3VXCA

Crystal structure of xylobiose-bxle complex from streptomyces thermoviolaceus opc-520
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
398
structure length
398
Chain Sequence
TITAMVYGDDAVKVQDKAASRFNASAEAKKANAKVKMERIPASDYPAKLRTAMGSPNAPDIFFNWGGGSIKAYKEAGQLVDLTDVIKSDEVLSTGFLPSVVAAGSLDGHEYGIPMRGMQPVLLFYNKSVFAEHKLTPPTTWDQLLDNVAKLKKAGVTPFALGGVEIWPELMWLEYLVDRIGGPQVFDKIRNGDASGWGDPAVLKAAQTVKQLVDEGAFGKGFSSVSYNNGGAPALLAKGKAGMHLMGSWEYSTQLGKFPDFAKKDLGWCAFPSFEGGAGDIRNVVGNPCNYWSVNARTGNKDGAIAFLRDCASEAYTKDLIDNGDVPTTTIAENMLDSSPNPEFAKFQYQLVQKAPNFTLSWDQAVDPDWQQPMLTEINKLFVGKSSPEQFVSALKGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
source organism Streptomyces thermoviolaceus
publication title Crystal Structure of Xylooligosaccharide-Binding Protein from Streptomyces thermoviolaceus OPC-520: Dramatic Conformational Change with Ligand binding
rcsb
molecule keywords Putative sugar-binding lipoprotein
total genus 145
structure length 398
sequence length 398
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxcA02
3C36A 4DCYA 2O1LA 1QVSA 4PFWA 1PBQA 4EDPA 4EF2A 4AB5A 3DLNA 2UXAA 3IORA 1GR2A 1N3XA 3EHUA 1Y9UA 1QKAA 1LFIA 1SQYA 2XXRA 2OZZA 1B0HA 4TLLB 1MS7A 1MXUA 3PD9A 1R9QA 3FJ7A 3K00A 3ONMA 2PYYA 1BTJA 1TFAA 4O3AA 2PVUA 1R9LA 4ND9A 1MRPA 1O7TA 4KQPA 1DPPA 1VE4A 4L17A 2XX7A 3G3HA 1ZMGA 4POXA 3MAMA 1MPBA 3IO6A 1OIBA 4TQUQ 3VLWA 4IY5A 4YB5A 2QS2A 1JVXA 3CSBA 1SYIA 2Q8JA 2H25A 3RN8A 3F11A 4KCCA 1RYXA 1NH8A 4NTLA 1H43A 1MXYA 4I9DA 5I58B 2UVJA 3GXAA 3OOAA 5FHMA 4DE8A 3H4ZA 5EYFA 3B7DA 4ZEFA 4E0WA 3HV1A 4FECA 4RK9A 3TTKA 1ZBMA 4O3BA 4ZEBA 4RA1A 3Q29A 2XXVA 3SETA 4DXUA 1BP5A 4JWYA 2HAUA 4GF8A 3FXUA 3PUWE 5KDTB 4I8CA 4G4PA 3B6TA 3OD7A 1FQBA 1XVXA 3TEPA 4NF5B 3B6WA 4H6DA 2H4IA 3PGFA 4BDQA 4WKMA 1MH4A 1ZLQA 4GVOA 1MG1A 4IO7A 3M3LA 4OFLA 3QK6A 4R74A 