3VLWA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with mannuronate-guluronate disaccharide
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
489
structure length
489
Chain Sequence
EATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
molecule keywords AlgQ1
total genus 179
structure length 489
sequence length 489
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA02
5KCJB 2UXAA 3R6UA 5AA2B 1B3LA 1A8EA 4K3FA 2HQ0A 4QHQA 4EQ7A 3PUVE 1QJMA 2QS2A 1NNFA 4N13A 1FCKA 4ZEKA 1DTGA 4P0IA 2ZYKA 4KCDA 1B6HA 3IOTA 2O1LA 2X26A 1Y1MA 1ZTYA 1B51A 1QULA 3GLBA 5BUUA 3T9UA 3E4RA 3HN0A 1M5CA 4RYAA 1B0HA 4QF9A 2DQVA 3OXNA 4GFRA 3LSXA 4M4GA 3MZ9A 4IY6A 3EHSA 4WEDA 1PC3A 3UP9A 2VD2A 2ZXTA 3MJNA 4FE8A 2QMWA 3HPIA 4F3PA 4U21A 3SEWA 2E1SA 4LQ2A 3CFLA 4DCXA 2UVIA 4OEUA 4RXLA 1UTBA 5H8FB 4HCWA 1GTKA 3OELA 4IO4A 1Q35A 4OFJA 3K02A 1TFAA 4GXAA 2F97A 3FASA 1D9YA 1B2HA 5FHMA 3R7XA 1S50A 3F11A 4XXUA 4KFQA 2DVCA 4LATA 4U1ZA 3ZKLA 2GHAA 4F2QA 3N5LA 2Y7PA 4ISUA 2I0BA 4OZ9A 4KYEA 3KSJA 1LFIA 1B40A 3M3FA 2B3FA 1VE4A 4R9GA 3LUYA 1NH7A 2DWHA 3LSWA 2RC9A 3FJMA 4NF8A 2B65A 4R72A 1O63A 1NKXA 4O3BA 1XVXA 2I3WA 1FQEA 2DYXA 4P11A 5F7VA 4OXVA 4PFTA 3FATA 4G68B 1N7WA 5AA4B 3VV5A 2I48A 2XX7A 1FQFA 3K6XA 2HFBA 1P1OA 4LVQA 3CVGA 3G3HA 4FEBA 5H8NA 2HZLA 4NF6B 3HV1A 3O6IA 2PBWA 4RK2A 3OMBA 4HCYA 3IB1A 5ISUA 4F1YA 2XXIA 1MPDA 2PYYA 4QFPA 5CMMA 3TCHA 2ONKE 3OENA 4BDQA 3H6UA 1XHYA 5AE4A 4H8JA 1IUDA 3IO4A 5AA2D 5ICTA 1T0KA 4XKNA 4QRZA 4ELRA 1N84A 2KLFA 3DM0A 3MVYA 2PX1A 1JEUA 3B6QA 1CE2A 1PBPA 2X7QA 5AA3A 2ZYOA 3MAMA 1NFTA 1JETA 3H6WA 3CIJA 1S9TA 3E13X 1OQGA 4H5FA 2V84A 2OWTA 5F1QA 1A99A 3FV2A 1LFHA 3CR9A 5JTYA 4U23A 5DT6A 1JNFA 5I56B 3S9MC 4EQBA 1B3GA 1QW0A 1Y3NA 4X1DA 4OTEA 3JYRA 3S9NC 1AIVA 3D4CA 4XTCQ 3SEVA 3MZBA 2YPNA 1H3DA 3PUWE 2UVJA 2WKYA 2X7PA 2QS3A 1B1XA 4BDNA 4F18A 2GHBA 4OENA 4TLLB 2ZNSA 3CFXA 3PV0E 1AOVA 1LAHE 1N7XA 3H3GA 2E0SA 4FEDA 2DWIA 