3VE1B

The 2.9 angstrom crystal structure of transferrin binding protein b (tbpb) from serogroup b m982 neisseria meningitidis in complex with human transferrin
Total Genus 216
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
216
sequence length
677
structure length
675
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPETDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis of transferrin sequestration by transferrin-binding protein B.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
molecule keywords Transferrin-binding protein 2
total genus 216
structure length 675
sequence length 677
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B03
3Q25A 1US4A 1PB7A 4WEDA 3B6QA 1NH7A 4F1VA 2Q88A 5I2KB 4QFLA 3IOWA 4XXUA 2O1LA 4YAHX 1N0TA 2HZLA 3RUMA 5DEXA 3LSXA 2BJJX 4LATA 3PMVA 2ZXTA 4RK2A 1I6QA 1B5IA 5JEIA 1R1NA 3FV2A 4G68A 1B5JA 4Q0CA 3TCGA 5H8HB 1LFIA 5H8NA 1UTBA 3FXRA 2THIA 4OZ9A 3HHGA 4F18A 1URDA 1O63A 1P1UA 3FATA 3KN3A 4RJZA 3ZS6A 3MW0A 4F29A 1Y1MA 1LB9A 3O28A 3VXCA 2F8DA 2ALUA 4FIMA 1JEVA 1ZTYA 1L5TA 3GBBA 2XX7A 3G7WA 3IJOB 3PPRA 4EUOA 3BFUA 3C9HA 2Z8DA 4KPTA 3T9XB 5DVJA 2XXTA 3K1NA 3LR1A 4R9GA 1UTHB 3O2AA 3M3FA 4OQOA 1FQFA 1LCFA 3TCFA 5AA3A 4NF4A 5ITOA 4EF2A 5I56B 4ELQA 4I1DA 2F7AA 2OLBA 1FQDA 3FD3A 3EQ1A 2XXUA 2ZYKA 2PMSA 4OFLA 5I2NB 1OLAA 4YKPA 3HV1A 1SYIA 4H67A 2CZLA 3KN7A 3HCQA 2F34A 3G3GA 1P99A 3SERA 1YTVA 2PT1A 3A3CA 4QHQA 1AL3A 3TTKA 4HCYA 3K2DA 5AA2D 1B4HA 1A8EA 4IGRA 1NKXA 3FVKA 5ICTA 3BFTA 4NMYA 4RY1A 3FXUA 4OHNA 4QSDA 4BLAA 5B7DA 4QFPA 3U94A 3SEXA 4EXLA 1N04A 1LBCA 5K2YA 1T0KA 4GD5A 1Z7NE 1MM7A 4JWYA 3VFJA 2DE4A 3ODBA 1B7HA 3IO4A 5KDTA 2F6GA 1SVXB 1B0LA 1MY3A 3RT8A 1N84A 3TELA 4JWOA 1DOTA 4IO2A 4OTEA 3K6VA 3OEMA 4G2ZA 2F35A 4DCYA 3RN8A 