3VLVA 3ODBA 4NF8B 1O64A 3TMGA 3N5LA 2ZYMA 5CRYA 4EQ7A 4KR5A 3CG3A 2YPNA 2QSXA 1FQEA 1R6ZA 1B0LA 2HFBA 3G3KA 1QUJA 3E4RA 3UN6A 2F97A 5CM6A 4QRZA 4THIA 1MM7A 3A09A 3WAEA 2D5WA 5H8NA 1SW1A 1LAFE 5L9SA 1CE2A 2RINA 3CR9A 3MZBA 3MJNA 2KLFA 3KGCA 3MQ9A 2PBWA 1LGBC 2R9JA 5AA2A 3TPAA 2R71A 1IXIA 5I2KA 3E9XA 3H06B 4YKKA 4H0WA 2Y7IA 2O51A 3HHGA 1Y4CA 3C33A 1PEBA 3OO7A 2NOOA 2UVHA 1SW5A 4FEBA 1QW0A 4PFYA 3FVOA 1XOCA 2BJJX 4IO6A 3O6HA 2OJTA 2Z22A 3OO8A 1IXHA 4RYAA 3QYTA 4XTCQ 3MW0A 1DSNA 1XS5A 4OFOA 5ICTA 3I5OA 1BLFA 4OFJA 3LUYA 1B3FA 3ZS6A 5JTYA 4NF4B 2P0SA 3CG1A 3MVZA 1NL5A 1IEJA 2I4BA 3BBRA 1US5A 1GTKA 2F78A 2G93A 4NEDA 2B65A 5A5XA 1MH3A 3N6TA 1GV8A 1I6BA 2XXPA 3MZ1A 3U92A 5DTBA 1AIVA 3IAZA 3M3KA 4GXSB 4KD5A 3TELA 3LC8A 4YU0A 2I48A 3BFTA 1PBPA 4OZ9A 3CFZA 1B52A 1SBPA 4DXCA 4F3PA 1A7LA 3SEVA 5HPQA 3DP6A 1NNFA 4KCDA 3RT8A 3KBRA 3ZSFA 3O6IA 2XXTA 5I58A 1PB8A 1UQWA 4C0RA 4DCXA 4FATA 2VHAA 3LSWA 4N6PA 4GQOA 4ELRA 1TT1A 4P11A 4KI0E 4WXJA 3K6VA 4HCYA 4QFKA 4IGRA 4E0XA 3PUXE 1OLCA 4BDRA 3FJGA 1P1UA 3O2AA 4OENA 3VVEA 4P0IA 4GL0A 4DZ1A 3UA8A 4Z7EA 4XKQA 1MXWA 3TTLA 4G8HA 4EF1A 1B6HA 4U22A 1B7UA 1DOTA 4JSOA 5CMCA 4NF8A 4GL8A 4H5FA 4OESA 1URDA 3HSTA 3S9LC 4M1VA 4FEDA 3PU5A 2ONRA 1A55A 2NVUB 1S7YA 3TQLA 2XX9A 1POY1 1MQDA 1LFGA 2XXWA 2H98A 2H99A 5ELVA 1MY1A 5AA4A 4LUBA 3GZGA 4RPOA 4YB6A 3RY3A 4MH5A 1M5EA 4OETA 5H8FB 4LZ8A 3LSLA 5DT6A 1WDNA 3S9EA 2M8CA 4G77A 2DXYA 3MUQA 2ZYOA 2V84A 2OCUA 4I1DA 3K6XA 3MVWA 4QFPA 2HXWA 2V93A 2OLBA 3HN0A 4GRKA 2AL5A 1MY3A 1H44A 3VDFA 3KN8A 2O7IA 3UORA 1IQ7A 4MFIA 3CVGA 4R73A 2W7YA 1TWYA 2D21A 4IGTA 5TP9B 1FQFA 3K1NA 1UIVA 3W9WA 4Q30B 1Y3NA 2OK2A 2ANJA 1N0TA 3GBAA 2RKMA 3K02A 2XXXA 3D4GA 3SEXA 1OVTA 5DEXB 4NE4A 3IJOB 4EXLA 2PX1A 5TPAB 2I4CA 3RGYA 1VR5A 4Q8RA 3MP6A 5CMKA 4ELPA 1ANFA 4RNSA 2ONKE 4GD5A 1S50A 4FAJA 1N76A 3M3FA 1B2HA 