3VE1B

The 2.9 angstrom crystal structure of transferrin binding protein b (tbpb) from serogroup b m982 neisseria meningitidis in complex with human transferrin
Total Genus 216
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
216
sequence length
677
structure length
675
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPETDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis of transferrin sequestration by transferrin-binding protein B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transferrin-binding protein 2
molecule tags Transport protein
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
total genus 216
structure length 675
sequence length 677
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B03
4JSDA 4ELRA 3L6HA 3CFXA 1MXWA 2Y7PA 1AOVA 5TP9B 4GF8A 4KYDA 4FAJA 1MQHA 1XT8A 2Q2CA 3T66A 3O28A 1DTZA 4Q30B 2QMWA 3EHSA 1IXGA 2RC9A 1MXXA 3OO9A 1SVXB 2I4CA 5JEIA 3N6UA 2QSXA 2XHDA 2M8CA 4MH5A 4TQUQ 5I2KA 1AMFA 3VFJA 4NE4A 4OEVA 3KZGA 4RXLA 4X48A 3K0VA 1VE4A 1SYHA 3PPQA 4G8NA 1SW2A 2XXWA 4ZE9A 2ABHA 4YKIA 3E3KA 4PFWA 4ZEIA 5H8NB 3Q27A 5L9SA 2OCUA 1YAEA 1R9QA 1M5FA 3OD7A 1Y4CA 3ONMA 4KCDA 5H8QB 1NH8A 3L6GA 3LSWA 3V8XB 5AA2A 4OXVA 2D3IA 3QAXA 3KJTA 3TPAA 4BDRA 3EF7A 3MPLA 2P0SA 5H8HB 2R6GE 4FORA 4LQ2A 5F1QA 3Q25A 1JEUA 1XVXA 1MQIA 1PB8A 1B7UA 2G93A 3JV9A 2E1SA 4JWOA 3O66A 1LB8A 3CSBA 2HZKA 3K02A 2IA4A 3K6WA 5DEXA 4I62A 3MUQA 4NTLA 3RUMA 4OTEA 3S9EA 2GRVA 3C34A 4EUOA 1S7YA 3OO6A 4H67A 4X1BA 4ZEDA 1QUJA 2Z8EA 4KCCA 2F34A 2B3BA 1T0KA 4NF4B 4IO2A 3C31A 1OIBA 5DVJA 1ZBMA 4N6PA 1S9TA 4QSEA 4WKMA 3Q26A 3RN8A 4LZ8A 4F1VA 5HM4B 1MM6A 3PMXA 3KN8A 3OMBA 5KZTA 3CI8A 3V83A 2XX9A 2XXIA 2QS3A 3LUYA 4F2QA 3O6GA 3PD9A 4PE5B 1SQYA 4LATA 3BKIB 4XKNA 2OK2A 5M2VA 1SW5A 2DOJA 3G3HA 3OXNA 1H44A 1B3HA 5KCJB 4EQ9A 1FTOA 1FQFA 3ECRA 1MPDA 5H8FB 5KDTA 3U8QA 1P99A 2OWSA 4O3AA 3PPRA 2NOOA 2ZYOA 1USYE 3QIMA 2F6GA 1Y1MA 1Y1ZA 5CBRA 2PT2A 3H06B 4DZ1A 3VV5A 1QKAA 1MPBA 4EXKA 1R6ZA 5ITPA 3FATA 3BFUA 