3VLWA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with mannuronate-guluronate disaccharide
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
489
structure length
489
Chain Sequence
EATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
molecule keywords AlgQ1
total genus 179
structure length 489
sequence length 489
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA02
2F97A 1T0KA 3H03A 5I56B 4I62A 4H5FA 3MVZA 4L17A 3TTRA 2REJA 2AL4A 5AA4A 1QJMA 4F18A 4EF1A 3OMBA 2DQVA 3KOTA 1I6QA 3OD7A 4RPNA 1H76A 3TELA 2ZXTA 3S9MC 2H4IA 3SDFA 3KSJA 2IA4A 4X9TA 4GIZA 1S50A 1NNTA 4WXJA 2F6PA 3A09A 1SI1A 1R9QA 3R7XA 3QYTA 4PFTA 2G29A 2ZMBA 1P1UA 2P1SA 2GFEA 3UP9A 3N6TA 2UYEA 4OFOA 1N7XA 3O6IA 4LATA 5AA2D 3USDA 4DZ1A 3A3UA 4F3BA 1L5TA 1ATGA 3ZKKA 2RC9A 2Q89A 3IL1B 4F3SA 1M5EA 3TKDA 1LFGA 3KOSA 3KJTA 3QXMA 2ZNSA 3RUMA 5H8FA 1FTJA 1Z7NE 5CI5A 4YZZA 2AL5A 4YB6A 3QAXA 2UYFA 4Q5TA 3PD8A 3LBSA 4KQPA 4U21A 1UIUA 3G3FA 1B32A 1US4A 1RYOA 1EZOA 3HPIA 4R9GA 3MPLA 4H5GA 3AXFA 2ALUA 3MP8A 1D9YA 3ZKLA 2Y7KA 4EXKA 5ICTA 3PUYE 3F11A 1LAXA 1JQFA 3CFXA 3TTLA 2Y7WA 3UN6A 3KEIA 3RT6B 4WEPA 3LR1A 2XX7A 4OVJA 4NEDA 2NOOA 4O3CA 5KCJB 1OLCA 1EZ9A 2B3BA 3MPKA 1RKMA 2XX9A 1XS5A 4OEUA 4F1UA 3FV1A 4G77A 2DVCA 1F9BA 4KD5A 4F22A 5I59A 2HZKA 2RF1A 4ELQA 3OO8A 3MJNA 5L9MA 2RINA 2I3WA 3LSWA 4KPTA 3OELA 3TQLA 4LUBA 3UA8A 2O51A 4ZDMA 2O84X 3CIJA 3WAFA 3KN3A 2QMWA 4OWDA 2XXYA 4R73A 4U4XA 3MZ1A 4RJZA 4GWOA 1O63A 4FAJA 4MLVA 4PFYA 1IITA 2RC8A 3BFUA 4WKMA 1MPBA 4X1BA 4KYSA 1DTGA 2ONRA 3Q28A 2WKYA 5EYFA 4R74A 3ILUB 4U1OA 4MLQA 1A8FA 4ISUA 4RXLA 4I8CA 1Y9UA 4RNSA 4U1ZA 2DXYA 2ZNUA 4FORA 3OENA 5TP9B 1LCFA 3C4MA 1IUDA 2DWHA 1HSEA 5JEIA 4JDFA 1OVTA 1SYHA 3VVEA 4DXUA 4QFOA 5ISUA 5AA4B 4BDNA 3W15C 3EN3A 3CG3A 1N04A 4QSDA 1FQEA 5DEXA 4JSOA 3WAEA 2UVGA 1XOCA 5CMMA 3MWBA 5L9OA 3KFMA 4YB5A 4DXCA 3BKIB 1GTKA 3T93B 1MY4A 3GLBA 4ESWA 3MAMA 3U93A 4F2QA 4LP2B 1MY1A 1ELJA 