3VLVA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding ptotein algq1 in complex with unsaturated triguluronate
Total Genus 183
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
183
sequence length
490
structure length
489
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYEQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
molecule keywords AlgQ1
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
total genus 183
structure length 489
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlvA02
2RCAA 2Y7RA 4XTCQ 2HCAA 3IORA 5IKBA 2O7IA 2E1SA 3VFJA 2Y84A 3M3FA 5I57B 3MWBA 3MPLA 3OSRA 3FIRA 4KFQA 3W9VA 1GTKA 3LBSA 3TQWA 1N84A 3U94A 3OO9A 1SYIA 2O7UA 1B7ZA 4KI0E 4FORA 4F2QA 4XKPA 3FGSA 3ONMA 5H8QA 1N04A 3CFXA 3S4UA 1MS7A 1SW5A 2YPNA 3KOSA 4MBPA 4R6HA 4R6YA 5ITOA 4NF4A 4K3FA 3B6QA 1WODA 1DOTA 1Q35A 4FEBA 4PE5B 5K2XA 3S9NC 2QS4A 1BLFA 4O3CA 3C35A 4EQ7A 2QS2A 3FJ7A 1FQEA 4YKIA 1MRPA 2KLFA 1XS5A 5HM4B 3R6UA 1LB8A 3FUZA 3FXUA 1DTGA 1B3GA 2Q8JA 3MW0A 3MP8A 4C0RA 1Q1KA 4F29A 1LAHE 4KHZE 1YCJA 3E9XA 4H8IA 5EHSA 3RN8A 4EXKA 1RYXA 1ZMGA 3WAEA 2XXTA 4OQOA 4F22A 2B3FA 2A5TA 3H3GA 3QUJA 1SQYA 3V5AA 4U1OA 2HAVA 1CB6A 4HCYA 5I2NB 4LQ2A 3EQ1A 1USYE 3KOTA 3DLNA 2GHBA 1FTLA 1MH3A 1SBPA 2Y7IA 3TODA 3IOWA 3USDA 3LUYA 4F1UA 3U8QA 2DQVA 5AA1A 2O69A 1RYOA 2DE3A 3QAXA 3W15C 1YPNA 5H8HB 5TPAB 1SW4A 1LCFA 1S50A 1A8EA 3E3KA 3TAJA 2OWTA 3N6UA 2DSFA 4BDQA 3CG1A 1US5A 2HXWA 4C1UA 4E0WA 4ND9A 5AA4A 1I6BA 1Z7ME 3Q27A 3SDFA 3TDJA 4ELPA 4HTGA 4DXCA 3HN0A 5JK4A 2ONRA 4LATA 3PPOA 3SEYA 1I6QA 2XX8A 1B4ZA 3CFLA 3FJMA 3U72A 1H76A 1B5JA 4NF6B 2I58A 1URGA 1SI0A 1S9TA 1B58A 3BFTA 2B65A 5AA2D 2D21A 4HW8A 3H6UA 4QHQA 2I48A 4YZZA 1MXWA 1IUDA 1LAGE 1Z7NE 2ANJA 1OQHA 4MLVA 4OESA 1BIYA 3KSXA 4NTLA 1DPPA 4F39A 2O84X 2F36A 3K01A 3SEWA 4Q0CA 3KJ7A 3TTNA 4DIGA 3PMXA 4G8MA 4DXUA 1ZKBA 4YB5A 2O6AA 4LZ5A 1TT1A 2PX1A 5FTIA 3VVFA 3MVXA 1GGGA 1M5CA 3PU5A 1B7UA 4KPTA 4JB7A 4OXVA 1II5A 