3WAEA

X-ray structure of fe(iii)-bicarbonates-ttfbpa, a ferric ion-binding protein from thermus thermophilus hb8
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
PTLTIYSGRGQSLVEPLVKQFEAETGIRVQVRYSTDAQILAALQEEGSRSPADLFWANTAGALGQASAKGLLRPLGETLLEKPIAFVPASRTWVPVTVRLRVLAYNPDRIKAEELPESLLDLPRFAREKGLVGRVGWTPTYSSFQDMVAGMIALYGEEKTREWLLAMKALAPKAYPSNPAMLDAIRAGEVDLGSTNHYYVVRFRRAGYRLGMHHFRDGDAGNLALVTGAGLLKTSKNLAAATRFLTYLLSPQAQQYFVGNIGEYPLVKGVALDPNLLPLEEALAKSPKLDLEKLPLDRALRLLRETGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A novel mode of ferric ion coordination by the periplasmic ferric ion-binding subunit FbpA of an ABC-type iron transporter from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
molecule keywords IRON ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC IRON-BINDING PROTEIN
molecule tags Metal binding protein
source organism Thermus thermophilus
total genus 112
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3waeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3waeA02
5HBCA 3FVNA 4F22A 4M1VA 2Z8FA 2XXTA 3FV2A 3W15C 3IK6B 4NMYA 3PUXE 4MFIA 2I6EA 4RK9A 4JWYA 1FTMA 3ILTB 2UVHA 4NF4B 4U21A 2DE2A 3DP4A 3K01A 2I4CA 1NNFA 2V3UA 3FUZA 4F1YA 2KLFA 3ODBA 3UORA 3HCQA 3K02A 4G68B 3SEVA 3T9UA 3K0VA 1OQGA 1DTGA 1P1QA 3VLWA 2XHDA 1IXGA 4FECA 1DPEA 3N5LA 2Y84A 4R2BA 3DP6A 1VE4A 2OLBA 3VFJA 3OO6A 4WXJA 4I62A 3UA8A 2DE3A 1B58A 1SBPA 2GHAA 1QULA 2QS3A 1URSA 1Y1MA 2QPQA 1NL5A 3MBPA 3PMVA 5CBSA 2OWTA 4XKQA 4JWOA 1AL3A 3U1OA 3PUZE 3FATA 4HW8A 2QMWA 2QS1A 4G8MA 1Z7ME 2F97A 2RKMA 3CFLA 2BJJX 3K6UA 4MF3A 3VVDA 4X1BA 2AL4A 4POWA 4OYVA 3I3VA 4IO3A 3IJOB 5JK4A 4NF6B 2X7QA 3IO4A 4EF1A 1NNPA 1XVXA 3CFZA 3OELA 1MY1A 2B65A 5IAIA 4JDFA 4F2QA 1DOTA 3PGFA 4NWDA 3DELB 3TAJA 4F19A 1LSTA 3TCHA 2O51A 3BFUA 3U93A 2ESNA 4F3BA 3HPIA 4LATA 3AXFA 