3VFJA

The structure of monodechloro-teicoplanin in complex with its ligand, using mbp as a ligand carrier
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
375
structure length
374
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNAAAAAGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the complex between teicoplanin and a bacterial cell-wall peptide: use of a carrier-protein approach.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, C-terminal fused by Cys
molecule tags Sugar binding protein/antibiotic
source organism Escherichia coli
total genus 127
structure length 374
sequence length 375
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vfjA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vfjA01
1MQJA 3KEIA 4F29A 3Q26A 2DSFA 4UACA 2RF1A 2ZYMA 3K00A 4ZDMA 3CIJA 4POXA 4BDMA 4F2QA 5AE4A 2DP8A 1N84A 3U72A 2ONKE 2HAUA 3O97A 3KBRA 4F2OA 2R6GE 3KJ7A 1PBQA 4G8NA 1B4ZA 5IKBA 3HV1A 1S7YA 5CC2A 3MVWA 4FAJA 1FTKA 4KD5A 1QUIA 3DLNA 1D3KA 1MM7A 3K1NA 2BJJX 5H8NA 2UVHA 2H4IA 1OLCA 2F7CA 4IY6A 3K1PA 1NNTA 4H8IA 2F34A 4IGRA 3FXQA 4RJZA 2P0SA 2CZLA 1MQHA 1UTBA 1QJMA 3S4UA 1XOCA 3UIFA 1O64A 2F6PA 3M3LA 3VVDA 4X9TA 4G77A 4X1DA 1AIVA 3K6WA 4LQ5A 3R7XA 3W9WA 4TLMB 3IR1A 4MLVA 2DE3A 1AMFA 4TLLB 3FJGA 1DMBA 4HW8A 4ELPA 4RPOA 3Q27A 5HPQA 4PFUA 3CR9A 3H06B 4RXLA 3U1OA 1PB7A 3PV0E 1FQBA 1WVJA 4IB2A 2PT2A 3THIA 1ZTYA 3S9MC 4EF2A 1IXCA 4AB5A 1HSLA 4OERA 3ILTB 4IO7A 3KSJA 1NL5A 5J1DA 3JV9A 3MUQA 1GVCA 4YKJA 5DVFA 2X7PA 4KCCA 1O63A 4IO2A 4NWCA 4F31B 5I58B 4H1XA 1QULA 4DXBA 3B6QA 3GXAA 3HO7A 5EHMA 3CI8A 2IEEA 1JVXA 3LR1A 3KGCA 3T96B 3OMBA 4ISUA 1I69A 1JW4A 3T66A 4GL8A 4RK9A 3G7WA 3TFLA 1B7UA 1QUKA 3KSXA 4OMBA 3T9HB 5JEIA 3RY3A 5ICTA 5EHSA 4R2FA 2PVUA 3QUFA 1B9JA 3FATA 2GH9A 4F3SA 