2REJA 3O6GA 3GLBA 5F1QA 4JSOA 4ZS9A 1XC1A 1DSNA 4Q5TA 5H8NA 1FQBA 1JW1A 3UP9A 4MF3A 4ZEFA 4IY6A 4JWOA 4O3BA 5ISUA 1SYHA 2F7BA 5H8FB 4G68C 1A99A 2F8DA 3HV1A 1LGBC 1N76A 4LONB 3MZ1A 3A3UA 4KYDA 1MY4A 3K4UA 5HPQA 3ZKLA 3C31A 2Z8FA 2XX7A 5H8SA 5FHOA 1QVSA 3E13X 3DELB 3D4CA 4FATA 5AE4A 3IJXB 1Y3QA 1FCKA 5CMCA 2Z8DA 3MBPA 4BDNA 2XXIA 1B0LA 1TXFA 2DE4A 4H5FA 5H8QB 4C1TA 3TQLA 4R72A 2VOZA 3RT6B 2UVHA 3QXMA 4NF4B 1L5TA 2QJEA 3MJNA 4EUOA 3ZS6A 3A3CA 2DWHA 4OTEA 4GF8A 4TLMB 3FV2A 4NE4A 5K2YA 2F6PA 2OK2A 3GXAA 3R7XA 2F78A 2RCBA 2F5XA 3FVKA 1MY3A 2D5WA 3K6WA 3W9WA 1D4NA 4G77A 1N3WA 1TFAA 3LR1A 3B7DA 1NNTA 3AXFA 3THIA 4H5GA 2UYEA 4UACA 3G3IA 3SEXA 4LZ8A 4ZE8A 5CMKA 4I62A 1B2HA 3VLVA 1Y1MA 2RINA 2H4IA 1B3LA 2NUVA 4ELOA 5LOMA 4QFLA 2GFEA 4XIGQ 3T96B 5ELVA 1NNPA 3VLWA 4R2BA 1FTMA 3D4GA 3RTFB 1UTBA 3PUYE 4BDRA 3LSLA 2DP8A 2V25A 3O2AA 3TTKA 1PB8A 3T9VA 2UXAA 4PFTA 1PB7A 3IL1B 3BBRA 4O3AA 4RK2A 2AIXA 5B7DA 5IAIA 5L9OA 4OFLA 1QULA 1SW2A 4R73A 4PFWA 4F31B 3O66A 5BWJA 3FJGA 1MXYA 1LBBA 4KR5A 3N94A 2ABHA 5I2KA 2UVJA 2DS9A 1POTA 2O1MA 2XHDA 2ZYNA 4LQ5A 1P1OA 4GRKA 2OZZA 3S9MC 3RGYA 5DEXA 2XXUA 1OLAA 2Q2AA 5TP9B 4IGTA 1EH3A 4G2ZA 4OERA 2DE2A 2G29A 4IO2A 2Y7WA 1PB9A 4N6PA 3KEIA 4XKQA 1N0TA 3CFZA 1NH7A 2R71A 4AQ4A 2QRYA 1D9YA 4U1ZA 1P1UA 2NXOA 2XXXA 4AB5A 4GWOA 1FQAA 4RA1A 4P0IA 1QUJA 2VGQA 2NOOA 3ZSFA 2DWJA 2THIA 3TPAA 3DP6A 4F3GA 3HPIA 2OLBA 4R9GA 1B3FA 3JV9A 4RJZA 2RC7A 3OEKA 3IK6B 1JEVA 3VDFA 2XXWA 1LFHA 3IO6A 4WEPA 1MM7A 1B9JA 3TTMA 3G3KA 4PP0A 5L8DA 1FTJA 4NF5A 3K6VA 4Q30B 3MP6A 3CRBA 1MH4A 4Q8RA 3UGWA 1VFEA 1ZU0A 3HHGA 1N7XA 2VD2A 2XXPA 3OELA 2XXVA 3H6VA 4QRZA 4JDFA 4LUBA 1R9QA 1PBPA 2V3UA 3Q28A 2F34A 4GXAA 4G68A 4ESWA 3CIJA 5H8NB 2QS1A 2DWAA 1EZ9A 2ONSA 3GBBA 3S2VA 1H45A 2OCUA 3IAZA 1DTZA 3EHTA 1MDQA 3T66A 5A5XA 3FATA 5AA2A 3K1MA 1LLSA 3N6TA 4H67A 3OXNA 1GV8A 2ALUA 2QMXA 3PUWE 3IJOB 4QFNA 5KCJB 4YB7A 3BFUA 2PYYA 3TCFA 4XXUA 1ZTYA 5KDTA 4HCWA 1EZPA 1YTVA 1SDXA 