3VLWA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with mannuronate-guluronate disaccharide
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
489
structure length
489
Chain Sequence
EATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
molecule keywords AlgQ1
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
total genus 179
structure length 489
sequence length 489
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA02
4E0XA 1H44A 1O7TA 5I59B 3ODBA 4KD5A 4LQ2A 4JDFA 4DCXA 4GF8A 1SW5A 3B7DA 3MAMA 4OESA 1JEVA 3D4CA 3IB2A 4FAJA 1LGBC 5AA4B 1Y1ZA 2ZYKA 3WAEA 3BFTA 3UORA 1JW1A 4YU0A 1IZ1A 2OCUA 1IXGA 1ANFA 3HO7A 5KDTA 4H8JA 2H4IA 2DSFA 2RF1A 2VD2A 5JEIA 1XVYA 4RXLA 4U23A 3K6UA 5AA1A 3IOVA 3OELA 1II5A 3VVFA 3TZAA 2HAVA 1P99A 2XXRA 1B51A 3U72A 4HCYA 1IXHA 4NF6A 2RINA 3BKIB 1CB6A 5H8QA 5CRYA 4NWDA 2F6GA 4LZ5A 1MY1A 4LQ5A 1LB9A 4JXIA 1PB7A 1OLCA 3MQ9A 5KCJB 4G68C 2RC9A 3TODA 1Z7NE 5B70A 1OVBA 4ZZAA 4OERA 5BWJA 1URSA 3H3GA 1OIBA 2E1SA 4ECFA 4LUBA 4HS7A 1QVSA 5I58A 4P0GA 3KJ7A 1D9VA 1LAGE 1Y3NA 4ELQA 2G29A 2HEUA 4LZ7A 3OOAA 1FTJA 2GFEA 1B40A 4QFKA 3MVWA 2P2AA 4F18A 3B6WA 3TUSA 4OETA 3FD3A 4FATA 1LAFE 1Y3PA 2ZYMA 3MP6A 4WEDA 3PGFA 2V84A 4DIGA 1SBPA 2REGA 3H03A 1MXZA 2B3FA 4QSDA 3T9VA 2OBGA 4TOZA 2I49A 4MF3A 4GIZA 3T9UA 2OZZA 4E0WA 4GWOA 4PETA 1M5CA 1BP5A 3U1OA 1B2HA 3N26A 3IB1A 4IY5A 2VGQA 4RPNA 1FQCA 1B1HA 3VV5A 1P1UA 3K6VA 1LFGA 1S7YA 5ITPA 3M3FA 1LFHA 4P0IA 3IOWA 4ELOA 5M2VA 3FV2A 3KZGA 1I6BA 3KN8A 5ICTA 3VLUA 2NWJA 1N3XA 1HSJA 4NE4A 1US5A 2GH9A 1SYIA 3C34A 4ZEFA 3S2VA 2O1MA 3UIFA 5H8SA 4DXBA 3OO7A 1M5BA 2OWTA 4NF4A 4XKQA 1NNPA 2PMSA 4I8CA 1QW0A 3TCHA 4WKMA 4YICA 3E9XA 3FJGA 3IX1A 3W9VA 3MW0A 1GVCA 3N94A 1B3FA 1IEJA 1MQGA 4K3FA 1OVTA 4TLLB 4NF8B 1Q35A 3FASA 3LSLA 1TFAA 5I2NB 3SESA 1N7WA 3QYTA 4OFOA 4R6HA 2XXYA 3VE1B 3OSQA 4R74A 4U1ZA 3BBRA 2VOZA 4JWOA 4FIMA 2QS3A 3FJ7A 2XD2A 2P0SA 3MBPA 4DXCA 4Q30B 1ZU0A 3G3HA 4PQJA 