3SETA 3QSLA 1JW1A 3OOAA 4ECFA 4DIGA 3E3KA 4G8MA 2XXWA 4P0IA 3K1MA 4BDLA 4BDQA 1ZJLA 5H8FB 4EF2A 1Y1ZA 2DS9A 2FA7A 2H9BA 2A5TA 4POWA 3B6TA 3RLFE 2YJPA 3HHFA 3IO6A 2HAUA 1R1NA 1MXUA 4IB2A 1GR2A 2F6GA 4GOTA 2DWJA 3B7DA 3GXAA 1H44A 1IQ7A 1FTKA 2Y84A 2Z8DA 3R26A 4YKJA 5CMCA 1P1WA 3BBRA 4ZECA 5ELVA 3K4UA 1IZ1A 3ODBA 1XVYA 3O9PA 3CSGA 5FHOA 2R71A 1YPNA 1ZMGA 3FASA 2RCAA 2LAOA 3RTFB 2XHDA 1NH8A 3RPWA 4F19A 1IXHA 1P1QA 3FVOA 1J1NA 3KBRA 4G8HA 2QJEA 4HCYA 1Q1KA 4ZEFA 1M5BA 5I59B 1S7YA 2O68A 3DP8A 3DP6A 2I3VA 1GVCA 3W9WA 4OFLA 5BUUA 5HPQA 3PMWA 2YPNA 4YKKA 5DVJA 2XXRA 3QUFA 3H6UA 3QUJA 4POXA 1QUKA 1RYXA 5FHMA 1BIYA 3N6UA 4PFWA 1DPPA 4H1XA 1DMBA 4RK2A 4BDRA 2ZNTA 3C35A 4YMBA 3IB1A 2I4CA 2X7PA 3EQ1A 1EZPA 4QFPA 4HS7A 4U4SA 3BFTA 3T66A 3TDJA 2V93A 1Y3QA 2DE2A 5H8NA 1OIBA 3CSBA 1B1XA 3N94A 2I58A 4JXIA 1DTZA 2D5WA 5AA2A 2Z8FA 3GBAA 3K2DA 4KHZE 3TFLA 4JWXA 4C1UA 1I6BA 2E0SA 3T9XB 3OSRA 1PBQA 3E9XA 4LVQA 1POTA 1FTMA 1OQHA 3PV0E 2VOZA 3FVKA 3TAJA 5DEXB 5L9SA 3FXQA 1SVXB 3IB0A 4LZ5A 4ESXA 5A5XA 2Q8JA 2HCAA 4WEDA 4JWOA 4RA1A 4KR5A 4FATA 4YB7A 3PMXA 4H67A 1PB9A 4DCXA 3U8QA 1B0HA 1GGGA 3H6TA 3U1OA 3HN0A 3H6VA 1B5HA 1N7WA 1Y1MA 4YAHX 3RNNA 1XC1A 3H3GA 2QMXA 4IO6A 1JW4A 1Y3PA 4I1DA 3MP1A 4IY6A 4OXVA 4KCCA 2PT1A 4PE5B 3VLUA 1NNKA 4C1TA 1SW4A 3IAZA 1H43A 4QFKA 1OVBA 1OQGA 3Q26A 4P11A 3DELB 3C36A 1FQFA 4NF5A 2A5TB 3CFZA 2NWJA 3D4GA 3U94A 2Q2CA 5DVFA 4LONB 3HV1A 1QUIA 3RN8A 3M8UA 1VSOA 1I6AA 1D4NA 4IO4A 4YKPA 1B58A 4IO5A 3VDFA 5JTYA 2ESNA 3PPPA 4XKPA 3FJ7A 5BWJA 2XXPA 2HQ0A 2ZYMA 2D3IA 2XXIA 1KWHA 1UIVA 4DDDA 2HEUA 4OESA 1TFAA 3FZVA 1YCJA 3VE1B 2Q2AA 3FXRA 3JYRA 4MFIA 3FVNA 3O2AA 1MXXA 3VVDA 5B70A 2GRVA 1N0TA 3PPQA 3T9UA 1AH5A 4GL8A 1JVYA 1SW2A 3SEXA 4UA8A 3PUWE 4ZEBA 2ZYKA 3HO7A 4RK9A 4X1DA 2OLBA 4NWDA 4BDMA 3LSFB 3IX1A 4KI0E 3B6QA 1LAHE 1MQHA 4GFRA 3O66A 2H98A 4U22A 5I58A 4HW8A 1B4ZA 1BLFA 3C31A 1B7UA 4QFNA 3K6VA 4Q0CA 2OCUA 1HSJA 1EU8A 3DLNA 