1SW5A 3TZAA 3RTFB 2FNCA 1J1NA 1B3HA 3KZGA 1P1UA 5B70A 1LLSA 3SERA 5K2YA 4C1TA 2VD3A 2GFEA 4DE8A 1B1HA 2ZYKA 3IOVA 4R72A 3OO8A 1LBBA 4ECFA 3M3KA 3OMBA 1B40A 1F9BA 4N6PA 1FTJA 1L5TA 2YPNA 1D9YA 4E0WA 3UK4A 2O68A 3MP1A 5TPAB 4EQ7A 3TCGA 1NNKA 2PT2A 1JETA 2OBGA 1I6AA 5TP9B 3TUSA 4NF6A 3OXNA 3T9VA 1LFHA 1H76A 3MVYA 3HV1A 4OXVA 5I56B 4XKRA 2NVUB 4OZ9A 3PPQA 3RLFE 1MXUA 2ZNSA 2DSFA 3IB1A 4F1VA 4DCYA 5A5XB 3LBSA 4YB5A 4LZ5A 3IB0A 1USYH 4IO7A 2QSXA 1H44A 1FQCA 4E0XA 2I0BA 1B32A 2ZXTA 5IKBA 5I2KB 3S9LC 1YCJA 2IEEA 1MQIA 2HXWA 2X26A 2THIA 4C0RA 1MM6A 3D4GA 2RCAA 3TODA 3H6UA 1LAGE 4JSOA 1MDQA 4YB7A 4NF8B 1QJMA 2ZNUA 1US5A 2I49A 1HSEA 5DYHA 1B3GA 3QUJA 5AA2B 4RPNA 3U72A 1EZ9A 4KR5A 1N0TA 5TPAA 2OK2A 2DQVA 2H9BA 3MP6A 3H6WA 2D3IA 4KYSA 5AA3A 4XXUA 4GL8A 3E13X 3K6WA 1B1XA 1XHYA 4DXCA 4GVOA 5DEXA 1B7HA 2OWSA 1JVXA 3IOTA 5I56A 3SKPA 4EQBA 2Q89A 3HO7A 3MVZA 4BDMA 1N7WA 3MVWA 2DWAA 2XX7A 4ELRA 3FIRA 1FTLA 4RJZA 1MPCA 4C1UA 4LVQA 2AYSA 1ELJA 4YU0A 3TMGA 2V25A 5HM4B 4KCCA 1A40A 4BDOA 3JZJA 3UP9A 1OVBA 4JSDA 5I2KA 1US4A 3PUYE 4GWOA 1IEJA 4G68C 4R6YA 2VHAA 4RNSA 3T9HB 4NTLA 4NF8A 4AB6A 3W9VA 1JEUA 4IY5A 5AA2A 2V93A 2XXVA 3U94A 1B0LA 3CI8A 3FJ7A 4U1OA 4OVJA 3PUVE 1N76A 2Z22A 3JV9A 4QF9A 5H8FB 4ZS9A 4LQ2A 2I3VA 1MXVA 1QUJA 4EXLA 3G3GA 3KN7A 3KGCA 1URDA 5DTBA 4YKKA 4DLDA 1B3LA 5JTYB 2F36A 2PX1A 2R71A 5CM6A 4XKPA 4QFPA 5KCJB 1NH8A 3T22A 4TOZA 1A7LA 4FORA 3EF7A 2O1LA 2RC8A 5EHSA 3BKIB 5BWJA 4OETA 3ZKKA 4L17A 3N94A 4YAHX 3PMWA 1SI0A 4R6KA 1MY0A 1A8FA 3Q29A 4JB7A 4GFRA 4I1DA 2HFBA 1O64A 3ONMA 3PPRA 3G3FA 3BFTA 4PFUA 4X48A 1B7UA 1PEBA 4TQUQ 5K2XA 4F31B 1MH3A 3T96B 3SEXA 3U92A 5I57A 3TEPA 1DPPA 3OEMA 1VFEA 2UYFA 4OFJA 4H8IA 2XXYA 4ZZEA 4RPOA 1Y4CA 3HN0A 3LR1A 2DVZA 2V3QA 5H8FA 4PE5B 4KCDA 4EQ9A 1B9JA 5DVIA 2ONSA 1H43A 2AIXA 4RXLA 3UIFA 1UIVA 2XXUA 5JTYA 4GD5A 