1B4ZA 1HSJA 5AA2A 3BBRA 3QSLA 4MH5A 3PMXA 2F36A 1AL3A 2Z8FA 2Q9TA 4POWA 1UIVA 1MG1A 3CFZA 2H25A 2DWAA 1P1NA 1MS7A 1MM7A 3W9VA 4R2BA 4ZDMA 2DE3A 1MH4A 2REGA 3FJGA 3SEXA 4F1UA 2F5XA 3VXBA 4TLMB 2RC8A 3OOAA 4GD5A 2DXYA 3PPRA 4QFKA 1MY1A 2F35A 3USDA 1OLCA 2OJTA 4IO6A 1II5A 1MQJA 1TFDA 3KSXA 4EDPA 1Z7ME 4Z0IA 2Z8EA 1POY1 5L9MA 4ZE8A 3RY3A 5FHNA 3C33A 1YPNA 2Y7IA 5JK4A 1ZJLA 4ZEIA 4X1BA 1I6AA 4YU0A 1B46A 3BFTA 1Y20A 3O97A 4YMBA 4XKQA 1B5IA 3FVGA 4GXSB 3VLVA 3L6HA 3TKDA 1URDA 4ZEBA 1SW4A 5I2KB 5B7DA 1LAGE 2R71A 4XKRA 3KOSA 4E0WA 2QMXA 5H8FA 1S7YA 4LZ5A 3VVDA 3U8QA 1A8FA 3MVZA 5CMBA 1AMFA 1MY0A 2NUVA 3MP8A 4DXUA 3FUZA 1HSEA 4C0RA 2UVHA 5BWJA 3H6TA 3TMGA 4BDMA 2F8DA 1ANFA 3THIA 3IOVA 3MPLA 2OLBA 4I62A 2DOJA 3OO8A 4X48A 3N94A 1D3KA 1USYE 3QUJA 1J1NA 3LSLA 1B5JA 2DXRA 1JEVA 4G77A 2LAOA 3ILUB 4QSCA 2VOZA 4Q8RA 3IAZA 1FTMA 3T22A 1B7UA 3FD3A 4KYDA 3TEPA 1R9LA 1NNKA 3GBBA 3T96B 3TELA 5ITPA 3VVFA 3P7IA 3UGWA 3TQWA 3HCQA 4G4PA 4G68A 2YLNA 5DVJA 3IORA 4JWYA 2AYSA 1GR2A 2O7IA 3S4UA 4H1XA 3KZGA 3EN3A 4NF6A 4OVJA 5EYFA 4UA8A 1MXXA 2A5TB 2V93A 3H06B 4FAJA 3IOUA 4OHNA 4ZE9A 1USYH 4YB5A 3OO9A 2R6GE 3C4MA 3U72A 3RQTA 1Y9UA 4N07A 3FXQA 3IJOB 2QJEA 5H8HA 2Y7WA 4Q0CA 2I4CA 3U1OA 3U94A 1I69A 3TFLA 5I59B 4GQOA 2OK2A 3TQLA 2D3IA 1YCJA 1B0LA 3O66A 3V83A 4ELPA 4ELOA 5TP9B 2CZLA 1QKBA 4IO7A 4GIZA 3VLWA 3H7MA 2F7CA 2ZNUA 3RUMA 3U92A 3O6GA 4HW8A 3IK6B 3T9HB 1NNPA 2ABHA 5A5XA 3G3IA 1FW0A 1DTZA 1SVXB 4JSOA 2O7UA 5I56A 1SI1A 4KQPA 5TU0A 5I58B 2PVUA 3VVEA 2RCAA 1NMUA 4ND9A 3SKPA 5IAIA 3C35A 1OQHA 1VFEA 3K6VA 3A3UA 3RT8A 2FA7A 1A7LA 1JW1A 1JW4A 3DP8A 1MY4A 2F7BA 4WXJA 4X9TA 3EHUA 3OEMA 4I8CA 4LP2B 4NF4B 1ZMGA 4H8IA 4QFOA 5L9SA 5DTBA 1EZ9A 2O84X 4PP0A 3Q28A 4DXBA 1JVXA 2HCAA 2XXRA 1OLAA 3MUQA 1WVJA 2QS4A 5EHMA 3R26A 2DVZA 2ZMBA 1SW2A 1I6QA 2Z8DA 1B32A 3QXMA 1DMBA 3G3KA 4G8HA 4YZZA 4F3SA 3PUXE 3ODBA 1IXCA 2RKMA 1M5BA 3IO6A 3BFUA 3KJTA 4G2ZA 3JZJA 4EF2A 3RNNA 