3WAFA

X-ray structure of apo-ttfbpa, a ferric ion-binding protein from thermus thermophilus hb8
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
PTLTIYSGRGQSLVEPLVKQFEAETGIRVQVRYSTDAQILAALQEEGSRSPADLFWANTAGALGQASAKGLLRPLGETLLEKPIAFVPASRTWVPVTVRLRVLAYNPDRIKAEELPESLLDLPRFAREKGLVGRVGWTPTYSSFQDMVAGMIALYGEEKTREWLLAMKALAPKAYPSNPAMLDAIRAGEVDLGSTNHYYVVRFRRAGYRLGMHHFRDGDAGNLALVTGAGLLKTSKNLAAATRFLTYLLSPQAQQYFVGNIGEYPLVKGVALDPNLLPLEEALAKSPKLDLEKLPLDRALRLLRETGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A novel mode of ferric ion coordination by the periplasmic ferric ion-binding subunit FbpA of an ABC-type iron transporter from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein
molecule tags Metal binding protein
source organism Thermus thermophilus
total genus 107
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3wafA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3wafA02
4LVQA 2DXRA 4F3PA 4DXBA 1R6ZA 2VD2A 3C31A 4EF1A 1IXGA 4OFLA 5KZTA 3HPIA 1Y9UA 1LB8A 5IKBA 4R6YA 1XHYA 1F9BA 1NMUA 2E0SA 1B7ZA 1MG1A 2NOOA 3MVZA 1VR5A 3TEPA 1M5CA 4OXVA 3H6VA 3ECRA 5F1QA 4XKRA 4E0XA 4YKJA 3T66A 3O97A 4KPTA 2F78A 2DYXA 5H8FA 4HCWA 5I58A 4YKIA 4JSDA 1BTJA 4FIMA 4DXUA 2PT2A 3N6TA 3Q27A 1PDAA 4OFJA 5I57A 4LATA 1IXHA 3U93A 3MUQA 4OESA 2V3UA 4IO4A 3IO6A 5J1DA 4YB6A 1RYXA 1II5A 1TFAA 4NWDA 2REGA 4PE5B 3LSFB 4G8MA 2AL5A 1SBPA 1MXVA 3MJNA 2B3BA 3ILTB 2HFBA 4AB5A 3CI8A 2RCAA 3DP6A 2Z8FA 3G3KA 3PMVA 3HO7A 5DEXB 3RTFB 2DWAA 3E13X 1FQDA 3H6TA 1JQFA 3N5LA 1OIBA 1L5TA 2DWHA 5B7DA 4Q5TA 3MW0A 1SYIA 5TPAA 3CG3A 3A3UA 2P1SA 5KCJB 1WDNA 4FJPA 2F6PA 1TFDA 3MBPA 1PEBA 4LZ7A 1MXUA 4G68C 4QFNA 4ZECA 1H44A 5L9SA 3O6IA 5B70A 3OEMA 2OWSA 2PMSA 3B6WA 1XS5A 1FQEA 4ZEBA 3C34A 1M5FA 2I49A 3T93B 1S9TA 1Z7ME 2D3IA 1B3FA 1FQAA 3UK4A 1RKMA 2RC8A 3G7WA 4KHZE 4O3BA 4NMYA 1MH3A 1ZBMA 4R2BA 1KWHA 3OO7A 4G68B 5FHNA 1I6AA 4HS7A 3E9XA 3RQTA 3K2DA 3H06B 2QMWA 3I6VA 3Q25A 3EPEA 2UYFA 3U8QA 1EZOA 4IGTA 2F5XA 1MDQA 3L6GA 3TQWA 3ILUB 5CI5A 1Y4TA 2H5YA 3LSLA 