2OBGA 1BIYA 1MQJA 4AB5A 1Y9UA 1MPCA 2I48A 3MPKA 1EZOA 1P1WA 3HPIA 3B6TA 2WKYA 4NEDA 4JBZA 2PX1A 3IB0A 1M5CA 1Y3QA 4H5FA 1XC1A 4WEPA 3TCHA 3MZ1A 1ZBMA 3OELA 1Y3NA 1JW5A 5FTHA 2DWJA 2H98A 1ZJLA 4NWDA 2Z22A 1TT1A 3Q28A 1SI0A 1ZLQA 1RYXA 4NF5A 4FECA 4LQ2A 5AA4A 1MXYA 3MVYA 5H8SA 4F3BA 1B7ZA 1B6HA 5ELVA 4DCXA 4QRZA 3H3GA 3DP8A 3H4ZA 4AQ4A 4ND9A 4FEDA 3VLWA 3ZSFA 3PUVE 1F9BA 3K6WA 3O6HA 2DSFA 1M5FA 2G93A 2ABHA 2PVUA 1Y20A 2IA4A 1SBPA 4F19A 3F11A 2GH9A 4EDPA 1H43A 2UVHA 2H4IA 1URGA 4LA9A 1PBQA 2O51A 3T96B 5I2KA 3SESA 1NMUA 3GXAA 2F5XA 1XVYA 1B7UA 4YB6A 5CI5A 1RKMA 3R26A 1GGGA 2VD3A 3M3KA 3THIA 4DDDA 5H8FA 3K1MA 4IO3A 2HQ0A 4R9FA 5CMMA 3N94A 3OD7A 1A8FA 5FHOA 1MH4A 4POWA 5H8HA 3S2VA 3HHFA 2HEUA 1HSLA 3KFMA 5JTYB 1B1XA 2Z23A 3R6UA 2HFBA 3VVFA 2IEEA 1OQHA 2D5WA 1JNFA 4XTCQ 4MF3A 3O9PA 1Y4CA 1MH3A 4DIGA 4QSCA 2HXWA 4TLLB 3U1OA 3S9LC 1DPEA 4K3FA 3CRBA 3O6IA 4BDNA 4PFWA 3OO9A 5CC2A 2HAUA 1IQ7A 5F7VA 3BBRA 3H7MA 4ESWA 2ZYMA 3ILUB 1D9VA 1UTHA 3QIMA 3RT6B 3G3FA 1ANFA 2GRVA 2QMWA 3V8XB 5I56A 3HSTA 1MM6A 4PFYA 1PBPA 3SKPA 5DVIA 5I2NA 3FVOA 2P2AA 1MXWA 3A3UA 3MQ9A 1LFHA 2OWSA 2VOZA 3H6TA 3CSBA 1URSA 3SEWA 2I4BA 1BP5A 2R71A 4YMBA 3EF7A 3K6UA 5KZTA 4C0RA 4H0WA 4H8JA 2V3QA 4F3PA 3KSXA 2GHBA 4GF8A 4YMAA 3UP9A 2RCBA 4RA1A 4M1VA 2I3WA 2H25A 3K4UA 4RPNA 1DSNA 5IAIA 2OZZA 3ZKLA 4U21A 1JW1A 1P1OA 2DE3A 1BTJA 5L9SA 1O64A 1LAFE 4R72A 3TMGA 5AA4B 1B05A 3B7DA 1MG1A 3MVWA 1LB8A 3QAXA 4HW8A 4BDMA 5J1DA 2I4CA 5I57A 4JDFA 3CFLA 3LUYA 2ANJA 1XHYA 4TQUQ 3TODA 4NF8B 4NTLA 1DPPA 1M5BA 1QKAA 1VFDA 5FTIA 1Q1KA 2F6PA 4QFNA 4ELOA 2VHAA 3MVZA 3R7XA 1B3HA 2I6EA 3PPNA 4R75A 4F39A 3RQTA 5CMKA 5EHMA 3USDA 2DE2A 4IGTA 4DXUA 5LOMA 2XXIA 1FTJA 4ONYA 3K1PA 1R9LA 4YKIA 4H8IA 3TFLA 1B3LA 3DELB 1IXHA 3CFZA 4ZE9A 4RK9A 