3U94A 3O2AA 4GXSB 1URGA 1MY0A 1B7HA 1IXGA 1WDNA 4LVQA 1B7ZA 2QMWA 3IORA 2PT1A 4KI0E 3V5AA 4JB7A 4UA8A 1GR2A 4I9DA 5TPAA 1TWYA 1LSTA 5CMKA 1XT8A 5I2NA 4EXLA 1FTJA 5KDTA 3MP1A 2ABHA 1VFDA 4I62A 2X26A 4HTGA 3G3KA 4R6KA 1PDAA 1Z7NE 2ZYOA 4OFOA 1B1XA 1Y3NA 3FXUA 3ECRA 4TOZA 1MY2A 2DVCA 5KCJB 4PE5B 1MXXA 3DP6A 3PPQA 1UIUA 4JWOA 3ONMA 1NH7A 1P1NA 4PQJA 2X7QA 3EHSA 5I56A 3GZGA 1N7XA 1B3HA 1BTJA 2PX1A 2ESNA 3O66A 1IEJA 3PMVA 2HFBA 5AA2A 3TELA 3IX1A 1XC1A 5JK4A 3OD7A 3FUZA 4H8JA 1F9BA 3SESA 3G3FA 3RT6B 4JXIA 1OQGA 4NF8A 3C32A 2ZXTA 2F5XA 4EXKA 5I59B 1CE2A 2XXWA 1NMUA 1Y1MA 3PUWE 3TEPA 3FVOA 3GBAA 4NEDA 3V89B 4QF9A 4G8MA 4KYSA 4QFOA 4YMAA 4U23A 1BP5A 1DTGA 1POY1 4YB7A 4R9GA 5FTIA 3QAXA 3TAJA 2XXUA 1D4NA 1II5A 4L17A 4DZ1A 1M5CA 1B3LA 4JBZA 2REJA 1OMPA 2H9BA 4ZEBA 4R2BA 4P0GA 1ZU0A 2HEUA 3TPAA 4YICA 1JW5A 4IO3A 2VGQA 2Z8FA 5I2KB 2OWSA 2HCAA 1FW0A 3MQ9A 1MH4A 4EDPA 1MY3A 3M8UA 1IXHA 1Y9UA 3VLWA 3VVEA 4DCXA 3TMGA 4N13A 4GXAA 4NF4A 5DT6A 1I6AA 4Q0CA 4ZE8A 4ZECA 5JTYA 1B5HA 2B3FA 1JETA 1Y4CA 3E9XA 4KCDA 4RYAA 1EU8A 3H7MA 4FJPA 1XVXA 1SD3A 3BFUA 1B40A 1LBBA 1LB8A 2B65A 1LB9A 2DVZA 2ZMBA 3H6VA 2RC7A 4P0IA 1XHYA 3MVZA 2OZZA 3UORA 1ZJLA 4ESWA 1B05A 3BBRA 1UTHB 5H8QA 1L5TA 5HM4B 1B0LA 1FTOA 1OVTA 1SI1A 5FHMA 4LZ8A 3MW0A 5H8FB 1BKAA 1FTLA 5DEXA 2F6GA 4ELOA 1OQHA 4FORA 2Y7PA 5CM6A 4BLAA 4OEVA 1NNKA 2NUVA 3WAFA 1B52A 2DQVA 2Y7KA 4FIMA 3WAEA 4XTCQ 4C0RA 1SW1A 4OQOA 3B6TA 2Z8DA 1IUDA 2D21A 4YKKA 2DE4A 1LBCA 1Y20A 1MPCA 3FD3A 4EUOA 4PFWA 4DXUA 5ELVA 5H8NB 4OESA 2R9JA 5LOMA 1QW0A 2A5TB 4PP0A 1MY1A 4M4GA 3HHGA 4FEDA 4YAHX 1B2HA 2XXTA 4F1VA 4KFQA 1N7WA 1UTBB 2F78A 3I3VA 1MY4A 1M5BA 3OO8A 4NWDA 1NNFA 1XVYA 2XX8A 4RNSA 4JWYA 3MC2A 3LC8A 3TTNA 3N6UA 1MDQA 3RPWA 3BKIB 4XKRA 3S9EA 1JQFA 4G4PA 2HXWA 4FEBA 1NH8A 