length
675
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPETDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis of transferrin sequestration by transferrin-binding protein B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transferrin-binding protein 2
molecule tags Transport protein
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
total genus 216
structure length 675
sequence length 677
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B03
3MVXA 3K1NA 1QUIA 3IOWA 2RC9A 4UA8A 5EHMA 5ICQA 2XXWA 3MC2A 1BKAA 1USYE 5CI5A 3RT8A 4F31B 4YKKA 5FHOA 3MJNA 4YU0A 1TFAA 4THIA 4HCYA 3H06B 3G7WA 3OOAA 3MQ9A 4RYAA 4LQ5A 4HCWA 3I5OA 1PBQA 1BP5A 1D3KA 5CMMA 1A7LA 3O2AA 2I58A 1H43A 2QS3A 3K0VA 3QAXA 3RGYA 1XC1A 4JWOA 4U23A 1P1QA 1FQFA 1MQJA 1D4NA 5FHNA 1B51A 4PP0A 2F97A 3SEVA 3PD8A 1Y9UA 3GLBA 1M5CA 3IL1B 4IGRA 3LSFB 5DVJA 2QMXA 1NMUA 3A09A 3DP8A 1IXIA 3K1PA 1ZMGA 4G77A 2Q2AA 4OZ9A 3ILTB 4IO6A 3LSLA 3D4CA 3PMXA 1JQFA 1MM6A 1ZJLA 4MF3A 4PFTA 5CMCA 1UTHB 3UN6A 1MPCA 3K6WA 2H99A 3C32A 1EH3A 3DP4A 3C36A 3TTLA 2VGQA 1LFHA 3VVEA 3BFUA 1P99A 5AA3A 3C33A 3Q28A 2X7PA 3IJXB 2ANJA 4U1ZA 3DP6A 1O64A 1LCFA 2DE4A 2P2AA 2V84A 3S9MC 1USYH 4G2ZA 3RTWB 1EZ9A 2GRVA 4R6KA 1MY2A 1POY1 3QYTA 2FYIA 5I58A 2P1SA 3TYHA 2G29A 4F1YA 4YB6A 4LZ8A 3THIA 3IK6B 3PMWA 4YMBA 3K00A 4YKIA 2PMSA 2UVJA 4RY1A 4C1TA 3MPKA 3FZVA 2QS4A 3N6UA 1TT1A 2HFBA 1LSTA 3AXFA 3T66A 3H6TA 5DT6A 1N0TA 1DPPA 1B9JA 2YPNA 4FEBA 3OO7A 4YKPA 3MVYA 1LAHE 2DWAA 2DWHA 5JK4A 5K2XA 4BLAA 4GVOA 1UIVA 1VR5A 3EQ1A 4Z7EA 1DPEA 1GTKA 1JW5A 3QUJA 3KG2A 1B6HA 1DSNA 1OIBA 4NTLA 2QRYA 3VDFA 3HHFA 4KYSA 3IO4A 3G3GA 1B5JA 3RLFE 4OXVA 4ND9A 3OO6A 1URDA 1MQHA 2E0SA 2IA4A 4U1OA 4OQOA 1WDNA 1KWHA 3QUFA 3T9HB 1JETA 1HSEA 3R6UA 2I3VA 3PD9A 4KYDA 3V5AA 4OTEA 2QL3A 4K3FA 3UIFA 4NF8B 1SQYA 1OLCA 5L8DA 4EQBA 4NF4B 4YZZA 4KHZE 2XXHA 2ZNSA 1B3HA 5DVFA 3B7DA 4DXCA 4F1UA 2H4IA 3Q27A 1A99A 2ESNA 1RYOA 1N04A 1I6QA 