3ECRA 2XXPA 2DWIA 4F19A 1YTVA 4IGRA 2F36A 4F2OA 4YMAA 2A5TB 5K2YA 5DEXA 1ZTYA 3ILTB 3I3VA 5B7DA 5H8FB 2IA4A 1O64A 2OLBA 5H8HB 2Y7WA 4JSOA 2BJJX 2HZLA 3S9NC 3GBAA 3N5LA 3FXQA 2XXTA 4X1BA 3RPWA 4EXLA 2D21A 3VVEA 4DDDA 1Y9UA 2PVUA 4OHNA 1DSNA 2DWJA 5H8NB 1BLFA 3G3KA 3SKPA 3SETA 4G68B 3CRBA 4LZ8A 1F9BA 4ONYA 3QIMA 5L9SA 2R71A 5AA2D 2HZKA 2UVIA 1AOVA 4TQUQ 4NWCA 3OXNA 3CSBA 2XX7A 2ESNA 4ELPA 3IOUA 3RT6B 3TTMA 4GL0A 3QAXA 3A3CA 4FORA 1USYE 1WODA 1B5JA 2NVUB 1Q1KA 1TWYA 2I58A 3O9PA 5FHNA 1B46A 1SDXA 3V5AA 1XS5A 1MQHA 2QPQA 1UTHA 1HSEA 3TEPA 4F1YA 4KYEA 2ZYOA 4HCWA 1A40A 4KYSA 4F3PA 4QFNA 4IO3A 3TQWA 3Q25A 2GHAA 1IXCA 4RY1A 3PD9A 1GR2A 3U94A 4POWA 4OTEA 3PPPA 1JNFA 4QHQA 3LUYA 4JSDA 1LAHE 5EHSA 5CMBA 4U21A 1FW0A 3P7IA 2B65A 1B5IA 2XXVA 3S9MC 1SYHA 3PPRA 3SDFA 4Z0IA 2FA7A 1QJMA 1RKMA 3KGCA 1FQDA 4FECA 4N07A 3CVGA 3QUJA 3IJXB 3HN0A 5IKBA 1QKAA 2ABHA 5KDTB 1I6AA 3DM0A 4YZZA 4YKIA 4IO2A 3T66A 3UK4A 2QS2A 2O69A 4GL8A 1I6QA 3ZS6A 5DVJA 1QKBA 1RYXA 3FJMA 1OQHA 4GD5A 1QUKA 2ANJA 5I57A 3MP1A 4U4SA 3PUWE 2UVHA 2DQVA 4KHZE 5TPAA 4ZZEA 5HM4B 1MQJA 4NF6B 4IGTA 5CMCA 1LB8A 1I69A 5H8QB 1EH3A 3OO8A 3PMWA 1HSLA 2XXUA 3OO6A 4ZEKA 3SEUA 1BKAA 3EPEA 1IITA 1M5DA 1B7ZA 1A99A 2V3UA 5AE4A 4KI0E 4ESXA 1B7HA 2UVJA 3JZJA 1N3WA 4RPOA 4I62A 1EZ9A 1TT1A 3FZVA 3K01A 1ZBMA 4M4GA 2HQ0A 1CE2A 1SW1A 3PMVA 1UIVA 4BDOA 2ZNUA 3WAFA 3TTLA 1MXXA 3B6TA 5I58B 1MG1A 3MVYA 4KR5A 2DYXA 5CC2A 3K0VA 3EHTA 2GRVA 2WKYA 5DVFA 4O3BA 2F34A 3I5OA 2A5SA 2DXRA 3MVXA 3FIRA 4FE8A 5ISUA 3FV1A 4DE8A 3LC8A 1LSTA 2Z23A 1WDNA 1SW4A 2XX9A 1POTA 1QUJA 2XXHA 1KWHA 2AL4A 4NF5A 2HAUA 3T9HB 3U93A 1LCFA 5JTYA 3SEYA 3MPKA 4JBZA 1LBCA 1MH3A 3QK6A 3USDA 4ZEDA 3TTKA 1LFIA 4LVQA 3IK6B 3FXRA 2DXYA 3RN8A 3EHSA 2I4BA 1B3EA 4F3BA 1TFDA 2OJTA 4NEDA 1D9YA 3T96B 5LOMA 3MZ9A 2O68A 1NNTA 3Q27A 4OMBA 1XC1A 5DVIA 3O66A 4JWXA 4PP0A 4YB6A 4FEDA 4O3AA 2ZNSA 2X7PA 3GXAA 4NF4B 1B0LA 1S50A 4BDNA 4IO4A 3QSLA 1JW5A 4MLVA 