2B65A 4QRZA 5H8QA 3M3FA 3GBBA 2BJJX 3C33A 5LOMA 3U72A 1Y4CA 1SD3A 1QULA 3TCGA 1M5CA 5H8NB 2F5XA 4IGTA 3IJOB 3G3GA 3S9LC 4IO7A 4XKNA 4N07A 2YLNA 5AA2B 4XIGQ 1A40A 3PUXE 1LBCA 2DWAA 1MPDA 3VXCA 3PPRA 4OENA 1ZTYA 3S9EA 1B05A 1QW0A 2OWTA 2Q88A 2FYIA 3S9NC 3OEKA 5H8HA 3HHGA 4G8NA 1DSNA 1B4HA 2XXTA 5A5XB 5K2YA 5I2NA 1A99A 1N3WA 1MM7A 4TQUQ 1UTHA 1MY3A 3RTWB 3FATA 3G3KA 4RPOA 3T96B 4TLMB 2XXXA 3EF7A 1B3EA 1TXFA 4R6KA 5JK4A 4ZE8A 3TMGA 4LQ5A 2ZYNA 5CC2A 4MBPA 5AA1A 3M3KA 3MQ9A 5I2KA 4THIA 1B2HA 1LFHA 4H8IA 2O7IA 3MVXA 1SQYA 3O29A 2H25A 4FIMA 4NF5B 3MVWA 1O64A 1JVXA 3SESA 4IO3A 3K0VA 4H0WA 3IK6B 1I69A 1OLAA 4M1VA 1B7HA 3FGSA 2F7AA 5JTYB 4E0XA 1ZLQA 4F1YA 1B52A 1JEUA 1IIWA 3IOTA 4ELRA 2Y7PA 4ZS9A 4R9FA 2Z22A 4NE4A 3EHSA 3U92A 2X26A 1XT8A 3V8XB 1ZBMA 1AL3A 3OXNA 2F78A 1B5JA 1B40A 2QRYA 2V3TA 1FCKA 4G2ZA 1PB8A 1VE4A 4F1VA 3VLVA 3KG2A 3MP6A 4PFUA 3E13X 5TPAA 1JEVA 2ABHA 3FVGA 4GL0A 1B1HA 3Q29A 2CZLA 3O6GA 4QFLA 2P0SA 2PBWA 4PQJA 2QSXA 3TEPA 1TT1A 1MXYA 3C34A 4FEBA 4G68C 4FEDA 4ELOA 2E1SA 3K02A 1N76A 1B3FA 3O28A 3OO7A 5I58B 3PPOA 3T22A 3SEVA 1M5DA 2REGA 5TU0A 3IORA 1AOVA 3O6HA 1LAGE 2R9JA 4FECA 4ZEKA 1VR5A 4OZ9A 4RYAA 2DOJA 2G93A 1NNPA 2QS2A 5H8QB 1POY1 4AQ4A 3ECRA 3LSLA 5CM6A 1PC3A 4ZZAA 1BP5A 3GZGA 1Y3NA 4Q30B 3IOUA 2HXWA 4ZE9A 4EQBA 2DP8A 2PT2A 1SW1A 1Z7ME 4BDOA 1NH7A 3CRBA 4MF3A 5DYHA 2ONSA 2X7QA 2NVUB 2AIXA 1NFTA 2DYXA 3HSTA 3S2VA 1MQDA 4H6DA 4R6YA 3OSQA 5FTHA 4YICA 3HCQA 2I6EA 3RQTA 5H8HB 3LUYA 4NF6A 3KZGA 2QS3A 4TLLB 4H8JA 5I2NB 1QKAA 2VHAA 3V5AA 4H65A 5CMBA 1P1NA 2ANJA 2V25A 1PB7A 4MH5A 2I0CA 4AB6A 1UTHB 3K6WA 1MPCA 4GF8A 3MZ9A 4JB7A 3A3CA 4IGRA 4F29A 4KYEA 5CMKA 2UVHA 1DPEA 4LZ8A 3EHTA 4XXUA 5I2KB 1B3HA 4HTGA 4G68A 2I0BA 1URGA 3I6VA 4O3AA 4QHQA 1MY2A 3H06B 1MY0A 5IKBA 5FHNA 2QS1A 3E4RA 3JZJA 3ONMA 5FTIA 3CFLA 1B7ZA 1A55A 3TODA 4M4GA 3VLWA 4KFQA 3RGYA 1O7TA 4QSEA 1PBPA 2DE3A 1ANFA 2Y7IA 3L6GA 2O1MA 1MDP1 1MM6A 5J1DA 