2E1SA 2YLNA 2ONSA 1SD3A 1LAGE 3CR9A 4QFOA 2CMOA 4QSEA 2Y7KA 5EHSA 1NFTA 4RA1A 5ICTA 4DCXA 3HCQA 5I58B 4C1UA 2ONKE 4MFIA 4P0IA 3OEMA 3IJOB 1LFGA 4M4GA 1ZU0A 4ZECA 4BDLA 4WEDA 2PT1A 3H3GA 2D5WA 1PB9A 3PPOA 3SEWA 1R9LA 4RNSA 4IY5A 3MP8A 5ITOA 4XXUA 4ZEIA 3T96B 2PYYA 4HTGA 1I6AA 1DTZA 2I0BA 4GLIA 1II5A 4OESA 4BDMA 1B5HA 2AYSA 5DYHA 3MPLA 3C34A 4QHQA 4JSDA 4OMBA 4RPNA 5TU0A 3MP6A 3G3IA 1TWYA 5KDTA 4DZ1A 3FV1A 5CC2A 2XX9A 4R75A 4UACA 4WKMA 1LBBA 4ELPA 3R7XA 4XKQA 1B46A 5AA4A 1S9TA 2V3TA 3DM0A 1JNFA 4ZZEA 2GFEA 1FQBA 1SW1A 2HXWA 3W9WA 4F2QA 1VFEA 4DXBA 3PUZE 4JWXA 3KOSA 4JXIA 3WAFA 4F2OA 4BDRA 3SEXA 2HAUA 3K6UA 3BKIB 4JB7A 3WAEA 4XKRA 4O3BA 2ZYKA 3UP9A 1PEBA 2Y7IA 3VVFA 1B40A 1B7HA 3VLUA 2D3IA 3TTMA 3O6GA 1R1NA 1UQWA 3KGCA 1FW0A 2O84X 3R26A 4R2BA 4GF8A 2UVHA 3IB1A 4DDDA 3K1MA 3CG1A 4XKPA 1N76A 4GRKA 4X9TA 4OFJA 4R6YA 3BBRA 1A8FA 1GV8A 2V3QA 4EQ9A 1US4A 3FJGA 3OD7A 4U21A 4DE8A 3IOUA 4C0RA 1A40A 5AE4A 4IO7A 5ELVA 5TPAA 3UA8A 4EF1A 4ZEFA 1M5FA 3RT6B 1A8EA 5B7DA 4PQJA 3P7IA 4I9DA 4G4PA 3PUVE 3S9EA 4H5FA 1N3WA 3PU5A 4OHNA 1N3XA 3TPAA 4ESWA 2QPQA 3HN0A 4F1VA 3H6VA 1VFDA 1B3GA 2DE3A 3KSJA 1IITA 2VP1A 4FAJA 1US5A 2X26A 1ZKBA 2D21A 5IKBA 2HZLA 1NKXA 3GBBA 4RK2A 4GL0A 5KDTB 3MP1A 5M2VA 1B3FA 2O1MA 3ZKKA 4KCDA 1POTA 4QRZA 4F3BA 4XTCQ 5CRYA 2NXOA 3E9XA 1N84A 2V93A 5I57A 3B6TA 5AA4B 1JEUA 1IXHA 4EDPA 2RC8A 3MVWA 1R9QA 4BDNA 3A3CA 1DMBA 3IOTA 2XXRA 4AQ4A 2QS1A 4E0WA 3OELA 3PPQA 3S2VA 2RKMA 1B7UA 4KPTA 3O28A 5FHMA 5HPQA 1NH7A 1M5BA 2HQ0A 1LGBC 1JW4A 3JYRA 4Q8RA 1ZTYA 1A55A 4X1BA 1QVSA 3C31A 3PGFA 5L9MA 4P0GA 4GIZA 3ZS6A 2DQVA 2Q9TA 1AIVA 4YB5A 2M8CA 2GH9A 3LSWA 1WODA 3VVDA 1MXXA 4X48A 3QXMA 2ZNUA 4DLDA 1B58A 2O51A 4EXKA 4LUBA 2Y7WA 1IXGA 4R73A 5CM6A 1QW0A 4JSOA 3E4RA 4GD5A 1LB9A 1URSA 2Q88A 4GXSB 3MBPA 5TPAB 1YTVA 3ODBA 3MZ9A 1B7ZA 4YMAA 2VOZA 4OFLA 4QFLA 1CB6A 3T9VA 3PMVA 5DTBA 1NNKA 3MAMA 4NF8A 1PB7A 3GZGA 3KEIA 4NF4A 4R9FA 5JTYA 2F6PA 2RCBA 3VE1B 2QSXA 