3EHTA 1YTVA 3VLVA 5BUUA 5K2YA 2ZNUA 3QUJA 1KWHA 5I57B 5A5XA 2V3UA 3IR1A 5ELVA 2Q9TA 2I0BA 4ELOA 4RK9A 2DQVA 3T9XB 1RYOA 1M5BA 1US4A 3TDJA 2XXXA 3HSTA 1OVBA 3HN0A 5H8NA 3TTKA 2ONRA 4NF6B 3SEVA 2QPQA 1MQDA 1PB7A 3PU5A 4XKPA 4YZZA 2F6PA 2YJPA 1UTBA 3U72A 1XVYA 3IOTA 5K2XA 2OLBA 2XXVA 2V93A 2XXRA 5H8SA 3KSXA 3ZSFA 3UGWA 2KLFA 3V89B 4EXLA 5I56A 3G3JA 4GIZA 4NEDA 2H4IA 3H3GA 2DSFA 3W9VA 4GWOA 1B46A 3FIRA 1TT1A 4G68A 4FEDA 2F7BA 4U4XA 1MDP1 1N3XA 1WDNA 4KI0E 4RK2A 4G77A 4ZZAA 4I8CA 4C1UA 3DM0A 1II5A 2QMXA 4THIA 3THIA 4F1YA 4PFYA 3PMWA 3N5LA 3QXMA 4F39A 1B0LA 1PDAA 1VFDA 1BKAA 4ECFA 1PBQA 1B32A 4OFLA 2O84X 2ONKE 2ZYKA 3S9LC 2ESNA 1VR5A 1UTHB 3CFLA 4JWXA 2Y84A 1MY4A 4U4SA 1SW1A 2DE4A 4QSCA 1JEVA 3TQLA 4OYVA 3MVWA 1SD3A 1NKXA 4F18A 1QW0A 1D9VA 4ELQA 1P1OA 4RYAA 1XC1A 4JBZA 2NWJA 4KFQA 4RY1A 5CMKA 1MQJA 5CRYA 4R2BA 4PFUA 4KYSA 2DVCA 3UA8A 3K1PA 2QL3A 1BIYA 3T9HB 3MP6A 4MBPA 3UP9A 4YB5A 3PPOA 2DWIA 3FV2A 1MY2A 1EH3A 2H9BA 4LZ5A 3W9WA 1TFDA 1I6BA 3RLFE 4TOZA 4RPOA 3GXAA 2RKMA 1NH7A 2OBGA 3HPIA 1IIWA 2RF1A 4UACA 1Y4TA 1ZIUA 2DWHA 3FJMA 2V3TA 3FUZA 3QK6A 2BJJX 1M5DA 2PVUA 3T93B 3H6TA 4H65A 4HS7A 4OESA 3OEMA 5I58B 4LONB 1L5TA 4ZS9A 1Q1KA 3T22A 1P1UA 3O9PA 2H98A 1N04A 3PUXE 1ANFA 3C4MA 1ATGA 4KQPA 2DS9A 1JW4A 1N76A 3USDA 2I4BA 4M1VA 3P7IA 3ZKKA 1LSTA 4OQOA 2E0SA 1A8FA 2A5TA 3D4CA 3H03A 3H6UA 4WXJA 3Q28A 1QUKA 4DLDA 4RA1A 4XXUA 1EZPA 2I58A 1YPNA 4IB2A 3K6UA 3SEXA 3C35A 2D5WA 4R75A 3SETA 3DELB 4ZEKA 3OOAA 3FZVA 4LVQA 4C1TA 3G3FA 1WVJA 1A55A 2NUVA 3N26A 3W15C 3TCGA 1UQWA 2WKYA 4MLQA 1WODA 4L17A 2ZNTA 5AA4A 4IO4A 5LOMA 3I5OA 3U93A 4EQBA 1H76A 3IORA 3LSXA 1B0HA 3WAEA 3R6UA 2F36A 4X1DA 3RT8A 5ICTA 3FXQA 2QS1A 3R26A 5B70A 3RNNA 3MQ9A 3CVGA 3IB1A 3F11A 4Z0IA 5I59A 1OMPA 4OENA 1VFEA 1GGGA 1IXHA 4ND9A 3IJXB 4U2RA 1SI1A 5CMBA 3VLWA 3T9UA 3FXUA 3MBPA 2HAUA 4GXSB 4N13A 2G29A 4N07A 4MFIA 3FV1A 4KR5A 1VSOA 1O64A 4ONYA 4H6DA 4FE8A 2F78A 2VD2A 4U1ZA 5JTYA 4LQ5A 1D4NA 2H5YA 4GVOA 3ODBA 2H25A 3JZJA 4F3PA 3S9NC 4XTCQ 