1USYE 2F7BA 3L6HA 3UGWA 4IY5A 3MW0A 1NKXA 2O7UA 2D21A 1VFDA 4EQ9A 3UORA 5ICQA 2QPQA 1D3KA 3KGCA 3SKPA 2OK2A 3H6WA 1GV8A 4GLIA 1Q35A 3V89B 1B6HA 1WDNA 2NXOA 1MS7A 4RY1A 4R6HA 5TPAB 2NUVA 1YTVA 1TFDA 4I9DA 2XX8A 2Y7RA 1M5FA 1SBPA 3IJXB 4UACA 3MBPA 1IXIA 4FJPA 1QUJA 2PYYA 1FQCA 4Q8RA 2F35A 5I84A 4OHNA 1CB6A 5I57A 4OTEA 2RC7A 4OFJA 5B7DA 4R75A 1SDXA 3VV5A 2XD3A 2CMOA 2DWIA 5ITOA 1ZKBA 2FNCA 4R72A 4GRKA 4XKQA 4F2OA 1NMUA 1LB9A 1CE2A 1FTLA 3MC2A 4TOZA 2XXVA 1Y20A 1IXGA 1IXCA 3W9VA 3OO6A 1FTOA 3Q25A 2GHBA 3K6XA 4LA9A 2Z8EA 4X48A 2A5SA 1XHYA 5L8DA 2F36A 2VD2A 4HCWA 1B46A 3KJ7A 2V3QA 3K00A 2F8DA 4YKIA 3O97A 1UQWA 1PDAA 1FQDA 2W7YA 5F7VA 1H45A 4Z7EA 1BTJA 4ND9A 4XKRA 3ZSFA 3G3IA 3P7IA 1LBBA 1LCTA 3ILTB 1AIVA 4BLAA 3I3VA 1H3DA 2HZLA 3FXUA 3D4CA 5HBCA 3R6UA 3UIFA 2UVIA 3PUVE 2OJTA 1UTBA 2THIA 1N84A 3RY3A 1XVXA 2B3FA 3VXBA 3PPNA 4Z0IA 2PX1A 4DCYA 2O69A 4NF6B 1WVJA 2HFBA 1JETA 3ZS6A 1FQBA 3RT8A 3H4ZA 1D9VA 3V83A 5EHSA 1AMFA 1HSLA 3LSXA 1ZU0A 2V3UA 1MH3A 4R2FA 2V84A 1EH3A 3FIRA 3TTMA 1MXVA 2F7CA 3PU5A 5IAIA 5AA3A 4IO2A 3FUZA 5KDTA 1QKBA 4NF4A 3KN7A 4G68B 3K1NA 4LZ7A 2H5YA 1B9JA 4GXSB 1MQGA 3H7MA 2VP1A 3CVGA 2UXAA 1LAFE 4DLDA 3G3JA 4YU0A 5CBSA 2XXUA 4F3GA 2XXHA 4GVOA 3IOWA 1MDQA 2R6GE 1MG1A 3TZAA 1MH4A 1SI0A 2PMSA 4F39A 4OEVA 2I4BA 4PP0A 1PEBA 1US5A 3SERA 4KCDA 5EHMA 5K2XA 3TPAA 1LFIA 1NL5A 3C9HA 2ZYOA 3THIA 1VFEA 2O1LA 4NF8A 5F1QA 3K6UA 3CI8A 1P1OA 1YAEA 3K01A 3S4UA 3PUZE 4O3BA 1A54A 4ZEDA 4C0RA 5I56A 1R6ZA 4JWYA 3OO9A 3PMVA 2M8CA 3VVFA 4EUOA 2DSFA 2UVJA 4G4PA 5H8SA 2PVUA 5DTBA 3SEWA 1MQJA 3KN8A 1A7LA 3QIMA 1OMPA 5HM4B 4OYVA 4GQOA 2GHAA 3N26A 3FD3A 3TCHA 4P0GA 3K1PA 2XD2A 5I57B 4GD5A 5DVIA 1LSTA 1URSA 1II5A 3JV9A 1MXZA 4OETA 3SEYA 5ITPA 3TTNA 4ZEIA 3IR1A 4PETA 4YMAA 4EDPA 1N3XA 4LQ2A 1SYIA 3TTKA 1FW0A 3QK6A 1B51A 4U23A 2AYSA 1B5IA 3UK4A 2DXRA 4OERA 4F31B 3EHUA 3DM0A 3KSXA 2QS4A 4FE8A 1DOTA 1LGBC 1BKAA 3N5LA 3VFJA 4E0WA 3PGFA 2H99A 