2V25A 5ISUA 2HQ0A 4H65A 4NF4B 4N13A 5DTBA 2VHAA 3MQ9A 1URDA 5CBSA 1N7XA 4KR5A 4JWYA 1D9YA 4ZDMA 1Y3PA 4DDDA 1R1NA 4JXIA 1JVYA 1I6QA 1TT1A 1D3KA 4LZ5A 3B7DA 2I3WA 3EHTA 1UTHA 2DVZA 1O7TA 2XXHA 2G29A 4R6HA 4YMBA 4F2QA 3TDJA 3CSGA 1FCKA 2VGQA 1MY3A 4F29A 4IO6A 2HAVA 3KJ7A 2VD3A 3K01A 3IB0A 1LSTA 3UORA 3K6UA 1IIWA 3M3FA 4H0WA 5ITOA 1IQ7A 2UVJA 5L8DA 4TQUQ 3MPLA 2OK2A 3O6GA 4POXA 4F39A 1QKBA 2Y7WA 3IL1B 2KLFA 3KG2A 3PUXE 1O64A 1PBQA 2QS2A 3K6VA 4ONYA 3UA8A 5AA3A 1JEVA 3FJMA 2AL4A 2Q88A 4JWXA 3H3GA 3PD9A 5AA1A 5I59B 4RK2A 2XD2A 1ZU0A 4UA8A 1EZ9A 3PPQA 4KYSA 1A54A 1SQYA 3QIMA 1B46A 2Y84A 3W9VA 5CBRA 1URSA 4JDFA 1N7WA 2NUVA 3VLUA 1MXWA 3I5OA 1LGBC 4XKNA 5A5XB 1ZIUA 4ZEFA 4N07A 3PGFA 3OELA 3CFZA 4GD5A 3FATA 4KQPA 4ZEKA 1MY2A 1NL5A 5HM4B 1B4ZA 1DMBA 1WODA 3JYRA 1PB9A 3KJTA 1MS7A 4U4SA 4KI0E 5DVJA 3FXUA 4FATA 4MF3A 5CC2A 3D4CA 5FHOA 3SDFA 1JVXA 3FD3A 3CFXA 5I2NB 1OQGA 1XVYA 5ELVA 1SI1A 2W7YA 1MXYA 4PFWA 1SD3A 1QKAA 2O7IA 4U22A 3VXCA 4EQ9A 5I84A 1MY0A 2QS1A 3D4GA 1M5DA 3PUYE 4R2FA 2Z8EA 5DEXA 1FTJA 2E1SA 4MBPA 1JW4A 2XXRA 2VP1A 2ZYMA 3KN8A 1NH7A 5TP9B 3RT8A 1P1UA 1N3WA 1B0HA 4TLLB 2QSXA 3Q26A 3KEIA 4LZ8A 5KCJA 3O2AA 4U21A 3V89B 4IO2A 4PFTA 5HBCA 1FTLA 1LAFE 1VFDA 3R26A 2YLNA 3EN3A 2DWJA 4LONB 4THIA 4WKMA 5EHMA 4PFYA 3C33A 1MRPA 3T9XB 1JETA 3Q29A 1OQHA 5H8NA 3W15C 4QSCA 4OETA 1FTKA 4C1TA 3K6XA 2HAUA 3FJ7A 2I3VA 2OLBA 1EZPA 4G68A 4QFOA 4XTCQ 1B0LA 3O9PA 1QUIA 1JEUA 2ALUA 1FQCA 4XKPA 1FQFA 4F19A 2WKYA 1LLSA 3G3IA 3KOSA 5L9OA 3G3GA 2D21A 3G3JA 3S9NC 3PMXA 2QMXA 4NF4A 3FV2A 3U92A 4Q8RA 1R9QA 3VVEA 4I1DA 5I56B 2XXUA 1Y3QA 3FASA 4WEDA 3SEVA 1Y4CA 4NF8B 1Y1MA 4P11A 4F2OA 4IY6A 4DZ1A 4DCXA 2HXWA 4FE8A 1ATGA 2XXVA 3IOTA 1JW5A 3PPNA 4BDRA 3U1OA 2UVHA 5CRYA 4F1VA 3EHUA 3PPOA 3A3CA 4G8HA 2IEEA 4QFLA 1SVXB 1LCTA 1AH5A 3LBSA 4AB6A 1OMPA 1B52A 4Q30B 3UN6A 3LC8A 1B2HA 2QRYA 3O29A 1MQJA 3RY3A 3FVKA 1UQWA 3LSXA 4YKKA 1T0KA 2ZNSA 3MWBA 2YJPA 1VFEA 3MZ1A 1WVJA 2HZKA 1MM7A 3SEYA 1POTA 4AQ4A 4P0IA 1N76A 4DCYA 4M1VA 2RC7A 3IJOB 4M4GA 3B6TA 3OD7A 3AXFA 