4GRKA 1LAFE 5AA4A 4OYVA 3C4MA 3LUYA 5DVIA 3T93B 2I49A 4AQ4A 1LAXA 1RKMA 3OELA 2DWHA 3O28A 5ISUA 2XX7A 2D3IA 4NMYA 3QUJA 1B1HA 4M1VA 4OENA 4XKPA 3KOTA 2O6AA 4LZ7A 3C33A 1Y3PA 1GTKA 4OWDA 2OCUA 3FV2A 2PYYA 4DCYA 1ZBMA 4XKNA 2QS1A 2RKMA 1PEBA 2ZNSA 1MXYA 2LAOA 4DE8A 1MPBA 1B0HA 1AL3A 2PMSA 3AXFA 3HPIA 3HHFA 3N6TA 3H6UA 2AYSA 5L9SA 2O68A 2F7BA 2NXOA 1IITA 3TCHA 2ZYNA 1US5A 1TFDA 3FIRA 3U8QA 4BDOA 1R1NA 1POTA 1IZ1A 1B51A 3DM0A 1JEVA 2VP1A 3S9NC 5I57A 1NFTA 4ZZAA 2UYEA 4DDDA 2F7AA 2W7YA 5AA1A 1URSA 1JVYA 1DPEA 3P7IA 3GLBA 2P2AA 3C35A 4EQ7A 4EF1A 3Q28A 4GOTA 3OO6A 2O69A 4C1TA 4I8CA 4LP2B 4G2ZA 3RLFE 1MQGA 3HN0A 3D4CA 3L6HA 1MDP1 5CBRA 3DP4A 4XKQA 5I2NB 5KDTB 4F22A 2Q2CA 3R6UA 2RC8A 4DIGA 3MPLA 3K6UA 4R75A 4ESXA 3QXMA 3MVYA 2ALUA 4JDFA 4ZS9A 1PB8A 4K3FA 1OVBA 4JSDA 1DOTA 4ZZEA 4O3CA 4QRZA 2NVUB 4FECA 1SI0A 3K02A 3KN3A 4IGTA 4WKMA 2M8CA 3LSFB 4F39A 5I56B 4PFTA 3W15C 2HZLA 1H3DA 3CSGA 4NE4A 3G3GA 2XXYA 4ZEKA 1IQ7A 3O6GA 4LUBA 5K2YA 1H44A 1Y3QA 3SDFA 1LAHE 2E1SA 3FGSA 4ELQA 3N5LA 4F1UA 1USYE 1MRPA 2XD3A 4TQUQ 4OXVA 3E4RA 3FZVA 3FV1A 1MG1A 1M5FA 3RTWB 4ZE9A 3S9LC 1I6BA 1ZLQA 1LLSA 3Q29A 4G68B 2FA7A 4R6HA 2A5SA 3G3JA 2UVIA 3T9UA 2O7IA 5I58A 3CVGA 3H6WA 5KZTA 3G3IA 4F19A 4C1UA 4LONB 3K4UA 2R71A 3O9PA 3RQTA 3IAZA 4MF3A 1FQAA 1MH3A 2I0CA 4FATA 2VD3A 2OJTA 4GVOA 5DVJA 5M2VA 1YCJA 3SKPA 5TP9A 4O3AA 2DWAA 2Y7WA 2OWTA 1SYIA 3RN8A 1LAGE 2RCBA 5JTYB 5L9MA 2V84A 1B6HA 1LFGA 3IB1A 1ANFA 2XHDA 2P1SA 3LSXA 5AA3A 3CFXA 3UP9A 5A5XB 4FE8A 3PUYE 1P1QA 2V25A 1FCKA 5H8QB 2UVJA 1LFIA 2Q8JA 3O29A 1MS7A 4I1DA 3M3KA 2O1MA 1Y4TA 3DELB 3G3HA 3T22A 3VV5A 3M3FA 5KCJA 2ONRA 3SEVA 3CFZA 2WKYA 4YU0A 1N04A 3H6TA 4ND9A 3OSQA 2H99A 3LSWA 3C9HA 2KLFA 1BIYA 1MQDA 1LFHA 3PU5A 1ELJA 2VHAA 3OEKA 4BDRA 2XXVA 3MP8A 1J1NA 2ZYKA 3CG1A 