1JEVA 3OMBA 4BDOA 1MY1A 1ZLQA 5KCJA 4F3SA 3V8XB 5CMBA 2UYEA 5A5XB 3RY3A 2RINA 2DVCA 5F7VA 1MY4A 5L9SA 1FQCA 2R71A 1PC3A 1YPNA 4F18A 4FIMA 1MY0A 3EHTA 1A54A 2DWIA 5I2KA 3O29A 4G8HA 3HV1A 1H3DA 3ECRA 1ELJA 3IX1A 3G3FA 1RYXA 1S7YA 1PB8A 3OO8A 2O69A 5I57B 2F78A 1QKAA 1Y1ZA 2R9JA 2ABHA 4OENA 3G3HA 1L5TA 2F36A 1SW2A 3EHSA 3UORA 1MXWA 3W15C 3H7MA 2W7YA 3C4MA 3MUQA 1NH8A 4EUOA 1OVBA 2F7BA 3KN7A 1YAEA 2F7CA 2F34A 3VFJA 3FIRA 1QKBA 3N5LA 3FJ7A 2NWJA 2XXQA 1VSOA 3A3UA 4RPOA 5CBSA 1AH5A 4IO3A 1B0LA 5J1DA 3EPEA 4H67A 3FV2A 2F8DA 2GHBA 3O6HA 2DOJA 3USDA 1CE2A 1PDAA 4HW8A 3TDJA 4JDFA 3PUXE 4N6PA 3RNNA 4Z0IA 1ANFA 4ZEKA 2Y7RA 5B70A 4X1DA 3U94A 2DYXA 2XD3A 4Q5TA 2DP8A 2XXYA 2I4BA 4ZEDA 3TKDA 3DLNA 1Y4TA 3CRBA 3CG3A 3M3LA 1BIYA 1OLAA 4G68A 4FORA 5JTYB 4PETA 3Q29A 4FEDA 1OQHA 5KCJB 1SW4A 4YB7A 4I8CA 3TMGA 3U72A 1EZPA 4LP2B 3N6TA 2RF1A 3H6WA 4XKNA 3PUYE 5I56A 3V83A 2FA7A 1M5DA 3VXBA 1Q1KA 5I2KB 1TFDA 3CI8A 4LZ5A 2VD3A 3TUSA 1Y20A 5AA2D 3F11A 3O66A 3E13X 1F9BA 3KOTA 4RK9A 4QFNA 2I6EA 2XXVA 1BLFA 4ZEBA 1Y4CA 2QJEA 1OMPA 3CFXA 3LUYA 1IQ7A 4IO5A 2HAVA 1SW5A 1ZIUA 4PFUA 3IORA 4ELQA 1P1OA 2Z23A 3FVKA 1MM7A 3KJTA 3K6VA 1QJMA 1EZOA 2R6GE 5F1QA 5H8QB 3MZ1A 2NVUB 3ZKLA 3RQTA 3T22A 2P0SA 1ZBMA 3TTKA 4OERA 1IUDA 1WVJA 2PX1A 3SDFA 1B52A 1T0KA 2OJTA 4GWOA 3G3KA 3KN3A 3JV9A 2Z22A 3GBAA 2OBGA 4Q30B 3HPIA 2B3FA 2FNCA 2UVGA 5BWJA 3CIJA 4G8NA 3IR1A 3S9NC 3PV0E 3T93B 1EU8A 2Q8JA 2HCAA 1FTLA 4KR5A 4FE8A 2HEUA 2KLFA 3FVGA 2THIA 4QSCA 3CFZA 4GL8A 5AA1A 3TAJA 2O7IA 4TQUQ 4F39A 2Y7PA 2VHAA 5L9OA 2O68A 3OO9A 2OWSA 1QULA 5AA2A 5CMKA 2AL4A 5I2NA 1MG1A 3LR1A 3D4GA 4NWDA 4G68B 4R2FA 1NL5A 5KZTA 4OFOA 1J1NA 1LB8A 4ZZAA 1JVYA 4LA9A 3Q26A 2XXTA 3H4ZA 3TQWA 1LAFE 4U22A 4POWA 5I56B 3L6HA 1NNTA 2OCUA 4LQ2A 2WKYA 5BUUA 4DCYA 4BDQA 3VLVA 2F35A 2I48A 1B4ZA 1FQAA 2Z8DA 5K2YA 1N7WA 3K01A 3S9LC 3SERA 1LFIA 1H76A 1MQGA 3TCHA 3FD3A 1MH3A 1Z7NE 3FATA 1B2HA 1SYIA 4TLLB 2NUVA 3TTNA 1H44A 5A5XA 