1MY1A 1UTBB 5I59A 3IO4A 4E0WA 2H98A 2V93A 1SW2A 1PC3A 3FVGA 2A5SA 2DE3A 1SDXA 3VLVA 2O1MA 3N6UA 4LQ2A 1MQIA 2XXWA 1M5BA 4H8IA 2XXIA 1CB6A 2PT1A 4JSOA 1FQBA 4LQ5A 1BP5A 3PV0E 3USDA 2OJTA 5A5XA 2YPNA 2ESNA 4LP2B 1MPDA 4Z0IA 4OTEA 2P0SA 4RYAA 4ELRA 4QFKA 2Q9TA 3H03A 1LAHE 3T9VA 1B3LA 5BWJA 4YB5A 2O1LA 1UIVA 3MC2A 4I8CA 2DVCA 3UIFA 4YICA 3M3LA 2ZYKA 1BIYA 3WAFA 4ECFA 4U1OA 1OLCA 2I4BA 1QULA 3HSTA 5I2NA 1I69A 3ODBA 4R75A 4G77A 1H45A 3PUWE 3DP4A 3C35A 5KDTB 1PB7A 4F1UA 1B58A 3K02A 3KSJA 5H8SA 5F7VA 1RYOA 3CIJA 1DOTA 2Q2CA 3OEKA 3VVDA 1B40A 5TP9A 1IXIA 2GHBA 4H6DA 2X7PA 3TTKA 4WEPA 2DP8A 3DLNA 2NWJA 4GXSB 4KFQA 4ND9A 3PUVE 3V5AA 3QSLA 5AE4A 2I0CA 4ELOA 2F7BA 4DLDA 1PB8A 4BDOA 1ZKBA 4Q0CA 1ANFA 3CFLA 2DE2A 1UIUA 3RPWA 1ZMGA 3FJGA 1NFTA 4P0GA 4FECA 4RPNA 2XX7A 3ZKKA 2QS3A 3CSBA 4IO7A 1OVBA 4R6KA 3HN0A 2GFEA 4QFPA 2QJEA 1SW5A 5FTIA 3TYHA 3QUFA 1XOCA 4ZZAA 2Y7RA 1POY1 4BLAA 2BJJX 3IK6B 1A7LA 1D4NA 5EYFA 4RJZA 3K1MA 3K1NA 1SYHA 1B7HA 1Z7NE 2HZLA 4GL0A 1USYE 5CMMA 4NF5B 4BDMA 3IOUA 4OZ9A 2ZNTA 1P1NA 4X9TA 3MVXA 1LCFA 1S7YA 5DVIA 3S4UA 1YTVA 5I56A 5ICTA 2GH9A 3SEXA 5AA4B 1USYH 3H6WA 4NF8A 1DPEA 2O7UA 4R9FA 1DTZA 1B5IA 2R71A 2CMOA 4X48A 3M8UA 3IX1A 3MP6A 3N94A 4YKPA 2XHDA 2O84X 2UVIA 1AIVA 2Y7KA 5FTHA 4ISUA 3TZAA 2F34A 1ELJA 5EHSA 1LBCA 1ZLQA 1A99A 4RY1A 1B6HA 1OLAA 2UXAA 3CRBA 4C0RA 2H9BA 2XD3A 4IGRA 4GL8A 4YMAA 4I9DA 3TTMA 2Q2AA 3O28A 2QS4A 2UYEA 4JB7A 3MAMA 1AMFA 1NNPA 3IORA 2R9JA 4MLVA 1NKXA 3S2VA 4U23A 4RPOA 1XC1A 2DS9A 1MPBA 1TXFA 5K2YA 4POWA 4RXLA 2XXPA 3QUJA 3ZKLA 5TU0A 1H3DA 4YB7A 3BBRA 3S9EA 3KSXA 3T96B 1YPNA 3UGWA 3MZ9A 2PX1A 4EQBA 3RLFE 1UTBA 2B65A 3CG1A 3SEUA 3KN7A 2F35A 2I58A 1B3HA 2AYSA 3T9UA 4F3BA 3IOWA 3RNNA 1H43A 4BDNA 3MPKA 3IJXB 5CMKA 2IA4A 1N3XA 5AA2B 3SETA 3EQ1A 2X26A 3VVFA 3VV5A 1IZ1A 1B7UA 4LUBA 3N26A 2HCAA 4EF2A 1B4HA 3VFJA 4MLQA 3RTWB 3QYTA 4ESWA 1EU8A 4YU0A 5H8HB 2O68A 4N6PA 3FXRA 5JTYB 1D9VA 4F18A 4X1BA 4NF6B 3F11A 4XXUA 1GTKA 4ZZEA 5KDTA 4IO5A 3KZGA 1B5HA 2OBGA 3EHSA 3TQLA 3OOAA 4BDLA 1JNFA 4GF8A 3KGCA 