3VXCA

Crystal structure of xylobiose-bxle complex from streptomyces thermoviolaceus opc-520
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
398
structure length
398
Chain Sequence
TITAMVYGDDAVKVQDKAASRFNASAEAKKANAKVKMERIPASDYPAKLRTAMGSPNAPDIFFNWGGGSIKAYKEAGQLVDLTDVIKSDEVLSTGFLPSVVAAGSLDGHEYGIPMRGMQPVLLFYNKSVFAEHKLTPPTTWDQLLDNVAKLKKAGVTPFALGGVEIWPELMWLEYLVDRIGGPQVFDKIRNGDASGWGDPAVLKAAQTVKQLVDEGAFGKGFSSVSYNNGGAPALLAKGKAGMHLMGSWEYSTQLGKFPDFAKKDLGWCAFPSFEGGAGDIRNVVGNPCNYWSVNARTGNKDGAIAFLRDCASEAYTKDLIDNGDVPTTTIAENMLDSSPNPEFAKFQYQLVQKAPNFTLSWDQAVDPDWQQPMLTEINKLFVGKSSPEQFVSALKGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Xylooligosaccharide-Binding Protein from Streptomyces thermoviolaceus OPC-520: Dramatic Conformational Change with Ligand binding
rcsb
molecule keywords Putative sugar-binding lipoprotein
molecule tags Sugar binding protein
source organism Streptomyces thermoviolaceus
total genus 145
structure length 398
sequence length 398
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxcA02
4Z0IA 1FQAA 2G29A 2REGA 3RGYA 5A5XB 4KCCA 2CMOA 2ALUA 5FHMA 1B1XA 2F34A 4FJPA 3H6VA 5BUUA 2UYFA 4F1UA 3SERA 2I48A 4IGTA 3H03A 3V83A 1B4HA 2F78A 1VE4A 2Y7KA 2RF1A 5CMMA 2GH9A 5HBCA 3V8XB 1BLFA 4WXJA 3BFUA 3K6UA 1QKBA 3W15C 3PD8A 5JK4A 3OENA 2HCAA 1NNKA 3GBAA 3KEIA 2Q8JA 2DXRA 2XXTA 2Q89A 3B6TA 4P0IA 2GHBA 3FXQA 3DM0A 3MP8A 1MXVA 2F6GA 3RN8A 4GOTA 1UIVA 2OZZA 1MRPA 3PUXE 4HW8A 4G8HA 4H6DA 4G68B 2DWJA 3MUQA 3V5AA 2YPNA 4MH5A 4HS7A 4JDFA 3K6XA 1B0HA 1ZJLA 3W9WA 1NMUA 3G3IA 2V3QA 2UVHA 2AYSA 1QUIA 3PPQA 2I4BA 4ONYA 5ICQA 3KGCA 1Y3PA 2XXHA 3I5OA 1ZBMA 4H67A 5ICTA 3TUSA 3IJOB 2B3FA 1B6HA 3OEMA 5I58A 1R6ZA 3IOWA 4OEVA 2VP1A 3S9NC 5K2XA 4QHQA 4QFNA 3OO8A 2F6PA 3UORA 4BLAA 3IL1B 4QF9A 5HM4B 4RPOA 1JW4A 3K01A 3TAJA 3RY3A 3O29A 4OTEA 1EZPA 1JEUA 