3HHGA 5LOMA 3SEYA 1BTJA 4OETA 1XVXA 4F3GA 1SYHA 4H5GA 4KFQA 2QMWA 1SVXB 2ZXTA 2Z8EA 3CVGA 5H8NA 4M1VA 3PPPA 2NOOA 1MRPA 4Q0CA 4JWYA 4U4XA 4IB2A 3KSXA 1Y3PA 3PUWE 1MXYA 3N94A 5HM4B 5H8SA 3OSRA 3KZGA 4ISUA 3TQLA 1Y3NA 2PT2A 2CZLA 3BFTA 3IAZA 3ILUB 1UTBA 2Z8FA 3TODA 2O6AA 4H6DA 3K02A 4F29A 5AA2B 3O6IA 5I2NB 1B5IA 4MLQA 3LSXA 3LBSA 4ZE9A 1SBPA 4PFYA 3OENA 4I62A 3K2DA 4NE4A 4P11A 2IEEA 4NMYA 3RTFB 4ELRA 4H0WA 1FQEA 1FTJA 3TCGA 4N07A 2DXYA 4EXLA 1N7XA 4KYEA 3DELB 4H8IA 5CBRA 4LATA 1UIUA 5DEXA 2XXPA 3EHUA 1B1XA 1MS7A 1S50A 4G8MA 4O3AA 5ITPA 3HSTA 4H1XA 4U4SA 3SEUA 3OXNA 1B4HA 2ZNTA 4QF9A 3RUMA 5I59A 1RKMA 1IZ1A 4ZE8A 3H6UA 3U1OA 1Z7ME 1LCTA 1P1WA 2DS9A 2RC7A 1QUJA 2ALUA 4EQ7A 3K4UA 4ECFA 1O63A 4ONYA 3CFLA 3SETA 2H9BA 2Q2CA 1B0HA 1MY3A 4IY6A 3U92A 1SI0A 4H65A 4R9GA 3FASA 3IB2A 2XD2A 1AOVA 3E3KA 1O7TA 3VV5A 5H8NB 2DSFA 4PFWA 4QFKA 3FJMA 1I69A 4FATA 2RCAA 1MH4A 1XOCA 2GHAA 2I4CA 2H98A 4OVJA 2YJPA 4NEDA 2A5SA 3TELA 1MDQA 2PVUA 1UTBB 3SESA 3TTRA 2REJA 3KBRA 4OYVA 1MQDA 3LC8A 3ONMA 4PE5B 4QSDA 3KJ7A 3TFLA 2Y84A 1FTKA 2ZMBA 4KD5A 4MBPA 4L17A 2O1LA 4EF2A 4U2RA 2XX7A 2ZYOA 3PPNA 2B65A 1HSJA 4RJZA 5H8QA 3M3FA 1NNFA 3M3KA 2UVIA 1XT8A 4R72A 4F19A 3FXRA 2H25A 4YAHX 2DWJA 3I3VA 2PBWA 4F22A 5FTHA 5DEXB 1TXFA 5FTIA 3U93A 4NF5A 2F5XA 4HS7A 1VE4A 4O3CA 4LZ7A 5H8HA 3UGWA 4IGTA 3FVOA 4MH5A 1MPDA 3RN8A 1AMFA 3C35A 1DTGA 1FTMA 4H8JA 1JVXA 1M5EA 4ESXA 2AL5A 4I1DA 4MLVA 3CSGA 5I59B 4GOTA 1URGA 1LAXA 4JBZA 3VXCA 4E0XA 1MPBA 3IOVA 3FXQA 1GGGA 4WEPA 2XXXA 4OEUA 2UYFA 2H5YA 3M8UA 3G3JA 1JW1A 2ZYNA 1R6ZA 4KCCA 2ZYMA 1MXZA 3KFMA 2G93A 3K6XA 2OK2A 1FTOA 3FUZA 1H45A 4LONB 4QFPA 1I6BA 2XXIA 4XIGQ 5H8FA 1B32A 4IO2A 1MDP1 2ONRA 2XX8A 5HBCA 1IEJA 3ZSFA 3EF7A 5TP9A 5I84A 3JZJA 4YICA 1LLSA 3N26A 2Q89A 4WXJA 4TOZA 5IAIA 1D9VA 1SI1A 2DVZA 5ISUA 2LAOA 4GFRA 2A5TA 5EYFA 3SKPA 1FQDA 3KN8A 2O7UA 2I0CA 1XS5A 1IIWA 4NF6A 1B3LA 2F7AA 4TLMB 2I3WA 4AB5A 4NF5B 3GXAA 4POXA 4FECA 5H8HB 