4BDQA 1Q1KA 2DXYA 3IB2A 4XIGQ 2OZZA 1LFIA 1ZTYA 4O3CA 1JW1A 1A8EA 3IOVA 4WXJA 4GFRA 2OWTA 4OHNA 3IR1A 2FA7A 5LOMA 1B32A 2O6AA 4ZEDA 1A40A 4R9GA 3M3KA 1FTMA 1S50A 2F6GA 3FXQA 2F7AA 3QXMA 4RK9A 2GRVA 4GIZA 5DVFA 3TMGA 3GBBA 2A5TB 4FAJA 2REJA 3TCGA 4RNSA 3HHGA 1MH4A 1XVXA 2DE4A 1O63A 3S9LC 1QUKA 3KOTA 1MY4A 2Z8DA 3CR9A 3KN3A 1Y1ZA 3VE1B 3OENA 4PFUA 2I6EA 1P1WA 1VE4A 3PPRA 4ZS9A 2XX9A 4TOZA 3VLWA 2B3FA 1Q35A 1YCJA 4F1YA 2NVUB 5DYHA 4G8NA 4NF5A 4PP0A 2I48A 2X7QA 3T9HB 2O69A 3Q28A 3HCQA 4F3SA 2ZNUA 5L9MA 4JWOA 1NNFA 4OEVA 1GV8A 5AA4A 3E3KA 4IY5A 4OVJA 3LSWA 2I4CA 4HW8A 3IB1A 1MQDA 5DT6A 4GVOA 4ZE9A 3GZGA 3MVWA 4U2RA 4GOTA 5JK4A 3U94A 5JEIA 1B3EA 1H76A 4FORA 1HSJA 5I2KB 3BFTA 4IO3A 3B6QA 4GXAA 3GXAA 1J1NA 2G93A 2I0BA 2ZYNA 2UVGA 4KYDA 1Y20A 5CM6A 3C4MA 1N0TA 2XXQA 3TTNA 1NNTA 3FV1A 1QW0A 4H8JA 4OQOA 1B1HA 1MPCA 2GHAA 4YAHX 1SI0A 4EDPA 1US4A 3E4RA 2ONSA 4NEDA 3K00A 3TUSA 1LAXA 3BKIB 4Z7EA 2DQVA 3TKDA 1DTGA 4QSDA 3QK6A 2RCBA 3PU5A 3SKPA 1B05A 3TPAA 5AA2A 4F3GA 1GVCA 4EQ7A 3FGSA 4TLMB 4EUOA 4LA9A 2PBWA 3K0VA 3PMWA 4KD5A 3RT6B 4GLIA 4QSEA 2Z23A 1DSNA 1IITA 3VDFA 4I62A 5H8HA 1MXXA 3WAEA 2P2AA 5BUUA 3BFUA 4KCDA 5JTYA 1QUJA 1FTOA 4NF6A 2ONKE 3PPPA 1P1QA 3DELB 3OMBA 3T22A 1CE2A 4MFIA 5H8NB 1N04A 4FEBA 3U72A 3LR1A 3O6HA 2FYIA 3HHFA 3JZJA 4NWCA 5H8QB 4K3FA 2V84A 3FVOA 1MM6A 3R6UA 1B5JA 2F8DA 3KBRA 1LB9A 3MP1A 3O66A 2F7CA 4PETA 1OVTA 4FEDA 4G2ZA 4H5GA 4YZZA 2ZXTA 3TTLA 2DOJA 4G4PA 2DWIA 4OEUA 2CZLA 1MDP1 2ONRA 4GQOA 2M8CA 4H5FA 2H99A 4R72A 3P7IA 4F31B 1NH8A 2A5TA 3TAJA 3UP9A 4EXKA 1US5A 3TFLA 4R73A 2D5WA 4EXLA 4U4XA 4MH5A 4JBZA 3V83A 3FZVA 4H67A 2QL3A 3TELA 4DXCA 2Q8JA 2VOZA 1QJMA 4H1XA 3K4UA 4OYVA 4GRKA 2ANJA 4DIGA 3K1PA 2RC9A 1MXZA 2HEUA 2V3QA 3W9WA 1LFGA 3K6WA 4HCYA 1I6BA 3H6UA 5K2XA 2R6GE 5HPQA 2F36A 4KYEA 4UACA 3KFMA 4R74A 2ABHA 3H4ZA 3TODA 4O3AA 3RUMA 2PYYA 3A09A 1B51A 2THIA 3RGYA 5ITPA 3EF7A 1MQHA 4XKQA 1IEJA 3OSRA 3G3HA 1N84A 5H8FB 5I2KA 5I58B 1P99A 4ESXA 3HV1A 1GGGA 5I57B 3TCFA 1URGA 3RN8A 3JV9A 5AA2D 2FNCA 1IXCA 4OFOA 3MZBA 