2XXQA 1N3WA 5I2NB 1SDXA 2F6PA 3FVNA 2XHDA 2AL4A 2O6AA 4P0GA 2V3UA 1Y3PA 4R73A 2O51A 1IZ1A 2H98A 3TTLA 3K4UA 3DELB 3E3KA 3PD8A 4LZ8A 3TZAA 3IJXB 2PMSA 4BLAA 2ZNTA 5I2KA 4G8NA 4MLQA 3O2AA 4LONB 5DVIA 2QL3A 3MWBA 3FXUA 3MC2A 3ILTB 1LBBA 1LCFA 4NTLA 4EXKA 2HXWA 1LAFE 3VLUA 1N3XA 2PT1A 2R9JA 4JWOA 1A54A 2Q8JA 4E0XA 5JEIA 4G68C 5H8HB 4PFWA 1YAEA 4KCCA 3Q27A 5CBRA 2DP8A 4RK9A 2HAVA 2ONRA 3U93A 4ZS9A 4O3CA 4U1OA 4PFUA 4GVOA 1H43A 1ZIUA 1VSOA 4DZ1A 1MPCA 4F1VA 1US4A 1M5FA 2XD3A 3K6WA 2H9BA 3CG3A 3TTRA 1KWHA 4IO5A 4MBPA 5A5XB 4OERA 3UK4A 3MP1A 2G29A 1Y4CA 2H5YA 1O7TA 3W9WA 5KZTA 2I4BA 4MLVA 3EQ1A 2UYEA 1VR5A 5ELVA 4RPNA 3CRBA 1M5DA 3PUYE 2A5TA 2I6EA 4YAHX 2D21A 3MBPA 2Z23A 4H6DA 3Q29A 5H8QB 3C36A 3PPPA 3SDFA 2NWJA 4U4SA 1FQAA 3C32A 5DEXA 3CSBA 4RPOA 2Y84A 3KN8A 5I59A 1MQDA 4H0WA 3LBSA 3Q25A 1HSLA 2I3VA 1UQWA 3ZS6A 1LLSA 1FTKA 5TP9A 2O1MA 1PB8A 4QSDA 1LGBC 2QRYA 3ONMA 1LFGA 1UIUA 3VE1B 3MZ1A 3EF7A 4OQOA 1DPEA 4YKKA 3D4GA 2GRVA 2VHAA 1EH3A 3K1NA 3PPQA 1QUJA 2O68A 4AB6A 3O6HA 1LSTA 1Y4TA 3K1PA 4IO2A 1YTVA 5K2XA 5I58A 2QSXA 2XD2A 4NMYA 3Q26A 3PD9A 2F78A 4JXIA 1MRPA 5K2YA 5ICQA 4RNSA 4KR5A 1JQFA 4AB5A 1XOCA 3G3FA 3PMWA 3T9XB 4IY5A 2OZZA 4IGTA 4NF4A 1EZPA 4QFNA 3CI8A 4NE4A 3SEUA 3UIFA 3K00A 5HM4B 4OESA 5H8SA 1BP5A 4KHZE 1TT1A 2RF1A 3A3CA 4RY1A 3SETA 1LBCA 5DVFA 1WDNA 1FQBA 3M3LA 5AA1A 3HHFA 1MXUA 2THIA 1BTJA 1B7HA 3GZGA 4DLDA 4LUBA 4R75A 4ECFA 1PB7A 3TTNA 4IB2A 4ELQA 1XS5A 4Q30B 3G3GA 5I57B 2M8CA 5I2NA 2NVUB 1P1UA 2I49A 1N0TA 4YB6A 2D5WA 4LZ7A 2VD3A 4KPTA 3UORA 4EUOA 3KOTA 3LSFB 4Z7EA 1F9BA 1SI0A 3GXAA 1R9QA 1Y1ZA 4LA9A 1SQYA 1L5TA 4TQUQ 2DWJA 2IA4A 4HS7A 3TCGA 4FORA 2QPQA 1MQHA 3AXFA 3C34A 1UTHB 3MP6A 3QK6A 1DOTA 3MVXA 4GL0A 3MQ9A 1XC1A 1LB8A 1NH8A 2XXYA 1XVYA 1EU8A 1R6ZA 1H44A 4DXCA 4PQJA 2RC7A 3SEYA 4QFLA 4XIGQ 4F22A 5KDTB 3KN3A 1BIYA 1B3HA 3TTMA 1OVTA 2W7YA 2VGQA 3VDFA 1MH3A 4OEVA 3K6UA 1MXWA 4FIMA 3CG1A 1XT8A 4DE8A 4THIA 