1HSEA 3EQ1A 4QFNA 5TU0A 2FNCA 3T9XB 4R6YA 3MZ9A 2ONSA 4PETA 3IB0A 3BFTA 2DYXA 4H67A 1QUJA 4GFRA 4HCYA 2F8DA 4JWXA 3S2VA 2UVGA 3RGYA 2I0BA 3MP6A 4QHQA 4OHNA 2QS4A 2DWIA 4RY1A 4U1ZA 4X48A 3I6VA 1B5JA 4GLIA 4RK2A 2Q89A 5L8DA 3PUZE 4YMBA 1SW5A 4HCWA 3MVXA 4YB5A 3TTKA 4QFPA 2ZNTA 4MLQA 2RCAA 3ODBA 2YPNA 2H98A 3TTMA 4N07A 1NNPA 5FTHA 5F7VA 4X1BA 4WEPA 4Z7EA 2G93A 1DSNA 3EF7A 1B3FA 2OBGA 1MQIA 3CFLA 5HBCA 5I2KA 1KWHA 3E13X 2I6EA 3EHUA 1RYOA 4F3GA 1P99A 1S50A 1H45A 2GHAA 3MBPA 3K1MA 1VR5A 2V93A 5AA4B 1R9QA 3PMXA 4OVJA 1TT1A 1JW1A 1SW4A 4EQBA 4QSCA 3LBSA 1O7TA 2Z22A 3VLVA 1MXUA 3QIMA 3VDFA 3ZKKA 3PMWA 4Q5TA 1WODA 4MBPA 1EZPA 3OSRA 4GL0A 2UYFA 2QMXA 1LCFA 3A09A 1P1UA 3SERA 5CBSA 2OK2A 5H8SA 4KYDA 1D9YA 3R26A 1SYHA 1UTHA 3TYHA 1N3WA 3TUSA 3IOWA 4QFKA 4P11A 4PFYA 3FXRA 3EHTA 2VOZA 3IO4A 1TXFA 4OEUA 1IXIA 4GF8A 5H8HA 5F1QA 2I3VA 3GBBA 3PPRA 3U93A 4GD5A 3C36A 2IA4A 3TODA 3CRBA 1QKAA 2V3UA 4ELRA 5BWJA 3IO6A 1VFEA 2NWJA 4KPTA 1B3EA 4U4XA 3ZSFA 1DPPA 1USYH 4NF5A 1GV8A 1JEUA 4ONYA 3KN8A 4G68C 1B5IA 4U4SA 5I57B 3PPPA 4LZ5A 4GWOA 3IOVA 3UK4A 3UN6A 3U92A 1B32A 1CB6A 4DXCA 3K6VA 5I84A 3USDA 1S9TA 1N0TA 4NF6A 4OFJA 3KFMA 4ZEDA 2H25A 1Q35A 2V3TA 3EN3A 5ITOA 2Y84A 4MFIA 2A5TA 2O51A 1A54A 2DOJA 3K0VA 4Z0IA 3A3UA 3IOTA 3PD9A 2Q2AA 2I4BA 1EH3A 3V83A 3PUXE 1PC3A 3QYTA 1DTZA 3FVNA 3ZKLA 3ILUB 4WXJA 1LGBC 3TQWA 2THIA 4BDQA 1QKBA 5B70A 1SDXA 4E0WA 4QSEA 4BDNA 2D5WA 4F1YA 4E0XA 2QL3A 4GQOA 2Y7RA 2OLBA 3KOSA 3C31A 4H0WA 1MXWA 1XS5A 3QK6A 2Y7IA 3TTLA 3H4ZA 2DS9A 1OIBA 3PPNA 3HCQA 2REGA 1URDA 2NOOA 2QPQA 1FQFA 5DTBA 3OEMA 2FYIA 5B7DA 4XIGQ 4IO5A 3JZJA 1A8EA 3IK6B 2YJPA 5CMCA 3FJ7A 3K2DA 3E3KA 2XXIA 3IJXB 1UIVA 3V8XB 5TPAB 3H03A 4Q8RA 5L9OA 3I5OA 3UA8A 2AL4A 1AOVA 4R9FA 5FHOA 2XXHA 4KYEA 1ZIUA 2UXAA 1Z7ME 3RTFB 