1Y20A 4H67A 2E0SA 2XXUA 1ZTYA 3QUFA 4H5GA 3USDA 2HZKA 5I59B 3PUZE 4RY1A 5CBRA 2XD2A 3TQWA 4F1UA 4JWXA 3UIFA 3K2DA 5KCJA 1IIWA 1MXZA 4ZE8A 4EUOA 1USYE 1MQIA 4M4GA 2A5TB 3DP8A 3JZJA 4BLAA 3S4UA 2ESNA 1SD3A 5EHSA 3IOTA 2E1SA 1JQFA 5JEIA 1WVJA 1FQAA 5I57A 1D9VA 1N7WA 3RT6B 2Q89A 3IK6B 4OWDA 2F7BA 3H03A 2O6AA 4XKPA 1P1NA 2O1MA 2UYFA 3MPLA 2F34A 5CBSA 3EQ1A 3Q26A 3KJ7A 2AL4A 4MLQA 2GHAA 1UTBB 1QULA 2DWJA 3V5AA 5H8HB 3EN3A 1GGGA 2P2AA 3U8QA 5L9MA 3H6TA 2H5YA 3OO6A 4NF6B 4EQBA 3SEUA 1B7ZA 4IB2A 3CRBA 3FUZA 2REGA 3EHTA 4F18A 1D3KA 4U1ZA 1VFDA 4QSDA 4H65A 1JVYA 1SW4A 1B32A 1ZKBA 1ATGA 2I0BA 4FJPA 1XHYA 4X48A 2QL3A 1LAHE 5DVIA 2YLNA 2O69A 3O9PA 3OEKA 5FHOA 2DE4A 5K2YA 1LBBA 3QAXA 4KFQA 5I56A 3ILTB 3KOTA 3PMWA 3WAFA 4G8MA 3THIA 1QUIA 3T93B 2WKYA 1VFEA 2QMXA 2F7CA 5K2XA 5B7DA 1Z7ME 3UGWA 1I6QA 3FZVA 4HTGA 5H8QA 1OVBA 3PD8A 3UK4A 4H8IA 1JW1A 3U1OA 4G68A 4OXVA 3FIRA 1DPEA 2QPQA 3L6HA 1N04A 4HS7A 1NKXA 2F5XA 3C9HA 1XC1A 4JXIA 3K01A 4LVQA 5IAIA 1UTHB 2D3IA 3LBSA 1OMPA 3E13X 3VXBA 4FIMA 3A3CA 3JYRA 3TTNA 1NNKA 2Y84A 2DWHA 1ZJLA 1SI1A 1B5IA 4QF9A 4RPNA 1LAXA 3MP8A 1M5BA 5JK4A 2QS1A 3OELA 2F36A 4RJZA 3VXCA 4PFUA 4X1DA 4F1YA 4F22A 1IZ1A 1B05A 4O3CA 3C35A 3PUYE 1PC3A 1FTMA 3R26A 5DYHA 4U1OA 1B3LA 3O29A 4ELQA 1F9BA 1EZ9A 3L6GA 3IL1B 4UACA 3SKPA 1JEVA 4XXUA 4F2QA 4OEUA 3MWBA 4EXKA 4OVJA 4YKJA 1XT8A 3IB2A 5ITPA 2OBGA 3EF7A 3N94A 4GXAA 1NNPA 4U23A 3S2VA 1MY2A 3VVFA 5AA2D 2Z8FA 3C4MA 2HQ0A 2OWTA 1MPCA 5CMBA 1LAGE 4ESWA 3KJTA 4OMBA 2Q2AA 2ZXTA 1PDAA 3SEWA 4TLMB 5ICQA 1M5CA 1B9JA 3O66A 4QFNA 2X26A 3MBPA 4F2OA 3K1PA 4NWDA 3PMXA 2V3UA 5CC2A 2NXOA 1YPNA 1MQHA 1M5FA 1OQHA 1B1HA 4MBPA 2DE3A 3TODA 2GFEA 4AB6A 1SVXB 2XXIA 4QSEA 3FJMA 2CMOA 3W9VA 3T9HB 2VD2A 2PT2A 5IKBA 5CI5A 1A8FA 3H6WA 2DSFA 5KDTA 4NF6A 2QJEA 3FASA 4QFLA 4F19A 2AIXA 3TKDA 2Y7RA 4R6KA 2RF1A 4NF5A 4OQOA 