1M5CA 4P11A 1I69A 5F1QA 4H8JA 2UVJA 1QUIA 3UN6A 3O9PA 3VE1B 2Q88A 4GLIA 2UVIA 1HSJA 1HSLA 4Q8RA 4KQPA 2DOJA 2HEUA 3DP8A 4KI0E 5H8QB 4F3PA 3O29A 2Z8DA 1R1NA 4GOTA 4DZ1A 1MQDA 3EN3A 3GXAA 3E9XA 1B6HA 3M3LA 1B2HA 1UIUA 2NOOA 5CMBA 5ICQA 4M4GA 4ND9A 2NXOA 3C31A 4QHQA 1MXZA 4O3CA 1M5FA 3FXQA 2LAOA 1AOVA 3KFMA 4AQ4A 1VFDA 1Y20A 3KEIA 2Q2AA 4THIA 1Q35A 3OD7A 1AIVA 1N84A 5FHNA 1QUKA 1M5DA 4OFOA 3BBRA 5EHMA 3MAMA 3GBAA 3PPOA 4IGRA 3QK6A 2D21A 4NF5B 4GRKA 3TPAA 1LB9A 5L9OA 5FTHA 2I48A 1RYOA 1LAXA 4I9DA 3G3JA 3K6XA 2QRYA 4BDNA 4EXKA 1MPDA 4FJPA 1JW4A 4WEDA 4DXBA 4H6DA 3FJMA 5DVJA 2HAVA 5CMMA 4K3FA 2HCAA 4NF4A 5H8QA 3FGSA 1SYHA 4QFNA 1B3EA 4WKMA 3C34A 1XC1A 4LONB 3MC2A 4DXUA 3FXUA 1PBPA 4G68A 3GLBA 2P1SA 4R2FA 1A55A 4ZDMA 3OO9A 1DTZA 3MJNA 5KDTB 5LOMA 3KJ7A 1P99A 4DDDA 3FJGA 4OESA 4LUBA 2DP8A 1PC3A 3K1PA 1B3FA 3S2VA 4U4SA 5I58B 3GBBA 4ESXA 1IZ1A 4H5FA 3LSLA 5AA1A 1GTKA 4LQ5A 2VOZA 4XKNA 2REJA 2W7YA 4NF5A 3K00A 2ZNTA 1OLCA 3C9HA 2RCBA 3OO7A 3PD9A 2VD2A 4ELQA 4ZZAA 4F18A 3VDFA 1NMUA 4IO4A 4R73A 3VV5A 1B0HA 1YPNA 3TTLA 4G77A 3CR9A 2I4BA 1JVYA 1XOCA 1MDP1 1QKBA 4ELPA 5ICTA 1ZU0A 4PETA 3G7WA 1JNFA 4H5GA 4OQOA 4QSEA 4FEDA 5I2NB 1IXCA 2CZLA 3OENA 1NFTA 4OFLA 3N6UA 5EYFA 1B05A 5KDTA 4LP2B 4ONYA 4Q0CA 3C4MA 3KN8A 2QL3A 2E0SA 1IIWA 3PUWE 3FVKA 2PT1A 5I58A 3TFLA 3KBRA 4ZE8A 1Y4TA 3MZ9A 1FQAA 5FHOA 2ONRA 5B7DA 3T66A 3EQ1A 4YICA 4R75A 4MBPA 4EUOA 2FYIA 3I5OA 2XXQA 1FQEA 3LUYA 4ZEDA 4IO6A 1TWYA 3H6TA 2OCUA 2F78A 3O6GA 2Y7KA 4FAJA 1M5EA 4BDQA 1PBQA 4BLAA 3TDJA 3KG2A 5ISUA 5TP9A 1Y9UA 2REGA 1D4NA 3PV0E 2GHBA 3IL1B 3B6QA 3C33A 3MPKA 3FD3A 3RNNA 3CSGA 4QFOA 1WODA 4HCWA 5I2NA 1Y3PA 5A5XA 2HZLA 4IY6A 2XXIA 2DYXA 3IB2A 3H3GA 3FVGA 3USDA 1OMPA 4IGTA 2ZYOA 2NUVA 4O3BA 3TTNA 1A99A 1TFDA 2F8DA 4R9FA 1H3DA 5CMKA 2DWIA 2F5XA 1MQJA 3DM0A 3O6IA 4DIGA 2XXHA 4GF8A 1PB8A 4KHZE 