1H76A 4OQOA 4R2FA 5DTBA 3IORA 2VD3A 4R2BA 2FYIA 2PT1A 4H65A 5JK4A 5L9OA 4BDRA 2DE4A 2XXXA 3TTNA 3N6TA 5AA2A 3V8XB 2V93A 3MUQA 2AL5A 3M3KA 3MWBA 2LAOA 1SVXB 5FTIA 3OMBA 4RK2A 2O84X 1A7LA 5EYFA 2OWSA 1SQYA 2AIXA 4PFUA 3UN6A 3OENA 2H25A 4GFRA 1MXYA 2Y7IA 1MY4A 1P1QA 1MXWA 3SEXA 2ZMBA 1PDAA 1YCJA 5EHMA 5ICQA 2Q2AA 2I48A 1XVXA 3PV0E 2DOJA 1NMUA 2NXOA 2OK2A 3IB0A 5HPQA 4EQ7A 1A8FA 4F3SA 1MDP1 4U22A 3KSXA 3DP8A 1B58A 4POXA 1JVYA 3MPLA 1DOTA 1NKXA 4F39A 1FQAA 2IEEA 1OMPA 3U8QA 3TTRA 2O51A 5DEXB 3JYRA 2ONSA 4G4PA 2ZXTA 4I1DA 3ZKLA 5CMKA 3CFLA 2I3WA 4Q5TA 3TCFA 4BDQA 1XHYA 4Q8RA 4L17A 4LA9A 2AYSA 3TCGA 1NL5A 2D3IA 4ZEBA 3THIA 3CG1A 1MQIA 3H7MA 3T22A 3HHFA 3S9EA 1IIWA 1VE4A 3C33A 3KFMA 3RLFE 2F7BA 2QRYA 4EDPA 4UA8A 4KYDA 2O7IA 2QL3A 5CBSA 2VHAA 3W15C 2V25A 4RYAA 1S9TA 3PD8A 4EXKA 1MDQA 1DPEA 2ONRA 1GGGA 4I9DA 1H45A 3MP8A 4F31B 3HPIA 3FVGA 3L6HA 2RCBA 2DE2A 4OENA 2PBWA 1A8EA 1SD3A 3ZKKA 4QFPA 4EQBA 2XHDA 1UTHB 3SERA 2F7CA 1B4HA 1MM6A 3UP9A 1M5EA 4BLAA 4G8MA 3IOTA 1N76A 2UYFA 1MY0A 3KN7A 1SW2A 3KEIA 1FTMA 3RTWB 3DP4A 3VXCA 1GV8A 3CG3A 3O2AA 2XXIA 1IUDA 5DT6A 3O97A 4H8IA 1DTZA 1NFTA 4LATA 3TYHA 3TDJA 1B9JA 1JQFA 1MPDA 1VR5A 3FATA 3KJTA 3PPQA 3ONMA 3VVDA 4YAHX 3R7XA 2GHBA 3OEKA 5I56A 2PT2A 2H99A 2Y7KA 4BDLA 1B0HA 1VFEA 1FCKA 3KOSA 1PBQA 4EUOA 1SI1A 1POY1 2HCAA 2HFBA 1QUIA 1DPPA 3M8UA 1ZKBA 2UXAA 1T0KA 4H5GA 1B32A 1Y20A 2I0BA 2UYEA 3C36A 2P1SA 1VSOA 1LLSA 2O7UA 1PB9A 3H4ZA 5I57B 4BDMA 1UTBA 2H9BA 4ELRA 1N84A 5HBCA 5TPAB 5FHOA 3K1PA 3RY3A 3KG2A 1B5HA 3TKDA 3S4UA 5J1DA 2A5TA 2W7YA 4DCYA 1ZMGA 2I6EA 1IXIA 4N13A 3EHUA 3V83A 1ZIUA 3K2DA 4OYVA 3F11A 3RTFB 3DELB 3KN3A 3GLBA 3K00A 1URDA 5BUUA 3Q29A 2Z8DA 1Y3QA 2H98A 2I4CA 3ZSFA 1MPCA 2I0CA 2V3TA 3RQTA 4YB5A 4F2QA 4G68A 4KCCA 3JV9A 2RC7A 3TAJA 3E4RA 1P1OA 1L5TA 5A5XA 1URGA 1MH4A 5TP9A 4EQ9A 2R6GE 3PUXE 3MVZA 2F97A 4TLMB 2CMOA 4OVJA 2ALUA 4HTGA 3N6UA 3Q26A 3UA8A 2Q88A 5IAIA 4C0RA 2O6AA 4QFOA 2DE3A 1ZJLA 