3CSBA 1R9LA 3OOAA 3MWBA 3MZBA 3K6XA 4ZEIA 1M5EA 1I6QA 3VXCA 4F3PA 3A3CA 3KJTA 1YPNA 1SQYA 3H3GA 1A7LA 3RNNA 3EPEA 1LCTA 4Q30B 1OLAA 2CMOA 3PPOA 1A40A 3PUVE 2XXXA 5AA2B 3TCFA 3VVFA 1VE4A 4KR5A 3TCGA 3KZGA 2Q9TA 5TP9B 4U2RA 2RINA 5FHNA 3VLUA 2HAVA 4NF8B 2DXYA 1ATGA 2E0SA 2O84X 2HQ0A 4R73A 5ICQA 4U21A 3SEXA 3D4GA 3SEUA 3OXNA 2HZKA 3OENA 3K01A 5K2XA 2I3WA 3N26A 3VE1B 2O1LA 4LA9A 2Z8EA 3O6IA 5EYFA 5AA2D 1SW2A 3N94A 1ZKBA 2GRVA 3T9VA 2DE2A 2GHBA 1Y1ZA 1TFAA 3O6HA 3HSTA 1N3XA 4AB6A 2QSXA 4HS7A 4RPNA 1M5DA 1EZ9A 4NF4B 1N76A 5CMBA 4YKPA 4U1OA 1MPDA 1QVSA 1GGGA 4N6PA 4THIA 3TDJA 2DXRA 3RUMA 3F11A 3JYRA 2ANJA 2XXPA 3MPKA 3W9VA 4GIZA 4QSDA 1SVXB 5DYHA 3QSLA 4H65A 4G68A 2O7UA 1A99A 4ECFA 1YTVA 3LSLA 1FTMA 4YB6A 2XXQA 1B3GA 4EQ9A 5IAIA 1B58A 1ZMGA 3CG3A 4LATA 5CI5A 1FQCA 3TKDA 5DEXB 3B7DA 1P1WA 4F3BA 1VSOA 1HSJA 4DLDA 2ZNUA 1EZOA 2XXRA 2QS3A 3L6GA 2I48A 2F35A 2I4CA 3PD8A 2AIXA 1FQEA 4F18A 3TQLA 1AH5A 1A8FA 1H43A 2YLNA 4H5GA 2QS2A 3IL1B 4NTLA 4R74A 5I59A 2I58A 3FVKA 1FQDA 2Q88A 4BDLA 1MXVA 1Q1KA 1JNFA 5CMMA 2B3BA 2H5YA 3MZ1A 2G29A 4JSOA 3OO7A 5A5XA 3Q25A 1US4A 3DP8A 4H5FA 1UQWA 1B46A 3KG2A 5ITPA 2QRYA 3MAMA 1MM6A 2XD2A 2VD2A 4KQPA 4QFLA 3FJMA 4OETA 3C34A 4G8HA 2GFEA 3MJNA 3UGWA 1A55A 4IO6A 2XX9A 5H8HB 1NKXA 3TZAA 3IB2A 4R72A 1PBPA 1PB9A 2PBWA 2F36A 4MH5A 1SBPA 4ZEFA 3B6WA 1MXZA 2F97A 2DWJA 4IY5A 2RC9A 4OFLA 5CRYA 3KN7A 1P1OA 1B4HA 2AL5A 4NF5B 1R6ZA 3IJOB 1RYXA 3SEYA 3TTRA 3VXBA 3PGFA 1BLFA 2QJEA 4XXUA 2V3QA 4YKIA 3ZS6A 1D9VA 4IO4A 2Z23A 4LQ2A 3VFJA 4WEDA 5BUUA 4U22A 4NF6B 3SETA 4YZZA 3FVGA 4POWA 3IOUA 1YAEA 4KHZE 1H76A 4H6DA 3FASA 4OTEA 3OO9A 4RA1A 3SEWA 5H8FA 3RT8A 1IIWA 4OZ9A 1T0KA 4O3BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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