2Q9TA 2XXQA 1TWYA 5DT6A 4JBZA 4DXBA 3B6WA 3IO4A 3CG1A 2VD3A 3IB2A 2OZZA 4F3PA 5CBRA 4NTLA 4QSCA 1MQIA 1A8EA 1SW5A 2KLFA 4AB5A 1UTBB 2I49A 3FJMA 3I5OA 3DP4A 2OBGA 2DE4A 1LLSA 1MRPA 2P2AA 3MZBA 1JNFA 3T9VA 4ONYA 3TQWA 3OEMA 4XTCQ 4EQ7A 1FQAA 4K3FA 2HAVA 1JW5A 4GXAA 5KCJA 4KYDA 3TUSA 4ZZEA 1P99A 1B0LA 2VGQA 1B3GA 1NNFA 3EPEA 3C32A 5KDTB 3IOVA 5KZTA 4NF4B 3MUQA 2QL3A 4U2RA 2I48A 3Q27A 3T9HB 5M2VA 4QF9A 3TYHA 2F34A 2ONKE 2DVZA 2O6AA 5AE4A 3FJGA 2RCBA 1URDA 4NMYA 4ELPA 4N6PA 1Y4TA 3TCFA 5CRYA 2GH9A 4OQOA 1IEJA 3PD9A 4NWCA 2Z23A 4EXLA 3G7WA 3MVYA 1B3LA 4R2BA 3M3LA 3LC8A 1S9TA 3FV2A 3SEUA 4JSDA 4N13A 2OWSA 3G3HA 2IEEA 1MXWA 2RKMA 1WODA 4NF8B 3CR9A 4OMBA 1QVSA 1USYH 1ZIUA 1LB8A 5TP9A 1R9LA 4DE8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X04A 2F97A 1T0KA 3H03A 5I56B 4I62A 1XI6A 4H5FA 3MVZA 4L17A 3TTRA 2REJA 2AL4A 5AA4A 1QJMA 4F18A 4EF1A 3OMBA 2DQVA 3KOTA 1I6QA 3OD7A 4RPNA 4N4UA 1H76A 3TELA 2ZXTA 3S9MC 2H4IA 3SDFA 3KSJA 2IA4A 4X9TA 4GIZA 1S50A 1NNTA 4WXJA 2F6PA 3A09A 1SI1A 1R9QA 3R7XA 3QYTA 4PFTA 2G29A 2ZMBA 1P1UA 2P1SA 2GFEA 3UP9A 3N6TA 2UYEA 4OFOA 1N7XA 3O6IA 4LATA 5AA2D 3USDA 4DZ1A 3A3UA 4F3BA 1L5TA 1ATGA 3ZKKA 2RC9A 2Q89A 3IL1B 3T1BA 4F3SA 4H45A 4MX6A 5ESYA 5ET8A 1M5EA 3TKDA 5I5PA 1LFGA 3KOSA 3KJTA 3QXMA 4AS5A 2ZNSA 3RUMA 5H8FA 2XWOA 1FPEA 1FTJA 2ZZWA 1Z7NE 2B4MA 5CI5A 4YZZA 1Q9DA 2AL5A 2QFLA 4YB6A 3QAXA 2UYFA 2OWZA 4Q5TA 3PD8A 4JVDA 3LBSA 4KQPA 4U21A 1DCUA 1UIUA 3G3FA 1B32A 1US4A 1RYOA 1EZOA 3HPIA 4HE2A 4R9GA 3MPLA 4H5GA 1FSAA 2PFZA 3AXFA 2ALUA 3MP8A 4FBPA 1D9YA 3ZKLA 4I40A 2Y7KA 4EXKA 5ICTA 3PUYE 3F11A 1LAXA 1JQFA 3CFXA 1NUYA 1NV0A 3TTLA 2Y7WA 3PTYA 3UN6A 3KEIA 1VDWA 3RT6B 2L5VA 4WEPA 3LR1A 2XX7A 4GWSA 1NV3A 4OVJA 4NEDA 4OVRA 2XWVA 2NOOA 4O3CA 5DW8A 5KCJB 1OLCA 1EZ9A 2B3BA 3MPKA 1RKMA 1RDXA 2XX9A 1XS5A 4OEUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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