3QYTA 5H8FB 4PFUA 1MY0A 4XIGQ 4JXIA 2RKMA 1TFDA 5JK4A 4O3CA 2F97A 1GTKA 1XT8A 3T9HB 4OETA 2ZYNA 4N13A 1PC3A 5L8DA 4DXCA 1B0HA 4OFJA 1B40A 4FEBA 2V25A 4LZ7A 2QSXA 4C1TA 1SW2A 4HTGA 3OENA 2DYXA 4R6HA 4FJPA 4IO7A 5ISUA 4OYVA 1AMFA 1FQBA 1WDNA 4NWCA 4GRKA 1R6ZA 2VP1A 5B70A 2H99A 3K02A 4OENA 2XXRA 4OXVA 2DWHA 2B3BA 3S9MC 1JEUA 3V83A 4Z7EA 1S7YA 1DTGA 1IXIA 5I59B 3HN0A 1LBBA 4MH5A 2ONSA 4YZZA 1AIVA 3AXFA 3LSLA 5I84A 2O68A 5KCJA 3G3HA 1PB8A 4KCCA 4NF6B 1I6AA 3RGYA 1IXGA 4ZDMA 3SEYA 3TZAA 4G68C 5JTYA 1FTLA 1I69A 2UYFA 4ZZEA 3CIJA 3CG3A 3FVGA 3KOTA 3B6WA 2O7IA 1USYH 4POXA 2O84X 1FW0A 4EQBA 3MZBA 1B32A 3C32A 4FAJA 1S9TA 2REJA 1EZPA 3MPLA 3C35A 3C31A 3DM0A 1H3DA 4YICA 4THIA 4EQ9A 3ECRA 3MVXA 4L17A 1GV8A 5I57B 1B1HA 3OMBA 2FA7A 5DTBA 1NFTA 3TTRA 2O1MA 2G29A 3I3VA 3S4UA 1MY1A 1SYHA 2DXYA 3CR9A 4OVJA 3CG1A 5CRYA 4KYEA 3EPEA 3MP6A 4C1UA 2QPQA 3PUZE 3IR1A 3IK6B 3IOVA 1PEBA 3UIFA 2H9BA 1MDQA 1H76A 4JSDA 1OMPA 3FJGA 1JW4A 2Q8JA 5A5XB 2NXOA 4G8MA 4IY6A 4RNSA 3PUYE 2XXYA 2KLFA 4F3SA 1M5DA 1PB9A 3TDJA 5ICQA 3QUFA 3UN6A 4O3BA 4GIZA 3KG2A 5HBCA 2F7CA 3S9NC 4ZECA 4GFRA 3U8QA 3PU5A 3I6VA 3CFXA 3OOAA 3K00A 4JSOA 4YKKA 4QFKA 4HCWA 4PP0A 1CE2A 3IJXB 4Z0IA 2B3FA 1O7TA 4Q30B 1A54A 4ELPA 4GL8A 2RC9A 2REGA 2V3TA 1DTZA 3P7IA 1D4NA 4X48A 3U72A 1IUDA 4NF8A 4FATA 1MPDA 3W9WA 2NUVA 5L9MA 3EHSA 4I9DA 3OXNA 2RC7A 4MBPA 3KBRA 4F2QA 2QS4A 4ZEBA 3KZGA 2UVGA 1JVXA 3FJ7A 4ZEDA 3OO8A 3RY3A 3MC2A 2B65A 4F1UA 2V93A 3JV9A 4I8CA 2E1SA 5CBSA 1NH8A 5F1QA 1POY1 3JYRA 1FQCA 3OEKA 2A5SA 4YU0A 1H45A 5CM6A 1Z7ME 4QF9A 5EHSA 5KCJB 1VFEA 2X26A 3C4MA 1B3FA 4U4XA 1DMBA 1SW5A 1PDAA 3MWBA 1EU8A 1ZKBA 4U4SA 2DOJA 4QSEA 4BDLA 2Z8FA 1N3WA 1B52A 5CMBA 4FE8A 4OMBA 4R74A 3O6GA 1US5A 2QRYA 1N7WA 2D21A 1LFGA 1MY4A 2XX8A 3T9UA 3IL1B 