3S9MC 2F6PA 3B6QA 1I69A 3HO7A 3H6VA 3ZKKA 5KZTA 2VOZA 3K6UA 3Q25A 4U2RA 4ZDMA 1O63A 3BFUA 3PPNA 1I6AA 5ITOA 4PETA 2DXRA 2Z8EA 4U21A 3SDFA 3KN7A 1FTKA 1LSTA 4DIGA 5I84A 1JEUA 2Q88A 2YJPA 3KFMA 2THIA 1RYOA 4FE8A 2IEEA 2RC9A 4PE5B 2OWSA 3TZAA 3C32A 1WODA 2ZNSA 4U4XA 3R7XA 2F6GA 2RC7A 4ZZAA 2O84X 1QJMA 3MP1A 1M5DA 2UVIA 1B46A 1Q1KA 1Y1MA 3RNNA 2DP8A 4PFTA 1NMUA 2ABHA 2Z23A 1MM6A 4KHZE 1B4HA 2DWIA 3AXFA 1B7HA 1AH5A 5AA3A 3N6UA 2VD3A 2NUVA 3PUVE 4KYEA 4R75A 4P0GA 3TTMA 3S9NC 4F1VA 3H3GA 1FTLA 1AMFA 1NNTA 4LQ5A 3FV1A 4DLDA 1B3GA 3W15C 5H8NB 5DVFA 4YICA 1SYHA 3Q28A 3QUJA 3M8UA 4OYVA 4R9GA 1II5A 2I0CA 2O68A 1B1XA 4ZEDA 1UIUA 1MDP1 5AA2B 1JW5A 5FTIA 4YZZA 5I2KB 4IY6A 3T22A 3FXRA 3CFXA 2PMSA 5LOMA 1DTZA 3TYHA 3DP4A 1D9YA 5FTHA 4LP2B 2V3QA 4RK2A 1Q35A 4IO5A 3U93A 4POWA 2DOJA 2FNCA 2XXYA 4NF4A 1MXVA 1JW4A 2XD3A 4AQ4A 1J1NA 5L8DA 2VP1A 4F3BA 3OXNA 2RCAA 3MVYA 2GH9A 3U72A 4LATA 3KOSA 2I49A 4R2BA 5AA1A 4GIZA 2P1SA 2V3TA 5JTYB 2X7QA 4F3GA 3K4UA 2REJA 4KPTA 3DM0A 2XX8A 1FQCA 2I6EA 1B3EA 2ZNUA 1P1QA 1OQGA 2UYEA 1NH7A 5A5XB 3UP9A 5F7VA 3TCGA 3RTFB 3VE1B 1ZIUA 5H8SA 3LR1A 1A8EA 3MZ9A 4RXLA 1MQGA 3O6GA 3FVKA 3T96B 2I3WA 4HCWA 3QIMA 1LCTA 2F7AA 3EHSA 4YAHX 4C1UA 4LZ7A 3D4CA 4BDLA 1FCKA 2Z8DA 1B58A 2XHDA 4YB7A 4X9TA 4I62A 4NWCA 1N84A 1EH3A 3IOUA 2HZLA 4ZE9A 3VFJA 3PPQA 4N13A 3C31A 4ISUA 5I2NB 1TXFA 4H8JA 1Z7NE 1YTVA 1N7XA 1GVCA 3CFLA 3PPRA 1AOVA 1AL3A 3RQTA 1QKBA 1HSJA 4JB7A 3PPOA 1KWHA 1DMBA 4OEVA 3IOWA 1JNFA 1LB8A 2HEUA 3FVNA 4QFOA 4ZS9A 5J1DA 1MPDA 3TUSA 2F35A 3H6UA 4WEPA 1B4ZA 2DVCA 4ONYA 1R1NA 3KG2A 4Q0CA 3HHFA 4ELOA 4Q5TA 1LFHA 1DTGA 3SEYA 2IA4A 2Q9TA 3K1MA 3SESA 4IO3A 2B3FA 4R2FA 2O7UA 1B40A 3P7IA 2G29A 1PB7A 4G68C 3OENA 1H45A 2GRVA 1N3WA 3FV2A 3T9VA 5HBCA 3IB0A 3G3GA 4HW8A 3I3VA 1US4A 3IO4A 4BDNA 3VLUA 1MXXA 2LAOA 2VGQA 3KN3A 4XKNA 5H8FA 3EPEA 4YMBA 