3ZKLA 3H6UA 1CB6A 4YMBA 3FXRA 1LAHE 4BDLA 3TYHA 3VV5A 3PU5A 4YB7A 1B9JA 4OZ9A 1XC1A 1EZ9A 3L6GA 4DCYA 1XHYA 1FQCA 1JEVA 1QVSA 4PFYA 4OEUA 3PV0E 5IKBA 3KOTA 1MG1A 4MLQA 4EQ9A 3C9HA 1AMFA 1FTLA 4XXUA 1OIBA 1UTHA 4KYEA 3WAFA 4OFJA 2B65A 4YKKA 5TPAA 3HO7A 5DTBA 4YB5A 3HN0A 4G68C 2RC7A 5FTIA 5CM6A 1SYIA 2GFEA 3VLUA 2ZYMA 5DVJA 1OVBA 3KN3A 3MWBA 3KG2A 1AIVA 2DWHA 5DEXB 4TLMB 2AL5A 4U4SA 5I56A 2X26A 1UTBA 4EXKA 4Q8RA 2Y7IA 1MXZA 3LSXA 3ODBA 1II5A 3N94A 4H8IA 5H8SA 3EPEA 1B7UA 4UACA 3CG3A 3SEVA 1M5BA 2NUVA 3DELB 3MW0A 3PPRA 4LATA 4QFPA 1JETA 3TPAA 3SEUA 4GD5A 3RLFE 1IUDA 4IO7A 5FHNA 3U93A 3F11A 5I2NA 1Y3QA 2ZYNA 2DE4A 3O2AA 1EH3A 4OXVA 3FV2A 4DLDA 3N26A 4NF6A 2QSXA 4FATA 2RCBA 3A3UA 3FATA 3K02A 1VSOA 3IORA 3TFLA 1LFGA 4UA8A 3D4CA 1RYXA 4F3SA 2I58A 3PPNA 1N0TA 3U72A 5AA2A 5AA4B 1MQIA 1FQFA 1Y1MA 2G93A 4H0WA 3IR1A 3E4RA 4FAJA 3TCHA 1BKAA 4BDOA 5ITPA 3FJMA 1MY2A 4PETA 1MM7A 3FVNA 2UYEA 4MF3A 2O69A 3IOUA 3TTKA 2E0SA 3CR9A 4KI0E 4GFRA 5I59B 2NXOA 5LOMA 2OWSA 4QFOA 3K6VA 3Q28A 4ZEKA 3PUVE 4C0RA 5CMBA 4Q5TA 3WAEA 2I0CA 3G3JA 2DQVA 3O6GA 1NNFA 2GRVA 3DP6A 3LSFB 3B6QA 1GGGA 4R74A 4U2RA 4U23A 1GVCA 5JEIA 2HQ0A 1MQDA 1A54A 2R6GE 3MZBA 3TEPA 1N3WA 1SQYA 4N6PA 1OLAA 2NOOA 3OO9A 1XS5A 1B5HA 2VD3A 1ZMGA 3OXNA 2REJA 1HSEA 4WKMA 3VE1B 1PB7A 3K1MA 1BTJA 3HPIA 1IITA 2VD2A 4F31B 3FIRA 5FTHA 3ZSFA 3W9VA 1FQDA 1DSNA 2HZKA 1O64A 3B6WA 1T0KA 4OQOA 3FV1A 3O28A 4IB2A 1MY3A 3A09A 2XXXA 3D4GA 3Q29A 3KN7A 3TTRA 1QUJA 5F1QA 1UIUA 3RTFB 2A5TA 2DE3A 1A99A 1IXHA 4NE4A 1FTJA 1PC3A 2QS4A 1PB8A 3VVFA 5KCJA 5F7VA 1DPEA 4LA9A 4QRZA 2ZYOA 3O66A 2ZYKA 4R75A 3RPWA 4RPNA 1B7HA 3OSQA 4K3FA 1YCJA 2I4CA 5HPQA 4OHNA 4LVQA 1URSA 2F36A 1D3KA 1PBPA 4R2BA 1I6QA 2DP8A 1I6AA 2DYXA 2D21A 1S50A 2OJTA 5CMCA 3RT6B 1DOTA 1LCTA 2RINA 1GTKA 2F7AA 3FVGA 2YLNA 3VVEA 3CVGA 5KDTB 1TT1A 3MVXA 1A40A 2I0BA 