5DEXB 2CMOA 3IOWA 4JWXA 5HPQA 2XXXA 3WAFA 1URGA 1N76A 5B70A 2Q2AA 1B3FA 1MDQA 1QVSA 1SD3A 1SW1A 1LCTA 1RYOA 2P2AA 3PPNA 1D4NA 1MQIA 4I1DA 3SESA 4EQ9A 3TDJA 1SBPA 3KJ7A 4YICA 3T66A 1IIWA 4PETA 2UYFA 1GVCA 1ATGA 1ZU0A 5CRYA 4Q5TA 3PU5A 3OD7A 3JV9A 2ONSA 3PGFA 4ZEDA 5HBCA 1B5HA 3ZSFA 4R2FA 5FTIA 2REJA 2ALUA 4JB7A 4NWDA 4ONYA 3RN8A 2H4IA 4GOTA 4M1VA 4R74A 3ZKKA 3I3VA 2Y7KA 1URSA 2F34A 3N26A 4KD5A 1P1WA 3HHGA 5H8QA 3IR1A 1US5A 4KYSA 2XX8A 2XXHA 4OFLA 2OCUA 2ZYNA 1A40A 4XKPA 3T93B 1PBQA 3RT6B 3O28A 3PUZE 4EXLA 1B7ZA 2H99A 1PDAA 4POXA 4YKPA 1IXIA 4FATA 1IQ7A 1FTLA 1TWYA 3M3KA 4NWCA 4N6PA 1OIBA 2NOOA 4ZZEA 3TYHA 4BDLA 4ZECA 1MXYA 2I58A 3KFMA 5I84A 4JSDA 2I0CA 3QYTA 4WKMA 3K2DA 3N6UA 1R1NA 3G7WA 3K0VA 1DSNA 1B1HA 3V8XB 1TXFA 4F39A 4NF5B 5J1DA 1POTA 2Q88A 3C31A 4H67A 1N04A 1FQCA 5TPAB 1AH5A 1P1QA 1M5EA 4L17A 1I6BA 4YKIA 3S9EA 3EPEA 2AL5A 1ELJA 4R6YA 3OO7A 3FXRA 1MXZA 2XXVA 4UACA 4FECA 2DSFA 4OFOA 3O9PA 3L6GA 5M2VA 5CI5A 2DS9A 3C9HA 3I5OA 5L9OA 1CB6A 3OSRA 4KI0E 3EHTA 4F2OA 4F31B 1B4HA 4F3GA 4HTGA 2F6GA 2V3TA 3TCFA 3I6VA 1MDP1 4JDFA 3E9XA 1MXVA 3SERA 1EZOA 3QUFA 4GF8A 1IITA 5CMCA 4GL8A 5CMKA 1RYXA 5I57A 2G93A 1WODA 3B6WA 3FVKA 2Z22A 3H6VA 1FTOA 4F29A 4QSEA 2YJPA 1A55A 2AIXA 3WAEA 1IXGA 4GRKA 4GWOA 1B52A 3B7DA 3H03A 4TOZA 5L8DA 2A5SA 3A09A 4G8MA 4C1UA 3TPAA 1P99A 1BLFA 2FYIA 1GV8A 4OETA 3FV1A 4YB7A 2OWSA 2OBGA 1H76A 3DP4A 3K01A 3OO6A 4O3AA 2RCBA 1JVYA 3OEKA 1LB9A 4R6HA 4IGRA 1UTHA 2V3QA 4ZZAA 3IX1A 3KN7A 4U4XA 1B9JA 1B05A 5CBSA 2QS1A 3FVOA 1MY2A 1SYHA 4F19A 4LQ5A 5KDTA 1RKMA 4OYVA 4U2RA 4H65A 4PE5B 1GGGA 3DLNA 4IO3A 3VXCA 5LOMA 4R9FA 1ZLQA 4ESXA 3GBAA 2HZKA 3MVWA 1DPPA 1QKAA 3T9VA 3IB0A 5KCJA 2ANJA 5CM6A 3UA8A 1UTBB 3M8UA 3S2VA 3KG2A 3RTWB 3DP6A 1ZBMA 1NL5A 2Q89A 5FTHA 1IXHA 4AQ4A 1Y3QA 2ZYMA 3H4ZA 5FHOA 3TTKA 2BJJX 3FJ7A 4MFIA 1LAXA 2B3BA 1VFDA 1FTJA 1SYIA 2F7AA 4DDDA 2V25A 3RGYA 3FIRA 1B3EA 4R6KA 2HAUA 1OVBA 2UVGA 4BDOA 2GFEA 