4GFRA 3T66A 1IXCA 5AA4B 3OO9A 2ZMBA 4EQ9A 5EHMA 1TFDA 2DVZA 3PV0E 2QRYA 3A3UA 3GLBA 1H76A 3V8XB 1IITA 3T9XB 4R9FA 3HCQA 1P1WA 2AYSA 3HPIA 4ZZEA 3FVGA 1RKMA 4G8NA 1XVYA 5BUUA 5TP9A 1JETA 3OSQA 2RCBA 1QUKA 2NWJA 4JWOA 4F3SA 3MPKA 5DVJA 1B5HA 3N26A 2ZNTA 1MY4A 1A40A 2I3VA 4OERA 5DEXA 1P99A 4QHQA 3OEMA 3I6VA 3H7MA 5TPAA 3LSXA 3C34A 2ALUA 2Y7KA 3TCHA 2DE2A 3TDJA 1Y3PA 3TTRA 3QSLA 1FTJA 4MLVA 4ECFA 4WEDA 1NFTA 5B70A 4LZ5A 4IO2A 1SW2A 1BIYA 3KSXA 5TU0A 5I59A 5AE4A 1MDQA 1FTOA 3G3JA 1LLSA 4JDFA 3CI8A 4YKPA 3G3IA 2ZYNA 4F29A 3G7WA 3RTWB 4OTEA 5L9OA 1POTA 4R72A 2Q2CA 2A5TA 3K0VA 4F39A 3IR1A 3O28A 2UVGA 2Y7WA 4Z0IA 4ZECA 3IX1A 4LA9A 4DDDA 3MC2A 3ZKLA 2QS4A 3IB1A 5KCJB 2F8DA 1MY0A 4N07A 3OSRA 4QSCA 1Y1ZA 4GWOA 3CSGA 2HCAA 3TAJA 4R6HA 1BKAA 4ZEKA 2FA7A 5I2NA 4ZEIA 3LSFB 1USYH 1UTBA 4PP0A 5H8HA 1HSLA 4GLIA 1URGA 2GHBA 3KZGA 4UA8A 5I57B 4U4SA 3RPWA 1VSOA 2I58A 1B51A 1SI0A 3RUMA 4YKIA 1B3HA 1IUDA 3RLFE 4F31B 2B3BA 1HSEA 1URSA 4OHNA 3VV5A 3E3KA 1CB6A 2XXQA 2CZLA 1H3DA 4BDOA 2Y7PA 4ESXA 1LB9A 3FGSA 1PB9A 1OLAA 3V89B 4FORA 3U94A 3ECRA 4IO4A 4X1BA 5F1QA 4H1XA 3K6WA 3G3FA 3GBBA 3TFLA 5ISUA 1A99A 3V83A 1EZOA 5CMMA 4R6YA 3DELB 1D4NA 3R6UA 1FW0A 2V25A 1B5JA 4K3FA 5BWJA 5FHNA 1LBCA 4LONB 2X7PA 2DQVA 3FD3A 4BDMA 3TCFA 4GOTA 2FYIA 1T0KA 3QXMA 1P1OA 2PT1A 4JBZA 2DYXA 1ELJA 3SERA 5I56B 4KYSA 2R6GE 2ONSA 5HM4B 3FXQA 3IJXB 3PPPA 4XKRA 3BKIB 2DWAA 1FQDA 1Y4TA 1UTHA 5H8QB 3T9UA 1S9TA 3MVXA 3OMBA 3Q27A 1Y3QA 3ILUB 4G68B 1YCJA 4G2ZA 1IXGA 1ZU0A 1SDXA 4JSDA 3JV9A 2HAVA 2H9BA 4XIGQ 3IOVA 1A54A 1YAEA 1LCFA 2XXHA 3CIJA 4NMYA 5M2VA 2A5SA 4LQ2A 1EU8A 3KEIA 2QMWA 4DXBA 1EZPA 3VVDA 3FATA 4PQJA 3O97A 1L5TA 4YMAA 2ZYKA 3PMVA 2DS9A 3KSJA 2QS3A 4KYDA 4TOZA 1MQJA 2RC8A 4MF3A 4C1TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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