1GVCA 3B6QA 3L6GA 2XHDA 3C9HA 1LBCA 2OZZA 2I49A 3W9VA 4FJPA 4KQPA 3I6VA 2V25A 3OSQA 1B05A 3UK4A 3O9PA 2B3BA 2QS2A 1DOTA 3HO7A 1ATGA 4YKJA 2VD2A 4ELOA 1OQGA 1D9YA 1MXUA 2XXUA 4KI0E 4RXLA 3FGSA 4N13A 3T9UA 4NWCA 4DIGA 2OWTA 2BJJX 1P1UA 3OEKA 1HSLA 3H03A 1FCKA 2REGA 3S4UA 1MQIA 1Q35A 1OVTA 5H8FB 2F6GA 3FXUA 5JEIA 1AL3A 3MZBA 2UXAA 4G68C 3MVZA 1XHYA 3TCFA 2DE2A 4IO4A 1SDXA 3MWBA 1PBPA 3EN3A 4OWDA 1B1HA 5TP9B 2V3UA 3IO6A 3O97A 2X7QA 4R74A 3TEPA 1MXVA 2OLBA 3U8QA 3CSBA 3RPWA 4ZS9A 4ZDMA 4GQOA 3VLWA 2A5TB 3QIMA 1B3EA 5DVIA 3IB0A 1UTHA 1XVYA 2DXRA 3QSLA 3QK6A 1NNPA 3FVNA 4OEVA 4DXUA 3B6WA 3TZAA 3V89B 1QUKA 4NF6B 1YCJA 3Q25A 3T9XB 1Y3QA 4F3PA 1IXCA 1Y1MA 2HZKA 1GR2A 3PPRA 4LVQA 4R6HA 4GXAA 2AIXA 1P1NA 4AB6A 3MW0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MVXA 3K1NA 1LBYA 1QUIA 3IOWA 2RC9A 4UA8A 5EHMA 3E78A 5ICQA 2XXWA 3MC2A 4MEVA 1BKAA 1USYE 5CI5A 3RT8A 4F31B 1IMDA 4YKKA 2CZIA 5FHOA 3MJNA 4YU0A 1TFAA 4MX6A 4THIA 1FBGA 4HCYA 3H06B 3G7WA 3OOAA 4G61A 3MQ9A 4RYAA 1FSAA 4LQ5A 4HCWA 3I5OA 1PBQA 1BP5A 1D3KA 5CMMA 1A7LA 3O2AA 2I58A 1H43A 2QS3A 3K0VA 3QAXA 3RGYA 1XC1A 4JWOA 4U23A 1P1QA 1FQFA 1MQJA 1D4NA 5FHNA 4N8YA 2VPNA 2QVUA 1B51A 4PP0A 2F97A 2FHYA 3SEVA 3PD8A 1Y9UA 3GLBA 1M5CA 3IL1B 4MCOA 4IGRA 3LSFB 1RDZA 5DVJA 2QMXA 1NMUA 3A09A 3DP8A 4GX4A 1IXIA 3K1PA 1FPKA 1ZMGA 5IZ3B 4G77A 2Q2AA 4OZ9A 3ILTB 4IO6A 3LSLA 3D4CA 3PMXA 1JQFA 1MM6A 4PDDA 1ZJLA 2WBBA 4MF3A 4PFTA 4PFBA 5CMCA 1UTHB 5ESYA 3UN6A 1MPCA 2ZZXA 3K6WA 2H99A 3C32A 1EH3A 1LBZA 3DP4A 3C36A 3TTLA 2VGQA 1LFHA 3VVEA 3BFUA 1P99A 5AA3A 3C33A 3Q28A 2X7PA 3IJXB 1DCUA 2ANJA 4U1ZA 3DP6A 1O64A 1LCFA 2DE4A 4P3LA 4PE3A 2P2AA 4PC9A 1FPFA 2V84A 3S9MC 1USYH 4G2ZA 3RTWB 1EZ9A 2GRVA 4R6KA 1MY2A 4GX3A 1POY1 3FBPA 3QYTA 2FYIA 5I58A 2P1SA 5LTCA 3TYHA 2G29A 4F1YA 4YB6A 4LZ8A 3THIA 3IK6B 1DK4A 3PMWA 4YMBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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