3QSLA 4O3BA 1MXUA 5DVFA 3VVDA 5H8QB 4WEPA 3KN8A 5H8HA 2H25A 1PDAA 2F8DA 5ISUA 4ZE9A 4NWCA 3KOSA 5TP9B 5H8NB 3KFMA 4EUOA 1IXGA 5A5XA 1P1NA 3T96B 4H65A 3KSXA 1MQHA 4JWXA 5FHOA 3EHUA 3OEKA 5CBRA 1MS7A 3SEWA 5B7DA 3MQ9A 4FIMA 1B5IA 1D9VA 1P1QA 1IXIA 3SKPA 1VFEA 5KZTA 3MVZA 1POTA 3VLWA 3OMBA 1M5CA 3I6VA 3C35A 3K00A 4YZZA 3FASA 4OVJA 5AA3A 4O3AA 1MXYA 3C32A 4R9FA 2H99A 4P0GA 4ZDMA 1NNPA 2D5WA 3UN6A 2RCAA 4JBZA 4NF4A 4JSOA 2XXUA 2YJPA 1N84A 1RKMA 2O1MA 4LQ2A 4G68A 1B3HA 3T93B 4LZ8A 4FORA 3G3GA 3KSJA 3EHTA 1FTMA 1SW2A 3LR1A 1LSTA 1A55A 4N13A 3TQWA 4H8JA 2CZLA 4KYSA 2IEEA 3TTMA 4IO5A 1FW0A 3EF7A 4THIA 1A8EA 3MP6A 2FYIA 4MFIA 2QPQA 4G2ZA 2Q2AA 3CFLA 1XT8A 3T22A 4TLLB 2OCUA 4DE8A 1DMBA 2XD2A 3T9VA 5L9MA 3CI8A 1PEBA 4PQJA 2ZNTA 3G3HA 2XXVA 4POWA 2M8CA 3HSTA 1IXCA 1POY1 4R6HA 3PPOA 3U1OA 3N5LA 3R6UA 1Q35A 2XXIA 4DXBA 4MBPA 1J1NA 1B0LA 4I9DA 3MJNA 1Y20A 2VHAA 1D4NA 2O68A 5L9OA 4ZZEA 4R6YA 3OO7A 3OELA 4GQOA 4AB6A 5I2KA 3HHGA 4C1UA 2Z8DA 2O6AA 1B32A 2HZLA 4NF5B 4R9GA 3H6WA 2DSFA 1R1NA 3M8UA 4JSDA 4NTLA 3T9XB 4G8MA 4GXSB 4C1TA 4QFKA 5AE4A 4I1DA 1NL5A 1B2HA 4RA1A 3RT8A 1WODA 3S9LC 4OETA 1IQ7A 4ZEBA 5DVIA 2F7BA 1QJMA 4PE5B 3RNNA 4TQUQ 2DVZA 5DEXA 3T9HB 1YTVA 1LFHA 3LBSA 1EU8A 4OYVA 1B4ZA 2QS1A 4H5GA 1XVXA 4LUBA 2PMSA 1ZLQA 3K2DA 2B3BA 2Q88A 3S2VA 2XHDA 4R73A 3EQ1A 4U1ZA 4PFUA 1MQGA 1XOCA 1IIWA 1Y4CA 1Y9UA 4KHZE 4O3CA 4EQBA 4KYDA 4QSDA 2Q9TA 2F7CA 1JW5A 4JWOA 4GLIA 4OESA 4YAHX 2ZXTA 1US5A 2DXYA 2H4IA 2I6EA 2Q2CA 4KFQA 4GF8A 4ZS9A 1JQFA 3TTNA 3K1PA 5AA4A 3ILUB 1TFAA 3MZ9A 4JB7A 4BDNA 2Z22A 1SW1A 3MC2A 3PPPA 4ZEDA 4IO3A 4XIGQ 1MXWA 4QSCA 3FVKA 4IO4A 5JTYB 2R9JA 3O9PA 2ABHA 1YAEA 1B1HA 1SI1A 3C34A 5I59A 3Q26A 2IA4A 4XKNA 3S4UA 3S9MC 1D9YA 1LB9A 4POXA 3CFXA 1N7WA 3TMGA 3GBBA 1B7ZA 1B3GA 4U22A 4XKQA 4PFWA 1NH8A 1KWHA 1A8FA 1MH3A 3FUZA 2QMXA 1H3DA 1B51A 2V3TA 