2XXUA 3ECRA 3HSTA 3MPKA 3RLFE 4OWDA 2DE2A 1SW5A 4NF8B 2XXPA 3KGCA 1BKAA 2FNCA 2NXOA 3IL1B 1ZKBA 2DE4A 3B6TA 3CSGA 2P1SA 1FQDA 1MM6A 4ESWA 3RPWA 5ITOA 3KBRA 4FJPA 4YMAA 3N6TA 3HO7A 3V5AA 1Z7NE 3LC8A 3K1MA 5H8NB 3IB2A 3G3JA 4F3BA 3QIMA 2P0SA 1NNTA 1QUKA 4I9DA 4RA1A 3UN6A 1IEJA 4MF3A 2HEUA 4C1TA 1JW5A 2PT2A 4NF5A 3OSQA 1PEBA 3LR1A 2Q2CA 4RJZA 5TPAA 4PFYA 4BDRA 5IKBA 4OMBA 1PB9A 1Q1KA 1B58A 3RTFB 2XXTA 2O69A 2ESNA 1QUIA 3PPOA 1OMPA 3KEIA 2XXWA 3QAXA 3TUSA 4WEPA 1MY3A 3FZVA 3W15C 5CC2A 1D9VA 3O29A 1H45A 2IEEA 2Y7RA 2GH9A 3TODA 2XX9A 3MW0A 4JBZA 5JTYB 2RINA 5EHSA 4ZEFA 3S9LC 3BKIB 5AA4A 1O64A 4YKJA 4H5GA 1MQGA 5DYHA 4U22A 2VP1A 1MPBA 4GLIA 4DCYA 3VFJA 4DIGA 3PMVA 3FGSA 3V89B 3TAJA 4NEDA 4EF1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KC0A 5KCJB 4NN3A 2UXAA 3R6UA 5AA2B 5IZ1A 1LEVA 1B3LA 1A8EA 1BK4A 4K3FA 2HQ0A 4QHQA 4EQ7A 3MSTA 3PUVE 1QJMA 2QS2A 1FPGA 1NNFA 4N13A 1FCKA 2PFYA 4ZEKA 1DTGA 4P0IA 2ZYKA 4KCDA 4AS5A 1B6HA 3IOTA 2O1LA 1NV2A 2X26A 1Y1MA 1ZTYA 4PF6A 1B51A 1QULA 3GLBA 5BUUA 3T9UA 3E4RA 3HN0A 1FBDA 1M5CA 4RYAA 4NQ8A 4P3LA 1B0HA 4QF9A 1JP4A 2DQVA 3OXNA 1NV4A 4GFRA 3LSXA 4M4GA 3MZ9A 4IY6A 3EHSA 3B8BA 3LUZA 2FIXA 1PC3A 4WEDA 3UP9A 2VD2A 2ZXTA 3MJNA 3NOHA 4FE8A 2QMWA 3HPIA 4F3PA 2WBDA 4U21A 5IZ3B 3SEWA 1FTAA 2E1SA 4LQ2A 3CFLA 4DCXA 2UVIA 4OEUA 4RXLA 1UTBA 5H8FB 4HCWA 1GTKA 3OELA 2DDKA 4PAKA 4IO4A 1Q35A 4OFJA 3K02A 1TFAA 4GXAA 2F97A 3FASA 1D9YA 1B2HA 5FHMA 3R7XA 1S50A 3F11A 2ZZXA 4XXUA 4KFQA 2DVCA 4LATA 4U1ZA 5ET8A 3ZKLA 2CZKA 2GHAA 4F2QA 1G0IA 3N5LA 2Y7PA 4ISUA 2I0BA 2OX3A 4OZ9A 4KYEA 3KSJA 1LFIA 1B40A 4G61A 3M3FA 2B3FA 1VE4A 4R9GA 4MJOA 3LUYA 1NH7A 2DWHA 3LSWA 2RC9A 2XA5A 3SZPA 3FJMA 1IMEA 4NF8A 2B65A 4R72A 1O63A 1NKXA 4O3BA 1XVXA 2I3WA 1FQEA 2DYXA 1NUZA 4P11A 5F7VA 4OXVA 4PFTA 3FATA 4G68B 1N7WA 1FPJA 5AA4B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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