5TP9A 3RPWA 3TPAA 4RYAA 4E0XA 3Q29A 4KCDA 2UYEA 2QJEA 3MUQA 4LONB 3GLBA 3M8UA 2A5TB 1LAHE 1MXUA 2Z8EA 2ESNA 2RCAA 4KR5A 2PYYA 2Q2AA 4G77A 4LVQA 3H6WA 4U23A 1NNFA 2XXQA 1VSOA 4OEVA 4ZEIA 1MQHA 5K2XA 4XKPA 4U1OA 3IX1A 5DT6A 3MP8A 2XHDA 3IB1A 2X7PA 3PD9A 4ZE8A 5HM4B 1QW0A 2ONKE 1CB6A 2Q9TA 1MS7A 3MAMA 2OJTA 2V3UA 4WKMA 5I59A 1M5EA 4ZS9A 2I0CA 4KHZE 1ATGA 1FQEA 3ILTB 3O97A 1QKBA 4F22A 3U92A 1MY2A 2P1SA 5FHNA 2R9JA 4R2FA 1FTOA 4ECFA 5L9OA 4NF6A 4LUBA 4GLIA 2QMXA 1SI1A 1B3GA 2HZKA 1LGBC 1MQGA 3Q27A 2RF1A 3VVEA 4IO4A 4N07A 2V84A 3S9EA 4ZEFA 3Q26A 3IORA 2XD2A 2Q2CA 4EXKA 4LZ8A 1A55A 4M4GA 4EQ7A 2AL5A 2M8CA 4LP2B 1Y4TA 1GR2A 4IY5A 1BKAA 1II5A 1TXFA 2I0BA 3MJNA 1YCJA 3TAJA 2UVIA 2YLNA 2RINA 3FXQA 3E4RA 1OIBA 5AE4A 4PFTA 4JB7A 3TYHA 2XXPA 4R73A 4YB5A 2DXRA 2DWAA 3WAFA 1XVXA 1HSJA 2R6GE 3CI8A 2PBWA 5A5XA 5IKBA 5DVFA 3FUZA 2UVJA 1MXXA 2DVCA 3IO6A 4ISUA 4UACA 1IZ1A 4F2OA 1SD3A 1JVYA 3PPQA 3OO6A 3H6VA 2X7QA 2DS9A 4U22A 3K0VA 4KQPA 1P1NA 4QFOA 2QS2A 3LBSA 1XS5A 2UXAA 2ONRA 3L6GA 3QSLA 2VD2A 3E13X 3RLFE 3TEPA 3OO7A 1ZMGA 3C36A 3TTNA 1QUKA 1B46A 1VE4A 2O6AA 4EF1A 1B5HA 4G8NA 2AIXA 3VLUA 5TP9B 3FZVA 3UA8A 1N3XA 3VXBA 1B4ZA 3O66A 3TUSA 4OEUA 4NE4A 4OFOA 4P0GA 1LLSA 3IAZA 3V5AA 4N6PA 1D9YA 3LSWA 2ZNSA 5H8QA 1POTA 3N6UA 3CSGA 3SETA 3TQWA 3FVNA 5M2VA 2NVUB 5TU0A 3G3IA 3MBPA 4JWXA 4P11A 1NNTA 2RC8A 5AA2B 4I62A 4HS7A 1BLFA 4H6DA 3RTFB 3IB2A 5CBRA 4OERA 1ZU0A 2PT2A 5I58A 4F1YA 3JZJA 1EH3A 4IO6A 3DP6A 4LZ5A 2XX9A 2HCAA 1B3EA 3SEUA 3LSFB 1J1NA 4TLMB 3C34A 4MFIA 1GVCA 3TTMA 1KWHA 3KEIA 2AL4A 2XXXA 1TWYA 2Y7PA 2Q89A 3OSQA 4IO5A 5TPAB 3DLNA 2DVZA 1IEJA 4TOZA 1WODA 3N26A 3MZ9A 1D3KA 4E0WA 2A5TA 3SEVA 1I6BA 3H06B 1MPBA 2P0SA 1ZIUA 1QULA 1LAGE 1FQAA 3GZGA 3A09A 3KJTA 3VDFA 3PUWE 3DP4A 1LSTA 3FV1A 