2QS2A 3H7MA 1TXFA 4POXA 3TFLA 2UXAA 1PEBA 4U21A 5CM6A 4PETA 3CSGA 2B3FA 2B65A 1R9LA 1RKMA 5BWJA 1JW1A 5IKBA 2FNCA 2AIXA 3TELA 5CBSA 1ZLQA 3B7DA 1NNKA 2DWJA 4ESWA 3OSRA 1MQGA 1A7LA 1QJMA 3RTFB 5ICQA 3FVKA 1LCFA 3TMGA 3EHUA 3LR1A 2O69A 1H43A 3A3CA 2HZLA 1B52A 1CB6A 1JNFA 3OELA 3TYHA 3B6TA 2NXOA 4MF3A 4NF5A 5AA2D 5FTHA 5AE4A 3VVEA 3KSJA 4NF8B 4ELPA 2XXPA 3D4GA 2Y7WA 2DVZA 1MXYA 3PV0E 4QFNA 2HEUA 1JQFA 2XXHA 1URGA 3B6QA 1FCKA 1B2HA 4GFRA 2RC7A 1DOTA 2VP1A 1LAHE 4Q5TA 1OLCA 2LAOA 3I3VA 3C9HA 3GLBA 2UVIA 4ZZEA 3E4RA 2ONSA 3KBRA 3IL1B 1B4HA 2AYSA 1LAGE 3QSLA 3CR9A 1A8EA 3KN7A 1B5HA 1R1NA 4OHNA 4YU0A 1B3FA 3IOWA 1B5IA 1B7HA 3IJOB 3K6VA 1Y3PA 2R9JA 2F7CA 3FASA 4JSOA 2Z8FA 1HSJA 4OVJA 4F19A 4IGRA 2O1MA 4ZEFA 4IY6A 4F31B 3TKDA 1BLFA 4FECA 1A54A 2HAVA 1B6HA 5TP9A 1LFHA 5I2NB 1FTKA 3ZKLA 1P1QA 4OZ9A 2I3VA 3EN3A 1TWYA 3HHGA 1LFGA 4YICA 4GOTA 3VVFA 1B3LA 2Z22A 1UIVA 4R2FA 2FYIA 3FJ7A 2Y7RA 2Y7IA 4ISUA 1FW0A 4ZEBA 1DSNA 3E13X 2ANJA 1FQCA 2DE2A 5DYHA 1NL5A 1M5CA 3VVDA 1AL3A 1MM7A 3MAMA 1ZTYA 3IX1A 1D3KA 5CMCA 2Y7KA 5H8QA 4H1XA 5HBCA 1QKBA 3O97A 4ZECA 4NMYA 4H5FA 4XIGQ 4HCYA 1JVXA 2ZYNA 3M3KA 2I6EA 4H0WA 5H8HA 2RC8A 3TODA 4LZ7A 5AA3A 4H8IA 3C32A 4G8HA 3MW0A 3MP8A 3MVZA 1RYXA 2XXQA 2DP8A 3PUVE 4HW8A 1URSA 3JYRA 3CIJA 1HSEA 3CFZA 2Z23A 4NF4A 1FQBA 1Y3NA 1DPEA 1MXVA 4LA9A 3IO6A 4ZDMA 3U94A 1B40A 4KPTA 4XKRA 2HFBA 3CG1A 4QSDA 4DCYA 3S9MC 4BLAA 3ZS6A 2D21A 1IZ1A 4DXBA 4H8JA 1LGBC 1EU8A 1O63A 1IXCA 4R9FA 5I2KB 3IOVA 1TFAA 3PPNA 1B51A 4IO7A 2AL4A 3LC8A 2O7IA 1LLSA 4GQOA 4YB6A 3RPWA 4OEUA 2GFEA 3ILUB 3KEIA 4BDLA 3VE1B 1AH5A 1MDQA 3PUWE 5DTBA 4NWDA 5KCJA 4U22A 3GZGA 5H8FA 5EHSA 2OWTA 3HCQA 1DPPA 3RT6B 1XOCA 5AA2B 2PT1A 3LSLA 2P2AA 4KD5A 3TCFA 1MRPA 2O6AA 2DE3A 5EHMA 3VDFA 1S50A 4GXAA 4R9GA 5FHNA 5L8DA 3TUSA 1H45A 4KHZE 4OETA 5I57A 3V5AA 4TLMB 3C33A 2QS4A 3MZ1A 3QUFA 1POY1 3MC2A 4XKQA 5DEXB 3WAFA 2ZXTA 5FTIA 2QJEA 1GR2A 3G3IA 2OZZA 1IXIA 1XHYA 3H4ZA 4NF6A 1SYIA 4R74A 4U23A 4O3CA 4U1OA 1GV8A 4R73A 4KYEA 3OENA 