1B9JA 3OO6A 1GR2A 4ELPA 3THIA 1EH3A 3L6HA 4ZE8A 5CMBA 3DM0A 4OERA 2H4IA 2RF1A 1NNKA 3H7MA 4ELQA 1ZJLA 4X1DA 3PUZE 4PQJA 1LFHA 1VSOA 3TTRA 5TPAB 3PD8A 4IB2A 5ICQA 2H25A 2XXTA 3C32A 4U1ZA 3ONMA 3I3VA 5M2VA 2ZMBA 2Z22A 4QHQA 3V8XB 3IAZA 3OSQA 5CMCA 4OWDA 1QVSA 4HTGA 2RKMA 3SEWA 1MQGA 3CVGA 4RA1A 1HSLA 3LUYA 4NE4A 1B1XA 1P1OA 3FUZA 3TCHA 1M5EA 1BLFA 2O51A 2RINA 1A8FA 3R7XA 1Y3NA 4DE8A 3SESA 3MP8A 3MVYA 2QPQA 1SW1A 3G3FA 2AIXA 3VXBA 3OXNA 3C36A 1DPPA 1LAGE 2Y7PA 3ZSFA 4QF9A 1IUDA 1TWYA 1AL3A 4QRZA 2XXXA 5IAIA 2OCUA 2V3TA 5H8QA 2LAOA 4KCCA 4NTLA 3GBAA 2XX8A 4GWOA 1BKAA 2Q89A 1LBBA 2PVUA 3FIRA 1AOVA 4L17A 2ZYOA 4F22A 1PBPA 3S9MC 1SW4A 4C1UA 3GLBA 4OMBA 2DSFA 2XXYA 4OENA 1HSEA 1R9LA 1UTHB 3OO9A 1A55A 3DP8A 2NXOA 3OO8A 2Y7IA 1FW0A 3SERA 4ZEIA 1XT8A 1B3GA 3C9HA 5FHMA 1YAEA 2F97A 3FVNA 3ZS6A 3QAXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZZWA 4LVQA 2DXRA 4F3PA 4DXBA 1R6ZA 2VD2A 3C31A 4EF1A 4AS4A 1IXGA 4OFLA 5KZTA 3HPIA 1Y9UA 1LB8A 5LTCA 5IKBA 4R6YA 1XHYA 1F9BA 1NMUA 2E0SA 2QVUA 1B7ZA 1MG1A 2NOOA 3MVZA 1VR5A 3TEPA 1M5CA 4OXVA 3H6VA 3ECRA 5F1QA 4XKRA 4E0XA 4YKJA 3T66A 3O97A 4KPTA 2F78A 4NQ8A 2DYXA 5H8FA 4HCWA 5I58A 4YKIA 4JSDA 1BTJA 4FIMA 4DXUA 2PT2A 3N6TA 3Q27A 1PDAA 4OFJA 1BK4A 5I57A 4LATA 1IXHA 2HHMA 5EQ9A 3U93A 3MUQA 4NAPA 4OESA 2V3UA 4IO4A 3IO6A 5J1DA 3SZPA 4YB6A 1RYXA 1II5A 4HE2A 1TFAA 4NWDA 2REGA 4PE5B 3LSFB 4G8MA 2AL5A 1SBPA 1MXVA 3MJNA 2B3BA 3ILTB 4MNCA 2HFBA 4AB5A 3CI8A 2RCAA 3DP6A 2Z8FA 3G3KA 3PMVA 3HO7A 5DEXB 4O7MA 2DWAA 3RTFB 5T3JA 3E13X 1FQDA 2WYPA 1JQFA 3H6TA 3N5LA 1OIBA 1L5TA 2DWHA 5B7DA 4Q5TA 3MW0A 1SYIA 4N4UA 5TPAA 3CG3A 3A3UA 2P1SA 4I3EA 5KCJB 1WDNA 1LBZA 4FJPA 2F6PA 1TFDA 3MBPA 1PEBA 4LZ7A 1MXUA 4GX3A 4G68C 2L5VA 4QFNA 3KC0A 4ZECA 1H44A 5L9SA 3O6IA 1QGXA 5B70A 3OEMA 4XF5A 2OWSA 2PMSA 3B6WA 1XS5A 1FQEA 4ZEBA 3C34A 1M5FA 2I49A 3T93B 1S9TA 1FTAA 1Z7ME 2D3IA 1B3FA 1FQAA 3UK4A 1RKMA 2RC8A 3G7WA 4KHZE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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