3TPAA 4GOTA 3IJOB 2Z22A 3D4GA 3OO9A 1R9LA 4R9FA 3O6IA 4IB2A 4P11A 2XXQA 4NF5B 2YPNA 2O1LA 2ONKE 4AQ4A 3O6GA 1FTLA 2HXWA 5JTYB 1D4NA 4QF9A 2Y7RA 1VFDA 3C4MA 1B3HA 1MM7A 4IO7A 2I3VA 4GVOA 3FXUA 2ZNTA 3PMXA 2ZYNA 3HHGA 3PPNA 1R1NA 4ZECA 3FUZA 4MFIA 3VLWA 3TQLA 2YJPA 3OD7A 4AB6A 5ELVA 3IO6A 5I2KA 4X9TA 2H5YA 3LSWA 4YKKA 1A54A 4XKRA 3EQ1A 1RYOA 3VLVA 1P1NA 3PPOA 4JB7A 1O63A 3G3IA 3K02A 3T9XB 1B05A 4OXVA 4Z7EA 2F8DA 3MC2A 1JW4A 5DYHA 1MPBA 1PEBA 4ZE8A 1BIYA 5I84A 2CZLA 3VFJA 2KLFA 4ZS9A 4WXJA 2M8CA 1B3GA 3PUVE 5AA2B 4GXAA 1USYH 2RC8A 4NTLA 3VXBA 5F1QA 4ZDMA 3RGYA 1PB8A 4YB7A 4R72A 1FTOA 2F5XA 1A55A 1Y1MA 4OEVA 4WEPA 4X48A 1H3DA 5I59A 4F1VA 1R6ZA 1EU8A 1EZOA 1PC3A 4YKJA 1OQGA 3PUZE 4QSCA 3H6TA 3CI8A 4PFYA 1P1WA 4C1TA 3PUYE 3HSTA 4Q0CA 5AA4A 1YAEA 3FVKA 1NNFA 3LBSA 4ISUA 3CFXA 5L9MA 1MXVA 4N6PA 4ND9A 4ZEIA 3EF7A 2QS1A 2DVZA 4R73A 2REJA 4OZ9A 1AL3A 3MZBA 1FQFA 1UQWA 4DLDA 1D3KA 2F7AA 2QMWA 3FGSA 4OWDA 2RKMA 3HV1A 3E13X 2D5WA 2Y7PA 3K6XA 3C35A 3H6VA 1MXUA 4F1UA 2VP1A 1PBPA 4XXUA 2B3BA 4PE5B 1AH5A 3VDFA 5ITOA 3C9HA 3T93B 3SEWA 3BFUA 3IO4A 1B1XA 4O3CA 4QSEA 5FHMA 1SI0A 3K4UA 4GXSB 1UIUA 2F6PA 1NNKA 4U2RA 2DP8A 5CMMA 1LAXA 2F78A 4R75A 4LONB 4F29A 4QFLA 4MLQA 3G7WA 4IO5A 5KCJA 3E3KA 1FQBA 1OLAA 1FTKA 4JWYA 4RJZA 3A09A 5FTHA 1TXFA 4IY6A 4NMYA 2XD3A 4ZE9A 1WVJA 2PYYA 1Y4TA 3QUFA 3ILUB 1QULA 2Q9TA 4R6YA 1BTJA 4R6KA 4ESWA 1FQEA 4KCDA 4HW8A 4MH5A 1EZPA 4FJPA 3S9LC 3RUMA 2YLNA 4EF1A 2Y84A 4GQOA 3LR1A 3OSRA 1JVXA 4H0WA 4G2ZA 5I56B 3O29A 2Q2CA 1ELJA 4H1XA 4LP2B 3EN3A 1GTKA 3IAZA 3H6UA 3V89B 1JEUA 4YMBA 1LBBA 4KPTA 3G3FA 1MY3A 4DXUA 4XKNA 3I6VA 1ATGA 4U1OA 1UTBB 3SEVA 1M5FA 2FNCA 2THIA 4YKPA 3C32A 4XKPA 1AIVA 2Z8FA 3CIJA 5K2XA 4IO6A 1DMBA 3O28A 1B7UA 2RCAA 1DTGA 3FVNA 1B6HA 4THIA 4KQPA 1XOCA 5CI5A 4C1UA 3K1MA 4R9GA 2R9JA 4U4XA 4UACA 2Q8JA 4G77A 1R9QA 5TU0A 4G8NA 2Q89A 3KBRA 3R26A 3TFLA 1US4A 1Y4CA 4OEUA 1B52A 4OFLA 3PU5A 3Q28A 1H43A 3LSFB 4NF8A 