1MH3A 3PUYE 2HQ0A 3VXCA 4OFJA 1EZOA 2YPNA 3M3FA 5L9MA 4POWA 5ISUA 1MXZA 3MJNA 4IO6A 1GTKA 2VD3A 4DDDA 1MS7A 1I69A 3MWBA 3UK4A 1NNFA 3S2VA 1OLAA 4OERA 5B7DA 4F3BA 4BDMA 1QVSA 3M8UA 3FVOA 3Q29A 3BFTA 1B05A 4H5GA 3U92A 1LBBA 1LFIA 3IK6B 4PP0A 3MVYA 2X26A 1OQGA 3VLUA 1IUDA 2IEEA 3FVNA 3A3UA 1O7TA 4G2ZA 5KDTB 1MY3A 3SESA 2PX1A 3IOUA 3TTMA 3C36A 3R7XA 3VXBA 3H6WA 1ZKBA 1DMBA 3FXRA 1QULA 1EZ9A 3FD3A 2GH9A 1UTHA 2W7YA 4FIMA 3FJGA 2I49A 1Y3QA 2X7PA 2GHBA 4FEBA 3CG3A 3K01A 5FHMA 4BDNA 2XXYA 4YMBA 1FQAA 5A5XB 1LB9A 3H6VA 3N94A 4F22A 3DP8A 3KG2A 3K2DA 4QRZA 2REGA 1N7WA 4IGTA 1BP5A 4Q8RA 4NWCA 4EDPA 1J1NA 4DXUA 5DVFA 1PC3A 1URDA 1UTBB 3OO7A 5DVIA 5CC2A 1MY0A 1SBPA 1N3WA 4TLLB 1MG1A 4JXIA 4ESXA 1B1HA 4AQ4A 2UVGA 4MLVA 1FTLA 3GBBA 3KN3A 3KFMA 2DWAA 4QF9A 5I56B 1FQEA 1ZMGA 4JB7A 1NFTA 2H99A 3FGSA 4BDQA 4HTGA 1MPCA 4P11A 5I58A 4OFOA 4FATA 4YAHX 1I6QA 4G68B 3T96B 3UN6A 2O68A 3N6TA 1NMUA 3SERA 4ZE8A 4G4PA 3UORA 1ZJLA 2NVUB 4HCWA 1MXUA 3CRBA 1LAXA 4EF2A 2XX8A 3K6XA 2XX7A 4R72A 3EPEA 3OSQA 2V84A 3G3KA 5DT6A 2ZMBA 1Z7NE 3E9XA 3LBSA 1LBCA 1SDXA 3PMVA 1F9BA 1N84A 1JVYA 1N0TA 3B6WA 4F1UA 2VOZA 3RQTA 1I6AA 3TTLA 5AA1A 3TTNA 3DLNA 3PD8A 2RINA 2F5XA 4QFLA 2F7AA 1FTJA 1HSLA 3K1MA 4GL8A 3MP1A 2CZLA 1B7ZA 1PBPA 3KGCA 2XD3A 4P0GA 2AL5A 2XD2A 4LUBA 2HCAA 2I0CA 1LCTA 2R71A 1B3GA 1MY1A 5TPAB 2Q88A 3MZ9A 1A99A 5F7VA 2V25A 2QRYA 2GHAA 2DYXA 2REJA 3AXFA 2F8DA 5J1DA 2YLNA 4DCXA 3TEPA 4OMBA 4I1DA 4AB5A 3SKPA 3HHFA 4PFTA 2RCAA 3DP4A 3EQ1A 4IO3A 1LAFE 2ALUA 1OVTA 4UA8A 1Y20A 3G7WA 5FHOA 2RCBA 3K4UA 4IY5A 3T9VA 3A09A 5JK4A 1POTA 4F3GA 1GVCA 1H3DA 3O6HA 3MVXA 3SEYA 4BDOA 2A5TB 1B5JA 2UVJA 4DIGA 1CE2A 1FTMA 5IAIA 3SEWA 4F3SA 4P0IA 3U1OA 1Z7ME 3OO8A 3RTWB 4JWYA 3M3LA 4OWDA 5CI5A 2DXYA 4I9DA 1NNTA 4G8MA 2F35A 4NF8A 1Y9UA 5AA4B 3HO7A 4WEDA 1QUIA 1FQDA 4GRKA 4QFOA 1ZU0A 4G68C 3TAJA 3BBRA 1AIVA 1IITA 1B4ZA 3OEKA 1JETA 5ITOA 4YKKA 2CMOA 5TU0A 2Q2AA 5I59B 3HV1A 3ILTB 3PPPA 4EQ7A 2Z8DA 2THIA 3FVGA 3PUZE 1USYH 4DE8A 2I3WA 3QYTA 4Q0CA 