3TMGA 1FQCA 1NH8A 4GL8A 3PUXE 3O29A 3ECRA 2ZXTA 3KG2A 4F1VA 4ESXA 4R74A 1B3HA 1PEBA 4IO5A 5DT6A 1USYH 2XXRA 4OETA 4ZEDA 2Y7PA 4FE8A 3CVGA 3G3HA 1ELJA 4PQJA 1JETA 3K6UA 1B1HA 5AA3A 1BTJA 1MM6A 2X7QA 4RK9A 4BDLA 2Y7KA 2DOJA 3RLFE 5I58A 1JW4A 3RY3A 5DVIA 5FHNA 3MP1A 3P7IA 1OVTA 2AL4A 1FTKA 4QF9A 5DVJA 3G3JA 4P11A 5B70A 1SW1A 2I4CA 1OLCA 2XXHA 2O1LA 4I1DA 4ZEBA 1S7YA 3B6WA 3G7WA 3SERA 1A40A 2BJJX 1OQGA 2P1SA 1O64A 2I3WA 4DXBA 4ZEIA 2ZNUA 3OD7A 2Z22A 4QSDA 2DVZA 3A09A 4JBZA 2P2AA 4EF1A 1JNFA 3QIMA 3EPEA 2H25A 2HQ0A 1TWYA 4X9TA 4EQBA 4F19A 1P1WA 5CC2A 1FQFA 1URSA 2H99A 3MVYA 5HBCA 5BUUA 1UTBB 3SEVA 1B3EA 1T0KA 1HSLA 3FV1A 3IOVA 1Y1ZA 4IO7A 4RYAA 3TYHA 2V84A 3PGFA 3FVNA 2D3IA 4G8NA 3HSTA 3QUFA 3KBRA 3F11A 1IEJA 2OBGA 3V8XB 3FXQA 3PD9A 3VXCA 1XT8A 3G3GA 3C4MA 4FIMA 3VXBA 1O7TA 1AH5A 4H8JA 3K00A 1P1NA 4OWDA 4YB6A 1GR2A 5CBRA 4YICA 4N07A 1IQ7A 4NWDA 2UVGA 3TUSA 1POY1 3K6XA 5JEIA 1B40A 1IIWA 2YLNA 4OMBA 5CI5A 1N3XA 2OWSA 3H06B 1MXUA 4GFRA 3V89B 2ESNA 3H7MA 3OO6A 3CSBA 3M3KA 3K02A 3KJTA 1IXGA 1I6AA 4FAJA 2QMWA 4OEUA 3C9HA 5ICQA 3LSWA 4BDMA 1NFTA 1MXVA 2E0SA 3T9HB 1B05A 3SEUA 1BP5A 3MC2A 3C32A 2ZNSA 3ILUB 2X26A 2X7PA 3C34A 4PFYA 3RPWA 1JEUA 4QSEA 1Y3PA 2V3QA 4OZ9A 2M8CA 2Q89A 4OEVA 2F7AA 1EZOA 4PFUA 3GZGA 1JQFA 1H43A 1M5DA 4NF6A 4I9DA 2QSXA 1NKXA 4DZ1A 3UORA 2PT2A 4NWCA 1HSJA 2WKYA 2H98A 3KFMA 2GRVA 3UIFA 3ODBA 4FEDA 4QSCA 2VP1A 5I59A 4XKRA 1JVXA 4KYSA 3DP8A 4GLIA 2V93A 3C36A 2Z23A 2PT1A 4M1VA 3VLUA 1MY2A 5ICTA 3H03A 3TTLA 4Z7EA 4NF8A 3TZAA 2DWIA 4G68B 2DVCA 2REGA 3TCGA 3IOTA 4U22A 4IB2A 2A5TB 4N13A 3I5OA 5A5XB 1B5IA 2XXQA 1NMUA 2ZMBA 4ZDMA 3O97A 3SETA 4L17A 3UK4A 1SVXB 1FQDA 5CMMA 5TU0A 3OOAA 1P1QA 4ZECA 2HFBA 4R6KA 1FW0A 4YMAA 4NEDA 2QL3A 1DPEA 3PD8A 5I56A 3R26A 4YKJA 3TCHA 4KCDA 4LP2B 3LSXA 2R9JA 4FECA 4R2FA 2QS3A 3E4RA 4GVOA 4MLQA 3HHFA 4GIZA 5AA4B 1RKMA 1ANFA 3GBAA 5CRYA 2HEUA 5J1DA 2XD2A 2RC9A 1AMFA 4TOZA 3UA8A 4POWA 5I58B 1UTHA 3T9XB 1Y3NA 3U92A 