5BUUA 3T22A 3KOSA 3IOTA 3VVDA 5BWJA 2YJPA 4GXAA 2NWJA 1S50A 3RTWB 1MQIA 3G3JA 1SW1A 2ZNUA 4F31B 4KYDA 1FTMA 2FYIA 4U2RA 2D3IA 4YB7A 4DE8A 4X1BA 2I58A 3K6XA 1VR5A 4R6KA 1FCKA 4G4PA 1XOCA 1AH5A 4GOTA 4OWDA 4ESXA 3N6TA 1N76A 2W7YA 2XD3A 2GFEA 5DEXB 3UGWA 1MDP1 2QS1A 3H03A 1OQGA 2YPNA 2F7BA 4G68B 2DP8A 4AB6A 1USYE 3W15C 5H8NB 1UTBB 4RPOA 5HPQA 1SW4A 3T93B 3FJMA 5FHMA 1Y1ZA 4GXSB 3E3KA 3H6UA 4X1DA 3C33A 2OK2A 4X9TA 3PMWA 2ZMBA 1IITA 2AYSA 1QJMA 2F36A 1B2HA 3OSRA 1MXVA 3ZKKA 4PETA 1Y3PA 2OCUA 3EN3A 2QL3A 3U93A 4DXBA 1UQWA 4U1ZA 4H1XA 2I49A 2XXWA 3KSJA 4H65A 5H8QB 4NF4B 3HO7A 2DWIA 4BDQA 2LAOA 1OVBA 4XKQA 1Q35A 5CMCA 3E9XA 1A7LA 1FTKA 2HAVA 1P1QA 3CVGA 1MXZA 1B51A 3KN8A 4GVOA 3RNNA 5I58B 2Y7KA 4O3AA 4UA8A 4DZ1A 1QVSA 4RXLA 2E0SA 2H5YA 4KFQA 1RYOA 1QUIA 3PPPA 1OVTA 2O7UA 3N5LA 3QK6A 3TTLA 1UIVA 3V89B 4F3GA 1OLCA 3LC8A 3PGFA 3UORA 2XXVA 3L6HA 4XKRA 4BDOA 3T9VA 4ELRA 4YKJA 3VLVA 1EZ9A 3FIRA 4MLVA 2XXHA 2GHAA 4BDRA 2Y7RA 5DYHA 4GWOA 2ZYOA 4GL0A 4PE5B 3D4GA 1R9QA 5KDTB 4Q5TA 4IB2A 3TKDA 1NNKA 2OWTA 3VV5A 3O29A 1NL5A 3EHUA 1TFAA 3UK4A 3QUJA 4OESA 4DLDA 3WAEA 3FGSA 4ZEKA 2Y7WA 3PD8A 2QS3A 3EHTA 2VGQA 5AA2A 1A40A 1YPNA 2ZNTA 5AA1A 2I3VA 4G8HA 3D4CA 3KGCA 4Q8RA 3I5OA 1ELJA 3PPOA 3PUXE 3FASA 3TQLA 3M3LA 1IIWA 3KJ7A 2O69A 1JETA 3BKIB 1N7XA 1JQFA 1SDXA 4ZZAA 4PQJA 1LAXA 4R6YA 3ONMA 3PMXA 5TPAA 3G3KA 4WXJA 1QUJA 2Y7IA 2CMOA 3PV0E 3T66A 2NOOA 1NNPA 4NF5B 1B9JA 4H5GA 3K01A 1MQDA 1WVJA 1AOVA 2FNCA 1H44A 3W9VA 1LCTA 3GBAA 1SQYA 2Y84A 4R2BA 1HSEA 4GQOA 1MRPA 5EYFA 2DQVA 1IXCA 4LQ5A 1YAEA 5ITPA 4MLQA 1A99A 3QXMA 3VE1B 4KYSA 4KD5A 4XKNA 1B58A 3MP1A 3IOUA 3SDFA 4P0IA 4KI0E 1UIUA 2F78A 4FORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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