2NWJA 4EDPA 1P1WA 4EQ7A 3UIFA 2FA7A 4F2QA 1ZKBA 3K4UA 4H5FA 5AA1A 5I57B 2QJEA 2H98A 1SDXA 4LP2B 5CI5A 3TDJA 2P1SA 4Q0CA 4E0XA 2F35A 2V3UA 4G77A 4AB5A 3JV9A 2HAVA 4LZ5A 3PMVA 1GR2A 1B40A 4F18A 2H9BA 4ISUA 3C31A 1HSJA 2ESNA 1Y1ZA 1WVJA 2P2AA 1JVYA 1L5TA 2ONKE 3PMXA 1TFDA 5EHSA 1ELJA 4BDQA 2XXPA 1LBCA 3IB2A 4OFOA 4RJZA 3UA8A 2RKMA 3RUMA 2PBWA 1H45A 3FJGA 1BP5A 1H43A 4KR5A 1FTKA 4NF8B 3O6HA 2VGQA 2DWAA 4KCDA 5H8FB 3KJTA 1OLCA 2QL3A 4ELQA 4NWDA 3O97A 2XD3A 3TCFA 1LBBA 4ZE8A 4HCYA 4YICA 5DT6A 5KDTA 3Q25A 3E13X 4AQ4A 2ANJA 2DOJA 4U21A 1MY1A 5H8QA 5DYHA 2V84A 3IAZA 2KLFA 3N6TA 1YPNA 2Y7WA 3M3LA 3IOTA 3TKDA 1R9QA 4DCXA 4N07A 5TP9A 3RTWB 5H8NA 4E0WA 4G8NA 1P1UA 4GXAA 4HCWA 1XVYA 3GLBA 5M2VA 3SETA 1QUKA 2QS3A 4F3BA 2QMWA 3VLVA 4NMYA 3LC8A 2PYYA 3H06B 1N7XA 4OENA 3CFZA 4G4PA 2ONRA 2OK2A 2ZNSA 4ELRA 3QIMA 3SDFA 1Y4TA 4Q30B 4X48A 3SESA 2UXAA 2A5SA 2THIA 2XXYA 3UP9A 2DE2A 3IOVA 2QRYA 4RXLA 1OMPA 2ZMBA 2UVJA 5IAIA 1MXXA 3FJ7A 4FECA 3BBRA 2PX1A 2XXQA 4XTCQ 3TZAA 4NEDA 4PFTA 3QK6A 4X1BA 3Q27A 3M3FA 4OWDA 3HCQA 2Y7RA 1FQBA 4F22A 3A3CA 3KZGA 2E1SA 1SBPA 4LZ7A 3QXMA 3C4MA 4RK2A 4YKIA 4RNSA 3MP1A 1NH7A 1MPDA 1N04A 4ZEFA 4F29A 3VXCA 2HAUA 3AXFA 1N76A 3MPLA 3T9UA 5B70A 1VR5A 4RK9A 1DTZA 3USDA 5EHMA 2O7IA 4EXLA 4EF2A 2O1LA 2Z8EA 1N3XA 1B5JA 1DTGA 4IO6A 3H4ZA 1NNTA 4XKRA 4NF4B 1M5FA 1B46A 3RQTA 3IB1A 3TCGA 1AOVA 2OBGA 1SVXB 1Z7NE 2H5YA 2PT1A 4KQPA 1ZIUA 3IK6B 3IO4A 2HFBA 3ZS6A 1LFIA 4NF5A 3MZ1A 5CBSA 4X1DA 1FTOA 3KJ7A 1R9LA 1MQJA 1P99A 1B52A 1S7YA 1P1OA 4ZEIA 4KD5A 1MY0A 4F1YA 4LONB 2Z8FA 2RC9A 4ZECA 2X7QA 2PVUA 3K1NA 2I3WA 3HHFA 5I58B 1ZU0A 4ESXA 1FCKA 2VOZA 3G7WA 3IB0A 2LAOA 1BIYA 3LSLA 4IO2A 4EF1A 4R72A 1PBQA 4FEBA 3PGFA 2F5XA 5I2KB 2UVGA 4MLVA 1H76A 3G3FA 2GHAA 3CRBA 4DXCA 3CG1A 4P11A 2ZNUA 1TXFA 4F19A 1B58A 4YKJA 2Z23A 3G3KA 3E9XA 1VFDA 1LAGE 3L6HA 2BJJX 