4HS7A 3K0VA 3SESA 4DCYA 3FZVA 3K1PA 3PUVE 4QFKA 2R6GE 2I3VA 1B0HA 1LFGA 3RT8A 3I6VA 4RY1A 1YAEA 1VR5A 1J1NA 2IEEA 3S9EA 2ZYOA 1LFIA 3M3LA 1XVYA 1SD3A 2YJPA 3Q25A 1URDA 1VFDA 3JYRA 5EYFA 4KYEA 1QKBA 4DCXA 2ONKE 4E0XA 4G8HA 4X48A 4G4PA 4X1DA 2PBWA 4F2OA 4FJPA 4LZ7A 3RUMA 4U23A 4IO3A 1R6ZA 3L6GA 3LSFB 1MG1A 3KGCA 2W7YA 4H6DA 4EQ9A 3PPNA 4YKPA 3DM0A 4ELQA 1H3DA 1IITA 1UIUA 3U93A 4ELRA 1F9BA 5JTYA 1D9VA 2HAUA 1BKAA 3O6HA 1AOVA 1ZLQA 4GQOA 2I0CA 2DYXA 5DTBA 1VE4A 2IA4A 4WXJA 3MQ9A 3MZBA 5DYHA 3TELA 1PBQA 3IB2A 5FHMA 1UQWA 3HO7A 3T9UA 3EHUA 3PV0E 4P0GA 2PVUA 3OO7A 1NNFA 4U4SA 4F3BA 2UYFA 2XXYA 1O63A 1R9LA 4IGRA 1MQHA 1A55A 1LSTA 2XD3A 1PC3A 2NWJA 4IO6A 4ZE9A 4POXA 3SKPA 3OSQA 3IO4A 2XX9A 2I0BA 1LB9A 3Q29A 5L9MA 4QFPA 3TTRA 4ECFA 1OIBA 4MH5A 2F6GA 5F7VA 1MPDA 3S9LC 3B6TA 1Y20A 3MAMA 1B4HA 3OMBA 1WDNA 2I49A 5KZTA 4M4GA 4H65A 1M5EA 2CMOA 3FXRA 3KN7A 1A7LA 4LA9A 4DDDA 5TP9A 1IXHA 1LCTA 4KCCA 1MXXA 1MDP1 5I57A 1MPCA 4DE8A 3WAFA 4X1BA 3RTWB 3UN6A 1B5HA 1MQGA 3IR1A 2AL5A 4RPNA 4JWYA 5I59B 3TEPA 3QK6A 1ZBMA 1I69A 3VV5A 1JW5A 3OEMA 3QSLA 3TFLA 2ZNTA 1OVBA 1MPBA 4NF8B 3VVEA 4JWXA 4OYVA 2ZYMA 3VVDA 3PUZE 2A5SA 4YKKA 1B32A 1MY1A 3JZJA 3FVOA 1D3KA 4YU0A 4U4XA 1A8FA 3G3FA 3V83A 4ZZAA 3EF7A 5CMBA 1QUIA 2PMSA 5EHMA 3K2DA 3O28A 1M5BA 2FNCA 3MUQA 1B6HA 3MVZA 2F7CA 3H6TA 1XVXA 3U1OA 4OFOA 3LC8A 4ONYA 4OENA 1SI1A 3H4ZA 5I56B 3CR9A 1H44A 3Q26A 1NL5A 2VD3A 3K1NA 1XHYA 2VHAA 1KWHA 1QUKA 4OHNA 1ZIUA 1PDAA 3EHSA 2ZYKA 3IX1A 3M8UA 5I2KB 1WVJA 4F1YA 2FA7A 2H5YA 1MQJA 3TKDA 5I2NA 4ZEKA 3KN3A 3OENA 1UIVA 4QFOA 4DLDA 2V3TA 3MVWA 5DEXB 3CSGA 4THIA 3PPQA 4GL0A 5KCJA 4H1XA 3I3VA 3MZ9A 4UA8A 4Z0IA 2DXRA 4F3PA 4XKNA 1VSOA 5DVFA 1NNKA 4NMYA 3FVGA 1UTHB 3PMVA 3QYTA 1R1NA 1XOCA 3BKIB 5TPAA 5H8HA 2P0SA 1MY0A 2Q88A 1AIVA 3ILTB 3N26A 4RNSA 4TQUQ 2OJTA 2HZLA 1GVCA 5CM6A 2I6EA 4TLLB 4EDPA 4RPOA 4U2RA 2F97A 3FASA 2GH9A 1B51A 1QW0A 3PPRA 1IZ1A 4LVQA 3RQTA 2DXYA 3IB1A 4H0WA 4BLAA 3FD3A 1DMBA 