4LP2B 3G3GA 2O7UA 3MZBA 2VHAA 2P1SA 3IO4A 3TZAA 1US5A 5JTYB 5HPQA 4GL0A 3TCHA 2OJTA 3KOSA 4R6YA 4R6KA 4YKJA 4DXCA 4AB6A 3I6VA 2DXRA 3GBAA 5I84A 4JDFA 3O2AA 2A5SA 1P1WA 4YKPA 3K00A 1UIUA 1A40A 2ZYMA 1M5EA 4F29A 1IEJA 3SEUA 3LSFB 1Q35A 1JW5A 1PB9A 2PBWA 5I2NA 4QHQA 3S4UA 1DTGA 1N7XA 3UIFA 4YMAA 1BTJA 2XXUA 4E0XA 1IQ7A 1NNPA 2PMSA 1B9JA 3IAZA 3IB0A 4R6HA 4M4GA 2XXTA 5TPAA 2VGQA 2UYFA 3K1NA 2HXWA 4GLIA 4NF5B 3KJ7A 5CMMA 1SW4A 4PQJA 4E0WA 3RGYA 2O1LA 4RPNA 1ELJA 3TTRA 3MPKA 1B58A 2FA7A 2F97A 2O51A 2PYYA 2Q89A 2UVHA 4RJZA 1B1XA 3O6IA 2Q8JA 1SI0A 3SDFA 3PGFA 2ZNSA 1MH4A 1P1NA 2X7QA 1YCJA 1B3EA 1XS5A 4FJPA 3TQWA 3RY3A 2V3QA 4K3FA 4EF1A 4YB7A 4GD5A 4QFPA 5L9OA 4QFKA 4F2OA 4IO5A 1D9YA 4O3BA 4Z7EA 4WEPA 1OQHA 2UYEA 3KOTA 3O29A 3IB2A 4RNSA 3DP6A 5EYFA 2I48A 4X9TA 4C0RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JSDA 4ELRA 3L6HA 3MSTA 3CFXA 1MXWA 2Y7PA 1AOVA 5TP9B 4GF8A 4KYDA 4FAJA 1MQHA 1XT8A 2Q2CA 3T66A 3O28A 1DTZA 4H45A 4Q30B 2QMWA 3EHSA 1IXGA 2RC9A 1MXXA 3OO9A 1SVXB 2PFYA 1NI9A 2I4CA 5JEIA 3N6UA 2QSXA 2XHDA 1BK4A 2M8CA 3D1RA 4MH5A 4TQUQ 5I2KA 1AMFA 3VFJA 4NE4A 4OEVA 1FPDA 3KZGA 4RXLA 1FBHA 4X48A 3K0VA 1VE4A 1SYHA 3PPQA 4G8NA 1SW2A 2XXWA 5IM2A 4ZE9A 2ABHA 4YKIA 3E3KA 4PFWA 4ZEIA 5H8NB 5EYHA 3Q27A 5L9SA 2OCUA 4PDDA 1YAEA 1R9QA 1M5FA 3OD7A 1IMDA 4PAFA 1FPIA 1Y4CA 3ONMA 4KCDA 5H8QB 1NH8A 2F3BA 3RYDA 3L6GA 2KQZA 2VPNA 3LSWA 3V8XB 5ET6A 3ROJA 5AA2A 2XWKA 4OXVA 2D3IA 1G0HA 3QAXA 3KJTA 3TPAA 4BDRA 3EF7A 3MPLA 2P0SA 5H8HB 2R6GE 4FORA 4LQ2A 5F1QA 2QFLA 3Q25A 1JEUA 1XVXA 4PBHA 1MQIA 1PB8A 1B7UA 2G93A 3JV9A 1FBFA 2E1SA 4JWOA 3O66A 1LB8A 3CSBA 3E79A 2HZKA 3K02A 2IA4A 3K6WA 2ZZVA 5DEXA 2CZIA 4I62A 3MUQA 4NTLA 3RUMA 4OTEA 3S9EA 2GRVA 3C34A 4JVCA 2QVVA 4EUOA 1S7YA 3OO6A 4H67A 4MAGA 4X1BA 4ZEDA 1QUJA 2Z8EA 4KCCA 2F34A 2Q74A 2B3BA 1T0KA 4NF4B 4P47A 4IO2A 3C31A 1OIBA 5DVJA 3CHGA 1ZBMA 4XFEA 4N6PA 1S9TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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