3H3GA 3MPKA 5TU0A 1QULA 2Y7PA 3QUFA 2X7PA 3E3KA 2DVCA 3QYTA 2XX9A 2ONSA 2V93A 3EN3A 4F3PA 1S9TA 3SEXA 4GRKA 1B3EA 3OD7A 3ONMA 3OO6A 3ZKKA 4HTGA 2O51A 1UTHB 3QUJA 2I49A 3BKIB 3JZJA 1JW1A 4DDDA 2RC8A 2FNCA 4M4GA 3S9EA 1B3FA 4F2OA 5TPAB 3N6UA 3H6TA 4H1XA 3PUZE 1I69A 4U1OA 4ND9A 1SI0A 3I3VA 1URGA 3H7MA 5JTYA 3THIA 1JVXA 5I56B 1UTBB 3OOAA 1MDQA 1MY4A 5CRYA 2AL4A 4U4XA 1AH5A 1LCFA 4FE8A 1QW0A 4BDRA 4ECFA 4IY6A 4ESWA 2V25A 3V89B 3P7IA 1MPCA 2F97A 1ANFA 3IO6A 1LAFE 5ELVA 5BWJA 2W7YA 5I2NB 4F1VA 1A7LA 1I6BA 4YB6A 1PB9A 2D3IA 3JYRA 3U92A 2PT2A 2NVUB 2O7UA 1LGBC 4NF6B 3BFTA 3LSWA 2Y84A 4XKPA 4WEDA 2O84X 5I57A 3FZVA 3O6IA 1B3LA 3DLNA 5AA2B 1H44A 4RY1A 3CIJA 1SW4A 3VXBA 4OERA 4R6KA 3MAMA 3TELA 1B05A 3QAXA 1LB8A 1MDP1 5L9SA 1JNFA 4QFLA 2R71A 3EHSA 1HSLA 1MPBA 1F9BA 3IJXB 4FEDA 4X9TA 4R2FA 4GIZA 1CE2A 4IY5A 4LQ5A 3LUYA 3TODA 1URDA 1DPPA 3K6WA 1RYOA 4F39A 2XX7A 3MVYA 4OMBA 3UGWA 3DP8A 3FVOA 5I84A 3R7XA 4BDMA 4PP0A 4NF8A 5K2YA 1MH4A 4GVOA 3B7DA 4GL0A 4GL8A 4DIGA 4I8CA 1FQEA 4GWOA 4ZZAA 4OFLA 5H8FA 3ECRA 1Y3NA 1QKAA 2UVIA 3U8QA 4YKPA 1LLSA 2WKYA 1M5EA 3HV1A 3GXAA 3PD9A 3K0VA 4M1VA 1SD3A 4QSEA 3VFJA 1AL3A 3U94A 3PUWE 3VDFA 4DXUA 3IX1A 3UK4A 3FXUA 3T66A 1USYH 4L17A 1SYHA 5CC2A 2HEUA 5CMKA 2A5TB 3SEYA 5AA2D 4YMAA 2DS9A 3ILTB 4YU0A 1NFTA 2I3VA 2XXRA 3C36A 1LAXA 5KCJB 1SW5A 4I62A 3MBPA 4ELPA 1OQHA 5J1DA 3PMWA 3DP4A 3CSGA 1WDNA 5L8DA 3R26A 3FGSA 2OWTA 1OVTA 3KBRA 4JXIA 1O7TA 3PUYE 3OSRA 1EZOA 3TTLA 4KPTA 1NKXA 3M3KA 1IZ1A 3C33A 1OQGA 1M5DA 1TWYA 1UQWA 3CSBA 1GV8A 1US4A 3FD3A 2OLBA 4DZ1A 4ELOA 2QS2A 1ATGA 1MM6A 4RYAA 3TQLA 2P0SA 1ZTYA 2HXWA 1O63A 1Q1KA 1USYE 2XX8A 3MVWA 2DWIA 4TOZA 4Z7EA 5EYFA 2AIXA 3GZGA 5H8HB 4IGRA 4JWYA 4F3GA 1IEJA 5ITOA 2XXWA 1Z7ME
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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