4HS7A 2Y7PA 1SQYA 3EHSA 3C36A 1MM7A 3HHGA 1B7ZA 1JEVA 1EU8A 3O6HA 4R9GA 3TTRA 3TKDA 1URGA 2O7UA 3TQWA 4ZEKA 1IITA 1LBCA 1VR5A 3H06B 4RYAA 1MXYA 5L9SA 2XD3A 1KWHA 2RC7A 2O7IA 5J1DA 1VSOA 4OENA 4YB6A 4OEUA 3QAXA 1JW5A 3MP8A 3K2DA 1AMFA 3SESA 2GH9A 3Q25A 4DCXA 1USYE 3G3IA 5ELVA 3T9XB 5FTIA 3S9MC 1EZPA 3H7MA 4LZ7A 4FE8A 5L9MA 3VVEA 1H45A 1WDNA 3V8XB 3A3CA 4MH5A 4GIZA 2B3FA 3IO6A 3KOTA 4FATA 2DE4A 5CC2A 3FV1A 3FVOA 4OTEA 3GZGA 2O84X 2A5TB 3VVFA 4RK2A 1R9QA 1D9VA 4G2ZA 1BIYA 3RY3A 1R9LA 1EZOA 1XVYA 3C32A 5I59B 4POXA 3DLNA 3F11A 4TLMB 3R6UA 4PFWA 1DSNA 3WAEA 1UTBB 1MY4A 1B51A 3PU5A 4G8HA 1B46A 4YKPA 2O1MA 3KN3A 4ISUA 4UACA 3H03A 1QW0A 3FASA 2VGQA 2Z8EA 1EH3A 1II5A 3ZKLA 1A54A 1FQFA 3TYHA 5AE4A 4Q30B 4KFQA 5ITPA 3OSRA 4OERA 2G93A 1LCFA 4HTGA 1UQWA 3O28A 3U8QA 1S50A 1IQ7A 1GV8A 4GXSB 1FQBA 4IO5A 4QSCA 2DWJA 1SI1A 3LSFB 2XX9A 1QVSA 1LFIA 1Z7NE 2Z23A 1B5JA 1A8EA 2ZYMA 3HSTA 4MLQA 4N07A 2XX8A 5KCJA 1B4ZA 3IJXB 2F7AA 3I6VA 4G4PA 3S4UA 1S9TA 3IAZA 1GVCA 3RGYA 2UVGA 3V89B 4U4XA 4LA9A 3M8UA 2O6AA 3EHTA 4QFKA 3OEKA 2A5SA 2A5TA 5H8NB 3THIA 5H8SA 1LAFE 2ALUA 1YAEA 3CIJA 3RT6B 4FIMA 3IR1A 2Q9TA 4BDRA 5I59A 4H65A 4IO2A 4UA8A 1CB6A 1SDXA 3D4CA 2I0CA 1UTBA 5BUUA 2X7PA 4ESWA 3R7XA 1TFAA 1CE2A 4U1ZA 3IORA 1LB8A 1ZLQA 3WAFA 4ZE9A 1BP5A 1S7YA 2ANJA 3IX1A 5KZTA 3V5AA 3QIMA 4OEVA 2ZYNA 1MQHA 2M8CA 3K4UA 4F1UA 2R9JA 1MPBA 3MZBA 5CRYA 1B5HA 1N04A 3H6VA 2UYEA 1XS5A 1FTOA 2AL5A 3FXRA 4OWDA 3LSXA 4PQJA 3VLUA 4NEDA 1YTVA 1DMBA 3MWBA 1NNTA 3RQTA 5H8NA 1Y1ZA 3CSBA 1OLAA 5AA2D 3RTWB 3O2AA 5FHMA 1PDAA 4GXAA 1TXFA 1WVJA 4IB2A 1N7XA 4JWXA 3TQLA 1SW1A 2PYYA 4ZEBA 2D5WA 5TU0A 4BDLA 3RT8A 4GQOA 1SVXB 4XIGQ 3B6WA 2YJPA 1MXWA 2F35A 3CVGA 3IOWA 3R26A 2ONKE 2Y7IA 2HZKA 4KPTA 4G8NA 1P1OA 3E4RA 1NKXA 4OHNA 1I6QA 3ZSFA 3MW0A 2DVCA 2HAUA 1MRPA 1FCKA 3VXCA 3OSQA 3QYTA 3M3FA 4X9TA 3ZS6A 