4I8CA 3T93B 2NVUB 5I84A 4NF5B 4OVJA 4WKMA 2AYSA 3T22A 3EN3A 1MXZA 1B46A 3PPPA 1TFDA 2Q2CA 1FTOA 2I4BA 3O9PA 2GHAA 2QPQA 3IB0A 4GOTA 3KSJA 4U21A 4RXLA 4KD5A 1LAXA 2O68A 4ZZEA 3PMWA 4IY5A 5JTYB 3N5LA 2LAOA 1US4A 4YAHX 4ISUA 1IXCA 1P99A 2HZKA 1N7WA 4EXLA 2Q9TA 4JSDA 4OFJA 1EU8A 3L6HA 4MFIA 5AA2B 1LBCA 2RKMA 2CZLA 2B3BA 3KN8A 5M2VA 3VE1B 2O51A 1OMPA 3CI8A 1QJMA 4IO4A 2F35A 1MQIA 2FYIA 3IOUA 2RC8A 4KQPA 4BDOA 3HCQA 2UVIA 1MQDA 4JXIA 1A54A 5L9SA 5KDTB 1AL3A 4GD5A 2G93A 1M5FA 1Y9UA 1JVYA 4WEDA 1IXIA 1B1XA 1Y4TA 3MPKA 1LAFE 1B52A 3RNNA 3CG3A 3C33A 3DP4A 4EF2A 5CBSA 5H8FA 3ZKKA 4YMBA 5ITPA 1ATGA 3OO8A 4PETA 4R75A 2H9BA 3H6WA 3KZGA 1HSEA 3O6IA 1CE2A 1B7HA 1ZJLA 4AB6A 1Y4CA 4R9FA 4F3SA 2RF1A 4GXSB 5FTHA 4F18A 2Z8EA 1QKAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RCAA 2Y7RA 1NUYA 1KA1A 4XTCQ 2HCAA 3IORA 5IKBA 2O7IA 2E1SA 3VFJA 2Y84A 3M3FA 5I57B 3MWBA 3MPLA 3OSRA 3FIRA 4KFQA 3W9VA 1GTKA 3LBSA 3TQWA 1N84A 3U94A 3OO9A 1SYIA 2O7UA 1B7ZA 4KI0E 4FORA 4F2QA 4XKPA 4O7IA 3FGSA 2VT5A 4GX4A 3ONMA 5H8QA 1N04A 3CFXA 3S4UA 1MS7A 1SW5A 2YPNA 3KOSA 4MBPA 4R6HA 4R6YA 5ITOA 4NF4A 4K3FA 2CZKA 3B6QA 1WODA 1DOTA 1Q35A 4FEBA 4PE5B 5K2XA 3S9NC 2QS4A 1BLFA 4O3CA 3C35A 4EQ7A 2QS2A 3FJ7A 1FQEA 4YKIA 1MRPA 2KLFA 1FBFA 1XS5A 1IMEA 5HM4B 3R6UA 1LB8A 2MKZA 4XEQA 3LUZA 3FUZA 3FXUA 1DTGA 1B3GA 2Q8JA 3MW0A 3MP8A 2R8TA 4MHFA 3MYUA 4C0RA 1Q1KA 4F29A 1LAHE 4KHZE 1YCJA 3E9XA 5EQ9A 4X04A 4H8IA 5EHSA 3RN8A 4EXKA 1RYXA 1ZMGA 3WAEA 5I3SA 2XXTA 1FBDA 4OQOA 4F22A 2B3FA 2A5TA 3H3GA 3QUJA 1SQYA 3V5AA 4U1OA 2HAVA 1CB6A 4DI3D 4GWWA 4P56A 4HCYA 5I2NB 4LQ2A 3EQ1A 1USYE 3KOTA 3DLNA 2GHBA 1FTLA 1MH3A 1SBPA 2WBBA 2Y7IA 3TODA 3IOWA 4I40A 3USDA 3LUYA 4F1UA 3U8QA 2DQVA 5AA1A 2O69A 1RYOA 2DE3A 3QAXA 3W15C 1YPNA 5H8HB 5TPAB 1SW4A 1LCFA 1S50A 1A8EA 4GWXA 3E3KA 3TAJA 2OWTA 3N6UA 2DSFA 3LV0A 4BDQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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