3U92A 3CR9A 5CBRA 3OEMA 2XX8A 1N7XA 5I2NA 1MS7A 5A5XB 3IL1B 2QJEA 5TP9B 3KSJA 4XIGQ 4KFQA 2F35A 5AA3A 1B3LA 3TMGA 1XT8A 4MBPA 3G3JA 4AB5A 3FVOA 3G3GA 1N0TA 1Z7ME 1JETA 2XXWA 4H6DA 3DP6A 1NH8A 3TELA 2UVGA 4GLIA 1YPNA 4PFTA 3LSXA 3AXFA 3MZ1A 4H5FA 2G93A 3W9WA 3L6GA 1B4ZA 3M3LA 5H8FA 5H8HA 4QRZA 3MJNA 3RNNA 5KZTA 2E0SA 3A3UA 4DZ1A 4M1VA 3K1NA 2QS4A 4G8HA 4RA1A 2DWAA 4X1DA 3HCQA 5H8NA 3R6UA 3DLNA 3B6QA 3CFZA 2X26A 4EF2A 1AMFA 2DVCA 2NOOA 3C31A 1MQDA 2QSXA 5I2KB 5CM6A 2X7QA 2DWHA 1LCTA 3GBBA 4PFWA 3UGWA 3KOTA 1N04A 4RNSA 2DS9A 3RT8A 4OFJA 4H67A 3CSGA 3O6HA 3GZGA 2Z8EA 4RK9A 2QMXA 1ZLQA 2PX1A 3QXMA 4F22A 1MY2A 4XTCQ 4GRKA 5F7VA 3IR1A 1J1NA 4FEBA 1NH7A 1MRPA 2V3QA 1IQ7A 2NUVA 3H6WA 4F3GA 5L8DA 3K6WA 3H06B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E0XA 1H44A 1O7TA 2HHMA 5I59B 3ODBA 4KD5A 4OVSA 1NV0A 4LQ2A 4JDFA 4DCXA 4GF8A 3PTYA 1SW5A 3B7DA 4OVRA 3MAMA 4OESA 1JEVA 3D4CA 4PGNA 3IB2A 3GYYA 4FAJA 1LGBC 5AA4B 4GBWA 1Y1ZA 2ZYKA 3WAEA 3BFTA 4JVCA 3T1BA 3UORA 1JW1A 4GX3A 4YU0A 1IZ1A 2OCUA 1IXGA 4I40A 1ANFA 3HO7A 5KDTA 4H8JA 2H4IA 2DSFA 2RF1A 2VD2A 5JEIA 3KC1A 1XVYA 4RXLA 3U65A 5IGAA 4U23A 3K6UA 5AA1A 3IOVA 3OELA 1II5A 3VVFA 3TZAA 2HAVA 1P99A 2XXRA 1B51A 4N91A 3U72A 4MEVA 4HCYA 1IXHA 4NF6A 2RINA 4NN3A 3BKIB 1CB6A 5H8QA 5CRYA 4NWDA 2F6GA 4LZ5A 1MY1A 1JP4A 4LQ5A 1LB9A 2XA5A 4JXIA 1PB7A 1OLCA 3MQ9A 5KCJB 4G68C 2RC9A 3TODA 1Z7NE 5B70A 1OVBA 4PFIA 4ZZAA 2XWKA 4OERA 5BWJA 1URSA 3H3GA 1OIBA 2E1SA 4ECFA 4LUBA 3LV0A 5ESYA 4HS7A 1QVSA 5I58A 4P0GA 3KJ7A 5I3SA 1D9VA 1LAGE 1Y3NA 2KQZA 4ELQA 2G29A 2HEUA 4LZ7A 3OOAA 1FTJA 2GFEA 4JVDA 1B40A 5ET7A 4QFKA 3MVWA 2P2AA 4F18A 3B6WA 3TUSA 4OETA 4AS4A 3FD3A 4FATA 1LAFE 1Y3PA 2ZYMA 3MP6A 4WEDA 1K9ZA 3PGFA 2V84A 4DIGA 4GWWA 1SBPA 2REGA 3H03A 1MXZA 2P3NA 2B3FA 4QSDA 1BK4A 4N81A 2OBGA 3T9VA 4TOZA 2I49A 4MF3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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