1LAHE 4EF2A 3CG3A 4PP0A 2P2AA 2RF1A 3K1NA 5CBRA 4NWCA 4YZZA 1N3WA 1LCTA 2V84A 1NH7A 1I6BA 5DT6A 3V83A 1MY2A 3KOSA 1IXHA 2H99A 1UTHB 4AB5A 1ATGA 5DEXB 3QUFA 4R74A 2F6PA 4F3SA 4H1XA 3TCFA 3SEYA 3A09A 2ABHA 5H8HB 3TELA 3O97A 2P0SA 4RA1A 2H98A 3RUMA 1OQHA 1ZBMA 1AH5A 4P0GA 5HPQA 1MQGA 4LZ8A 1BKAA 1FTKA 2DWHA 3SDFA 4YMBA 1MG1A 2H25A 5CI5A 3L6HA 1QKAA 1ZIUA 1IUDA 2UXAA 2B3BA 4U22A 4MLVA 5AA4B 3MUQA 3L6GA 3K1MA 3MZ1A 2QS4A 3SEWA 2F34A 2DS9A 4R6HA 1MH4A 3SEUA 3JYRA 1ZMGA 2VP1A 1GGGA 3W9WA 3EPEA 3T93B 3CFXA 3E3KA 3MPLA 2YLNA 3TTKA 4KYDA 2PVUA 1M5BA 2XXPA 4PFTA 2F7CA 3PMXA 1O63A 4X1DA 2RC9A 2Y7RA 1ANFA 3ECRA 3S9NC 1UTHA 3TTMA 1Y3NA 3PPPA 2V3TA 3MVXA 2OJTA 1MS7A 3RN8A 3VXBA 3O66A 1PB7A 1FQDA 4JXIA 3C35A 5H8HA 4I8CA 1SW4A 2CMOA 3Q27A 1RKMA 2OZZA 4F3GA 2O69A 4KYEA 1ZTYA 2XXRA 4YKJA 4O3AA 3VLVA 3P7IA 3G3KA 3B6TA 3N26A 4F39A 1POY1 3UGWA 4HCYA 2Y7WA 4F2OA 3A3UA 3G3HA 5AA4A 2H4IA 1ZKBA 4U2RA 2ZMBA 1BTJA 4Z7EA 4YMAA 4QRZA 2PMSA 1IXIA 5JEIA 3KSXA 1O7TA 1SW2A 4OMBA 4H0WA 1ZJLA 1RYXA 1BLFA 2PBWA 3KJTA 2FA7A 2XD2A 5I57B 1GR2A 3FZVA 3EHUA 3MQ9A 1R6ZA 1Y3QA 3OOAA 3LSWA 2F7BA 1XT8A 1MY3A 1JQFA 5F7VA 3Q26A 4PFYA 5M2VA 4Z0IA 5L8DA 2XXWA 4QSDA 2HQ0A 4Q5TA 3LC8A 3B7DA 4WEPA 1OVTA 4GL0A 2QJEA 1OIBA 4ELOA 2F6GA 2G29A 4FEBA 1JW1A 1B52A 3SETA 2RINA 4YKIA 4ZEIA 1MXXA 2Q8JA 4QFLA 5DVFA 4H67A 3HHFA 4TLLB 3N6TA 4KD5A 2QS2A 2WKYA 3IOUA 3CRBA 5ITOA 2I3WA 2QMXA 4EDPA 4ZEFA 4XTCQ 3RPWA 1SD3A 2DXRA 3QSLA 3PPNA 3CG1A 4P0IA 4F29A 2XXXA 1N3XA 1SYIA 5CMCA 2Q2CA 2R6GE 1FW0A 1PB9A 3H4ZA 1T0KA 2E1SA 3QXMA 1B4HA 3ILUB 3K6VA 4ZECA 3KSJA 4RY1A 3PD8A 1TT1A 1B5IA 3Q28A 4JBZA 1D3KA 2IA4A 4N13A 2GRVA 1POTA 1P1NA 2H5YA 2I58A 2DXYA 5I84A 1LFGA 1P1WA 1Q1KA 4NE4A 1LGBC 2NWJA 3S9EA 4U23A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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